Norvège : Origine inconnue dans une épidémie à Salmonella

«Norvège : Origine inconnue dans une épidémie à Salmonella», source article de Food Safety News du 27 octobre 2023.

Sept personnes sont tombées malades en Norvège dans le cadre d'une épidémie de Salmonella.

L'Institut norvégien de santé publique (FHI) a déclaré que la source de l'infection à Salmonella Napoli était inconnue.

Les personnes sont tombés malades de fin août à fin septembre de cette année. Les patients sont âgés de 6 à 66 ans, quatre sont des femmes et trois des hommes.

Deux personnes malades vivent à Vestfold og Telemark, tandis que Viken, Oslo, Rogaland, Agder et Innlandet ont chacun un cas.

A la recherche du véhicule d’infection

Les bactéries détectées chez les personnes malades sont génétiquement similaires, ce qui indique une source d'infection commune. Les malades ou leurs proches sont interrogés pour déterminer l’origine de l’épidémie. Les patients vivent dans plusieurs régions, on soupçonne donc un produit alimentaire largement distribué.

L'épidémie fait l'objet d'une enquête de la part de FHI, des médecins-chefs municipaux, de l'Autorité norvégienne de sécurité des aliments (Mattilsynet) et de l'Institut vétérinaire.

Si une source courante d'infection provenant d'aliments, d'animaux ou de l'environnement apparaît, l'Autorité norvégienne de sécurité des aliments effectuera un travail de traçabilité tout au long de la chaîne d'approvisionnement.

Salmonella Napoli est un type rare de Salmonella en Europe. En Norvège, il a déjà été détecté, mais uniquement sous forme de cas sporadiques. Au total, 712 cas de salmonellose ont été signalés en Norvège en 2022, et Salmonella a provoqué cinq épidémies.

Les autorités norvégiennes enquêtent également sur une grave épidémie à E. coli liée aux hamburgers et aux produits de viande hachée.

Le FHI a signalé que E. coli O26:H11 avait été détecté chez 20 personnes. Onze des personnes infectées sont des enfants de moins de 13 ans et sept ont développé le syndrome hémolytique et urémique (SHU). Le SHU est une complication grave associée aux infections à E. coli qui provoque une insuffisance rénale. Les patients sont tombés malades de juillet à septembre et étaient âgés de 1 à 55 ans.

Trois ans après son apparition, l'OMS abandonne son plan pour la phase 2 de l'étude sur l'origine du SARS-CoV-2

«L'OMS abandonne son plan pour la phase 2 de l'étude sur l'origine du SARS-CoV-2», source article de Lisa Schnirring paru le 14 février 2023 dans CIDRAP News.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a abandonné les plans pour la deuxième phase de son étude sur les origines du virus SARS-CoV-2 en raison des difficultés rencontrées pour mener des études clés en Chine, a rapporté la revue Nature, citant Maria Van Kerkhove, responsable technique de l'OMS pour le COVID-19.

Une équipe internationale dirigée par l'OMS a passé 4 semaines en Chine en janvier 2021 pour enquêter sur la source du virus. Ils ont publié leurs conclusions complètes en mars 2021, qui couvraient quatre possibilités, avec un saut vers l'homme à partir d'un porteur animal intermédiaire très probablement. Tout en faisant pression sur la Chine pour plus de transparence, le groupe prévoyait de faire une deuxième phase de l'étude.

L'étude des origines du virus a cependant été entravée par des tensions politiques à plusieurs niveaux. En juillet, l'OMS a envoyé à la Chine un plan proposé pour la deuxième phase de l'étude, qui comprenait des prélèvements sur les marchés d'animaux sauvages et des audits de laboratoires dans la région de Wuhan, mais la Chine a rejeté les plans, selon Nature.

Les prélèvements sur des chauves-souris se poursuit

D'autres efforts sont toujours en cours pour apprendre de nouveaux indices sur la propagation initiale, tels que des prélèvements chez les chauves-souris, ainsi que des tests sanguins et des eaux usées archivés, a rapporté Nature, ajoutant que des chercheurs disent que trop de temps s'est écoulé pour recueillir des données qui pourraient aider à mieux identifier la source.

Sur twitter, Peter Daszak, qui faisait partie de la mission conjointe de l'OMS et est le président d'EcoHealth Alliance, a dit qu'une politisation intense a fait dérailler la phase 2 de l'étude. «Un barrage constant de harcèlement médiatique, motivé par une politique polarisée, a effectivement stoppé le progrès scientifique. Il ne nous reste AUCUNE nouvelle donnée, juste des intrigues, des rumeurs, des ouï-dire et des postures politiques vindicatives.»

À l'été 2021, l'OMS a créé un groupe permanent appelé le Groupe consultatif scientifique sur les origines des nouveaux agents pathogènes (SAGO pour Scientific Advisory Group for Origins of Novel Pathogens) afin de poursuivre la recherche de la source du SARS-CoV-2 et d'autres nouveaux agents pathogènes.

La société a déclaré que l'essai était également destiné à soutenir des licences en Europe et au Brésil.

Three years later, the politicisation of origins studies and the consequence: no further work is being done https://t.co/jreGel5b0P

— Marion Koopmans, virology; emerging infections (@MarionKoopmans) February 14, 2023

La Suède à la recherche de l’origine des épidémies à Cryptosporidium et à Salmonella

«La Suède à la recherche de l’origine des épidémies à Cryptosporidium et à Salmonella», source article de Joe Whitworth paru le 22 octobre 2022 dans Food Safety News.

Les autorités suédoises enquêtent sur une augmentation récente des cas signalés à Cryptosporidium parvum.

Au total, 61 personnes ont été confirmées comme étant infectées par le même type de Cryptosporidium parvum. Ces personnes sont tombées malades du 25 septembre au 10 octobre et vivent dans 10 régions différentes du pays.

Parmi les cas confirmés, 41 sont des femmes et 20 sont des hommes. Ils sont âgés de 11 à 86 ans avec une moyenne d'âge de 44 ans.

Il y a 98 autres cas d’infection possibles qui ont été signalés au cours de la même période et certaines d'entre elles peuvent également appartenir à l'épidémie.

L'Agence de santé publique de Suède (Folkhälsomyndigheten) a dit que l'augmentation faisait l'objet d'une investigation mais qu'elle pourrait être causée par des aliments largement distribués dans le pays.

Les unités locales de contrôle des infections, l'Agence suédoise de l'alimentation (Livsmedelsverket) et Folkhälsomyndigheten enquêtent sur l'épidémie pour identifier la source de l'infection.

Cryptosporidium est un parasite qui, une fois ingéré, peut provoquer une cryptosporidiose. La transmission se produit principalement par contact avec de l'eau contaminée, mais peut se faire par la nourriture ou l'exposition à des animaux infectés ou à de l'eau contaminée par les excréments d'animaux infectés.

Le principal symptôme est la diarrhée aqueuse, qui peut varier de légère à sévère. Elle s'accompagne souvent de douleurs à l'estomac, de nausées ou de vomissements, de fièvre et parfois de déshydratation et de perte de poids. Les symptômes apparaissent généralement deux à 10 jours après l'infection et durent une à deux semaines.

L'épidémie de Salmonella semble se terminer

Pendant ce temps, une épidémie à Salmonella Typhimurium a de nouveau augmenté avec 84 personnes désormais touchées, contre 54 cas à la mi-octobre.

Les personnes malades sont tombées malades entre le 17 septembre et le 6 octobre. Elles vivent dans 20 des 21 régions du pays.

Les patients sont âgés de 4 à 87 ans avec un âge moyen de 48 ans. La majorité sont des femmes avec 52 cas.

Les cas ont été reliés par le séquençage du génome entier à des prélèvements de patients. Cela signifie qu'ils sont soupçonnés d'avoir été infectés par une source commune.

Les responsables ont signalé que le nombre d'infections suspectées et confirmées avait diminué ces derniers jours, indiquant que l'épidémie touchait à sa fin. Ceci, ainsi que le début rapide de l'incident et la large répartition géographique des cas, signifie que des aliments frais avec une durée de conservation limitée sont soupçonnés d'avoir été la cause.

Des travaux pour identifier une source spécifique sont en cours entre les unités régionales de contrôle des infections, l'Agence suédoise de l'alimentation et l'Agence de santé publique de Suède.

Danemark : Fin des épidémies à Salmonella et Listeria avec des origines encore inconnues

«Danemark : Fin des épidémies à Salmonella et Listeria avec des origines encore inconnues», source Food Safety News.

Une épidémie à Salmonella au Danemark s'est terminée sans que la source soit identifiée, bien que les entretiens avec les patients aient indiqué du poulet.

De fin mars à début août, 22 personnes ont été infectées par le même type de Salmonella Enteritidis.

Les patients comprenaient 15 hommes et sept femmes. Ils avaient entre 8 et 59 ans avec un âge médian de 29 ans. La majorité des malades vivaient à Hovedstaden, cinq venaient du Sjælland, trois du Midtjylland et un du Syddanmark.

Lien avec du poulet

Le Statens Serum Institut (SSI), l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise (Fødevarestyrelsen) et le DTU Food Institute ont enquêté sur l'épidémie.

Les responsables du SSI ont parlé à 16 patients de la consommation alimentaire avant la maladie pour identifier une source possible d'infection. D'après les entretiens, il est apparu que presque tout le monde avait mangé du poulet et que quatre patients avaient mangé au même endroit.

Cependant, les enquêtes alimentaires et environnementales de l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise ainsi que les travaux de traçabilité des aliments n'ont donné aucun résultat définitif.

Le séquençage du génome entier des bactéries isolées chez les patients a montré qu'elles étaient étroitement apparentées et appartenaient à la séquence type 11.

Épidémies non résolues à Listeria

Pendant ce temps, deux foyers à Listeria restent non résolus. Dans le premier, neuf personnes ont été infectées de mi-mai à début juin 2022.

Les patients sont cinq hommes et quatre femmes âgés de 33 à 93 ans et tous avaient une maladie sous-jacente ou d'autres problèmes immunitaires avant l'infection qui les rendaient particulièrement vulnérables.

Tous les patients ont été hospitalisés et quatre personnes sont décédées dans les 30 jours suivant le prélèvement. Huit sont originaires de la région de Hovedstaden du pays.

Le SSI est responsable du séquençage du génome entier des isolats de Listeria des patients et de les interroger, eux ou leurs proches, pour identifier une source potentielle d'infection. Le séquençage du génome entier a révélé que les souches étaient étroitement apparentées et de la séquence type 37.

Dans le deuxième foyer, 12 personnes ont été infectées par le même type de Listeria depuis octobre 2020. Deux cas ont été signalés en 2020, neuf en 2021 et un en mai 2022.

Les patients sont sept hommes et cinq femmes de plus de 70 ans et ils vivent à travers le pays. Trois personnes sont décédées et toutes ont été hospitalisées.

Des entretiens avec des patients ou leurs proches ont montré qu'ils n'avaient pas voyagé, ne se connaissaient pas et n'avaient pas participé à des événements communs. On pense qu'un aliment vendu dans tout le pays pourrait être la source commune d'infection, mais sur la base d'entretiens, il n'a pas été possible de trouver le produit responsable.

Le séquençage du génome entier de bactéries isolées de personnes malades a révélé qu'elles étaient étroitement liées et qu'elles étaient de la séquence type 11.

Les Américains sont inondés d'informations sur les aliments mais restent sceptiques à leur égard, selon un sondage

«Combler le fossé de la confiance dans les aliments», source College of Food, Agricultural and National Resource Sciences (CFANS) du 3 mars 2022.

Le sondage du CFANS montre que moins de 25% des adultes américains font confiance aux informations sur le lieu où les aliments sont cultivés et comment ils sont produits; un écart de confiance encore plus grand parmi la génération Z (génération des personnes nées entre 1997 et 2010) à 17%.

Qu'ils remuent une casserole sur la cuisinière ou qu'ils fouillent dans le réfrigérateur, la majorité des adultes américains le font sans avoir pleinement confiance dans les informations qu'ils obtiennent sur leurs aliments.

Les consommateurs d'aujourd'hui ne peuvent pas allumer la télévision ou faire défiler des informations sur les réseaux sociaux sans voir des publicités d'entreprises alimentaires épousant la façon dont les consommateurs devraient se sentir bien en mangeant leurs produits. Des animaux élevés de manière éthique aux chaînes d'approvisionnement respectueuses de l'environnement, en passant par une transparence accrue sur les ingrédients, les consommateurs disposent de plus d'informations que jamais auparavant.

Pourtant, il persiste un décalage entre la ferme et la fourchette. Selon une nouveau sondage du CFANS de l'Université du Minnesota, seuls 24% des adultes américains ont un degré élevé de confiance dans les informations qu'ils reçoivent sur l'endroit où leur nourriture est cultivée et comment elle est produite. Pour la génération Z, le niveau de confiance élevé n'est que de 17%. Et avec seulement 27% des répondants au sondage qui déclarent une impression «très favorable» de l'agriculture et de la production alimentaire aux États-Unis, il n'est pas surprenant que les agriculteurs se sentent souvent incompris et attaqués aux yeux du public.

«Les consommateurs d'aujourd'hui sont bombardés quotidiennement dans toutes les directions avec des messages sur ce qu'ils devraient ou ne devraient pas manger et pourquoi ils devraient adopter un aliment mais en éviter un autre», a dit Frances Homans, professeur et responsable du Département d'économie appliquée et du Département d’Enseignement, de la Communication et du Marketing Agricoles (AECM). «Mais malgré ce déluge de données, nous constatons toujours une déconnexion dans leur compréhension de ce qui se passe réellement entre la ferme et la fourchette.»

Réduire le fossé

Garrett Steede, professeur et coordinateur majeur pour la communication et le marketing agricoles, travaille en étroite collaboration avec ses collègues pour remédier à cette déconnexion en préparant les étudiants à devenir des leaders, des éducateurs et des communicateurs efficaces dans les carrières des domaines de l'agriculture, de l'alimentation et des ressources naturelles (AFNR pour agriculture, food, and natural resources).

«Il est encourageant de constater qu'en dépit d'un fossé de confiance entre les adultes quant à l'origine de la nourriture, il existe clairement un intérêt croissant chez les jeunes - des collégiens aux étudiants de premier cycle dans nos univesités - pour étudier l'AFNR et comprendre le système alimentaire», a dit Steede.

Selon la National Association of Agricultural Educators, il y a plus de 13 000 professeurs d'agriculture dans les collèges, lycées et au niveau postsecondaire dans tout le pays, et la demande augmente, y compris dans les zones urbaines. Chaque année, plus de 100 nouveaux programmes agricoles ouvrent et ont besoin d'enseignants hautement qualifiés, diversifiés et dévoués. Au Minnesota, les districts scolaires ont ajouté 21 programmes AFNR depuis 2010, et 83 postes d'enseignants supplémentaires ont dû être pourvus dans tout l'État. Il s'agit d'une augmentation de 38% des postes d'enseignants sur dix ans, sans aucun signe de ralentissement de la demande. Pour répondre à cet intérêt accru, de nombreux districts scolaires du Minnesota développent de nouveaux programmes AFNR, et ils ont besoin de plus d'enseignants en agriculture pour occuper ces postes critiques.

Les jeunes consommateurs sont prêts à payer plus pour des aliments durables et issus de sources responsables. Le sondage du CFANS a également montré que la génération Z et la génération Y (38% sont très disposés) sont deux fois et demie plus susceptibles que les baby-boomers (15% sont très disposés) de payer plus pour des aliments durables et responsables qui profitent finalement à l'environnement.  

«La prise de conscience de la durabilité et de l'impact environnemental de nos aliments augmente, en particulier parmi nos étudiants», a dit Job Ubbink, professeur et responable du Département des sciences alimentaires et de la nutrition. «Les personnes signalent de plus en plus qu'ils veulent manger des choses qui sont non seulement bonnes pour eux en tant qu'individus, mais qui contribuent à un système alimentaire durable et à une société équitable. Les coûts, cependant, sont souvent un obstacle, surtout de nos jours avec l'inflation croissante.»

La science des aliments est essentielle pour permettre à cette transformation du système alimentaire d'être plus durable, qu'il s'agisse de développer des protéines végétales, de faire des progrès dans les protéines traditionnelles ou de développer de nouvelles cultures nouvelles, telles que le tabouretdes champs ou le kernza.

Les origines alimentaires sont importantes pour la prochaine génération

De plus en plus, les consommateurs s'attendent à ce que leur nourriture soit culturellement pertinente et vienne avec une histoire du voyage qu'il a fallu pour atteindre leurs assiettes. Les jeunes générations sont plus intéressées à savoir précisément d'où vient leur nourriture - par exemple, la ferme spécifique dans laquelle une dinde a été élevée, où le grain a été cultivé ou les vaches ont été traites. La génération Z et la génération Y étaient presque deux fois plus susceptibles de vouloir savoir d'où provenait leur nourriture que les baby-boomers (près de 25% de la génération Z et de la génération Y ont déclaré que c'était extrêmement important, contre 13% des baby-boomers).

«Il est clair que notre prochaine génération de consommateurs investit dans notre système alimentaire et dans notre environnement», a dit Homans. «Ils sont passionnés par ces sujets, et nous pensons qu'il est urgent de créer une compréhension de nos systèmes alimentaires et de notre chaîne d'approvisionnement tout en investissant dans des solutions scientifiques et des partenariats dynamiques pour nourrir une population croissante et soutenir notre planète.»

Aux lecteurs du blog

Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

L'American Society for Microbiology appelle à une évaluation objective des origines de la pandémie

«L'ASM appelle à une évaluation objective des origines de la pandémie», source ASM News.

L'American Society for Microbiology a publié la déclaration suivante appelant à une évaluation objective des origines de la pandémie de COVID-19.

Que ce soit par la voie de l'émergence naturelle ou de l'évasion en laboratoire, la question de savoir comment la pandémie de COVID-19 a commencé, entraînant l'infection de 180 millions de personnes et la mort de près de 4 millions, est une question complexe qui comprend un éventail de possibilités. Il est nécessaire de démêler les origines de la pandémie pour se préparer aux futures pandémies. Afin d'obtenir la compréhension la plus complète et la plus précise possible de l'origine de la pandémie de COVID-19, il est essentiel de diriger avec la méthode scientifique pour mener une enquête libre et ouverte.

Des principes scientifiques solides ont conduit au développement rapide de vaccins efficaces pour se protéger contre les pires conséquences de l'infection à la COVID-19. Ces mêmes principes d'enquête libre et ouverte, de collaboration mondiale, d'objectivité et de partage des données doivent guider les enquêtes sur l'origine de la pandémie. Nous soutenons la recherche fondamentale continue, motivée par la curiosité et évaluée par des pairs, sur les agents pathogènes viraux.

Quelle que soit la manière dont la pandémie a émergé, un soutien continu à la recherche et au développement de contre-mesures est essentiel pour lutter contre les maladies infectieuses émergentes et prévenir la prochaine pandémie. Tout aussi important, les hypothèses sur les origines de la pandémie de la COVID-19 ne devraient pas aboutir à des décisions sur l'orientation future de la recherche et des politiques liées à la pandémie qui pourraient avoir des conséquences imprévues sur la recherche potentiellement vitale. De telles décisions devraient être fondées sur des principes scientifiques solides, avec des précautions appropriées pour protéger la santé publique.

Les questions sur les données cliniques et les séquences virales clés des premiers cas de COVID-19 restent sans réponse. Il est essentiel que les scientifiques possédant l'expertise appropriée soient libres d'explorer ces questions de manière objective, peu importe où les découvertes scientifiques peuvent mener, sans crainte de représailles politiques.

Nous appelons les gouvernements, les agences internationales et les scientifiques à travailler ensemble et à partager leurs découvertes publiquement dans un effort honnête et transparent pour fournir une plus grande certitude sur les premiers événements pertinents qui ont précédé la pandémie. Découvrir les réponses aux questions critiques concernant les origines de la pandémie permettra aux parties prenantes d'élaborer des stratégies appropriées et efficaces pour prévenir de futures pandémies.

Mise à jour du 3 octobre 2021. On lira dans BMJ, l'article, Covid-19: Lancet investigation into origin of pandemic shuts down over bias risk.

L’étude d'un groupe de travail commandé par le Lancet sur les origines de la Covid-19 s'est terminé après des inquiétudes se soient manifestées concernant un conflit d'intérêt de l'un de ses membres et ses liens via une organisation à but non lucratif avec l'Institut de virologie de Wuhan.

Des spores microbiennes à codes barres peuvent retracer l'origine d'objets et des produits agricoles

« Des spores microbiennes à codes barres peuvent retracer l'origine d'objets et des produits agricoles », source communiqué de Harvard Medical School.

Chaque année, environ 48 millions d'Américains tombent malades à cause de maladies d'origine alimentaire, entraînant quelque 128 000 hospitalisations et 3 000 décès, selon les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis.

Ce problème de santé publique est aggravé par des milliards de dommages économiques liés aux rappels de produits, ce qui met en évidence la nécessité de déterminer rapidement et avec précision les sources de maladies d'origine alimentaire.

Avec la complexité croissante des chaînes d'approvisionnement mondiales pour la myriade d'aliments disponibles pour les consommateurs, cependant, la tâche de tracer l'origine exacte des articles contaminés peut être difficile.

Dans une nouvelle solution qui peut aider à déterminer l'origine des produits agricoles et d'autres biens, des scientifiques de la Harvard Medical School (HMS) ont développé un système microbien à code-barres qui peut être utilisé pour étiqueter des objets de manière peu coûteuse, évolutive et fiable.

Présentée dans Science le 4 juin, l'équipe de recherche décrit comment des spores microbiennes synthétiques peuvent être introduites en toute sécurité sur des objets et des surfaces à un point d'origine, comme un champ ou une usine de fabrication, et être détectées et identifiées des mois plus tard.

Les spores sont dérivées de la levure de boulangerie et d'une souche bactérienne commune utilisée dans une grande variété d'applications, telles que des compléments alimentaires probiotiques, et conçues pour être incapables de croître dans la nature pour éviter les effets écologiques négatifs.

«Les spores sont à bien des égards une solution à l'ancienne et ont été pulvérisées en toute sécurité sur des produits agricoles comme inoculants du sol ou des pesticides biologiques pendant des décennies. Nous venons d'ajouter une petite séquence d'ADN que nous pouvons amplifier et détecter», a dit l'auteur correspondant de l'étude, Michael Springer, professeur de biologie des systèmes à l'Institut Blavatnik de la HMS.

«Nous avons également travaillé dur pour nous assurer que ce système est sûr, en utilisant des souches microbiennes courantes et en intégrant plusieurs niveaux de contrôle», a ajouté Springer. «Nous espérons que ceal pourra être utilisé pour aider à résoudre des problèmes qui ont d'énormes implications pour la santé publique et l'économie.»

Ces dernières années, les scientifiques ont beaucoup appris sur les interactions entre les microbes et leur environnement. Des études montrent que les communautés microbiennes dans les maisons, sur les téléphones portables, sur le corps humain et plus ont des compositions uniques, similaires aux empreintes digitales. Cependant, les tentatives d'utilisation d'empreintes digitales microbiennes pour identifier la provenance peuvent prendre du temps et ne sont pas facilement évolutives.

L'utilisation de séquences d'ADN synthétisées sur mesure comme codes barres s'est avérée en principe efficace pour l'étiquetage des aliments et d'autres articles. Pour être largement utiles, les codes barres d'ADN doivent être produits à bas prix en gros volumes, persister sur des objets dans des environnements très variables, et pouvoir être décodés de manière fiable et rapide - des obstacles qui n'ont jusqu'à présent pas été surmontés car l'ADN est fragile.

Emballage robuste

Dans leur étude, Springer et ses collègues ont cherché à déterminer si les codes barres d'ADN emballés dans des spores microbiennes, qui peuvent être pulvérisés sur les cultures et identifiés des mois plus tard, pourraient aider à résoudre ces problèmes.

De nombreux micro-organismes, notamment des bactéries, des levures et des algues, forment des spores en réponse à des conditions environnementales difficiles. De façon analogue aux graines, les spores permettent aux micro-organismes de rester dormants pendant des périodes extraordinairement longues et de survivre à des conditions extrêmes telles que des températures élevées, la sécheresse et le rayonnement UV.

L'équipe de recherche a créé des séquences d'ADN sur mesure qu'elles ont intégrées dans les génomes des spores de deux micro-organismes, Saccharomyces cerevisiae, également connue sous le nom de levure de boulanger, et Bacillus subtilis, une bactérie commune et répandue qui a de nombreuses utilisations commerciales, y compris comme probiotique alimentaire, inoculant du sol et fermentant certains aliments. Ces spores peuvent être cultivées à bon marché en laboratoire en grand nombre.

Les séquences d'ADN synthétique sont courtes et ne codent pour aucun produit protéique, et sont donc biologiquement inertes. Insérées dans le génome en tandem, les séquences sont conçues pour que des milliards de codes barres uniques puissent être créés.

L'équipe a également veillé à ce que les spores à code barres ADN ne puissent pas se multiplier, croître et se propager dans la nature. Ils l'ont fait en utilisant des souches microbiennes qui nécessitent une supplémentation nutritionnelle spécifique et en supprimant les gènes nécessaires à la germination et à la croissance des spores. Des expériences impliquant des centaines de millions à plus d'un billion de spores modifiées ont confirmé qu'elles étaient incapables de former des colonies.

Pour lire les codes-barres d'ADN, les chercheurs ont utilisé un outil CRISPR peu coûteux qui peut détecter la présence d'une cible génétique rapidement et avec une sensibilité élevée. La technologie, appelée SHERLOCK, a été développée au Broad Institute du MIT et Harvard, dans le cadre d'une collaboration dirigée par les membres de l'institut James Collins et Feng Zhang.

«Les spores peuvent survivre dans la nature pendant une très longue période et sont un excellent moyen pour nous d'incorporer des codes-barres d'ADN», a déclaré le co-premier auteur de l'étude, Jason Qian, un étudiant diplômé en biologie des systèmes au HMS. «L'identification des codes barres est simple, en utilisant une source de lumière bleue, un filtre en plastique orange et un appareil photo de téléphone portable. Nous n'envisageons aucun défi pour la déployabilité sur le terrain.»

Le monde réel

L'équipe a examiné l'efficacité de leur système de spores microbiennes à code s barres à travers une variété d'expériences.

Ils ont fait pousser des plantes en laboratoire et ont pulvérisé sur chaque plante différentes spores à code barres. Une semaine après l'inoculation, une feuille et un échantillon de sol de chaque pot ont été récoltés. Les spores ont été facilement détectées, et même lorsque les feuilles ont été mélangées, l'équipe a pu identifier de quel pot provenait chaque feuille.

Lorsqu'elles ont été pulvérisées sur l'herbe à l'extérieur et exposées aux intempéries pendant plusieurs mois, les spores sont restées détectables, avec une propagation minimale en dehors de la région inoculée. Sur des environnements tels que le sable, le sol, les tapis et le bois, les spores ont survécu pendant des mois sans perte au fil du temps, et elles ont été identifiées après des perturbations telles que l'aspiration, le balayage et la simulation du vent et de la pluie.

Les spores sont très susceptibles de persister à travers les conditions d'une chaîne d'approvisionnement réelle, selon les chercheurs. À titre de preuve de principe, ils ont testé des dizaines d'articles de produits achetés en magasin pour la présence de spores de Bacillus thuringiensis (Bt), une espèce bactérienne largement utilisée comme pesticide. Ils ont correctement identifié toutes les plantes Bt positives et Bt négatives.

Dans d'autres expériences, l'équipe a construit un bac à sable de 100 mètres carrés et a constaté que la propagation des spores était minime après des mois de vent simulé, de pluie et de perturbations physiques.

Ils ont également confirmé que les spores peuvent être transférées sur des objets de l'environnement. Des spores ont été facilement identifiées sur les chaussures des personnes qui ont traversé le bac à sable, même après avoir marché pendant plusieurs heures sur des surfaces qui n'ont jamais été exposées aux spores. Cependant, les spores n'ont pas pu être détectées sur ces surfaces, ce qui suggère que les objets retiennent les spores sans propagation significative.

Cette caractéristique, a noté l'équipe, pourrait permettre aux spores d'être utilisées pour déterminer si un objet a traversé une zone inoculée. Ils l'ont testé en divisant le bac à sable en grilles, chacune étiquetée avec jusqu'à quatre spores à codes barres différentes. Des individus et une voiture télécommandée ont ensuite navigué dans le bac à sable.

Ils ont découvert qu'ils pouvaient identifier les grilles spécifiques que les objets traversaient avec un minimum de faux positifs ou négatifs, suggérant une application possible comme outil complémentaire pour la médecine légale ou l'application de la loi.

L'équipe a également examiné les implications potentielles pour la vie privée, notant que les technologies existantes telles que les colorants UV, le suivi des téléphones portables et la reconnaissance faciale sont déjà largement utilisées mais restent controversées.

«En tant que scientifiques, notre charge est de résoudre les défis scientifiques, mais en même temps, nous voulons nous assurer que nous reconnaissons les implications sociétales plus larges», a dit Springer. «Nous pensons que les spores à code barres sont les mieux adaptées aux applications agricoles et industrielles et seraient inefficaces pour la surveillance humaine.» Quoi qu'il en soit, l'utilisation et l'adoption de cette technologie devraient se faire en tenant compte des problèmes d'éthique et de confidentialité, ont déclaré les auteurs de l'étude.

Les chercheurs étudient actuellement les moyens d'améliorer le système, y compris la mise au point de mécanismes potentiellement destructeurs dans les spores, la recherche de moyens de limiter la propagation et l'examen de la possibilité d'utiliser les spores pour fournir des informations temporelles sur l'historique de localisation.

«Les épidémies d'agents pathogènes d'origine alimentaire tels que Listeria, Salmonella et E. coli se produisent naturellement et fréquemment», a dit Springer. «Des outils de biologie synthétique simples et sûrs et une connaissance de la biologie de base nous permettent de créer des choses qui ont beaucoup de potentiel pour résoudre des problèmes de sécurité réels.»

Complément. On lira l'article paru dans AAAS.org sur BarcodedMicrobes Could Track Sources of Food Contamination, dont j'ai extrait l'image en titre.

Coronavirus: Le pathogène aurait pu se propager chez l'homme depuis des décennies, selon une étude

« Coronavirus: Le pathogène aurait pu se propager chez l'homme depuis des décennies, selon une étude », source SCMP du 29 mars.

• Le virus a peut-être sauté de l'animal à l'homme bien avant la première détection à Wuhan, selon une étude d'une équipe internationale de scientifiques
• Les résultats réduisent considérablement la possibilité que le virus soit d'origine biologique, selon le directeur du National Institute of Health des États-Unis.

Selon une étude menée par certains des meilleurs chasseurs de virus du monde, le coronavirus qui cause le Covid-19 aurait pu se propager tranquillement parmi les humains pendant des années, voire des décennies, avant l'éclosion soudaine qui a déclenché une crise sanitaire mondiale.

Des chercheurs des États-Unis, de la Grande-Bretagne et de l'Australie ont examiné des tas de données publiées par des scientifiques du monde entier pour trouver des indices sur le passé évolutif du virus et ont découvert qu'il aurait pu passer de l'animal à l'homme bien avant la première détection dans la ville de Wuhan au centre de la Chine.

Bien qu'il puisse y avoir d'autres possibilités, les scientifiques ont dit que le coronavirus portait une mutation unique qui n'a pas été retrouvée chez les hôtes animaux suspects, mais était susceptible de se produire lors d'infections répétées en petits groupes chez l'homme.

L'étude, menée par Kristian Andersen du Scripps Research Institute en Californie, Andrew Rambaut de l'Université d'Édimbourg en Écosse, Ian Lipkin de l'Université Columbia à New York, Edward Holmes de l'Université de Sydney et Robert Garry de l'Université Tulane à New Orléans, a été publié dans la revue scientifique Nature Medicine le 17 mars.

Le Dr Francis Collins, directeur du National Institute of Health des Etats-Unis, qui n'a pas participé à la recherche, a déclaré que l'étude suggérait un scénario possible dans lequel le coronavirus passait des animaux aux humains avant de devenir capable de provoquer des maladies chez les humains.

« Puis, à la suite de changements évolutifs progressifs au fil des années ou peut-être des décennies, le virus a finalement acquis la capacité de se propager d’humain à humain et de provoquer des maladies graves, souvent mortelles », a-t-il déclaré dans un article publié sur le site Internet de l’Institut jeudi.

En décembre, les médecins de Wuhan ont commencé à remarquer une augmentation du nombre de personnes souffrant d'une mystérieuse pneumonie. Les tests de détection de la grippe et d'autres pathogènes sont restés négatifs. Une souche inconnue a été isolée et une équipe de l'Institut de virologie de Wuhan dirigée par Shi Zhengli a retracé son origine à un virus de chauve-souris retrouvé dans une grotte de montagne près de la frontière sino-birmane.

Les deux virus partageaient plus de 96% de leurs gènes, mais le virus de la chauve-souris ne pouvait pas infecter l'homme. Il manquait une protéine de pointe pour se lier aux récepteurs des cellules humaines.

Des coronavirus avec une protéine de pointe similaire ont ensuite été découverts dans des pangolins malais par des équipes distinctes de Guangzhou et de Hong Kong, ce qui a amené certains chercheurs à croire qu'une recombinaison de génomes s'était produite entre les virus de la chauve-souris et du pangolin.

Mais la nouvelle souche, ou SRAS-Cov-2, avait une mutation dans ses gènes connus sous le nom de site de clivage polybasique qui n'était pas visible dans les coronavirus retrouvés dans les chauves-souris ou les pangolins, selon Andersen et ses collègues.

Cette mutation, selon des études distinctes de chercheurs chinois, français et américains, pourrait produire une structure unique dans la protéine à pointe du virus pour interagir avec la furine, une enzyme largement distribuée dans le corps humain.

Cela pourrait alors déclencher une fusion de l'enveloppe virale et de la membrane cellulaire humaine lorsqu'ils entraient en contact les uns avec les autres.

Certains virus humains, dont le VIH et Ebola, ont le même site de clivage semblable à la furine, ce qui les rend contagieux.

Il est possible que la mutation naturellement appliqué au virus sur des hôtes animaux. Les Sras (syndrome respiratoire aigu sévère) et Mers (syndrome respiratoire du Moyen-Orient), par exemple, auraient été des descendants directs d'espèces retrouvées dans les civettes masquées et les chameaux, qui présentaient une similitude génétique de 99%.

Il n'y avait cependant aucune preuve directe de ce type de nouveau coronavirus, selon l'équipe internationale. L'écart entre les types humains et animaux était trop grand, ont-ils dit, alors ils ont proposé une autre alternative.

« Il est possible qu'un ancêtre du SRAS-CoV-2 ait sauté chez l'homme, acquérant les caractéristiques génomiques décrites ci-dessus par le biais d'une adaptation au cours d'une transmission interhumaine non détectée », ont-ils déclaré dans l’article.

« Une fois acquises, ces adaptations permettraient à la pandémie de décoller et de produire un groupe suffisamment important de cas pour déclencher le système de surveillance qui l'a détectée. »

Ils ont également dit que les modèles informatiques les plus puissants basés sur les connaissances actuelles sur le coronavirus ne pouvaient pas générer une structure de protéine à pointe aussi étrange mais très efficace pour se lier aux cellules hôtes.

L'étude a considérablement réduit, voire exclu, la possibilité d'une origine en laboratoire, a déclaré Collins.

« En fait, tout bioingénieur essayant de concevoir un coronavirus menaçant la santé humaine n'aurait probablement jamais choisi cette conformation particulière pour une protéine à pointe », a-t-il dit.

Les conclusions des scientifiques occidentaux ont fait écho à l'opinion dominante des chercheurs chinois.

Zhong Nanshan, qui conseille Pékin sur les politiques de limitation des épidémies, a déclaré à de nombreuses reprises qu'il y avait de plus en plus de preuves scientifiques suggérant que l'origine du virus n'était peut-être pas en Chine.

« La présence de Covid-19 à Wuhan ne signifie pas qu'il est originaire de Wuhan », a-t-il déclaré la semaine dernière.

Un médecin travaillant dans un hôpital public traitant des patients de Covid-19 à Pékin a déclaré que de nombreux cas d'épidémies de pneumonie mystérieuses avaient été signalés par des professionnels de la santé dans plusieurs pays l'année dernière.

Le réexamen des dossiers et des échantillons de ces patients pourrait révéler plus d'indices sur l'histoire de cette pandémie qui s'aggrave, a déclaré le médecin, qui a demandé à ne pas être nommé en raison de la sensibilité politique du problème.

« Il y aura un jour où tout cela sera mis en lumière. »

A la recherche de l'origine de la contamination dans des éclosions à STEC liées à des graines germées, de la salade et des légumes à feuilles vertes

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

Voici un article qui se présente comme une revue systématique des éclosions à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) liées à des graines germées, de la salade et des légumes à feuilles vertes.

Résumé

Des éclosions à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) impliquant des produits de salade prêts à consommer sont décrites dans la littérature scientifique depuis 1995.

Ces produits ne font généralement pas l'objet d'une étape finale de maîtrise, telle que la cuisson pour éliminer les pathogènes.

Pour réduire le nombre d'infections à STEC dues à des produits de salade, des efforts devront être axés sur la prévention et la réduction de la contamination tout au long de la chaîne alimentaire.

Nous avons effectué un examen systématique des éclosions à STEC impliquant des graines germées, de la salade ou des produits à feuilles vertes pour déterminer s'il existait des caractéristiques récurrentes, telles que la disponibilité de preuves microbiologiques ou l'identification de la contamination, susceptibles d'informer les investigations futures et les stratégies de prévention et de maîtrise.

Trente-cinq éclosions à STEC liées à des légumes-feuilles contaminés ont été identifiées pour inclusion. Les éclosions ont eu lieu de 1995 à 2018 et ont varié de 8 à plus de 8 500 cas. La détection de STEC dans le produit alimentaire était rare (4 éclosions sur 35). Pour les foyers restants, la détermination des légumes-feuilles comme source du foyer reposait principalement sur l'épidémiologie analytique (20 sur 35) ou des preuves descriptives (11 sur 35).

L'investigation de traçabilité dans 21 des 32 foyers n'a pas permis d'identifier les voies possibles menant à l'origine des STEC, ni comment les feuilles ont été contaminées. Les investigations dans huit foyers ont révélé des mauvaises pratiques au cours de la transformation qui auraient pu contribuer au foyer, telles qu'une désinfection insuffisante après récolte du produit. Six investigations sur des éclosions ont permis d'identifier la souche épidémique dans des excréments d'animaux proches des champs en culture ; deux d’entre elles ont également pu trouver la souche épidémique dans l’eau d’irrigation des exploitations agricoles, ce qui constitue une voie de contamination probable.

Ces résultats mettent en évidence les limites du recours à la confirmation microbiologique comme base pour lancer des investigations sur la production en amont afin de comprendre la source de la contamination. Cette revue montre également l’importance des études de traçabilité de la chaîne alimentaire, ainsi que les difficultés associées à ces études, pour éclairer les mesures de maîtrise et la prévention future.

Faits saillants

• Un examen systématique a identifié 35 épidémies à STEC liées à des légumes-feuilles contaminés.
• La plupart des épidémies (20 sur 35) reposaient sur des preuves épidémiologiques pour identifier les légumes-feuilles.
• Dans 21 des 35 études, aucune preuve de la manière dont la contamination initiale s'est produite n'a été retrouvée.
• Dans 11 études, l'eau a été identifiée comme le vecteur probable de la contamination du produit.
• Seules deux études ont pu identifier l’origine et la voie de contamination probables.

Référence

ERICA KINTZ, LISA BYRNE, CLAIRE JENKINS, NOEL McCARTHY, ROBERTO VIVANCOS, and PAUL HUNTER (2019) Outbreaks of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Linked to Sprouted Seeds, Salad, and Leafy Greens: A Systematic Review. Journal of Food Protection: November 2019, Vol. 82, No. 11, pp. 1950-1958. https://doi.org/10.4315/0362-028X.JFP-19-014