La
pandémie a mis en évidence les vulnérabilités du système de
santé publique. Pouvons-nous apprendre de ces leçons à temps pour
préparer la suivante ?
En mars dernier, alors que la pandémie
de COVID-19 commençait à se propager comme une traînée de poudre
à travers le pays, un
scientifique de laboratoire clinique, Brandy Gunsolus, a vu un
problème inattendu approcher rapidement. Son laboratoire de tests de
diagnostic à Augusta University Health en Géorgie était rapidement
à court d'écouvillons nasaux. D'habitude, elle en commandait
simplement plus, mais son fournisseur était également épuisé.
C'était un énorme problème : sans écouvillon, Gunsolus et son
personnel ne pouvaient pas collecter d'échantillons de patients à
tester, et sans tests, les nouveaux cas de la maladie ne pouvaient
pas être confirmés.
Elle
s'est donc tournée vers une source improbable : le collège dentaire
de l'école. Ses collègues utilisaient déjà des imprimantes 3D
pour créer des aligneurs de dents transparents et personnalisés
pour les patients. Elle a demandé s'ils pouvaient utiliser le même
matériel pour imprimer des écouvillons. En quelques jours, elle
avait des prototypes à tester, et une fois qu'ils s'étaient mis
d'accord sur un design, les imprimeurs ont commencé à
imprimer.
«Nous
avons validé cet écouvillon imprimé par rapport aux quelques
autres écouvillons qu'il nous restait, et nous y sommes allés»,
a dit Gunsolus. Les écouvillons imprimés se sont avérés être une
bouée de sauvetage. «Nous
avons vécu sur des écouvillons 3D pendant plusieurs mois. Ce n'est
qu'en octobre que nous avons pu nous réapprovisionner en écouvillons
réguliers.»
Les
écouvillons ont été la première des nombreuses pénuries qui sont
apparues alors que la pandémie – et le besoin de tests –
montaient en flèche. Après les écouvillons, Gunsolus a dû se
démener pour trouver un milieu de transport viral. Ensuite, elle a
dû rechercher les embouts pour
micropipette utilisés dans le système automatisé de gestion
des liquides du laboratoire. Ce fabricant manquait de matières
premières, a déclaré Gunsolus, et ne pouvait pas suivre la hausse
de la demande. En désespoir de cause, elle a commencé à chercher
sur Internet et a trouvé une solution.
«Nous
les avons trouvés sur eBay», a-t-elle dit,
«et c'est ainsi que nous avons pu continuer les tests COVID.»
La
situation de Gunsolus n'était pas unique.
La
pandémie a plongé les laboratoires de diagnostic à travers le
pays, et le monde –, dans une vrille, avec du
personnel de laboratoire forgeant des solutions créatives à
la volée. «Si je devais le résumer en deux mots, ce serait des
‘montagnes russes’», a dit
la scientifique de laboratoire médical Ian Wallace de l'hôpital
Saint-Joseph de Denver.
Depuis
le début de la pandémie, les laboratoires aux États-Unis ont
effectué plus de 360 millions de tests COVID-19. Un peu plus de 31
millions de personnes ont été testées positives et plus de 600 000
personnes sont décédées de la maladie.
Pratiquement
aucun aspect de la vie du 21e siècle n'a été épargné. Mais
beaucoup de gens l'ont vu venir : les virologues et les
épidémiologistes ont averti au moins depuis la fin des années 1980
qu'un agent pathogène aussi contagieux et dangereux que le
SArS-CoV-2 pourrait faire des ravages dans le monde. Les chercheurs
ont également averti que les États-Unis ne seraient pas préparés
en raison d'un manque de financement de la santé publique et d'une
pénurie de lieux de travail.
Selon
un rapport de 2020 de la National Association of County and City
Health Officials, les dépenses gouvernementales pour les services de
santé locaux ont chuté de 18% entre 2010 et 2019. En 2008,
l'Association of Schools of Public Health a prédit une pénurie de
250 000 agents de santé publique en 2020. Des dizaines de milliers
d'emplois en santé publique qui ont disparu entre 2007 et 2009,
pendant la Grande Récession, n'ont jamais été remplacés.
Néanmoins,
ces avertissements et signes sont restés largement ignorés. En
conséquence, les systèmes de santé publique sous-financés et en
sous-effectif étaient sous-préparés pour répondre à une urgence
de l'ampleur de la COVID-19.
Les
microbiologistes cliniques, le personnel de santé publique et les
professionnels de laboratoire médical dans les laboratoires
d'hôpitaux, de cliniques et d'autres installations ont été pris au
milieu. Presque du jour au lendemain, à partir de février 2020, des
scientifiques comme Gunsolus se sont retrouvés à se démener pour
tester, le plus rapidement possible, un nombre sans précédent
d'échantillons entrants, en utilisant diverses plates-formes, pour
un agent pathogène potentiellement mortel qui n'avait été séquencé
que récemment et à propos duquel, dans les premières semaines de
la pandémie, les experts en savaient très peu.
Les
écouvillons et les embouts de
micropipette n'étaient pas les seuls matériaux en pénurie.
Les équipements de protection individuelle, ou EPI, sont devenus une
denrée rare. Les laboratoires ont manqué de pipettes, d’embouts
de pipettes et de tests. «Presque immédiatement, il n'y avait
pas assez de tests disponibles», explique Gunsolus. «Nous
avons fini par utiliser cinq plates-formes différentes pour répondre
à la demande de tests et aux réactifs disponibles.»
Le
microbiologiste J. Michael Miller, qui dirige une entreprise à
Dunwoody, en Géorgie, qui est consultant
des laboratoires gouvernementaux et privés à travers le pays, a dit
que la pandémie a également perturbé d'autres tests. «Les
pénuries d’approvisionnement ont commencé avec les fournitures
liées au COVID, mais se sont ensuite étendues à tous
les autres domaines du laboratoire», a-t-il dit.
De nombreux laboratoires avec lesquels il a travaillé ont réussi à
continuer de fonctionner grâce à la coopération locale, se
connectant souvent via les listes de diffusion CLIN MICRONET et DIV C
hébergées par l'ASM.
«Nous
avons contacté des laboratoires partenaires à proximité et partagé
ce que nous pouvions», a-t-il dit.
«Nous avons tous partagé les mêmes problèmes et les
mêmes barrages routiers.»
Les
pénuries de matériel ont été compensées et aggravées par le
manque de personnel qualifié
De
nombreux laboratoires fonctionnent avec un personnel squelettique. La
pandémie a mis en évidence le grave manque de travailleurs
nécessaires pour effectuer les tests et maintenir le fonctionnement
du système, a dit la
microbiologiste clinique Amy Leber, au Nationwide Children's Hospital
de Columbus, Ohio.
«Nous
avions déjà des lacunes dans nos effectifs», a dit
la Dr Leber. «Lorsque nous
ajoutons à cela une pandémie, cela exagère et exacerbe notre
besoin de personnel supplémentaire. Et ce n'est pas comme si nous
pouvions embaucher plus de personnes parce que nous ne pouvons même
pas pourvoir les postes que nous avions ouverts au départ.»
La
Dr Leber a qualifié la pénurie de scientifiques dans les
laboratoires médicaux de «crise cachée». Une partie du
problème, a-t-elle dit, est le manque de programmes de formation.
Entre 1983 et 1999, les inscriptions aux programmes de certification
des scientifiques de laboratoire médical (MLS pour medical
laboratory scientist) sont passées de plus de 8 000 à près de 5
000, et le nombre de programmes est passé de 638 à 273, selon la
National Agency for Clinical
Laboratory Sciences. En 2017, les États-Unis comptaient 234
programmes MLS et 244 programmes MLT (medical
laboratory technician).
«Nos
programmes ont beaucoup baissé», a dit
la Dr Rohde, qui travaillait
auparavant pour le département
de la Santé du Texas et dirige maintenant le programme de sciences
de laboratoire clinique à la Texas State University à San Marcos.
De nombreux laboratoires sont dotés de scientifiques qui approchent
de la retraite, a-t-elle dit,
et elle craint que leur expertise ne se perde sans une jeune
génération à former.
La
Dr Leber a répondu à la pénurie de son laboratoire en faisant
appel à l'institut de recherche affilié à l'hôpital. «Nous
devions trouver des personnes susceptibles d'entrer et de travailler
dans le laboratoire, et nous avons dû repositionner des personnes
d'autres régions», a-t-elle dit.
«Pendant cette période, les gens ont fait venir des personnels
non traditionnels de tous types, y compris des
étudiants et des doctorants.»
Avant
COVID-19, a dit Gunsolus, son
laboratoire avait essayé d'embaucher une nouvelle recrue pour un
poste vacant. «Nous manquions déjà de personnel et nous en
avons un grand nombre qui ont atteint ou dépassé l'âge de la
retraite dans tous nos laboratoires, y compris en microbiologie»,
a-t-elle dit. Mais lorsque le
nombre de cas a augmenté, le laboratoire a été confronté à un
exode massif de scientifiques plus âgés qui ont interprété la
pandémie comme un signe qu'il était temps de prendre sa retraite.
Maintenant, dit-elle, le laboratoire a six postes ouverts et reste en
sous-effectif.
Alors
que les vaccins sont devenus disponibles et que le nombre de cas
s'est stabilisé ou a diminué dans de nombreuses régions du pays,
des microbiologistes cliniciens et d'autres experts réfléchissent à
la manière dont les laboratoires et autres services de santé
publique peuvent se préparer à la prochaine catastrophe.
Pour évaluer l'état des pénuries en microbiologie clinique, par exemple, l'ASM invite ses membres à participer à l'enquête 2021 sur les effectifs en microbiologie clinique (2021 Clinical Microbiology Workforce Survey) lancée ce mois-ci. La Dr Rohde, au Texas, estime que les programmes de formation en santé publique et en laboratoire médical devraient être envisagés pour un financement par élément, de la même manière que le ministère de la Défense est traité. «Ne devrions-nous pas traiter les agents pathogènes, qui sont furtifs et en constante mutation, [comme étant] au moins aussi dangereux que notre pire événement terroriste ?», a-t-elle demandé, soulignant que les agents pathogènes ont tué plus de personnes que de nombreuses guerres combinées.
Dans
un éditorial du New York Times publié en avril 2020, le directeur
général de l'ASM Stefano Bertuzzi et le président de l'ASM Robin
Patel, ont appelé à une «garde nationale microbiologiste» pour
remédier à la pénurie de main-d'œuvre. Pendant une pandémie, les
étudiants diplômés formés, les scientifiques postdoctoraux et les
chercheurs dont les laboratoires ont fermé pourraient combler les
lacunes des rôles non critiques dans les laboratoires de
microbiologie clinique et aider aux tests. (À moins qu'ils n'aient
terminé un programme accrédité, note la
Dr Rohde, ils ne seraient pas qualifiés pour prendre
chaque emploi.) La Dr Leber dit
qu'un investissement accru dans les programmes de formation MLT et
MLS, ainsi que les programmes de sensibilisation qui augmentent
sensibilisation des élèves du secondaire, pourrait renforcer la
main-d'œuvre; elle encourage les membres de l'ASM qui dirigent des
laboratoires à envisager de devenir un site de formation.
Le
Dr Miller, en Géorgie, a déclaré qu'il pensait que les
laboratoires devraient traiter les pandémies dans leur formation
interne à la préparation aux urgences. «Nous avions l'habitude
de penser à la préparation aux situations d'urgence pour le
bioterrorisme», a-t-il dit.
«Ce n'était pas un événement de bioterrorisme, mais la
pandémie nous a donné une bonne vue qui donne à réfléchir sur la
vitesse à laquelle quelque chose comme cela peut se produire.»
La
préparation devrait également inclure la résolution de la pénurie
d'approvisionnement, a dit
Gunsolus. «En tant que système de santé, nous avons identifié
que nous avons besoin d'un stock de réserve de choses comme des
gants, des blouses de laboratoire et des EPI de base», a-t-elle
dit, «mais nous ne voulons
pas nous affoler. Nous ne voulons pas que ce soit comme du papier
toilette.»
«En
outre, nous avons besoin de stocks d'écouvillons», a dit
la Dr Leber. Pour les autres matériaux, savoir combien garder sous
la main sera plus délicat. Les réactifs de laboratoire, par
exemple, expirent souvent au bout d'un an, et «il est difficile
de conserver des stocks de produits périmés», a dit
le Dr Leber.
En
renforçant la main-d'œuvre, le financement et les pénuries
d'approvisionnement, le système de santé publique peut être mieux
préparé pour l'émergence ence du prochain virus qui fera des
ravages dans le monde.
«J'espère
que nous n'aurons plus jamais à vivre cette chose»,
a dit
Gunsolus, «mais
comme Rodney Rohde l'a dit au début de cette pandémie, il
y aura un autre agent pathogène respiratoire, et nous devons
juste être prêt pour ça.»
