Les stress liés à la manipulation des volailles entraînerait une adaptation de Campylobacter

Une étude récente, « Poultry handling-related stress alters membrane composition, extracellular vesicle production, survival, and virulence in Campylobacter jejuni Bf », publiée dans la revue Applied and Environmental Microbiology démontre que Campylobacter jejuni survit et se multiplie lorsqu'il est soumis à une combinaison de stress thermique (chaleur) et oxydatif simulant les conditions d'abattage de la volaille.

A savoir

Effets des stress sur Campylobacter jejuni :

• Modifications cellulaires : L'exposition aux stress liés à la manipulation et à l'abattage entraîne un arrondissement des cellules ainsi qu'une perte de mobilité bactérienne.

• Remodelage membranaire : La bactérie modifie la composition de sa membrane et réduit sa fluidité, tout en reprogrammant son métabolisme pour accroître la teneur en ATP intracellulaire.

• Modification des vésicules : Bien que la composition lipidique de la membrane plasmique principale demeure stable, C. jejuni altère le profil lipidique des vésicules extracellulaires qu'elle libère.

• Virulence accrue : Les cellules stressées libèrent des vésicules extracellulaires présentant une toxicité accrue envers les cellules épithéliales Caco-2, ce qui peut faciliter l'invasion de l'intestin humain.

Résumé

Nous avons étudié l'adaptation de la souche aéro-tolérante de Campylobacter jejuni Bf à des conditions mimant l'abattage des volailles. Nous avons démontré que C. jejuni Bf survit et se multiplie activement sous l'effet combiné d'un stress thermique et oxydatif. L'exposition au stress induit un arrondissement cellulaire, une perte de mobilité, un remodelage de la composition membranaire, une diminution de la fluidité membranaire et une reprogrammation métabolique avec une augmentation des niveaux d'ATP intracellulaire. Tout en conservant la composition lipidique de sa membrane plasmique, C. jejuni module la composition lipidique de ses vésicules extracellulaires lorsqu'il est exposé au stress. Notamment, les cellules de C. jejuni stressées libèrent des vésicules extracellulaires présentant une toxicité accrue envers la barrière épithéliale des cellules Caco-2, facilitant potentiellement l'invasion de l'épithélium intestinal.

Importance

Les infections à Campylobacter constituent l'une des principales causes de gastro-entérite d'origine alimentaire dans le monde. Campylobacter pénètre facilement dans la chaîne alimentaire et se transmet à l'homme, principalement par la consommation de viande de volaille contaminée. La forte prévalence d'isolats humains de Campylobacter jejuni aéro-tolérants suggère une corrélation entre leur capacité à survivre en conditions aérobies, leur virulence et leur résistance à des conditions de stress extrêmes. Cependant, le mécanisme sous-jacent demeure mal connu. Nos résultats montrent que les vésicules extracellulaires de C. jejuni participent à une stratégie de survie qui relie l'adaptation environnementale à la pathogénicité.

Extraits de l’article

La persistance de C. jejuni tout au long de la chaîne alimentaire présente un paradoxe, compte tenu de ses exigences de croissance strictes en laboratoire et de sa présence généralisée dans des environnements apparemment défavorables. Une fois les poulets colonisés, C. jejuni se propage rapidement au sein du troupeau et persiste dans le tractus intestinal jusqu'à l'abattage. Lors de la transformation, une fuite de contenu intestinal peut entraîner une contamination des carcasses, avec des charges bactériennes atteignant jusqu'à 6,5 log UFC/g. En Europe, dans le cadre du critère d'hygiène des procédés concernant Campylobacter, la surveillance d'échantillons de volaille a révélé que 16,0 % d'entre eux dépassaient la limite de 3 log UFC/g. Au cours de la transformation de la volaille, C. jejuni est exposé à divers facteurs de stress, notamment la chaleur, le choc thermique par le froid, le stress acide et le stress oxydatif. En cas d'exposition aiguë, les cellules de C. jejuni de forme spiralée prennent une forme coccoïde en raison de dommages oxydatifs. Ce changement morphologique est l'un des événements survenant lorsque les bactéries entrent dans un état viable mais non cultivable, ce qui entrave leur détection sur les milieux de culture conventionnels lors des procédures de contrôle qualité.

Ce phénomène pourrait expliquer la persistance de l'incidence de la campylobactériose dans les pays développés, malgré des normes d'hygiène et de sécurité des aliments avancées. Aux températures de réfrigération, la composition en acides gras membranaires des cellules coccoïdes est presque identique à celle des cellules spiralées, tandis que les taux d'ATP intracellulaire restent élevés. L'observation de cellules de C. jejuni à l'état viable mais non cultivable dans des suspensions cellulaires vieillissantes a révélé une perte de la membrane externe. Par ailleurs, l'instabilité membranaire induite par un stress abiotique favorise le bourgeonnement de vésicules, permettant de relâcher la tension de l'enveloppe cellulaire ou d'exporter des composants endommagés. La production bactérienne de vésicules extracellulaires s'inscrit dans les stratégies d'adaptation et de survie en milieu hostile, notamment lors de la transformation des aliments ou au sein de l'hôte.

Nous montrons dans cette étude comment des stress successifs, reproduisant les étapes de la transformation de la volaille, affectent le fitness et la virulence de C. jejuni. Nous avons utilisé la souche clinique Bf, dont il a été démontré précédemment qu'elle tolère les environnements aérobies et survit à la carence en nutriments dans l'eau stérile en passant à un état viable mais non cultivable de morphologie non coccoïde. Nous nous sommes concentrés sur l'adaptation cellulaire, aux niveaux structurel, lipidomique et protéomique, face à un stress combiné thermique et oxydatif, ainsi que sur l'interaction des cellules adaptées avec la lignée cellulaire intestinale humaine Caco-2.

Sur la base de leurs résultats obtenus avec la souche Bf de C. jejuni, les auteurs suggérent que les Campylobacter aérotolérants pourraient adopter une stratégie d'adaptation membranaire pour surmonter rapidement les conditions de stress et accroître leur virulence.

Une étude rebat les cartes sur les connaissances sur Campylobacter coli en Europe

Une étude paru dans EID, la revue du CDC, rebat les cartes sur les connaissances sur Campylobacter coli en Europe. Elle s’intitule « Multisectoral Emergence of Multidrug-Resistant Campylobacter coli Sequence Type 10042 Lineage, Europe, 2018-2025 » (Émergence multisectorielle de Campylobacter coli de séquence type 10042 multirésistant, Europe, 2018-2025).

Résumé

Campylobacter spp. demeure la principale cause bactérienne de gastro-entérite d'origine alimentaire dans les pays occidentaux. Nous rapportons une circulation soutenue, jusqu'alors non identifiée, d'une souche multirésistante de Campylobacter coli de séquence type 10042 à travers l'Europe entre 2018 et 2025. Le séquençage du génome entier de 217 isolats provenant de 9 pays et couvrant des sources humaines, animales, alimentaires et environnementales a permis d'identifier des clusters transfrontaliers, dont une vaste lignée reliant principalement le Portugal et le Luxembourg, ainsi que l'Allemagne, l'Irlande, l'Espagne et le Royaume-Uni.

Les données génomiques indiquent une expansion clonale continue, accompagnée d'une diversification croissante au fil du temps. Les isolats présentaient un phénotype de multirésistance conservé, incluant une résistance aux fluoroquinolones, aux tétracyclines et aux β-lactamines ; une sensibilité réduite aux carbapénèmes a été observée. La résistance était associée aux gènes GyrA Thr86Ile, tet(O/32/O)/ tet(O) et aux variants du promoteur bla_OXA-61 ; la variation du gène porA était liée à une sensibilité variable à l’amoxicilline/acide clavulanique et à l’ertapénem. Ces résultats démontrent que les infections à C. coli peuvent impliquer une transmission internationale soutenue plutôt que des cas sporadiques et soulignent la nécessité d’une surveillance génomique coordonnée et intersectorielle pour détecter les lignées émergentes résistantes aux antimicrobiens.

Les cas de campylobactériose sont principalement causés par Campylobacter jejuni (environ 90 %) et C. coli (environ 10 %). La volaille constitue le principal réservoir, bien que les produits d'élevage, les animaux domestiques et sauvages, les humains et l'eau ou le sol contaminés contribuent également à la transmission. Si la plupart des infections à Campylobacter ont longtemps été considérées comme sporadiques, la surveillance récente basée sur le séquençage du génome entier (SGE) a démontré que de nombreux cas se présentent sous forme de clusters génétiquement apparentés. La surveillance génomique s'appuyant sur des approches basées sur le SGE, notamment le typage multilocus (MLST) du génome entier et du génome central, a considérablement amélioré l'identification des épidémies, l'étude des voies de transmission et la détection des lignées épidémiques émergentes, offrant ainsi une vision précise de la diversité génétique, des déterminants de la résistance aux antimicrobiens (RAM) et de l'attribution de la source.

Les données SGE permettent également d'approfondir les connaissances sur de nouveaux déterminants de la RAM, tels que le gène porA, qui code pour la principale porine de la membrane externe de Campylobacter et dont les variants alléliques pourraient réduire l'entrée des β-lactamines et des carbapénèmes par une modification de la perméabilité membranaire. C. coli est moins fréquemment associé aux épidémies, malgré sa large niche écologique, qui comprend les poulets de chair, les porcs et les oiseaux sauvages, ce qui souligne le risque de transmission zoonotique et de contamination environnementale.

En tirant parti de la surveillance continue basée sur le SGE au Portugal, nous avons cherché à caractériser la souche de C. coli multirésistante de séquence type (ST) 10042, associée à un pic d'infections à C. coli au Portugal et détectée dans d'autres pays (Allemagne, Luxembourg, France, Irlande, Danemark, Pays-Bas, Royaume-Uni et Espagne) et dans divers secteurs (humain, animal, alimentaire et environnemental). Nos objectifs étaient d'élucider sa dynamique de transmission et ses déterminants de résistance aux antimicrobiens, d'évaluer son importance potentielle en santé publique en tant que lignée émergente de C. coli et d'affiner notre compréhension de la surveillance de Campylobacter et de la charge globale que représente ce pathogène.

Cette étude met donc en lumière l'importance d'une surveillance coordonnée du SGE dans le cadre de l'approche Une seule santé pour détecter les lignées de C. coli épidémiologiquement pertinentes et surveiller la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les secteurs humain, animal, alimentaire et environnemental. Les données génomiques multicentriques ont révélé une circulation prolongée, transnationale et multisectorielle de la lignée ST10042 de C. coli multirésistante, alimentée par la volaille.

NB : Merci à Joe Whitworth de Food Safety News de m’avoir indiqué cette information.

France : Bilan de la surveillance des infections à Campylobacter en 2022. Le nombre de souches isolées augmente ...

Le blog vous avait indiqué qu’en France, les infections à Campylobacter sont en augmentation en 2021.

Qu’en est-il en 2022 ?

Voici que Santé publique France publie le Bilan de la surveillance des infections à Campylobacter en France en 2022.

Points clés

En 2022, la surveillance des infections à Campylobacter en France a confirmé les tendances épidémiologiques et biologiques déjà observées ces dernières années :

- une prédominance de l’espèce C. jejuni ;
- un nombre de cas et une incidence plus élevés chez les enfants ;
- une prédominance des infections chez les hommes ;
- un pic saisonnier pendant la période estivale sauf pour C. fetus;
- une résistance élevée aux fluoroquinolones et aux tétracyclines, restée stable ces dernières années ;

- une absence d’augmentation significative des taux de résistances des six antibiotiques testés en routine.

Pour en savoir plus, il vous faut aller dans un autre document.

Caractéristiques des patients infectés par Campylobacter rapportés par le CNR

En 2022, l’âge à l’infection variait entre 0 et 102 ans, avec une moyenne à 34 ans et une médiane à 27 ans. L’incidence était maximale pour la classe d’âge 0-9 ans (27 cas/100 000 habitants).

Globalement, l’incidence était plus élevée chez les hommes (15 cas/100 000 habitants) que chez les femmes (12 cas/100 000 habitants). Cette tendance était observée dans toutes les classes d’âge, sauf chez les 20-29 ans.

Les infections par C. fetus ont été principalement rapportées chez des personnes de 60 ans et plus (91% des infections), tandis que les infections par C. jejuni ont été majoritairement rapportées chez des enfants et jeunes adultes de moins de 30 ans (55% des infections).

Autant en 2021, le bilan s’était cantonné aux caractéristiques des souches de Campylobacter isolées en 2022 répertoriées par le CNR, cette fois-ci, et pour la premère fois, il est fait d’un nombre de patients en 2022.

Le CNR a répertorié 9 160 souches de Campylobacter spp. isolées en 2022 (versus 8 875 en 2021 et 7 920 en 2020), correspondant à 10 498 patients infectés (dont 60 avec plusieurs souches isolées).

Conclusion de la surveillance 2022

Le nombre de souches de Campylobacter répertoriées par le CNR est en augmentation depuis 2013, année de la mise en place de la saisie des données en ligne par les laboratoires du réseau. L’augmentation observée en France pourrait être un reflet d’une réelle augmentation des infections à Campylobacter.

Commentaire

Si le nombre de souches augmente, cela peut vouloir signifier que le nombre de cas augmente …

Le reste des constats et des recomandations de ce bilan est assez proche de celui de 2021.

Ce bilan cite en référence une étude de 2018,

 En France, le nombre annuel moyen de cas symptomatiques d’infections à Campylobacter a été estimé à 493 000 (intervalle de crédibilité (IC) 90% : 273 000-1 080 000), dont 392 000 cas auraient été infectés par transmission alimentaire. Campylobacter serait responsable de 26% du nombre total estimé des infections d’origine alimentaire et de 31% des hospitalisations associées à ces infections.

Peut-être faudrait-il actualiser cette étude qui a désormais 5 ans ...

Campylobacterioses : Où en est-on en Suisse ?

En Suisse, la majorité des infections intestinales sont dues à la bactérie Campylobacter. Elles sont souvent provoquées par la consommation de viande de volaille pas assez cuite. Une hygiène insuffisante en cuisine peut aussi provoquer une infection par contamination croisée. 

Quelles mesures ont déjà été mises en place pour réduire le nombre d’infections, et avec quels résultats ? Tour d’horizon dans un document de l’OSAV (Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires) de 15 pages. Il s’agit d’un point de la situation.

La campylobactériose est une maladie infectieuse causée par des bactéries du genre Campylobacter. En Suisse, entre 7000 et 8000 cas sont déclarés chaque année à l’Office fédéral de la santé publique (OFSP). Les personnes touchées considèrent cette infection comme une maladie sérieuse. Environ 15% des patients sont hospitalisés. En Suisse, cette maladie entraîne des coûts directs de la santé avoisinant 25 à 39 millions de francs chaque année. Bien que les antibiotiques soient utilisés seulement pour traiter les cas graves, le taux de résistance très élevé à un antibiotique considéré comme le médicament de choix est préoccupant. Chez l’être humain, les infections à Campylobacter sont principalement d’origine alimentaire. Plusieurs études cas-témoins indiquent que la viande de volaille, en particulier le poulet, serait la principale source d’infection. En Suisse, le secteur avicole examine les carcasses de volailles et la viande de volaille dans le cadre de l’autocontrôle, comme prescrit par la législation. Environ 1300 échantillons sont ainsi prélevés et analysés chaque année. Entre 2016 et 2020, le taux d’échantillons positifs à Campylobacter a toujours dépassé les 20%. La résistance aux antibiotiques des Campylobacter isolés chez des poulets de chair et dans de la viande de volaille a augmenté pendant des années, et la fréquence de la résistance de Campylobacter jejuni aux antibiotiques à base de fluoroquinolones a atteint un plateau à un niveau élevé. La Suisse a pris des mesures stratégiques, opérationnelles, réglementaires et de communication à différents niveaux afin de réduire le nombre de cas de campylobactériose chez l’être humain. Les mesures mises en place jusqu’à présent ne permettent pas encore de réduire l’incidence de la campylobactériose aux niveaux prévus par le plan de contrôle national pluriannuel (PCNP).

Situation en Europe

En France, en Islande et en Irlande, l’incidence est faible par rapport aux autres pays européens et à la Suisse.

Même en tenant compte des différences entre les pays en ce qui concerne la consommation de viande de poulet, il apparaît que l’incidence reste faible en France et élevée en Autriche, en Allemagne et en Suisse.

Toutefois, l’EFSA/ECDC estime que la tendance générale des cas de campylobactériose sur la période 2016-2020 pour l’ensemble de l’UE n’a pas connu de changement significatif d’un point de vue statistique.

Conclusion

L’état des lieux montre que le nombre de cas de campylobactériose se maintient à un niveau élevé depuis des années. Les mesures mises en place jusqu’à présent n’ont pas encore permis d’atteindre les objectifs fixés d’une incidence maximale de 61,6 cas pour 100 000 habitants. Pour ce faire, des efforts supplémentaires sont nécessaires tout au long de la chaîne agroalimentaire, de la production primaire aux consommateurs.

Épidémie de campylobactériose associée à la consommation d'eau brute dans le Montana en 2022

Légende des photos. Point d'eau A, avant toute intervention (A) et après coupure définitive de l'alimentation en eau (B), Montana, 2022.

«Notes du terrain : Épidémie de campylobactériose associée à la consommation d'eau brute dans le Montana en 2022», source MMWR.

La consommation d'eau brute (eau qui n'a pas été désinfectée, ni filtrée) est devenue une tendance émergente aux États-Unis et pourrait avoir de graves conséquences sur la santé. L'eau potable recueillie directement à partir de sources d'eau douce extérieures telles que les lacs, les rivières et les ruisseaux qui n'a pas été traitée de manière adéquate (c'est-à-dire pour éliminer les pathogènes) peut provoquer des maladies et des épidémies. Cet étude décrit comment une communauté de l'ouest du Montana a été atteinte par une épidémie de 19 cas de maladies diarrhéiques associées à la consommation d'eau de surface non traitée.

Le 9 mai 2022, le comté de Sanders, dans le Montana, a signalé au département de la santé de l'État six cas actifs d'infection à Campylobacter dans leur communauté ; ce nombre de cas représentait une augmentation substantielle par rapport à la moyenne sur 5 ans de six cas signalés chaque année entre 2017 et 2021. Toutes les personnes infectées ont déclaré avoir bu de l'eau du point d'eau A, une sortie d'eau de surface d'un ruisseau près de Paradise, Montana, avant l'apparition de leurs symptômes, qui ont commencé le 4 mai ou après. Au cours des 6 semaines suivantes, 13 cas supplémentaires d'infections à Campylobacter jejuni chez des personnes exposées à la même source d'eau ont été identifiées par des analyses de laboratoire (deux par confirmation indépendante de la culture et quatre par confirmation par culture) ou un lien épidémiologique (sept). Une personne a été hospitalisée et aucun décès n'a été signalé.

Le 16 mai, des agents d ela santé environmentale du Sanders County Public Health ont collecté 23 litres d'eau au point d'eau A. Le Montana Laboratory Services Bureau a effectué une filtration sur membrane de 15 litres de l'échantillon d'eau, à l'aide de quatre filtres séparés (pores de 0,45 μm). Les filtres ont ensuite été étalés sur des supports pour la culture et l'isolement de Campylobacter selon des méthodes standardisées ; les enquêteurs n'ont pas cultivé, ni retrouvé d'autres agents pathogènes. Le 24 mai, l'échantillon d'eau a été confirmé positif pour Campylobacter par culture. Le 3 juin, les membres du personnel ont effectué le séquençage du génome entier sur un isolat de Campylobacter de l'échantillon d'eau et des isolats de deux échantillons de l'éclosion humaine ; les séquences ont été comparées à la fois par core genome multilocus sequence typing whole genome multilocus sequence typing. Les isolats de Campylobacter provenant d'échantillons humains et d'échantillons d'eau étaient fortement liés génétiquement (0 à 1 appariement d’allèle). Ensemble, l'analyse du séquençage du génome entier et les données épidémiologiques ont fourni des preuves confirmant que cette épidémie était le résultat de l'eau potable provenant directement du point d'eau A.

Le point d'eau A est situé dans l'emprise de l'autoroute du Montana Department of Transportation sur la propriété du chemin de fer. Le point d'eau a été construit, très probablement au début des années 1900, pour empêcher le ruisseau d'éroder le lit de la voie. Les propriétaires des terres adjacentes ont commencé à utiliser l'eau à des fins domestiques et agricoles. Depuis, le public utilise le point d'eau A comme source d'eau potable. Bien que le point d'eau A contienne de l'eau de surface non traitée, de nombreux membres de la communauté pensent qu'il s'agit d'une source naturelle. Les utilisateurs remplissaient les récipients en les plaçant directement sous l'eau sortant de la caisse en béton du point d'eau ou en plaçant des pompes ou des conduites d'aspiration dans l'eau pour remplir de grands récipients. La signalisation affichée par le Montana Department of Transportation avant l'épidémie averti le public que le point d'eau n'était pas une source d'eau publique approuvée.

Un nid d'oiseau inoccupé a été retrouvé à l'intérieur de la boîte où l'échantillon d'eau a été prélevé. Les oiseaux sont une source connue de Campylobacter, et bien qu'aucun oiseau n'était présent au moment de la collecte de l'échantillon, la présence du nid indique que les oiseaux pourraient avoir été la principale source de contamination qui a conduit à cette épidémie.

La force combinée des preuves épidémiologiques, environnementales et de laboratoire dans cette éclosion était suffisante pour retirer la source d'abreuvement de l'exploitation. Après une réunion du 16 juin avec les parties prenantes, le Montana Department of Environmental Quality a déclaré que la source répondait à la définition d'un approvisionnement public en eau et devait donc répondre aux exigences du Safe Drinking Water Act ou l'accès devrait être définitivement supprimé. Le Montana Department of Transportation a définitivement supprimé l'accès public le 28 juin 2022 en redirigeant l'eau du ruisseau afin qu'elle reste souterraine. Aucun cas supplémentaire n'a été identifié depuis le 16 juin 2022. Les personnes qui boivent de l'eau provenant de sources extérieures, y compris les ruisseaux, les rivières et les ruisseaux, doivent toujours traiter l'eau avant de la boire. Faire bouillir l'eau est le moyen le plus fiable de tuer les germes, mais un traitement comprenant une filtration réduira également le risque de maladie lié à l'eau potable provenant de sources extérieures.

France : Les infections à Campylobacter sont en augmentation en 2021

«Les infections à Campylobacter : données épidémiologiques 2021», source Santé publique France du 28 décembre 2022.

L’infection à Campylobacter est l’une des causes les plus fréquentes de gastro-entérites bactériennes dans les pays développés. Santé publique France publie les données de surveillance des infections à Campylobacter en France en 2021, dont les tendances observées ces dernières années se confirment.

Chaque année, Santé publique France publie sur son site internet un bilan complet des données de surveillance des infections à Campylobacter. Cette surveillance repose sur le Centre national de référence (CNR) des Campylobacter et Hélicobacter et la déclaration obligatoire des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC).

Campylobacter : chiffres clés 2021

- une prédominance de l’espèce C. jejuni ;

- un nombre de cas et une incidence plus élevés chez les enfants avec une incidence maximale chez les 0-9 ans (27 cas/100 000 habitants) versus 25 cas/100 000 habitants en 2020,

- une prédominance des infections chez les hommes 15 cas pour 100 000 habitants versus 11 cas pour 100 000 concernant les femmes (tendance moins marquée chez les personnes âgées de 20 à 39 ans) versus 7 cas/100 000 habitants en 2020.

- un pic saisonnier pendant la période estivale ;

- une résistance élevée aux fluoroquinolones et aux tétracyclines, restée stable ces dernières années ;

- pas d’augmentation notable des taux de résistances des six antibiotiques testés en routine ;

- une consommation de produits de volaille en tant que premier aliment (incriminé ou suspecté) identifié comme source de contamination dans les épisodes de toxi-infections alimentaires collectives.

Notons que selon les donnée du rapport européenn sur les zoonoses 2021 de l’EFSA et de l’ECDC, la France a déclaré 8 875 cas (données basées sur des cas). Enfin, ces données ne sont basées que sur une surveillance sentinelle, le taux de notification est calculé avec une couverture estimée à 20 %.

Associé à ce document sur les données figure le Bilan de la surveillance des infections à Campylobacter en France en 2021.

Ce bilan cite en référence une étude de 2018,

En France, le nombre annuel moyen de cas symptomatiques d’infections à Campylobacter a été estimé à 493 000 (intervalle de crédibilité (IC) 90% : 273 000-1 080 000), dont 392 000 cas auraient été infectés par transmission alimentaire. Campylobacter serait responsable de 26% du nombre total estimé des infections d’origine alimentaire et de 31% des hospitalisations associées à ces infections.  

Le CNR a répertorié 10 223 souches de Campylobacter et bactéries apparentées isolées en 2021 (Figure 1).

On peut donc bien dire que les maladies infectieuses à Campylobacter augmentent en France .

Une recrudescence saisonnière des isolements était observée pendant la période estivale de 2021 (pic en août), cette saisonnalité estivale était aussi observée les années précédentes (Figure 2).

Surveillance des toxi-infections alimentaires collectives dues à Campylobacter spp

En 2021, 52 foyers de TIAC dues à Campylobacter (avec confirmation biologique) ont été déclarés, comptabilisant un total de 178 malades versus 244 en 2020. Le nombre de foyers confirmés et de malades associés est resté similaire en 2020 et 2021. Pour la moitié des foyers, la consommation de volaille était la source de contamination incriminée ou suspectée (25 foyers versus 35 foters en 2020).

Conclusion de la surveillance 2021

Rappelons que le contexte sanitaire lié à la pandémie de COVID-19 en 2020 ne semble pas avoir eu d’impact sur les données de surveillance

Le nombre de souches de Campylobacter répertoriées par le CNR est en augmentation depuis 2013, année de la mise en place de la saisie des données en ligne par les laboratoires du réseau. (…) Cette augmentation observée en France pourrait être un reflet d’une réelle augmentation des infections à Campylobacter. Toutefois, plusieurs facteurs, comme le regroupement des laboratoires en plateformes techniques et l’utilisation de plus en plus systématique des PCR multiplexes (tests diagnostiques qui permettent de tester en même temps la présence de plusieurs agents pathogènes ciblés à partir d’un même prélèvement), facilitant la détection de Campylobacter sp, pourraient avoir contribué à l’augmentation du nombre d’isolements de souches et donc de la notification par les laboratoires du réseau au cours du temps.

Prévention des infections à Campylobacter

Au niveau du consommateur, les principaux facteurs de risque de l’infection sont la manipulation de viande fraîche (volaille, porc, bœuf), la contamination croisée d’aliments par des surfaces contaminées en cuisine, et la consommation de viande insuffisamment cuite. La prévention individuelle des infections à Campylobacter repose donc sur les bonnes pratiques d’hygiène en cuisine (lavage des mains, nettoyage des surfaces et ustensiles de cuisine après la manipulation de volaille ou viande crue) afin d’éviter la transmission croisée, et la cuisson suffisante de viande de volaille, de bœuf et de porc (cuit à cœur).

Je signale ce que rapporte l’Anses qui me semble plus complet que ce qui est noté ci-dessus.

Les risques de campylobactériose peuvent être largement limités par l’adoption de bonnes pratiques d’hygiène à la maison. Il est ainsi essentiel de :
- se laver les mains après la manipulation de viandes crues ;
- utiliser une planche à découper (bois ou plastique) pour les viandes et poissons crus, et une autre pour les autres aliments ;
- nettoyer rigoureusement la planche, le plat et les ustensiles ayant servi à l’assaisonnement et à la préparation de la viande crue avant réutilisation ;
- s’assurer d’une cuisson suffisante (> 65°C à cœur) des viandes de volailles et de boucherie, notamment la cuisson au barbecue : la jointure cuisse/haut de cuisse du poulet ne doit pas être rosée ou présenter de traces de sang ;
- manipuler ces viandes dans de bonnes conditions d’hygiène lors de la préparation et de la consommation de ce type de denrées ;
- ne pas consommer de viande de volaille crue (de type « carpaccio »).

J’aurai bien ajouter que «Le lavage de volaille crue sous le robinet de la cuisine est à prohiber en raison du risque d’éclaboussures.»

A noter que les deux premières références de ce bilan sont erronées.

Le poulet souvent associé à une infection à Campylobacter en Australie

«Le poulet souvent associé à une infection à Campylobacter en Australie» source Food Safety News.

Selon une étude récemment publiée, le principal facteur de risque d'infection à Campylobacter en Australie est la consommation de viande de poulet.

Les chercheurs ont recruté des cas confirmés de campylobactériose signalés à des services de santé de février 2018 à octobre 2019. Les témoins provenaient de cas de grippe notifiés au cours des 12 mois précédents. Il y avait 571 cas à Campylobacter et 586 témoins.

Les facteurs de risque importants comprenaient la consommation de poulet insuffisamment cuit ou cuit ou la possession d'un chien âgé de moins de six mois, a révélé l'étude, Risk factors for campylobacteriosis in Australia: outcomes of a 2018–2019 case–control study, publiée dans la revue BMC Infectious Diseases. L’article est disponible en intégralité.

Les scientifiques ont estimé que 42% des cas de campylobactériose dans l'étude étaient attribuables au poulet cuit ou insuffisamment cuit.

Selon l'étude, le risque associé à la consommation de poulet cuit peut s'expliquer par une contamination croisée de la surface ou des ustensiles par du poulet cru lors de la préparation des repas, ou par le fait que les patients ne savent pas qu'ils ont consommé du poulet insuffisamment cuit.

Différences selon le type de Campylobacter

Les facteurs de risque sont restés similaires lorsqu'ils ont été analysés pour Campylobacter jejuni. Les risques uniques d'infection à Campylobacter coli comprenaient la consommation de pâté de poulet et de charcuterie, du jambon, du poulet, de la dinde ou du bœuf, également appelés charcuterie ou viandes tranchées.

La consommation de charcuterie a été attribuée à 31% à des infections à Campylobacter coli et la consommation de pâté de poulet à 6%.

L'Australie a une incidence élevée de campylobactériose par rapport à d'autres pays à revenu élevé.

La viande crue vendue au détail en Australie, y compris la volaille, n'est pas soumise à des limites microbiologiques. Cependant, des directives volontaires de moins de 6 000 à 10 000 unités formant colonies de Campylobacter par carcasse de volaille existent pour le secteur.

Des questionnaires téléphoniques ont été utilisés pour recueillir des informations sur les facteurs de risque connus dans les sept jours précédant l'apparition de la maladie et les sept jours précédant l'entretien pour les témoins.

Les patients atteints par Campylobacter coli étaient plus âgés que ceux atteints par Campylobacter jejuni et une proportion plus élevée étaient des hommes par rapport aux patients atteints par Campylobacter jejuni.

La consommation de brochettes de poulet et de canard était associée à la campylobactériose. Les brochettes de poulet sont restées un facteur de risque pour Campylobacter jejuni.

Autres facteurs de risque

Certains aliments et lieux d'exposition étaient associés à un risque réduit de campylobactériose. Ceux-ci comprenaient la cuisson des aliments sur un barbecue, les repas à l'extérieur de la maison et la consommation de viandes autres que la volaille comme le bœuf ou le veau haché et l'agneau cuit.

Le contact avec des excréments de poulet ou la possession d'un chien de compagnie âgé de moins de six mois ont été associés à la campylobactériose. D'autres facteurs de risque pour les patients atteints de Campylobacter jejuni étaient la possession d'un chat âgé de moins de six mois, la visite d'une ferme privée et l'alimentation d'un chien de compagnie avec des cous de poulet crus.

Les régimes à base de viande crue pour chiens pourraient présenter un risque d'infection à Campylobacter et l'étude a révélé un lien potentiel entre les personnes qui nourrissaient leur chat avec de la viande de kangourou crue et les infections à Campylobacter jejuni.

Pour réduire le risque de transmission des animaux de compagnie aux humains, les mesures comprennent de bonnes pratiques d'hygiène des mains après la manipulation des animaux, nourrir les jeunes animaux de compagnie avec des produits de viande cuite ou des aliments secs et en conserve et nettoyer et désinfecter régulièrement les surfaces en contact avec les animaux.

Les chercheurs ont dit que la communication et l'éducation des consommateurs sur les risques associés à la manipulation de viandes crues, y compris les bonnes pratiques de manipulation, de préparation et d'hygiène des aliments, sont recommandées comme une approche pour la réduction des risques personnels.

«De plus, un engagement continu avec les partenaires de l'industrie, en particulier dans la chaîne d'approvisionnement de la volaille, est nécessaire pour identifier les moyens de réduire la prévalence et la concentration de Campylobacter dans la viande de poulet.»

La lutte contre Campylobacter commence bien dès l’élevage, selon l'Anses

La lutte contre Campylobacter commence bien dès l’élevage», source communication de l’Anses du 2 mars 2022.

Un travail d’expertise européen dirigé par une scientifique de l’Anses a réévalué l’efficacité du contrôle de la bactérie Campylobacter dans les élevages de poulets pour empêcher la transmission de la bactérie à l’être humain. Ces résultats viennent d’être publiés dans Microbial Risk Analysis.

L’impact des mesures dans les élevages réévalué

Les résultats de ces travaux viennent de faire l’objet d’une publication après avoir été publiés dans un avis de l’Efsa en 2020. Ils concluent qu’une division par 1 000 du nombre de bactéries par gramme de matière fécale dans les intestins des volailles réduirait le risque de contamination de l’Homme de 54%. «L’apport de nouvelles données a montré que la réduction du risque était moindre que ce qui était estimé auparavant. Dans l’avis de l’EFSA 2011, il avait été évalué qu’une telle diminution des bactéries dans l’intestin des volailles permettait de réduire d’au moins 90% le risque de contamination de l’Homme. Il n’empêche que le contrôle au niveau des élevages reste une étape importante: moins un animal sera porteur de bactéries, moins il y aura de risque de contamination de la viande et par conséquent des consommateurs», estime Marianne Chemaly, cheffe de l’unité Hygiène et qualité des produits avicoles et porcins, au laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort de l’Anses.

Tous acteurs dans la lutte contre Campylobacter

Ces résultats sont l’occasion de rappeler que tous les stades de production de viande sont autant de leviers pour limiter la contamination par Campylobacter: depuis l’abattoir avec le refroidissement des carcasses, en passant par la distribution avec la mise sous emballage, jusqu’aux consommateurs. «Quand on découpe de la viande de poulet crue chez soi, il y a un risque que les bactéries se déposent sur les ustensiles et la planche à découper. Il est donc important de bien nettoyer ces accessoires à l’eau et au savon avant de les réutiliser, notamment pour éviter les contaminations croisées lors de la préparation des aliments qui seront consommés crus, comme des légumes. De même, il ne faut pas réutiliser une assiette dans laquelle on a déposé de la viande crue sans la nettoyer avant et bien sûr ne pas oublier de se laver les mains !»,

Voici le résumé de l’article scientifique dont il est question et paru dans Microbial Risk Analysis, «An updated assessment of the effect of control options to reduce Campylobacter concentrations in broiler caeca on human health risk in the European Union». Malheureusement l’article n’est pas disponible en intégralité.

Faits saillants

- Des concentrations plus faibles de Campylobacter dans les intestins de poulets de chair donnent des concentrations plus faibles dans la viande.
- L'effet de la réduction des concentrations cæcales sur le risque pour la santé humaine est évalué.
- Les réductions de risque relatives prévues sont plus faibles que celles estimées précédemment.
- L'association entre les concentrations dans les caeca et la viande est importante mais incertaine.

Résumé

Des études d'évaluation quantitative des risques microbiologiques (EQRM) ont suggéré que les options de contrôle visant à réduire la concentration de Campylobacter spp. dans les caecums de poulets de chair, peuvent être très efficaces pour réduire le risque de campylobactériose humaine. Ces EQRM ont été mises à jour sur la base des preuves scientifiques obtenues au cours de la dernière décennie. La relation entre les concentrations de Campylobacter dans les caecums et sur les peaux de poulets après transformation industrielle a été modélisée au moyen d'une régression linéaire et combinée avec un certain nombre de modèles en phase de consommation (MPC) et de modèles dose-réponse (DR). La réduction de la concentration caecale de Campylobacter, telle que rapportée pour certains additifs alimentaires et vaccins, a été utilisée pour estimer la réduction relative du risque exprimée en pourcentage de diminution des cas de campylobactériose humaine dans l'UE associée à la consommation de viande de poulet. Les résultats du modèle suggèrent que l'efficacité de ces options de contrôle est moins prononcée qu'indiqué précédemment. Par exemple, l'estimation médiane de la réduction du risque relatif obtenue grâce à une réduction de 2 log₁₀ des concentrations cæcales était de 39% (IC à 95%, 9-73%), alors que les estimations précédentes se situaient entre 76 et 98%. La principale raison de cette constatation est que des études récentes montrent des valeurs plus faibles pour la pente de la droite de régression; l'impact de l'utilisation de modèles DR et de MPC récemment publiés est moindre. Néanmoins, l'incertitude associée aux effets estimés est importante, principalement en raison de l'incertitude concernant la pente de la droite de régression. De plus, les données sur l'efficacité de la vaccination et l'application d'additifs pour l'alimentation et l'eau obtenues dans des conditions de terrain sont rares, mais elles sont une condition préalable pour évaluer la réduction des risques qui peut être obtenue par ces options de contrôle lorsqu'elles sont appliquées dans la pratique.

Aux lecteurs du blog

Pour une triste question d’argent, 500 euros, la revue PROCESS Alimentaire prive les lecteurs de 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles, étant donné le nombre important de lecteurs. Le départ du blog de la revue a été uniquement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog.

Bloquer la campylobactériose via une protéine clé, selon une étude

«Arrêter la maladie: une protéine peut être essentielle pour bloquer une bactérie dangereuse», source Washington State University (WSU).

Des chercheurs de l'Université de l'État de Washington ont découvert une protéine qui pourrait être la clé du blocage de la cause bactérienne la plus courante d'intoxication alimentaire humaine aux États-Unis (et pas seulement aux Etats-Unis -aa).

Il est fort probable que si vous avez mangé de la volaille mal cuite ou des aliments contaminés de façon croisés en lavant du poulet cru, vous connaissez peut-être le pathogène d'origine alimentaire.

«Beaucoup de gens qui tombent malades pensent, 'oh, c'est probablement Salmonella', mais il est encore plus probable que ce soit Campylobacter», a dit Nick Negretti, un membre principal de l'équipe de recherche du laboratoire de Michael Konkel à l'Ecole des biosciences moléculaires de la WSU.

Selon une étude récemment publiée dans Nature Communications, une protéine sécrétée connue sous le nom de CiaD (Campylobacter invasion antigens) facilite l'entrée cellulaire de Campylobacter et prend le contrôle de processus cellulaires importants en modifiant la composition d'un complexe protéique à l'intérieur de la cellule.

En obtenant un aperçu du processus d'infection et des actions spécifiques des protéines sécrétées par Campylobacter, le travail donne à l'équipe de la WSU et au reste du domaine un fondement pour comprendre pourquoi les infections se produisent et persistent.

Jusqu'à la dernière découverte du laboratoire de Konkel, les fonctions des protéines de la bactérie et la manière dont elles infectent la cellule étaient largement inconnues.

«Nous savions que ces choses se produisaient, mais nous ne savions pas comment», a dit Negretti. «Maintenant, si nous pouvons arrêter ce processus, la maladie ne se produira pas.»

Le travail a été financé par une subvention de 1,9 million de dollars sur 5 ans des National Institutes of Health et s'appuie sur deux décennies de recherche au la boratoire de Konkel..

Le plus souvent connu pour des nausées, des vomissements et de la diarrhée sanglante qui l'accompagnent, une fois ingéré, Campylobacter jejuni sécrète des protéines qui s'infiltrent dans les cellules tapissant le tractus intestinal, ce qui lui permet de se cacher du système immunitaire.

La bactérie est responsable de 400 à 500 millions de cas de diarrhée par an, et l'Organisation mondiale de la santé la reconnaît comme une menace sérieuse en raison de sa résistance aux antibiotiques.

L’infection est également corrélée à un retard de croissance linéaire chez les enfants pauvres et, dans les pays développés, à une incidence plus élevée du syndrome de Guillain-Barré, lorsque le système immunitaire du corps attaque les nerfs.

La recherche était un effort de collaboration de sept ans, utilisant les dernières méthodes de biologie moléculaire et de biochimie.

Le travail a été réalisé en partenariat avec les chercheurs Geremy Clair et Joshua Adkins du Pacific Northwest National Laboratory. En utilisant la spectroscopie de masse, Adkins et Clair ont pu étudier l'interaction protéine-protéine qui a aidé les chercheurs de la WSU à se concentrer et à découvrir la cible de la CiaD.

Konkel a dit que la recherche n'aurait pas été achevée sans le boursier en postdoc Prabhat Talukdar et les étudiants diplômés Courtney Klappenbach et Cody Lauritsen menant les travaux jusqu'à leur dernière étape au milieu de la pandémie.

Aujourd'hui, les chercheurs espèrent que les travaux déboucheront sur des solutions concrètes, en particulier pour trouver des moyens d'empêcher le pathogène de retarder la croissance des enfants.

«Avec cette découverte, nous pouvons supposer que des processus comme celui-ci qui affectent la cellule pourraient avoir un impact sur la capacité de la cellule intestinale à former les structures appropriées pour absorber les nutriments», a dit Negretti. «Bien qu'il s'agisse d'un niveau de compréhension mécaniste, les réponses à la façon dont la bactérie affecte spécifiquement les cellules du corps pourraient avoir des impacts plus larges sur la compréhension de l'importance de ce pathogène pour la santé publique.»

L'équipe a également hâte d'apprendre les fonctions d'autres protéines sécrétées.

Une percée majeure dans la compréhension de la maladie à C. jejuni a été réalisée en 1999 lorsque le laboratoire de Konkel a découvert que les protéines sont sécrétées par la bactérie. En 2009, la protéine CiaD a été identifiée par Jeffrey Christensen, post-doc au laboratoire.

«Nous avons ensuite identifié que CiaD a été libéré aux cellules hôtes en 2013», a dit Konkel. «Une question majeure au cours des 20 dernières années a été: quelles sont ces protéines sécrétées et que font-elles? Ce n’est que la première protéine à avoir une cible cellulaire identifiée.»