Des pathogènes détectés sur des citrons verts brésiliens soulèvent des préoccupations émergentes en matière de sécurité des aliments

« Des pathogènes détectés sur des citrons verts brésiliens soulèvent des préoccupations émergentes en matière de sécurité des aliments »,source Food Safety Magazine.

Lors du screening de bactéries lactiques présentes sur des citrons verts Rangpur (un agrume hybride plutôt qu'un véritable citron vert), des scientifiques brésiliens ont découvert la présence de deux pathogènes émergents. Ces derniers présentent des caractéristiques suscitant des inquiétudes pour la sécurité des aliments et l'approche Une seule santé (One Health).

Ces pathogènes ont été identifiés lors de la phase initiale d'un projet de recherche visant à analyser les micro-organismes bénéfiques de divers fruits tropicaux, mené par des chercheurs de l'Université de São Paulo et de l'Institut polytechnique de Viana do Castelo. En évaluant la croissance d'isolats bactériens, les chercheurs ont constaté que certains d'entre eux ne se développaient pas (absence de croissance) dans des milieux de culture modifiés où le glucose avait été remplacé par du lactose, du saccharose ou du rhamnose ; en revanche, d'autres isolats initiaux ont montré une croissance bactérienne satisfaisante dans ces mêmes milieux modifiés. Ces bactéries ont été identifiées comme étant Escherichia albertii et Kosakonia cowanii. Poussés par la curiosité scientifique, les chercheurs ont approfondi l'étude de ces bactéries.

Les trois souches étudiées, sélectionnées en raison de leur fréquence élevée parmi les isolats microbiens obtenus à partir d'échantillons de fruits, se sont révélées hémolytiques, résistantes à l'ampicilline (avec une sensibilité intermédiaire à l'acide nalidixique) et porteuses de certains gènes de virulence, notamment fim et hly. Elles se sont également révélées positives pour la β-galactosidase, une enzyme favorisant la survie, la colonisation et la persistance des pathogènes opportunistes en dehors de leur hôte principal, et ont présenté une activité présomptive d'acide aminé décarboxylase (indiquant un potentiel de production d'amines biogènes). Ce dernier point constitue un paramètre important pour la sécurité des aliments, car l'accumulation d'amines biogènes peut entraîner des effets toxicologiques graves chez les consommateurs.

Des citrons verts cultivés à proximité d'élevages avicoles

Les citrons verts Rangpur analysés dans le cadre de cette étude provenaient d'une zone rurale située près de São Paulo, Brésil, où la culture fruitière côtoyait l'élevage de volailles. Selon les chercheurs, ces résultats confirment non seulement que les fruits frais cultivés à l'interface entre cultures et élevages peuvent servir de réservoirs à des bactéries opportunistes et émergentes, mais suggèrent également que les fruits cultivés dans cette région pourraient héberger des pathogènes pertinents pour la sécurité des aliments et la surveillance dans le cadre de l'approche « Une seule santé ».

Des résultats suggérant des risques pour la sécurité des aliments et la santé publique

Par ailleurs, l'identification de E. albertii et de K. cowanii sur des agrumes représente un « défi majeur pour la sécurité des aliments », ont déclaré les chercheurs, car elle témoigne d'une résistance microbienne à l'environnement naturellement acide du fruit. Ils ont évoqué des données récentes indiquant que des bactéries entériques et phytopathogènes peuvent mettre en œuvre des mécanismes de réponse au stress, notamment des systèmes de décarboxylation des acides aminés et la formation de biofilms, pour résister à l'acidité.

D'un point de vue épidémiologique, la présence de ces espèces sur des fruits destinés à être consommés sans étape finale d'élimination (traitement létal) des pathogènes présente des risques pour le consommateur. E. albertii est un pathogène humain émergent hautement préoccupant ; il possède des îlots de pathogénicité similaires à ceux observés dans les génomes de bactéries pathogènes telles que E. coli entéropathogène et entérohémorragiques (EPEC et EHEC), ainsi que des séquences codant pour la shigatoxine, capables de provoquer des maladies gastro-intestinales sévères et des complications. Bien que principalement caractérisé comme un phytopathogène provoquant des nécroses tissulaires, K. cowanii a manifesté des caractéristiques opportunistes susceptibles d'entraîner des infections chez des populations hôtes immunodéprimées.

Appels à des analyses approfondies, à une surveillance renforcée et à une prévention avant récolte

« En définitive, l'isolement de ces organismes suggère une contamination d'origine agricole, probablement via l'eau d'irrigation ou les amendements du sol, et souligne la nécessité d'une surveillance renforcée après la récolte », ont conclu les chercheurs. « Un pathogène considéré comme strictement associé au tractus intestinal animal, mais pouvant être détecté sur des fruits et légumes, doit faire l'objet d'une attention particulière quant aux risques potentiels pour la sécurité des aliments. »

Une identification plus poussée, notamment par séquençage du génome entier, ainsi que des analyses bioinformatiques constituent les prochaines étapes nécessaires pour étudier la pathogénicité des souches sélectionnées de E. albertii et de K. cowanii. Les chercheurs ont souligné que leurs résultats ne reflètent pas une menace immédiate pour la santé publique, mais doivent être interprétés dans le cadre d'une étude exploratoire portant sur un nombre limité d'isolats nécessitant des recherches complémentaires ; ils ont ainsi mis en exergue l'importance de la surveillance microbiologique, de l'identification précise des isolats atypiques et des pratiques préventives au sein des systèmes de production primaire.

Dans leur conclusion, les auteurs notent :

Cette étude a mis en évidence la présence de E. albertii et de K. cowanii sur des citrons Rangpur provenant d'une zone de production rurale caractérisée par une grande proximité entre la culture fruitière et l'élevage avicole. Bien que les isolats ne présentaient pas l'ensemble des marqueurs de virulence classiques recherchés, ils affichaient des caractéristiques liées à la persistance environnementale et potentiellement pertinentes pour la sécurité sanitaire des aliments, notamment une activité hémolytique, une résistance à l'ampicilline, une sensibilité réduite à l'acide nalidixique et une capacité potentielle à produire des amines biogènes. Dans l'ensemble, ces résultats étayent l'idée que les fruits frais cultivés à l'interface entre élevage et cultures peuvent servir de réservoirs à des bactéries opportunistes et émergentes.

L'objectif de cette étude n'était pas d'établir un lien de causalité entre la présence de E. albertii et de K. cowanii et la proximité des élevages avicoles, mais de souligner que ces deux espèces pathogènes, déjà signalées dans la littérature comme étant associées au tractus intestinal des volailles, peuvent survivre à la surface, voire dans la pulpe, des agrumes. La détection de ces souches sur des agrumes pourrait être liée à la proximité d'élevages avicoles, mais il s'agit d'une observation secondaire nécessitant des études écologiques approfondies. L'aspect le plus important est que les pathogènes étudiés peuvent survivre sur les agrumes et, très probablement, sur d'autres fruits ou légumes consommés crus, ce qui constitue un risque potentiel pour les consommateurs. Un pathogène considéré comme strictement associé au tractus intestinal animal, mais pouvant être retrouvé sur des fruits et légumes, mérite une attention particulière en matière de sécurité des aliments.

Parallèlement, ces résultats doivent être interprétés dans le contexte d'une étude exploratoire fondée sur un nombre limité d'isolats. Loin d'indiquer une menace immédiate pour la santé publique, ces données soulignent l'importance de la surveillance microbiologique, de l'identification précise des isolats atypiques et des pratiques préventives au sein des systèmes de production primaire. Ces travaux enrichissent également les connaissances actuelles sur la diversité bactérienne associée aux agrumes et contribuent au débat plus large sur la sécurité des aliments dans le cadre de l'approche Une seule santé.

Complément

Une autre étude a révélé que les amendements de sol à base de litière de volaille et les conditions météorologiques influencent la survie de E. coli dans les systèmes de production d'oignons doux en Géorgie (États-Unis). Source SRA.

Dans une étude de terrain menée sur deux ans, « Temporal and Environmental Influences on the Survival of Escherichia coli in Poultry Litter-Based Soil Amendments in Georgia Sweet Onion Production Systems », et publiée dans la revue Risk Analysis, des chercheurs ont constaté que les sols amendés avec des granulés de volaille traités thermiquement et de la litière de volaille compostée favorisaient une survie plus longue de Escherichia coli par rapport aux sols non traités.

Les producteurs de fruits et légumes bio ont de plus en plus recours aux amendements biologiques du sol pour améliorer la santé des sols et la productivité des cultures.