Une étude paru dans EID, la revue du CDC, rebat les cartes sur les connaissances sur Campylobacter coli en Europe. Elle s’intitule « Multisectoral Emergence of Multidrug-Resistant Campylobacter coli Sequence Type 10042 Lineage, Europe, 2018-2025 » (Émergence multisectorielle de Campylobacter coli de séquence type 10042 multirésistant, Europe, 2018-2025).
Résumé
Campylobacter spp. demeure la principale cause bactérienne de gastro-entérite d'origine alimentaire dans les pays occidentaux. Nous rapportons une circulation soutenue, jusqu'alors non identifiée, d'une souche multirésistante de Campylobacter coli de séquence type 10042 à travers l'Europe entre 2018 et 2025. Le séquençage du génome entier de 217 isolats provenant de 9 pays et couvrant des sources humaines, animales, alimentaires et environnementales a permis d'identifier des clusters transfrontaliers, dont une vaste lignée reliant principalement le Portugal et le Luxembourg, ainsi que l'Allemagne, l'Irlande, l'Espagne et le Royaume-Uni.
Les données génomiques indiquent une expansion clonale continue, accompagnée d'une diversification croissante au fil du temps. Les isolats présentaient un phénotype de multirésistance conservé, incluant une résistance aux fluoroquinolones, aux tétracyclines et aux β-lactamines ; une sensibilité réduite aux carbapénèmes a été observée. La résistance était associée aux gènes GyrA Thr86Ile, tet(O/32/O)/ tet(O) et aux variants du promoteur blaOXA-61 ; la variation du gène porA était liée à une sensibilité variable à l’amoxicilline/acide clavulanique et à l’ertapénem. Ces résultats démontrent que les infections à C. coli peuvent impliquer une transmission internationale soutenue plutôt que des cas sporadiques et soulignent la nécessité d’une surveillance génomique coordonnée et intersectorielle pour détecter les lignées émergentes résistantes aux antimicrobiens.
Les cas de campylobactériose sont principalement causés par Campylobacter jejuni (environ 90 %) et C. coli (environ 10 %). La volaille constitue le principal réservoir, bien que les produits d'élevage, les animaux domestiques et sauvages, les humains et l'eau ou le sol contaminés contribuent également à la transmission. Si la plupart des infections à Campylobacter ont longtemps été considérées comme sporadiques, la surveillance récente basée sur le séquençage du génome entier (SGE) a démontré que de nombreux cas se présentent sous forme de clusters génétiquement apparentés. La surveillance génomique s'appuyant sur des approches basées sur le SGE, notamment le typage multilocus (MLST) du génome entier et du génome central, a considérablement amélioré l'identification des épidémies, l'étude des voies de transmission et la détection des lignées épidémiques émergentes, offrant ainsi une vision précise de la diversité génétique, des déterminants de la résistance aux antimicrobiens (RAM) et de l'attribution de la source.
Les données SGE permettent également d'approfondir les connaissances sur de nouveaux déterminants de la RAM, tels que le gène porA, qui code pour la principale porine de la membrane externe de Campylobacter et dont les variants alléliques pourraient réduire l'entrée des β-lactamines et des carbapénèmes par une modification de la perméabilité membranaire. C. coli est moins fréquemment associé aux épidémies, malgré sa large niche écologique, qui comprend les poulets de chair, les porcs et les oiseaux sauvages, ce qui souligne le risque de transmission zoonotique et de contamination environnementale.
En tirant parti de la surveillance continue basée sur le SGE au Portugal, nous avons cherché à caractériser la souche de C. coli multirésistante de séquence type (ST) 10042, associée à un pic d'infections à C. coli au Portugal et détectée dans d'autres pays (Allemagne, Luxembourg, France, Irlande, Danemark, Pays-Bas, Royaume-Uni et Espagne) et dans divers secteurs (humain, animal, alimentaire et environnemental). Nos objectifs étaient d'élucider sa dynamique de transmission et ses déterminants de résistance aux antimicrobiens, d'évaluer son importance potentielle en santé publique en tant que lignée émergente de C. coli et d'affiner notre compréhension de la surveillance de Campylobacter et de la charge globale que représente ce pathogène.
Cette étude met donc en lumière l'importance d'une surveillance coordonnée du SGE dans le cadre de l'approche Une seule santé pour détecter les lignées de C. coli épidémiologiquement pertinentes et surveiller la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les secteurs humain, animal, alimentaire et environnemental. Les données génomiques multicentriques ont révélé une circulation prolongée, transnationale et multisectorielle de la lignée ST10042 de C. coli multirésistante, alimentée par la volaille.
NB : Merci à Joe Whitworth de Food Safety News de m’avoir indiqué cette information.
