Escherichia albertii, un agent pathogène d'origine alimentaire émergent et insaisissable

Un article paru et disponible en intégralité dans Microorganisms a pour titre «Occurrence et caractéristiques de Escherichia albertii chez des oiseaux sauvages et des troupeaux de volailles en Suisse».

Résumé

Escherichia albertii, un agent pathogène zoonotique, a été sporadiquement associée à des diarrhées infectieuses chez l'homme. La volaille et les oiseaux sauvages sont considérés comme des réservoirs potentiels. Nous avons évalué la présence de E. albertii dans 280 échantillons fécaux d'oiseaux sauvages (n = 130) et des échantillons fécaux regroupés prélevés au niveau des abattoirs dans des troupeaux de volailles (n = 150) en Suisse. À l'aide d'une PCR spécifique à E. albertii ciblant le gène Eacdt, 23,8% (31/130) des échantillons d'oiseaux sauvages, mais pas des échantillons fécaux de volaille regroupés, ont été testés positifs pour Eacdt. Les échantillons positifs provenaient de 11 espèces d'oiseaux appartenant à huit familles. L'isolement de la souche a été tenté sur les échantillons positifs à la PCR en sous-cultivant les cultures de bouillon sur des boîtes de xylose-MacConkey. L'isolement a été possible sur 12 des 31 échantillons positifs à Eacdt par PCR. Le séquençage du génome entier a révélé que les souches appartenaient à neuf types de séquences distincts, ST13420 et ST5967 étant représentés respectivement par deux et trois isolats. Toutes les souches portaient le gène eae, tandis que deux souches étaient également positives pour stx2f. Notre étude montre ainsi que E. albertii est présent dans la population d'oiseaux sauvages suisses, qui peut potentiellement agir comme une source de cet agent pathogène pour l'homme, les autres animaux et l'environnement.

Discussion

E. albertii se trouve fréquemment chez les oiseaux. Jusqu'à présent, E. albertii a été détecté chez des oiseaux en Écosse, en Amérique du Nord, en Australie, au Japon et en Corée. Il a été isolé de 29 espèces appartenant à 22 familles : Anatidae, Ardeidae, Artamidés, Cacatuidae, Columbidae, Corvidae, Falconidae, Fringillidae, Hirundinidae, Maluridae, Meliphagidae, Motacillidae, Passeridae, Phalacrocoracidae, Phasianidae, Picidae, Procellariidae, Psittacidae, Pycnonotidae, Rallidés, Rhipiduridés et Sturnidés. Dans cette étude, nous avons examiné un total de 280 échantillons fécaux de 26 espèces d'oiseaux pour la présence du gène Eacdt par PCR.

Nous avons pu détecter des E. albertii putatifs chez 11 espèces appartenant à huit familles : Accipitridae, Anatidae, Ciconiidae, Corvidae, Falconidae, Laridae, Phalacrocoracidae et Strigidae. Quatre des onze espèces sont des oiseaux aquatiques. Considérant que E. albertii a été détecté dans des échantillons environnementaux tels que l'eau une transmission par l'eau est envisageable et implique éventuellement d'autres animaux sauvages. La plupart des sept autres espèces, y compris les rapaces et les corvidés, ont en commun d'habiter principalement les terres agricoles et les forêts et de se nourrir d'oiseaux et/ou de petits mammifères. Considérant que les petits mammifères sont souvent porteurs d'agents pathogènes, il ne peut être exclu qu'ils puissent également être un réservoir pour E. albertii. Cependant, les données sur cette hypothèse manquent à ce jour.

Des études antérieures ont révélé une prévalence variable de E. albertii dans la volaille, la viande de volaille et les abats. Dans cette étude, des échantillons fécaux regroupés de 150 troupeaux de poulets de chair représentant plus d'un million d'oiseaux ont été étudiés. Nous n'avons pu détecter E. albertii dans aucun de ces échantillons, démontrant que la volaille n'est pas un réservoir primaire pour E. albertii en Suisse. D'autres investigations devraient se concentrer sur les poules pondeuses, car elles sont plus souvent hébergées à l'extérieur et peuvent donc être infectées par contact avec des oiseaux sauvages.

Plusieurs études ont signalé des difficultés à isoler E. albertii à partir d'échantillons positifs à la PCR. Hinenoya et al. ont rapporté un taux de récupération de 25% dans une étude sur la présence de E. albertii chez les ratons laveurs. De plus, pour les selles d'humains sains, une limite de détection de 10⁵ UFC/g de selles a été rapportée. Dans notre étude, le taux de guérison était de 38,7% (12/31). D'autres espèces telles que Shigella boydii ou Providencia stuartii sont morphologiquement indiscernables de E. albertii sur le milieu sélectif utilisé, compliquant la récupération de E. albertii. Des milieux sélectifs améliorés sont donc nécessaires pour permettre des enquêtes épidémiologiques et cliniques complètes sur E. albertii. Alternativement, puisque nous n'avons considéré que les colonies incolores à gris-blanc comme suspectes, nous aurions peut-être manqué E. albertii fermentant le lactose ou le xylose , respectivement, car celles-ci ne deviendraient pas incolores. Les analyses du génome des 12 isolats récupérés avec succès ont identifié deux clusters de SNP comprenant chacune deux isolats. Un groupe était lié à des corbeaux charognards gardés dans le même centre de sauvetage, suggérant une transmission ou une acquisition récente de la même source, telle qu'une propagation d'animal à animal ou des aliments ou de l'eau contaminés. Le deuxième groupe comprenait des isolats d'une corneille noire sauvage et d'une buse d'un sanctuaire d'oiseaux, indiquant une transmission environnementale ou indiquant une proie colonisée comme source potentielle.

Un biais d'échantillonnage pourrait exister pour les oiseaux sauvages puisque des oiseaux malades, blessés et morts ont été échantillonnés. Cependant, aucun de ces oiseaux n'a montré de signes cliniques d'infection intestinale, suggérant un portage asymptomatique. En conclusion, notre étude révèle que Escherichia albertii est présent dans la population d'oiseaux sauvages suisses, qui peut potentiellement agir comme une source de cet agent pathogène pour l'homme, les autres animaux et l'environnement.

Dans un article paru dans Journal of Food Protection en mars 2022, Escherichia albertii a été détecté dans 1,9% des échantillons d'huîtres du Pacifique et d'huîtres de roche japonaises. Au total, 64 souches de E. albertii ont été isolées de huit échantillons. La plupart des isolats étaient positifs pour eae, un gène de facteur de virulence. Source

Un autre article publié en avril 2022 dans Microorganisms rapporte «Microbiologie et épidémiologie de Escherichia albertii - un agent pathogène d'origine alimentaire émergent et insaisissable». Article disponible en intégralité.

Les données actuelles suggèrent que E. albertii pourrait jouer un rôle plus important dans les cas mondiaux de diarrhée infectieuse qu'on ne le supposait auparavant et est souvent négligé ou mal identifié. Par conséquent, des outils de diagnostic simples et efficaces qui couvrent la biodiversité de E. albertii sont nécessaires pour un isolement et une identification efficaces de cet agent insaisissable de la diarrhée.

NB : La photo illustrant l’article est issue de Microorganisms.

Une étude montre que certaines espèces d'oiseaux présentent plus de risques pour la sécurité des aliments pour les cultures que d'autres

Cuture de laitues dans une ferme biologique à Salinas, Californie. (Olivia Smith)

«Une étude montre que certaines espèces d'oiseaux présentent plus de risques pour la sécurité des aliments pour les cultures que d'autres», source article de Food Safety News.

Selon une étude de l'Université de Californie-Davis, les inquiétudes concernant les risques d'origine alimentaire de certains oiseaux sauvages peuvent ne pas être aussi graves qu'on ne le pensait autrefois par les producteurs de fruits et légumes.

L'étude, intitulée, A trait-based framework for predicting foodborne pathogen risk from wild birds», publiée dans la revue Ecological Applications, a révélé que le risque de propagation de pathogènes d'origine alimentaire à partir d'oiseaux sauvages est souvent faible, mais varie en fonction de l'espèce d'oiseau. Les oiseaux comme les étourneaux qui affluent en grand nombre et se nourrissent au sol près du bétail étaient plus susceptibles de propager des bactéries pathogènes aux cultures comme la laitue, les épinards et le brocoli. Mais les espèces insectivores étaient moins susceptibles d'être porteuses de pathogènes. L'étude a révélé de faibles cas de prévalence de E. coli et de Salmonella.

«Nous ne savions fondamentalement pas quels oiseaux étaient problématiques», a déclaré l'auteur principal Olivia Smith, chercheuse en postdoc à la Michigan State University qui était à l'Université de Géorgie au moment de la rédaction de cet article. «Je pense que c’est un bon pas en avant pour le sujet.»

Les résultats de la recherche suggèrent que les pratiques actuelles de suppression des habitats d'oiseaux autour des fermes des producteurs de fruits et légumes pourraient ne pas résoudre le problème des bactéries pathogènes.

Daniel Karp, l'auteur principal de l'étude et professeur au département de biologie de la faune, des poissons et de la conservation de l'UC-Davis, espère que les données pourront aider l'industrie agricole à déterminer les risques et à prendre des mesures, comme séparer les cultures maraîchères des terres à bétail. Et qu'ils n'ont pas besoin de traiter tous les oiseaux de la même manière.

«Peut-être que les agriculteurs n'ont pas besoin d'être aussi préoccupés par tous les types d'oiseaux», a déclaré Karp. «Nos données suggèrent que certains des oiseaux ravageurs qui peuvent vraiment profiter à la production agricole ne sont peut-être pas si risqués du point de vue de la sécurité des aliments.»

Selon les chercheurs, une seule épidémie de maladie d'origine alimentaire dans les produits a été attribuée de manière concluante aux oiseaux. Il s'agissait d'une épidémie à Campylobacter provenant de pois d'Alaska. Bien que la bactérie puisse causer de la diarrhée et d'autres maladies d'origine alimentaire chez l'homme, elle est moins préoccupante pour les producteurs que E. coli et Salmonella, qui ont été responsables de plusieurs épidémies à travers le pays.

Méthodes d'étude

Les chercheurs ont compilé plus de 11 000 ananlyses bactériologiques sur les excréments d'oiseaux sauvages et ont découvert que Campylobacter était détecté dans 8% des prélèvements.

E. coli pathogènes et Salmonella n'ont été retrouvés que dans de très rares cas à moins de 0,5%.

Les chercheurs ont mené environ 1 500 relevés d'oiseaux dans 350 champs de produits frais dans les États de l'Ouest et ont collecté plus de 1 200 prélèvements de matières fécales dans les champs.

Les chercheurs ont modélisé la prévalence des pathogènes dans les matières fécales, les interactions avec les cultures et la probabilité que différentes espèces d'oiseaux défèquent sur les cultures afin de déterminer le risque.

Aux lecteurs du blog

Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ... merci de leur faire part de cette anomalie !

Un cas humain de grippe aviaire détecté au Royaume-Uni

«Un cas humain de grippe aviaire détecté au Royaume-Uni», source UK Health Security Agency du 6 janvier 2022.

L'Agence britannique de sécurité sanitaire a confirmé un cas de grippe aviaire chez une personne dans le sud-ouest de l'Angleterre.

La transmission de la grippe aviaire d'oiseau à l’homme est très rare et ne s'est produite auparavant qu'un petit nombre de fois au Royaume-Uni.

La personne a contracté l'infection à la suite de contacts très étroits et réguliers avec un grand nombre d'oiseaux infectés, qu'elle a gardés dans et autour de sa maison pendant une période prolongée.

Tous les contacts de l'individu, y compris ceux qui ont visité les locaux, ont été retrouvés et il n'y a aucune preuve d'une propagation ultérieure de l'infection à quelqu'un d'autre. L'individu se porte actuellement bien et s'isole.

Le risque pour le grand public de la grippe aviaire reste très faible. Cependant, les personnes ne devraient pas toucher les oiseaux malades ou morts.

La grippe aviaire est un type de grippe qui se propage parmi les oiseaux. Le Royaume-Uni a récemment vu un grand nombre d'épidémies et d'incidents de grippe aviaire chez les oiseaux à travers le pays de la souche H5N1 et l'Animal and Plant Health Agency (APHA) et le vétérinaire en chef du Royaume-Uni ont émis des alertes aux propriétaires d'oiseaux.

Certaines souches de grippe aviaire peuvent se transmettre des oiseaux aux humains, mais cela est extrêmement rare. Cela nécessite généralement un contact étroit avec un oiseau infecté, de sorte que le risque pour l'homme est généralement considéré comme très faible. La transmission interhumaine de la grippe aviaire est très rare.

Le cas a été détecté après que l'APHA a identifié une épidémie de la souche H5N1 d’inflenza aviaire dans son troupeau d'oiseaux. Leur infection a été identifiée grâce à la surveillance de routine qui est effectuée sur toute personne ayant été en contact étroit avec des oiseaux infectés. Les oiseaux infectés ont tous été abattus.

Conformément à l'approche très prudente adoptée par l'UK Health Security Agency (UKHSA) pour identifier et arrêter la transmission de la grippe aviaire, l'UKHSA a écouvillonné cette personne et a détecté de faibles niveaux de grippe. Une analyse plus poussée en laboratoire a révélé que le virus était du type ‘H5’, retrouvé chez les oiseaux.

À ce stade, il n'a pas été possible de confirmer qu'il s'agit d'une infection à H5N1 (la souche qui circule actuellement chez les oiseaux au Royaume-Uni). Sur la base des preuves disponibles, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a été informée.

Il s'agit du premier cas humain de cette souche au Royaume-Uni, bien qu'il y ait eu des cas ailleurs dans le monde.

La professeur Isabel Oliver, directrice scientifique de l'UKHSA, a déclaré: Bien que le risque de grippe aviaire pour le grand public soit très faible, nous savons que certaines souches ont le potentiel de se propager aux humains et c'est pourquoi nous avons mis en place des systèmes robustes pour les détecter tôt et prendre des mesures.

Actuellement, il n'y a aucune preuve que cette souche détectée au Royaume-Uni puisse se propager d'une personne à l'autre, mais nous savons que les virus évoluent tout le temps et nous continuons à surveiller la situation de près. Nous avons suivi tous les contacts de cette personne et n'avons identifié aucune propagation ultérieure.

Il reste essentiel que les personnes ne touchent pas les oiseaux malades ou morts et qu'ils suivent les conseils du ministère de l’agriculture et affaires rurales sur le signalement.

La vétérinaire en chef du Royaume-Uni, Christine Middlemiss, a déclaré :

Bien que l'influenza aviaire soit hautement contagieux chez les oiseaux, il s'agit d'un événement très rare et très spécifique aux circonstances dans ces locaux.

Nous avons pris des mesures rapides pour limiter la propagation de la maladie sur le site en question, tous les oiseaux infectés ont été abattus sans cruauté et le nettoyage et la désinfection des locaux sont en cours. Ceci est un rappel qu'une propreté rigoureuse lors de la garde des animaux est importante.

Nous constatons un nombre croissant de cas chez les oiseaux dans les fermes commerciales et dans les troupeaux de basse-cour à travers le pays. La mise en œuvre de mesures de biosécurité scrupuleuses contribuera à assurer la sécurité sanitaire de vos oiseaux.

L'UKHSA suit toutes les personnes qui ont été en contact avec un cas confirmé de grippe aviaire. Pour les personnes les plus exposées aux risques, nous les contactons quotidiennement pour voir si elles ont développé des symptômes afin que nous puissions prendre les mesures appropriées.

Les personnes se voient également proposer un traitement antiviral après une exposition à des oiseaux infectés. Il s'agit de prévenir le virus de se reproduire dans leur corps s'ils l'ont attrapé et cela devrait les prévenir de se sentir mal. Il aide également à réduire le risque de transmission de l'infection à d'autres.

Nous réalisons des écouvillons également les personnes même si elles ne présentent pas de symptômes, afin d’aider nos programmes de surveillance et de nous assurer d'identifier toute personne infectée afin de prendre des mesures pour contrôler tout risque de transmission.

Merci à Joe Whitworth de Food Safety News d'avoir signalé cette information.

Mise à jour du 14 septembre 2023

Doit-on dire influenza aviaire ou grippe aviaire ? Source Anses.

Quand la maladie se manifeste chez les oiseaux, on parle d’influenza aviaire.

Quand un humain est touché par des virus influenza A d’origine aviaire, on parle alors de grippe aviaire.

Royaume-Uni: Rappel de souris congelées pour reptiles à la suite d'une épidémie de salmonellose humaine

Ce n’est pas la première fois que cela arrive voir 1, 2 et 3, mais voici que «La Food Standards Agency (FSA) donne des instructions supplémentaires aux propriétaires de reptiles à la suite d'une épidémie de salmonellose humaine liée à des souris congelées utilisées pour nourrir des serpents et d'autres animaux et oiseaux.»  

La FSA, ainsi que Food Standards Scotland, le ministère de l'Environnement, de l'Alimentation et des Affaires rurales, l'Agence de la santé animale et végétale et l'Agence britannique de sécurité sanitaire, Public Health Wales et Public Health Scotland conseillent aux détenteurs d'animaux de ne pas nourrir leurs animaux avec des lots spécifiques de souris congelées.

Depuis que l'épidémie a été signalée pour la première fois en 2015, il y a eu près de 900 cas de maladie. Salmonella (qui cause la salmonellose) est une maladie bactérienne courante qui affecte les intestins et peut se transmettre des animaux aux humains ou via la consommation d'aliments contaminés ou l'exposition à des environnements contaminés et provoquer une infection.

Cette épidémie à Salmonella a été liée à des souris congelées spécifiques et, par conséquent, un avis de rappel détaillant les produits concernés a été publié par la FSA. Le rappel n'affecte pas les rats du même fournisseur, mais des enquêtes sont en cours. Si des préoccupations concernant la sécurité des rats sont identifiées, nos conseils seront mis à jour en conséquence.

La FSA demande aux propriétaires de reptiles et aux autres personnes disposant d'un stock de souris congelées affectées de les rapporter au lieu d'achat afin qu'elles puissent être soigneusement éliminées.

Cependant, la FSA et ses partenaires avertissent également les personnes d'être très prudents lorsqu'ils manipulent des rongeurs congelés, y compris des produits et des emballages de souris, et pas seulement les lots identifiés, en raison du risque de Salmonella provenant d'autres lots liés à ce rappel.

Les personnes doivent être extrêmement vigilantes et se laver soigneusement les mains à l'eau et au savon immédiatement après contact, lorsqu'ils manipulent non seulement le produit, mais leurs reptiles et l'équipement et l'environnement associés, en raison du risque de maladie.

D'autres conseils généraux sur la réduction du risque de contracter la salmonelle sont disponibles ici.

Un porte-parole du gouvernement a déclaré: «En septembre de cette année, la FSA a introduit de nouvelles exigences pour les magasins afin qu’ils fournissent un dépliant mettant en garde contre les risques de Salmonella et sur la façon de protéger les clients lors de l'achat et de l'alimentation en souris congelées à leurs reptiles.»

Conseils aux propriétaires de reptiles pour nourrir leurs animaux de compagnie

Les propriétaires de serpents et autres personnes utilisant des souris congelées comme nourriture peuvent avoir des inquiétudes quant au maintien du bien-être de leurs animaux, car le retrait et le rappel du produit entraîneront des pénuries à court terme. Il devrait y avoir suffisamment de souris pour maintenir le bien-être animal de tous les serpents et autres animaux, y compris les oiseaux qui doivent être nourris avec des souris, si les propriétaires adaptent leurs règles d'alimentation actuelles. Des conseils détaillés pour les propriétaires de reptiles seront publiés ici.

Conseils aux parents et tuteurs d'enfants manipulant des reptiles

Les enfants ont été particulièrement touchés, nous exhortons donc les parents et les tuteurs à s'assurer que tout le monde se lave soigneusement les mains avec de l'eau chaude et du savon chaque fois qu'ils manipulent et nourrissent avec des souris congelées leurs animaux de compagnie et leurs reptiles afin de réduire le risque de contracter Salmonella. Le vivarium et les zones où les reptiles peuvent errer pourraient être contaminés par la Salmonella. Une bonne hygiène doit être observée.

Mise à jour du 31 janvier 2022. Une notification par la Lituanie au RASFF de l'UE le 28 janvier 2022 fait état de la préence de Salmonella dans des souris pour nourrir des animaux de companie.

Aux lecteurs du blog

Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut pas payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles.