Les restrictions sont levées en Martinique suite à une suspicion de contamination à Salmonella dans un élevage de poules pondeuses

Suspicion de contamination à la salmonelle d’un élevage de poules pondeuses en Martinique : «les restrictions sont levées», source Martinique 1 du 4 décembre 2023.

A la suite de la suspicion de la présence d’une bactérie pathogène dans un bâtiment d’élevage de poules pondeuses en Martinique, les résultats d’analyses des prélèvements rendus par le laboratoire territorial d’analyses (LTA) «se sont révélés favorables» annonce la préfecture. «Les restrictions sont levées mais la vigilance sanitaire demeure» pour assurer la protection des consommateurs.

Dans un communiqué diffusé en fin de semaine dernière (vendredi 1er décembre 2023), la préfecture signale que «la suspicion de contamination d’un élevage de poules pondeuses par Salmonella Typhimurium n’est pas confirmée».

Les prélèvements effectués par le laboratoire territorial d’analyses (LTA) « se sont révélés favorables».

Selon la Préfecture,

En conséquence, les mesures de précaution mises en place en collaboration avec le producteur, dont le retrait de la commercialisation des œufs de l’élevage suspect, ont été levées mercredi 29 novembre. Il est par ailleurs rappelé qu’aucun cas de toxi-infection alimentaire à Salmonella en lien avec les œufs produits dans les établissements d’élevage de Martinique n’a été, à ce jour, signalé.

«La vigilance sanitaire demeure»

Dans ce contexte, «le protocole de contrôle sanitaire mis en place par les services vétérinaires de la DAAF, qui s’articule autour d’inspections, de prélèvements et d’analyses, va se poursuivre avec une attention particulière sur les œufs et les ovoproduits», prévient la préfecture.

Plus de 8000 contrôles par an

Cet événement sanitaire permet de rappeler que ce sont plus 8 600 contrôles qui sont annuellement conduits par le Service de l’Alimentation de la DAAF, tout au long de la chaîne alimentaire, c’est-à-dire du champ à l’assiette, en passant par les importations.

Ces contrôles concernent l’ensemble des filières de production et d’importation de denrées alimentaires animales et végétales.

«Ils visent à garantir un haut niveau de sécurité sanitaire des aliments commercialisés sur le territoire de la Martinique, afin de protéger la santé, tant des consommateurs que des cheptels et cultures martiniquais.»

Royaume-Uni : Le projet Campylobacter révèle que les laboratoires peuvent mieux faire

«Le projet Campylobacter révèle que les laboratoires peuvent mieux faire», source article de Food Safety News paru le 5 décembre 2023.

Selon un rapport, un seul laboratoire a obtenu un score élevé dans le cadre d'un exercice d’essais sur Campylobacter, ce qui suggère qu'il y a place à amélioration.

En 2018, la Food Standards Agency (FSA) a chargé l’Agence britannique de santé (UKHSA) de fournir un programme d’évaluation externe de la qualité (EQA) de la détection et du dénombrement de Campylobacter à partir d’une matrice simulée représentant du poulet cru.

Il était disponible dans 20 laboratoires au Royaume-Uni qui fournissaient un essai accrédité pour Campylobacter dans les aliments. À l’époque, il n’existait aucun essai fiable pour identifier l’agent pathogène.

L’EQA s’est déroulée de mars 2019 à novembre 2021, en raison des perturbations liées au COVID-19. Au total, 39 échantillons ont été envoyés ; 26 pour dénombrer les niveaux de Campylobacter, s'il est détecté, et 13 pour la détection du micro-organisme.

Une EQA fournit aux laboratoires une évaluation externe indépendante de leurs performances. Une participation régulière fait partie des procédures de qualité et contribue à garantir l'exactitude des résultats des tests. Cela donne également une assurance aux clients.

Principales conclusions de l’évaluation

Les souches de Campylobacter choisies pour simuler des échantillons alimentaires variaient et contenaient des espèces communes telles que C. jejuni, C. lari et C. coli. Des niveaux élevés de micro-organismes ont été inclus pour simuler le contenu du poulet cru.

Il y avait des variations dans les résultats du dénombrement rapportés, même si tous les laboratoires disaient que la même méthode avait été utilisée.

Les laboratoires ont renvoyé un résultat acceptable ou douteux pour au moins 80% des échantillons examinés pour le dénombrement ou la détection de Campylobacter. Cela montre qu'ils peuvent entreprendre des essais pour détecter les agents pathogènes dans les aliments en utilisant les deux méthodes, selon le rapport.

Un laboratoire a contacté l'UKHSA au début du programme car les résultats étaient systématiquement en dehors de la plage attendue. Après conseils, les performances se sont considérablement améliorées, la plupart des résultats rapportés sur le dénombrement se situant dans la fourchette attendue. Tous les laboratoires ont signalé des dénombrements en dehors de la plage attendue ; cependant, la cause profonde n’a pas été étudiée.

Pour la partie détection, deux laboratoires ont rapporté un résultat faussement négatif pour deux échantillons. Deux laboratoires ont enregistré un faux négatif pour un échantillon. Un laboratoire a également obtenu un résultat faussement positif pour le seul échantillon qui ne contenait pas de Campylobacter.

Un seul laboratoire a rapporté tous ses dénombrements dans la plage attendue, obtenant une performance globale de 100 pour cent pour toutes les distributions et les échantillons examinés. Un laboratoire a signalé un dénombrement en dehors de la plage attendue pour quatre des 25 échantillons de dénombrement analysés.

«La participation régulière à l'EQA permettra aux laboratoires de contrôler tout changement dans les conditions de fonctionnement telles que les milieux et les niveaux du personnel. Combler les lacunes identifiées grâce à une EQA contribuera à garantir que les incidents de santé publique soient détectés tôt et gérés efficacement», indique le rapport.

Radioactivité dans les aliments

Entre-temps, les autorités britanniques ont publié un rapport annuel contenant des échantillons et des analyses sur les niveaux de substances radioactives dans les aliments et dans l'environnement.

Les activités de surveillance sont conçues ou entreprises par l'Environment Agency, la FSA, Food Standards Scotland, la Northern Ireland Environment Agency, Natural Resources Wales et la Scottish Environment Protection Agency.

Le rapport 2022 publié récemment a révélé que l'exposition du public à toutes les sources de radioactivité artificielle présente dans les aliments et dans l'environnement était faible et dans la limite légale de 1 millisievert (mSv) par an. Les aliments et les sources d'eau potable publiques qui constituent l'alimentation générale des personnes ont été analysés pour détecter leur radioactivité dans tout le Royaume-Uni. Les radionucléides artificiels ne contribuent qu’à une faible proportion du rayonnement public présent dans l’alimentation humaine.

Un système de surveillance est en place pour détecter la radioactivité dans les envois. Aucune radioactivité significative au-dessus des niveaux de dépistage n’a été détectée aux points d’entrée. En juin 2022, les réglementations de l’UE sur les contrôles des importations de Fukushima ont été supprimées pour l’Angleterre, l’Écosse et le Pays de Galles.

Portugal : La police révèle une fraude présumée à l'analyse de l'eau

«La police révèle une fraude présumée à l'analyse de l'eau au Portugal», source article de Food Safety News paru le 1er décembre 2023.

La police portugaise a découvert une fraude potentielle en matière d'analyse de l'eau impliquant un laboratoire.

L'opération «Gota D´Água» a conduit à l'arrestation de 19 personnes pour avoir prétendument falsifié les analyses d'eau destinée à la consommation humaine. Les personnes arrêtées sont âgées de 25 à 61 ans et sont accusées de divers délits, notamment d'abus de pouvoir et de fraude documentaire.

La Polícia Judiciária a effectué 60 recherches, ciblant plusieurs individus, entreprises et entités publiques dans différentes régions du pays.

L'enquête a porté sur l'activité frauduleuse potentielle d'un laboratoire chargé de collecter et d'analyser l'eau destinée à la consommation humaine ainsi que d'autres sources d'eau, comme le contrôle des eaux usées. Il s'agit du Laboratório Regional de Trás-os-Montes (LRTM), et un porte-parole a déclaré aux médias locaux que l'entreprise coopérait avec les enquêteurs.

Accusé d'échecs dans les tests et analyses, la police a déclaré que ce laboratoire, accrédité pour le contrôle de la qualité de l'eau et basé à Mirandela, avait falsifié les procédures d'échantillonnage et d'analyse relatives au contrôle de l'eau destinée à la consommation humaine avec l'aide de certains employés d'autres agences et d'élus.

Parmi les personnes arrêtées figuraient du personnel de laboratoire, des fonctionnaires et un conseiller local.

Le projet visait à réduire les coûts de laboratoire, mais les actions ont mis en péril la confiance et la fiabilité des résultats des essais ainsi que la qualité de l'eau consommée par les habitants des régions touchées, ont déclaré les enquêteurs.

L'opération menée par le ministère public de Porto a également impliqué l'Agence portugaise de l'environnement (APA) et l'Autorité de régulation des services d'eau et de déchets (ERSAR).

Lors d'une audience impliquant 19 accusés, 18 ont été libérés et 17 ont reçu l'ordre de ne pas contacter d'autres accusés et témoins ni de fréquenter certains lieux.

Il était interdit à l'élu d'avoir des contacts avec les accusés et les témoins du procès, ainsi qu'avec tout autre employé de la municipalité ou tiers effectuant des travaux de contrôle environnemental et de qualité de diverses activités liées à l'eau.

Le directeur accusé du laboratoire ne doit pas contacter les accusés, les témoins ou tout autre employé du laboratoire. Ils ont également dû remettre leur passeport et rester chez eux assignés à résidence.

Etats-Unis : Un État annule un rappel de salades de chez lëf Farms en raison d'une erreur du laboratoire

C’est un fait rarissime, mais cela peut arriver, et cela peut aussi coûter cher, d’où cet article venant des Etats-Unis où «Un État annule un rappel de salades de chez lëf Farms en raison d'une erreur du laboratoire», source Food Safety News.

Le 11 mai, le  New Hampshire Department of Health and Human Services a déterminé qu'une erreur de laboratoire a provoqué à tort l'annonce du rappel la semaine dernière de salades vertes conditionnées «Spice» de lëf Farms. Les produits de lëf Farms sont sûrs et le rappel a été annulé.

Le 5 mai, le département a publié un communiqué de presse concernant une contamination potentielle par la bactérie E. coli O157 d'un lot spécifique de salades vertes emballées «Spice» de lëf Farms. Après avoir été informé, lëf Farms a lancé un rappel des produits potentiellement concernés. Un séquençage ultérieur du génome entier a été effectué, ce qui a déterminé que l'échantillontémoin et l'échantillon de lēf Farms étaient presque identiques, indiquant que les résultats de laboratoire initiaux étaient inexacts en raison d'une erreur de contamination au sein du laboratoire lui-même.

«Je tiens à m'excuser auprès de lëf Farms, de leurs clients et du public pour cet événement malheureux», a déclaré Tricia Tilley, directrice de la Division des services de santé publique (DPHS). «Les actions rapides et décisives de lēf Farms placent la santé de leurs clients au premier plan. Leurs produits sont sans danger pour les consommateurs. Nous apprécions que lēf Farms ait été un partenaire volontaire dans ce processus. Bien que cette situation soit sans précédent, notre personnel dévoué adoptera toutes les mesures correctives pour s'assurer que cela ne se reproduira plus.

lēf Farms est une filiale de BrightFarms, un leader national de l'industrie de l'agriculture en verticla, qui transforme la façon dont les produits sont cultivés et livrés grâce à son réseau en pleine expansion de fermes hydroponiques durables et de haute technologie.

«Nous sommes soulagés de confirmer qu'il s'agissait simplement d'une erreur de laboratoire et que notre produit n'a jamais été en danger. La santé et la sécurité des clients restent notre priorité absolue. Je suis immensément fier de la réponse rapide de notre équipe et de sa collaboration efficace avec la FDA et les responsables de l'État», a déclaré Steve Platt, PDG de BrightFarms.

Le rappel étant annulé, lëf Farms «Spice» revient dans les magasins de Hannaford et Market Basket dans le Maine, le Massachusetts, le New Hampshire, New York, le Rhode Island et le Vermont. Il n'est plus nécessaire pour les consommateurs ayant acheté les produits «Spice» de lēf Farms de les jeter ou de demander un remboursement auprès de leur lieu d'achat. Les consommateurs qui ont des questions sont encouragés à appeler lēf Farms au 866-857-8745 ou à envoyer un courriel à info@lef-farms.com avec comme objet : Rappel.

Le laboratoire de santé publique n'a pas connu de faux positifs lors de tests de routine ayant entraîné un rappel volontaire depuis plus de vingt ans. Le département de la santé travaille en étroite collaboration avec la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis pour confirmer la source de la contamination et mettra en œuvre les modifications de protocole nécessaires pour s'assurer qu'elle ne se répète pas.

France : Retour sur une épidémie nationale à Salmonella liée à des saucisses sèches

Eurosurveillance nous propos un article qui revient sur une épidémie nationale de plusieurs sérotypes à Salmonella Bovismorbificans ST142 et de Salmonella Typhimurium ST34 monophasique associée à des saucisses sèches de porc en France, septembre 2020 à janvier 2021.

Message clé de santé publique

Que vouliez-vous aborder dans cette étude ?

Salmonella enterica subsp. enterica est la principale cause d'infections diarrhéiques d'origine alimentaire en Europe. Les protocoles de diagnostic actuels ciblent les infections à agent unique, mais pas les infections à sérotypes multiples. Nous avons voulu décrire une récente épidémie de Salmonella à sérotypes multiples chez l'homme en France en 2020, qui a donné lieu à une enquête internationale.

Qu'avons-nous appris de cette étude ?

L'épidémie a touché 44 personnes en association avec la consommation de produits secs de charcuterie (saucisse sèche droite et saucisse sèche courbe) de porc contaminées par deux sérotypes différents de Salmonella. Les investigations identifiant plusieurs sérotypes de Salmonella dans les aliments étaient compliquées et nécessitaient la collaboration de sept institutions différentes. L'identification des deux sérotypes n'a été possible que dans un seul échantillon alimentaire.

Quelles sont les implications de vos découvertes pour la santé publique ?

Cette étude met en évidence la nécessité d'améliorer les procédures pour mieux détecter les contaminations mixtes des produits alimentaires par différents sérotypes de Salmonella, qui, selon nous, peuvent passer inaperçues avec les procédures de laboratoire standard actuelles.

Pour mémoire,

- le communiqué du ministère de l’agriculture du 26 novembre 2020, «Retrait et rappel de saucisses sèches et de rosettes tranchées contaminées par des salmonelles» parlait de 26 cas de salmonellose dont 17 enfants.
- Le rappel de rosette a eu lieu le 18 novembre 2020 en Belgique.
- Le blog avait publié le 26 novembre 2020 un article, France: Epidémie de salmonellose liée à des produits de charcuterie, 26 cas dont 17 enfants.

Dans la discussion de l’article, les auteurs notents (extraits) :

Nous décrivons une épidémie nationale de salmonellose impliquant 44 cas dans deux groupes microbiologiques par deux sérotypes : 33 cas avec S. Bovismorbificans ST142 et 11 cas avec le variant monophasique de S. Typhimurium ST34. Les deux clusters étaient associés à la consommation de saucisses sèches de porc produites par le même fabricant entre septembre et novembre 2020. Les enquêtes épidémiologiques ont pointé la consommation de saucisses de marque A commercialisées par la chaîne de supermarchés 1. De plus, l'enquête sur les cartes de fidélité des supermarchés a renforcé cette association, en enregistrant l'achat du produit suspect quelques jours avant la date d'apparition des symptômes dans la plupart des registres.

Des mesures de contrôle ont été mises en œuvre à la suite des enquêtes épidémiologiques du cluster S. Bovismorbificans avec trois rappels/retraits en novembre 2020. Le cluster S.4,12:i:- a été identifié fin décembre, mais l'apparition des symptômes de la plupart des cas s'est produite avant le 30 novembre (sauf un cas en décembre). Suite aux rappels et retraits des produits suspects, la détection des cas humains a rapidement décliné. Les agences de santé internationales ont été informées du premier groupe d'épidémies (S. Bovismorbificans) par le biais des notifications au RASFF et à EpiPulse en raison de l'exportation du produit dans d'autres pays européens. Aucun cas appartenant au premier groupe n'a été signalé hors de France et aucun génome appartenant au deuxième groupe n'a été identifié sur EnteroBase pour aucun autre pays.

S. Bovismorbificans n'a été isolé qu'à partir d'un échantillon alimentaire fourni par un patient. Bien qu'une contamination post-achat par le patient soit possible, les données épidémiologiques et l'absence de nouveaux cas suite aux rappels et retraits ont fortement soutenu l'hypothèse d'une contamination du produit avant la vente.

Dans cette éclosion, bien qu'il n'ait pas été possible d'isoler les deux sérotypes de Salmonella à partir d'un seul échantillon alimentaire ou humain, une qPCR a identifié les deux sérotypes dans le même échantillon alimentaire. Ceci a suggéré que les produits alimentaires pouvaient avoir été contaminés à des taux différents par les deux sérotypes, simultanément, échappant aux procédures standards des laboratoires de microbiologie pour l'identification des contaminations multi-souches. À cette fin, la détection d'un signal Salmonella positif par qPCR dans un échantillon de pré-enrichissement peut être une approche puissante pour une détection et une enquête rapides. Néanmoins, la méthode devrait être standardisée et une confirmation devrait toujours être effectuée par isolement, identification et caractérisation génomique des souches.

Conclusion

Nous présentons ici deux épidémies simultanées à Salmonella enterica liées à la consommation de saucisses sèches de porc produites pendant une courte période par le même fabricant : la première causée par S. Bovismorbificans et la seconde par le variant monophasique de S. Typhimurium, 4,12 :je:-. Cependant, les méthodes moléculaires ont révélé une double contamination d'un même échantillon alimentaire analysé. Les éclosions multi-souches peuvent ne pas être détectées par les approches de détection bactériologique actuelles. Nous pensons que les protocoles de laboratoire standard, tant au niveau clinique qu'au niveau du contrôle alimentaire, devraient inclure des procédures pour améliorer la détection des contaminations de sérotypes mixtes de Salmonella. De plus, notre rapport met en évidence l'utilité des tests qPCR spécifiques au sérotype pour enquêter sur les épidémies d'origine alimentaire.

Référence

Pardos de la Gandara Maria, Fournet Nelly, Bonifait Laetitia, Lefèvre Sophie, Chemaly Marianne, Grastilleur Charlotte, Cadel-Six Sabrina, Fach Patrick, Pignault Agnès, Brisabois Anne, Jourdan-Da Silva Nathalie, Weill François-Xavier. Countrywide multi-serotype outbreak of Salmonella Bovismorbificans ST142 and monophasic Salmonella Typhimurium ST34 associated with dried pork sausages in France, September 2020 to January 2021. Euro Surveill. 2023;28(2):pii=2200123. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2023.28.2.2200123

Des nanoplastiques peuvent perturber les processus des cellules hépatiques et pulmonaires humaines lors d'expériences en laboratoire

«Des nanoplastiques peuvent perturber les processus des cellules hépatiques et pulmonaires humaines lors d'expériences en laboratoire», source ACS News.

Cette information est issue de l’étude «Metabolomics Reveal Nanoplastic-Induced Mitochondrial Damage in Human Liver and Lung Cells» (ou La métabolomique révèle des dommages mitochondriaux induits par les nanoplastiques dans les cellules hépatiques et pulmonaires humaines) publiée dans Environmental Science & Technology

Que se passe-t-il lorsque des personnes mangent, boivent ou inhalent sans le savoir des morceaux de plastique presque invisibles ? Bien que l'on ne sache pas quel impact cela a réellement sur les humains, des chercheurs ont maintenant fait un pas en avant pour répondre à cette question. Dans Environmental Science & Technology de l’ACS, une équipe rapporte des résultats de laboratoire indiquant que de minuscules particules de plastique pourraient pénétrer dans les cellules du foie et des poumons et perturber leurs processus réguliers, ce qui pourrait avoir des effets néfastes sur la santé.

Le plastique est incontournable dans la vie quotidienne. De nombreux produits que nous apportons dans nos maisons sont en plastique ou emballés dans des emballages en plastique - qui pourraient tous libérer des morceaux de taille micrométrique et nanométrique qui pourraient être accidentellement consommés ou inhalés. Bien que les risques pour la santé humaine liés à l'absorption de nanoplastiques ne soient pas tout à fait clairs, des chercheurs ont récemment montré que des particules de moins de 100 nm de large peuvent pénétrer dans le sang et les organes des animaux, provoquant une inflammation, une toxicité et des modifications neurologiques. Ainsi, Zongwei Cai, Chunmiao Zheng et leurs collègues ont voulu examiner les impacts au niveau moléculaire et métabolique lorsque les cellules pulmonaires et hépatiques humaines sont exposées à des nanoplastiques de taille similaire.

Les chercheurs ont cultivé séparément des cellules hépatiques et pulmonaires humaines en laboratoire et les ont traitées avec différentes quantités de particules de plastique de 80 nm de large. Après deux jours, des images de microscopie électronique ont montré que les nanoplastiques avaient pénétré dans les deux types de cellules sans les tuer.

Pour en savoir plus sur ce qui est arrivé aux cellules, les chercheurs ont examiné les composés libérés par les mitochondries – des organites producteurs d'énergie cruciaux qui seraient sensibles aux nanoplastiques – au cours du métabolisme. Au fur et à mesure que les cellules hépatiques et pulmonaires étaient exposées à davantage de nanoplastiques, elles produisaient davantage d'espèces réactives de l'oxygène et différentes quantités de nucléotides, de nucléosides, d'acides aminés, de peptides et d'acides carboxyliques, indiquant que de multiples processus métaboliques étaient perturbés.

Dans certains cas, les voies mitochondriales semblaient dysfonctionnelles. Ces observations démontrent que même si l'exposition aux nanoplastiques ne tue pas les cellules pulmonaires et hépatiques humaines, elle pourrait perturber des processus critiques, entraînant potentiellement des effets négatifs sur les organes, selon les chercheurs.

Les auteurs remercient le financement du Hong Kong General Research Fund et de la National Science Foundation of China.

Un second cas de la maladie de Creutzfeldt-Jakob d'une employée de laboratoire entraîne un moratoire de la recherche en France

«Un second cas de la maladie de Creutzfeldt-Jakob d'une employée de laboratoire entraîne un moratoire de la recherche en France», source CIDRAP News.

Cinq instituts de recherche en France se sont soumis à un moratoire de trois mois sur la recherche sur les prions après qu'un employé de laboratoire à la retraite qui a manipulé des prions a été diagnostiqué comme atteint de la maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ), selon un article publié le 28 juillet 2021 dans Science.

Une enquête est en cours pour voir si l’employée a été exposée aux prions pendant son travail, et le diagnostic fait suite au décès de la MCJ en 2019 d'une employée de laboratoire française qui a contracté la maladie après s'être piqué le pouce lors d'une expérience avec des souris infectées par des prions.

La MCJ est une maladie cérébrale incurable et mortelle déclenchée par le mauvais repliement des protéines. Les symptômes surviennent généralement jusqu'à 10 ans après l'exposition, entraînant une démence d'apparition rapide et la mort, souvent en quelques mois.

Le moratoire affecte neuf laboratoires des cinq établissements et a pour objectif d'explorer un lien infectieux entre le travail de laboratoire et la maladie du deuxième patient et d'identifier davantage de mesures de prévention.

La deuxième patiente est une femme qui travaille dans un laboratoire de l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) à Toulouse et est toujours en vie. Les autorités françaises ont appris son infection la semaine dernière, a déclaré au journal un scientifique proche du dossier. Jusqu'à présent, il n'est pas clair si le patient a une MCJ classique ou un variant de la MCJ.

Avis aux lecteurs du blog

L’ancien site Internet du blog qui était hébergé par la revue PROCESS Alimentaire est de nouveau opérationnel avec ce lien https://amgar.blog.processalimentaire.com/

L'American Society for Microbiology appelle à une évaluation objective des origines de la pandémie

«L'ASM appelle à une évaluation objective des origines de la pandémie», source ASM News du 8 juillet 2021.

L'American Society for Microbiology a publié la déclaration suivante appelant à une évaluation objective des origines de la pandémie de COVID-19.

Que ce soit par la voie de l'émergence naturelle ou de l'évasion en laboratoire, la question de savoir comment la pandémie de COVID-19 a commencé, entraînant l'infection de 180 millions de personnes et la mort de près de 4 millions, est une question complexe qui comprend un éventail de possibilités. Il est nécessaire de démêler les origines de la pandémie pour se préparer aux futures pandémies. Afin d'obtenir la compréhension la plus complète et la plus précise possible de l'origine de la pandémie de COVID-19, il est essentiel de conduire avec une méthode scientifique pour mener une enquête libre et ouverte.

Des principes scientifiques solides ont conduit au développement rapide de vaccins efficaces pour se protéger contre les pires conséquences de l'infection au COVID-19. Ces mêmes principes d'enquête libre et ouverte, de collaboration mondiale, d'objectivité et de partage des données doivent guider les enquêtes sur l'origine de la pandémie. Nous soutenons la recherche fondamentale continue, motivée par la curiosité et évaluée par des pairs, sur les agents pathogènes viraux.

Quelle que soit la manière dont la pandémie a émergé, un soutien continu à la recherche et au développement de contre-mesures est essentiel pour lutter contre les maladies infectieuses émergentes et prévenir la prochaine pandémie. Tout aussi important, les hypothèses sur les origines de la pandémie de COVID-19 ne devraient pas aboutir à des décisions sur l'orientation future de la recherche et des politiques liées à la pandémie qui pourraient avoir des conséquences imprévues sur la recherche potentiellement vitale. De telles décisions devraient être fondées sur des principes scientifiques solides, avec des précautions appropriées pour protéger la santé publique.

Les questions sur les données cliniques et les séquences virales clés des premiers cas de COVID-19 restent sans réponse. Il est essentiel que les scientifiques possédant l'expertise appropriée soient libres d'explorer ces questions de manière objective, peu importe où les découvertes scientifiques peuvent mener, sans crainte de représailles politiques.

Nous appelons les gouvernements, les agences internationales et les scientifiques à travailler ensemble et à partager leurs découvertes publiquement dans un effort honnête et transparent pour fournir une plus grande certitude sur les premiers événements pertinents qui ont précédé la pandémie. Découvrir les réponses aux questions critiques concernant les origines de la pandémie permettra aux parties prenantes d'élaborer des stratégies appropriées et efficaces pour prévenir de futures pandémies.

NB: On pourra aussi lire dans BMJ un article intitulé, L'hypothèse de la fuite du Covid-19 d'un labo: les médias ont-ils été victimes d'une campagne de désinformation ?

Extraits

La théorie selon laquelle le SARS-CoV-2 pourrait provenir d'un laboratoire a été  considérée comme une théorie du complot démystifiée, mais certains experts la réexaminent au milieu des appels à une nouvelle enquête plus approfondie. Paul Thacker explique le revirement dramatique et le rôle du journalisme scientifique contemporain.

Pendant la majeure partie de 2020, l'idée que le SARS-CoV-2 pouvait provenir d'un laboratoire de Wuhan, Chine, a été traitée comme une théorie du complot complètement démystifiée. Seuls les médias d'information conservateurs sympathiques au président Donald Trump et quelques articles isolés ont osé suggérer le contraire. Mais tout a changé au cours des premiers mois de 2021, et aujourd'hui, la plupart des médias de tout l'éventail politique sont d'accord : le scénario de la « fuite du laboratoire » mérite une enquête sérieuse.

Comprendre ce tournant dramatique est sans doute la question la plus importante pour prévenir une future pandémie, et pourquoi il a fallu près d'un an pour se produire, implique de comprendre le journalisme scientifique contemporain.

La science a-t-elle un problème avec les déchets en plastique? Des microbiologistes prennent des mesures pour réduire les déchets plastiques

« La science a-t-elle un problème avec les déchets en plastique? Des microbiologistes prennent des mesures pour réduire les déchets plastiques.  », source EurekAlert!.

« Tout le monde peut faire un effort! », disent urgemment des microbiologistes après avoir développé une nouvelle approche qui pourrait réduire les déchets plastiques de leur laboratoire de plus de 500 kg par an.

Dirigés par le Dr Amy Pickering et le Dr Joana Alves, le laboratoire a remplacé les plastiques à usage unique par des équipements réutilisables. Lorsque des alternatives n'étaient pas disponibles, le groupe a décontaminé et réutilisé des équipements en plastique qui auraient généralement été jetés après une seule utilisation. « Nous savions que nous utilisions quotidiennement du plastique dans nos recherches, mais ce n'est que lorsque nous avons pris le temps de quantifier les déchets que les volumes utilisés ont vraiment frappé chez nous. Cela a vraiment souligné la nécessité pour nous d'introduire des mesures de réduction du plastique ». dit le Dr Pickering.

Le laboratoire a développé un nouveau programme axé sur la durabilité, en s'éloignant de l'utilisation de plastiques à usage unique dans la mesure du possible. Dans certains cas, le groupe de recherche a utilisé des articles réutilisables en bois ou en métal au lieu de plastique. S'il n'y avait pas d'alternatives, le groupe s'est concentré sur la réutilisation des équipements en plastique en décontaminant chimiquement les tubes en plastique avant un deuxième niveau de décontamination sous chaleur et pression - appelé autoclavage.

Pour déterminer le succès du programme, le laboratoire de sept chercheurs a passé quatre semaines à documenter les déchets plastiques produits dans des conditions régulières. Ils ont ensuite mesuré la quantité de déchets produits au cours des sept prochaines semaines avec de nouveaux procédés pour réduire la consommation de plastique à usage unique.

« Une fois les mesures en place, il est rapidement apparu que des impacts importants étaient observés. Le plus surprenant pour nous était la résilience de certains plastiques à l'autoclave et donc le nombre de fois qu'ils peuvent être réutilisés. Cela signifie que nous avons été en mesure d’économiser plus de plastique que ce que nous avions prévu au départ », a déclaré le Dr Pickering.

Lors de la mise en œuvre de ces pratiques de remplacement et de réutilisation, 1 670 tubes et 1 300 anses d'inoculation ont été sauvés pendant une période de quatre semaines. Cela a conduit à une réduction de 43 kg de déchets.

Le laboratoire de microbiologie typique utilise principalement du plastique jetable, qui n'est souvent pas recyclé en raison de la contamination biologique. En 2014, 5,5 millions de tonnes de déchets plastiques ont été générées dans les laboratoires de recherche du monde entier. Le laboratoire d'Edimbourg travaille avec des bactéries pathogènes dangereuses, en raison des dangers de contamination, leurs déchets doivent être autoclavés et incinérés, le tout avec un coût environnemental et financier élevé.

Les pratiques visant à réduire les déchets plastiques dans les laboratoires de recherche sont de plus en plus populaires au Royaume-Uni, avec des chercheurs de l'Université de York décontaminant et réutilisant des flacons en plastique et des chercheurs d'un laboratoire de chimie d'Édimbourg recyclant 1 million de gants en plastique en 2019.

« Il est important de prenez le temps d'identifier les articles en plastique que vous utilisez le plus. Cela vous permettra d'identifier à la fois les gains faciles, comme le remplacement des anses d'inoculation en plastique par des anses en métal réutilisables, ainsi que les tâches plus importantes, comme la réutilisation du plastique. Cela vous aidera à amener d'autres personnes à bord et à créer une dynamique », a déclaré le Dr Pickering.

Les nouveaux protocoles empêchent non seulement les déchets plastiques, mais permettent également d'économiser de l'argent selon le Dr Pickering: « Sur une période de 3 mois de mise en œuvre des protocoles, nous aurons économisé plus de 400 £ de tubes en plastique, d'anses d'inoculation et de cuvettes », a-t-elle déclaré.

Les détails complets des nouveaux protocoles de réduction des déchets du laboratoire peuvent être consultés gratuitement dans Access Microbiology.

Qu'est-ce que le test salivaire de détection du COVID-19 ?

« Qu'est-ce que le test salivaire de détection du COVID-19 ? », source American Society for Microbiology.

Qu'est-ce que le test salivaire direct ?

Il s'agit d'un test pour détecter l'acide nucléique du virus SARS-CoV-2 qui cause le COVID-19. Comme d'autres tests COVID qui recherchent l'acide nucléique du virus (c'est-à-dire l'ARN), il doit toujours être testé dans un laboratoire clinique certifié. Ce n'est pas un test rapide qui peut être fait près du patient; les patients doivent encore attendre que leurs résultats reviennent du laboratoire.

Pourquoi ce test reçoit-il autant d'attention?

• Facile à collecter: Ce test ne nécessite que la collecte de salive dans un récipient stérile, par opposition à un écouvillon nasal profond (c'est-à-dire l'écouvillon nasopharyngé ou NP), qui peut être inconfortable pour le patient et nécessite un personnel formé portant une protection individuelle spéciale équipement (EPI) à collecter.
• Moins de fournitures de collecte requises: la salive peut être collectée dans des conteneurs stériles largement disponibles, bon marché et ne nécessitant pas de conservateurs ou de conteneurs spéciaux. En ces temps, pendant lesquels les approvisionnements sont rares, c'est très souhaitable.
• Moins d'étapes dans le test: le test de recherche d'acides nucléiques par amplification moléculaire (c.-à-d. PCR) nécessitent généralement que l'ARN viral soit retiré de l'échantillon et purifié. C'est ce qu'on appelle l'extraction, et les réactifs utilisés pour l'extraction ont également été rares tout au long de cette pandémie. Le test salivaire direct (ou SalivaDirect) utilise une procédure simple qui ne nécessite pas d'instrumentation pour ouvrir le virus et enlever l'ARN viral. Cet ARN est ensuite testé par amplification moléculaire.
• Accessibilité de l'instrumentation: De nombreux tests ARN SARS-CoV-2 actuels sont conçus pour être exécutés sur des instruments spécifiques, généralement fabriqués par le fabricant du test. Le test SalivaDirect peut être effectué sur plusieurs types d'instruments trouvés dans des laboratoires moléculaires cliniques spécialisés, permettant potentiellement à ces laboratoires de commencer les tests sans acquérir d'instruments supplémentaires et coûteux.



Les tests moléculaires typiques du SARS-CoV-2 par rapport au test SalivaDirect de la collecte des échantillons aux résultats. Source American Society for Microbiology.

Quelles sont les limites de ce test?

• Professionnels qualifiés: Le test nécessite un personnel de laboratoire hautement qualifié avec une expérience en microbiologie et en biologie moléculaire pour exécuter le test.
• Dépenses: Bien que les développeurs de tests aient déclaré que le coût prévu serait inférieur à 5 dollars par test, en réalité, le coût sera plus élevé si l'on tient compte des coûts des produits chimiques, de l'instrumentation, de la main-d'œuvre hautement qualifiée, de la maintenance des tests et des frais généraux du laboratoire. Les coûts réels seront similaires à ceux des tests ARN SARS-CoV-2 actuels, les économies de réactifs étant plus que compensées par une main-d'œuvre accrue.
• Problèmes de collecte: La salive peut être difficile à collecter chez certains patients, peut encore présenter un risque d'aérosol et a tendance à contaminer l'extérieur du contenant. Des précautions doivent être prises pour éviter la contamination du sang et des expectorations, car ceux-ci peuvent interférer avec les tests moléculaires.
• Difficile à manipuler: La salive peut être collante et épaisse et difficile à manipuler pour les laboratoires de manière sûre et précise. Les machines automatisées de manipulation d'échantillons ont des problèmes avec cela.
• Sensibilité du test: La salive est 10 à 50 fois moins sensible en tant que type d'échantillon qu'un écouvillon nasopharyngé. Les patients ayant une faible charge virale peuvent être faussement testés négatifs. D'autres recherches sur les tests de salive ont montré une perte de sensibilité similaire.
• Développement et utilisation des tests: Les tests PCR manuels, comme le test SalivaDirect, nécessitent une main-d'œuvre nettement plus qualifiée que les autres tests disponibles. Ce test est également difficile à adapter à des volumes élevés et utilise encore de nombreux réactifs et consommables.

S'agit-il d'un test rapide qui peut être effectué là où les échantillons sont prélevés? Qui peut effectuer le test?

Non, il ne s'agit pas d'un test au point de service qui peut être effectué dans les cabinets médicaux ou à proximité du patient, ni à la maison. Par conséquent, il n'est pas considéré comme un test rapide. Il est à peu près aussi rapide que les tests en laboratoire existants.

Le test SalivaDirect nécessite un laboratoire de haute complexité avec une expérience dans les tests moléculaires manuels avec 3 zones de test physiquement séparées, une avec des enceintes de sécurité biologique. La plupart des laboratoires hospitaliers ne peuvent pas faire cela. Les tests sont effectués par des techniciens de laboratoire hautement qualifiés. Les laboratoires doivent respecter toutes les exigences réglementaires avant de fournir des tests.

Document préparé par l’American Society for Microbiology’s Clinical and Public Health.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

Des preuves ‘parfaitement nulles’ que le COVID-19 provienne d'un laboratoire, selon des chercheurs

« Des preuves ‘parfaitement nulles’ que le COVID-19 provienne d'un laboratoire, selon des chercheurs », source CIDRAP News.

Depuis le début de la pandémie de COVID-19, Internet regorge de théories provocantes du complot selon lesquelles le nouveau coronavirus a été (1) créé dans un laboratoire de Wuhan, en Chine et déployé en tant qu'arme biologique ou (2) dérivé de chauves-souris, cultivé sur une culture tissulaire , transmis intentionnellement ou accidentellement à un chercheur, et libéré dans la communauté.

Le virus COVID-19 fortement agrandi, NIAID

Des politiciens ont vanté ces théories dans une tentative de critiquer la Chine pour la pandémie, et un scientifique américain discrédité a récemment publié un livre et une vidéo désormais interdite affirmant que les riches ont délibérément répandu COVID-19 pour augmenter les taux de vaccination. Et à la fin de la semaine dernière, un article non étayé de NBC News sur les données de localisation des téléphones portables a suggéré que le laboratoire de Wuhan avait temporairement fermé ses portes après un « événement dangereux » en octobre.

Même Kristian Andersen, professeur au Département d'immunologie et de microbiologie au Scripps Research Institute à La Jolla, Californie, et auteur principal d'une lettre publiée le 17 mars 2020 dans Nature Medicine sur les origines du virus, a d'abord pensé que COVID- 19 était tout aussi susceptible d'avoir été accidentellement libéré d'un laboratoire que de la nature.

Mais c'était avant qu'on en apprenne davantage sur le COVID-19 et les coronavirus apparentés, qui ont des caractéristiques déjà observées dans la nature. « Il y a beaucoup de données et de preuves, ainsi que des exemples précédents de cette nature », a-t-il déclaré. « Nous n'avons exactement aucune preuve ou donnée de lien avec un laboratoire. »

Et bien qu'Andersen, comme d'autres virologues éminents, affirme qu'il ne peut pas complètement exclure la possibilité que le virus provienne d'un laboratoire, les chances que cela se produise sont très faibles. Il dit que le nouveau coronavirus est clairement originaire de la nature, « cela ne fait aucun doute maintenant. »

Théorie du complot # 1: arme biologique chinoise

Le COVID-19 est suffisamment différent des autres virus pour en avoir été créé à partir d’eux, et faire un virus en laboratoire à partir de zéro serait « pratiquement impossible », a dit Stanley Perlman, MD, professeur de microbiologie et d'immunologie et des maladies infectieuses pédiatriques à l’Université de l'Iowa à Iowa City. « Je ne pense pas que nous en sachions suffisamment sur les coronavirus - ou sur n'importe quel virus - pour pouvoir délibérément créer un virus pour une diffusion », a-t-il dit.

James Le Duc, professeur de microbiologie et d'immunologie et directeur du Galveston National Laboratory à l’University of Texas Medical Branch à Galveston, a dit que l'ingénierie du COVID-19 « aurait demandé une quantité incroyable d'ingéniosité. L'imagination des gens se déchaîne. » 

Andersen a déclaré que le domaine de liaison au récepteur du virus, qui en fait un agent pathogène humain efficace, se retrouve également dans les coronavirus des pangolins, fourmiliers écailleux proposés comme hôte intermédiaire entre les chauves-souris et les humains. « C'est quelque chose qui est entièrement naturel, donc ce n'est pas quelque chose qui se produit en culture de tissus », a-t-il dit.

Angela Rasmussen, chercheuse associée au Center for Infection and Immunity de la Columbia University à New York, a dit que la modélisation informatique suggère que le domaine de liaison aux récepteurs de la protéine de pointe dans le SRAS-CoV-2, le virus qui cause les COVID-19, n'est pas optimal, « ce qui signifie que quelqu'un qui conçoit une séquence de domaine de liaison aux récepteurs optimale ne ne réalisera probablement pas ‘l’ingéniérie’ de la séquence qui a évolué en SRAS-CoV-2 », a-t-elle dit.

« En outre, il n'y a aucune similitude génétique avec d'autres squelettes de virus utilisés dans l'un des systèmes connus de génétique inverse pour les bêtacoronavirus. Cela suggère que ce virus n'a pas été modifié. »

Une autre caractéristique du COVID-19, son site de clivage par la furine, qui permet au virus d'infecter les cellules humaines, diminue dans la culture tissulaire, a dit Andersen. « Je pense que cela pourrait probablement encore infecter des gens, je pense juste beaucoup moins efficacement », a-t-il ajouté.

De plus, il se demande pourquoi quiconque entreprendrait de créer un nouveau virus alors qu'il pourrait simplement prendre un pathogène virulent existant comme les coronavirus du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) ou MERS (syndrome respiratoire du Moyen-Orient) et les aggraver encore, comme jusqu'à présent, tous les programmes d'armes biologiques l'ont fait.

« Cela n'a aucun sens de créer un nouveau virus dont vous ne savez pas qu'il peut provoquer des maladies chez l'homme et d'essayer d'en créer une arme biologique », a dit Andersen. « Ce serait une très mauvais candidat en matière d'armes biologiques. »

Théorie du complot # 2: un laboratoire libère un virus naturel

Pendant de nombreuses années à travers le monde, les scientifiques ont étudié les coronavirus des chauves-souris en capturant des chauves-souris dans les grottes et en isolant et en cultivant en culture tissulaire les coronavirus qu'ils transportent pour voir s'ils peuvent infecter les cellules humaines.

Appelées recherche sur le gain de fonction*, ces études améliorent la capacité d'un pathogène à provoquer une maladie afin que les chercheurs puissent caractériser ses interactions avec les humains, permettant d'évaluer son potentiel de provoquer une pandémie et d'informer la santé publique, la préparation et le développement de thérapies et de vaccins potentiels.

Shi Zhengli, directeur du Center for Emerging Infectious Diseases du Wuhan Institute of Virology, un laboratoire de niveau 4 en biosécurité en Chine relativement proche du marché des animaux vivants de Wuhan, à l'épicentre de l'épidémie en Chine, a publié de manière approfondie les séquences génétiques des isolats des coronavirus de chauve-souris qu'elle étudie.

Aucun d'entre eux ne correspond à celles du COVID-19, a dit Andersen, ce que Shi elle-même a confirmé dans une récente interview à Scientific American. « Si elle avait publié une séquence pour le virus et que cela apparaisse, alors nous aurions su que cela provenait du laboratoire », a dit Andersen. « Il n'y a aucune preuve pour cela, mais il y a beaucoup de preuves contre cela. »

Le Duc a ditque les travaux de Shi sur les coronavirus de chauve-souris ont montré que « ces virus existent dans la nature, et certains d'entre eux ont des caractéristiques qui leur permettraient d'être transmissibles chez l'homme. Le fait que nous le voyons aujourd'hui n'est pas une surprise pour les types qui ont travaillé dans ce domaine. »

Et bien que « certainement, des accidents se produisent dans les laboratoires », le niveau élevé de confinement biologique au laboratoire de Shi le rend peu probable, a-t-il dit. Les laboratoires de niveau 4 ont les protocoles de biosécurité les plus rigoureux, qui peuvent inclure des systèmes de circulation d'air, des conteneurs scellés, des équipements de protection individuelle (EPI) à pression positive, une formation approfondie et un accès hautement contrôlé au bâtiment.

Ayant assisté à des conférences au cours desquelles Shi a parlé de son travail, Le Duc a dit qu'elle était une scientifique très réputée. « Elle a toujours été extrêmement ouverte, transparente et collaborative, et je n'ai aucune raison de douter qu'elle dit la vérité », a-t-il dit.

De plus, Andersen a dit que la probabilité qu'un chercheur soit infecté sans le savoir par le coronavirus tout en portant un EPI complet et qu'il se rend ensuite au marché de Wuhan est « éphémère par rapport à l'hypothèse alternative, à savoir que nous, en tant qu'êtres humains, parce que nous vivons parmi des animaux porteurs de ces virus - des chauves-souris, mais aussi de nombreux autres hôtes intermédiaires - et, bien sûr, nous ne nous déplaçons pas avec des EPI, nous entrons naturellement en contact permanent avec ces virus. »

Pourtant, un virus à potentiel pandémique est extrêmement rare, a-t-il dit. « Si ces virus étaient vraiment fréquents, nous serions tous morts par des coronavirus à ce jour », a dit Andersen. « Nous aurions des pandémies de coronavirus tout le temps. Nous ne les avons pas, mais ils apparaissent en moyenne tous les 10 ans environ. »

Rasmussen a dit que le scénario le plus plausible est un «débordement zoonotique naturel», ajoutant que des études sérologiques ont montré que certaines personnes en Chine vivant près des grottes de chauves-souris ont des anticorps contre les coronavirus de type SRAS dans leur sang, « suggérant que ces personnes sont exposés à des virus au cours de leur vie quotidienne, il n’est donc pas invraisemblable que le SRAS-CoV-2 soit apparu chez l’homme lors d’une rencontre fortuite entre un humain et une chauve-souris sauvage ou un autre animal. »

Doutes sur l'origine jamais identifiés

Perlman a dit que les scientifiques pourraient ne jamais être en mesure de retrouver les origines du virus ou de son hôte intermédiaire. « Je pense que c'est vraiment un problème important, savoir d'où vient le virus, mais c'est juste une entreprise difficile à trouver », a-t-il dit.

C'est la nature humaine, a-t-il dit, de vouloir blâmer quelqu'un pour un événement naturel mais catastrophique comme la pandémie. « Quelque chose de grave se produit, et quelqu'un doit en être responsable », a-t-il dit.

Malgré cela, Perlman a décrié l'utilisation de théories d'origine non prouvées pour pousser les agendas. « Je pense que cela a été beaucoup trop utilisé comme une question politique », a-t-il déclaré. « Cette politisation est très regrettable. »

Mais Andersen a dit qu'il pense que les théories méritent d'être explorées, même si elles sont finalement réfutées. « Il est important que nous ne les renvoyions pas d'emblée », a-t-il dit. « Nous devons examiner les données et dire qu’est-ce que nous disent les données?’ Et les données dans ce cas sont très solides. »

*Le «gain de fonction» est un effet délétère dû à l’acquisition d’une nouvelle fonction qui est délétère pour la cellule. Il s’agit de la cause majoritaire des maladies dominantes.