mercredi 10 novembre 2021

Température chez l'homme et comportement des pathogènes lors d'une infection

«Un changement de la température du corps humain (37°C) reprogramme rapidement de multiples réponses adaptatives chez Escherichia coli qui faciliteraient la survie et la colonisation de la niche», source Journal of Bacteriology. L’article est est dispobible en accès libre.

Résumé

L'un des premiers signaux environnementaux détectés par un microbe lorsqu'il pénètre dans un hôte humain est une augmentation de la température de 37°C. Dans cette analyse dynamique du temps, nous démontrons que cette transition environnementale signale rapidement une multitude de changements d'expression génique chez Escherichia coli. Des bactéries cultivées à 23°C dans des conditions aérobies ont été déplacées à 37°C, et l'expression de l'ARNm a été mesurée à des moments après le passage à 37°C (t = 0,5, 1 et 4 h). La première heure est caractérisée par un passage transitoire aux stratégies de respiration anaérobie et aux réponses au stress, en particulier la résistance aux acides, indiquant que la température sert de signal sentinelle pour prédire et se préparer à diverses niches au sein de l'hôte. Il a été démontré que les effets de la température sur un sous-ensemble de gènes de réponse au stress étaient médiés par RpoS et directement corrélés avec les niveaux de RpoS, DsrA et RprA, et une résistance accrue aux acides a été observée, qui dépendait de la croissance à 23°C et du RpoS. En 4h, l'expression des gènes s'est déplacée vers les voies de respiration aérobie et les réponses au stress ont diminué, associées à une augmentation des gènes associés à la biosynthèse (acides aminés et nucléotides), à l'absorption du fer et à la défense de l'hôte. ompT, un gène qui confère une résistance aux peptides antimicrobiens, était hautement thermorégulé, avec un motif conservé dans les souches de E. coli entéropathogènes et uropathogènes. Une diminution immédiate de l'expression du gène curli concomitante à une augmentation de l'expression du gène flagellaire implique la température dans cette décision de développement. Ensemble, nos études démontrent que la température signale une reprogrammation de l'expression génique immédiatement après une augmentation qui peut prédire, préparer et favoriser la survie de la bactérie au sein de l'hôte.

Importance

En tant que l'un des premiers signaux détectés par le microbe lors de son entrée dans un hôte humain, comprendre comment les bactéries comme E. coli modulent l'expression des gènes en réponse à la température améliore notre compréhension de la façon dont les bactéries initient immédiatement des réponses bénéfiques pour la survie et la colonisation. Pour les pathogènes, la compréhension des différentes voies de régulation thermique pourrait fournir des cibles précieuses pour les médicaments chimiothérapeutiques anti-infectieux ou les mesures de désinfection. De plus, nos données fournissent un examen dynamique de la réponse au stress RpoS, fournissant un support à l'échelle du génome pour la façon dont la température affecte RpoS par le biais de changements dans la stabilité de RpoS et la modulation par de petits ARN régulateurs.

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Il faut d’urgence confier l’agriculture française aux écologistes ! [par Jean-Paul Pelras]

Suite à de l'information publiée sur le blog dans Les retenues d'eau en agriculture, un enjeu essentiel, mais pas pour des pseudo-écolos ..., il n’y a pas que la sécurité des aliments dans la vie, défendre l’Agriculture française de ses fléaux est un objectif à part entière, d’où, cet article «Il faut d’urgence confier l’agriculture française aux écologistes ! [par Jean-Paul Pelras]». 
Texte paru le 9 novembre dans l’agri.

Et si la manifestation organisée le 6 novembre dernier à Mauzé sur le Mignon dans les Deux Sèvres était la goutte de trop ?

Non pas celle qui fit déborder les «Bassines» à l’origine de ce rassemblement, mais celle qui fait définitivement basculer la Confédération paysanne du syndicalisme agricole vers l’activisme sociétal. Très proche de certaines ONG auprès desquelles la Conf’ s’affiche presque systématiquement depuis des années dès qu’il s’agit de défendre les causes humanitaires ou environnementales, ce mouvement vient de s’associer avec les associations «Bassines, non merci» et «Les soulèvements de la terre» afin de dénoncer la mise en place de retenues collinaires désormais appelées “bassines”. Lesquelles, destinées à être alimentées par les eaux pluviales, le seraient également, toujours selon ces associations, par pompage dans la nappe phréatique. Pour dénoncer ce qu’ils considèrent comme étant un accaparement de l’eau par certains agriculteurs soutenus à quelques encablures de là par la FDSEA, les JA et la Coordination Rurale, d’autres agriculteurs, ceux de la Conf’, ont donc, entre deux altercations avec les forces de l’ordre, débranché la pompe et retiré les bâches recouvrant la retenue.

À l’heure où la France va devenir, pour la première fois de son histoire agricole, dépendante des importations, n’y a-t-il pas d’autres combats à mener que celui consistant à se tirer une balle dans le pied ? À l’heure où les défis alimentaires sont au cœur des enjeux démographiques, géopolitiques et planétaires, pourquoi, si ce n’est pour répondre à certaines idéologies politiciennes, entraver, comme ce fut le cas pour le lac de Caussade dans le Lot et Garonne, l’irrigation des cultures et, de facto, limiter le potentiel de production ?

À l’instar de ce qui se passa dans l’Aude au printemps dernier, quand des ONG se sont opposées au décollage de l’hélicoptère destiné à traiter les vignes contre le mildiou là où, sols détrempés obligent, les tracteurs ne pouvaient pas entrer, les écologistes ont clairement choisi leur camp. Celui qui entend réduire de façon drastique tout ce qui permet à notre agriculture de demeurer compétitive que ce soit avec l’utilisation d’intrants, l’apport de nouvelles technologies ou, en l’occurrence, l’irrigation. À ce titre, la responsabilité de celles et ceux qui, au-delà des discours inclusifs et démagogiques, encouragent une limitation des productions est ici clairement engagée.

Que les agriculteurs tenants du modèle conventionnel cessent de produire et d’alimenter les marchés

Imaginons du jour au lendemain une agriculture convertie en bio à 100 % avec, ça et là, un peu de permaculture, un retour comme le prônent certains à la traction animale, une irrigation limitée, l’interdiction d’utiliser produits phytosanitaires et fertilisants, un arrêt des productions dites agro-industrielles… Pourquoi pas ? Il faudra alors en finir avec l’hypocrisie des débats d’idées et confier, sans délai, l’agriculture française aux écologistes qui devront, in petto, garnir sans trembler nos garde-manger.

C’est ce pari qu’il faut engager. Que les agriculteurs tenants du modèle conventionnel cessent de produire et d’alimenter les marchés pendant quatre ou cinq jours et nous verrons ce qu’il adviendra des grandes intentions pseudos-environnementales. Quatre ou cinq jours seulement, sans pâtes, sans pain, sans viande, sans vin, sans fruits, sans légumes, sans aucun approvisionnement au cœur des villes et dans les circuits de distribution… À défaut de pouvoir s’avitailler en quantité suffisante auprès de ceux qui dénoncent la malbouffe française, c’est d’une autre malbouffe, beaucoup moins vertueuse et contrôlable, dont nous devrons nous contenter : celle qui, inévitablement, envahira les étals avec de la marchandise importée.

Oui, allons-y, messieurs Benoît Biteau, député européen, Nicolas Girod, porte-parole de la Conf’, Yannick Jadot, candidat au pouvoir suprême qui prétend que les écologistes sont les défenseurs de l’agriculture, Sandrine Rousseau qui dit qu’il faut «accepter une baisse de rendement agricole»… Prenez les commandes, produisez et nourrissez la population française, remplissez les assiettes du pays sans tricher, en respectant vos engagements.

Nourrissez à partir de maintenant 67 millions d’individus 3 fois par jour, du premier janvier au 31 décembre ! Trouvez cette main d’œuvre, devenue si rare dans nos champs, qui acceptera d’arracher l’herbe sur des centaines de milliers d’hectares, qui acceptera de planter, de semer, de tailler, de faucher, de traire, de récolter… Sans rechigner, en tenant la cadence, en maintenant le rendement, malgré les prédateurs (que vous protégez), la conjoncture, les normes, les contraintes administratives, le caprice des éléments… Là, de Perpignan à Lille, sur presque 27 millions d’hectares !

Sachant que l’agriculture bio représente 10 % des surfaces exploitées, comment ferez-vous pour vous occuper des 24,5 millions d’hectares restants, cultivés jusqu’ici par environ 425 000 agriculteurs stigmatisés ? Un défi de taille à relever qui vous fera peut-être oublier le temps où vous démontiez les pompes à eau de ceux que la société française au bout de cinq jours, cinq jours seulement, commencera à regretter.


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lundi 8 novembre 2021

Comportement de Listeria monocytogenes ayant subi des lésions sublétales après une exposition à l'acide peracétique

Certes, cette étude est in vitro, mais il semble exister un potentiel de virulence, l’adhésion aux surfaces et la réponse transcriptionnelle de Listeria monocytogenes ayant subi des lésions sublétales après une exposition à l'acide peracétique, source Applied and Environmental Microbiology.

Résumé

L'acide peracétique (APA) est un désinfectant qui peut causer des niveaux élevés de lésions sublétales à L. monocytogenes. Cette étude vise à évaluer les caractéristiques phénotypiques et transcriptionnelles concernant l'adhésion aux surfaces et le potentiel de virulence de L. monocytogenes ScottA et EGDe létalement lésés ou endommagés après exposition à 0,75 ppm d’APA pendant 90 min à 4°C et une incubation ultérieure dans du bouillon TSBY à 4°C. Les résultats ont montré que les cellules lésées ou endommagées de L. monocytogenes (99 % de la population totale) étaient capables de se fixer (après 2 et 24 h) sur des coupons en acier inoxydable à 4°C et 20°C. Des tests de virulence in vitro utilisant des cellules épithéliales intestinales humaines Caco-2 ont montré que L. monocytogenes lésé ou endomagé pouvait envahir des cellules hôtes mais ne pouvait pas proliférer de manière intracellulaire. La réponse de la virulence in vitro était dépendante de la souche; ScottA lésé ou endommagé était plus invasif que EGDe.

L'évaluation des lésions de l'APA au niveau transcriptionnel a montré une régulation positive des gènes (motB, flaA) impliqués dans la motilité du flagelle et l'adhésion aux surfaces. La réponse transcriptionnelle de L. monocytogenes EGDe et ScottA était différente ; seul ScottA lésé ou endommagé a démontré une régulation positive des gènes de virulence inlA et plcA. Une régulation à la baisse des gènes liés au stress fri et kat et une régulation à la hausse de lmo0669 ont été observées chez ScottA lésé ou endommagé. Les résultats obtenus indiquent que des cellules de L. monocytogenes lésées ou endommagées de façon sublétales peuvent conserver une partie de leurs propriétés de virulence ainsi que leur capacité à adhérer aux surfaces de transformation des aliments. La transmission aux produits alimentaires et l'introduction de ces cellules dans la chaîne alimentaire est donc un scénario plausible qui mérite d'être pris en considération en termes d'évaluation des risques.

Importance

Listeria monocytogenes est l'agent causal de la listériose, une grave maladie d'origine alimentaire. Les pratiques antimicrobiennes, telles que les désinfectants utilisés pour l'élimination de ce pathogène dans l'industrie alimentaire, peuvent produire une fraction de populations sublétalement lésées ou endommagées. Les cellules lésées ou endommagées de ce pathogène, qui peuvent survivre à un traitement antimicrobien, peuvent présenter un risque pour la sécuirté des aliments. Néanmoins, les connaissances sur la façon dont les lésions sublétales peuvent avoir un impact sur les traits cellulaires importants et les réponses phénotypiques de ce pathogène sont limitées. Ce travail suggère que les cellules de L. monocytogenes lésées ou endommagées de manière sublétale conservent une virulence et le potentiel d'adhésion aux surfaces et soulignent l'importance de l'apparition de cellules lésées ou endommagées de manière sublétale au regard de la sécurité des aliments.

NB: J’ai traduit le terme anglais attachment par adhésion, car en Français, le terme attachement est jugé un peu trop sentimental pour des cellules bactériennes. Source propos entendus lors d’une session scientifique en France organisée sur l’adhésion bactérienne dans les années 1980.

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De la lutte contre les biofilms dans les entreprises alimentaires

«La recherche étend la capacité à détecter et à détruire les biofilms dangereux», source article de Chris Koger paru dans Food Safety News.

Les pratiques de sécurité des aliments évoluent à mesure que de nouvelles technologies et connaissances sur les pathogènes qui propagent les maladies d'origine alimentaire deviennent disponibles.

Ces dernières années, des chercheurs ont de plus en plus concentré leurs efforts sur les biofilms et leur capacité à prospérer dans la nature et dans les installations de production et de transformation des aliments. Le biofilm est formé par un pathogène - ou plus souvent, un mélange de différents pathogènes - qui construit une couche protectrice à l'aide de substances polymériques extracellulaires.

La majorité des maladies d'origine alimentaire peuvent être attribuées à des pathogènes hébergés dans des biofilms, selon des études sur la sécurité des aliments. Des universitaires et des associations de l’industrie alimentaire ont intensifié leurs efforts ces dernières années pour en savoir plus sur les biofilms, qui combattent naturellement les efforts visant à désinfecter les surfaces en contact avec les aliments dans les installations de transformation et de fabrication.

Des études récentes ont examiné les produits et les pratiques pour éradiquer ou maîtriser les biofilms dans différents segments de l'industrie alimentaire, des produits à la transformation de la viande et aux élevages avicoles.

Un porte-parole du Food Safety and Inspection Service Service du ministère américain de l'Agriculture a déclaré que les services réglementaires qui effectuent des inspections ne chassent pas spécifiquement les biofilms, mais que les découvertes récurrentes de pathogènes dans les installations proviennent probablement d'un biofilm. Le contenu d'événements de l'industrie lié aux biofilms, tels que la conférence 2021 de l’International Association for Food Protection en juillet, est en augmentation. L'événement a comporté plus de deux douzaines de sessions sur les biofilms, couvrant un large éventail de pathogènes (Listeria, E. coli, Salmonella et plus) et des segments de l'industrie alimentaire (laitue, pommes, produits laitiers et dans les installations de transformation).

Des chercheurs s'attaquent aux questions des biofilms

L'industrie des produits r éfrigérésa constaté un intérêt croissant pour les biofilms et leur rôle dans la propagation de E. coli et d'autres pathogènes. Le Center for Produce Safety (CPS), qui s'est formé à la suite d'une épidémie mortelle à E. coli en 2006 liée aux épinards, est largement financé par l'industrie.

Les recherches soutenues par le CPS comprennent un examen des biofilms contenant Listeria monocytogenes et d'autres pathogènes dans les usines de conditionnement de fruits à noyau. Les données de l'étude seront utilisées pour créer un guide basé sur Excel pour aider les managers d'installations de fruits à noyau à mettre en œuvre des calendriers scientifiques pour des programmes d'échantillonnage et de nettoyageet désinfection.. Paul Dawson et Claudia Ionita de l'Université de Clemson ont dirigé l'étude.

Une autre étude récente du CPS, avec le co-chercheur principal Boce Zhang de l'Université du Massachusetts, examine différentes substances en contact avec les aliments et leur capacité à résister au biofilm de Listeria. L'étude était une collaboration avec l’Agricultural Research Service de l'USDA.

«Il est impératif de comprendre le rôle des biofilms sur la probabilité de survie et de transmission des pathogènes», a déclaré Zhang dans un courriel. «Relever les défis des biofilms nécessite une approche holistique et de nouvelles stratégies de contrôle.»

Une étude récente d'Austin B. Featherstone et de Sapna Chitlapilly Dass, chercheurs au Département des sciences animales de l'Université Texas A&M, a examiné le rôle du biofilm dans la protection du SRAS-CoV-2 (coronavirus) dans les usines de transformation de viande.

À l'aide d'échantillons de siphons d'installations de viande, les chercheurs ont développé un biofilm contenant un substitut (virus de l'hépatite murine) et des pathogènes souvent retrouvés dans les usines de transformation de la viande et l'ont testé sur de l'acier inoxydable, du PVC et des carreaux de céramique. Ils ont conclu que le biofilm protège les particules virales, permettant la propagation potentielle du virus parmi les employés de l'établissement. L'étude ne s'est pas concentrée sur la propagation potentielle du coronavirus aux consommateurs à partir des produits de l'installation, et la Food and Drug Administration et les Centers for Disease and Prevention affirment qu'il n'y a aucune preuve que les aliments ou les emballages alimentaires transmettent la COVID-19.

Rong Wang, un microbiologiste de recherche à l’ Agricultural Research Service de l'USDA, a mené plusieurs études sur les biofilms dans les usines de transformation et de conditionnement de viande. Dans un article publié dans Journal of Food Protection en janvier 2019, Wang décrit les facteurs affectant le transfert cellulaire du biofilm des surfaces de contact à la contamination du produit.

«Une meilleure compréhension de ces événements aiderait l'industrie à améliorer les stratégies pour prévenir la contamination et améliorer la sécurité sanitaire de la viande», selon le résumé de l’article, «Biofilms and Meat Safety: A Mini-Review».

Sterilex s'attaque aux questions du biofilm

Sterilex, qui propose aux fabricants d'aliments et de boissons des produits qui détectent et détruisent les biofilms et les pathogènes qu'ils protègent, a passé une décennie à travailler avec l'Environmental Protection Agency (EPA) sur les méthodes d’essai et la recherche sur les biofilms, selon Lise Duran, vice-présidente de la recherche, le développement et la technologie chez Sterilex. Voir la photo fournie par Sterilex en haut de l'article. Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

En 1999, Sterilex a reçu l'approbation de l'EPA avec un étiquetage alléguant que ses produits éliminent le biofilm pour les micro-organismes en santé publique, a dit Duran.

Bien que l'on en sache beaucoup plus sur le biofilm depuis que la société a été constituée, Duran a dit que la poursuite de la recherche est vitale. Différents environnements affectent les biofilms, et «il se passe beaucoup de choses dans un biofilm» qui fait qu’ils se comportent différemment dans divers environnements.

La plupart des recherches, a-t-elle dit, se concentrent sur les biofilms avec une seule espèce de pathogènes, mais les biofilms contiennent généralement plusieurs espèces de pathogènes.

«Il y a certainement eu beaucoup de recherche et de compréhension, mais tout n'est pas résolu», a-t-elle dit.

L'avenir de la détection des biofilms inclut la technologie des biocapteurs, et les chercheurs continuent de rechercher des moyens d'améliorer la capacité d'éliminer les biofilms en tant que problème de sécurité des aliments. «Que pouvez-vous faire pour améliorer la technologie afin qu'elle soit plus utile dans une variété d'environnements et d'applications ?» dit Duran.


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dimanche 7 novembre 2021

Les retenues d'eau en agriculture, un enjeu essentiel, mais pas pour des pseudo-écolos ...

Mise à jour du 8 novembre 2021Le blog-notes d’Olivier Masbou rapporte à propos des «Bassines : la manifestation dégénère»

Plus de 2 000 anti-bassines ont manifesté le 6 novembre, sur la commune de Mauzé-sur-le-Mignon, près de Niort. Ils répondaient à l’appel du collectif « Bassines non merci ! », de la Confédération paysanne, et du mouvement «Les Soulèvements de la terre». 500 agriculteurs étaient par ailleurs rassemblés sur le même territoire pour défendre le projet de construction des bassines dans la région. En fin de journée, les «anti» se sont dirigés vers une autre bassine, celle de Cramchaban en Charente-Maritime. «Des dégradations ont été commises sur les bâches. Elles ont été découpées puis incendiées» rapporte le site de Ouest-France (6 novembre). Dans un communiqué, cité par le quotidien, la préfecture des Deux-Sèvres indique «que les manifestants présents sur le secteur de Mauzé-sur-Le Mignon ont procédé à des actes violents sur les forces de l’ordre, afin de contourner les dispositifs mis en place, occasionnant trois blessés chez les gendarmes, avant de dégrader une retenue de substitution située dans la commune de Cranchaban». Le préfet des Deux-Sèvres «condamne ce recours unilatéral à la violence et souhaite un retour rapide au calme». «Je crois profondément au dialogue avec tous et au rôle des syndicats. Mais un leader syndical ne peut pas appeler ou justifier une action illégale ; ce n’est pas acceptable dans une démocratie, et ne le sera jamais. Soutien aux agriculteurs victimes et aux forces de l’ordre» a pour sa part écrit le ministre de l’Agriculture Julien Denormandie sur son compte Twitter.

Mise à jour du 12 novembre 2021. On lira aussi cet article sur le blog Alerte EnvironnementLa bassine respectueuse de l’environnement rend chèvres les écolos des Deux-Sèvres.

Mise à jour du 19 novembre 2021On lira la tribune libre de Gil Rivière-Wekstein dans l'Opinion du 19 novembre 2021, «Le vandalisme néo-luddite de la Confédération paysanne». 

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