Un réseau de l’UE met en lumière les principaux problèmes microbiens

«Un réseau de l’UE met en lumière les principaux problèmes microbiens», source article paru dans Food Safety Newsr du 26 novembre 2023.

E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), Taenia solium et les produits à base de plantes figuraient parmi les sujets abordés lors de la dernière réunion d'un réseau européen axé sur l'évaluation des risques.

Le Réseau scientifique sur l'évaluation des risques microbiologiques (MRA Network) comprend 25 États membres ainsi que la Suisse et la Norvège en tant qu'observateurs. Il est coordonné par l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA).

Divers sujets ont été présentés lors d'une réunion en octobre 2023, notamment la pathogénicité des STEC, les risques dus aux pannes de courant, le chauffage et le stockage réfrigéré des œufs, le lait des fermes laitières atteint de botulisme, les œufs de Echinococcus sur des baies, Salmonella dans la chaîne porcine, les voies de transmission de Campylobacter, Listeria monocytogenes dans les aliments prêts à consommer, Enterobacteriaceae pathogènes dans des gâteaux et une mise à jour sur une épidémie à Taenia solium.

E. coli et botulisme

L'Agence de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) revient sur son avis de 2017 sur le pouvoir pathogène des STEC. Sur la base de l'analyse des données de surveillance de 2017 à 2021, l'agence a proposé une nouvelle classification des souches de STEC selon leur potentiel de virulence. Cette classification prend en compte l'association de souches à des formes sévères d'infection comme le syndrome hémolytique et urémique (SHU), qui attaque les reins, et entraîne des diarrhées sanglantes.

Les souches STEC dotées des gènes stx2a et/ou stx2d et des gènes d'adhésion, eae ou aggR, sont les plus susceptibles de provoquer le SHU. Les souches eae ou aggR négatives avec des variants stx2a et/ou stx2d ont également un potentiel élevé de provoquer le SHU, en particulier chez les adultes. Les souches portant d'autres sous-types du gène stx sont moins fréquemment associées au SHU et se retrouvent principalement chez les patients souffrant de diarrhée sanglante et de diarrhée.

En 2023, Salmonella Enteritidis a été retrouvé chez des poules pondeuses pour la première fois depuis des décennies en Suède. Des millions d'œufs ont été rappelés et au moins 79 personnes étaient malades. Une étude a évalué si les œufs à la coque provenant de lots rappelés pouvaient toujours être consommés sans danger. Si le jaune est crémeux mais ferme, une température d'au moins 65°C suffira à tuer Salmonella Enteritidis.

L'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques (BfR) a évalué le risque de contracter le botulisme lors de la consommation de produits laitiers si l'on transforme du lait de vaches saines provenant d'une ferme présentant des cas de botulisme dans le troupeau laitier.

L'agence a constaté que le risque de contracter le botulisme en consommant du lait et des produits laitiers était très faible. Il a conseillé aux consommateurs de ne pas conserver le lait cru sans réfrigération et de faire bouillir le lait cru de la ferme avant de le boire.

Trois cas de cysticercose neurologique causée par Taenia solium ont été détectés chez des enfants à Lier, Belgique. Les enfants concernés ont été diagnostiqués en 2023, ils n’avaient pas d’antécédents de voyage et le seul lien est qu’ils fréquentent la même école, bien qu’ils soient dans des classes différentes car ils ont des âges différents. En octobre, un quatrième enfant infecté par le ténia du porc a été découvert. Ils ne présentaient aucun symptôme de maladie mais ont été examinés par mesure de précaution.

L'infection s'est probablement produite il y a plus d'un an. L'enquête se concentre sur les personnes en contact avec les enfants à l'école, notamment celles qui manipulent leurs aliments, mais pas sur les aliments eux-mêmes.

Pathogènes dans les produits à base de végétaux

La prévalence et le potentiel de croissance de Listeria monocytogenes ont été évalués dans une étude portant sur trois catégories d'aliments prêts à consommer préemballés à base de végétaux sur le marché belge – garnitures végétaliens et végétariens de sandwichs en tranches, légumes verts à feuilles fraîchement découpés et bols à salade multi-ingrédients.

Les experts ont également discuté des risques associés aux substituts de produits laitiers et de viande à base de plantes. Quatre foyers ont été couverts en raison des alternatives au fromage, trois étant causés par Salmonella et un par Listeria. Les représentants irlandais ont demandé un échange d'études sur le sujet suite à un rappel dans le pays lié à une épidémie de listériose provoquée par un fromage végétalien.

Une étude européenne a identifié l'ADN des parasites Echinococcus multilocularis et Echinococcus granulosus sensu lato sur des laitues et des baies de plusieurs pays de l'UE, y compris des échantillons de baies des Pays-Bas. Bien que les résultats représentent une étape importante vers la compréhension de la contribution des sources alimentaires aux infections humaines, la viabilité des œufs n'a pas pu être évaluée.

États-Unis : Facteurs de risque des infections à Escherichia coli producteurs de shigatoxines non-O157

«États-Unis : Facteurs de risque des infections à Escherichia coli producteurs de shigatoxines non-O157», source Emerging Infectious Diseases.

Article très intéressant dont je vous livre le résumé et la conclusion, faute de temps, les mesures de maîtrise proposées sont draconiennes ...

Résumé

Escherichia coli producteurs de shigatoxines(STEC) provoque des maladies diarrhéiques aiguës. Pour déterminer les facteurs de risque des infections à STEC non-O157, nous avons recruté 939 patients et 2 464 témoins sains dans une étude cas-témoin menée dans 10 sites américains. 

Les fractions les plus élevées attribuables à la population pour les infections contractées au pays concernaient la consommation de laitue (39%), de tomates (21%) ou dans un lieu de restauration rapide (23%). 

Les expositions avec des fractions attribuables à la population de 10% à 19% comprenaient manger dans un restaurant avec service à table, manger de la pastèque, manger du poulet, du porc, du bœuf ou de la laitue iceberg préparés dans un restaurant, manger des fruits exotiques, prendre des médicaments anti-acide et vivre ou travailler sur ou visiter une exploitation agricole. Les expositions importantes à haut risque au niveau individuel (odds ratio > 10) chez les personnes de plus d'un an qui n'ont pas voyagé à l'étranger provenaient toutes d'animaux d'élevage.

En conclusion, les infections sporadiques à STEC non-O157 étaient associées à une grande variété d'expositions associées à l'environnement des aliments et des animaux d'élevage, reflétant un portage répandu par les animaux. Comme pour Salmonella, les STEC non-O157 sont un groupe diversifié de micro-organismes, largement distribués chez les animaux producteurs de denrées alimentaires et sauvages ; de nombreux aliments contaminés par des excréments d'animaux transmettent ces agents pathogènes. Par conséquent, les infections à STEC non-O157 pourraient être mieux prévenues par des améliorations généralisées des systèmes de sécurité des aliments. 

Pour avoir le plus grand effet dans la réduction de l'incidence de ces infections, les mesures de maîtrise devraient se concentrer sur la diminution de la contamination des produits consommés crus, en particulier la laitue, ainsi que sur l'amélioration de la sécurité des aliments consommés dans les restaurants et la diminution de la transmission à partir des environnements animaux. 

De telles mesures réduiraient également les maladies causées par d'autres pathogènes entériques. Les mesures de maîtrise qui pourraient être efficaces comprennent la diminution du transport d'agents pathogènes par les animaux destinés à l'alimentation, la diminution de la contamination des environnements agricoles par les matières fécales des animaux destinés à l'alimentation et la diminution de la contamination des aliments d'origine animale à l'abattage. 

La transmission directe à partir de l'environnement des animaux d’élevagee pourrait être réduite en améliorant l'hygiène des mains ; par exemple, en concevant des systèmes dans lesquels le lavage des mains est le comportement par défaut après une exposition à ces environnements.

L'impact de la COVID-19 a été plus faible pour les pathogènes d'origine alimentaire en Angleterre

«L'impact de la COVID-19 a été plus faible pour les pathogènes d'origine alimentaire en Angleterre», source article de Joe Whitworth paru le 25 mars 2022 dans Food Safety News.

Les épidémies d'infections gastro-intestinales ont diminué de moitié au cours des six premiers mois de la pandémie de COVID-19 en Angleterre, mais les pathogènes bactériens ont le moins diminué, selon une étude.

Par rapport à la moyenne sur 5 ans de 2015 à 2019, il y a eu une diminution de 52% de ces épidémies au premier semestre 2020, passant de 3 208 à 1 544.

Il y a également eu une baisse de 34% des cas confirmés en laboratoire, passant de 42 495 à 27 859.

Les changements peuvent refléter une réduction réelle ou être dus à une modification de l'offre de soins de santé, à un comportement de recherche de soins ou à des pratiques d’analyses des laboratoire, a révélé l'étude publiée dans BMJ, Impact of the COVID-19 pandemic on gastrointestinal infection trends in England, February-July 2020. L’article est disponible en intégralité.

Maintenir l'élan

Les actions de santé publique visant à ralentir la propagation de la COVID-19, telles que l'amélioration de l'hygiène des mains, ont joué un rôle clé, mais plusieurs autres facteurs ont également eu un impact sur les données, ont dit les chercheurs. Les mesures de contrôle comprenaient une meilleure hygiène des mains, une réduction des contacts sociaux, une distanciation sociale, un nettoyage environnemental accru et la fermeture des locaux.

Ils ont ajouté que si ce niveau d'hygiène était maintenu une fois la pandémie terminée, il pourrait y avoir une réduction permanente des infections gastro-intestinales. Les preuves suggèrent que les pathogènes bactériens, qui sont plus souvent d'origine alimentaire et moins influencés par l'hygiène et la distanciation sociale, ont été moins touchés.

Les chercheurs ont utilisé les données de sept systèmes de surveillance anglais coordonnés par la UK Health Security Agency (UKHSA), anciennement Public Health England, et les données de Google Trend, de janvier à août 2020.

Les signalements de norovirus ont le plus chuté tandis que Salmonella et Cryptosporidium ont également diminué. La proportion de patients confirmés en laboratoire avec Giardia, E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) et Listeria pendant la période d'épidémie de la COVID est restée comparable, tandis que les rapports à propos de Campylobacter ont augmenté.

Salmonella a probablement été réduit par les directives du gouvernement sur les voyages à l'étranger non essentiels. Campylobacter a été moins impacté que d'autres pathogènes, bien que les explications possibles des réductions initiales incluent les fermetures d'entreprises alimentaires et l'amélioration de l'hygiène limitant le risque de contamination croisée, selon les chercheurs.

Les rapports sur les épidémies dans les magasins d'alimentation ont également diminué avant le confinement et sont restés faibles jusqu'à la réouverture des pubs et des restaurants pour les clients allant au restaurant.

De nombreux facteurs à l'origine de l'évolution des données

Au cours de la phase pré-épidémique de la COVID, des semaines 1 à 4, les épidémies gastro-intestinales signalées étaient comparables aux chiffres historiques. À partir de la semaine 7, appelée phase précoce de l'épidémie, il y a eu une diminution de 22% des épidémies par rapport à la moyenne sur 5 ans de 651 à 510. Cette tendance s'est poursuivie avec une réduction de 87% des épidémies gastro-intestinales pendant la phase de confinement tardif des semaines 19 à 22; sur une moyenne sur 5 ans, cela va de 350 à 46 foyers de cas.

Au cours de la période de réponse à la COVID-19, il y a eu une réduction significative des épidémies parasitaires de 32 à deux et des épidémies bactériennes de 97 à 51.

En termes de patients, une diminution des rapports est apparue à partir de la semaine 10, la phase de pré-confinement avec un minimum de 2 859 cas entre les semaines 13 et 18 dans la phase de confinement précoce représentant une diminution de 66% sur la moyenne sur 5 ans de 8 345.

Les cas confirmés en laboratoire ont commencé à augmenter à partir de la semaine 16, reflétant la tendance saisonnière historique de l'activité des pathogènes gastro-intestinaux, malgré des nombres restant nettement inférieurs à la moyenne.

Les données de Google Trends ont montré que la recherche de phrases clés, telles que «intoxication alimentaire», «gastro-entérite» et «microbe de maladie», ont toutes chuté entre les semaines 11 et 13, tandis que les mots-clés pour «lavage des mains» et «désinfection» ont considérablement augmenté entre les semaines 8 et 14.

Les chercheurs ont déclaré qu'il y avait eu un changement dans les tendances des infections pendant la pandémie de COVID-19.

«Les moteurs de ce changement seront probablement multifactoriels; alors que les changements dans les comportements de recherche de soins, la pression sur les services de diagnostic et la vérification du système de surveillance ont sans aucun doute joué un rôle, il y a probablement eu une véritable diminution de l'incidence de certains agents pathogènes résultant des mesures de contrôle et des restrictions mises en œuvre», selon le rapport de recherche.

Commentaire

C’est une étude intéressante et notons que nos amis britanniques ne se posent pas la question existententielle en France de savoir si c’est une gastro ou une intoxication alimentaire, sachant d’une intoxication alimentaire est une maladie gastro-intestinale.

Aux lecteurs du blog

Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

Des points de carbone (carbon dots) photo-activés pour l’inactivation de pathogènes d’origine alimentaires

Photo d'illustration

Un article vient paraître dans Applied and Environmental Microbiology qui a pour titre, Photo-Activated Carbon Dots for Inactivation of Foodborne Pathogens Listeria and Salmonella (Carbon Dots photo-activés pour l’inactivation de pathogènes d’origine alimentaires Listeria et Salmonella)

Résumé

Les pathogènes d'origine alimentaire sont depuis longtemps reconnus comme des défis majeurs pour l'industrie alimentaire et impliqués à plusieurs reprises dans les rappels de produits alimentaires et les épidémies de maladies d'origine alimentaire. Cette étude a démontré l'application d'une classe récemment découverte de nanoparticules activées de carbone à lumière visible, à savoir des points de carbone (carbon dots ou Cdots*, voir la fiche Wikipédia en anglais sur Carbon quantum dots), pour l'inactivation photodynamique des pathogènes d'origine alimentaire. Les résultats ont démontré que les CDots étaient très efficaces dans la photo-inactivation de Listeria monocytogenes dans les suspensions et sur les surfaces en acier inoxydable. Cependant, il étaient beaucoup moins efficaces pour les cellules de Salmonella, mais les traitements avec une concentration de CDots plus élevée et une durée plus longue étaient toujours capables d'inactiver les cellules de Salmonella. Les implications mécanistiques des différents effets antibactériens observés sur les deux types de cellules ont été discutées, et la génération associée d'espèces réactives de l'oxygène intracellulaires, la peroxydation lipidique résultante et la fuite d'acide nucléique et de protéines des cellules traitées ont été analysées, avec des résultats qui suggèrent collectivement les CDots comme une classe d' d'inactivation photodynamiques prometteurs pour les pathogènes d'origine alimentaire.

Importance

Les maladies infectieuses d'origine alimentaire sont reconnues depuis longtemps comme des défis majeurs en santé publique. Les installations et équipements de transformation des aliments sont souvent contaminés par des pathogènes d'origine alimentaire. Il existe un besoin critique de nouveaux outilset/approcou hes pour maîtriser les pathogènes et prévenir de telles contaminations dans les installations de transformation des aliments et dans d'autres contextes.

Cette étude rapporte une nouvelle plate-forme de nanomatériaux antimicrobiens, des points de carbone (CDots) couplés à de la lumière visible et/ou naturelle, pour une inactivation efficace et efficiente des pathogènes bactériens d'origine alimentaire représentatifs. L'étude contribuera à promouvoir l'application pratique des CDots en tant que nouvelle classe d’agents prometteurs d'inactivation photodynamique à base de nanomatériaux pour les pathogènes d'origine alimentaire.

*On pourra aussi lire la thèse de Mickaël Claude, Carbon dots : synthèse pour des études toxicologiques et développement d’outils théranostiques (2018), afin de mieux comprendre ce que sont les carbon dots.

Avis aux lecteurs

Au cours de la semaine du 20 au 25 septembre 2021, il y a eu 58 rappels.

Voici une liste des rappels du 24 et 25 septembre 2021: 20 produits

- oxyde d’éthylène: 13

- Listeria monocytogenes: 2, salade de lentilles tofu bio, boudin noir aux oignons,

- E. coli (E. coli entérohémorragique): 1, burrata di buffala

- STEC O103:H2: 1, Valençay AOP

- défaut de scellage: 3, carottes râpées maraîchères (à noter aussi deux rappels le 25 septembre, rattrapge, curiosité ?)

Comparaison du nombre d'agents pathogènes dans les composts de jardin et commerciaux

«Comparaison du nombre d'agents pathogènes dans les composts de jardin et commerciaux», source communiqué de Carl R. Woese Institute for Genomic Biology, University of Illinois à Urbana-Champaign.

Le compost, une matière organique ajoutée au sol pour aider les plantes à pousser, est largement utilisé par les jardiniers car il améliore la santé du sol et réduit la quantité de déchets organiques dans les décharges. Bien que plusieurs études se soient penchées sur les composts commerciaux, très peu ont étudié des échantillons de compost de jardin. Dans une nouvelle étude, des chercheurs ont mesuré le nombre d'agents pathogènes dans les deux types de compost.

«La principale différence entre le compost de jardin et le compost commercial est la composition. Le compost de jardin est fabriqué à partir de matières issues de plantes comme les restes de légumes et le marc de café, car les didacticiels en ligne les recommandent. De plus, les matières d'origine animale sont plus difficiles à composter. D'un autre côté, de nombreux composts commerciaux sont fabriqués à partir de fumier de ferme», a dit Yuqing Mao, une étudiante au laboratoire d’Helen Nguyen.

Quelle que soit la source, le processus de compostage élimine généralement, mais pas toujours, les agents pathogènes car il implique plusieurs étapes de chaleur élevée. «Certains agents pathogènes peuvent survivre, soit parce qu'ils sont résistants à la chaleur, soit parce qu'ils sont introduits à un stade ultérieur», a déclaré Mao.

Les chercheurs ont collecté des échantillons de compost de jardin auprès de deux jardiniers d'Urbana-Champaign et ont utilisé six types de compost commercial, achetés au supermarché. Ils ont également utilisé deux échantillons témoins : un sol qui n'a jamais été traité avec du compost et un compost immature, qui n'a pas subi le traitement à haute température. Ils ont extrait des échantillons d'ADN et utilisé la qPCR pour identifier et mesurer l'abondance de gènes spécifiques.

«Nous avons examiné les agents pathogènes d'origine aérienne et alimentaire. Les personnes sont généralement plus préoccupées par ces derniers car ils utilisent le compost pour faire pousser des légumes», a dit Mao. Les chercheurs ont examiné les agents pathogènes d'origine alimentaire Escherichia coli et Salmonella enterica et les agents pathogènes aéroportés Mycobacterium spp., Legionella pneumophila et Pseudomonas aeruginosa. Étant donné que les bactéries ont de très longues séquences d'ADN, l'étude s'est concentrée sur des marqueurs génétiques, des gènes uniques à chaque organisme.

«Nous n'avons trouvé aucune Salmonella dans nos échantillons et E. coli n'était présent que dans l'échantillon de compost immature, ce qui signifie que si le compost est fait correctement, il est peu probable qu'il soit contaminé par des agents pathogènes d'origine alimentaire», a dit Mao. «D'un autre côté, nous avons constaté que L. pneumophilia était présent dans quatre des échantillons commerciaux mais pas dans les autres échantillons. Les deux autres agents pathogènes en suspension dans l'air ont été retrouvés dans des échantillons de compost de jardin et commercial.»

Malheureusement, la méthode qPCR ne permet pas de faire la distinction entre les pathogènes vivants et morts. Les chercheurs espèrent pouvoir améliorer la méthode pour détecter uniquement les cellules viables afin de mieux évaluer la menace pour l'homme. De plus, ils aimeraient étudier plus d'échantillons pour valider leurs conclusions.

Le groupe a également examiné le nombre de gènes de résistance aux antibiotiques dans les échantillons. Les communautés bactériennes qui ont des fréquences plus élevées de ces gènes sont plus susceptibles de les propager, ce qui entraîne un problème dangereux. «Dans l'ensemble, les échantillons de compost immatures ont la plus grande abondance de gènes de résistance aux antibiotiques, ce qui indique que la chaleur élevée pendant le compostage peut dégrader certains de ces gènes», a dit Mao.

On ne sait pas exactement comment les agents pathogènes en suspension dans l'air se retrouvent dans les échantillons de compost. Les chercheurs tentent désormais de mieux comprendre la source de la contamination afin de contribuer à protéger les jardiniers. «Nous voulons également examiner quelles conditions de compostage fonctionnent le mieux pour éliminer ces agents pathogènes et les gènes de résistance aux antibiotiques» a dit Helen Nguyen (IGOH), professeur en génie civil et environnemental.

Mao a préparé un ensemble de directives pour les jardiniers qui souhaitent utiliser le compostage de fumier animal, qui peuvent être trouvés ici.

L'article «Quantification of pathogens and antibiotic resistance genes in backyard and commercial compost» a été publié dans Science of The Total Environment. Neslihan Akdeniz, professeur en génie agricole et biologique, est co-auteur de l'article et a apporté son expertise en matière de compostage avec du fumier de bétail.

L’étude a été financée par l'Institute for Sustainability, Energy, and Environment de l'Université de l'Illinois Urbana-Champaign, le National Institute of Food and Agriculture, l'Environmental Protection Agency et l’USDA.