«Des experts soulignent la puissance du WGS avant le lancement d'un guide de l'OMS»,source article de Joe Whitworth paru le 13 juin 2023 dans food Safety News.
Des scientifiques ont donné un aperçu d'une publication à venir sur l'utilisation du séquençage du génome entier (WGS) dans la sécurité des aliments.
L'Organisation mondiale de la santé (OMS) lancera un guide en juillet qui décrit les capacités qui doivent être en place avant que le WGS puisse être utile pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire et la riposte aux épidémies, les options pour sa mise en œuvre et comment intégrer le WGS dans les systèmes existants.
Le Dr Eric Brown, du Center for Food Safety and Applied Nutrition (CFSAN) de la Food and Drug Administration des États-Unis, a dit que le WGS a été l'un des plus grands impacts récents de la science.
«Pour nous, le WGS a été synonyme de progrès en matière de sécurité des aliments, comme le télescope Hubble l'a été pour l'astronomie, pour le mettre en perspective et ce n'est pas un euphémisme. Il ne fait aucun doute que le WGS a révolutionné la façon dont nous pouvons surveiller et enquêter sur la contamination dans l'approvisionnement alimentaire», a-t-il déclaré aux participants d'un webinaire WHO Health Talks.
Développement de l'utilisation du WGS
«L'un impliquait du beurre d’arachide, parce que nous avons vu des cas de maladie dans plusieurs régions du pays, seulement 2 ou 3 cas de maladie, nous avons pu les associer à un WGS haute résolution, comprendre qu'un événement de contamination au beurre d’arachide commençait à émerger et arrêter avant qu'il ne devienne une épidémie. Le second était un événement lié à du fromage de style mexicain où nous avons pu relier plusieurs États de la côte Est à un fournisseur de fromage commun. Cela signifiait que nous pouvions désormais trier rapidement une vaste zone géographique et relier les maladies associées et les produits contaminés le plus rapidement possible.»
Brown a déclaré que le changement de paradigme utilisait le WGS pour la traçabilité avec des données librement disponibles en temps réel.
«Cela a donné naissance au domaine de l'épidémiologie génomique, où au lieu que l'épidémiologie montre toujours la voie, parfois un signal génomique pourrait être produit tôt qui pourrait montrer un lien, puis l'épidémiologie peut retracer cela d'avant en arrière», a-t-il déclaré.
«Quelques caractéristiques du WGS qui le rendent si puissant sont qu'il faut moins de cas cliniques, une portée et une définition d'une épidémie beaucoup plus claires, nous pouvons déterminer ce qui est lié ou non plus rapidement, nous pouvons également effectuer un suivi des sources en temps réel. Les matières premières peuvent être tracées, ce qui donne lieu à une meilleure analyse des causes profondes, car cela peut vous dire de quelle matière première de quelle partie du monde la contamination pourrait provenir. Des véhicules alimentaires complexes comme une salade peuvent avoir des ingrédients qui commencent n'importe où dans le monde.
Brown a cité deux exemples récents de partage de données dans la base de données GenomeTrackr.
«Dans une série d'événements liés au tahini qui a été exporté à l'international, plusieurs pays ont pu identifier une source commune de contamination pour le tahini. Un autre exemple est les épidémies à Listeria associées aux champignons enoki. Cela impliquait quatre pays en particulier : l'Australie, la Corée du Sud, le Canada et les États-Unis qui ont partagé leurs données et vous pouviez voir un lien à partir d'une cause profonde qui s'est manifestée dans plusieurs pays», a-t-il déclaré.
«À l'heure actuelle, nous continuons d'améliorer le processus et la base de données avec une plus grande intégrité des données, un renforcement des capacités pour mettre la technologie entre les mains d'un plus grand nombre de personnes dans le monde et nous assurer que nous pouvons les partager autant que possible en temps réel. Comme mon collègue de la FDA Marc Allard aime à le dire, pour chaque millier de génomes que nous pouvons entrer dans la base de données, nous pouvons prévenir six cas supplémentaires de maladie chaque année. Nous savons désormais que l'utilisation accrue du WGS entraîne plus d'épidémies et d'événements de contamination que nous pouvons identifier et cela équivaut à moins de personnes malades.
Principaux éléments du guide de l'OMS
«Le WGS a une plus grande sensibilité et spécificité dans le sous-typage des agents pathogènes d'origine alimentaire. Il donne beaucoup d'informations sur les facteurs de virulence et la résistance aux antimicrobiens. Il nous permet de comparer les souches au niveau national ou international. Le module améliore notre surveillance de routine déjà en place pour les agents pathogènes d'origine alimentaire, permet la détection des épidémies, aide à la réponse aux épidémies et intègre la réponse One Health, avec des personnes chargées de la santé animale et de la sécurité des aliments, des laboratoires et des bases de données de séquences et d'isolats qui permettent une détection précoce.»
Le document d'orientation de l'OMS couvre les principes à prendre en compte pour décider s'il est approprié d'utiliser le WGS. Les pays ont besoin d'un système établi de surveillance et de riposte sur lequel ils peuvent s'appuyer. Il y a un besoin d'adhésion politique et financière et une charge de ressources lors de l'utilisation du WGS. Trois modules comprennent l'introduction, la surveillance et les enquêtes sur les éclosions.
«Nous avons essayé de reconnaître que les pays sont tous à des stades différents de leur développement et de leur utilisation du WGS, les modules sont configurés de manière à ce que vous puissiez extraire un composant et l'utiliser uniquement ou vous pouvez utiliser l'ensemble du document. Le premier module définit les capacités minimales nécessaires avant qu'un pays puisse s'embarquer dans ce voyage du WGS pour améliorer les investigations sur les épidémies et la surveillance de routine. Cela leur donne également des options pour les différentes façons de mettre en œuvre le WGS», a déclaré Hope.
«Le deuxième module concerne les enquêtes sur les épidémies et l'utilisation du WGS. Il est destiné aux pays qui en sont aux premières étapes de la surveillance en laboratoire des agents pathogènes alimentaires afin de pouvoir commencer à vous appuyer sur cela. Il explique comment vous pouvez utiliser le WGS pour détecter les épidémies et le processus de réponse. Le troisième module concerne la surveillance. C'est pour les pays qui ont un système de surveillance en laboratoire et qui est utilisé depuis un certain temps. Il y a un certain chevauchement entre les modules sur les épidémies et la surveillance. Les modules sont utilisés comme un processus pour vous aider à parcourir, réfléchir et planifier dans vos pays et différentes agences sur la façon d'aller de l'avant avec le WGS.
Des études de cas par le CDC, l'UKHSA et l'Agence de la santé publique du Canada et des épidémies fictives sont incluses dans les directives.
«Pour la surveillance et la réponse, nous essayons de prévenir les cas de maladie de se produire et prendre des mesures de santé publique. Pour ce faire, nous utilisons les informations des épidémiologistes et de nos collègues de la sécurité des aliments et de la santé animale. Le WGS est une partie et aide à faire notre travail avec plus de précision, mais l'épidémiologie traditionnelle et la collaboration sont toujours nécessaires. Il est également important d'être clair sur les questions que vous vous posez pour obtenir les réponses que vous voulez ou vous pourriez avoir plus de questions», a déclaré Hope.
