Un vent de communication souffle sur l’EFSA, cela nous change avec ce qui se passe en France …
« Questions-réponses : L'EFSA explique les nouvelles exigences de l'UE en matière de partage de données de séquençage du génome entier (WGS) pour les foyers de maladies d'origine alimentaire », par Bailee Henderson dans Food Safety Magazine.
Ce qu'il faut savoir
Le règlement (UE) 2025/179, entré en vigueur le 23 août, impose aux États membres de l'UE de réaliser un séquençage du génome entier (WGS) sur cinq agents pathogènes clés lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire.
Un partage plus rapide et plus complet des données WGS via le système conjoint EFSA-ECDC « One Health WGS » peut révéler des liens transfrontaliers entre foyers épidémiques et faciliter des interventions rapides.
Les entreprises alimentaire doivent coopérer avec les autorités compétentes en fournissant, sur demande, les isolats de pathogènes et les données WGS lors des investigations sur les foyers épidémiques.
Le Dr Frank Verdonck, chef de l'unité des dangers biologiques (BIOHAZ) de l'EFSA, explique l'importance du règlement (UE) 2025/179, ses modalités d'application concrètes et la manière dont les acteurs du système alimentaire doivent s'y préparer.
La conférence de l'EFSA intitulée Science Meets Polic (La science rencontre la réglementation), qui se tiendra les 2 et 3 septembre à Rome, abordera les défis de mise en œuvre, les préoccupations et idées reçues du secteur, la collaboration public-privé ainsi que l'utilisation des données WGS dans le cadre du nouveau règlement.
Le 23 août 2026, le règlement (UE) 2025/179 est entré en vigueur, imposant aux États membres de l'UE de réaliser un séquençage du génome entier (WGS) sur les isolats de cinq pathogènes importants lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire. Les résultats du WGS seront transmis au système conjoint « One Health WGS » de l'EFSA et de l’ECDC, permettant ainsi à l'EFSA de comparer les données WGS issues d'isolats alimentaires et d'isolats cliniques humains. Ce nouveau règlement vise à faciliter les investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire et à permettre une détection rapide des sources et des causes de ces foyers.
Frank Verdonck, chef de l'unité « Dangers biologiques et santé et bien-être des animaux » (BIOHAZ) de l'EFSA, s'est entretenu avec Food Safety Magazine au sujet des exigences du nouveau règlement, des informations clés pour le secteur, des idées reçues, des progrès en matière de partage des données, des défis de la mise en œuvre et de la troisième conférence « Science Meets Policy ». Cette conférence se tiendra les 2 et 3 septembre 2026 à Rome (Italie) avec le thème : « De la réglementation à la pratique : transformer le séquençage du génome entier (WGS) en actions concrètes pour l'investigation des foyers de maladies d'origine alimentaire ».
Le règlement (UE) 2025/179 est entré en vigueur le 23 août. Quel problème ce règlement visait-il à résoudre et quels changements fondamentaux apportera-t-il à la manière dont les données de séquençage du génome entier (WGS) sont générées, partagées et utilisées lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire dans l'UE ?
Les foyers de maladies d'origine alimentaire impliquent de plus en plus de cas qui, au départ, semblent sporadiques et sans lien entre eux, et concernent souvent des produits distribués dans plusieurs pays. Dans ces situations, pour déterminer si des cas signalés dans des lieux différents proviennent de la même source, il est nécessaire de comparer en détail les pathogènes isolés à partir d'aliments, d'animaux, d'environnements de production et de personnes infectées. Le WGS offre ce niveau de résolution en générant l'empreinte génétique d'un micro-organisme, ce qui permet aux scientifiques de déterminer si les isolats sont étroitement apparentés et pourraient appartenir au même foyer épidémique.
Le règlement (UE) 2025/179 comble trois lacunes pratiques dans l'utilisation du WGS lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire dans l'UE :
1. Premièrement, concernant la génération de données : le WGS est déjà utilisé dans de nombreux pays, mais sa mise en œuvre reste inégale au sein de l'UE en raison de disparités en matière de capacités, de coûts, d'expertise et d'infrastructures. En imposant la fourniture de données WGS pour les isolats pertinents liés à des foyers épidémiques, le règlement agit comme un levier important pour accélérer la mise en œuvre au niveau national et favoriser une utilisation plus harmonisée du WGS dans les investigations.
2. Deuxièmement, concernant le partage des données : le règlement établit un cadre juridique plus clair précisant quelles informations doivent être partagées au niveau de l'UE et à quel moment. Cela aide les autorités compétentes à prendre des décisions plus cohérentes en matière de partage de données, en clarifiant les raisons pour lesquelles certaines données sont essentielles à l'évaluation des foyers épidémiques à l'échelle de l'Union. Le champ d’application reste limité aux données relatives aux foyers épidémiques, mais il constitue un point de départ important pour un partage de données plus large et plus systématique à l’avenir.
3. Troisièmement, concernant l’utilisation des données : les données de séquençage du génome entier (WGS) doivent toujours être interprétées conjointement avec des informations épidémiologiques et des données relatives à la chaîne alimentaire. Le règlement devrait améliorer l’exhaustivité et la rapidité de disponibilité des données au niveau de l’UE, favorisant ainsi des comparaisons plus robustes à l’échelle européenne et améliorant la détection et l’investigation des foyers épidémiques transfrontaliers.
Le règlement impose aux autorités compétentes de collecter des isolats de Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni et Campylobacter coli lorsqu’ils sont associés ou suspectés de l’être à un foyer épidémique, et de transmettre les résultats du séquençage du génome entier « sans retard injustifié ».
Concrètement, à quoi correspondent une collecte et un partage de données effectués dans des délais appropriés, et comment cela peut-il aider les investigateurs ?
Les avantages du séquençage du génome entier ne se concrétisent que lorsque les données génomiques sont rendues disponibles pour le partage, permettant ainsi des comparaisons entre différents secteurs et au-delà des frontières. En pratique, l’expression « sans retard injustifié » signifie que les autorités compétentes doivent collecter les isolats pertinents, générer des données de séquençage du génome entier (WGS) et partager les résultats dès qu'ils sont disponibles, suffisamment rapidement pour appuyer les investigations pendant le déroulement d'une épidémie. L'objectif est d'éviter que les données soient générées et utilisées au niveau national, mais partagées au niveau de l'UE beaucoup plus tard, lorsque leur utilité pour détecter des liens plus larges est réduite.
Un partage de données plus rapide et plus complet peut contribuer à révéler des liens qui pourraient autrement passer inaperçus, aidant ainsi à identifier des liens transfrontaliers que les pays individuels ne peuvent pas détecter individuellement.
Il n'existe pas de délai fixe unique, car celui-ci dépend de l'investigation et de la disponibilité des isolats et des résultats de séquençage.
Le système One Health WGS de l'EFSA et de l'ECDC permet de comparer les isolats provenant d'aliments, d'aliments pour animaux, d'animaux et de l'environnement avec les isolats provenant de cas humains. Comment la mise en commun de ces différents flux d'informations génomiques peut-elle améliorer les investigations multinationales sur les épidémies ?
>Le principal avantage du partage de données génomiques au niveau de l'UE est qu'il offre une vision plus large que celle qu'un seul pays peut avoir individuellement. Ceci est particulièrement pertinent dans un marché ouvert, où des produits contaminés peuvent être fabriqués dans un pays, distribués dans d'autres et provoquer des cas transfrontaliers.
En centralisant ces différentes sources d'information, le système One Health WGS permet aux investigateurs de comparer les empreintes génétiques des pathogènes provenant de sources multiples dans un cadre commun. Cela peut contribuer à identifier des liens qui pourraient ne pas apparaître lorsque les données sont analysées séparément au niveau national ou sectoriel, facilitant ainsi la détection précoce des signaux dans les populations humaines et la chaîne alimentaire avant qu'ils ne se transforment en épidémies de plus grande ampleur.
Le WGS peut établir que les isolats sont génétiquement apparentés, mais les informations épidémiologiques et de traçabilité restent nécessaires pour comprendre la signification de cette relation. Comment intégrer les données génomiques, épidémiologiques et de traçabilité pour passer de la détection d'un foyer à l'identification de sa source et à la mise en œuvre de mesures ?
Au niveau des États membres, les autorités compétentes sont responsables au premier chef des investigations et du contrôle des épidémies, conformément à la directive européenne sur les zoonoses. Microbiologistes, épidémiologistes, experts de la chaîne alimentaire, évaluateurs et gestionnaires des risques apportent tous des éléments de preuve différents, nécessaires à la compréhension de l'événement et à la décision des mesures appropriées. Lorsqu'une épidémie peut être multinationale, le rôle de l'EFSA, de l'ECDC et de la Commission européenne devient essentiel. Leur collaboration permet de rassembler les informations des secteurs alimentaire et de la santé publique, de coordonner les États membres concernés et de favoriser une compréhension commune rapide de l'épidémie et des mesures de gestion des risques nécessaires.
Des articles précédents dans Food Safety Magazine rédigés par des auteurs de l'EFSA ont mis en lumière les différences entre les plateformes de séquençage, les chaînes de traitement bioinformatiques, les infrastructures et les capacités nationales, autant d'obstacles à la mise en œuvre du WGS et à l'harmonisation des données. Quels progrès ont été réalisés et quels défis pratiques ou d'interopérabilité subsistent ?
Des progrès significatifs ont été accomplis ces dernières années dans la mise en place des fondements techniques et organisationnels nécessaires à une utilisation plus large du WGS dans les investigations sur les foyers d'origine alimentaire. De nombreux États membres ont renforcé leurs capacités de séquençage et appliquent le WGS de manière systématique. La collaboration intersectorielle s'est intensifiée et le système One Health WGS de l’EFSA-ECDC fournit désormais un cadre commun pour la collecte et l'analyse des données relatives aux épidémies au niveau de l'UE. Les flux de travail bioinformatiques s'harmonisent de plus en plus, et celui de l'EFSA pour le secteur alimentaire, interopérable avec le système de l'ECDC, est de plus en plus utilisé comme référence au niveau national. Les laboratoires de référence de l'UE ont également joué un rôle important en soutenant la formation, le transfert de connaissances et une mise en œuvre plus cohérente entre les pays.
Les défis restants portent moins sur la possibilité d'utiliser le WGS que sur la manière de garantir que les données soient utilisées de façon comparable, opportune et interprétable. De nouvelles technologies de séquençage continueront d'émerger, rendant essentiel le maintien de la comparabilité entre les plateformes de séquençage et les flux de travail bioinformatiques. L'interprétation des cas groupés (clusters) par WGS demeure complexe et nécessite l'intégration de données épidémiologiques, de traçabilité et contextuelles, ainsi qu'une compréhension partagée de la dynamique et de l'évolution des populations bactériennes.
Avec l'entrée en vigueur de la nouvelle réglementation, l'attention se porte de plus en plus sur la garantie d'une mise en œuvre cohérente entre les pays et les secteurs. Des efforts continus seront nécessaires pour soutenir la qualité des données, l'interopérabilité, le partage rapide des informations et l'utilisation efficace du WGS dans les investigations sur les épidémies. La conférence Science Meets Policy de septembre sera l'occasion d'aborder ces défis pratiques et de favoriser les échanges d'expériences entre les parties prenantes.
En vertu du règlement (UE) 2025/179, les entreprises alimentaires et d'alimentation animale peuvent être tenus de fournir des isolats disponibles de pathogènes et des données relatives à ces isolats isues des résultats du WGS lors de suspicions d'épidémies. Que doivent comprendre les entreprises concernant cette obligation, et comment les entreprises, notamment les plus petites disposant de ressources plus limitées, peuvent-elles s'y préparer ?
Ce sera l'un des thèmes centraux de la conférence Science Meets Policy. Les entreprises alimentaire sont légalement tenus de coopérer avec les autorités compétentes lors des investigations sur les épidémies d'origine alimentaire. L'article 15 du règlement (UE) 2017/625 stipule clairement que les exploitants doivent assister et coopérer avec les autorités compétentes lors des contrôles officiels et autres activités officielles, y compris les investigations sur les épidémies. Cette coopération est également dans leur propre intérêt : en aidant à identifier la source de contamination et les lots concernés, les entreprises peuvent contribuer à limiter l'impact d'une épidémie sur la santé publique et à réduire les conséquences pour leurs propres activités.
Bien que la coopération avec les autorités compétentes fasse déjà partie du cadre juridique de l'UE, le règlement (UE) 2025/179 précise le rôle spécifique des exploitants en matière de WGS. Il n'oblige pas les exploitants à réaliser systématiquement un WGS, ni à partager systématiquement les données génomiques. En revanche, à la demande des autorités compétentes lors d'une investigation épidémiologique, les opérateurs doivent fournir les isolats pathogènes, s'ils sont disponibles, et partager les résultats du WGS qu'ils ont produits ou commandés de leur propre initiative.
ar conséquent, on attend principalement des entreprises, et notamment des PME, non pas qu'elles investissent directement dans la mise en œuvre de capacités de WGS, mais plutôt qu'elles soient prêtes à coopérer activement avec les autorités compétentes lors des investigations épidémiologiques, à comprendre ce qu'est le WGS et comment il est utilisé par les autorités, et à envisager de consacrer du temps à la formation du personnel concerné afin qu'il puisse répondre efficacement aux demandes d'isolats ou de résultats de WGS existants.
Quels aspects de la mise en œuvre du règlement (UE) 2025/179 pourraient encore limiter son efficacité, et comment surmonter ces difficultés ?
Les principaux obstacles se situent probablement au niveau des États membres, notamment en ce qui concerne la capacité à collecter et à organiser toutes les informations nécessaires à la soumission. Le règlement exige le partage non seulement des résultats de WGS, mais aussi des métadonnées contextuelles nécessaires à leur interprétation. Cela nécessite une coordination entre les laboratoires, les épidémiologistes, les autorités chargées de la sécurité des aliments et les gestionnaires des risques, afin que les informations pertinentes soient collectées, structurées et partagées avec l'EFSA en temps opportun. Dans certains États membres, il pourrait être nécessaire d'adapter les procédures d'investigation épidémiologique existantes afin de garantir la disponibilité simultanée des données génomiques et contextuelles au moment opportun.
Pour certains pays, la mise en œuvre pratique du WGS constituera un autre défi. Lorsque les capacités de WGS ne sont pas encore pleinement établies, un délai supplémentaire pourrait être nécessaire avant que le système ne soit pleinement opérationnel. La formation continue, le transfert de connaissances et le soutien de l'EFSA et des laboratoires de référence de l'UE seront essentiels pour combler ces lacunes et garantir une mise en œuvre plus cohérente dans toute l'UE.
L'EFSA restera disponible pour fournir un soutien technique et opérationnel supplémentaire si nécessaire.
La conférence Science Meets Policy, qui se tiendra à Rome les 2 et 3 septembre, interviendra quelques jours seulement après l'entrée en vigueur du règlement. Quels sont les malentendus ou les incertitudes concernant les nouvelles exigences que vous rencontrez le plus fréquemment de la part des exploitants du secteur alimentaire ? Qu'espérez-vous que la conférence permettra d'éclaircir ?
Nous espérons que cette conférence permettra tout d'abord de mieux comprendre les possibilités et les limites du WGS. Certaines préoccupations des exploitants du secteur alimentaire sont liées à des questions concrètes de mise en œuvre, tandis que d'autres sont alimentées par des idées fausses sur l'interprétation des résultats du WGS. C'est pourquoi la conférence inaugurale portera sur la valeur scientifique et les limites du WGS, notamment sur les conclusions que l'on peut et ne peut pas tirer des seules données génomiques.
L'une des préoccupations récurrentes qui sera abordée lors de la conférence est le risque que les données du WGS restent dans les bases de données après l'évaluation d'une épidémie et soient utilisées ultérieurement pour justifier des mesures réglementaires, du simple fait de la détection d'un cluster génomique. En réalité, la nécessité scientifique de comprendre la dynamique des populations de pathogènes et celle d'identifier les sources d'une épidémie sont complémentaires, et non contradictoires. Lors des investigations épidémiologiques, l'attribution de la source ne peut reposer uniquement sur le WGS ; elle exige une évaluation combinée des données génomiques, épidémiologiques et de traçabilité.
Un autre point d'incertitude concerne l'utilisation et le partage des données de WGS par les autorités compétentes. La conférence présentera des exemples d'États membres illustrant leur préparation à la nouvelle réglementation, l'intégration du WGS dans les systèmes nationaux et les interactions entre les autorités et les entreprises alimentaires. Nous avons également invité des intervenants américains à présenter les interactions entre les agences et les opérateurs aux États-Unis, offrant ainsi un point de comparaison utile pour les acteurs européens.
>Enfin, le programme abordera la question de la valeur pratique du WGS pour l'industrie. Certains opérateurs s'interrogent sur l'utilité du séquençage dans un contexte commercial, au-delà des exigences réglementaires. Des sessions réunissant des opérateurs alimentaires (notamment des multinationales) et des représentants de filières telles que la viande, les produits réfrigérés et les abattoirs montreront comment le WGS peut appuyer les investigations internes, la prévention et la participation au partage de données à l'échelle de l'UE et au niveau mondial. La discussion finale, animée par un modérateur, fera le point sur ces questions et se concentrera sur les principaux défis restant à relever, tant au niveau des États membres que de celui des opérateurs.
La conférence abordera également des exemples de collaboration entre les autorités compétentes et l'industrie. À quoi ressemblerait un partenariat public-privé réussi en matière de partage de données WGS ?
Pour les opérateurs du secteur alimentaire, l'élément le plus important est une bonne coopération avec les autorités compétentes. Cette collaboration s'amorce au niveau national : le premier échange a lieu entre les opérateurs du secteur alimentaire et l'autorité nationale compétente. Tout partage de données à l'échelle de l'UE s'effectue par l'intermédiaire de l'autorité nationale compétente, qui demeure responsable du traitement des données et en garantit la traçabilité (chaîne de contrôle). Un partenariat public-privé réussi autour du WGS repose sur une répartition claire des rôles, une communication rapide et une compréhension mutuelle : le partage de données et d'isolats via l'autorité compétente peut aider à identifier plus rapidement les sources de contamination et à réduire l'impact d'une épidémie.
Si la mise en œuvre se déroule comme prévu, à quoi ressemblera, selon vous, une investigation sur une épidémie de maladie d'origine alimentaire en Europe dans quelques années, par rapport à une investigation menée avant le règlement (UE) 2025/179 ?
>Si la mise en œuvre est efficace, le changement principal ne sera pas seulement technique, mais aussi culturel. Le règlement (UE) 2025/179 a le potentiel de favoriser une prise de conscience plus large : le partage rapide de données à l'échelle de l'UE est essentiel pour gérer efficacement les épidémies.
Par rapport au passé, les investigations seront davantage interconnectées. Les données génomiques et contextuelles seront disponibles plus rapidement pour être comparées à l'échelle de l'UE, ce qui permettra aux autorités d'évaluer plus tôt si un signal est limité à un seul pays ou s'il s'inscrit dans un événement plus vaste impliquant plusieurs pays.
À plus long terme, cela pourrait favoriser un système plus proactif. Lorsque les données relatives à la sécurité des aliments et à la santé publique sont partagées et comparées en temps utile, certains signaux d'épidémie peuvent être détectés dès le stade du secteur alimentaire ; cela permet aux autorités et aux opérateurs d'agir plus tôt et de prévenir que des épisodes de contamination ne dégénèrent en épidémies à part entière.
