Le partage de données et la confiance mis en avant lors de l'événement EFSA WGS

«Le partage de données et la confiance mis en avant lors de l'événement EFSA WGS», source article de Joe Whitworth paru le 8 septembre 2023 dans Food Safety News.

La plupart des aspects techniques liés au séquençage ont été résolus, mais le partage des données et la confiance restent des problèmes clés, selon des experts européens.

L’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et le groupe de travail des Laboratoires de référence inter-européens (EURL) de la Commission européenne sur le prochain séquençage du génome (NGS) ont organisé cette semaine la deuxième conférence Science Meets Policy. Plus de 100 personnes de 20 pays y ont participé en personne, tandis que le nombre de personnes en ligne a culminé à 257.

Stefano Morabito de l'Institut national italien de la santé (ISS), George Haringhuizen de l'Institut national néerlandais pour la santé publique et l'environnement (RIVM), João André Carriço de bioMérieux, Katja Alt, du ministère fédéral allemand de l'Alimentation et de l'Agriculture, et Coen van der Weijden, de l'Autorité néerlandaise de sécurité des produits alimentaires et de consommation (NVWA) ont participé à une table ronde.

Les experts ont souligné la nécessité de faire preuve de flexibilité, d'autant plus qu'il existe 27 pays en Europe à différents stades d'utilisation du séquençage du génome entier et que les épidémies peuvent impliquer des pays extérieurs à l'UE. Ils ont discuté des types de données nécessaires, de la qualité et de la comparabilité des données, des problèmes de ressources, de la manière d'instaurer la confiance et du rôle des différentes parties, notamment les services réglementaires et l'industrie.

Le système One Health WGS de l’EFSA et de l’ECDC fonctionne depuis juillet 2022 et, même si les choses se passent bien, tous les États membres n’y contribuent pas de la même manière.

Dilemme du partage de données

Bernhard Url, directeur exécutif de l’EFSA, a dit que le partage de données génomiques se trouvait désormais à un tournant.

«Nous pensons que d’un point de vue technologique et méthodologique, nous sommes prêts à utiliser les données WGS plus largement et avec plus d’impact. De nombreux problèmes ont été résolus et l'infrastructure technique a été construite. Il ne fait aucun doute, du moins au sein de la communauté, que le partage de données ajoute de la valeur, car il permet une détection plus rapide des épidémies et une meilleure traçabilité. Cela augmente la probabilité de relier des cas sporadiques aux clusters et de détecter les épidémies, et il y a un impact économique mesurable», a-t-il dit.

«Cependant, même si l’on sait que le partage de données est utile, certains obstacles empêchent encore une utilisation plus large», a dit Url.

«Il existe des lacunes technologiques dans la mesure où tous les États membres ou organisations n'utilisent pas régulièrement le WGS. On s’inquiète également du fait que des personnes et des pays disent que nous ne disposons pas d’une base juridique solide pour partager des données. On craint que les personnes perdent le contrôle des données, qu’ils produisent les données, les partagent mais ne sachent pas ce qui se passe ensuite. On craint que si cette technologie était utilisée à grande échelle, beaucoup plus de clusters seraient détectés, ce qui est une bonne chose du point de vue de la santé publique, mais cela augmenterait également la charge de travail des autorités nationales pour suivre et traiter ces clusters.»

Url a dit qu’il serait «imprudent» d’attendre que les législateurs définissent les règles du jeu.

«La communauté WGS doit faire sa part pour créer les conditions du succès. Nous pensons que nous pouvons faire beaucoup pour faire progresser le partage de données dans le cadre législatif actuel. Nous devons encore travailler à créer une compréhension mutuelle sur les avantages et les limites de cette technologie. Nous devons nous mettre d’accord sur des lignes directrices, des processus et des procédures communs, sinon nous ne saurions pas comment comparer les différents résultats», a-t-il dit.

«Nous voulons agir aussi ouvertement que possible mais aussi confidentiellement que nécessaire, il y a une ligne fine que nous devons trouver. L'EFSA a investi des ressources dans la création d'une infrastructure technologique permettant le partage de données WGS, principalement pour lutter contre les menaces d'origine alimentaire. Nous continuerons à faire notre part pour faire progresser le partage des données génomiques.»

Eric Stevens

Point de vue des États-Unis

Eric Stevens, de la Food and Drug Administration des États-Unis, a dit que le réseau GenomeTrakr est le résultat de 12 années de travail. Fin 2021, il y avait 600 000 génomes dans la base de données publique, aujourd’hui c’est plus de 1 000 000 séquences.

«Après plus d'une décennie d'expérience, ce n'est pas le séquençage qui constitue le défi lors de la transition vers ces données, mais la manière dont vous allez les analyser, former le personnel, acquérir les compétences et permettre à l'ensemble du système de les utiliser efficacement.»

«Les métadonnées aident à dresser un tableau complet. Sans elles, vous disposez d’une séquence d’ADN qui ne peut vous renseigner que sur certaines choses. Les données contextuelles donnent vie à ces données, elles vous indiquent d'où viennent ces bactéries, comment elles vivaient et lorsque nous commençons à réfléchir aux interventions que nous pouvons faire, nous avons besoin de ces informations pour comprendre la situation dans son ensemble.

«Pour nous, la meilleure utilisation est de rendre les données ouvertes accessibles à tous, car quelqu'un peut s'intéresser à Salmonella, quelqu'un d'autre à E. coli et parfois ces données se chevauchent avec des interventions que vous pouvez effectuer pour des contrôles préventifs et réduire la contamination.»

Stevens a dit qu'une fois les données entrées dans la base de données, diverses choses peuvent être examinées.

«Quand on commence à penser à la chaîne alimentaire mondiale, on peut se demander où avons-nous besoin de plus de données.et commencer à réaliser des projets pour résoudre ces problèmes afin de mieux comprendre comment les aliments sont contaminés en premier lieu. Vous ne sauriez rien de tout cela si vous n’aviez pas les données qui peuvent vous aider à montrer la voie», a-t-il dit.

«GenomeTrakr est responsable de près de 100 000 isolats alimentaires et environnementaux afin de dresser un tableau plus complet du lien entre les isolats cliniques et leurs sources, afin que nous puissions non seulement répondre aux épidémies d'origine alimentaire, mais aussi essayer de les prévenir. Lorsque vous commencez à examiner d’où proviennent vos sources d’isolats alimentaires et environnementaux liés aux maladies humaines, vous pouvez commencer à attribuer les sources et à un ciblage plus préventif. Si nous pouvons parvenir à un point où nous pouvons télécharger des données en temps réel, nous pouvons commencer à établir ces connexions le plus tôt possible pour retirer un produit contaminé du marché.»

Cela peut également aider à passer de la réponse aux épidémies à la prévention de la contamination.

«Dans un établissement par exemple, vous n'allez pas faire de WGS pour identifier un agent pathogène, vous pouvez faire une méthode de culture rapide pour voir sa présence ou son absence. Mais si vous avez un établissement qui se demande s'il y a un agent pathogène résident, vous aimeriez à 100% cette information du WGS. Vous pourriez étendre cela aux exploitations agricoles et aux sources d’eau potentielles», a dit Stevens.

«Lorsque vous commencez à réaliser des projets dans différentes parties du monde, vous commencez à comprendre que tout le monde a des problèmes qui ne le sont peut-être pas pour vous. Nous avons fait beaucoup de travail en Amérique latine et le gros problème pour se lancer dans le séquençage est la disponibilité des réactifs. Nous entendons dire que cela coûte cinq à sept fois plus cher que ce que nous payons. Lorsque nous parlons de l’utilisation de cette technologie dans le monde, nous devons commencer à nous concentrer sur les questions qui auront le plus d’impact.»

Des experts soulignent la puissance du WGS avant le lancement d'un guide de l'OMS

Le WGS est à la sécurité des aliments ce que le télescope Hubble a été pour l'astronomie.

«Des experts soulignent la puissance du WGS avant le lancement d'un guide de l'OMS»,source article de Joe Whitworth paru le 13 juin 2023 dans food Safety News.

Des scientifiques ont donné un aperçu d'une publication à venir sur l'utilisation du séquençage du génome entier (WGS) dans la sécurité des aliments.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) lancera un guide en juillet qui décrit les capacités qui doivent être en place avant que le WGS puisse être utile pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire et la riposte aux épidémies, les options pour sa mise en œuvre et comment intégrer le WGS dans les systèmes existants.

Le Dr Eric Brown, du Center for Food Safety and Applied Nutrition (CFSAN) de la Food and Drug Administration des États-Unis, a dit que le WGS a été l'un des plus grands impacts récents de la science.

«Pour nous, le WGS a été synonyme de progrès en matière de sécurité des aliments, comme le télescope Hubble l'a été pour l'astronomie, pour le mettre en perspective et ce n'est pas un euphémisme. Il ne fait aucun doute que le WGS a révolutionné la façon dont nous pouvons surveiller et enquêter sur la contamination dans l'approvisionnement alimentaire», a-t-il déclaré aux participants d'un webinaire WHO Health Talks.

Développement de l'utilisation du WGS

Deux incidents mettant en évidence la puissance du WGS dans les premiers jours de son utilisation ont été partagés par Brown.

«L'un impliquait du beurre d’arachide, parce que nous avons vu des cas de maladie dans plusieurs régions du pays, seulement 2 ou 3 cas de maladie, nous avons pu les associer à un WGS haute résolution, comprendre qu'un événement de contamination au beurre d’arachide commençait à émerger et arrêter avant qu'il ne devienne une épidémie. Le second était un événement lié à du fromage de style mexicain où nous avons pu relier plusieurs États de la côte Est à un fournisseur de fromage commun. Cela signifiait que nous pouvions désormais trier rapidement une vaste zone géographique et relier les maladies associées et les produits contaminés le plus rapidement possible.»

Brown a déclaré que le changement de paradigme utilisait le WGS pour la traçabilité avec des données librement disponibles en temps réel.

«Cela a donné naissance au domaine de l'épidémiologie génomique, où au lieu que l'épidémiologie montre toujours la voie, parfois un signal génomique pourrait être produit tôt qui pourrait montrer un lien, puis l'épidémiologie peut retracer cela d'avant en arrière», a-t-il déclaré.

«Quelques caractéristiques du WGS qui le rendent si puissant sont qu'il faut moins de cas cliniques, une portée et une définition d'une épidémie beaucoup plus claires, nous pouvons déterminer ce qui est lié ou non plus rapidement, nous pouvons également effectuer un suivi des sources en temps réel. Les matières premières peuvent être tracées, ce qui donne lieu à une meilleure analyse des causes profondes, car cela peut vous dire de quelle matière première de quelle partie du monde la contamination pourrait provenir. Des véhicules alimentaires complexes comme une salade peuvent avoir des ingrédients qui commencent n'importe où dans le monde.

Brown a cité deux exemples récents de partage de données dans la base de données GenomeTrackr.

«Dans une série d'événements liés au tahini qui a été exporté à l'international, plusieurs pays ont pu identifier une source commune de contamination pour le tahini. Un autre exemple est les épidémies à Listeria associées aux champignons enoki. Cela impliquait quatre pays en particulier : l'Australie, la Corée du Sud, le Canada et les États-Unis qui ont partagé leurs données et vous pouviez voir un lien à partir d'une cause profonde qui s'est manifestée dans plusieurs pays», a-t-il déclaré.

«À l'heure actuelle, nous continuons d'améliorer le processus et la base de données avec une plus grande intégrité des données, un renforcement des capacités pour mettre la technologie entre les mains d'un plus grand nombre de personnes dans le monde et nous assurer que nous pouvons les partager autant que possible en temps réel. Comme mon collègue de la FDA Marc Allard aime à le dire, pour chaque millier de génomes que nous pouvons entrer dans la base de données, nous pouvons prévenir six cas supplémentaires de maladie chaque année. Nous savons désormais que l'utilisation accrue du WGS entraîne plus d'épidémies et d'événements de contamination que nous pouvons identifier et cela équivaut à moins de personnes malades.

Principaux éléments du guide de l'OMS

La Dr Kirsty Hope, responsable de la Foodborne and Waterborne Diseases and One Health Branch en Nouvelle-Galles du Sud, Australie, a déclaré que la détection précoce aide à réduire le fardeau de la maladie dans la communauté.

«Le WGS a une plus grande sensibilité et spécificité dans le sous-typage des agents pathogènes d'origine alimentaire. Il donne beaucoup d'informations sur les facteurs de virulence et la résistance aux antimicrobiens. Il nous permet de comparer les souches au niveau national ou international. Le module améliore notre surveillance de routine déjà en place pour les agents pathogènes d'origine alimentaire, permet la détection des épidémies, aide à la réponse aux épidémies et intègre la réponse One Health, avec des personnes chargées de la santé animale et de la sécurité des aliments, des laboratoires et des bases de données de séquences et d'isolats qui permettent une détection précoce.»

Le document d'orientation de l'OMS couvre les principes à prendre en compte pour décider s'il est approprié d'utiliser le WGS. Les pays ont besoin d'un système établi de surveillance et de riposte sur lequel ils peuvent s'appuyer. Il y a un besoin d'adhésion politique et financière et une charge de ressources lors de l'utilisation du WGS. Trois modules comprennent l'introduction, la surveillance et les enquêtes sur les éclosions.

«Nous avons essayé de reconnaître que les pays sont tous à des stades différents de leur développement et de leur utilisation du WGS, les modules sont configurés de manière à ce que vous puissiez extraire un composant et l'utiliser uniquement ou vous pouvez utiliser l'ensemble du document. Le premier module définit les capacités minimales nécessaires avant qu'un pays puisse s'embarquer dans ce voyage du WGS pour améliorer les investigations sur les épidémies et la surveillance de routine. Cela leur donne également des options pour les différentes façons de mettre en œuvre le WGS», a déclaré Hope.

«Le deuxième module concerne les enquêtes sur les épidémies et l'utilisation du WGS. Il est destiné aux pays qui en sont aux premières étapes de la surveillance en laboratoire des agents pathogènes alimentaires afin de pouvoir commencer à vous appuyer sur cela. Il explique comment vous pouvez utiliser le WGS pour détecter les épidémies et le processus de réponse. Le troisième module concerne la surveillance. C'est pour les pays qui ont un système de surveillance en laboratoire et qui est utilisé depuis un certain temps. Il y a un certain chevauchement entre les modules sur les épidémies et la surveillance. Les modules sont utilisés comme un processus pour vous aider à parcourir, réfléchir et planifier dans vos pays et différentes agences sur la façon d'aller de l'avant avec le WGS.

Des études de cas par le CDC, l'UKHSA et l'Agence de la santé publique du Canada et des épidémies fictives sont incluses dans les directives.

«Pour la surveillance et la réponse, nous essayons de prévenir les cas de maladie de se produire et prendre des mesures de santé publique. Pour ce faire, nous utilisons les informations des épidémiologistes et de nos collègues de la sécurité des aliments et de la santé animale. Le WGS est une partie et aide à faire notre travail avec plus de précision, mais l'épidémiologie traditionnelle et la collaboration sont toujours nécessaires. Il est également important d'être clair sur les questions que vous vous posez pour obtenir les réponses que vous voulez ou vous pourriez avoir plus de questions», a déclaré Hope.

De la formation de biofilms de Listeria monocytogenes isolées d’industries de la viande et des produits laitiers

C’est une confirmation pour ceux qui en auraient douté, des souches de Listeria monocytogenes peuvent former des biofilms ...

Un article vient de paraïtre dans la revue International Journal of Food Microbiology et qui pour titre, «Formation de biofilms et caractéristiques génomiques des souches de Listeria monocytogenes isolées d’industries de la viande et des produits laitiers dans le Piémont (Italie)».

Faits saillants

- L. monocytogenes isolés des aliments et de l’environnement n'ont montré aucune différence dans la production de biofilms.

- Les biofilms modérés/forts étaient plus associés à la viande qu'aux prélèvements de produits laitiers.

- L’îlot de survie au stress (SSI-1) a été associé à des niveaux accrus de formation de biofilms.

- La protéine arylsulfatase D (ars D) et l’internaline inlA tronquée étaient associées à des niveaux accrus de biofilms.

Résumé

Listeria monocytogenes est considérée comme un défi majeur pour l'industrie alimentaire car elle peut persister pendant de longues périodes dans les usines de transformation des aliments en formant des biofilms. Les objectifs de cette étude étaient : i) d'évaluer la capacité de production de biofilm de 57 isolats de Listeria monocytogenes préalablement soumis à un séquençage du génome entier (WGS) ; ii) comparer les niveaux de formation de biofilm avec la présence ou l'absence de gènes associés au biofilm. Pour déterminer la présence ou l'absence d'un ensemble connu de gènes associés au biofilm, une analyse génomique comparative a été effectuée sur chaque souche. Parmi les isolats de Listeria monocytogenes, 58%, 38,5% et 3,5% présentaient respectivement une production de biofilm faible, modérée ou forte. Aucune différence dans la production de biofilm n'a été observée entre les isolats alimentaires et environnementaux. Le pourcentage de souches de Listeria monocytogenes isolées à partir de produits carnés (57%) classés comme producteurs modérés ou forts de biofilm était supérieur au pourcentage obtenu pour les souches isolées à partir de produits laitiers (28%). La présence de lîlot de survie au stress 1, du gène de stress ars D et de la protéine tronquée inlA était significativement associée à des niveaux accrus de biofilm. La combinaison du phénotype du biofilm avec les données moléculaires et de génotypage peut fournir l'opportunité de mieux comprendre la relation entre les gènes liés à la formation du biofilm chez Listeria monocytogenes.

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Une étude révèle une faible utilisation du séquençage du génome entier en dehors des États-Unis et de l’Europe

«Une étude révèle une faible utilisation du séquençage du génome entier en dehors des États-Unis et de l’Europe», source article de Joe Whitworth paru le 22 avril 2022 dans Food Safety News.

Selon une étude, un tiers des répondants à l'enquête dans les pays à revenu faible ou intermédiaire n'utilisent pas le séquençage du génome entier ou complet (WGS pour whole genome sequencing).

Seuls 8 % ont déclaré utiliser le WGS de manière routinière et en temps réel, ce qui met en évidence une adoption minimale de la technologie pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire en dehors des États-Unis, du Canada et de l'Europe.

Les principaux obstacles à la mise en œuvre étaient le manque de financement, les lacunes en matière d'expertise et de formation, en particulier pour l'analyse et l'interprétation des données, selon l'étude publiée dans la revue Foodborne Pathogens and Disease, «PulseNet International Survey on the Implementation of Whole Genome Sequencing in Low and Middle-Income Countries for Foodborne Disease Surveillance».

PulseNet International (PNI) a réalisé l'étude pour identifier les défis auxquels les pays étaient confrontés concernant le WGS. Le groupe se compose de laboratoires et de réseaux de laboratoires nationaux, régionaux et sous-régionaux dans 88 pays qui suivent les maladies d'origine alimentaire dans le monde.

Statistiques de séquençage

Quarante et une institutions de 33 des 54 pays d'Afrique, d'Asie-Pacifique, d'Amérique latine, des Caraïbes et du Moyen-Orient ont répondu à l'enquête début 2020. Les deux tiers des répondants étaient des laboratoires nationaux de référence, y compris ceux de la santé publique nationale, de l'agriculture , et les autorités de sécurité des aliments.

Un sur cinq utilise le WGS pour les investigations sur les épidémies après avoir été identifié par d'autres moyens et 28% l'utilisent uniquement pour la recherche et les études pilotes.

Parmi les laboratoires qui n'ont pas mis en œuvre le WGS, 40% sous-traitent le séquençage à une autre institution, mais ils prévoient d'adopter le WGS en interne pendant ou après 2022.

Vingt pour cent des laboratoires n'utilisent pas le WGS pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire, bien que le séquençage soit effectué sur place à d'autres fins. La majorité des laboratoires qui utilisent le WGS pour des investigations après une épidémie ou pour des études pilotes effectuent le séquençage dans leur propre établissement.

En 2019, seulement 5% des laboratoires ont séquencé plus de 1 000 isolats. Bien que 66% aient séquencé 0 à 100 isolats cette année-là, les laboratoires restants ont séquencé entre 100 et 1 000 isolats. La majorité des tests ont été effectués sur des pathogènes d'origine alimentaire tels que Salmonella, E. coli, Shigella, Vibrio, Campylobacter et Listeria.

Problèmes d'analyse des données

La capacité de génération de séquences est généralement supérieure à celle d'analyse ou d'interprétation des données. La capacité de calcul et de bioinformatique s'est avérée généralement faible.

Quarante-quatre pour cent des répondants ont déclaré que la capacité et l'expertise de leurs laboratoires à utiliser, développer, optimiser et dépanner les protocoles d'analyse bioinformatique pour les données WGS étaient faibles ou inexistantes.

La majorité des laboratoires n'ont pas de lignes directrices établies pour l'interprétation des données WGS telles que le nombre d'allèles ou de différences SNP pour la détection des épidémies.

Les connaissances des utilisateurs finaux pour une utilisation efficace des données WGS sont faibles. Seul un tiers des laboratoires ont déclaré que le niveau de connaissances et la capacité à utiliser les données WGS pour la prise de décision en matière de santé publique étaient bons ou excellents.

La diffusion des résultats du WGS se fait en grande partie par des méthodes traditionnelles et le partage des données est limité. Les méthodes traditionnelles, y compris les feuilles de calcul Excel, les copies papier, y compris le fax, et en personne ou par téléphone ont dominé les méthodes modernes telles que les systèmes de gestion des informations de laboratoire et les sites Internet internes.

Plus de la moitié des laboratoires n'échangent pas de données de séquençage avec des partenaires externes dans leur pays et seulement la moitié des répondants rendent parfois leurs données de séquençage accessibles au public.

La moitié des laboratoires pensent que PNI devrait se concentrer sur la formation, en particulier dans l'analyse des données WGS, et que l'accès à des outils et des pipelines d'analyse normalisés et validés à l'échelle mondiale est essentiel pour progresser vers la surveillance mondiale des maladies d'origine alimentaire à l'aide du WGS.

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Analyse du WGS de Listeria monocytogenes d’environnements ruraux, urbains et agricoles en Norvège: diversité génétique, persistance et relation avec les isolats cliniques et alimentaires

«Analyse du WGS de Listeria monocytogenes d’environnements ruraux, urbains et agricoles en Norvège: diversité génétique, persistance et relation avec les isolats cliniques et alimentaires», source article paru dans Applied and Environmental Microbiology.

Résumé

Listeria monocytogenes est une bactérie environnementale ubiquitaire associé à une grande variété d'environnements naturels et artificiels, tels que le sol, la végétation, le bétail, les environnements de transformation des aliments et les zones urbaines. Il fait également partie des pathogènes d'origine alimentaire les plus meurtriers, et la connaissance de sa présence et de sa diversité dans les sources potentielles est cruciale pour le suivre et le contrôler efficacement dans la chaîne alimentaire. L'isolement de L. monocytogenes dans divers environnements ruraux et urbains a montré une prévalence plus élevée dans les développements agricoles et urbains que dans les zones forestières ou montagneuses, et cette détection était positivement associée aux précipitations. Le séquençage du génome entier (WGS) a été réalisé pour les isolats collectés et pour L. monocytogenes d’exploitations laitières norvégiennes, au total 218 isolats. Les données ont été comparées aux ensembles de données disponibles provenant de sources cliniques et alimentaires en Norvège recueillies au cours de la dernière décennie. Plusieurs exemples de clusters d'isolats présentant des différences alléliques de 0 à 8 wgMLST ont été collectés au fil du temps au même endroit, démontrant la persistance de L. monocytogenes dans les environnements naturels, urbains et agricoles. En outre, plusieurs clusters avec 6 à 20 différences alléliques wgMLST contenant des isolats collectés à différents endroits, moments et habitats ont été identifiées, dont neuf clusters hébergeant des isolats cliniques. Les clones les plus omniprésents trouvés dans le sol et d'autres écosystèmes naturels et animaux (CC91, CC11 et CC37) étaient distincts des clones prédominants parmi les isolats cliniques (CC7, CC121, CC1) et alimentaires (CC9, CC121, CC7, CC8). Les analyses ont indiqué que ST91 était plus répandu en Norvège que dans d'autres pays et ont révélé une forte proportion de ST121 hypovirulent parmi les cas cliniques norvégiens.

Importance

Listeria monocytogenes est un pathogène mortel d'origine alimentaire répandu dans l'environnement. Pour une gestion efficace, les autorités de santé publique et les producteurs alimentaires ont besoin d'outils fiables pour le suivi des sources, la surveillance et l'évaluation des risques. Pour cela, le séquençage du génome entier (WGS) est considéré comme la référence actuelle et future. Dans la présente étude, nous avons utilisé le WGS pour montrer que L. monocytogenes peut persister pendant des mois et des années dans des environnements naturels, urbains et d’exploitations laitières. Notamment, des clusters d'isolats presque identiques, avec des distances génétiques dans les seuils souvent suggérés pour définir un groupe épidémique, peuvent être collectés à partir de sources géographiquement et temporellement indépendantes. Les travaux soulignent la nécessité d'une meilleure connaissance des relations génétiques entre les isolats cliniques et les isolats de L. monocytogenes provenant d'un large éventail d'environnements, y compris les environnements naturels, urbains, agricoles, d'élevage, de production alimentaire et de transformation des aliments, afin de correctement interpréter et utiliser les résultats des analyses WGS.

Aux lecteurs du blog

Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut pas payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles.

Les alertes liées aux cas d’intoxication alimentaire dans l'UE ont diminué en 2020

«Les alertes liées aux cas d’intoxication alimentaire dans l'UE ont diminué en 2020», source article de Joe Whitworth paru le 28 juin 2021 dans Food Safety News.

Un système utilisé par les pays européens pour signaler les cas d’intoxication alimentaire a vu le nombre de demandes baisser en 2020 par rapport à l'année précédente.

L’European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) héberge la plate-forme EPIS-FWD (système d'information sur les épidémies pour les maladies d'origine alimentaire et hydrique), qui comprend les demandes urgentes.

Les enquêtes urgentes sont lancées par les pays ou l'ECDC pour évaluer l'aspect dans plusieurs pays potentiels des événements nationaux.

Salmonella, le problème principal

En 2020, 72 enquêtes urgentes ont été initiées contre 88 en 2019, le nombre le plus élevé depuis le lancement de la plateforme. L'année dernière, des alertes sont venues de 16 des 52 pays du réseau et une sur une vibriose a été lancée par l'ECDC et près de la moitié étaient dues à Salmonella.

Dans l'ensemble, les alertes concernaient la salmonellose, la listériose, l'infection à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), le virus de l’hépatite A, la shigellose, la campylobactériose, la yersiniose, le botulisme, norovirus, la psittacose, le virus de l'encéphalite à tiques et la vibriose. En moyenne, 10 pays ont répondu à chaque alerte.

Il y a eu une réduction de la détection et de la réponse aux épidémies d'origine alimentaire et hydrique au cours des premières semaines de COVID-19, mais le nombre d'incidents surveillés a augmenté pendant l'été et l'automne. En 2020, soutenir la réponse européenne au COVID-19 est devenu l'activité principale de l'agence, consommant la plupart de son temps et de ses ressources.

Une enquête de six mois sur les performances de l'ECDC pendant la pandémie par le Médiateur européen a révélé des lacunes dans les pratiques de transparence et la nécessité d'améliorer les données reçues des autorités nationales.

EPIS va être remplacé par une solution de gestion des événements et des menaces (ETMS pour Event and Threat Management Solution), un nouvel outil de détection et de gestion des événements et des menaces.

Développement du WGS

À la fin de 2020, neuf pays soumettaient régulièrement des données de surveillance sur la listériose au séquençage du génome entier, et huit pays dans le cadre d'enquêtes sur les épidémies. Au total, 28 cas groupés ou clusters dans plusieurs pays possibles à Listeria monocytogenes ont été détectées en Europe. Parmi ceux-ci, 16 ont été trouvés par les États membres via une interface utilisateur et 12 par l'ECDC.

Les points de contact nationaux pour les maladies d'origine alimentaire et hydrique se sont réunis virtuellement en mars 2020 et ont discuté de la propagation transfrontalière potentielle de Campylobacter. Plus tard dans l'année, la Suède a lancé une interface utilisateur et la première propagation transfrontalière d'infections à Campylobacter vérifiée par WGS a été confirmée impliquant la Suède, le Danemark, la Norvège et le Luxembourg.

En 2020, l'ECDC a publié deux évaluations sur des épidémies avec l'EFSA: une troisième mise à jour sur une épidémie dans plusieurs pays à Salmonella Enteritidis liée à des œufs et une sur des cas d’infections à Salmonella Typhimurium et Salmonella Anatum liées à des noix du Brésil.

L'ECDC a développé un système pour la collecte, la gestion, l'analyse et le stockage des données du séquençage du génome entier qui permettra une analyse en temps réel et une comparaison visuelle des séquences pour identifier les souches courantes et détecter les épidémies. Il sera d'abord appliqué aux agents pathogènes dont Listeria, Salmonella et STEC. La publication a été reportée en raison de la pandémie mais est fixée pour cette année.

Les travaux préparatoires sur la collecte et l'analyse des données WGS provenant d'isolats humains et alimentaires se sont poursuivis en 2020. À l'avenir, les bases de données de l’ECDC et de l’EFSA resteront distinctes, mais échangeront des données en temps réel pour rechercher et détecter des séquences parmi les isolats humains et non humains.

Évaluation économique du séquençage du génome entier pour l'identification et la surveillance des pathogènes auprès de huit laboratoires

Un article paru dans le numéro du 4 mars 2021 d'Eurosurvellance traite de l'«Évaluation économique du séquençage du génome entier pour l'identification et la surveillance des pathogènes - résultats d'études de cas en Europe et dans les Amériques 2016 à 2019.»

Les huit laboratoires sont les suivants :

APHA: Animal and Plant Health Agency; EMC: Erasmus Medical Centre; FLI: Friedrich-Loeffler-Institut; INEI-ANLIS: Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas - Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud; IZSLER: Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Lombardia e dell'Emilia-Romagna; MDH: Maryland Department of Health; PHAC: Public Health Agency Canada; PHE: Public Health England.

Malheureusement la France est absente de cette comparaison ...

Introduction

Le séquençage du génome entier (WGS) transforme le travail des laboratoires microbiologiques de référence à travers le monde. Les séquences génomiques complètes d'un isolat ou d'un échantillon ont le potentiel d'améliorer les programmes de surveillance des maladies infectieuses et de renforcer les enquêtes épidémiologiques. Les exemples incluent la possibilité d'identifier des éclosions plus tôt grâce à la valeur ajoutée de la détection de cas groupés basées sur le génome, le suivi des souches avec des marqueurs spécifiques pertinents pour la santé (par exemple l'antigénicité, la virulence, la transmissibilité, les marqueurs de résistance) et le suivi de l'efficacité des mesures de contrôle ( par exemple la vaccination, les programmes d'élimination). Le développement de la génomique des pathogènes et des outils, de l'infrastructure et des analyses nécessaires pour le WGS peut être utilisé dans tous les secteurs (santé publique, santé vétérinaire ou sécurité des alimentais) et dans les types de pathogènes (virus, bactéries ou parasites), offrant un potentiel pour une intégration plus poussée des activités de surveillance et donc pour des économies d'échelle.

Cependant, dans la pratique, un modèle actuellement privilégié implique l'introduction du WGS dans les programmes individuels axés sur les pathogènes, où les coûts de mise en œuvre du WGS dans le diagnostic et la surveillance de routine restent élevés par rapport aux tests principalement phénotypiques actuellement utilisés. Pour mieux comprendre le différentiel de coût entre les méthodes conventionnelles et le WGS dans le contexte de l'identification et de la surveillance des pathogènes, et pour identifier les principaux facteurs affectant les coûts et les avantages des systèmes de surveillance basés sur le WGS, nous avons réalisé une évaluation économique dans huit laboratoires de référence dans sept pays. (Argentine, Canada, Allemagne, Italie, Pays-Bas, États-Unis (États-Unis) et deux instituts du Royaume-Uni (UK)).

Dans un second temps, nous avons voulu comprendre si les bénéfices tirés des informations complémentaires obtenues grâce au séquençage des pathogènes sont susceptibles de compenser le surcoût du WGS. Pour cela, nous avons estimé pour l'exemple de la salmonellose le nombre de cas de maladie qui devraient être évités chaque année grâce à l'utilisation du WGS pour atteindre le seuil de rentabilité, c'est-à-dire pour rendre l'utilisation du prix neutre du WGS

Discussion

Cette analyse des expériences pratiques de huit laboratoires de référence en Europe et aux Amériques entre 2016 et 2019 a confirmé que le WGS avait en moyenne des coûts par échantillon plus élevés que les méthodes de laboratoire conventionnelles: le WGS était entre 1,2 et 4,3 fois plus cher que les méthodes conventionnelles de routine.

Plusieurs facteurs ont influé sur les coûts de WGS. Il y avait une tendance générale à augmenter les rendements d'échelle avec l'analyse WGS, les coûts moyens par échantillon de WGS ayant tendance à diminuer à mesure que le volume de l'échantillon et la taille du lot augmentent.

Les laboratoires de référence qui traitent un volume élevé d'échantillons sont donc susceptibles de réaliser un coût par échantillon inférieur à celui des institutions plus petites traitant moins d'échantillons.

Cependant, une analyse centralisée peut s'accompagner d'un compromis en termes de délai d'exécution en raison de l'augmentation du temps d'expédition des échantillons. Dans les pays à système décentralisé, les laboratoires régionaux ont souvent un rôle important, ce qui limite le volume d'échantillons par laboratoire. Le manque de temps dans un contexte d'épidémie ne permet souvent pas de regrouper les échantillons. Par conséquent, le coût d'utilisation du WGS pour la surveillance des épidémies d'influenza aviaire est élevé - le coût moyen de deux laboratoires de référence de notre étude était de 793 euros par échantillon. En revanche, le coût moyen des cinq laboratoires de référence qui utilisaient le WGS pour la surveillance de routine des pathogènes d'origine alimentaire était beaucoup plus faible, à 209 euros par échantillon. Fait intéressant, dans le cas de la surveillance de l'influenza humaine à l'aide d'un flux de travail basé sur WGS (EMC pour Erasmus Medical Centre), le coût était le plus bas de tous les établissements analysés à 98 euros par échantillon (à peine plus élevé que le coût du flux de travail conventionnel).

Les coûts de la plate-forme de séquençage utilisée (producteur, modèle et consommables associés) peuvent différer considérablement et sont en outre influencés par la mesure dans laquelle les séquenceurs et autres équipements sont utilisés à pleine capacité ou non. L'étude de cas de l'EMC prouve qu'un séquenceur à moindre coût et une configuration efficace peuvent être capables de limiter les coûts avec des tailles de lots et des volumes d'échantillons plus petits. Le séquenceur a été utilisé à la fois pour le séquençage des échantillons de surveillance et à d'autres fins, réduisant ainsi les coûts d'équipement par échantillon de surveillance. En revanche, d'autres laboratoires de référence n'ont pas ou n'auraient pas pu utiliser l'équipement à pleine capacité pour diverses raisons, notamment les contraintes de temps (contexte de l'épidémie), le volume global de l'échantillon et la mesure dans laquelle l'équipement acheté considérait des volumes d'échantillons futurs (potentiellement plus élevés). En outre, l'EMC a pu obtenir des remises allant jusqu'à 60% par rapport au prix catalogue des équipements WGS et des principaux consommables en s'associant avec d'autres hôpitaux universitaires et en négociant collectivement avec les fournisseurs.

Les laboratoires de référence ont indiqué que le manque de concurrence entre les fournisseurs d'équipements de séquençage et la dépendance vis-à-vis de consommables spécifiques pour le séquençage était un facteur clé de coût et rendait le WGS actuellement moins abordable. D'autres facteurs de coût étaient le niveau d'automatisation (affectant les demandes de temps du personnel) et les coûts de l'infrastructure bioinformatique, qui différaient considérablement entre les laboratoires de référence. En particulier pour les laboratoires plus petits ou régionaux, les applications basées sur le cloud pour l'analyse bioinformatique peuvent conduire à des économies considérables. C'était le cas du Maryland Department of Health (MDH), qui utilisait des outils en ligne pour l'analyse de séquençage. On s'attend à ce que les futures réductions des coûts dans l'automatisation et le séquençage (ainsi que dans le calcul et le stockage des données) réduiront considérablement les coûts de la surveillance des agents pathogènes à l'aide du WGS (et réduiront également davantage les délais d'exécution).

Même à des niveaux de coûts documentés ici, le WGS fournit un niveau d'informations supplémentaires qui fait plus qu'équilibrer les coûts supplémentaires s'il est utilisé efficacement. Toutes les institutions des études de cas ont fait état des avantages majeurs de l'utilisation du WGS pour l'identification et la surveillance des agents pathogènes, la rationalisation de leurs flux de travail, rendant les processus analytiques plus aptes à l'automatisation et améliorant les moyens de détection et de contrôle d'éclosions. Comme l'exemple des maladies d'origine alimentaire l'a montré le plus clairement, le WGS peut identifier plus de cas groupés dans une épidémie et réduire les cas globaux de maladie, si les systèmes de santé publique sont suffisamment équipés et financés pour prendre des mesures efficaces.

Notre analyse du seuil de rentabilité indique que dans le cas de la surveillance de Salmonella, seul un pourcentage modeste (0,2 à 1,1%) des cas de salmonellose signalés devrait être évité chaque année grâce à l'utilisation du WGS afin de rendre l'adoption de la technologie coûteuse neutre du point de vue de la santé publique.

La cohérence des résultats entre les cinq laboratoires de référence et l'analyse de sensibilité confirment la robustesse de la principale conclusion de l'analyse du seuil de rentabilité: qu'éviter un seul décès prématuré dû à la salmonellose sur une période de plusieurs années grâce à l'utilisation du WGS était suffisant pour équilibre des coûts du point de vue de la santé publique pour tous les systèmes de surveillance de Salmonella analysés.

Dans ce contexte, il est à noter que le nombre de décès dus à des infections d'origine alimentaire est probablement sous-estimé. La notification de la salmonellose se fait principalement au moment du diagnostic et donc avant que le résultat final ne soit connu. Il existe des indications d'une surmortalité substantielle chez les patients après salmonellose jusqu'à un an après l'infection qui ne peut être expliquée par d'autres facteurs.

Bien que les résultats de l'analyse du seuil de rentabilité ne puissent être généralisés, ils illustrent les avantages potentiels pour la santé publique de l'utilisation du WGS. Les avantages de l'utilisation du WGS pour l'identification et la surveillance des pathogènes dépendaient en grande partie de la configuration et du fonctionnement du système de surveillance: plus le WGS est utilisé tardivement dans le processus analytique, plus les avantages potentiels peuvent être limités dans un contexte d'épidémie (par exemple, si les échantillons ne sont séquencés que plusieurs semaines après la détection d'une épidémie par d'autres méthodes). Les études de cas ont mis en évidence les avantages du WGS dans le cadre d'une approche One Health, en particulier dans la surveillance des pathogènes d'origine alimentaire. L'identification des liens entre les cas humains et les sources dans le système alimentaire par le biais du WGS en temps réel dépend de manière critique d'un échange continu de données de séquençage provenant de la surveillance de routine en laboratoire d'échantillons provenant de sources humaines, animales et alimentaires.

Lors de l'interprétation de cette évaluation économique, il est essentiel de noter ses limites. Les études de cas avec huit laboratoires de référence sont caractérisées par différentes variables: différents pathogènes, différentes méthodes conventionnelles utilisées comme comparateurs, différentes infrastructures et différents types de systèmes de surveillance. Les coûts par échantillon calculés dans cette étude étaient les coûts réels supportés par ces huit laboratoires de référence, reflétant leurs situations spécifiques. Cela implique que les estimations de coûts ne peuvent pas être utilisées pour extrapoler les coûts à d'autres institutions. L'approche consistant à se concentrer sur les coûts différentiels avec une méthodologie cohérente et appliquée uniformément a simplifié l'analyse complexe, car les coûts qui ne sont clairement pas affectés (par exemple pour l'amortissement des bâtiments de laboratoire) n'avaient pas besoin d'être évalués, ce qui nous a permis de nous concentrer en détail sur ces coûts et avantages lorsque des changements ont été causés par l'utilisation de WGS. Des limites sont également notables pour l'analyse du seuil de rentabilité, qui s'est concentrée sur un pathogène spécifique (Salmonella). Les résultats ne sont donc pas applicables à la surveillance d'autres pathogènes.

Des experts évaluent l'utilisation du séquençage du génome entier dans les épidémies dans plusieurs pays de l'UE

« Des experts évaluent l'utilisation du séquençage du génome entier dans les épidémies dans plusieurs pays », source article de Joe Whitworth paru le 9 octobre 2020 dans Food Safety News.

Des experts ont discuté des principaux obstacles à l'adoption du séquençage du génome entier ou du génome complet (WGS pour whole genome sequencing) pour la surveillance et le suivi des maladies d'origine alimentaire en Europe.

L'événement «Séquençage de nouvelle génération pour lutter contre les maladies d'origine alimentaire dans l'UE» était initialement prévu en mars à l'Istituto Superiore di Sanità en Italie, mais a été déplacé en ligne à fin septembre en raison de la pandémie de coronavirus.

Une enquête avec 100 réponses au cours de la conférence a révélé l'absence de cadre juridique, des problèmes de confidentialité et de propriété des données, une absence d'expertise en bioinformatique et le manque de fonds enguise de quelques-unes des pierres d'achoppement.

Parmi les orateurs figuraient Martial Plantady de la Commission européenne, Saara Kotila du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et Valentina Rizzi de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA).

Presque toutes les personnes interrogées ont convenu que la surveillance et le suivi basés sur le WGS au niveau de l'UE seraient bénéfiques. Les fonctionnalités les plus utiles incluaient la profondeur des analyses, il peut remplacer la plupart, sinon la totalité, des autres méthodologies, il est automatisé et sa sensibilité.

Plantady a déclaré qu'il était trop tôt pour que les règles rendent obligatoire le WGS dans le cadre des contrôles officiels.

« Je suis convaincu que dans les années à venir, que davantage d'États membres réaliseront le WGS et partageront des données. À ce stade, nous réfléchirons en interne avec eux sur l'imposition de l'utilisation de l'outil dans certaines circonstances, mais il est maintenant trop tôt. Nous encourageons et mettons en place le réseau des laboratoires de référence de l'Union européenne (EURL) pour renforcer les capacités des laboratoires nationaux de référence (LNR) et des laboratoires privés effectuant des contrôles officiels. Le WGS n'est pas suffisamment standardisé pour faire partie des contrôles officiels, c'est donc un cercle vicieux », a-t-il déclaré.

Les résultats du WGS nécessitent des données épidémiologiques

Saara Kotila de l'ECDC a déclaré que les méthodes basées sur le WGS sont rapidement devenues la norme dans les enquêtes sur les épidémies d'origine alimentaire et hydrique.

« Le pouvoir discriminant élevé de la méthode vous permet de confirmer un lien entre les cas et les isolats, ce qui n'était pas possible avec les méthodes plus anciennes, mais pour clarifier la nature du lien, d'autres données sont nécessaires, telles que des données épidémiologiques et séquentielles provenant d'isolats non-humains d'origines diverses telles que les aliments, les animaux et l'environnement pour suivre d'éventuelles sources et véhicules d'origine alimentaire », a-t-elle déclaré.

« Il existe différentes manières d'analyser les données WGS disponibles et utilisées dans différents pays et laboratoires. Il est important que ceux-ci puissent tirer les mêmes conclusions à partir des mêmes données brutes et que l'ensemble de données soit analysé - c'est pourquoi le partage des données de séquence entre les instituts est nécessaire. »

Les données épidémiologiques pourraient inclure l'âge, le sexe, la région du pays, les informations de voyage et les données de consommation et d'exposition des patients.

L'ECDC coordonne la surveillance améliorée de la listériose par WGS depuis mars 2019.

« Dix-huit des 30 groupes contenant des isolats de patients microbiologiquement étroitement liés détectés depuis le début de la surveillance contenaient moins de cinq isolats, ce qui au niveau de l'UE est petit. Nous avons un projet de critères pour déterminer à quel point un cluster doit être soumis », a déclaré Kotila.

La processus de remontée peut signifier que davantage de pays s'impliquent, mais tous les clusters sont communiqués aux pays touchés. Le niveau de remontée dépend du nombre de cas et de pays concernés.

« Nous voulons avoir six isolats ou plus des 12 derniers mois provenant de deux pays ou plus. Chaque fois qu'une enquête urgente est lancée (généralement effectuée par des instituts nationaux de santé mais peut également l'être par l'ECDC), il est volontaire pour les pays d'y répondre. Cela signifie travailler pour eux, et c'est encore plus gourmand en ressources de commencer des enquêtes supplémentaires en collaboration avec les autorités de sécurité sanitaire des aliments », a déclaré Kotila.

« Si trop d'enquêtes et d'enquêtes urgentes étaient lancées, les autorités nationales auraient du mal à trouver des ressources et cesseraient peut-être de contribuer. Il est toujours nécessaire de trouver un équilibre entre les ressources et la valeur de la santé publique pour prioriser les enquêtes. »

L'EFSA va collecter des données WGS à partir d'isolats non humains

Valentina Rizzi, de l'EFSA, a déclaré que la collecte centralisée de données WGS est nécessaire pour soutenir une enquête rapide sur les épidémies d'origine alimentaire dans plusieurs pays.

« Lorsqu'il est nécessaire de collecter des séquences auprès de pays dans le cadre d'une enquête sur une épidémie dans plusieurs pays, l'EFSA est soutenue par les laboratoires de référence de l'Union européenne pour les agents pathogènes d'origine alimentaire et leur réseau de laboratoires nationaux de référence », a-t-elle déclaré.

« À partir de la fin de l'année prochaine, l'EFSA sera en mesure de collecter auprès des pays des données WGS à partir d'isolats non-humains de Listeria monocytogenes, Salmonella et E. coli soumis sur une base volontaire via le système One Health WGS. Les utilisateurs de données prévus du nouveau système seront les autorités compétentes et les laboratoires des États membres de l'UE et d'autres pays déclarants qui signeront un accord bilatéral avec l'EFSA. »

Le système One Health WGS sera composé de deux systèmes interopérables, l'un au sein de l'EFSA et l'autre à l'ECDC, collecte et stockage des données. L'objectif est de collecter des informations de typage de base pour détecter des clusters de maladies d'origine alimentaire et de générer des hypothèses sur les vecteurs alimentaires possibles impliqués.

Dilemme des données

Les répondants à l'enquête ont dit que les principaux inconvénients de la publication de données dans le domaine public comprennent la divulgation d'informations sensibles susceptibles d'affecter la vie privée des personnes, leur utilisation par d'autres scientifiques et le manque d'harmonisation et de normalisation des processus méthodologiques.

Kotila a déclaré que les entreprises pourraient craindre que les cas soient liés à leurs produits, nuisent à leur réputation et aient un impact économique sur les ventes.

« Mais ils pourraient bénéficier de ces enquêtes, car les épidémies pourraient être détectées plus tôt et contrôlées avant une éventuelle escalade, par ex. se retrouvant sous une intense attention de la presse et/ou des affaires judiciaires. D'un autre côté, les données de séquençage peuvent également montrer qu'une entreprise n'est pas liée à une épidémie spécifique », a-t-elle déclaré.

« Certains s'inquiètent du fait que quelqu'un retire les données disponibles et publie des publications scientifiques sans mentionner la source/propriétaire des données, qui peut vouloir faire ses propres publications avec les mêmes données. J'espère que lorsque de plus en plus d'instituts et/ou de personnes partageront des données de séquence, d'autres suivront car ils verront qu'il n'y a rien à craindre. »

Rizzi a déclaré que la soumission de données contribuera à la sécurité des aliments à la protection des consommateurs au sein de l'UE.

« La soumission de données à notre système devrait apporter une valeur ajoutée aux fournisseurs. Il est essentiel de souligner que la propriété appartient aux producteurs des données. Dans le système de l'EFSA, le propriétaire des données sera l'organisation fournisseur qui aura la responsabilité d'obtenir le consentement pour le partage des données du producteur de données d'origine », a-t-elle déclaré.

« Les données de l'industrie devraient être collectées au niveau national et leur partage au niveau de l'UE est sous la responsabilité du fournisseur de données officiellement désigné dans le pays. La confidentialité est assurée par le partage des données dans un réseau sécurisé et une gestion des données réglementée par des accords. »

Un exemple de services de l'EFSA est de rendre aux fournisseurs de données les résultats liés à leurs données et leur relation avec d'autres isolats de la base de données.

George Haringhuizen et Eelco Franz tous deux de l'Institut néerlandais pour la santé publique et l'environnement, Annemarie Kaesbohrer, de l'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques, (BfR) et Patrick McDermott, directeur du système national de surveillance de la résistance aux antimicrobiens, également présents lors de l'événement organisé par l'EURL working group sur le NGS (séquençage nouvelle génération) et Med-Vet-Net Association.