États-Unis : Facteurs de risque des infections à Escherichia coli producteurs de shigatoxines non-O157

«États-Unis : Facteurs de risque des infections à Escherichia coli producteurs de shigatoxines non-O157», source Emerging Infectious Diseases.

Article très intéressant dont je vous livre le résumé et la conclusion, faute de temps, les mesures de maîtrise proposées sont draconiennes ...

Résumé

Escherichia coli producteurs de shigatoxines(STEC) provoque des maladies diarrhéiques aiguës. Pour déterminer les facteurs de risque des infections à STEC non-O157, nous avons recruté 939 patients et 2 464 témoins sains dans une étude cas-témoin menée dans 10 sites américains. 

Les fractions les plus élevées attribuables à la population pour les infections contractées au pays concernaient la consommation de laitue (39%), de tomates (21%) ou dans un lieu de restauration rapide (23%). 

Les expositions avec des fractions attribuables à la population de 10% à 19% comprenaient manger dans un restaurant avec service à table, manger de la pastèque, manger du poulet, du porc, du bœuf ou de la laitue iceberg préparés dans un restaurant, manger des fruits exotiques, prendre des médicaments anti-acide et vivre ou travailler sur ou visiter une exploitation agricole. Les expositions importantes à haut risque au niveau individuel (odds ratio > 10) chez les personnes de plus d'un an qui n'ont pas voyagé à l'étranger provenaient toutes d'animaux d'élevage.

En conclusion, les infections sporadiques à STEC non-O157 étaient associées à une grande variété d'expositions associées à l'environnement des aliments et des animaux d'élevage, reflétant un portage répandu par les animaux. Comme pour Salmonella, les STEC non-O157 sont un groupe diversifié de micro-organismes, largement distribués chez les animaux producteurs de denrées alimentaires et sauvages ; de nombreux aliments contaminés par des excréments d'animaux transmettent ces agents pathogènes. Par conséquent, les infections à STEC non-O157 pourraient être mieux prévenues par des améliorations généralisées des systèmes de sécurité des aliments. 

Pour avoir le plus grand effet dans la réduction de l'incidence de ces infections, les mesures de maîtrise devraient se concentrer sur la diminution de la contamination des produits consommés crus, en particulier la laitue, ainsi que sur l'amélioration de la sécurité des aliments consommés dans les restaurants et la diminution de la transmission à partir des environnements animaux. 

De telles mesures réduiraient également les maladies causées par d'autres pathogènes entériques. Les mesures de maîtrise qui pourraient être efficaces comprennent la diminution du transport d'agents pathogènes par les animaux destinés à l'alimentation, la diminution de la contamination des environnements agricoles par les matières fécales des animaux destinés à l'alimentation et la diminution de la contamination des aliments d'origine animale à l'abattage. 

La transmission directe à partir de l'environnement des animaux d’élevagee pourrait être réduite en améliorant l'hygiène des mains ; par exemple, en concevant des systèmes dans lesquels le lavage des mains est le comportement par défaut après une exposition à ces environnements.

Des données montrent une image mitigée des STEC en Angleterre

«Des données montrent une image mitigée de E. coli en Angleterre», source article de Joe Whitworth paru le 26 avril 2022 dans Food Safety News.

Le nombre d'infections à E. coli O157 a diminué en 2019, mais les cas de non-O157 ont, augmenté et deux personnes sont décédées, selon les chiffres de l'Agence britannique de sécurité sanitaire (UKHSA).

En 2019, 1 720 cas confirmés à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) ont été rapportés en Angleterre et au Pays de Galles. Cinq patients étaient infectés par plusieurs sérogroupes.

Un total de 539 cas confirmés de STEC O157 ont été enregistrés en Angleterre et au Pays de Galles contre 607 en 2018. Cela poursuit une tendance à la baisse observée depuis 2015 et est le chiffre annuel le plus bas depuis 1996.

Sur 515 cas confirmés de STEC O157 en Angleterre, 280 étaient des femmes. Les enfants âgés de 1 à 4 ans étaient les plus touchés. Les femmes avaient une incidence plus élevée dans tous les groupes d'âge, à l'exception de celles âgées de 1 à 4 ans et de 10 à 19 ans.

Au total, 147 personnes ont été hospitalisées avec un séjour à l'hôpital allant de un à 10 jours avec une moyenne de deux jours.

Le syndrome hémolytique et urémique (SHU) est survenu dans 13 cas confirmés et cinq cas probables. Quatre étaient âgés de moins de 5 ans avec une fourchette de 1 à 75 ans. Aucun décès n'a été enregistré parmi les cas de STEC O157. Le SHU est un type d'insuffisance rénale associé aux infections à E. coli qui peut entraîner de graves problèmes de santé tout au long de la vie et la mort.

Dans l'ensemble, 154 cas étaient liés à des voyages. Les principales destinations étaient la Turquie, l'Égypte et Chypre.

Résultats des E. coli non-O157

Augmentation de la détection et du dépistage des STEC non-O157. En 2019, 768 cas de STEC non-O157 à culture positive, dont 655 en Angleterre et 113 au Pays de Galles, ont été rapportés. Sur 5 760 échantillons reçus pour analyses, 1 002 cas de non-O157 ont été confirmés en Angleterre. Parmi ceux-ci, 655 cas positifs à la culture de 72 sérogroupes ont été confirmés.

Le sérogroupe des STEC non-O157 le plus couramment isolé était E. coli O26, suivi de O146, O128ab et O91. Au total, 85 personnes ont été hospitalisées.

Le SHU est survenu chez 22 cas confirmés et un cas probable de STEC non-O157. Parmi ceux-ci, O26 et O145 étaient les principaux sérogroupes isolés.

Sept pour cent des cas confirmés de STEC O26 ont développé un SHU. Les cas variaient de 5 mois à 65 ans et 13 avaient entre 1 et 4 ans. Deux décès ont été rapportés.

Pour 413 cas, les échantillons ont été confirmés comme étant des STEC en analysant kes positifs par PCR pour les gènes de shigatoxines (stx), mais les STEC n'ont pas été cultivés.

Éclosions

Cinq foyers de cas à STEC impliquant 65 personnes en Angleterre ont fait l'objet d'une enquête. Malgré les enquêtes épidémiologiques, il n'a pas été possible de retrouver la source de l'infection. Il y a eu trois cas de SHU associés mais aucun décès.

Quatre éclosions étaient dues à E. coli O157, ce qui signifie qu'elles ont causé 9% des cas confirmés. La plus importante a touché 28 personnes, dont sept en 2020, dont neuf nécessitant des soins hospitaliers.

Une épidémie à STEC O26 a rendu malades 32 personnes, dont 16 en Angleterre et cinq personnes ont été hospitalisées. La souche épidémique n'avait que stx1a et les cas étaient principalement des adultes en bonne santé avec un âge médian de 28 ans.

Aux lecteurs du blog

Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

Une étude écossaise améliore la compréhension des STEC non-O157

« Une étude écossaise améliore la compréhension des STEC non-O157 », source article de Joe Whitworth paru le 24 mars 2020 dans Food Safety News.

Des chercheurs en Écosse ont accru leurs connaissances sur les E. coli producteurs de shigatoxine (STEC) non-O157 dans le pays dans le cadre des travaux sur la gravité des maladies causées par ces souches bactériennes.

La Food Standards Scotland a commandé une étude pour améliorer la compréhension des STEC non-O157. Elle apporte une ressource pour la surveillance et lors de futures éclosions d'infection.

Les STEC non-O157 représentent 30 pour cent de toutes les STEC isolés en Écosse, mais aucune épidémie avec plus de cinq cas n'a été identifiée dans le pays. Les STEC non-O157 sont des souches de E. coli qui produisent également des shigatoxines (stx). Cependant, comme les souches non-O157 peuvent être plus difficiles à détecter, on connaît moins la gravité des maladies qu'elles provoquent. Les shigatoxines sont l'un des principaux facteurs de virulence, qui provoquent la diarrhée, la colite hémorragique et le syndrome hémolytique et urémique (SHU).

Un avis récent de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a révélé que toutes les souches de E. coli producteurs de shigatoxines sont pathogènes et potentiellement associées à une maladie grave.

Sérotypes trouvés

Le laboratoire de référence écossais des E. coli O157/STECS, le SERL, est responsable de l'identification et du typage des E. coli O157 et des autres STEC. En 2017, le SERL a introduit le séquençage du génome entier (WGS) comme principale méthode de typage pour cette étude.

Le SERL a séquencé le génome entier des isolats historiques de patients pour examiner le profil génétique des organismes impliqués dans la maladie en Écosse. Cela comprenait la recherche de différents gènes susceptibles d'être associés à une maladie plus grave, des gènes pouvant conférer une résistance aux antimicrobiens (RAM) et une parenté génétique des différentes souches.

Un total de 522 STEC non-O157 ont été identifiés sur une période de 16 ans et 88 sérotypes différents ont été retrouvés. Les sérotypes les plus courants étaient E. coli O26:H11 et E. coli O103:H2. Ce sont également les principaux sérotypes STEC non O157 en Europe et aux États-Unis. E. coli O145:H28 était le troisième sérotype le plus fréquemment détecté et a été responsable de petites éclosions écossaises.

E. coli O26:H11 représentait 27 pour cent, ou 141 sur 522, de tous les sérotypes observés de février 2002 à février 2018. Les sérotypes suivants les plus courants étaient O103:H2 avec 49 et O145:H28 avec 45. 47 sérotypes ont été retrouvés une seule fois.

Les 5 premiers sérotypes représentent 53% de tous les STEC analysés dans l'étude. E. coli O26 a été détecté chaque année depuis 2002 ; E. coli O103:H2 a été retrouvé chaque année depuis 2005 et E. coli O145:H28 a été identifié chaque année depuis 2007.

Gènes liés à une maladie grave

Les résultats indiquent que les souches non-O157 portant une série de différents types de stx et celles dépourvues du gène eae (intimine) sont capables de provoquer la maladie, montrant que ces marqueurs ne peuvent pas être utilisés isolément pour déterminer la pathogénicité.

Un total de 21 profils de sous-types stx différents ont été détectés. Stx1a seulement était le profil de sous-type le plus courant avec 176 sur 522 ou 33,7%, suivi de stx2a seulement avec 78 et stx2a stx1a avec 60. Près de 8% de la collection écossaise de STEC non-O157 portait le variant stx2f.

Sur les 176 STEC non-O157 hébergeant stx1a, 48,3% étaient O26:H11 et 26,7% étaient O103:H2. Sur 78 isolats ne contenant que du stx2a, 52,5% ou 41 d'entre eux étaient O145:H28.

Au total, 89 gènes de virulence (à l'exclusion des gènes stx) ont été détectés parmi les isolats.

Des gènes de résistance aux aminosides ont été retrouvés dans 85 des 92 isolats présentant une résistance. Des gènes de résistance aux sulfamides ont été retrouvés dans 75 des 92 isolats. Des gènes de résistance aux tétracyclines se sont produits dans 45 isolats. Aucun gène n'a été associé à la résistance à la colistine. Sur 92 isolats porteurs de gènes de résistance, 63 étaient multi-résistants, de même que la résistance à trois classes d'antibiotiques ou plus.

Une deuxième phase du projet va comparer le potentiel de maladie prévu avec les symptômes réels de chaque patient afin de déterminer si une approche d'évaluation du risque moléculaire pourrait appuyer les décisions sur les interventions de santé publique pour l'infection à STEC à l'avenir.

L'étude soutient la recherche de Health Protection Scotland pour comparer le profil génétique des STEC non-O157 dans les cas cliniques du pays avec les symptômes rapportés par ces patients. Cela fournira un aperçu de la gravité de la maladie causée par des souches STEC non-O157, aidant les autorités à avoir une approche moléculaire plus détaillée pour évaluer les risques associés à la détection des STEC dans les aliments.

NB : En 2019, en France métropolitaine, il faut noter une épidémie de SHU pédiatrique à E. coli O26 en lien avec la consommation de fromages Saint Marcellin et Saint Félicien qui a touché 15 enfants et un adulte, selon Santé publique de France. 

Voir ici pour les données 2018 en France du syndrome hémolytique et urémique.

L'Ecosse rapporte une augmentation des cas d'infection à STEC en 2018

« L'Ecosse rapporte une augmentation des infections à STEC en 2018 », source article de Food Safety News adapté par les soins.

Le nombre d'infections à STEC enregistrées en Écosse a augmenté en 2018, selon un rapport sur les données de surveillance fournies par le pays.

Le 20 août 2019, Health Protection Scotland (HPS) a publié le rapport de surveillance intitulé « E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) en Écosse 2018: surveillance renforcée et données du laboratoire de référence ». Globalement, le nombre de cas à E. coli O157/STEC signalés en Écosse a légèrement augmenté en 2018, le nombre de cas à E. coli O157 a diminué et les cas à STEC non-O157 ont augmenté. Les chiffres correspondent aux variations normales attendues d'une année à l'autre.

Les cas d'infection à E. coli O157 ont diminué, tandis que ceux d'infection à E. coli produisant une toxine de Shiga non-O157 ont augmenté. Environ un tiers des personnes infectées ont été admises à l'hôpital pendant au moins une nuit au cours de leur maladie.

Sur les 218 personnes pour lesquelles des informations étaient disponibles, 27% étaient considérées comme ayant contracté l'infection en dehors du Royaume-Uni.

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E. coli O157 en déclin

Les taux d'infection à E. coli O157 en Écosse ont considérablement augmenté au milieu des années 90 et restent élevés par rapport à d'autres pays du Royaume-Uni et de l'Europe.

Health Protection Scotland (HPS) a indiqué que les chiffres reflétaient les variations normales attendues d'une année sur l'autre, mais que les taux étaient toujours élevés et que le tiers des cas nécessitaient un traitement hospitalier et cela renforce la nécessité d'appliquer la série de mesures de maîtrise existantes figurant dans les règles et autres lignes directrices de la sécurité sanitaires des aliments.

En 2018, 156 cas confirmés d'infections à E. coli O157 ont été signalés à HPS, ce qui représente une légère diminution par rapport aux 165 cas l'année précédente et aux 183 cas d’infection en 2016.

La répartition par âge des 156 cas allait de moins d’un an à plus de quatre-vingts ans. Plus de la moitié étaient des femmes, 44% des hommes. Les enfants de moins de 16 ans représentaient 35% des cas et 10% des victimes étaient âgés de plus de 65 ans. Comme on l'a vu les années précédentes, les enfants de moins de cinq ans avaient le taux d'infection le plus élevé.

Les taux d'incidence ont varié d'un bout à l'autre de l'Écosse, comme ils l'ont toujours fait par le passé. Comme dans la plupart des années, les cas ont tendance à atteindre leur maximum en été. La plupart des infections ont eu lieu aux deuxième et troisième trimestres de l'année, avec 64% au cours de cette période.

Comme les années précédentes, les types de phage (PT) 21/28 et PT8 restent les deux plus fréquemment signalés. Cependant, contrairement aux années précédentes, le PT8 a été le plus souvent déclaré (33,3%), contre 18,1% en 2017. Cette évolution fait suite à la tendance à la baisse observée ces dernières années dans la proportion de PT21/28.

Augmentation des STEC non-O157

Les laboratoires de diagnostic recherchent la présence de E. coli O157 dans toutes les matières fécales diarrhéiques et transmettent les isolats au laboratoire écossais de référence pour E. coli O157/STEC aux fins de confirmation et de typage supplémentaire. Les STEC du sérogroupe O157 sont les seuls pour lesquels des analyses standardisées de routine sont effectuées dans les laboratoires de diagnostic. L’identification des STEC non-O157 nécessite la soumission d’échantillons fécaux à haut risque à laboratoire de référence pour investigation.

En 2018, 110 cas à STEC non O157 ont été signalés à HPS, contre 83 cas en 2017 et 82 en 2016. Les cas à STEC non O157 représentaient 41% de tous les rapports sur les STEC.

Trente sérogroupes différents de STEC non-O157 ont été identifiés, dont 19 signalés une seule fois.

STEC O26 était le sérogroupe le plus courant et représentait 34 cas confirmés par culture. Les deux sérogroupes les plus fréquemment signalés, O26 et O145, représentaient 52% de tous les cas de STEC non O157 confirmés en culture.

En 2018, six foyers de cas à E. coli O157 et de STEC ont été signalés;trois avec E. coli O157, deux avec E. coli O145 et un avec E. coli O26. Ce chiffre est comparable au nombre de foyers de 2013 à 2017, avec une moyenne de cinq et une fourchette de trois à neuf incidents par an.

L'année dernière, lors de cinq éclosions, le principal mode de transmission était considéré comme d'origine alimentaire et dans le sixième, il s'agissait d'une combinaison de contamination d'origine alimentaire et de personne à personne.

De l'information sur deux ou trois crises sanitaires en 2018

Retour sur deux ou trois crises sanitaires de 2018 … après la Mise en place d’un site Internet unique pour les retraits et rappels de produits non-conformes.

Pélardon et cas de salmonellose

Le 24 août 2018, Le Parisien.fr rapporte Risque de salmonellose : rappel de fromages «Pélardon».

Le ministère de la Santé demande le rappel des fromages de chèvre « Pélardon » en raison d’une suspicion de contamination à la salmonelle. 

Un rappel de lots de fromages au lait de chèvre « Pélardons » (société Mounier) a été lancé après la découverte d’une vingtaine de cas de salmonellose, ont annoncé ce vendredi les ministères de l’Agriculture et de la Santé. 

L’entreprise Mounier, située à Quézac (Lozère), a procédé le 10 août dernier au retrait de la vente et au rappel de ses fromages de chèvre « Pélardon », à la suite de la mise en évidence de la présence de salmonelles dans ces produits. « Les investigations menées par les autorités sanitaires ont permis de mettre en évidence plusieurs cas de salmonelloses humaines en lien avéré avec la consommation de fromages Pélardon produits par l’entreprise Mounier » rappelle un communiqué de la Direction générale de la Santé. Une vingtaine de cas a été recensée. Toutes les personnes concernées vont bien.

Effectivement, le ministère de la santé indique le 24 août 2019, « Contamination de fromages « Pélardon » de l’entreprise Mounier par des salmonelles : élargissement du retrait-rappel suite à plusieurs cas de salmonelloses ».

Un premier rappel a lieu le 10 août 2018 puis un rappel élargi le 24 août 2018, suite à plusieurs cas de salmonelloses.

On apprend, ce qui confirme l'information du Parisien.fr précitée, « À ce jour, une vingtaine de cas a été recensée. Toutes les personnes concernées vont bien. »

Et puis plus rien jusqu'à la parution le 7 mars 2019 du rapport d'activité de la DGAL 2018 …où l'on apprend stupéfait qu'il y a eu « Une centaine de cas de salmonelloses dus à des fromages pélardons » 

Un retrait/rappel des lots identifiés chez les malades a été lancé le 10 août, accompagné d'un communiqué de presse afin de toucher des consommateurs potentiels au niveau national pendant cette période de vacances avec une importante mobilité des personnes. La distribution dépassant les frontières de l'Hexagone, l'alerte a été notifiée sur le réseau européen d'alerte (Rasff) le 13 août 2018. 

Le 22 août, Santé Publique France rapporte l'existence de nouveaux cas humains de salmonelloses, répartis sur l'ensemble du territoire, dus à une souche de Salmonella Newport, souche génétiquement identique à celle trouvée dans les pélardons impliqués, début août, dans les Tiac des Bouches du Rhône. Les ministères de l’Agriculture et de la Santé décident alors de publier un second communiqué de presse national élargissant les mesures de retrait/rappel à tous les pélardons sur le marché fabriqués par l'entreprise lozérienne. 

Au total, 104 malades ont été recensés en France entre le 11 juillet et le 22 août 2018. L'absence de détection de nouveaux cas après le 25 août montre l'efficacité des mesures de retrait-rappel mises en œuvre. Des analyses du lait ont permis d'identifier un animal à l'origine de la contamination. Des opérations rigoureuses de nettoyage et désinfection ont été effectuées dans l'établissement. Un suivi renforcé sur plusieurs semaines a accompagné la reprise de son activité.

Notons que le communiqué du 10 août 2018 du ministère de l'agriculture indique que les produits ont été commercialisés « à partir du 21/07/2018 sur l’ensemble du territoire national, dans les commerces de détail et sur les marchés locaux. »

Beaucoup de temps s'est donc écoulé entre la commercialisation et le premier rappel …

Par ailleurs, «  L'absence de détection de nouveaux cas après le 25 août montre l'efficacité des mesures de retrait-rappel mises en œuvre », peut aussi vouloir dire qu'il n'y avait plus de produits en circulation en raison de sa date initiale de commercialisation.

Un dernier point, à ma connaissance, pas d'action en justice ...

Reblochons au lait cru et cas de SHU

Le rapport de la DGAL 2018 cite aussi le cas de « Reblochons au lait cru et cas de SHU » :

Très curieusement, le chapeau de cet article fait état de « Sept cas d’infections par la bactérie Escherichia coli de type O26, dont six syndromes hémolytiques et urémiques (SHU), sont survenus chez des enfants âgés de un an et demi à 3 ans. Les investigations menées par les autorités sanitaires ont confirmé un lien entre ces cas et la consommation de reblochons entiers au lait cru. »

Alors que dans le texte, il est question « Au total, 12 cas de SHU en lien avec la consommation de reblo­chons fabriqués par un établissement de Haute-Savoie ont été recensés. »

Ce même rapport de la DGAL 2018 omet cependant de signaler l'« Epidémie de salmonellose à Salmonella Enteritidisen Haute Savoie : 83 personnes concernées  » qui s'est passée en 2018, … étonnant, non ?

La Food Standards Scotland clarifie sa position sur les STEC dans les aliments prêts à être consommés

« La Food Standards Scotland clarifie sa position sur les STEC dans les aliments prêts à être consommés », source Food Safety News.

La présence de E. coli producteurs de shigatoxines (ou STEC pour Shiga toxin-producing E. coli) dans les aliments prêts à être consommés constitue un risque potentiel pour la santé, quelles que soient les souches ou les empreintes génétiques, selon la Food Standards Scotland (FSS).

L'agence dit vouloir préciser sa position selon laquelle ces aliments ne doivent pas contenir de STEC. La présence de STEC dans des aliments non cuits avant consommation peut provoquer une intoxication alimentaire. Les responsables de l’agence ont déclaré que les autorités locales, l’industrie et les consommateurs devaient être avisés qu’il ne devait pas y avoir de malentendu.

Le rapport complet s'intitule, Advice on measures required to protect consumers from infection with Shiga toxin-producing E. coli (STEC).

Les STEC sont définis comme des cellules bactériennes de E. coli qui contient un gène producteur de shigatoxine, également connu sous le nom de stx. La capacité des STEC à provoquer une maladie implique un certain nombre de facteurs et cela n'est pas entièrement compris, selon la FSS. Bien que d'autres gènes, en plus des stx, aient été liés à des infections graves, il n'est pas possible de garantir qu'un STEC sans ces autres gènes ne causera pas de maladie.

Le type d’infection à STEC le plus courant en Écosse est causé par E. coli O157, potentiellement mortel. Ce n’est cependant pas le seul à être associé à une maladie humaine. Jusqu'à 30% des STEC isolés parmi les patients dans le pays sont des souches de E. coli non-O157. Environ un tiers de ces souches sont dépourvues d'autres gènes qui, selon les articles scientifiques, sont nécessaires pour l'infection.

La FSS a consulté la Food Standards Agency, la Health Protection Scotland, la Public Health England, le Moredun Research Institute, le Royal Environmental Health Institute of Scotland, le Chartered Institute for Environmental Health, le laboratoire de référence écossais des E. coli O157/STEC et l'Association of Public Analysts Scotland, les directeurs de la santé publique en Écosse, de la faculté de santé publique du Royaume-Uni et le médecin-chef en Écosse pour la rédaction de la déclaration du communiqué.

Le professeur Norval Strachan, conseiller scientifique principal indépendant de la FSS, a déclaré que le communiqué clarifiait la situation concernant les STEC dans les aliments prêts à être consommés en Écosse.

« Les cas de maladies causées par les STEC peuvent être très graves pour les jeunes enfants et les personnes âgées en particulier, et peuvent provoquer des maladies graves, voire la mort », a déclaré Strachan. « 10 à 100 cellules de STEC peuvent causer une infection. Cela reste la principale préoccupation de la Food Standards Scotland. Nos décisions sont toujours fondées sur des preuves et prises dans le meilleur intérêt des consommateurs. »

Un rapport récent de l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) et de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a établi qu'« Il n'est pas prudent de considérer une souche de STEC comme non pathogène ou ne présentant pas de risque pour la santé, car toutes les souches de STEC peuvent provoquer de la diarrhée et avoir le potentiel de causer la diarrhée et d’être un risque, en particulier pour les personnes sensibles. »

Une infection à STEC provoque généralement des douleurs abdominales et une diarrhée souvent sanglante. L'impact de l'infection peut varier, mais il est particulièrement dangereux pour les groupes vulnérables, en particulier les enfants de moins de cinq ans et les personnes âgées. Certaines personnes peuvent développer des complications graves telles que le syndrome hémolytique et urémique (SHU), cause d'insuffisance rénale et d'infection pouvant s'avérer fatale. Le SHU est plus souvent associé à des souches produisant stx2a que le gène stx1a.

Dans l’intervalle, l’Agence suédoise de la santé publique (Folkhälsomyndigheten) a publié un rapport résumant une investigation réalisée en avril 2018 sur les modalités de diagnostic des STEC dans les laboratoires de microbiologie clinique de Suède. Les diagnostics de E. coli montrent d'importantes variations entre les différents laboratoires du pays avec des taux d'isolement variables.

Trois des sept laboratoires utilisaient une PCR multiplexe directe et dans ce panel, les STEC étaient inclus. Les autres ont analysé des échantillons pour détecter les STEC selon des critères et/ou des indications spécifiques. Conformément à une précédente enquête de 2015, les critères utilisés pour analyser les échantillons de STEC variaient considérablement, de même que la méthodologie utilisée, de la détection à l'isolement.

En Suède, plus de 500 cas liés aux Escherichia coli entéroentérohémorragiques (EHEC) sont signalés chaque année chez l’homme, dont 50 à 60% sont infectés dans le pays. L'incidence la plus élevée est observée chez les 1 à 4 ans.

En France, selon l'InVS

• Le SHU est la forme clinique sévère d’une infection à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC)
• Entre 100 et 150 cas de SHU pédiatrique sont notifiés chaque année en France, 164 en 2017
• Le SHU touche particulièrement les jeunes enfants et l’incidence la plus élevée est observée chez les enfants âgés de 6 mois à 2 ans (3.3 cas /100 000 enfants-année dans cette tranche d’âge)
• Une recrudescence estivale des cas est observée chaque année
• En France, les trois sérogroupes de STEC observés les plus fréquemment sont : O80, O26 et O157

Complément. A noter qu'en France, dans un avis de rappel du 1er mars 2019 concernant des fromages de chèvre au lait cru contaminés par des STEC, il est noté :

D’une façon générale, il est rappelé que par précaution le lait cru et les fromages à base de lait cru ne doivent pas être consommés par les jeunes enfants ; il faut préférer les fromages à pâte pressée cuite (type Emmental, Comté, etc.), les fromages fondus à tartiner et les fromages au lait pasteurisé. La même recommandation vaut pour les femmes enceintes et les personnes immunodéprimées.

Royaume-Uni : Augmentation du nombre de cas à Campylobacter et à Salmonella

« Le Royaume-Uni voit une augmentation du nombre de cas à Campylobacter et à Salmonella », source article de Joe Whitworth paru le 19 janvier 2019 dans Food Safety News.

Les cas à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) non-O157, à Campylobacter, à Salmonella ont augmenté au Royaume-Uni en 2017, selon un rapport.

Le rapport U.K. Zoonoses Report a révélé que les cas à Listeria et de STEC O157 avaient diminué. Les zoonoses sont des maladies qui peuvent être transmises de l'animal à l'homme. Campylobacter est resté l'agent pathogène gastro-intestinal humain le plus souvent signalé et les cas ont augmenté en 2017 après une baisse au cours des deux années précédentes.

Taux rapporté des infections à Campylobacter par région et pour 100 000 habitants de 2008 à 2017. Cliquez pour agrandir.

Au total, 63 946 cas ont été notifiés, contre 58 938 en 2016 et 63 201 en 2015. Le taux de déclaration est passé de 89,8 pour 100 000 habitants en 2016 à 96,8 pour 100 000 en 2017. Cette hausse a été constatée dans chacun des pays du Royaume-Uni. L’Irlande du Nord continue de signaler des taux inférieurs à ceux des autres pays (76 cas pour 100 000 habitants), mais les raisons en sont inconnues.

Il y a eu neuf épidémies de campylobactériose d'origine alimentaire au Royaume-Uni, contre huit en 2016. Sept d'entre elles étaient associées à la consommation de produits à base de volaille, dont six étaient du pâté de foie de canard ou de foies de volailles. Deux foyers liés à du lait cru (non pasteurisé) et un foyer à Campylobacter jejuni ont touché 69 cas en Angleterre liés à un produit à base de lait cru.

STEC non O157, STEC O157et lait cru

Selon le rapport, la charge de morbidité due aux STEC non-O157 est sous-estimée, mais les laboratoires introduisant la PCR pour trouver directement les gènes des shigatoxines ont amélioré la détection des sérogroupes autres que O157.

En 2017, il y avait 589 cas confirmés en laboratoire de STEC non-O157, 384 en Angleterre, un au Pays de Galles, 59 en Écosse et 145 en Irlande du Nord , ce qui représente une augmentation constante par rapport aux 59 cas de 2012. Le sérogroupe O26 est le plus fréquent. au Royaume-Uni après O157, suivis de O91, O146 et O103.

Entre-temps, il y a eu 775 cas humains confirmés de STEC O157, 563 en Angleterre et au Pays de Galles, 167 en Écosse et 45 en Irlande du Nord, versus 959 l'année précédente.

L'incidence des STEC O157 a diminué dans tous les pays par rapport à 2016. Le taux de déclaration pour le Royaume-Uni est globalement le plus bas des 10 dernières années et suit une baisse d'un année sur l'autre en Angleterre depuis 2015. L'Ecosse a enregistré le taux d'infection le plus élevé depuis 2008, sauf en 2012, lorsqu'un grand foyer s'est déclaré en Irlande du Nord.

Au total, 10 éclosions ont été rapportées en 2017. La plupart étaient de petite taille, de 3 à 17 personnes touchées. Sept concernaient STEC O157 et trois STEC non-O157, O26, O145 et O55. Aucune source d'infection commune n'a été déterminée pour aucune des éclosions liées aux STEC non-O157.

Les épidémies à STEC O157 comprenaient deux épidémies, l'une liée à du lait cru de consommation et l'autre aux hamburgers, une épidémie associée à une piscine, une épidémie dans une école maternelle où la source de l'infection était inconnue, une épidémie liée à des aliments crus pour animaux de compagnie et deux autres épidémies sans aucune source d'infection connue.

L'éclosion d'infection à O26 en août 2017 comprenait deux cas en Écosse et un en Angleterre. Un groupe national de STEC du sérogroupe O145 en septembre 2017 a concerné quatre infections en Angleterre et un en Écosse. Une épidémie à STEC O55 dans le sud de l'Angleterre a été une réapparition d'incidents précédemment identifiés et ayant fait l'objet d'une enquête de 2014 à 2016.

Taux annuel de rapports confirmés par laboratoire d'infections humaines à STEC O157 au Royaume-Uni, 2008 à 2017. Cliquez pour agrandir.

L'année a été marquée par la première éclosion à STEC associée au lait cru de consommation en Angleterre et au Pays de Galles depuis 2014, avec une incidence de neuf cas. L'épidémie à STEC O157 avec des phages 21/28 stx2 s'est produite à l'automne 2017 dans le sud de l'Angleterre. Les enquêtes ont identifié sept cas confirmés et trois personnes ont développé un syndrome hémolytique et urémique (SHU). Trois autres cas ont été notifiés à la suite du rappel, dont deux avaient bu du lait cru de la ferme après le rappel.

Au pays de Galles, un enfant infecté par un STEC qui avait bu du lait cru est décédé. Entre-temps, trois épidémies à Campylobacter ont touché 27 personnes et une infection à Salmonella Dublin. Il y a eu une augmentation chez les producteurs de lait cru à boire enregistrés au Royaume-Uni, avec 168 en janvier 2018, contre 108 en avril 2014.

Les cas de salmonelles passent à 10 000

Un peu plus de 10 000 cas de salmonellose confirmés en laboratoire ont été rapportés en 2017. C'est la première fois depuis 2009 que plus de 10 000 cas sont signalés et il y a une recrudescence continue des infections chaque année depuis 2014.

Salmonella Enteritidis est resté le sérovar le plus souvent signalé, représentant 27% des cas.

Salmonella Typhimurium, y compris les variants monophasiques, était le deuxième sérovar en importance, avec 21% des cas et avait augmenté de 10% par rapport à 2016. Cette hausse était due à une augmentation du nombre de cas en Angleterre; des diminutions ont été observées dans d'autres pays du Royaume-Uni. Les autres sérotypes communs étaient Newport, Infantis, Agona, Stanley, Java et Kentucky.

Treize éclosions d'origine alimentaire ont été rapportées, contre 12 en 2016. Deux étaient dues à Salmonella Enteritidis, cinq à Salmonella Typhimurium et d'autres à Salmonella Adjame, Salmonella Agona, Salmonella Chester, Salmonella Infantis, Salmonella Infantis et Salmonella Stanley. Des œufs ont été impliqués dans deux épidémies à Salmonella Enteritidis. Les produits à base de viande de porc ont été impliqués dans deux autres, tous deux des variants monophasiques du sérovar Typhimurium.

Le plus bas taux de Listeria en 10 ans

Il y a eu 153 cas de listériose, ce qui représente une diminution par rapport aux 202 infections recensées en 2016 et il s'agit du nombre le plus bas enregistré au cours des 10 dernières années. En 2017, 44% des cas étaient des femmes et 17% étaient associés à une grossesse.

L'utilisation du séquençage du génome entier (WGS pour whole genome sequencing) pour le typage microbiologique des isolats de Listeria a conduit à une détection accrue des cas liés, souvent sur une longue période, en raison de la persistance sur le long terme de Listeria dans les locaux d'entreprises alimentaires. Quatre cas de listériose ont fait l'objet d'une investigation et trois d'entre eux étaient des isolats couvant la période,de 2013 à 2017.

Un foyer a été associé à un producteur de poulet cuit, un autre à un producteur de sandwichs et la source d'infection était inconnue pour deux d'entre eux. Deux incidents ont été étudiés dans lesquels un seul cas était lié microbiologiquement à un ou plusieurs échantillons d'aliments positifs au moyen d'une analyse WGS ; l'un impliquant des sandwichs hospitaliers et l'autre un produit à base de fromage au lait cru. Un décès lié à la listériose a été signalé en 2017, alors que la même souche avait été détectée dans un fromage et chez la patiente.

Chiffres sur l'hépatite E et Cryptosporidium

Les rapports sur les infections au virus de l'hépatite E (VHE), en augmentation constante depuis plus de 10 ans, ont finalement diminué en 2017.

Au Royaume-Uni, 912 cas ont été signalés en Angleterre et au Pays de Galles, contre 1 243 en 2016, 170 en Écosse, contre 205 en 2016 et 10 contre 18 en 2016 en Irlande du Nord.

Les facteurs à l'origine de cette situation ne sont pas clairs mais peuvent refléter l'évolution du niveau d'exposition au virus par le biais de la chaîne alimentaire, éventuellement influencée par les modifications de l'élevage, des pratiques agricoles, de la transformation des aliments et de l'importation de viande.

Dans les pays développés, le génotype 3 du VHE est le génotype autochtone et se transmet principalement par l'ingestion de produits non cuits provenant d'animaux infectés. La plupart des cas sont sporadiques, mais des épidémies ont suivi la consommation de viande de porc insuffisamment cuite, de la viande de cerf ou des crustacés non cuits.

Le nombre de cas de cryptosporidiose s'est établi à 5 052, soit une diminution de 25% par rapport à 2016. Toutefois, leur nombre a été élevé en 2015 et 2016 en raison de l'augmentation du nombre de cas à Cryptosporidium hominis chez les personnes ayant voyagé en Espagne et d'une épidémie à Cryptosporidium parvum liée à des aliments dans des cafés.

En France, un tel rapport n'existe pas. Il faut aller sur le site de l'InVS à la page, Risque infectieux d'origine alimentaire, mais aussi aller à ma page Zoonoses, ainsi que sur la page des Hépatites, pour tenter d'avoir des données .

Les maladies infectieuses d'origine alimentaires à Campylobacter et à Salmonella ne sont pas des maladies à déclaration obligatoire.

Cela étant, selon l'InVS,

Une étude sur la morbidité et la mortalité liées aux infections d’origine alimentaire en France entre 2008-2013 a permis d’estimer le nombre annuel moyen de cas symptomatiques de Campylobacter à 493 000 (ICr90% : 273 000-1 080 000) dont 392 000 (ICr90% : 215 000-863 000) liés à une transmission alimentaire soit 26 % du nombre total des infections d’origine alimentaire en France (Van Cauteren et al., 2018).

Les salmonelloses, selon cette page du ministère de l'agriculture, représente environ 300 cas par million d’habitants par an en France