Comparaison du matériel génétique des pathogènes pour expliquer les éclosions de maladies d’origine alimentaire

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

« Comparaison du matériel génétique des pathogènes pour expliquer les éclosions de maladies d’origine alimentaire », source Avis du BfR n°047/2019 du 28 novembre 2019.

Les aliments peuvent être contaminés par des pathogènes causant des maladies tels que des bactéries, virus ou parasites. Le commerce mondial des produits alimentaires signifie que les contaminations peuvent conduire à des épidémies dans des endroits éloignés les uns des autres. Les autorités réglementaires compétentes utilisent des méthodes moléculaires de laboratoire pour détecter rapidement les causes et les liens potentiels entre les incidences de la maladie. Ces méthodes sont également continuellement développées grâce à leur application.

L'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques (BfR) a abordé les questions pertinentes pour ce sujet et évalué dans quelle mesure les méthodes moléculaires de la procédure de séquençage de nouvelle génération conviennent à la détection des foyers de cas de maladie et quelles données devraient également être inclus. Cette évaluation sert principalement à toutes les autorités du secteur de la santé publique, de la sécurité sanitaire des aliments et de la médecine vétérinaire pour qu'elles décident quelle méthode convient détecter les éclosions d’origine alimentaire.

Le « séquençage de nouvelle génération (NGS pour Next Generation Sequencing) » représente la deuxième et troisième générations de séquençage de matériel génétique et offre la résolution la plus élevée possible pour déterminer la séquence nucléotidique de molécule ou du génome d'ADN. Les coûts des méthodes ont considérablement diminué ces dernières années.

Deux méthodes sont actuellement utilisées pour examiner les flambées de maladies:

1) Pour un pathogène facile à cultiver disponible sous forme pure, le séquençage du génome complet (WGS) a été établi dans le monde entier. Le matériel génétique de la bactérie responsable est isolée chez le patient et comparé par rapport aux isolats du même agent pathogène provenant d’aliments. Cela permet d'identifier et d'évaluer les plus petites différences de matériel génétique.

2) En revanche, dans le séquençage du métagénome complet (WMS pour whole metagenome sequencing), le matériel génétique est directement extrait d'un échantillon alimentaire qui contient souvent diverses bactéries. Les micro-organismes tels que les parasites ou les virus qui sont difficiles à cultiver ou ne peuvent pas être cultivés peuvent être détectés. Le séquençage du métagénome complet convient comme méthode de diagnostic initial si aucun pathogène spécifique est suspecté.

Pour expliquer les éclosions de maladies d'origine alimentaire, la consultaton des données épidémiologiques sur les pathogènes peuvent être nécessaires selon la méthode d'analyse appliquée. Avec ces données, il peut être évalué pour savoir si un pathogène vérifié appartient à une éclosion particulière. Dans les cas idéaux, l’explication des voies de transmission et la source de la contamination est possible.

Nouvelle éclosion à E. coli associée à des préparations de salade aux Etats-Unis et au Canada

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« Préparations de salade liées à une nouvelle éclosion à E. coli aux États-Unis et au Canada », source CIDRAP News du 10 décembre 2019.

Le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis a averti le 9 décembre les consommateurs d'éviter certaines préparations de salade prédécoupée Fresh Express désormais liées à une épidémie à Escherichia coli O157:H7 dans plusieurs États des États-Unis ainsi que des cas dans cinq provinces canadiennes.

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Le CDC suit également une épidémie à E coli O157:H7 liée à de la laitue romaine cultivée à Salinas, Californie. Au 4 décembre, 102 personnes dans 23 États ont été malades au cours de cette épidémie et 58 personnes onnt été hospitalisées.

Les responsables du CDC tentent de déterminer si la laitue romaine contenue dans les préparations de salade est à l'origine de la nouvelle épidémie signalée.

Trois patients ont une insuffisance rénale

La nouvelle épidémie a rendu malades huit personnes dans trois États, dont trois patients qui ont développé un syndrome hémolytique et urémique, un type d'insuffisance rénale. Aucun décès n'a été signalé. Quatre cas ont été signalés au Minnesota, trois au Wisconsin et un au Dakota du Nord.

Les patients ont signalé l'apparition des symptômes du 5 au 15 novembre 2019, et leur âge varie de 21 à 91 ans, avec un âge médian de 32 ans. Cinq des patients sont des femmes, selon le CDC.

Des sept personnes qui ont été interrogées, toutes ont déclaré avoir mangé des légumes verts à feuilles au cours de la semaine avant de développer des symptômes, et six ont déclaré avoir mangé ou peut-être mangé une préparation de salade prédécoupée de tournesol croquant de Fresh Express.

Le Canada signale 16 cas

L'investigation est également menée avec l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC), qui a identifié 16 cas à E. coli dans cinq provinces de l'Est probablement liés aux mêmes préparations de salade. Des patients canadiens ont signalé l'apparition de symptômes entre le 5 novembre et le 22 novembre, et quatre ont été hospitalisés. Comme aux États-Unis, aucun décès n'a été signalé.

Des investigations sont toujours en cours pour déterminer quel composant de la préparation de salade prédécoupée est contaminé.

« La laitue romaine est l'un des ingrédients des préparations de salade, mais nous ne savons pas encore si cette épidémie est liée à une épidémie actuelle liée à de la laitue romaine de la région de culture de Salinas, en Californie », a déclaré le CDC. « Les informations préliminaires indiquent que la laitue romaine contenue dans les préparations de salade consommée par certains malades provenait probablement de la région de culture de Salinas. »

Les acheteurs et les vendeurs devraient jeter les préparations de salade de tournesol croquant Fresh Express, avec une DLC au 7 décembre 2019 inclus, a indiqué le CDC. Les préparations sont clairement marqués sur le devant du sachet et sont étiquetés UPC 0 71279 30906 4, en commençant par le code de lot Z.

« Vérifiez votre réfrigérateur pour cette préparation de salade », a déclaré le CDC. « Ne pas la consommer. Jetez-la. Même si une partie du sachet a été consommée et que personne n'est tombée malade, jetez le reste. »

Un rapport de l'ECDC reconnaît le rôle du public dans la réponse aux éclosions d’intoxication alimentaire

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« Un rapport de l'ECDC reconnaît le rôle du public dans la réponse aux éclosions d’intoxication alimentaire », source Food Safety News.

Un projet du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies a reconnu le rôle important de la communauté dans la préparation et la réponse aux urgences de santé publique.

Le rapport présente les résultats d'une étude de cas sur des éclosions à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) dans des structures de garde d'enfants en Irlande.

Il a révélé que les communautés touchées sont essentielles dans les urgences de santé publique, les préoccupations et les expériences du public étant un élément important de la réponse.

Cela fait partie d'un projet plus large de l’ECDC visant à étudier les synergies entre les communautés affectées par les menaces pour la santé publique et les institutions mandatées pour s'y préparer et y répondre. L'objectif est de collecter des preuves et de partager les bonnes pratiques en matière de collaboration intersectorielle et de préparation communautaire aux urgences sanitaires, en observant ce qui a fonctionné dans différents contextes.

Situation liée aux STEC

Dans l'UE, 6 647 cas de STEC ont été signalés en 2017, dont 37% ont été hospitalisés en raison d’un syndrome hémolytique et urémique (SHU), un type d'insuffisance rénale. Vingt des patients sont décédés. La même année, l'Irlande avait le taux de notification à STEC confirmé le plus élevé de l'UE. L'incidence a considérablement augmenté ces dernières années, avec 839 cas signalés en 2016.

Il y a eu un grand nombre d'infections à STEC durant l'été 2018, avec 91 patients liés à une éventuelle épidémie d'origine alimentaire. Le Health Protection Surveillance Centre (HPSC) est l'agence irlandaise pour la surveillance des maladies transmissibles et fait partie du Health Service Executive (HSE).

L'équipe s'est rendue en Irlande pendant une semaine fin novembre 2018. Des entretiens téléphoniques ont eu lieu la semaine suivante. Des informations ont été recherchées sur l'engagement communautaire lors des éclosions à STEC en général, mais également lors d'une éclosion spécifique dans une garderie ou une crèche, plus tôt en 2018. La source de l'infection n'a jamais été identifiée avec moins de 10 enfants malades et personne n'a développé de SHU.

Les sources de données comprenaient un examen des documents; des entretiens avec des experts techniques et des membres de la communauté affectés par les STEC; discussions de groupe avec des experts techniques et des représentants de la communauté et une cartographie des parties prenantes.

La cartographie des parties prenantes a indiqué que les parties institutionnelles dominent la réponse, la communauté ayant un rôle beaucoup plus petit à jouer que les autorités.

Droit à une compensation

Un ensemble de bonnes pratiques suggérées pour promouvoir l'engagement communautaire lors des épidémies de STEC a été identifié et inclut des connaissances sur la prévention et le contrôle des STEC devant être améliorées, pour la communauté au sens large, les agents de santé, les propriétaires et le personnel des crèches ainsi que les défis rencontrés par les parents d'enfants avec une infection à STEC prolongée.

Les fournitures essentielles, telles que les pots d'échantillons, n'étaient pas toujours disponibles au moment et à l'endroit nécessaires. Des difficultés ont également été notées avec des retards perçus dans la réception des résultats de laboratoire.

La fermeture d'une crèche, également appelée garderie d’enfants, en raison d'une éclosion à STEC est une pratique courante, mais peut avoir des conséquences financières pour la crèche et les parents, qui doivent parfois s'absenter du travail pour s'occuper de leurs enfants jusqu'à sa réouverture. Des appels ont été lancés en faveur d'une certaine forme de compensation de la part des autorités. La crèche a également perdu des revenus après la fermeture forcée et les frais occasionnés par le nettoyage en profondeur des locaux.

Lors de l'épidémie de 2018, le risque relativement faible de conséquences graves pour la santé de leur enfant était dépassé dans l'esprit des parents par le risque modéré à élevé de porter un lourd coup au budget familial. Une récente éclosion à STEC dans une crèche à proximité a fourni une opportunité de soutien par des pairs pendant la principale période d'incertitude au début de l'épidémie pour le propriétaire de la crèche.

Early Childhood Ireland travaille avec la Food Safety Authority of Ireland sur un programme d'hygiène des mains pour permettre aux jeunes enfants de savoir comment et quand se laver les mains.

Implication de la communauté

L'équipe de l’ECDC a entendu des répondants au niveau national et régional parler de cas où les parents étaient publiquement critiqués et honteux pour leurs enfants infectés par des STEC, et où les propriétaires étaient hostiles envers les responsables de la santé publique, entravant activement les activités de contrôle des infections. Il y a également eu des cas où les propriétaires de crèche faisaient obstruction et modifiaient les informations produites par les autorités pour les parents, les rendant incorrectes ou trompeuses.

Certains parents ne pouvaient ou ne voulaient pas s'assurer que leurs enfants - infectés ou non - étaient tenus à l'écart des autres, afin qu'ils puissent continuer à travailler. Ils se fournissaient une couverture informelle les uns aux autres sur une base rotative, de sorte qu'un parent s'occupait d'un petit groupe d'enfants un jour et un autre le lendemain. Les membres du personnel ont déclaré que les enfants qui avaient été testés positifs et négatifs ont continué à jouer et à partager de s aliments ensemble à la maison et sur les terrains de jeux pendant la fermeture de la garderie.

Des membres de la communauté souhaitent que leur voix soit entendue dans le processus de préparation et de riposte aux éclosions et veulent être considérés par les autorités comme de véritables partenaires, mais un sentiment de déconnexion a été signalé par certains dans la communauté.

Les autorités irlandaises étaient très expérimentées dans le traitement des STEC, mais le sentiment des répondants de la communauté était que ce n'était généralement pas une maladie bien connue ou comprise. L'un des défis est la compréhension par les parents de la nécessité de maintenir des mesures strictes de contrôle des STEC, si les enfants sont exclus d'une crèche parce qu'ils sont infectés, même s'ils continuent d’aller bien et de se sentir bien.

Après l'éclosion, les autorités régionales de santé publique ont organisé une formation pour le personnel de la crèche touchée et leur ont remis du matériel sur la lutte contre les infections.

Lors d’une revue de plusieurs rapports d'éclosions à STEC, la nature et l'étendue des activités d'engagement communautaire menées par les infirmières chargées de la protection de la santé dans les crèches touchées n'ont pas été très étudiées. Il n'est pas non plus fait mention d'une formation post-éclosion qui aurait pu être dispensée au personnel.

Le CDC rapporte des maladies d'origine alimentaire liées à la salade et à la viande bovine hachée

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

J’en avais un peu parlé dans La communication sur la sécurité des aliments aux Etats-Unis se fait désormais via twitter, mais voici que « Le CDC rapporte des maladies d'origine alimentaire liées à la salade et à la viande bovine hachée », source CIDRAP News.

Le 19 et le 20 novembre 2019, le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) a annoncé une nouvelle éclosion à Escherichia coli liée à des salades César au poulet pré-emballées, ainsi qu’un nouveau cas dans une éclosion en cours à Salmonella liée à de la viande bovine hachée contaminée.

Insuffisance rénale dans une intoxication alimentaire avec de la salade

Le 20 novembre, le CDC a déclaré que 17 personnes dans huit États américains avaient été malades lors d’une épidémie d’infections à E. coli producteurs de shigatoxines O157:H7. Sept personnes ont été hospitalisées, dont deux atteintes du syndrome hémolytique et urémique, un type d'insuffisance rénale. Aucun décès n'a été signalé.

Des responsables du Maryland Department of Health ont identifié E coli O157 dans un paquet non ouvert de un bol de salade césar au poulet Bistro de Ready Pac Foods, recueilli au domicile d'un malade dans cet État, a annoncé le CDC. Ready Pac est basé à Irwindale, en Californie.

« Les personnes malades dans le Maryland ont déclaré avoir mangé une salade César au poulet Bistro de chez Ready Pac Foods », a déclaré le CDC. « Des analyses de laboratoire supplémentaires sont actuellement en cours pour cet échantillon afin de déterminer s'il est étroitement apparenté génétiquement aux E. coli retrouvés chez des personnes impliquées dans cette éclosion. »

À l'heure actuelle, les patients d'autres États n'ont pas indiqué avoir mangé la salade de poulet préparée.

Le CDC a également déclaré que la Food and Drug Administration est en train de tracer l’approvisionnement en laitue romaine utilisée dans la salade et a identifié des exploitations agricoles potentielles à Salinas, Californie. La romaine d’Arizona et de Californie a été impliquée dans des épidémies à E. coli au cours des dernières années.

« Les informations préliminaires indiquent que la laitue romaine utilisée dans le produit testé positif a été récoltée à la mi-octobre et n'est plus dans les dates de péremption actuelles », a déclaré le CDC.

L'agence conseille aux consommateurs de ne pas consommer, ni de vendre les salades dont la date de péremption est le 31 octobre.

Les dates d'apparition de la maladie vont du 24 septembre au 8 novembre. Le Wisconsin compte le plus grand nombre de cas (6), suivis de l'Idaho (3), 2 en Californie et au Maryland, et 1 en Arizona, au Colorado, au Montana et dans l'État de Washington.

Un cas de plus dans une épidémie liée à la viande bovine hachée

Le 19 novembre 2019, le CDC a déclaré qu'une autre personne avait été malade lors d'une épidémie dans plusieurs Etats à Salmonella liée à la viande bovine hachée et impliquant le sous-type Dublin, connu pour causer des infections graves.

Jusqu'à présent dans cette épidémie, il y a eu 11 cas dans sept États. Huit personnes ont été hospitalisées, dont un décès. Le CDC a signalé l'épidémie pour la première fois le 1er novembre.

La semaine dernière, la Central Valley Meat Co. de Hanford, Californie, a rappelé 34 222 pounds de viande bovine hachée pouvant être contaminé par Salmonella. La viande bovine hachée rappelée a été produite le 23 juillet 2019 et expédié à des points de vente au détail en Californie, a précisé la CDC.

« À l'heure actuelle, aucun fournisseur, distributeur ou marque de viande bovine hachée n'a été identifié qui puisse expliquer toutes ces cas de maladie liés à cette éclosion », a déclaré le CDC. « Ne consommez pas la viande bovine hachée rappelée. Vérifiez dans votre maison, y compris dans votre congélateur. Rapportez-la au magasin ou jetez-la. »

Le CDC a déclaré plus tôt ce mois-ci qu'il s'agissait d'une épidémie grave, avec plus d'hospitalisations que la normale. Les 11 cas sont au Colorado (3 cas), en Californie (2), au Kansas (2), en Iowa (1), en Oklahoma (1), au Texas (1) et à Washington (1).

Les dates d'apparition de la maladie vont du 8 août au 22 septembre. L'âge des patients varie de 39 à 74 ans. Huit des patients sont des hommes.

La communication sur la sécurité des aliments aux Etats-Unis se fait désormais via twitter

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Et si les annonces et les informations sur les éclosions de maladies infectieuses d’origine alimentaire se faisaient par tweets ?

A l’instar du président des Etats-Unis, la politique de sécurité des aliments se fera-t’elle désormais par tweets ? Peut-être, en tout cas voici un exemple outre-atlantique …

« Annonce d'une éclosion via Tweeter - Désormais, c'est la transparence », source article de Bill Marler paru le 18 novembre 2019 dans Food Safety News.

C’est bien que la FDA et le Maryland Department of Health publient précocément des informations « exploitables ».

Le Maryland Department of Health étudie des cas groupés d'infections à Escherichia coli O157:H7 (E. coli O157) chez sept patients du Maryland. Tous ont déclaré avoir consommé une salade césar au poulet en portion individuelle (Ready Pac Bistro®) achetée auprès de divers établissements de chez Sam’s Club du Maryland. Il y a eu une hospitalisation et aucun décès associé à ces cas.

Les consommateurs sont priés de ne pas consommer de salade césar au poulet Ready Pac Bistro® Bowl, lot n ° 255406963, date de péremption « DLC du 31 octobre 2019 ». Les analyses effectués réalisées sur de la salade non ouverte achetée par l'un des patients ont révélé la présence de E. coli O157 dans de la laitue romaine. En plus du Sam’s Club, ces portions individuelles en bol sont vendus par de nombreux autres distributeurs L'investigation est en cours et des analyses de laboratoire supplémentaires sont en attente. Il y a déjà eu des foyers à E. coli O157 liés à la laitue romaine.

Et, pour quelques dernières nouvelles via tweeter – le produit testé est positif:

Il est trop tôt pour dire si les cas à E. coli annoncés dans le Wisconsin sont liés aux maladies du Maryland. Depuis le 13 novembre, les responsables du Wisconsin ont annoncé qu'ils enquêtaient sur 20 affaires, dont trois impliquant des enfants. Ils disent que les cas sont dispersés à travers l'Etat et ne sont pas isolés dans une région. La source reste un mystère. Cependant, les responsables traitent cela comme une épidémie.

Le docteur Larry Lutwick est spécialiste des maladies infectieuses à la clinique Mayo d'Eau Claire. Il a dit avoir vu trois cas à E. coli dans son établissement et pense qu’ils pourraient être liés à l’épidémie. Il pense que ses patients pourraient avoir contracté la bactérie en consommant de la laitue. « Dans deux des trois cas, ils soupçonnaient qu'il s'agissait d'une salade ou d'un ingrédient de salade », a déclaré Lutwick.

Royaume-Uni : Le rapport du laboratoire de référence en microbiologie alimentaire renseigne sur des éclosions en Europe

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« Le Royaume-Uni a rapporté plusieurs cas groupés de maladies dans l'UE l'année dernière », source Food Safety News ;

Public Health England a été informé l'année dernière de plusieurs cas groupés de maladies en Europe, dont certains liés à Listeria et Salmonella en République tchèque, selon un rapport récent.

Le rapport résume les activités du laboratoire national de référence (LNR) du Royaume-Uni pour la microbiologie alimentaire d’avril 2018 à mars 2019.

Public Health England (PHE) contribue à ce LNR pour le compte de la Food Standards Agency (FSA). Cela couvre Listeria monocytogenes, les staphylocoques à coagulase positive, E. coli, y compris E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), Campylobacter, Salmonella et la résistance aux antimicrobiens.

PHE a été informé de neuf cas de Listeria et de six cas groupés à Salmonella. Lors d'une éclosion à Listeria, les données de séquençage du génome complet ont lié les cas de maladie à des souches retrouvées dans une usine de transformation en République tchèque. On a également informé PHE de l'augmentation du nombre de cas à Salmonella Bareilly dans le même pays. Un total de 325 cas probables de salmonellose ont été découverts en République tchèque de juillet 2017 à octobre 2018. Les œufs ont été identifiés comme le vecteur probable d'infection par du matériel de séchage des œufs contaminé dans une usine de transformation susceptible d'être mise en cause.

Le LNR a suivi la formation ISO TS 13136 du Laboratoire européen de référence (EURL pour European Reference Laboratory) pour la détection et la caractérisation des STEC dans les aliments. Il est membre d'un groupe de travail d'experts du CEN chargé de la révision de cette norme, impliquant la détection par PCR des STEC.

Treize laboratoires de contrôle officiels (OCLs pour Official Control Laboratories) ont participé au test d'évaluation de la qualité externe de la législation européenne sur la microbiologie alimentaire. C'était la première fois que le dénombrement de Campylobacter était inclus, car il s'agissait d'un nouveau critère d'hygiène des procédés dans l'UE. Dans l'ensemble, les résultats ont été satisfaisants malgré une augmentation de deux laboratoires sur sept produisant un ou plusieurs résultats inférieurs au seuil de 70%, mais deux seulement ont eu un résultat insatisfaisant deux fois ou plus.

Etapes marquantes pour Listeria

En juillet 2018, l'EURL a transmis une évaluation de la flambée épidémique de l'EFSA et de l'ECDC, ainsi que des rapports techniques issus de l'investigation sur une flambée épidémique dans plusieurs pays de Listeria monocytogenes de type 6 (ST6) liée à du maïs congelé, qui ont été envoyés aux OCL.

Entre avril 2018 et mars 2019, il y a eu neuf communications de l’EURL concernant huit demandes de système EPIS (Système d'information sur les épidémies) sur des cas groupés à Listeria. EPIS est une plate-forme de communication sur Internet qui permet à des experts en santé publique d'évaluer si des menaces actuelles et émergentes ont un impact potentiel sur l'Union européenne.

L'une d'elles était liée à l'incident du maïs, dans lequel le Royaume-Uni avait des isolats cliniques et alimentaires et avait envoyé deux isolats cliniques à l'EURL pour typage par PFGE. Une autre a provoqué une flambée de listériose dans plusieurs pays et a été associée à un saumon, mais le Royaume-Uni n'avait aucun isolat non humain dans la base de données au moment de la réponse.

En février 2019, l'EURL a annoncé des modifications des températures au stade de la distribution dans les directives techniques car les tests de durée de conservation avaient été acceptés par le Comité permanent de la section Sécurité biologique de la chaîne alimentaire. Ils sont passés de 12°C à 7°C, afin de refléter les données de l'UE.

En mars, un rapport a été envoyé sur l’assistance de l’EURL à la République tchèque dans l’investigation à propos de la contamination de l’usine par Listeria. Les données WGS ont établi un lien entre les cas de maladie et les souches retrouvées à l’usine de transformation.

Une alerte produit a été faite en mars 2019 par BioMérieux au sujet d'une pénurie de kits API Listeria. La disponibilité de ce test de confirmation peut affecter d'autres laboratoires et l'alerte a été envoyée à tous les OCLs.

Dans l'évaluation de la qualité externe, il y a eu une amélioration dans la catégorisation de Listeria pour les crèmes glacées. Les laboratoires ont compris que cet échantillon ne supportait pas la croissance - mais ne détruisait pas le micro-organisme - du fait de son état congelé. Un échantillon de lait en poudre a été moins facile à classer car les réglementations ne précisent pas comment ces aliments entrent dans les différentes catégories pour effectuer de tels tests lorsqu'ils sont échantillonnés dans le secteur des produits alimentaires.

Salmonella Bareilly et Coeln

Entre avril 2018 et mars 2019, il y a eu six correspondances EURL, quatre sur EPIS et deux enquêtes NRL sur des cas groupés à Salmonella.

Les exemples incluent une augmentation du nombre de cas de Salmonella Bareilly en République tchèque et le Royaume-Uni a envoyé des données pour 200 isolats à l'EURL à des fins de comparaison et quand Salmonella Coeln a provoqué des cas concernant plusieurs pays, le Royaume-Uni n'a observé aucun isolat non humain au moment de la réponse.

La plupart des laboratoires participant à l'évaluation de la qualité n'ont pas réussi à identifier la nécessité de sérotypage de souches de Salmonella Typhimurium et de Salmonella Enteritidis. L'obligation de tester l'absence est applicable aux poulets après refroidissement, car ils seront mis sur le marché. Selon le rapport, seuls deux laboratoires ont identifié la bonne catégorie d'aliments pour cet examen et un autre a également indiqué à juste titre qu'ils recommanderaient des souches à d'autres tests, selon le rapport.

Les demandes adressées au LNR entre avril 2018 et mars 2019 incluaient une demande émanant d'un hôpital pour des analyses fongiques sur un échantillon d'aliments; Campden BRI a demandé conseil sur la mesure du risque Clostridium botulinum dans des challenge tests; la croissance d'un micro-organisme ou la détection de toxine et demande d’une personne en raison d’une suspicion d’une intoxication liée à la consommation de pancakes dans un supermarché.

Deux venaient de la FSA, un cherchant des conseils sur les différences entre les dénombrements de colonies aérobies effectuées sur des échantillons de lait cru dans deux laboratoires différents (OCL de laiterie et laboratoire du secteur alimentaire).

L'agence a demandé des conseils supplémentaires sur les méthodes de test pour l'examen du lait de consommation cru. L'autre concernait les écouvillonnages dans les abattoirs et l'existence de normes ISO pour effectuer ce type de travail.

Les activités prévues pour le LNR du PHE dans le calendrier d'avril 2019 à mars 2020 comprennent: la collaboration avec la FSA pour la mise en œuvre du nouveau règlement 2017/625 sur les contrôles officiels, produire un protocole de faible performance pour la participation de l’OCL aux tests de compétence de l’EFL et aider à la diffusion d'EPIS et d'autres alertes.

L'EURL a partagé des informations avec les LNR, notamment trois épidémies à E. coli impliquant les États-Unis.

L’une concernait l’apparition d’un foyer de STEC O157 couvrant plusieurs États et liée à de la laitue romaine, l’autre était l’apparition d’un foyer de O157 de l’année dernière dans l’Utah, vraisemblablement transmis par le fumier d’animaux, et la dernière consistait en deux cas groupés à E. coli provenant de deux sources, du lait de vache non pasteurisé et un centre de soins de jour associé à l'exposition de chèvres dans le Tennessee.

Parmi les autres informations, le Health Service Executive a signalé une augmentation des infections à E. coli en Irlande et une éclosion à E. coli O26 en France, où du fromage au lait non pasteurisé était en cause.