De la la présence de Enterococcus multirésistants et producteurs de biofilms dans la viande vendue au détail, chez les salariés et les consommateurs

Une étude révèle la présence de Enterococcus multirésistants et producteurs de biofilms dans la viande vendue au détail, chez les salariés et les consommateurs « Study Finds Multidrug-Resistant, Biofilm-Forming Enterococcus Across Retail Meat, Workers, Consumers », source Food Safety Magazine Editorial Team.

Une nouvelle étude publiée dans la revue Nature a examiné les bactéries du genre Enterococcus à l'interface entre l'aliment et l'homme ; elle a mis en évidence une prévalence élevée de multirésistance aux antibiotiques (MRA), une résistance aux antimicrobiens (RAM) et dex gènes de virulence. Elle a également révélé une capacité importante à former des biofilms chez les isolats provenant de viandes vendues au détail, chez les salariés du secteur de la distribution et chez les consommateurs. Les similitudes génétiques entre les isolats issus de différentes sources suggèrent que la chaîne alimentaire constitue une interface potentielle pour la transmission d'espèces de Enterococcus résistantes aux antimicrobiens.

Plus précisément, l'étude s'est penchée sur Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium, des bactéries largement répandues dans divers environnements : tractus gastro-intestinal de l'homme et des animaux d'élevage (volaille, bovins), sols, eaux et produits alimentaires. E. faecalis et E. faecium peuvent également servir de réservoirs pathogènes pour la RAM transmise par la chaîne alimentaire.

Des chercheurs de l'université de Zagazig et de l'Institut de recherche sur la santé animale (Animal Health Research Institute) en Égypte ont mené une analyse intégrée selon l'approche Une seule santé (One Health). Cette étude a établi un lien entre la contamination des aliments, l'exposition professionnelle et la colonisation humaine, en s'appuyant sur des isolats de Enterococcus prélevés sur la viande vendue au détail, chez des salariés des marchés et chez des consommateurs.

Les chercheurs ont recueilli 250 prélèvements entre avril et juin 2025, dont 150 échantillons de viande vendue au détail (répartis équitablement entre du poulet, du bœuf et de la viande de chameau) et 100 prélèvements de selles humaines provenant de 50 salariés du secteur de la distribution au détail et de 50 consommateurs.

Au total, 50 isolats de Enterococcus ont été obtenus, ce qui représente 20 % des échantillons. La viande bovine présentait la prévalence la plus élevée (30 %), suivie du poulet (26 %) et de la viande de chameau (14 %). Parmi les prélèvements humains, la présence de Enterococcus a été détectée chez 16 % des travailleurs du secteur de la distribution et chez 14 % des consommateurs. Seul E. faecalis a été isolée chez les salariés du secteur de la distribution (16 %), tandis que E. faecium était le plus fréquent chez les consommateurs (12 %).

Détection de taux élevés de multirésistance aux antibiotiques

Les chercheurs ont évalué 27 isolats de E. faecalis et 23 isolats de E. faecium face à 14 antibiotiques représentant neuf classes de médicaments différentes.

Une multirésistance a été observée chez 88 % des isolats. La résistance la plus élevée concernait la rifampicine (94 % des isolats), suivie de l'érythromycine et de la tétracycline (88 % pour chacune). Une résistance au triméthoprime/sulfaméthoxazole a été signalée chez 54 % des isolats. Une résistance modérée a été observée pour plusieurs fluoroquinolones, notamment la ciprofloxacine (34 %), la norfloxacine (32 %) et la lévofloxacine (24 %).

En revanche, une résistance à la vancomycine n'a été détectée que chez 8 % des isolats, tandis qu'une résistance à la pénicilline et à la gatifloxacine a été observée chez respectivement 16 % et 12 % d'entre eux. Au total, 44 des 50 isolats ont été classés comme multirésistants (MDR) et un isolat présentait une résistance étendue aux antibiotiques.

La majorité des isolats de Enterococcus formaient des biofilms

La formation de biofilms a été observée chez 68 % des isolats de E. faecalis et de E. faecium. Les isolats formant des biofilms de manière modérée représentaient 38 % du total, tandis que 22 % étaient de faibles producteurs et 8 % de forts producteurs. Les 32 % restants ne formaient pas de biofilms.

Les chercheurs ont noté que la formation de biofilms pouvait contribuer à la persistance de Enterococcus spp. dans les environnements de transformation alimentaire. Les biofilms peuvent favoriser la survie bactérienne dans des conditions défavorables et faciliter le transfert horizontal de gènes de résistance aux antimicrobiens (RAM) et de virulence.

La parenté génétique suggère une interface potentielle entre les aliments et l'homme

À l'aide de la technique RAPD-PCR, les chercheurs ont évalué la parenté génétique entre les isolats provenant de la viande, des employés et des consommateurs. Cinq groupes principaux et cinq profils RAPD distincts ont été identifiés. Les isolats provenant de la viande, du personnel de vente et des consommateurs étaient répartis au sein des mêmes clusters et profils ; selon les chercheurs, cela indiquait une parenté génétique entre les isolats de différentes origines et suggérait une possible transmission croisée à l'interface entre l'aliment et l'humain.

Toutefois, les auteurs ont souligné que ces résultats ne permettaient pas d'établir une transmission directe. L'étude reposait sur un échantillonnage de convenance, portait sur un nombre relativement restreint d'isolats et suivait un plan d'étude transversal. Les chercheurs ont indiqué que des approches offrant une meilleure résolution, telles que le séquençage du génome entier (WGS), seraient nécessaires pour confirmer la dynamique de transmission dans de futures études.

Ils ont conclu que la coexistence de la multirésistance aux antibiotiques, de déterminants de virulence, de la formation de biofilms et d'une parenté génétique entre les isolats d'origine alimentaire et humaine justifie l'importance d'une surveillance de Enterococcus spp. dans une optique Une seule santé (One Health). Ils ont préconisé une amélioration de l'hygiène lors de la manipulation de la viande, en particulier l'hygiène des mains du personnel, ainsi qu'une surveillance systématique de l'antibiorésistance chez les animaux destinés à la production alimentaire et dans la viande vendue au détail.

Le CDC rapporte un pic des infections causées par Salmonella multirésistants

«Le CDC rapporte un pic des infections causées par Salmonella multirésistants», source article de Chris Dall paru le 9 novembre 2023 dans CIDRAP News.

Les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) ont rapporté que les infections humaines causées par une souche multirésistante au antibiotiques (MDR) de Salmonella liée au Mexique ont augmenté de manière significative en 2021 et 2022.

Dans un article publié dans Morbidity and Mortality Weekly Report, des enquêteurs du CDC, du ministère américain de l'Agriculture et de plusieurs services de santé publique étatiques et locaux ont déclaré que le nombre d'isolats cliniques d'une souche MDR de Salmonella enterica Newport a doublé en 2021 par rapport à la référence 2018 à 2020 et est restée élevée en 2022. La souche, qui a été identifiée pour la première fois aux États-Unis en 2016, est liée aux voyages au Mexique, à la consommation de fromage obtenu au Mexique et de viande bovine du Mexique et des États-Unis.

La souche, nommée REPJJP01, a désormais été détectée dans les 50 États et dans le District de Columbia et a provoqué plusieurs épidémies dans plusieurs États.

Souche liée au Mexique

De juin 2018 à mars 2019, une épidémie dans plusieurs États causée par la souche REPJJP01 a entraîné 255 cas d’infection et 60 hospitalisations. L'enquête sur cette épidémie a révélé que les infections, dont 43% concernaient des personnes ayant voyagé au Mexique, étaient liées au fromage à pâte molle de style mexicain obtenu au Mexique.

Mais les enquêteurs ont également trouvé des liens avec des produits bovins du Mexique et des États-Unis, ce qui suggère que la souche était présente chez les bovins des deux pays.

Les auteurs de l’article ont dit qu'une augmentation des rapports de REPJJP01 dans la base de données PulseNet du CDC - le réseau national de sous-typage pour la surveillance des maladies bactériennes d'origine alimentaire - en 2021 a déclenché une autre enquête, qui impliquait le séquençage du génome entier d'isolats cliniques et des entretiens avec des patients pour obtenir des informations sur les voyages et l’exposition alimentaire.

Les 641 isolats humains obtenus en 2021 et 2022 représentaient plus du double du nombre annuel de référence de cas détectés de 2018 à 2020 (315). Mais les auteurs disent que le nombre de cas de maladie est probablement plus élevé, avec environ 29 cas à Salmonella pour chaque cas confirmé par culture.

Sur les 1 282 personnes présentant des infections confirmées par culture causées par REPJJP01 en 2021 et 2022, 56% étaient hispaniques ou latino-américaines. Sur les 721 patients qui avaient des antécédents de voyage connus, 48% ont déclaré avoir voyagé au Mexique au cours du mois précédant le début de la maladie. Onze patients qui n'ont déclaré aucun voyage ont dit avoir mangé des aliments, notamment du queso fresco et du bœuf séché, achetés au Mexique par leur famille ou leurs amis.

Sur les 721 patients disposant de données d'hospitalisation, 247 (33%) ont été hospitalisés et 2 sont décédés. La grande majorité des isolats de patients (1 141, 89%) étaient résistants ou avaient une sensibilité réduite à au moins un antibiotique recommandé pour le traitement, et 1 110 (87%) étaient MDR.

«Le taux d'hospitalisation élevé est cohérent avec les études indiquant que les patients atteints d'infections à Salmonella résistantes aux antimicrobiens sont plus susceptibles d'être hospitalisés», ont écrit les auteurs. «L'augmentation des infections par cette souche MDR est préoccupante car elle limite les options de traitement, a des conséquences plus graves et crée des opportunités de propagation des gènes de résistance.»

Plusieurs voies de transmission

Une enquête supplémentaire sur deux épidémies dans plusieurs Etats en 2021 a révélé que la viande bovine, y compris le viande bovine séchée, était un véhicule suspecté dans l'une des épidémies. Un échantillon de viande hachés bovine ayant une souche de Salmonella Newport qui était génétiquement impossible à distinguer des isolats cliniques était le véhicule confirmé dans l'autre foyer. La plupart des 25 isolats analysés provenant de bovins (produits bovins et échantillons de caecaux) étaient résistants et 65% étaient MDR.

Les résultats indiquent que la souche a plusieurs voies de transmission.

«Cette souche pourrait se propager aux États-Unis par le biais de voyageurs revenant du Mexique, de bovins nés ou élevés au Mexique et abattus aux États-Unis, ou de viande bovine ou de fromage importés du Mexique», ont écrit les auteurs. «La souche REPJJP01 pourrait également se propager aux États-Unis par l'intermédiaire d'animaux ou de produits bovins.»

Salmonella est à l'origine d'environ 1,35 million de maladies et de 26 500 hospitalisations aux États-Unis chaque année.

Le CDC dit qu'il continue de travailler avec les services de santé locaux et étatiques afin d’identifier les sources d'infection. En attendant, il exhorte les cliniciens à être conscients du potentiel de multirésistance aux médicaments chez les voyageurs vers le Mexique atteints de salmonellose, et avertit les consommateurs de suivre les pratiques de sécurité des aliments à l'étranger, comme éviter la viande bovine ou d'autres aliments vendus par des vendeurs ambulants.