Shigellose : Un vaccin prometteur mis au point chez la souris

Dans la revue, Microbiology Spectrum, des chercheurs décrivent un candidat vaccin sous-unitaire auto-adjuvant qui induit une réponse immunitaire protectrice contre plusieurs sérotypes et espèces de Shigella, que l'hôte ait déjà été exposé à Shigella ou non.

L’article s’intitule, «The L-DBF vaccine cross protects mice against different Shigella serotypes after prior exposure to the pathogen».

Résumé

Le système de sécrétion de type III (T3SS) de Shigella est un système de sécrétion spécialisé qui constitue le principal facteur de virulence qu'il utilise pour infecter la muqueuse colique. Il a été démontré que les protéines IpaB et IpaD de l'appareil de sécrétion de type III (T3SA), ainsi que la fusion génétique, appelée DBF, protègent les souris contre l’infection à Shigella spp. dans un modèle pulmonaire mortel. Dans une étude précédente, nous avons fusionné LTA1, la partie active de la toxine mortelle de Escherichia coli entérotoxinogène au DBF pour produire un candidat vaccin auto-adjuvant L-DBF, qui protège les souris contre quatre sérotypes de Shigella flexneri et Shigella sonnei. Ici, nous avons exposé des souris à une ou deux doses sublétales de S. flexneri 2a pour identifier si la réponse immunitaire induite par le L-DBF chez l'hôte serait affectée par une infection antérieure par des sérotypes homologues ou hétérologues de Shigella.

Nous démontrons que la pré-infection avec deux doses sublétales de S. flexneri 2a n'a pas provoqué de protection croisée contre S. sonnei, contrairement à la vaccination avec L-DBF.

Nos résultats indiquent que le L-DBF est un candidat vaccin réalisable offrant une protection croisée contre les différents sérotypes de Shigella, même après une exposition préalable à l’agent pathogène.

Ce travail fournit une preuve de concept selon laquelle un nouveau vaccin sous-unitaire peut non seulement protéger un hôte naïf contre une provocation par Shigella, mais peut également protéger contre une provocation après une infection antérieure par le même ou différents sérotypes de Shigella.

Importance

La shigellose est endémique dans les régions du monde à revenu faible ou intermédiaire, où les enfants sont particulièrement vulnérables. Dans de nombreux cas, il existe des anticorps préexistants dans la population locale et l’effet d’une exposition antérieure doit être pris en compte lors du développement et des tests de vaccins contre l’infection à Shigella.

Notre étude montre que les réponses immunitaires induites par L-DBF ne sont pas affectées par une exposition antérieure à cet agent pathogène. De plus, des profils de cytokines quelque peu différents ont été observés dans les poumons de souris vaccinées n'ayant pas été exposées à Shigella, ce qui suggère que les réponses immunitaires provoquées par l'infection à Shigella et la vaccination par L-DBF suivent des voies différentes.

Royaume-Uni : Les données sur la présence de Salmonella dans les aliments pour animaux de compagnie continuent d'augmenter

«Les données sur la présence de Salmonella dans les aliments pour animaux de compagnie continuent d'augmenter au Royaume-Uni», source article de Joe Whitworth paru le 11 octobre 2023 dans Food Safety News.

Selon un rapport, les résultats de Salmonella dans les aliments pour animaux à base de viande crue au Royaume-Uni ont de nouveau augmenté.

Le nombre de cas positifs en 2022 a augmenté par rapport à 2021, année où les niveaux les plus élevés jamais enregistrés ont été observés. Cela présente un risque pour les animaux qui mangent des aliments et pour les personnes qui les manipulent et les préparent.

Les données proviennent d'un rapport sur Salmonella chez les espèces animales en Angleterre, au Pays de Galles et en Écosse, dans les aliments pour animaux de compagnie et dans les aliments pour animaux, collecté par l'Animal and Plant Health Agency (APHA) en 2022.

En 2022, 9 225 cas humains à Salmonella ont été signalés à l’UK Health Security Agency (UKHSA), la Public Health Wales et la Public Health Scotland. Il s'agit d'une augmentation de 64% par rapport aux 5 625 cas de 2021 et de 72% de plus que les 5 362 cas de 2020. Le type principal était Salmonella Enteritidis, représentant 25,7% des cas, suivi de Salmonella Typhimurium, Infantis, Newport et Mbandaka.

Données sur les aliments pour animaux de compagnie et les aliments pour animaux

L'année dernière, le nombre de rapports d'isolement de Salmonella provenant de bovins, de moutons, de porcs et de volailles a augmenté de 22,9% par rapport à 2021, passant de 2  09 à 3 451. Par rapport à 2021, il y a eu une baisse du nombre de bovins et d’ovins, compensée par une augmentation du nombre de porcs, de poulets, de dindes et de canards.

Les signalements de Salmonella Mbandaka et de Salmonella Infantis étaient plus du double de ceux de 2021 et Salmonella Enteritidis est passé à 25 isolements contre 11 en 2021. Cependant, Salmonella Newport a diminué de 46,7% par rapport à 2021 et les niveaux de Salmonella Typhimurium étaient similaires à ceux de 2021.

Il y a eu 801 isolements. de Salmonella dans les aliments pour animaux en 2022, contre 835 l’année précédente. Ils comprenaient des aliments composés, des ingrédients alimentaires ou des produits testés en vertu du Règlement sur les sous-produits animaux (ABPR pour Animal By-Products Regulations). Au total, 187 sérotypes réglementés ont été découverts en 2022, contre 124 en 2021. Il s’agissait notamment de Salmonella Infantis et de Salmonella Typhimurium. Il y a eu 406 cas à Salmonella provenant d'aliments pour animaux à base de viande crue, soit plus de 295 rapports en 2021. Au total, 123 isolements de sérotypes réglementés ont été enregistrés en 2022, contre 71 en 2021. Les plus courants étaient Salmonella Indiana, Salmonella Infantis, Salmonella Typhimurium et Salmonella Derby.

«Les aliments pour animaux de compagnie à base de viande crue contaminée, qui ne subissent aucun traitement thermique pour détruire les agents pathogènes, peuvent représenter une source potentielle d'infection à la fois pour les chiens qui les consomment et pour les personnes qui les manipulent, surtout si des mesures d'hygiène insuffisantes sont adoptées», indique le rapport.

Plusieurs souches multirésistantes, notamment à des antimicrobiens d’importance cruciale, ont été détectées chez les chiens, les chats et les aliments crus pour animaux de compagnie. Les résultats sont pertinents en ce qui concerne la transmission potentielle aux humains par les animaux de compagnie et le risque de propagation au bétail britannique.

Salmonella chez les animaux

Les isolements de Salmonella provenant de bovins en 2022 ont diminué, passant de 521 à 430. Comme les années précédentes, Salmonella Dublin est restée la plus courante, avec 265 isolements, suivi de Salmonella Mbandaka et de Salmonella Typhimurium. Les rapports de Salmonella provenant de moutons sont tombés à 94 contre 144 en 2021. Le nombre d'isolements chez le porc était de 214, similaire à 223 en 2021. Salmonella Typhimurium et son variant monophasique ont été responsables de plus de 70% de tous les isolements. Le rapport indique que l’influenza aviaire a provoqué des perturbations importantes dans le secteur de la volaille en 2022, nécessitant des mesures de biosécurité modifiées. En incluant à la fois le programme national de contrôles et des données de surveillance non statutaires, il y a eu 2 404 isolements de Salmonella chez des poulets en 2022. Cela représente une augmentation par rapport aux 1 671 de 2021. Les principaux types étaient Salmonella Montevideo et Salmonella Mbandaka. Il y a eu 23 isolements de Salmonella Enteritidis en 2022 contre neuf en 2021 et 18 de Salmonella Typhimurium contre 15 en 2021.

La prévalence estimée des sérotypes réglementés dans les trois programme nationaux de contrôles des poulets était inférieure aux objectifs de l'UE de 1% pour les reproducteurs et de 2% pour les poules pondeuses. et de 1% pour les poulets de chair, contre 0,26% pour les reproducteurs, 0,27% pour les poules pondeuses et 0,03% pour les poulets de chair.

Salmonella provenant des poulets ont considérablement augmenté entre 2018 et 2020. Cela est principalement dû à davantage de découvertes dans le secteur des poulets de chair et c’est lié à l'interdiction d'utiliser des produits à base de formaldéhyde dans la production d'aliments pour animaux depuis janvier 2018 dans l'UE et au Royaume-Uni, ainsi qu'à l'émergence de souches plus persistantes dans les élevages et les couvoirs, indique le rapport.

Il y a eu 188 isolements chez des dindes en 2022, contre 140 en 2021. Salmonella Anatum était le plus courant, suivie de Salmonella Kedougou. La prévalence dans le programme national de contrôles des sérotypes réglementés était de 0,1% pour les dindes d’engraissement et de zéro pour les reproducteurs. C’est en dessous de l’objectif de l’UE de 1%.

Il y a eu deux isolements de Salmonella provenant de lapins en 2022. Il s'agit du premier résultat positif depuis 2016, selon le rapport. Il y a eu 60 isolements chez des chevaux en 2022, contre 45 en 2021. Salmonella a également été détecté chez des canards, des pigeons, des chats et des reptiles.

A votre avis, quel microbe se cache derrière ce rappel par précaution d'une préparation pour nourrissons ?

Jouons ! Guess the microbe L'edition francaise : https://t.co/iznosDO3Y5

— joewhitworth (@joewhitworth) January 30, 2023

Il s’agit, selon RappelConso, du rappel de Pré-Gallia Bébé Expert.

Produit livré en métropole à des pharmacies en direct, des grossistes en pharmacies, et des hôpitaux Produit également livré via des grossistes et des distributeurs dans les territoires suivants : Mayotte, Réunion, Guadeloupe, Guyane, Polynésie,

Par mesure de précaution et dans l’attente des résultats d’investigations menées par les autorités sanitaires dans 2 établissements de santé à la Réunion et à Mayotte, rappel pour suspicion de contamination bactériologique, il est procédé par mesure de précaution au rappel du lot n°2023.07.13 du lait infantile en poudre Pré-Gallia Bébé Expert.

Vous avez le choix :

- Salmonella

- Cronobacter sakazakii

- Autre

Escherichia albertii, un agent pathogène d'origine alimentaire émergent et insaisissable

Un article paru et disponible en intégralité dans Microorganisms a pour titre «Occurrence et caractéristiques de Escherichia albertii chez des oiseaux sauvages et des troupeaux de volailles en Suisse».

Résumé

Escherichia albertii, un agent pathogène zoonotique, a été sporadiquement associée à des diarrhées infectieuses chez l'homme. La volaille et les oiseaux sauvages sont considérés comme des réservoirs potentiels. Nous avons évalué la présence de E. albertii dans 280 échantillons fécaux d'oiseaux sauvages (n = 130) et des échantillons fécaux regroupés prélevés au niveau des abattoirs dans des troupeaux de volailles (n = 150) en Suisse. À l'aide d'une PCR spécifique à E. albertii ciblant le gène Eacdt, 23,8% (31/130) des échantillons d'oiseaux sauvages, mais pas des échantillons fécaux de volaille regroupés, ont été testés positifs pour Eacdt. Les échantillons positifs provenaient de 11 espèces d'oiseaux appartenant à huit familles. L'isolement de la souche a été tenté sur les échantillons positifs à la PCR en sous-cultivant les cultures de bouillon sur des boîtes de xylose-MacConkey. L'isolement a été possible sur 12 des 31 échantillons positifs à Eacdt par PCR. Le séquençage du génome entier a révélé que les souches appartenaient à neuf types de séquences distincts, ST13420 et ST5967 étant représentés respectivement par deux et trois isolats. Toutes les souches portaient le gène eae, tandis que deux souches étaient également positives pour stx2f. Notre étude montre ainsi que E. albertii est présent dans la population d'oiseaux sauvages suisses, qui peut potentiellement agir comme une source de cet agent pathogène pour l'homme, les autres animaux et l'environnement.

Discussion

E. albertii se trouve fréquemment chez les oiseaux. Jusqu'à présent, E. albertii a été détecté chez des oiseaux en Écosse, en Amérique du Nord, en Australie, au Japon et en Corée. Il a été isolé de 29 espèces appartenant à 22 familles : Anatidae, Ardeidae, Artamidés, Cacatuidae, Columbidae, Corvidae, Falconidae, Fringillidae, Hirundinidae, Maluridae, Meliphagidae, Motacillidae, Passeridae, Phalacrocoracidae, Phasianidae, Picidae, Procellariidae, Psittacidae, Pycnonotidae, Rallidés, Rhipiduridés et Sturnidés. Dans cette étude, nous avons examiné un total de 280 échantillons fécaux de 26 espèces d'oiseaux pour la présence du gène Eacdt par PCR.

Nous avons pu détecter des E. albertii putatifs chez 11 espèces appartenant à huit familles : Accipitridae, Anatidae, Ciconiidae, Corvidae, Falconidae, Laridae, Phalacrocoracidae et Strigidae. Quatre des onze espèces sont des oiseaux aquatiques. Considérant que E. albertii a été détecté dans des échantillons environnementaux tels que l'eau une transmission par l'eau est envisageable et implique éventuellement d'autres animaux sauvages. La plupart des sept autres espèces, y compris les rapaces et les corvidés, ont en commun d'habiter principalement les terres agricoles et les forêts et de se nourrir d'oiseaux et/ou de petits mammifères. Considérant que les petits mammifères sont souvent porteurs d'agents pathogènes, il ne peut être exclu qu'ils puissent également être un réservoir pour E. albertii. Cependant, les données sur cette hypothèse manquent à ce jour.

Des études antérieures ont révélé une prévalence variable de E. albertii dans la volaille, la viande de volaille et les abats. Dans cette étude, des échantillons fécaux regroupés de 150 troupeaux de poulets de chair représentant plus d'un million d'oiseaux ont été étudiés. Nous n'avons pu détecter E. albertii dans aucun de ces échantillons, démontrant que la volaille n'est pas un réservoir primaire pour E. albertii en Suisse. D'autres investigations devraient se concentrer sur les poules pondeuses, car elles sont plus souvent hébergées à l'extérieur et peuvent donc être infectées par contact avec des oiseaux sauvages.

Plusieurs études ont signalé des difficultés à isoler E. albertii à partir d'échantillons positifs à la PCR. Hinenoya et al. ont rapporté un taux de récupération de 25% dans une étude sur la présence de E. albertii chez les ratons laveurs. De plus, pour les selles d'humains sains, une limite de détection de 10⁵ UFC/g de selles a été rapportée. Dans notre étude, le taux de guérison était de 38,7% (12/31). D'autres espèces telles que Shigella boydii ou Providencia stuartii sont morphologiquement indiscernables de E. albertii sur le milieu sélectif utilisé, compliquant la récupération de E. albertii. Des milieux sélectifs améliorés sont donc nécessaires pour permettre des enquêtes épidémiologiques et cliniques complètes sur E. albertii. Alternativement, puisque nous n'avons considéré que les colonies incolores à gris-blanc comme suspectes, nous aurions peut-être manqué E. albertii fermentant le lactose ou le xylose , respectivement, car celles-ci ne deviendraient pas incolores. Les analyses du génome des 12 isolats récupérés avec succès ont identifié deux clusters de SNP comprenant chacune deux isolats. Un groupe était lié à des corbeaux charognards gardés dans le même centre de sauvetage, suggérant une transmission ou une acquisition récente de la même source, telle qu'une propagation d'animal à animal ou des aliments ou de l'eau contaminés. Le deuxième groupe comprenait des isolats d'une corneille noire sauvage et d'une buse d'un sanctuaire d'oiseaux, indiquant une transmission environnementale ou indiquant une proie colonisée comme source potentielle.

Un biais d'échantillonnage pourrait exister pour les oiseaux sauvages puisque des oiseaux malades, blessés et morts ont été échantillonnés. Cependant, aucun de ces oiseaux n'a montré de signes cliniques d'infection intestinale, suggérant un portage asymptomatique. En conclusion, notre étude révèle que Escherichia albertii est présent dans la population d'oiseaux sauvages suisses, qui peut potentiellement agir comme une source de cet agent pathogène pour l'homme, les autres animaux et l'environnement.

Dans un article paru dans Journal of Food Protection en mars 2022, Escherichia albertii a été détecté dans 1,9% des échantillons d'huîtres du Pacifique et d'huîtres de roche japonaises. Au total, 64 souches de E. albertii ont été isolées de huit échantillons. La plupart des isolats étaient positifs pour eae, un gène de facteur de virulence. Source

Un autre article publié en avril 2022 dans Microorganisms rapporte «Microbiologie et épidémiologie de Escherichia albertii - un agent pathogène d'origine alimentaire émergent et insaisissable». Article disponible en intégralité.

Les données actuelles suggèrent que E. albertii pourrait jouer un rôle plus important dans les cas mondiaux de diarrhée infectieuse qu'on ne le supposait auparavant et est souvent négligé ou mal identifié. Par conséquent, des outils de diagnostic simples et efficaces qui couvrent la biodiversité de E. albertii sont nécessaires pour un isolement et une identification efficaces de cet agent insaisissable de la diarrhée.

NB : La photo illustrant l’article est issue de Microorganisms.

A propos du risque Arcobacter pour la santé et la sécurité des aliments

Évolution et émergence des Arcobacter Source.

«Des scientifiques élargissent les connaissances sur le risque Arcobacter pour la santé», source Food Safety News, complété par mes soins -aa.

Une étude a ajouté à des preuves à la détection d'Arcobacter dans des produits alimentaires, mais la signification des résultats n'est toujours pas claire.

Plusieurs espèces d'Arcobacter sont considérées comme des agents pathogènes émergents d'origine alimentaire et peuvent provoquer des maladies gastro-intestinales. Le suivi de la source d'infection et des voies de transmission d'Arcobacter est une étape vers l'évaluation du risque lié à ces agents pathogènes.

La consommation d'eau potable contaminée ou d'aliments insuffisamment cuits et crus semble être la principale source de transmission d'Arcobacter, selon l'étude publiée dans International Journal of Food Microbiology, «Genetic characterization and biofilm formation of potentially pathogenic foodborne Arcobacter isolates». L’article est disponible en intégralité.

La dose infectieuse, ou la quantité nécessaire pour rendre des personnes malades, n'est pas claire et l'incidence semble être faible, peut-être parce que les événements ne sont pas systématiquement étudiés. Des études sur l'agent pathogène sont en cours depuis au moins 20 ans.

Au total, 220 échantillons ont été analysés et Arcobacter a été détecté dans 49 d'entre eux. Le type le plus abondant était Arcobacter butzleri, qui est le plus souvent associé à des maladies humaines, mais d'autres espèces ont été trouvées, comme Arcobacter cryaerophilus.

Des échantillons comprenant des coques, du calmar, de crevette, de la viande de dinde, de caille et de lapin, du fromage frais, des épinards, de la bette, de la laitue et des carottes ont été achetés dans différents magasins de détail et supermarchés à Vitoria-Gasteiz, en Espagne, de mai à novembre 2015.

Fruits de mer et carottes

Arcobacter a été principalement détecté dans les produits de la mer et la viande de dinde. Les aliments d'origine animale et végétale ont montré des niveaux de contamination plus faibles.

Irati Martinez-Malaxetxebarria, chercheuse à l'Université du Pays basque, a dit que la bactérie possédait des gènes qui pourraient lui donner la capacité de provoquer des infections chez l'homme.

«Toutes les laitues analysées positives étaient pré-emballées. Ça fait un peu réfléchir, car souvent quand on achète des aliments transformés on ne fait pas attention à leur degré de propreté. Nous avons également détecté une espèce dans des carottes qui n'avait jamais été caractérisée auparavant et qui possède également des gènes de virulence», a-t-elle dit.

Les bébés calmars étaient une source majeure d'Arcobacter, donc manger ces produits crus pourrait être une source importante d'infection, ont dit les chercheurs.

Il a également été retrouvé dans un morceau de fromage frais, mais les scientifiques ont déclaré que cela était probablement dû à une contamination croisée.

Martinez a déclaré que c'était la première fois que la présence d'espèces d'Arcobacter dans du fromage frais de Burgos et des carottes était signalée.

«Nous avons également noté les fruits de mer, en particulier les calmars, comme une source importante d'Arcobacter adhérent. Ces résultats doivent être pris en considération pour leurs implications possibles sur la sécurité des aliments, car le fromage de Burgos est un produit prêt à consommer, et les carottes et les fruits de mer ne sont souvent consommés que légèrement cuits ou crus», a-t-elle dit.

De futures études sur la survie et la croissance d'Arcobacter sur les produits, en particulier ceux prêts à consommer, pourraient aider à évaluer les implications des résultats pour la sécurité des aliments.

Ces résultats mettent en évidence le rôle que peuvent avoir les produits alimentaires dans la transmission d'Arcobacter, le potentiel pathogène des différentes espèces, et la capacité de survie et de croissance de plusieurs d'entre elles sur différentes surfaces en contact avec les aliments. Tous les isolats sauf un portaient des gènes de la virulence et 19 isolats étaient capables de former des biofilms sur les différentes surfaces testées (polystyrène, verre borosilicaté et acier inoxydable) et indiquent une activité accrue du biofilm sur le borosilicate, ce qui laisse supposer que les surfaces en verre favorisent la survie et la contamination croisée des Arcobacter spp.

Enfin, les nouveles séquences types (ST) d'A. butzleri ST-517, ST-513 et ST-512 ont été détectés dans plusieurs isolats dérivés de fruits de mer et, dans notre échantillon, une association statistiquement significative entre ces ST et l'origine des isolats a été identifiée. D'autres études MLST permettraient de déterminer si ces ST peuvent être proposés comme marqueurs génétiques associés à l'hôte.

Complément

Un article de Renaud Lailler d’août 2021 publié sur de la plate-forme de surveillance de la chaîne alimentaire faisait le point sur Les arcobacters.

Les Arcobacter sont des bactéries potentiellement pathogènes pour l’Homme, selon les gènes de virulence qu’elles détiennent dans leur génome. La description de situations de contamination humaine d’origine alimentaire par les Arcobacter s’amplifie ces dernières années. Nous faisons ici le point sur ce genre bactérien, son éventuelle émergence et les facteurs de risques associés.

Les Arcobacter, des bactéries proches des Campylobacter, potentiellement pathogènes.

Aux lecteurs du blog

La revue PROCESS Alimentaire censure pour une triste question d’argent les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors que la revue a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. La revue PROCESS Alimentaire a fermé le blog et refuse tout assouplissement. Derrière cette revue, il faut que vous le sachiez, il y a une direction aux éditions du Boisbaudry, pleine de mépris, et un rédacteur en chef complice !

Quand des médias propagent une rumeur, présence de Listeria monocytogenes ne signifie pas listériose !

C'est un consternation, je ne sais pas ce qu’a fait le groupe Lactalis pour mériter cela ! Il y a eu dans RappelConso, environ 402 rappels ayant pour cause Listeria monocytogenes du 1er avril 2021 au 1er avril 2022.

Personne n’a en parlé, on peut même dire que tout le monde s’en fout, y compris la presse bien intentionnée !

Mais voici que voilà, tout récemment, le 5 avril 202, le groupe Lactalis via la société Graindorge rappelle six fromages pour cause de présence de Listeria monocytogenes.

Et depuis, il y a chez certains médias, et plus inquiétant certains média de santé, une espèce d’hallali à confondre la bactérie, un pathogène alimentaire, et une maladie d’origine alimentaire la listériose, étonnant, non ?

Vous trouverez en fin d’article quelques cature d’écran significative, c’est dire où se situe le niveau scientifique de ces médias …

Le 9 novembre 2020, j’écrivais un article Listeria ou listériose ?

«En espérant que ce fromage rappelé n'entraîne pas d'infection à Listeria ou listériose, pour l'instant, il est seulement rappelé en raison d'une contamination par Listeria ...n'allons pas trop vite en besogne ... et ne confondons pas la nature du problème et sa conséquence ...»

Dans un article du 7 août 2009, «Listeria ou listériose?» (article bloqué par la revue PROCESS alimentaire, voir la note ci-dessous 'Aux lecteurs du blog') déjà, je rapportais les faits suivants:

Listeria ou listériose ? Telle est la question ? De temps à autre, quelques informations diffusées ça et là ne sont pas comme l’on dit vérifiées.

Ainsi, en mars 1999, un communiqué signé par trois ministères avait pour titre sur une page Internet, «Communiqué: camemberts Lepetit : nouveau cas de listériose».

Qu’un fromage puisse éventuellement contenir des Listeria est du domaine du possible, l’histoire a par ailleurs montrait dans ce cas précis qu’il n’y en avait pas, les autorités belges utilisaient une méthode de détection qui ne marchait pas sur les fromages au lait cru et qui pouvait donner lieu à des faux positifs, mais de là à entraîner ‘par avance’ une listériose, la maladie infectieuse, il y a une étape d’incubation qui est vite franchie. Les amalgames ont parfois la vie dure !

Eh oui, de façon infondée, les ragots, les rumeurs, les amalgames ont la vie dure puisque cela ressort en ce moment … et cela fait 13 ans que ça dure !

La palme revient à ce magazine de la santé sur France 5, le titre à lui seul est tout un programme de science fiction, vidéo à retrouver sur ce lien.

Rien de tel qu'un bon amalgame, mais où sont les intoxications liées au fromages ?

La cause ici est entendue, rappel des fromages pour cause de listériose. Listériose au lieu de Listeria, mais pourquoi se gêner ? Source La France Agricole.

Aux lecteurs du blog

Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

Clostridium perfringens: un pathogène comme indicateur de la qualité de l’eau

La Division de la sécurité alimentaire a émis une nouvelle fiche technique concernant Clostridium perfringens: un pathogène comme indicateur de la qualité de l’eau. Extraits.

La fiche technique présente la bactérie Clostridium perfringens et les dangers liés à son infection. Elle explique de plus, comment des bactéries anaérobies sulfito-réductrices qui incluent les C. Perfringens sont utilisés comme indicateurs de la qualité d'eau.

Indicateur de la qualité de l’eau

Clostridium perfringens

C. perfringens est un des indicateurs microbiologiques utilisés pour évaluer la qualité des eaux destinées à la consommation humaine. Ils sont utilisés comme des témoins très sensibles de pollution fécale car leur forme spore, beaucoup plus résistante que les formes végétatives des coliformes thermo-tolérantes ou entérocoques, permettrait de déceler une pollution fécale ancienne ou intermittente. De ce fait C. perfringens est utilisé en vue de démontrer l’efficacité d’un traitement de potabilisation. Les origines de C. perfringens dans l’eau sont multiples. Les eaux de surfaces peuvent être contaminés par des matières fertilisantes, les boues de stations d’épuration, des effluents d’élevage, …

Bactéries anaérobies sulfito-réductrices et leurs spores

La recherche de bactéries anaérobies sulfito-réductrices et de leurs spores (ASR) dans les eaux poursuit plusieurs objectifs :

- Les ASR réduisent le sulfite en sulfure produisant ainsi du sulfure d'hydrogène. Ceci peut par conséquent altérer le goût et l’odeur de l’eau.

- Leur présence dans l’eau peut corroder les tuyaux et conduits et entraîner des risques accrus pour la santé ;

- Indicateur de la présence de microorganismes pathogènes;

- L’absence d’ASR d’une nappe souterraine ou alluviale donne un retour quant à l'efficacité de la filtration naturelle ;

Les spores d’ASR constituent donc un indicateur d’efficacité des traitements de rétention dont la filtration sur sable dans une station de traitement. Il est particulièrement important de prêter attention à ce paramètre pour les eaux superficielles.

Analyses de la qualité de l’eau

La Directive 2020/2184 du Parlement européen et du Conseil du 16 décembre 2020 relative à la qualité des eaux destinées à la consommation humaine préconise la recherche de C. perfringens y compris les spores (valeur paramétrique 0 nombre/100 ml). Avec la recherche des ASR qui incluent les C. perfringens, un défaut de filtration sera plus sûrement détecté. En outre, comme dans une eau normalement aérée les formes végétatives sont incapables de survivre, il y a avantage à lever la dormance des spores d’ASR pour les dénombrer et à éliminer la flore végétative interférente par «pasteurisation».

La Directive (UE) 2020/2184 ne s'applique pas aux eaux minérales naturelles et les eaux qui constituent des médicaments, étant donné que ces eaux relèvent, respectivement, des directives 2009/54/CE et 2001/83/CE du Parlement européen et du Conseil.

Notons que la Directive 2009/54/CE du Parlement européen et du Conseil du 18 juin 2009 relative à l’exploitation et à la mise dans le commerce des eaux minérales naturelles reste muette par rapport à C. perfringens. Ceci s’explique sans doute par le fait que l’eau minérale est pompée d’une grande profondeur par rapport à l’eau de surface (eau potable) et qu’une contamination par des matières fécales peut être exclue.

Aux lecteurs du blog

Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut pas payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles.

Le SRAS-CoV-2 est passé de la chauve-souris à l'homme sans grand changement

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Selon un article paru dans PLOS Biology, La sélection naturelle dans l'évolution du SRAS-CoV-2 chez les chauves-souris a créé un virus généraliste et un agent pathogène humain hautement capable. Source EurekAlert!

Dans quelle mesure le SRAS-CoV-2 a-t-il dû changer pour s'adapter à son nouvel hôte humain? Dans un recherche publiée dans la revue en libre accès PLOS Biology Oscar MacLean, Spyros Lytras de l'Université de Glasgow et ses collègues montrent que depuis décembre 2019 et pendant les 11 premiers mois de la pandémie de SRAS-CoV-2, il y a eu très peu changements génétiques «importants» observé dans les centaines de milliers de génomes viraux séquencés.

L'étude est une collaboration entre des chercheurs du Royaume-Uni, des États-Unis et de Belgique. Les auteurs principaux, le professeur David L. Robertson (au MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research, Écosse) et le professeur Sergei Pond (à l'Institute for Genomics and Evolutionary Medicine, Temple University, Philadelphie) ont pu mettre à profit leur expérience de l'analyse des données du VIH et d'autres virus jusqu'au SRAS-CoV-2. Le cadre analytique de pointe de Pond, HyPhy, a joué un rôle déterminant dans la découverte des signatures de l'évolution intégrées dans les génomes du virus et repose sur des décennies de connaissances théoriques sur les processus évolutifs moléculaires.

Le premier auteur, le Dr Oscar MacLean, explique: «Cela ne signifie pas qu'aucun changement ne s'est produit, des mutations sans importance évolutive s'accumulent et «surfent» le long des millions d'événements de transmission, comme elles le font dans tous les virus.» Des changements peuvent avoir un effet, par exemple, le remplacement de Spike D614G qui s'est avéré améliorer la transmissibilité et certaines autres modifications de la biologie virale dispersées sur son génome. Dans l'ensemble, cependant, les processus évolutifs «neutres» ont dominé. MacLean ajoute: «Cette stase peut être attribuée à la nature hautement sensible de la population humaine à ce nouveau pathogène, avec une pression limitée de l'immunité de la population et un manque de confinement, conduisant à une croissance exponentielle faisant de presque tous les virus un gagnant.»

Pond commente: «Ce qui a été si surprenant, c'est à quel point le SRAS-CoV-2 a été transmissible depuis le début. Habituellement, les virus qui sautent vers une nouvelle espèce hôte mettent un certain temps à s'adapter pour être aussi capables que le SRAS-CoV-2 de se propager, et la plupart ils ne parviennent jamais au-delà de ce stade, ce qui entraîne des débordements sans issue ou des épidémies localisées.»

En étudiant les processus de mutation du SRAS-CoV-2 et des sarbécovirus apparentés (le groupe de virus SARS-CoV-2 appartient aux chauves-souris et pangolins), les auteurs ont trouvé des preuves d'un changement assez significatif, mais tout avant l'émergence du SRAS-CoV- 2 chez l'homme. Cela signifie que la nature «généraliste» de nombreux coronavirus et leur facilité apparente à sauter entre les hôtes, imprégnaient le SRAS-CoV-2 d'une capacité toute faite à infecter les humains et d'autres mammifères, mais ces propriétés ont probablement évolué chez les chauves-souris avant le débordement chez l'homme.

Spyros Lytras, premier auteur et étudiant en doctorat, ajoute: «Fait intéressant, l'un des virus de chauve-souris les plus proches, RmYN02, a une structure génomique intrigante composée à la fois de segments de type SRAS-CoV-2 et de virus de chauve-souris. Son matériel génétique contient les deux signatures de composition distinctes (associées à l'action de l'immunité antivirale de l'hôte), soutenant ce changement de rythme d'évolution, se sont produites chez les chauves-souris sans avoir besoin d'une espèce animale intermédiaire.»

Robertson commente, «la raison du 'changement de vitesse' du SRAS-CoV-2 en termes de son taux d'évolution accru à la fin de 2020, associé à des lignées plus fortement mutées, est que le profil immunologique de la population humaine a changé.» Le virus vers la fin de 2020 entrait de plus en plus en contact avec l'immunité existante de l'hôte, car le nombre de personnes précédemment infectées est maintenant élevé. Cela sélectionnera des variants qui peuvent esquiver une partie de la réponse de l'hôte. Associées à l'évasion de l'immunité dans les infections à long terme dans les cas chroniques (par exemple, chez les patients immunodéprimés), ces nouvelles pressions sélectives augmentent le nombre de mutants viraux importants.

Il est important de comprendre que le SRAS-CoV-2 reste un virus aigu, éliminé par la réponse immunitaire dans la grande majorité des infections. Cependant, il s'éloigne maintenant plus rapidement du variant de janvier 2020 utilisé dans tous les vaccins actuels pour augmenter l'immunité protectrice. Les vaccins actuels continueront de fonctionner contre la plupart des variants en circulation, mais plus le temps passera et plus l'écart entre le nombre de personnes vaccinées et non vaccinées sera grand, plus il y aura d'opportunités pour échapper au vaccin. Robertson ajoute: «La première course a été de développer un vaccin. La course est maintenant de faire vacciner la population mondiale le plus rapidement possible.»

Une analyse par intelligence artificielle de la façon dont l'attaque des bactéries pourrait aider à prédire les résultats de l'infection

«Une analyse par intelligence artificielle de la façon dont l'attaque des bactéries pourrait aider à prédire les résultats de l'infection», source Imperial College London.

Des informations sur la façon dont les protéines bactériennes fonctionnent en tant que réseau pour prendre le contrôle de nos cellules pourraient aider à prédire les résultats de l'infection et à développer de nouveaux traitements.

Tout comme un pirate informatique prend le contrôle du logiciel d'une entreprise pour provoquer le chaos, des bactéries pathogènes, telles que E. coli et Salmonella, utilisent des seringues moléculaires miniatures pour injecter leurs propres agents induisant le chaos (appelés effecteurs) dans les cellules qui gardent notre intestin en bonne santé.

Ces effecteurs prennent le contrôle de nos cellules, écrasant leurs défenses et bloquant les principales réponses immunitaires, permettant à l'infection de s'installer.

Auparavant, des études ont étudié des effecteurs uniques. Désormais, une équipe dirigée par des scientifiques de l'Imperial College de Londres et de l'Institute of Cancer Research de Londres, et comprenant des chercheurs du Royaume-Uni, d'Espagne et d'Israël, a étudié des ensembles entiers d'effecteurs dans différentes combinaisons.

L'étude, publiée dans Science, a examiné les données d'expériences sur des souris infectées par la version murine de E. coli, appelée Citrobacter rodentium, qui injecte 31 effecteurs.

Les résultats montrent comment les effecteurs fonctionnent ensemble en tant que réseau, leur permettant de coloniser leurs hôtes même si certains effecteurs sont supprimés. L’enquête a également révélé comment le système immunitaire de l’hôte peut contourner les obstacles créés par les effecteurs, déclenchant des réponses immunitaires complémentaires.

Force et flexibilité inhérentes

Les chercheurs suggèrent que savoir comment la composition des réseaux effecteurs influence la capacité des infections à s'installer pourrait aider à concevoir des interventions qui perturbent leurs effets.

Le professeur Gad Frankel, responsable de l'étude, du Département des sciences de la vie de l'Impériale, a dit: «Les données représentent une percée dans notre compréhension des mécanismes des infections bactériennes et des réponses de l'hôte. Nos résultats montrent que les effecteurs injectés ne fonctionnent pas individuellement, mais en tant que pack.»

«Nous avons constaté qu'il existe une force et une flexibilité inhérentes au réseau, ce qui garantit que si un ou plusieurs composants ne fonctionnent pas, l'infection peut continuer. Surtout, ces travaux ont également révélé que nos cellules ont un pare-feu intégré, ce qui signifie que nous pouvons faire face aux réseaux corrompus du pirate informatique et mettre en place des réponses immunitaires efficaces qui peuvent éliminer l'infection.»

Le professeur Jyoti Choudhary, co-directeur de l'étude, du Functional Proteomics Lab de l'Institute of Cancer Research de Londres, a dit: «Notre étude montre que nous pouvons prédire comment une cellule réagira lorsqu'elle sera attaquée par différentes combinaisons de protéines effectrices bactériennes. La recherche nous aidera à mieux comprendre comment les cellules, le système immunitaire et les bactéries interagissent, et nous pouvons appliquer ces connaissances à des maladies comme le cancer et les maladies inflammatoires de l'intestin où les bactéries dans l'intestin jouent un rôle important.»

«Nous espérons, grâce à une étude plus approfondie, tirer parti de ces connaissances et déterminer exactement comment ces protéines effectrices fonctionnent et comment elles fonctionnent ensemble pour perturber les cellules hôtes. À l'avenir, cette meilleure compréhension pourrait conduire au développement de nouveaux traitements.»

Prédire l'issue de l'infection

Au cours de leurs expériences, l'équipe a pu éliminer différents effecteurs lors de l'infection de souris avec le pathogène, en suivant le succès de chaque infection. Cela a montré que le réseau effecteur produit par le pathogène pouvait être réduit jusqu'à 60 pour cent tout en produisant une infection réussie.

L'équipe a collecté des données sur plus de 100 combinaisons synthétiques différentes des 31 effecteurs, que le professeur Alfonso Rodríguez-Patón et Elena Núñez-Berrueco de l'Universidad Politécnica de Madrid ont utilisé pour construire un algorithme d'intelligence artificielle (IA).

Le modèle d'IA a pu prédire les résultats de l'infection par Citrobacter rodentium exprimant différents réseaux effecteurs, qui ont été testés avec des expériences sur des souris. Comme il est impossible de tester en laboratoire tous les réseaux possibles que 31 effecteurs peuvent former, l'utilisation d'un modèle d'IA est la seule approche pratique pour étudier des systèmes biologiques de cette complexité.

Le co-premier auteur, le Dr David Ruano-Gallego, du Département des sciences de la vie de l'Impérial College London, a dit «L'IA nous permet de nous concentrer sur la création des combinaisons d'effecteurs les plus pertinentes et d'apprendre d'elles comment les bactéries sont contrées par notre système immunitaire. Ces combinaisons ne seraient pas évidentes à partir de nos seuls résultats expérimentaux, ouvrant la possibilité d'utiliser l'IA pour prédire les résultats de l'infection.»

La co-première auteure, le Dr Julia Sánchez-Garrido, du Département des sciences de la vie de l'Imperial College London, a ajouté: «Nos résultats signifient également qu'à l'avenir, en utilisant l'IA et la biologie synthétique, nous devrions être en mesure de déterminer quelles fonctions cellulaires sont essentielles pendant l'infection, ce qui nous permet de trouver des moyens de lutter contre l'infection non pas en tuant le pathogène avec des antibiotiques, mais en modifiant et en améliorant nos réponses de défense naturelles à l'infection.»

Ce projet a été soutenu par le Wellcome Trust.

Ces microbes qui vont du laboratoire de microbiologie clinique et dans votre liste de courses

'Quorn'-don bleu fabriqué avec des mycoprotéines au lieu de poulet, avec le champignon Fusarium culitivé sur une gélose dextrose à la pomme de terre dans l'encart. Source: Wikimedia Commons.

«Ces microbes qui vont du laboratoire de microbiologie clinique et dans votre liste de courses», source ASM News.

Les humains et les micro-organismes existent dans un équilibre mutuel depuis des millions d'années. Alors que certains micro-organismes peuvent provoquer des maladies s'ils en ont l'occasion, ces mêmes microbes remplissent de nombreuses autres fonctions importantes, y compris le développement de produits alimentaires. Ce qui pourrait causer une maladie chez une personne pourrait être une option alimentaire durable pour une autre.

Fusarium: cause de la fusariose et substitut de viande riche en protéines

Il existe plus de 50 espèces connues de Fusarium, un champignon qui cause fréquemment des maladies chez les plantes, telles que la fusariose du collet et la fusariose de l'épi. Bien que toutes les espèces de Fusarium ne soient pas pathogènes, certaines espèces peuvent provoquer des maladies chez des patients immunodéprimés, et ces infections vont des infections cutanées superficielles aux maladies systémiques disséminées. Les infections documentées comprennent la kératite chez les porteurs de lentilles de contact, les infections des voies respiratoires supérieures et inférieures et les infections de la peau et des articulations. L'acquisition du champignon se produit généralement à la suite d'une exposition environnementale aux sols, aux systèmes hydriques ou aux spores transportées dans l'air.

Plusieurs types d'échantillons sont acceptables pour le diagnostic de la fusariose. Une maladie respiratoire peut être diagnostiquée par l'analyse d'échantillons de lavage broncho-alvéolaire ou par la biopsie d'échantillons de poumon ou de sinus. Le prélèvement d’une biopsie cutanée et de sang pour culture peut aider à diagnostiquer une maladie disséminée, en particulier parce que les hémocultures sont souvent positives chez les patients atteints de fusariose en raison de la capacité du champignon à produire des structures de type levure-like qui favorisent la dissémination et la croissance dans le sang. Alors que l'hémoculture est insensible à la plupart des moisissures, Fusarium est une exception car il peut facilement se propager dans le sang.

Alors que 12 espèces de Fusarium ont été impliquées dans certaines maladies très graves et potentiellement mortelles, la moisissure environnementale n'est pas une mauvaise nouvelle. Le développement de mycoprotéines, créées en permettant à Fusarium venenatum de fermenter des glucides, a commencé il y a des décennies au Royaume-Uni à la suite d'une recherche systématique d'un organisme capable de transformer l'amidon en protéine comestible. Après que les scientifiques ont collecté et analysé plus de 3 000 organismes du sol du monde entier, F. venenatum est devenu une source durable de protéines. En 1983, l'Administration britannique de l'agriculture, des pêches et de l'alimentation a approuvé l'utilisation de mycoprotéines dans les aliments. Le produit commercial qui en résulte, Quorn, est actuellement vendu dans 16 pays, dont les États-Unis, comme substitut de viande.

La mycoprotéine est maintenant produite à l'échelle industrielle en cultivant Fusarium venenatum dans des grands tanks de fermentation. Les tanks contiennent des produits qui favorisent la croissance fongique, tels que de l'oxygène et du glucose. Compte tenu de l'équilibre approprié du pH et des nutriments, la biomasse du champignon double toutes les 2 heures. Bien que la mycoprotéine ait démontré des effets positifs sur le cholestérol et la glycémie, elle est coûteuse et l'impact environnemental est plus élevé que les autres substituts de viande, toutes choses que l'on pourrait considérer avant de passer à un produit à base de mycoprotéine. Surtout, Fusarium venenatum n'est pas considéré comme un pathogène humain. À l'exception de quelques études de cas qui ont signalé des réactions allergiques dues à des mycotoxines produites en quantités infimes par le champignon, le produit est généralement considéré comme sûr à consommer.

Pour ceux qui choisissent de passer aux champignons, la sélection de délicieuses friandises sans viande semble être infinie, avec des options pour chaque palette. Les choix incluent des nuggets sans viande, des bâtonnets sans poisson, des motifs sans viande (ressemblant à de la viande hachée bovine), des galettes du petit-déjeuner, du rôti de dinde et des steaks.

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