Escherichia albertii, un agent pathogène d'origine alimentaire émergent et insaisissable

Un article paru et disponible en intégralité dans Microorganisms a pour titre «Occurrence et caractéristiques de Escherichia albertii chez des oiseaux sauvages et des troupeaux de volailles en Suisse».

Résumé

Escherichia albertii, un agent pathogène zoonotique, a été sporadiquement associée à des diarrhées infectieuses chez l'homme. La volaille et les oiseaux sauvages sont considérés comme des réservoirs potentiels. Nous avons évalué la présence de E. albertii dans 280 échantillons fécaux d'oiseaux sauvages (n = 130) et des échantillons fécaux regroupés prélevés au niveau des abattoirs dans des troupeaux de volailles (n = 150) en Suisse. À l'aide d'une PCR spécifique à E. albertii ciblant le gène Eacdt, 23,8% (31/130) des échantillons d'oiseaux sauvages, mais pas des échantillons fécaux de volaille regroupés, ont été testés positifs pour Eacdt. Les échantillons positifs provenaient de 11 espèces d'oiseaux appartenant à huit familles. L'isolement de la souche a été tenté sur les échantillons positifs à la PCR en sous-cultivant les cultures de bouillon sur des boîtes de xylose-MacConkey. L'isolement a été possible sur 12 des 31 échantillons positifs à Eacdt par PCR. Le séquençage du génome entier a révélé que les souches appartenaient à neuf types de séquences distincts, ST13420 et ST5967 étant représentés respectivement par deux et trois isolats. Toutes les souches portaient le gène eae, tandis que deux souches étaient également positives pour stx2f. Notre étude montre ainsi que E. albertii est présent dans la population d'oiseaux sauvages suisses, qui peut potentiellement agir comme une source de cet agent pathogène pour l'homme, les autres animaux et l'environnement.

Discussion

E. albertii se trouve fréquemment chez les oiseaux. Jusqu'à présent, E. albertii a été détecté chez des oiseaux en Écosse, en Amérique du Nord, en Australie, au Japon et en Corée. Il a été isolé de 29 espèces appartenant à 22 familles : Anatidae, Ardeidae, Artamidés, Cacatuidae, Columbidae, Corvidae, Falconidae, Fringillidae, Hirundinidae, Maluridae, Meliphagidae, Motacillidae, Passeridae, Phalacrocoracidae, Phasianidae, Picidae, Procellariidae, Psittacidae, Pycnonotidae, Rallidés, Rhipiduridés et Sturnidés. Dans cette étude, nous avons examiné un total de 280 échantillons fécaux de 26 espèces d'oiseaux pour la présence du gène Eacdt par PCR.

Nous avons pu détecter des E. albertii putatifs chez 11 espèces appartenant à huit familles : Accipitridae, Anatidae, Ciconiidae, Corvidae, Falconidae, Laridae, Phalacrocoracidae et Strigidae. Quatre des onze espèces sont des oiseaux aquatiques. Considérant que E. albertii a été détecté dans des échantillons environnementaux tels que l'eau une transmission par l'eau est envisageable et implique éventuellement d'autres animaux sauvages. La plupart des sept autres espèces, y compris les rapaces et les corvidés, ont en commun d'habiter principalement les terres agricoles et les forêts et de se nourrir d'oiseaux et/ou de petits mammifères. Considérant que les petits mammifères sont souvent porteurs d'agents pathogènes, il ne peut être exclu qu'ils puissent également être un réservoir pour E. albertii. Cependant, les données sur cette hypothèse manquent à ce jour.

Des études antérieures ont révélé une prévalence variable de E. albertii dans la volaille, la viande de volaille et les abats. Dans cette étude, des échantillons fécaux regroupés de 150 troupeaux de poulets de chair représentant plus d'un million d'oiseaux ont été étudiés. Nous n'avons pu détecter E. albertii dans aucun de ces échantillons, démontrant que la volaille n'est pas un réservoir primaire pour E. albertii en Suisse. D'autres investigations devraient se concentrer sur les poules pondeuses, car elles sont plus souvent hébergées à l'extérieur et peuvent donc être infectées par contact avec des oiseaux sauvages.

Plusieurs études ont signalé des difficultés à isoler E. albertii à partir d'échantillons positifs à la PCR. Hinenoya et al. ont rapporté un taux de récupération de 25% dans une étude sur la présence de E. albertii chez les ratons laveurs. De plus, pour les selles d'humains sains, une limite de détection de 10⁵ UFC/g de selles a été rapportée. Dans notre étude, le taux de guérison était de 38,7% (12/31). D'autres espèces telles que Shigella boydii ou Providencia stuartii sont morphologiquement indiscernables de E. albertii sur le milieu sélectif utilisé, compliquant la récupération de E. albertii. Des milieux sélectifs améliorés sont donc nécessaires pour permettre des enquêtes épidémiologiques et cliniques complètes sur E. albertii. Alternativement, puisque nous n'avons considéré que les colonies incolores à gris-blanc comme suspectes, nous aurions peut-être manqué E. albertii fermentant le lactose ou le xylose , respectivement, car celles-ci ne deviendraient pas incolores. Les analyses du génome des 12 isolats récupérés avec succès ont identifié deux clusters de SNP comprenant chacune deux isolats. Un groupe était lié à des corbeaux charognards gardés dans le même centre de sauvetage, suggérant une transmission ou une acquisition récente de la même source, telle qu'une propagation d'animal à animal ou des aliments ou de l'eau contaminés. Le deuxième groupe comprenait des isolats d'une corneille noire sauvage et d'une buse d'un sanctuaire d'oiseaux, indiquant une transmission environnementale ou indiquant une proie colonisée comme source potentielle.

Un biais d'échantillonnage pourrait exister pour les oiseaux sauvages puisque des oiseaux malades, blessés et morts ont été échantillonnés. Cependant, aucun de ces oiseaux n'a montré de signes cliniques d'infection intestinale, suggérant un portage asymptomatique. En conclusion, notre étude révèle que Escherichia albertii est présent dans la population d'oiseaux sauvages suisses, qui peut potentiellement agir comme une source de cet agent pathogène pour l'homme, les autres animaux et l'environnement.

Dans un article paru dans Journal of Food Protection en mars 2022, Escherichia albertii a été détecté dans 1,9% des échantillons d'huîtres du Pacifique et d'huîtres de roche japonaises. Au total, 64 souches de E. albertii ont été isolées de huit échantillons. La plupart des isolats étaient positifs pour eae, un gène de facteur de virulence. Source

Un autre article publié en avril 2022 dans Microorganisms rapporte «Microbiologie et épidémiologie de Escherichia albertii - un agent pathogène d'origine alimentaire émergent et insaisissable». Article disponible en intégralité.

Les données actuelles suggèrent que E. albertii pourrait jouer un rôle plus important dans les cas mondiaux de diarrhée infectieuse qu'on ne le supposait auparavant et est souvent négligé ou mal identifié. Par conséquent, des outils de diagnostic simples et efficaces qui couvrent la biodiversité de E. albertii sont nécessaires pour un isolement et une identification efficaces de cet agent insaisissable de la diarrhée.

NB : La photo illustrant l’article est issue de Microorganisms.