Une étude rebat les cartes sur les connaissances sur Campylobacter coli en Europe

Une étude paru dans EID, la revue du CDC, rebat les cartes sur les connaissances sur Campylobacter coli en Europe. Elle s’intitule « Multisectoral Emergence of Multidrug-Resistant Campylobacter coli Sequence Type 10042 Lineage, Europe, 2018-2025 » (Émergence multisectorielle de Campylobacter coli de séquence type 10042 multirésistant, Europe, 2018-2025).

Résumé

Campylobacter spp. demeure la principale cause bactérienne de gastro-entérite d'origine alimentaire dans les pays occidentaux. Nous rapportons une circulation soutenue, jusqu'alors non identifiée, d'une souche multirésistante de Campylobacter coli de séquence type 10042 à travers l'Europe entre 2018 et 2025. Le séquençage du génome entier de 217 isolats provenant de 9 pays et couvrant des sources humaines, animales, alimentaires et environnementales a permis d'identifier des clusters transfrontaliers, dont une vaste lignée reliant principalement le Portugal et le Luxembourg, ainsi que l'Allemagne, l'Irlande, l'Espagne et le Royaume-Uni.

Les données génomiques indiquent une expansion clonale continue, accompagnée d'une diversification croissante au fil du temps. Les isolats présentaient un phénotype de multirésistance conservé, incluant une résistance aux fluoroquinolones, aux tétracyclines et aux β-lactamines ; une sensibilité réduite aux carbapénèmes a été observée. La résistance était associée aux gènes GyrA Thr86Ile, tet(O/32/O)/ tet(O) et aux variants du promoteur bla_OXA-61 ; la variation du gène porA était liée à une sensibilité variable à l’amoxicilline/acide clavulanique et à l’ertapénem. Ces résultats démontrent que les infections à C. coli peuvent impliquer une transmission internationale soutenue plutôt que des cas sporadiques et soulignent la nécessité d’une surveillance génomique coordonnée et intersectorielle pour détecter les lignées émergentes résistantes aux antimicrobiens.

Les cas de campylobactériose sont principalement causés par Campylobacter jejuni (environ 90 %) et C. coli (environ 10 %). La volaille constitue le principal réservoir, bien que les produits d'élevage, les animaux domestiques et sauvages, les humains et l'eau ou le sol contaminés contribuent également à la transmission. Si la plupart des infections à Campylobacter ont longtemps été considérées comme sporadiques, la surveillance récente basée sur le séquençage du génome entier (SGE) a démontré que de nombreux cas se présentent sous forme de clusters génétiquement apparentés. La surveillance génomique s'appuyant sur des approches basées sur le SGE, notamment le typage multilocus (MLST) du génome entier et du génome central, a considérablement amélioré l'identification des épidémies, l'étude des voies de transmission et la détection des lignées épidémiques émergentes, offrant ainsi une vision précise de la diversité génétique, des déterminants de la résistance aux antimicrobiens (RAM) et de l'attribution de la source.

Les données SGE permettent également d'approfondir les connaissances sur de nouveaux déterminants de la RAM, tels que le gène porA, qui code pour la principale porine de la membrane externe de Campylobacter et dont les variants alléliques pourraient réduire l'entrée des β-lactamines et des carbapénèmes par une modification de la perméabilité membranaire. C. coli est moins fréquemment associé aux épidémies, malgré sa large niche écologique, qui comprend les poulets de chair, les porcs et les oiseaux sauvages, ce qui souligne le risque de transmission zoonotique et de contamination environnementale.

En tirant parti de la surveillance continue basée sur le SGE au Portugal, nous avons cherché à caractériser la souche de C. coli multirésistante de séquence type (ST) 10042, associée à un pic d'infections à C. coli au Portugal et détectée dans d'autres pays (Allemagne, Luxembourg, France, Irlande, Danemark, Pays-Bas, Royaume-Uni et Espagne) et dans divers secteurs (humain, animal, alimentaire et environnemental). Nos objectifs étaient d'élucider sa dynamique de transmission et ses déterminants de résistance aux antimicrobiens, d'évaluer son importance potentielle en santé publique en tant que lignée émergente de C. coli et d'affiner notre compréhension de la surveillance de Campylobacter et de la charge globale que représente ce pathogène.

Cette étude met donc en lumière l'importance d'une surveillance coordonnée du SGE dans le cadre de l'approche Une seule santé pour détecter les lignées de C. coli épidémiologiquement pertinentes et surveiller la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les secteurs humain, animal, alimentaire et environnemental. Les données génomiques multicentriques ont révélé une circulation prolongée, transnationale et multisectorielle de la lignée ST10042 de C. coli multirésistante, alimentée par la volaille.

NB : Merci à Joe Whitworth de Food Safety News de m’avoir indiqué cette information.

La FAO expose les risques de la pollution plastique pour la sécurité des aliments et préconise une approche Une seule santé

« La FAO expose les risques de la pollution plastique pour la sécurité des aliments et préconise une approche « Une seule santé » (One Health) », source Food Safety Magazine.

Ce qu'il faut retenir

La pollution plastique peut se propager au sein des systèmes agroalimentaires, engendrant des risques interconnectés pour la sécurité des aliments. Les microplastiques et nanoplastiques (MNPs) ainsi que les substances chimiques associées aux plastiques peuvent contaminer les sols, les cultures, les animaux et les denrées alimentaires ; par ailleurs, les particules de plastique peuvent favoriser la colonisation microbienne, la formation de biofilms et la propagation d'agents pathogènes ainsi que de gènes de résistance aux antimicrobiens (RAM).

L'exposition humaine peut survenir par le biais de l'alimentation et des matériaux en contact avec les aliments, mais d'importantes incertitudes subsistent. Plus de 16 000 substances chimiques ont été identifiées dans les plastiques ; un quart d'entre elles sont considérées comme dangereuses et 66 % ne font l'objet d'aucune classification officielle de dangerosité. Parallèlement, les conséquences pour la santé de l'exposition actuelle aux MNPs via l'alimentation restent mal connues.

La FAO a appelé à l'adoption d'une approche « Une seule santé » prenant en compte les plastiques tout au long de leur cycle de vie. Les experts ont souligné la nécessité de renforcer la surveillance et la coordination intersectorielles, de prévenir et réduire la pollution plastique, et d'évaluer rigoureusement la sécurité des solutions de remplacement, notamment les plastiques biosourcés et biodégradables.

L'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) a publié une note technique examinant la manière dont la pollution plastique circule dans les systèmes agroalimentaires et crée des risques interconnectés pour la sécurité sanitaire des aliments ainsi que pour la santé humaine, animale, végétale et environnementale.

La publication intitulée, Plastic Pollution in Agrifood Systems and One Health: Impact Pathways and Policy Implications (La pollution plastique dans les systèmes agroalimentaires et l'approche « Une seule santé » : voies d'impact et implications politiques), applique le concept Une seule santé pour illustrer comment les plastiques et les polluants associés peuvent circuler entre les sols, les cultures, les animaux, les aliments, les populations humaines et l'environnement. Ce document a été élaboré à la suite d'un atelier organisé en novembre 2025 par la FAO.

Des millions de tonnes de plastiques utilisés dans les systèmes agroalimentaires

La FAO a relevé que les plastiques sont utilisés tout au long des chaînes de valeur agroalimentaires, notamment pour les films agricoles, les paillis, les bâches de serres, les engrais enrobés, les films d'enrubannage pour l'ensilage, les conteneurs de stockage, les équipements de transformation et les emballages alimentaires. On estime que 13,4 millions de tonnes de plastiques agricoles sont utilisées chaque année, auxquelles s'ajoutent 37,3 millions de tonnes pour les emballages alimentaires. L'utilisation de plastiques agricoles devrait atteindre 19 millions de tonnes d'ici 2040, tandis que la demande en emballages devrait augmenter de 38 % sur la même période.

Parallèlement, les systèmes agroalimentaires peuvent être contaminés par une pollution plastique provenant de l'extérieur du système alimentaire via les eaux usées, le ruissellement, les dépôts atmosphériques, l'eau d'irrigation contaminée et les amendements du sol.

Microplastiques et substances chimiques : des préoccupations pour la sécurité des aliments (formation de biofilms, résistance aux antimicrobiens)

La note d'information a décrit quatre voies illustrant comment la pollution plastique peut entraîner des effets en cascade selon l'approche Une seule santé :

1. Impacts via les sols

2. Risques pour les animaux dans les environnements terrestres et aquatiques

3. Exposition humaine et rétroactions du système

4. Pressions sur le climat et la nature.

Dans les sols agricoles, les microplastiques et nanoplastiques (MNPs) peuvent affecter la structure du sol, le microbiote ainsi que les cycles des nutriments et du carbone. La publication a cité des données montrant que les plantes peuvent absorber des MNPs et des substances chimiques associées aux plastiques (par exemple, les substances per- et polyfluoroalkylées [PFAS], les bisphénols, les phtalates, les retardateurs de flamme, etc.) par leurs racines, y compris dans les tissus comestibles destinés à la consommation humaine et animale.

De plus, des microplastiques ont été détectés chez plus de 1 300 espèces animales, et des produits d'origine animale terrestre se sont révélés en contenir à la suite de l'exposition du bétail. La FAO a indiqué que ces voies d'exposition ont des implications potentielles pour la contamination de la chaîne alimentaire, la sécurité des aliments et la propagation de la résistance aux antimicrobiens (RAM).

De nouvelles données montrent que la pollution plastique peut aggraver les risques microbiologiques liés à la sécurité sanitaire des aliments. Les MNPs peuvent offrir des surfaces propices à la colonisation microbienne et à la formation de biofilms, facilitant potentiellement le transfert horizontal de gènes ainsi que la persistance et la propagation d'agents pathogènes et de gènes de résistance aux antimicrobiens.

Exposition humaine à des milliers de substances chimiques encore mal connues

L'exposition humaine peut survenir par le biais d'aliments contaminés, de la migration de substances depuis des matériaux en contact avec les aliments, de l'inhalation, du contact cutané et d'expositions professionnelles. Plus de 16 000 substances chimiques ont été identifiées dans les plastiques, dont un quart est considéré comme dangereux en raison de leur persistance, de leur bioaccumulation, de leur mobilité et/ou de leur toxicité. Parmi les substances chimiques connues, 66 % ne font l'objet d'aucune classification officielle de danger de la part des organismes de réglementation ou de l'industrie.

La publication a également noté que des MNPs ont été identifiés dans plusieurs groupes d'aliments et dans des tissus humains. De nouvelles données suggèrent des liens possibles avec des altérations du microbiome, des réponses inflammatoires et immunitaires, des lésions tissulaires et une toxicité pour la reproduction. Toutefois, la FAO a souligné qu'il subsiste des incertitudes quant aux conséquences pour la santé et la sécurité sanitaire des aliments des niveaux actuels d'exposition alimentaire, en partie parce que les études expérimentales pourraient ne pas refléter fidèlement l'exposition o particules de plastique (micro- et nanoplastiques) altérées par les conditions environnementales.

La FAO appelle à une approche Une seule santé (One Health) face à la pollution plastique

Pour traduire les données probantes en politiques, les auteurs ont identifié quatre axes d'action :

1. Établir une base de données probantes commune à tous les secteurs

2. Co-concevoir des solutions avec les communautés concernées

3. Coordonner les actions entre les politiques et les accords internationaux

4. Réviser continuellement les politiques à mesure que les connaissances scientifiques évoluent.

La note d'orientation suggérait notamment que les plateformes nationales Une seule santé pourraient intégrer la surveillance des aspects environnementaux, de la sécurité des aliments, de la santé vétérinaire et de la santé publique. Ces plateformes pourraient également renforcer les normes relatives aux microplastiques et aux substances chimiques associées aux plastiques dans les aliments, tout en améliorant la surveillance de la contamination plastique des sols et des eaux.

Les alternatives biosourcées ne sont pas nécessairement plus sûres que les plastiques conventionnels

La FAO a également mis en garde contre l'idée reçue selon laquelle les plastiques biosourcés ou biodégradables constitueraient intrinsèquement des alternatives plus sûres. Les données disponibles n'ont pas encore démontré que ces matériaux sont nécessairement meilleurs pour l'environnement en termes de toxicité et de dégradation ; par ailleurs, les matériaux de substitution peuvent contenir des substances chimiques dangereuses. Les auteurs ont appelé à réaliser des évaluations toxicologiques et environnementales rigoureuses de ces matériaux de remplacement et ont souligné la nécessité d'intégrer des garanties de sécurité sanitaire des aliments dans les démarches d'économie circulaire, afin d'éviter que des contaminants ne soient réintroduits dans des applications en contact avec les aliments.

En conclusion, les auteurs estiment que la gestion des déchets plastiques en fin de cycle ne suffira pas à résoudre le problème. La publication préconise plutôt de prévenir et de réduire la pollution plastique tout au long du cycle de vie des plastiques, en s'appuyant sur une surveillance renforcée, une coordination intersectorielle et une évaluation des alternatives, afin d'éviter de déplacer les risques vers d'autres maillons du système alimentaire.