Etats-Unis: La viande bio serait probablement moins contaminée par des bactéries multirésistantes, selon une étude

«La viande bio serait probablement moins contaminée par des bactéries multirésistantes, selon une étude», source communiqué de la Johns Hopkins Bloomberg School.

L'analyse révèle également que les viandes des transformateurs qui manipulent à la fois de la viande bio et conventionnelle au détail peuvent être moins susceptibles d'être contaminées par des bactéries pathogènes.

Selon une étude menée par des chercheurs de la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, la viande certifiée bio par le ministère américain de l'Agriculture est moins susceptible d'être contaminée par des bactéries qui peuvent rendre malade les consommateurs, y compris des micro-organismes dangereux et multirésistants aux antibiotiques, par comparaison avec de la viande produite de façon conventionnelle.

Les résultats mettent en évidence le risque pour les consommateurs de contracter des maladies d'origine alimentaire, des produits animaux contaminés rendent malades chaque année des dizaines de millions de personnes malades aux États-Unis, et la prévalence de micro-organismes multirésistants qui, lorsqu'ils conduisent à des maladies, peuvent compliquer le traitement.

Les chercheurs ont découvert que, par rapport aux viandes transformées de manière conventionnelle, les viandes certifiées bio étaient 56% moins susceptibles d'être contaminées par des bactéries multirésistantes. L'étude était basée sur des analyses nationales de viandes de 2012 à 2017 dans le cadre du système américain de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (NARMS pour National Antimicrobial Resistance Monitoring System).

Pour que la viande soit certifiée bio par l'USDA, les animaux ne peuvent jamais avoir reçu d'antibiotiques ou d'hormones, et les aliments pour animaux et les fourrages tels que l'herbe et le foin doivent être 100% bio. Une préoccupation de longue date concernant l'utilisation d'antibiotiques dans le bétail et l'alimentation du bétail est la prévalence accrue d'agents pathogènes résistants aux antibiotiques. Pour surveiller cette tendance, le gouvernement fédéral a développé en 1996 le NARMS pour suivre la résistance aux antibiotiques des bactéries isolées dans les viandes vendues au détail, les animaux d'élevage et les patients atteints de maladies d'origine alimentaire aux États-Unis.

Pour leur étude, l'équipe de recherche de la Bloomberg School a analysé les données de la Food and Drug Administration-NARMS des États-Unis à partir de poitrines de poulet, de viande hachée bovine, de viande hachée de dinde et de porc prélevées au hasard pour détecter toute contamination et toute contamination par des micro-organismes multirésistants. L'analyse couvre quatre types de bactéries: Salmonella, Campylobacter, Enterococcus et Escherichia coli.

L'étude a porté sur un total de 39 348 échantillons de viande, dont 1 422 se sont révélés contaminés par au moins un micro-organisme multirésistant. Le taux de contamination était de 4 pour cent dans les échantillons de viande produits de manière conventionnelle et d'un peu moins de 1 pour cent dans ceux qui étaient produits de manière biologique.

L'étude a été publiée le 12 mai dans Environmental Health Perspectives.

«La présence de bactéries pathogènes est inquiétante en soi, compte tenu du risque accru possible de contracter une maladie d'origine alimentaire», dit l'auteur principal Meghan Davis, professeur au Département de santé environnementale et d'ingénierie de la Bloomberg School. «Si des infections s'avèrent être résistantes à plusieurs antibiotiques elles peuvent être plus mortelles et plus coûteuses à traiter.»

L'analyse suggère également que le type d'installation de transformation peut influencer la probabilité de contamination de la viande. Les transformateurs de viande se divisent en trois catégories: exclusivement bio, exclusivement conventionnels ou ceux qui manipulent à la fois des viandes bio et conventionnelles, les transformateurs dits «fractionnés». (split processors). L'étude a révélé que parmi les viandes conventionnelles, celles transformées dans des installations qui manipulaient exclusivement des viandes conventionnelles étaient contaminées par des bactéries un tiers du temps, tandis que celles manipulées dans des installations qui traitaient à la fois des viandes conventionnelles et bio étaient contaminées un quart du temps. La prévalence des bactéries multirésistantes était à peu près la même dans ces deux catégories de transformateurs de viande.

«La désinfection nécessaire de l'équipement entre les lots de traitement de viandes bio et conventionnelles peut expliquer nos résultats de réduction de la contamination bactérienne sur les produits provenant d'installations qui traitent les deux types de viandes», dit Davis.

Les auteurs estiment que leurs résultats sont pertinents pour les srvices réglementaires et les consommateurs. «La façon dont nous élevons les animaux est importante», dit Davis. «En tant que vétérinaire, je reconnais que nous devons parfois utiliser des antibiotiques pour traiter les animaux malades, mais profiter des opportunités de réduire l'utilisation des antibiotiques pourrait profiter à tout le monde. Le choix des consommateurs et la surveillance réglementaire sont deux stratégies pour y parvenir.»

Dans la discussion du résumé, les auteurs indiquent,

Les prélèvements de viande et de produits transformés bio au détail présentaient une prévalence significativement plus faible de micro-organismes résitants aux antibiotiques que les prélèvements de viande et de produits transforéns conventionnels, tandis que la viande provenant de transformateurs fractionnés (split processors) présentait une prévalence de toute contamination plus faible que les prélèvements provenant de transformateurs conventionnels. Des études supplémentaires sont nécessaires pour confirmer les résultats et clarifier les pratiques de production et de transformation spécifiques qui pourraient les expliquer.

Impact de diverses conditions d'élevage porcin sur la résistance aux antibiotiques

«Impact de diverses conditions d'élevage porcin sur la résistance aux antibiotiques», source AEM.

De grandes quantités d'antibiotiques sont utilisées en agriculture pour assurer le bien-être et la productivité des animaux et sont sans doute une force motrice pour la persistance de bactéries résistantes à l'environnement et aux aliments. Poulin-Laprade et coll. démontrent que la résistance aux céphalosporines de troisième génération était plus fréquente chez les animaux sans antibiotiques, tandis que les bactéries isolées à partir d'animaux recevant de la pénicilline étaient résistantes à un plus grand nombre d'antibiotiques en moyenne. De plus, il existe une co-sélection claire entre les gènes conférant une résistance aux antibiotiques pertinents pour la santé humaine et les antibiotiques couramment utilisés comme traitements curatifs dans les exploitations porcines canadiennes.

Le titre de l'article est, «Déterminants de la résistance et leur contexte génétique chez les entérobactéries à partir d'une étude longitudinale de porcs élevés dans diverses conditions d'élevage».

Résumé

Les porcs sont les principaux réservoirs d'entérobactéries résistantes qui peuvent atteindre les humains par la consommation de viande ou de légumes contaminés cultivés dans un sol fertilisé avec du fumier.

Des échantillons ont été prélevés sur des truies pendant la lactation et sur leurs porcelets à cinq moments du cycle de production. Les bactéries résistantes au céfotaxime ont été quantifiées et isolées des aliments pour animaux, des excréments, du fumier et des carcasses de porcs élevés dans des élevages utilisant de la pénicilline ou sans antibiotiques.

Les isolats ont été caractérisés par des tests de sensibilité aux antibiotiques, un séquençage du génome entier et des essais de conjugaison. Le phénotype des β-lactamases à spectre étendu (BLSE) était plus fréquent dans les isolats provenant d'animaux sans antibiotiques, tandis que les bactéries isolées d'animaux utilisant de la pénicilline étaient en moyenne résistantes à un plus grand nombre d'antibiotiques. Les gènes codant pour les BLSE identifiés étaient bla_CTX-M-1, bla_CTX-M-15 et bla_CMY-2, et ils se sont colocalisés sur des plasmides avec divers gènes codant pour la résistance aux β-lactames, au cotrimoxazole, aux phénicols et à la tétracycline, tous les antibiotiques. utilisé dans la production porcine. Les groupes de gènes conférant la résistance observée et les éléments mobiles disséminant la résistance multidantibiotiques ont été déterminés. La résistance observée aux β-lactamines était principalement due aux actions complémentaires des protéines de liaison à la pénicilline, une pompe à efflux et des β-lactamases. La plupart des déterminants de la résistance étaient partagés par les animaux élevés avec ou sans antimbiotiques. Cela suggère une contribution clé des entérobactéries indigènes transmises par la mère le long de la lignée des truies indépendamment de l'utilisation d'antibiotiques. On ne sait pas si la résistance aux antibiotiques observée dans les populations d'entérobactéries des troupeaux de porcs commerciaux étudiés était présente avant l'utilisation d'antibiotiques ou dans quelle mesure l'utilisation d'antiibiotiques historiques a exercé une pression sélective définissant les populations bactériennes résistantes dans les élevages utilisant la prophylaxie à la pénicilline.

Importance

La résistance aux antibiotiques est une menace mondiale qui doit être combattue sur de nombreux fronts le long du continuum 'Une seule santé'. De grandes quantités d'antibiotiques sont utilisées en agriculture pour assurer le bien-être et la productivité des animaux et sont sans doute une force motrice pour la persistance de bactéries résistantes à l'environnement et aux aliments. Cette étude a évalué l'impact des pratiques d'élevage conventionnelles, biologiques et autres sans antibiotique sur la fréquence et la nature des gènes de résistance aux antibiotiques et des entérobactéries multirésistantes. Elle fournit des connaissances sur la contribution relative des déterminants spécifiques de la résistance à la résistance aux antibiotiques observée. Elle montre également la co-sélection claire des gènes codant pour les bêta-lactamases à spectre étendu et des gènes codant pour la résistance aux antibiotiques couramment utilisés en prophylaxie ou dans les traitements curatifs dans les exploitations porcines.

La viande de volailles élevées sans antibiotique est moins susceptible de contenir des salmonelles multirésistantes, selon une étude

« La viande de volailles élevées sans antibiotique est moins susceptible de contenir des salmonelles multirésistantes, selon une étude », source CIDRAP News.

Marco Verch / Flickr cc

Une analyse effectuée par des chercheurs en Pennsylvanie a révélé que la viande de volailles élevées de manière conventionnelle hébergeait près de deux fois plus de Salmonella multirésistantes que la viande de volailles élevées sans antibiotique, selon une étude publiée dans IDWeek 2019.

Les résultats proviennent d'une étude menée par des scientifiques du Pennsylvania Department of Health, du Penn State College of Medicine et de la Food and Drug Administration (FDA), qui a examiné des cultures de Salmonella non typhiques à partir de près de 3 500 échantillons de poulet et de dinde achetés au hasard entre 2008 et 2017 en Pennsylvanie. L’analyse des cultures de Salmonella a révélé que 55% des producteurs de viande de volailles élevées de manière conventionnelle étaient résistants à au moins trois classes d’antibiotiques, contre 28% des cultures de viande de volailles élevées sans antibiotiques.

Salmonella est l'une des principales causes de maladies d'origine alimentaire et touche plus de 1,2 million d'Américains chaque année. Alors que la plupart des cas sont spontanément résolutifs, certains cas de salmonellose nécessitent des antibiotiques et une hospitalisation. Salmonella résistant aux antibiotiques est plus difficile à traiter et peut causer des infections plus graves et parfois mortelles.

« Salmonella résistant aux antibiotiques est un problème de santé publique », a déclaré lors d'une conférence de presse son auteur, Xin Yin, étudiante en doctorat au Penn State College of Medicine. « Le message clé ici pour les consommateurs ou la personne standard est que, lorsque vous vous rendez dans une épicerie pour acheter de la viande de volaille, vous devez lire les allégations relatives à la production liées aux antibiotiques et réfléchir au taux de Salmonella résistant aux antibiotiques avant de procéder à l'achat. »

Dans une étude connexe menée par certains des mêmes scientifiques, près du tiers des cultures de Salmonella provenant d'échantillons de volailles, de viande hachée bovine et de porc achetés au hasard dans des magasins de Pennsylvanie entre 2015 et 2017 résistaient à trois classes d'antibiotiques ou plus. Et un quart des cultures d'infections humaines à Salmonella recueillies au cours de la même période étaient résistantes à trois classes d'antibiotiques ou plus.

Plus de résistance aux antibiotiques dans la viande conventionnelle

Dans la première étude, Yin et ses collègues ont analysé 3 481 échantillons de poulet et de dinde collectés pour le National Antibiotic Resistance Monitoring System (NARMS), un programme qui suit la résistance aux antibiotiques chez Salmonella et d'autres bactéries potentiellement dangereuses communément transmises par les aliments. Les conditionnements de volaille portant les mentions « bio », « sans antibiotique » ou « jamais d'antibiotique » ont été considérés comme sans antibiotique aux fins de l'étude. Ces étiquetages font référence à des antibiotiques également utilisés en médecine humaine.

Yin a déclaré qu'ils se concentraient sur la volaille, car elle constitue un vecteur important pour la transmission d'agents pathogènes entériques (bactéries qui causent des troubles gastro-intestinaux) résistants aux antibiotiques et que les Américains mangent beaucoup de poulet.

« En 2019, la consommation projetée de viande de volaille [par habitant] avoisine les 50 kg », a déclaré Yin. Il a également noté que les antibiotiques étaient largement utilisés pour traiter les maladies chez les volailles.

Dans l'ensemble, les chercheurs ont trouvé des souches de Salmonella dans 10,2% des échantillons de viande de volailles élevées de manière conventionnelle (280 sur 2733), contre 5,3% des échantillons de poulets et de dindes élevés sans antibiotique (40 sur 748). Un examen de la sensibilité aux antimicrobiens et du séquençage du génome complet de 320 des isolats de Salmonella a révélé une résistance à trois antibiotiques ou plus dans 55% des isolats provenant de viandes élevées de manière conventionnelle (154 sur 280), contre 27,5% des isolats dans la viande étiquetée sans antibiotiques (11 sur 40).

Une analyse plus poussée a révélé que 24,3% des isolats de viande de volailles conventionnelles (68 sur 280) contenaient le gène blaCMY-2 de la bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE), qui confère une résistance aux antibiotiques bêta-lactamines.

Selon Yin, il est à noter qu'une étude similaire menée il y a 10 ans, utilisant beaucoup moins d'échantillons, n'a révélé aucune différence statistiquement significative entre la quantité de Salmonella résistant aux antibiotiques retrouvée dans des échantillons de viande de volaille conventionnelle et sans antibiotique. Elle a également noté qu'une analyse plus large de la base de données NARMS de 2008 à 2017 a confirmé les résultats.

Résistance comparée dans les isolats de viande et chez l’homme

Dans la deuxième étude, dirigée par Nkuchia M'ikanatha, épidémiologiste de la surveillance auprès du Pennsylvania Department of Health, des chercheurs ont tenté de comparer les niveaux de résistance aux antibiotiques dans des isolats de Salmonella provenant d’échantillons de viande au stade de la distribution avec les niveaux de résistance provenant d'isolats cliniques recueillis auprès de patients atteints d'infections à Salmonella. Ils ont utilisé l'électrophorèse en champ pulsé - une méthode de détermination de l'empreinte d’ADN utilisée pour enquêter dans les épidémies de maladies d'origine alimentaire - pour apparier les isolats animaux et humains. Un total de 96 isolats de Salmonella prélevés dans 2 520 échantillons de volaille, de viande hachée bovine boeuf et de porc ont été comparés à 109 isolats cliniques de Salmonella.

Parmi les isolats de Salmonella des échantillons de viande, 29,2% (28 sur 96) étaient résistants à trois classes d'antibiotiques ou plus et 17,7% (17 sur 96) étaient résistants à cinq classes ou plus. Quatre des isolats contenaient des gènes conférant une résistance à huit classes d'antibiotiques. Les chercheurs ont également observé dans les isolats de viande que la résistance à la ceftriaxone, fréquemment utilisée pour traiter les infections graves à Salmonella, était passée de 12% en 2015 à 27% en 2016, puis avait diminué à 14,7% en 2017.

Dans les isolats cliniques, 25,7% (28 sur 109) ont présenté une résistance à au moins trois classes d'antibiotiques, et 11,0% (12 sur 109) à cinq ou plus d'antibiotiques. Deux des isolats cliniques portaient des gènes conférant une résistance à huit classes d'antibiotiques, et la résistance à la ceftriaxone est passée de 0% en 2015 à 12,5% en 2016 et à 24,3% en 2017.

« Les gènes associés à une résistance élevée sont particulièrement préoccupants, car Salmonella peut les partager avec d'autres bactéries, telles que E. coli, et causer d'autres infections multirésistantes, et pas seulement la salmonellose », a déclaré M'ikanatha, qui a participé aux deux études.

M'ikanatha a ajouté que les résultats sont significatifs, car les cliniciens doivent être conscients que tous les cas de Salmonella ne sont pas causés par une « variété de jardin » (à propos de Salmonella issus de légumes de jardin -aa) de Salmonella.

« Lorsque vous avez une infection à Salmonella pour laquelle le clinicien décide que le traitement antimicrobien est indiqué, il est très important d'examiner les résultats des tests de sensibilité et de déterminer si le médicament qu'ils envisagent d'utiliser sera sensible », a-t-il déclaré.

Federico Perez, professeur adjoint de médecine à la Case Western Reserve University et modérateur de la conférence de presse, a déclaré que les résultats soulignent également des liens importants existant entre l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux et la santé humaine.

« En tant que cliniciens, il est essentiel de connaître la prévalence de la résistance aux antibiotiques chez Salmonella qui affecte nos patients. En outre, pour ceux qui s'intéressent à la science de la résistance aux antibiotiques, la caractérisation des déterminants de la résistance chez Salmonella illustre bien l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux élevés pour la consommation humaine. la santé humaine, éclairant ainsi le concept de One Health », a-t-il déclaré.