Des indicateurs à propos de la viande de poulet montrent sur de faibles nombres de Campylobacter en Lettonie

« Des indicateurs à propos de la viande de poulet montrent sur de faibles nombres de Campylobacter en Lettonie », source Food Safety News.

Selon une étude, le faible taux de contamination de la viande de poulet en Lettonie pourrait expliquer en partie le nombre plus faible d’infections à Campylobacter dans le pays.

Des chercheurs ont analysé les données de surveillance microbiologique et de résistance aux antimicrobiens (AMR) de Campylobacter en 2008 et de 2014 à 2016. Les données concernant les poulets, la volaille, les porcs, les veaux et l'homme ont été utilisées pour déterminer la prévalence.

La Lettonie a l'un des taux de campylobactériose les plus bas de l'Union européenne (UE) avec 4,6 cas pour 100 000 habitants en 2016, mais il est probable que la plupart des infections ne sont pas signalées. La prévalence de Campylobacter dans les autres pays baltes est de 22,6 et 42,4 cas pour 100 000 habitants en Estonie et en Lituanie.

La viande fraîche contaminée, en particulier la volaille, en raison de sa consommation élevée et de ses produits laitiers, constitue la principale source d’infection humaine.

Inférieure à la moyenne de l'UE

La prévalence de Campylobacter était de 50,2% chez les poulets, avec Campylobacter jejuni comme espèce prédominante. La proportion de cas positifs de viande de poulet réfrigérée était inférieure à la moyenne de l'UE en 2016, sur la base de données provenant de 14 pays.

Des chercheurs ont collecté des données sur les deux mêmes abattoirs de poulets en 2008, 2014 et 2016. Ils ont trouvé la prévalence la plus faible en 2008 et la plus élevée en 2014, suggérant qu'il n'y a pas de tendance générale, mais divers facteurs peuvent affecter la contamination par Campylobacter dans les troupeaux de poulets.

Les données peuvent servir de point de départ à une étude plus approfondie de la population de poulets pour évaluer les facteurs contribuant à l'infection à Campylobacter, selon l'étude publiée dans la revue Eurosurveillance.

La prévalence de Campylobacter était de 83,3% chez le porc, de 16,1% chez le veau et de 5,3% chez l'homme. Chez le porc, Campylobacter coli était la principale espèce. La prévalence chez les animaux d’élevage est élevée, en particulier chez les porcs et les poulets, mais chez les volailles et l’homme, elle était inférieure à celle d’autres pays européens.

Des échantillons d'animaux et d'aliments ont été collectés et testés dans le cadre du programme national de surveillance de Campylobacter en Lettonie.

Entre 2008 et 2016, la présence de Campylobacter spp. a été analysée sur 1 303 échantillons, dont 434 ont été retrouvés positifs.

Pour les échantillons de poulets, 255 (50,6%) étaient positifs pour l'agent pathogène. Campylobacter jejuni a été détecté dans 95,7% de tous les isolats de Campylobacter, tandis que Campylobacter coli était présent dans certains échantillons en 2008.

Utilisation du WGS

La prévalence des échantillons de volaille prélevés en distribution était inférieure à celle des poulets sortis de l’abattoir: 12,9% contre 50,6% sur trois ans et seule la présence de Campylobacter jejuni a été détectée.

La prévalence la plus élevée concernait le porc, 114 des 127 isolats contenaient Campylobacter coli et 11 Campylobacter lanienae.

Les échantillons de selles humaines présentaient la prévalence la plus faible, à 5,3%. Parmi les 23 cas positifs, 22 contenaient Campylobacter jejuni.

L'analyse des données du séquençage du génome complet a été utilisée pour caractériser la diversité des populations de Campylobacter provenant de diverses sources et pour étudier la corrélation entre les sources et le génotype.

Les preuves par WGS (whole genome sequencing) peuvent être utilisées pour confirmer qu'une contamination systématique s'est produite dans la chaîne de production alimentaire.

« Nos résultats démontrent l’importance d’une surveillance rigoureuse de la contamination par Campylobacter dans les chaînes de fabrication alimentaire, en utilisant des procédures analytiques normalisées et un partage régulier des données entre au moins les pays voisins », ont dit les chercheurs.

Campylobacter et Listeria en hausse en Irlande

« Campylobacter et Listeria en hausse en Irlande », source article de Joe Whitworth paru le 12 juillet 2019 dans Food Safety News.

Listeria et Campylobacter ont tous les deux augmenté en Irlande l'année dernière, selon les données du Health Protection Surveillance Centre.

Le rapport sur la listériose en Irlande en 2018 est ici et celui sur les infections à Campylobacter en 2018  est ici.

22 cas de patients atteints de listériose, cela est le nombre le plus élevé depuis que la maladie est devenue à déclaration obligatoire en 2004.

Plus de 3 000 cas d’infection à Campylobacter ont été enregistrées. En 2018, 3 030 cas de campylobactériose ont été signalés, soit une augmentation de 8,7% par rapport aux 2 786 patients en 2017.

Cela représente 63,6 cas pour 100 000 habitants.

« Campy » reste la cause la plus fréquente de gastro-entérite bactérienne en Irlande. C’est la huitième année consécutive que les taux ont augmenté par rapport aux taux enregistrés entre 2004 et 2010.

La campylobactériose touche toutes les tranches d'âge, le taux le plus élevé se situant dans le groupe des 0 à 4 ans. Ce taux chez les jeunes enfants est une caractéristique bien décrite de la maladie et observée au niveau européen, selon le Centre de surveillance de la protection de la santé (HPSC).

Trois éclosions d'origine alimentaire, mais aucune source identifiée

La manipulation de la volaille crue ou la consommation de viande de volaille crue ou insuffisamment cuite, ainsi que la consommation d’eau ou de lait contaminé ou non pasteurisé et de produits dérivés de ceux-ci sont des facteurs de risque de campylobactériose.

Il y a eu cinq éclosions de campylobactériose au cours de la période examinée. Trois ont été rapportés comme étant d'origine alimentaire, mais aucune source n'a été identifiée. Deux étaient dans des établissements de santé de longue durée; 11 personnes auraient été malades entre elles, dont trois confirmées par le laboratoire. Une intoxication alimentaire de deux cas confirmés par le laboratoire liés à un hôtel proviendrait également d'une source alimentaire.

« Les notifications d'épidémies à Campylobacter sont moins fréquentes que celles d'autres agents pathogènes gastro-intestinaux bactériens; de plus en plus, cela est considéré comme un reflet de notre incapacité à les détecter car le typage traditionnel des souches de Campylobacter a une valeur limitée », selon HPSC.

En 2018, les rapports ont culminé entre mai et août. Le pays où a eu lieu l'infection était connu pour 56 personnes, dont 12 étaient liées à un voyage à l'étranger.

Tous les patients signalés en Irlande en 2018 ont été confirmés par le laboratoire, mais les données sur les isolats d'espèces n'ont été rapportées que pour 13% d'entre eux. Parmi les 407 isolats, 92% étaient des Campylobacter jejuni et 7%, Campylobacter coli, seuls trois d'entre eux étant d'autres espèces.

Les données de résistance aux antibiotiques étaient disponibles pour 46 isolats. Quinze ont montré une résistance à la ciprofloxacine, 18 à la tétracycline, aucune n'ayant de résistance à l'érythromycine.

Les symptômes durent généralement quelques jours, bien que parfois, la récupération puisse durer jusqu'à 10 jours. L'arthrite peut se développer suite à une infection et, dans de rares cas, une affection neurologique appelée syndrome de Guillain-Barré (SGB) peut se développer. Le SGB peut durer des semaines ou des mois. La plupart des gens se rétablissent complètement, mais certains développent une faiblesse plus chronique qui peut entraîner la mort. On estime qu'un cas sur 1 000 signalé de campylobactériose conduit à un SGB.

Listeria: deux fausses couches et un décès

En 2018, 22 cas de listériose ont été signalés, soit une augmentation de huit par rapport à 2017. Aucune source n'a été confirmée pour aucun d'entre eux.

Dix ont eu lieu dans les trois mois de juillet à septembre. Toutes les personnes impliquées appartenaient aux groupes reconnus à risque de listériose, d'être âgées, d'avoir une maladie sous-jacente, d'être enceinte ou d'être néonatales.

Un enfant mort-né et quatre femmes enceintes auraient eu lieu comme conséquence d’une mortalité à la naissance et deux fausses couches.

Dix-sept cas n'étaient pas liés à la grossesse, soit une augmentation de 70% par rapport aux 10 cas en 2017. Neuf d'entre eux étaient des hommes. Les patients étaient âgés de 42 à 92 ans et les trois quarts étaient âgés de 65 ans et plus.

Quatorze cas, dont ceux âgés de moins de 65 ans, avaient une maladie sous-jacente susceptible d’augmenter le risque de listériose. Huit avaient une infection sanguine, deux une méningite et une infection sanguine et cinq autres symptômes. Un décès a été signalé en 2018.

Les isolats de 18 des 22 cas notifiés ont été adressés au laboratoire pour typage; le sérotype 4b était le plus fréquent dans 11 isolats suivis du sérotype 1/2 avec six isolats.

Les 18 isolats ont été distingués en 10 différents types de séquence par séquençage du génome complet, et la comparaison des données de séquence a permis d’exclure la probabilité de liens entre eux. Comme quelques isolats n'étaient pas disponibles, il était possible qu'une petite éclosion ait été détectée.

« Comme aucun foyer n’a été identifié parmi les cas signalés, il apparaît que le nombre d’infections sporadiques a augmenté, ce qui a été particulièrement perceptible chez les personnes âgées. Cette augmentation a principalement eu lieu pendant les mois d'été 2018, une période au cours de laquelle il faisait exceptionnellement chaud », selon le HPSC.

Les aliments souvent associés à une infection sont des produits prêts à consommer réfrigérés et transformés, tels que des plats cuisinés et réfrigérés, des fromages à pâte molle, la charcuterie, les pâtés et le poisson fumé.

Rapport épidémiologique annuel 2017 de l'ECDC sur la campylobactériose

Il y a quelque temps en décembre 2018, l’ECDC publiait Campylobactériose : Rapport annuel épidémiologique 2016 en Europe.

Voici que l’ECDC vient de publier le 8 avril 2019, le rapport de surveillance sur la Campylobactériose, rapport annuel épidémiologique pour 2017.

Points clés

• La campylobactériose est la maladie gastro-intestinale la plus rapportée dans l'UE/EEE.
• En 2017, 29 pays de l'UE / EEE ont signalé 250 161 cas confirmés de campylobactériose.
• Le taux de notification global UE/EEE était de 64,9 cas pour 100 000 habitants.
• La campylobactériose humaine était plus fréquente chez les enfants de moins de cinq ans que chez les autres groupes d’âge.
• La campylobactériose montre une saisonnalité claire, avec un pic de cas en été et un plus petit pic  en début d’année 

Pour 2017, 29 pays de l'UE/EEE ont communiqué des données sur la campylobactériose. Vingt-quatre pays ont utilisé la définition actuelle de cas de l’UE telle que publiée en 2008 et 2012. Le Danemark, la France, l’Allemagne et l’Italie ont utilisé une définition de cas décrite comme ‘autre’ et la Finlande n’a pas précisé quelle définition de cas elle utilisait.

Vingt-trois pays avaient un système de notification obligatoire. La Belgique, la France, l’Italie, le Luxembourg et les Pays-Bas ont utilisé un système volontaire et le Royaume-Uni (Royaume-Uni) a qualifié son système de surveillance comme ‘autre’.

La surveillance était complète dans 26 pays. L’Italie et les Pays-Bas ont eu recours à une surveillance sentinelle et la Belgique a indiqué que sa couverture nationale était ‘autre’.

La couverture du système de surveillance en 2017 est estimée à 20% en France et à 52% aux Pays-Bas. La variation de la couverture a été prise en compte lors du calcul des taux de notification nationaux. L’Italie et l’Espagne n’ayant fourni aucune information sur la couverture estimée, aucun taux de notification n’a été calculé.

Epidémiologie

Pour 2017, 29 pays de l'UE/EEE ont signalé 250 826 cas de campylobactériose, dont 250 161 ont été confirmés et 665 étaient probables. De 2013 à 2017, l'Allemagne, la République Tchèque et le Royaume-Uni ont signalé le plus grand nombre de cas par an. En 2017, l'Allemagne et le Royaume-Uni représentaient 53,0% de tous les cas confirmés. Le taux de notification global dans l’UE/est de  64,9 cas pour 100 000 habitants (fourchette de 2,3 à 230,0) ; il est similaire à celui des années précédentes. Les pays ayant les taux de notification les plus élevés sont la République Tchèque, le Luxembourg, la Slovaquie et la Suède. Les taux les plus bas ont été signalés en Bulgarie, Chypre, Pologne et Roumanie. Par rapport à 2016, les taux de notification ont augmenté dans 10 pays et une diminution a été rapportée dans 17 pays.

Les résultats ont été rapportés pour 75,6% des cas de campylobactériose confirmés. Le nombre de décès signalés attribués à la campylobactériose est passé de 62 en 2016 à 72 en 2017. Parmi les décès signalés dans les cas confirmés, 76,4% ont été observés dans le groupe d'âge de 65 ans et plus.

Les cas humains de campylobactériose déclarés ont suivi une nette saisonnalité comparable à celle des années précédentes, la plupart des cas ayant été signalés de juin à août. De petits pics en janvier ont également été observés en 2013-2016. En 2017, le petit pic s'est produit en mars.

En 2017, les enfants de moins de cinq ans représentaient 13,4% des 249 776 cas confirmés dont l'âge était connu. Le taux de notification était de 138,0 cas pour 100 000 dans ce groupe d’âge (de 4,7 à 1 046,1 par pays). Des taux plus élevés chez les hommes par rapport aux femmes ont été observés dans cinq des six groupes d'âge. Le ratio global masculin à féminin était de 1,2:1.

Discussion

Depuis 2005, Campylobacter est l'agent pathogène bactérien gastro-intestinal le plus souvent signalé chez l'homme en Europe jusqu'à 2017 et y compris 2017. Même si la campylobactériose humaine a nettement augmenté entre 2008 et 2017, la tendance UE/EEE est restée stable au cours des cinq dernières années (2013-2017). La répartition géographique est restée conforme aux années précédentes, la majorité des cas ayant été signalés par l'Allemagne, Espagne, Royaume-Uni, République Tchèque. Au niveau des pays, neuf États membres, dont l'Espagne et la République Tchèque, ont fait état d'une tendance à la hausse marquée entre 2013 et 2017.

Malgré une surveillance complète et une couverture nationale dans 25 pays, les cas signalés ne représentent qu'une faible proportion des infections à Campylobacter survenant dans l'UE/EEE. En République Tchèque, les analyses et les diagnostics relatifs à la campylobactériose se sont améliorés depuis 2013 et en Belgique, Pologne et Espagne, la couverture du système de surveillance a augmenté ces dernières années. Le nombre de cas confirmés signalés dans ces quatre États membres a augmenté. Dans la majorité des pays de l'UE/EEE, les enfants de moins de cinq ans sont les plus touchés par la campylobactériose, avec un taux de notification global de 138,0 cas pour 100 000 habitants en 2017.

En Suède, une épidémie à Campylobacter due à de la viande de volaille contaminée a entraîné plus de 5 000 cas de plus que prévus rapportés d'août 2016 à juin 2017. Cela a permis de presque doubler le nombre de cas humains domestiques en Suède au cours de cette période par rapport aux années précédentes.

Campylobacter a une saisonnalité caractéristique, avec une forte augmentation du nombre de cas de la fin du printemps au début de l'automne. Le moment et l'intensité du pic d'été varient selon les pays européens, les cas humains à Campylobacter étant associés à des températures plus élevées. Un pic hivernal plus petit mais distinct, observé en janvier, est devenu apparent au cours des dernières années. En Suisse, des pics hivernaux moins importants ont été liés à la consommation saisonnière de fondue à la viande. En 2017, le pic d'hiver a été observé en mars. Cette dernière occurrence du pic hivernal est attribuée à une épidémie en Suède liée à l'augmentation de Campylobacter dans un abattoir suédois important de poulets. Dans la plupart des pays, la viande de volaille est une source alimentaire majeure de campylobactériose humaine. La colonisation des troupeaux de poulets par Campylobacter montre une saisonnalité évidente, en particulier dans les pays d'Europe du Nord, avec un risque accru en été. Le réservoir des volailles dans son ensemble, y compris la transmission environnementale, le contact direct avec les animaux, la consommation et la préparation de la viande de volaille, représenteraient jusqu'à 80% des cas de campylobactériose. Des sources identifiées supplémentaires sont l’eau potable qui n’a pas été désinfectée, les oiseaux sauvages, les animaux domestiques et l’environnement. Plusieurs études ont utilisé des méthodes de typage par séquençage multilocus et basées sur le séquençage du génome entier pour attribuer les sources d'infections humaines à Campylobacter. Par exemple, en France, le poulet est une source importante et les ruminants, l’environnement et les animaux domestiques étaient des sources additionnelles.

La résistance antimicrobienne de Campylobacter chez l'homme aux antibiotiques utilisés pour le traitement d'infections humaines serait très élevée, en particulier en ce qui concerne la ciprofloxacine et les tétracyclines.