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jeudi 1 avril 2021

Vaccination: Si l'Europe est à la traîne, c'est la faute à Ursula von der Leyen ...

C'est sûr demain il y aura des doses par millions, vieille rengaine entendue tant de fois, et pour reprendre une expression chère de Gavroche,

Si l'Europe est à la traîne, c'est la faute à Ursula von der Leyen,
Si la vaccination bat de l'aile, c'est la faute à Charles Michel,
Si les vaccins sont en perdition, c'est la faute à Thierry Breton.

Ursula von der Leyen est la présidente de la Commission européenne,

Charles Michel est le président du Conseil européen,
Thierry Breton est Commissaire européen et ci-devant Monsier Vaccin au niveau de l'UE.

«La lenteur du déploiement des vaccins prolonge la pandémie», selon un communiqué de l'OMS Europe du 31 mars 2021. C'est clair et sans détour ...

Extraits.

Alors que les variants préoccupants continuent de se propager et que la pression sur les hôpitaux augmente, les fêtes religieuses entraînent une mobilité accrue. Accélérer le déploiement de la vaccination est crucial car les nouveaux cas dans la zone européenne de l'OMS augmentent dans tous les groupes d'âge, sauf un.

La semaine dernière, la transmission du COVID-19 a augmenté dans la majorité des pays de la zone européenne de l'OMS, avec 1,6 million de nouveaux cas et près de 24 000 décès. La zone européenne reste la deuxième plus touchée par le SRAS-CoV-2 de toutes les régions du monde, avec un nombre total de décès approchant rapidement le million et le nombre total de cas sur le point de dépasser les 45 millions.

«Il y a 5 semaines à peine, le nombre hebdomadaire de nouveaux cas en Europe était tombé à moins d’un million, mais la situation de la zone européenne est désormais plus préoccupante qu’elle ne l’a été depuis plusieurs mois. Il existe des risques associés à l'augmentation de la mobilité et des rassemblements pendant les fêtes religieuses. De nombreux pays sont en train d'introduire de nouvelles mesures qui sont nécessaires et chacun devrait les suivre autant qu'il le peut», a dit le Dr Dorit Nitzan, Directrice régionale des urgences du Bureau régional de l'OMS pour l'Europe.

«Les vaccins représentent notre meilleur moyen de sortir de cette pandémie. Non seulement ils fonctionnent, mais ils sont également très efficaces pour prévenir les infections. Cependant, le déploiement de ces vaccins est d'une lenteur inacceptable. Et tant que la couverture reste faible, nous devons appliquer les mêmes mesures de santé publique et sociale que par le passé, pour compenser les retards d'horaires. Soyons clairs: nous devons accélérer le processus en accélérant la fabrication, en réduisant les obstacles à l’administration des vaccins et en utilisant chaque flacon que nous avons en stock, maintenant», a déclaré le Dr Hans Henri P. Kluge, Directeur régional de l’OMS pour l’Europe.

samedi 27 mars 2021

Pratiques des consommateurs et prévalence de Campylobacter, Salmonella et norovirus dans les cuisines de six pays européens

«Pratiques des consommateurs et prévalence de Campylobacter, Salmonella et norovirus dans les cuisines de six pays européens», est le tire d'un article paru dans la revue International Journal of Food Microbiology. L'article est disponible en intégralité.

Résumé

Environ 40% des infections d'origine alimentaire sont contractées à domicile. Le but de la présente étude était de suivre la contamination des agents pathogènes lors de la préparation des aliments domestiques et de lier la contamination aux pratiques de préparation. Les participants à la recherche de 87 ménages de six pays européens ont été observés et interrogés pendant les achats et la préparation d'un repas de poulet et de légumes. La présence de Salmonella spp., Campylobacter spp. et norovirus sur du poulet cru, les surfaces de l& cuisine, les torchons et les éponges a été déterminé.

La prévalence de Campylobacter sur le poulet cru variait de 8,3% en Norvège (NO) à 80% en France (FR) et au Portugal (PT), avec une prévalence moyenne de 57%. Campylobacter a été retrouvé sur la moitié des produits qui avaient été congelés et semblait être moins répandu sur le poulet des supermarchés que d'autres sources. Salmonella a été retrouvée dans 8,6% des échantillons de poulet cru, provenant exclusivement de Hongrie (HU).

Une relation entre les pratiques observées et la propagation d'agents pathogènes sur les surfaces de la cuisine n'a été retrouvée que pour l'utilisation de planches à découper pour le poulet et/ou les légumes. Après la préparation des aliments, Campylobacter et Salmonella ont été isolés à partir de 23%, respectivement des échantillons provenant de HU, Roumanie (RO), UK) et 8,7% de HU de planches à découper. Les participants à la recherche en France et au Portugal étaient plus susceptibles d'acheter des produits qui correspondaient à leur recette, avec moins de besoin d'utiliser des planches à découper. Utiliser la même planche et le même couteau pour les légumes après l'avoir utilisé pour le poulet et sans le laver avec un détergent était courant au Portugal et en Roumanie, mais pas dans les autres pays. Une contamination par Campylobacter d'autres surfaces de cuisine ou d'ustensiles de lavage a été retrouvée dans cinq ménages (RO et PT). Le rinçage du poulet dans les éviers était courant dans trois pays (PT, HU, RO), et le lavage des légumes dans le même évier était également habituel. La prévalence du norovirus était faible, avec une détection dans un des 451prélèvements. La conscience des participants du risque posé par les agents pathogènes du poulet cru différait dans les six pays, avec une plus grande sensibilisation en Norvège et au Royaume-Uni que dans les autres pays étudiés.

En conclusion, les pratiques visant à éviter la contamination croisée du poulet aux surfaces de cuisine et aux ustensiles de lavage ne sont pas établies chez les consommateurs dans tous les pays européens. Néanmoins, les événements de contamination croisée qui diffusent des doses infectieuses d'agents pathogènes semblent être rares, probablement en raison des niveaux relativement faibles d'agents pathogènes dans les aliments combinés aux préférences alimentaires. Les interventions en matière de sécurité sanitaire des aliments doivent tenir compte de la culture alimentaire nationale, des préférences, des pratiques et de la prévalence et des niveaux d'agents pathogènes dans les aliments. L'accent doit être mis sur la fourniture et la promotion de produits de poulet à faible risque (prévalence d'agents pathogènes, prêts à cuire) et l'utilisation sûre de planches à découper.

Dans la conclusion, les auteurs notent,
La prévalence de Campylobacter dans le poulet cru était élevée dans la plupart des pays, mais la propagation dans l'environnement de la cuisine en plus des planches à découper était limitée. Plusieurs pratiques associées à une contamination croisée ont été observées, mais souvent dans certains pays seulement.
L'observation de pratiques moins risquées par les consommateurs dans certains pays indique qu'il est possible de réduire la contamination croisée, mais que les barrières culturelles et autres doivent être surmontées pour obtenir des changements.
La prévalence de norovirus dans les cuisines était très faible. Les limites techniques inhérentes aux procédures employées pour la récupération du virus sur les surfaces ou les torchons/éponges de cuisine peuvent contribuer à la faible prévalence signalée.
Conseils aux autorités alimentaires: Il semble qu'il existe un lien entre les comportements à risque et la faible sensibilisation aux agents pathogènes sur le poulet, ce qui indique que l'éducation ou la communication sur les risques peut potentiellement changer le comportement dans une direction qui réduit le risque. De nombreuses autorités alimentaires indiquent que les surfaces qui ont été en contact direct avec le poulet (par exemple les planches à découper et les mains) doivent être correctement lavées avant tout contact avec des salades, du pain et d'autres aliments prêts à consommer. Cet avis est fortement étayé par les conclusions de cette investigation. Du point de vue de la sécurité des aliments, d'autres pratiques observées pourraient également être ciblées pour réduire les risques. Les consommateurs doivent également être informés que la préparation de la salade avant le poulet, en évitant le contact direct des aliments prêts à consommer avec l'évier et, en sélectionnant un produit de poulet avec des niveaux inférieurs d'agents pathogènes (par exemple du poulet congelé ou un produit qui nécessite une manipulation limitée comme du poulet découpé) réduisent également le risque de graves maladies d'origine alimentaire. Cependant, il convient de considérer que des barrières telles que la disponibilité des produits et les habitudes de préparation des aliments et les préférences alimentaires limitent cette réduction des risques dans la pratique.
Recherche: Davantage d'investigations sur la prévalence de Campylobacter et Salmonella chez les poulets chez les petits distributeurs/abatteurs sont nécessaires. En outre, la cinétique d'inactivation de Campylobacter dans les différents les produits de poulet dans les congélateurs domestiques devraient être étudiés. Etudier la contamination croisée après la préparation de poulets avec des niveaux élevés de Campylobacter donnera de meilleures informations sur le risque dans les pires situations.

Commentaire. Etude utile mais qui entérine le fait que Campylobacter soit présent dans les poulets. La recherche ne devrait pas se pencher plutôt sur comment réduire la présence de Campylobacter dans les volailles ?

Enfin je voudrais bien savoir d'où sort la phrase du résumé et d el'article selon laquelle «Environ 40% des infections d'origine alimentaire sont contractées à domicile». Rappelons qu'en France les toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) liés au repas familiaux en France représentent 32% du total des TIAC en 2019.

lundi 8 mars 2021

Évaluation économique du séquençage du génome entier pour l'identification et la surveillance des pathogènes auprès de huit laboratoires

Un article paru dans le numéro du 4 mars 2021 d'Eurosurvellance traite de l'«Évaluation économique du séquençage du génome entier pour l'identification et la surveillance des pathogènes - résultats d'études de cas en Europe et dans les Amériques 2016 à 2019.»

Les huit laboratoires sont les suivants :

APHA: Animal and Plant Health Agency; EMC: Erasmus Medical Centre; FLI: Friedrich-Loeffler-Institut; INEI-ANLIS: Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas - Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud; IZSLER: Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Lombardia e dell'Emilia-Romagna; MDH: Maryland Department of Health; PHAC: Public Health Agency Canada; PHE: Public Health England.
Malheureusement la France est absente de cette comparaison ...

Introduction
Le séquençage du génome entier (WGS) transforme le travail des laboratoires microbiologiques de référence à travers le monde. Les séquences génomiques complètes d'un isolat ou d'un échantillon ont le potentiel d'améliorer les programmes de surveillance des maladies infectieuses et de renforcer les enquêtes épidémiologiques. Les exemples incluent la possibilité d'identifier des éclosions plus tôt grâce à la valeur ajoutée de la détection de cas groupés basées sur le génome, le suivi des souches avec des marqueurs spécifiques pertinents pour la santé (par exemple l'antigénicité, la virulence, la transmissibilité, les marqueurs de résistance) et le suivi de l'efficacité des mesures de contrôle ( par exemple la vaccination, les programmes d'élimination). Le développement de la génomique des pathogènes et des outils, de l'infrastructure et des analyses nécessaires pour le WGS peut être utilisé dans tous les secteurs (santé publique, santé vétérinaire ou sécurité des alimentais) et dans les types de pathogènes (virus, bactéries ou parasites), offrant un potentiel pour une intégration plus poussée des activités de surveillance et donc pour des économies d'échelle.

Cependant, dans la pratique, un modèle actuellement privilégié implique l'introduction du WGS dans les programmes individuels axés sur les pathogènes, où les coûts de mise en œuvre du WGS dans le diagnostic et la surveillance de routine restent élevés par rapport aux tests principalement phénotypiques actuellement utilisés. Pour mieux comprendre le différentiel de coût entre les méthodes conventionnelles et le WGS dans le contexte de l'identification et de la surveillance des pathogènes, et pour identifier les principaux facteurs affectant les coûts et les avantages des systèmes de surveillance basés sur le WGS, nous avons réalisé une évaluation économique dans huit laboratoires de référence dans sept pays. (Argentine, Canada, Allemagne, Italie, Pays-Bas, États-Unis (États-Unis) et deux instituts du Royaume-Uni (UK)).

Dans un second temps, nous avons voulu comprendre si les bénéfices tirés des informations complémentaires obtenues grâce au séquençage des pathogènes sont susceptibles de compenser le surcoût du WGS. Pour cela, nous avons estimé pour l'exemple de la salmonellose le nombre de cas de maladie qui devraient être évités chaque année grâce à l'utilisation du WGS pour atteindre le seuil de rentabilité, c'est-à-dire pour rendre l'utilisation du prix neutre du WGS

Discussion

Cette analyse des expériences pratiques de huit laboratoires de référence en Europe et aux Amériques entre 2016 et 2019 a confirmé que le WGS avait en moyenne des coûts par échantillon plus élevés que les méthodes de laboratoire conventionnelles: le WGS était entre 1,2 et 4,3 fois plus cher que les méthodes conventionnelles de routine.

Plusieurs facteurs ont influé sur les coûts de WGS. Il y avait une tendance générale à augmenter les rendements d'échelle avec l'analyse WGS, les coûts moyens par échantillon de WGS ayant tendance à diminuer à mesure que le volume de l'échantillon et la taille du lot augmentent.

Les laboratoires de référence qui traitent un volume élevé d'échantillons sont donc susceptibles de réaliser un coût par échantillon inférieur à celui des institutions plus petites traitant moins d'échantillons.

Cependant, une analyse centralisée peut s'accompagner d'un compromis en termes de délai d'exécution en raison de l'augmentation du temps d'expédition des échantillons. Dans les pays à système décentralisé, les laboratoires régionaux ont souvent un rôle important, ce qui limite le volume d'échantillons par laboratoire. Le manque de temps dans un contexte d'épidémie ne permet souvent pas de regrouper les échantillons. Par conséquent, le coût d'utilisation du WGS pour la surveillance des épidémies d'influenza aviaire est élevé - le coût moyen de deux laboratoires de référence de notre étude était de 793 euros par échantillon. En revanche, le coût moyen des cinq laboratoires de référence qui utilisaient le WGS pour la surveillance de routine des pathogènes d'origine alimentaire était beaucoup plus faible, à 209 euros par échantillon. Fait intéressant, dans le cas de la surveillance de l'influenza humaine à l'aide d'un flux de travail basé sur WGS (EMC pour Erasmus Medical Centre), le coût était le plus bas de tous les établissements analysés à 98 euros par échantillon (à peine plus élevé que le coût du flux de travail conventionnel).

Les coûts de la plate-forme de séquençage utilisée (producteur, modèle et consommables associés) peuvent différer considérablement et sont en outre influencés par la mesure dans laquelle les séquenceurs et autres équipements sont utilisés à pleine capacité ou non. L'étude de cas de l'EMC prouve qu'un séquenceur à moindre coût et une configuration efficace peuvent être capables de limiter les coûts avec des tailles de lots et des volumes d'échantillons plus petits. Le séquenceur a été utilisé à la fois pour le séquençage des échantillons de surveillance et à d'autres fins, réduisant ainsi les coûts d'équipement par échantillon de surveillance. En revanche, d'autres laboratoires de référence n'ont pas ou n'auraient pas pu utiliser l'équipement à pleine capacité pour diverses raisons, notamment les contraintes de temps (contexte de l'épidémie), le volume global de l'échantillon et la mesure dans laquelle l'équipement acheté considérait des volumes d'échantillons futurs (potentiellement plus élevés). En outre, l'EMC a pu obtenir des remises allant jusqu'à 60% par rapport au prix catalogue des équipements WGS et des principaux consommables en s'associant avec d'autres hôpitaux universitaires et en négociant collectivement avec les fournisseurs.

Les laboratoires de référence ont indiqué que le manque de concurrence entre les fournisseurs d'équipements de séquençage et la dépendance vis-à-vis de consommables spécifiques pour le séquençage était un facteur clé de coût et rendait le WGS actuellement moins abordable. D'autres facteurs de coût étaient le niveau d'automatisation (affectant les demandes de temps du personnel) et les coûts de l'infrastructure bioinformatique, qui différaient considérablement entre les laboratoires de référence. En particulier pour les laboratoires plus petits ou régionaux, les applications basées sur le cloud pour l'analyse bioinformatique peuvent conduire à des économies considérables. C'était le cas du Maryland Department of Health (MDH), qui utilisait des outils en ligne pour l'analyse de séquençage. On s'attend à ce que les futures réductions des coûts dans l'automatisation et le séquençage (ainsi que dans le calcul et le stockage des données) réduiront considérablement les coûts de la surveillance des agents pathogènes à l'aide du WGS (et réduiront également davantage les délais d'exécution).

Même à des niveaux de coûts documentés ici, le WGS fournit un niveau d'informations supplémentaires qui fait plus qu'équilibrer les coûts supplémentaires s'il est utilisé efficacement. Toutes les institutions des études de cas ont fait état des avantages majeurs de l'utilisation du WGS pour l'identification et la surveillance des agents pathogènes, la rationalisation de leurs flux de travail, rendant les processus analytiques plus aptes à l'automatisation et améliorant les moyens de détection et de contrôle d'éclosions. Comme l'exemple des maladies d'origine alimentaire l'a montré le plus clairement, le WGS peut identifier plus de cas groupés dans une épidémie et réduire les cas globaux de maladie, si les systèmes de santé publique sont suffisamment équipés et financés pour prendre des mesures efficaces.

Notre analyse du seuil de rentabilité indique que dans le cas de la surveillance de Salmonella, seul un pourcentage modeste (0,2 à 1,1%) des cas de salmonellose signalés devrait être évité chaque année grâce à l'utilisation du WGS afin de rendre l'adoption de la technologie coûteuse neutre du point de vue de la santé publique.

La cohérence des résultats entre les cinq laboratoires de référence et l'analyse de sensibilité confirment la robustesse de la principale conclusion de l'analyse du seuil de rentabilité: qu'éviter un seul décès prématuré dû à la salmonellose sur une période de plusieurs années grâce à l'utilisation du WGS était suffisant pour équilibre des coûts du point de vue de la santé publique pour tous les systèmes de surveillance de Salmonella analysés.

Dans ce contexte, il est à noter que le nombre de décès dus à des infections d'origine alimentaire est probablement sous-estimé. La notification de la salmonellose se fait principalement au moment du diagnostic et donc avant que le résultat final ne soit connu. Il existe des indications d'une surmortalité substantielle chez les patients après salmonellose jusqu'à un an après l'infection qui ne peut être expliquée par d'autres facteurs.

Bien que les résultats de l'analyse du seuil de rentabilité ne puissent être généralisés, ils illustrent les avantages potentiels pour la santé publique de l'utilisation du WGS. Les avantages de l'utilisation du WGS pour l'identification et la surveillance des pathogènes dépendaient en grande partie de la configuration et du fonctionnement du système de surveillance: plus le WGS est utilisé tardivement dans le processus analytique, plus les avantages potentiels peuvent être limités dans un contexte d'épidémie (par exemple, si les échantillons ne sont séquencés que plusieurs semaines après la détection d'une épidémie par d'autres méthodes). Les études de cas ont mis en évidence les avantages du WGS dans le cadre d'une approche One Health, en particulier dans la surveillance des pathogènes d'origine alimentaire. L'identification des liens entre les cas humains et les sources dans le système alimentaire par le biais du WGS en temps réel dépend de manière critique d'un échange continu de données de séquençage provenant de la surveillance de routine en laboratoire d'échantillons provenant de sources humaines, animales et alimentaires.

Lors de l'interprétation de cette évaluation économique, il est essentiel de noter ses limites. Les études de cas avec huit laboratoires de référence sont caractérisées par différentes variables: différents pathogènes, différentes méthodes conventionnelles utilisées comme comparateurs, différentes infrastructures et différents types de systèmes de surveillance. Les coûts par échantillon calculés dans cette étude étaient les coûts réels supportés par ces huit laboratoires de référence, reflétant leurs situations spécifiques. Cela implique que les estimations de coûts ne peuvent pas être utilisées pour extrapoler les coûts à d'autres institutions. L'approche consistant à se concentrer sur les coûts différentiels avec une méthodologie cohérente et appliquée uniformément a simplifié l'analyse complexe, car les coûts qui ne sont clairement pas affectés (par exemple pour l'amortissement des bâtiments de laboratoire) n'avaient pas besoin d'être évalués, ce qui nous a permis de nous concentrer en détail sur ces coûts et avantages lorsque des changements ont été causés par l'utilisation de WGS. Des limites sont également notables pour l'analyse du seuil de rentabilité, qui s'est concentrée sur un pathogène spécifique (Salmonella). Les résultats ne sont donc pas applicables à la surveillance d'autres pathogènes.

vendredi 5 mars 2021

Le grand désordre vaccinal en Europe ! Merci qui ?

Il n'y a pas d'Europe de la santé, et pourtant, il a été confié à l'Europe le soin d'organiser l'achat de vaccins en Europe, cherchez la grave erreur s'il en est …

Voici un nouvel article sur le fiasco, le Waterloo de la campagne de vaccination eu Europe …

Selon Le Figaro du 5 mars 2021, «L’Europe plongée dans le grand désordre vaccinal»., jugez plutôt avec cet aperçu ...

Frustrés par les difficultés d’approvisionnement en vaccins, nombre de pays se fournissent auprès de Pékin et de Moscou, fragilisant la stratégie de l’UE.

C’est un nouveau cavalier seul et une fissure de plus dans la stratégie commune des Européens en matière de vaccins. L’Autriche et le Danemark vont s’allier à Israël pour le développement et la production des vaccins de nouvelle génération.

Que l’Autriche et le Danemark jouent leur propre partition n’est pas vraiment une surprise à Bruxelles. Cela fait des mois que le chancelier autrichien, Sebastian Kurz, et la première ministre danoise, Mette Frederiksen, s’impatientent des retards de livraison et de la lenteur des autorisations de vaccins.

Pour l’heure, les Européens savent que le mois de mars sera très long, et qu’ils devront composer avec des volumes de livraison de vaccins encore insuffisants. L’objectif est donc de tenir et de rester aussi unis que possible. 

On a appris jeudi que l’Italie avait bloqué en fin de semaine dernière quelque 250 000 doses de vaccins AstraZeneca qui devaient être exportées vers l’Australie, avec l’accord de la Commission qui ne s’est pas opposée. 

C’est une première. «Il faut montrer à AstraZeneca que nous sommes aussi capables de réagir», confie un fonctionnaire. Ces doses ne feront pas défaut aux Australiens qui ont été livrés par un autre canal.

Bien entendu, et il faudra s'en souvenir de ce grand désordre,  La France a critiqué le projet d'alliance du Danemark et de l'Autriche avec Israël en matière de vaccins anti-Covid, estimant que le «cadre européen» reste le plus approprié pour garantir la «solidarité» au sein de l'UE.

«Notre conviction reste de façon très claire que la solution la plus efficace pour répondre aux besoins de vaccination doit continuer de reposer sur le cadre européen», a relevé mercredi soir la porte-parole du ministère français des Affaires étrangères.

«C'est en effet lui qui garantit la solidarité entre États membres plus que jamais indispensable et notre efficacité collective», a-t-elle ajouté. Ben voyons ...

Est-ce un hasard si les pays qui vaccinent le plus en Europe ne sont pas dans l'UE, la Grande-Bretagn et la Serbie ...

Complément. Je vous recommande la lecture de l'article de Maxime Tandonnet, Naufrage national. Extrait.

Aujourd’hui, 90% de la population d’Israël est vaccinée, 40% des britanniques, 20% des Américains. La France est une fois de plus en plein naufrage. Elle n’a pas réussi à se doter d’un vaccin, ce qui est sidérant au pays de Pasteur (quelle décadence!). Elle cumule les retards: 6% de sa population est vaccinée. Par bêtise et paresse autant que par idéologie, les autorités françaises s’en sont lâchement remises à la bureaucratie Bruxelloise pour coordonner la campagne de vaccination. La faillite est vertigineuse. Le coq peut claironner en multipliant les annonces tapageuses et les promesses tonitruantes : le désastre est là, sous nos yeux. Il faudra qu’il se paye un jour ou l’autre.

mercredi 24 février 2021

Sur le retard dans la campagne de vaccination en France et dans UE ...

Voici l'histoire en deux tweets, jugez plutôt ...

Ce n'est pas un retard mais un fiasco ! 

Mise à jour du 3 mars 2021. On écoutera sans modération cette vidéo ci-dessous, où il est question de 'Waterloo vaccinal', 

vendredi 22 janvier 2021

COVID-19: Le risque associé à l'introduction et à la propagation préoccupante de variants en Europe a été porté à élevé/très élevé, selon l'ECDC

«Des responsables mettent en garde contre la menace pour l'Europe du variant COVID-19», source article de Lisa Schnirring de CIDRAP News.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update, a le 21 janvier élevé le risque de propagation des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 à très élevé, car l'activité du COVID-19 au Royaume-Uni, où la variante B117 est dominante, maintient une emprise serrée malgré le troisième confinement du pays.

Pendant ce temps, des pays d'autres parties du monde, dont la Chine, ont annoncé de nouvelles mesures pour contrer la propagation tenace du virus.

L'ECDC augmente la menace du variant à 'très élevée'

Dans sa première mise à jour de son évaluation des risques des variants du SRAS-CoV-2 le 21 janvier, l'ECDC a dit que les variants les plus transmissibles ont conduit à une détérioration des situations épidémiologiques. Sur la base de nouvelles informations, le risque d'introduction du B117 et de sa propagation dans la communauté est très élevé et son impact sur les systèmes de santé est considéré comme élevé.

Pour le variant 501Y.V2 retrouvé pour la première fois en Afrique du Sud, des cas ont été confirmés dans 10 pays européens, avec un cluster en cours d'investigation en France et au Royaume-Uni et en Israël signalant également des cas ou des groupes d'infections 501Y.V2 non liées aux voyages.

Bien que le Royaume-Uni ait récemment vu des cas reculer par rapport à des sommets quotidiens records, salués comme un signe prometteur, une analyse mise à jour par l'Imperial College de Londres publiée le 20 janvier a dit que la prévalence du SRAS-CoV-2 est toujours très élevée, sans preuve de déclin. L'analyse du groupe couvre les 10 premiers jours du troisième confinement du pays.

Ils ont dit avoir vu une légère baisse initiale, suivie d'un plateau ou d'une augmentation possible des cas. Ils notent que les données de mobilité de Facebook montrent une baisse marquée d'ici la fin décembre, suivie d'une hausse qui a suivi le début de l'année de travail début janvier.

L'augmentation de la prévalence était associée aux grands ménages, aux quartiers les plus pauvres et à l'appartenance ethnique noire et asiatique. Les taux de positivité étaient plus élevés chez les personnels de la santé et des centre de santé, ainsi que chez d'autres personnels clés.

«Tant que la prévalence dans la communauté ne sera pas considérablement réduite, les services de santé resteront sous une pression extrême et le nombre cumulé de vies perdues pendant cette pandémie continuera d'augmenter rapidement», ont-ils écrit.

Dans un autre développement au Royaume-Uni, des chercheurs de l'Université d'Oxford ont dit le 20 janvier que les tests à flux latéral, également appelés aussi tests immunochromatographiques à flux latéral ou tests rapides identifieraient probablement les cas les plus infectieux chez des personnes ayant une charge virale plus élevée, malgré les préoccupations concernant la précision des tests, selon Reuters. La nouvelle survient alors que les responsables de la santé britanniques considèrent les tests rapides de masse comme un moyen de sortir du confinement actuel.

La Grande-Bretagne a été le premier pays d'Europe à subir une poussée qui était en partie liée au variant B117, qui alimente maintenant des épidémies dans d'autres parties du continent. Le Portugal fait partie des pays qui connaissent un tel pic, et la ministre de la Santé du pays, Marta Temido a déclaré le 20 janvier lors d'une émission de radio qu'environ 20% des cas consistaient au variant le plus transmissible, selon Reuters. Elle a prédit que ce nombre pourrait atteindre 60% dès la semaine prochaine.

Un représentant de l'un des syndicats de médecins du Portugal a dit le 21 janvier que les hôpitaux sont débordés, sans personnel suffisant pour ajouter plus de lits dans les unités de soins intensifs (USI), selon un autre article de Reuters. Le gouvernement a annoncé la fermeture de toutes les écoles et universités pendant 2 semaines afin de freiner la propagation du virus.

Pendant ce temps, l'Espagne voisine aujourd'hui - pour la deuxième journée consécutive - a signalé un record en une seule journée de 44 357 nouveaux cas, selon l'agence Anadolu, qui a dit que de nombreux hôpitaux du pays étaient débordés et que 157 variants de cas avaient été identifiées. Les responsables de la santé espagnols ont averti que le B117 pourrait devenir la souche dominante d'ici la mi-mars.

mercredi 25 novembre 2020

La hausse des températures mondiales est-elle liée une augmentation de la résistance aux antibiotiques?

Ces cartes de 28 pays européens illustrent l’augmentation moyenne de la résistance aux antibiotiques pour  trois agents pathogènes courants (à gauche) et la température minimale moyenne annuelle (à droite)  entre 2000 et 2016. Crédit: Sarah McGough, Boston Children’s

«La hausse des températures mondiales est-elle liée une augmentation de la résistance aux antibiotiques», source Phys.org.

Une nouvelle analyse des données suggère que deux menaces croissantes pour la santé publique - le changement climatique et la résistance aux antibiotiques - sont liées. L'étude, qui s'étend de 2000 à 2016, n'établit pas de cause à effet. Mais ses conclusions, dans la revue Eurosurveillance, suggèrent que la hausse des températures mondiales pourrait contribuer à alimenter l'augmentation des bactéries résistantes aux antibiotiques.

Des chercheurs dirigés par Mauricio Santillana et Sarah McGough du Boston Children's Hospital Computational Health Informatics Program (CHIP) ont exploité les données de surveillance nationales de 28 pays européens, intégrant les résultats des tests chez plus de 4 millions de patients . Ils ont analysé la prévalence de la résistance aux antibiotiques au fil du temps, en se concentrant sur trois bactéries courantes (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus). Ils ont également recueilli des données sur la température européenne à partir de sources européennes et américaines.

«Notre étude longitudinale est la première à montrer que les pays européens où la température minimale ambiante est plus chaude ont connu des augmentations plus aiguës de la résistance aux antibiotiques au cours des 17 dernières années», a dit Santillana, également affilié à l'Harvard Medical School et à la Harvard T.H. Chan School of Public Health.

«Cette observation aide à expliquer les différences géographiques de résistance aux antibiotiques documentées dans d'autres études transversales. Une telle résistance pourrait éventuellement rendre nos agents antibiotiques les plus efficaces obsolètes.»

Les températures et la résistance aux antibiotiques augmentent de façon synchronisée

Les pays d'Europe du Sud avec des températures minimales plus chaudes de 10°C, comme l'Espagne, le Portugal, la Roumanie et l'Italie, ont enregistré une augmentation plus rapide de la prévalence de la résistance aux antibiotiques au fil du temps que les pays plus froids d'Europe du Nord comme la Suède et la Finlande et la Norvège. Les augmentations de la résistance allaient de 0,33 à 1,2 pour cent par an, même après avoir tenu compte de facteurs tels que la densité de la population locale et les modèles locaux d'utilisation d'antibiotiques.

L'association était valable pour les quatre classes d'antibiotiques analysées et pour deux des trois espèces bactériennes analysées. (La résistance a diminué pour la troisième bactérie, S. aureus; les chercheurs attribuent cela aux importants efforts de santé publique à travers l'Europe pour réduire S. aureus résistant à la méthicilline, ou SARM).

Pourquoi la température affecterait-elle la résistance aux antibiotiques?

Les chercheurs reconnaissent que leurs preuves sont circonstancielles. En d'autres termes, les augmentations de températures et de la résistance aux antibiotiques pourraient avoir changé indépendamment l'une de l'autre. Cependant, ils présentent certaines façons potentielles dont la température pourrait affecter la résistance aux antibiotiques.

Par exemple, des expériences in vitro montrent que la croissance bactérienne augmente à des températures chaudes, ce qui pourrait faciliter la transmission de souches résistantes. D'autres études fournissent des preuves que des températures plus élevées améliorent le transfert des gènes de résistance aux antibiotiques entre les bactéries.

Pour approfondir le lien, les chercheurs appellent à des études similaires à long terme aux États-Unis, surveillant la température et la résistance aux antibiotiques dans différentes régions du pays au fil du temps.

«Nos résultats peuvent motiver les futures recherches à mieux comprendre les mécanismes biologiques ou les modèles de comportement humain, tels que les pratiques agricoles, qui peuvent se produire dans des endroits plus chauds et peuvent avoir facilité l'augmentation rapide de la souche bactérienne résistante aux antibiotiques», déclare McGough.

«Une meilleure caractérisation des facteurs génétiques et biologiques qui peuvent contribuer à la propagation accrue des souches résistantes aux antibiotiques peut nous aider à mieux concevoir la santé publique et des interventions cliniques spécifiques», ajoute le co-auteur de l'étude Derek R. MacFadden.

jeudi 15 octobre 2020

Les écologistes doivent s'adapter à un monde qui change, selon Emmanuelle Charpentier

 Un tweet de M. Emmanuel Rumy me va droit au coeur  ... et je voulais vous en faire profiter ...

Complément du 19 octobre 2020. On lira Emmanuelle Charpentier prix Nobel de Chimie, France prix Nobel d’Idéologie, article de Jean-Paul Oury dans European scientist du 16 octobre 2020.

 

mercredi 30 septembre 2020

Rappels dans plusieurs pays en raison de la présence d'oxyde d'éthylène dans les graines de sésame

« Rappels dans plusieurs pays en raison de la présence d'oxyde d'éthylène dans les graines de sésame », source Food Safety News et adapté par mes soins -aa.

La présence d'une substance non autorisée dans les graines de sésame en provenance d'Inde a provoqué une vague de rappels de produits à travers l'Europe.

L'alerte à l'oxyde d'éthylène a été soulevée pour la première fois par la Belgique début septembre mais concerne désormais près de 20 pays. L'oxyde d'éthylène est un cancérogène génotoxique après une consommation régulière.

Les graines de sésame ont été utilisées dans la production de farine et les produits rappelés comprennent du pain et des bagels.

Plusieurs chaînes de supermarchés en Belgique (mais aussi en France) ont rappelé des produits des rayons en raison de la teneur élevée en résidus dans les graines de sésame qu'ils contiennent.

Graines utilisées dans une variété de produits
L'Autriche, la République tchèque, la Finlande, la France, l'Allemagne, l'Irlande, l'Italie, la Lettonie, le Luxembourg, Malte, les Pays-Bas, la Norvège, la Pologne, la Russie, la Slovaquie, la Slovénie, l'Espagne, la Suède et la Suisse sont toutes répertoriées comme étant concernées.

En Belgique, Soubry, Soezie, Colruyt, Albert Heijn, Delhaize, Focaccia BV, La Lorraine Bakery Group, ’t Bakhuisje, l’Artemeersmolen et Aveve ont effectué des rappels. En France, Auchan a rappelé certains bagels, tout comme Aldente GmbH en Allemagne. Lidl en France a rappelé aussi des baguettes aux céréales. Les autorités ont dit aux personnes qui avaient les produits de ne pas les consommer et de retourner les articles au point de vente pour un remboursement.

L'utilisation d'oxyde d'éthylène en tant que composant de produits phytopharmaceutiques est interdite par la réglementation de l'UE, mais son utilisation dans le cadre de produits biocides est autorisée pour certains articles.

L'oxyde d'éthylène est utilisé pour lutter contre les insectes comme fumigant pour les épices, les assaisonnements et les produits alimentaires. Il est utilisé à la place des procédés à haute température qui peuvent endommager certains produits tels que les herbes, les épices et les graines.

L'oxyde d'éthylène est utilisé par l'industrie américaine des épices pour prévenir les contaminants microbiens tels que Salmonella et E. coli, réduire la charge bactérienne, les levures et les moisissures, les coliformes et autres agents pathogènes.

Fin septembre 2019, l'Agence de réglementation de la lutte antiparasitaire de Santé Canada a proposé d'établir des limites maximales de résidus (LMR) pour l'oxyde d'éthylène sur les légumes secs et les graines de sésame afin de permettre la vente d'aliments contenant de tels résidus. Il s'agit d'un insecticide homologué au Canada pour une utilisation sur les épices entières ou moulues et les assaisonnements naturels transformés.

Les LMR proposées pour l'oxyde d'éthylène de 7 ppm (parties par million) sont les mêmes que les tolérances américaines. Il n'y a pas de LMR répertoriées au Codex Alimentarius pour l'oxyde d'éthylène dans ou sur aucun produit.

Complément du 15 novembre 2020. Le Centre for Food Safety (CFS) de Hong Kong exhorte le public à ne pas consommer plusieurs types de produits de boulangerie en provenance de France avec une présence possible d'oxyde d'éthylène.
Le CFS a exhorté aujourd'hui (13 novembre) le public à ne pas consommer plusieurs types de produits de boulangerie importés de France car les graines de sésame utilisées ont été retrouvées plus tôt avec une possible substance cancérigène, l'oxyde d'éthylène . Le commerce doit cesser immédiatement d'utiliser ou de vendre les produits concernés s'il les possède.

vendredi 14 août 2020

La France, championne d'Europe au niveau des rappels de produits alimentaires en juillet 2020, selon une application


Selon le tweet de l’application Swiss De Code,
Les rappels d'aliments signalés en Europe continuent d'augmenter pour le quatrième mois consécutif. La France a été particulièrement touchée en juillet 2020, étant le pays avec le plus de rappels d'aliments signalés et avec l'origine du plus de produits rappelés.
Cliquez sur l'image pour l'agrandir
On pourra aussi retrouver les résultats des rappels de janvier, février, mars, avril, mai et de juin 2020.

A suivre ...

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

dimanche 2 août 2020

Fraude alimentaire : Des agences sanitaires nationales fournissent des détails sur l'opération d'Opson IX


« Des agences sanitaires nationales fournissent des détails sur l'opération d'Opson IX », source article de Joe Whitworth paru le 2 août 2020 dans Food Safety News et adapté par mes soins -aa.

Les autorités allemandes, espagnoles, italiennes et belges (voir le communiqué de l’AFSCA –aa) ont fourni plus de détails sur leur rôle dans une opération internationale axée sur les aliments et boissons potentiellement dangereux.

L'opération Opson IX, coordonnée par Europol et Interpol, s'est déroulée de décembre 2019 à juin 2020. Plus de 40 millions de dollars de denrées alimentaires et de boissons ont été saisis, dont 12 000 tonnes de produits illégaux et dangereux.

L'Office fédéral de la protection des consommateurs et de la sécurité alimentaire (BVL) a révélé que les autorités allemandes avaient découvert une manipulation dans de l'huile d'olive et des problèmes de déclaration de vanille naturelle dans les aliments.

Dans l'huile d'olive considérée comme extra vierge, le plus haut niveau de qualité, des huiles de qualité inférieure telles que l'huile lampante ont été retrouvées. Dans les produits alimentaires tels que des crèmes glacées et des desserts, les chercheurs ont trouvé des substances aromatisantes peu coûteuses produites par synthèse au lieu de la vanille naturelle.

Fraude à l'huile d'olive et à la vanille
L'opération Opson a réuni 11 pays européens pour enquêter sur la fraude à l'huile d'olive. De début janvier à fin mars, les autorités allemandes de surveillance alimentaire ont contrôlé plus de 3 694 litres d'huile d'olive extra vierge, qui doivent répondre à certains critères de qualité.

Dans 83 contrôles, l'huile d'olive annoncée comme extra vierge a été examinée pour une éventuelle adultération avec d'autres qualités d'huile d'olive telles que l'huile vierge, raffinée ou lampante. Elle a également été analysée pour voir si de l'huile de tournesol, de colza ou de soja moins chère était ajoutée, teinte et vendue comme huile d'olive.

Des irrégularités ont été détectées dans environ un quart des cas. Les 19 échantillons problématiques provenaient de grossistes, d'importateurs et d'exportateurs, d'usines d'embouteillage, de distributeurs et de la restauration.

Les autorités ont également analysé des produits contenant de la vanille pour découvrir des pratiques trompeuses et frauduleuses telles que le remplacement de la vraie vanille annoncée par de la vanilline synthétique. Sur les 208 contrôles, 36 non-conformités ont été constatées, y compris le remplacement de la vanille naturelle par l'arôme artificiel bon marché l’éthyl vanilline.

L'Office fédéral de la sécurité alimentaire et vétérinaire en Suisse et l'Agence autrichienne de sécurité alimentaire (AGES) ont également axé les contrôles nationaux sur les produits contenant de la vanille. Les responsables suisses ont rapporté deux résultats anormaux sur 20 analyses.

Dans sept cas, concernant l'huile d'olive et la vanille, des rapports ont été créés dans le système d'assistance administrative et de coopération sur la fraude alimentaire, car une évaluation finale nécessitait des contrôles supplémentaires par les fabricants et les fournisseurs à l'étranger. Ce système informatique permet aux pays de l'UE de se contacter et de partager des informations qui peuvent entraîner des actions administratives et des sanctions ou des procédures judiciaires. Deux affaires ont également été transmises au parquet.

Répression dans le vin italien et un accent mis sur la viande de cheval en Espagne
Les Carabinieri italiens de la NAS faisaient partie de l'opération dans les secteurs de l'huile d'olive et du vin, des actions ciblées sur la fraude du lait et des produits laitiers et enquêtaient sur la contrefaçon et la falsification de passeports pour chevaux pour la commercialisation de viande de cheval provenant d'animaux non destinés à la consommation humaine.

Ces enquêtes ont porté sur 1 647 entreprises, ce qui a conduit à 85 enquêtes de police judiciaire et 312 procédures administratives ainsi qu'à la saisie de 850 000 kg et litres de denrées alimentaires et de boissons d'une valeur de plus de 4,7 millions de dollars. L'opération sur la viande de cheval comprenait 59 passeports saisis.

La police de Florence a enquêté sur des vins contrefaits d'origine nationale et étrangère. Les bouteilles vides d'origine étaient remplies de vins d'origine différente et de qualité inférieure, suivies d'un scellage avec des bouchons contrefaits et de faux emballages. Les produits étaient commercialisés principalement sur la plateforme d'enchères en ligne eBay, sur les marchés nationaux et étrangers, notamment l'Espagne, l'Allemagne, la Belgique, la France et les États-Unis.

Viande de cheval

Cette année, l'opération s'est concentrée sur les produits laitiers et leurs dérivés, l'huile d'olive, les boissons alcoolisées et la viande de cheval destinée à la consommation humaine.

Jusqu'à 28 millions d'euros au total ont été fraudés en Europe.

La Guardia Civil en Espagne a participé à 3 000 contrôles et inspections dans les centres de distribution, les entrepôts, les transports, les conteneurs et les entrepôts ainsi que les ports et les aéroports. Cela a conduit à l'arrestation de 59 personnes et à 40 enquêtes.

Les fraudes détectées en 2020 incluent la falsification de documents sur de l'agneau d'origine française vendu avec une indication géographique protégée de Castilla y León, la production de vins frelatés avec du sucre et la distribution nationale de pizzas à partir d'un endroit ne présentant pas les conditions d'hygiène requises.

Le SEPRONA de Barcelone a arrêté 15 personnes et enquêté sur 13 autres pour des crimes présumés contre la santé publique et la falsification de documents. Plus de 10 000 chevaux ont été examinés dans des fermes d'élevage et des abattoirs à Barcelone pour des passeports falsifiés présumés les classant comme viande propre à la consommation humaine et plus de 300 chevaux déjà abattus se sont avérés non conformes à la réglementation. Au total, 185 passeports ont été saisis qui contenaient des indices de contrefaçon. Cette opération est toujours ouverte au niveau national et européen.


Falsification des documents de traçabilité des chevaux
L'Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire (AFSCA) en Belgique a mené un projet avec les Pays-Bas soutenu par la DG Santé pour aider les autorités nationales à lutter contre les ventes de viande de cheval illégale.

Le communiqué de l’AFSCA du 30 juillet 2020 relate que « L'AFSCA à la tête de la lutte contre la viande chevaline produite illégalement. »

L'opération a permis de contrôler des documents de plus de 157 000 chevaux provenant de 8 pays et d'environ 117 tonnes de viande chevaline.

Des animaux vivants et plus de 17 tonnes de viande chevaline ont été saisis dans plusieurs abattoirs européens. Les inspections des chevaux d'abattage dans plusieurs pays ont montré qu'environ 20 % des passeports étrangers utilisés pour ces chevaux présentaient des signes de falsification.

En Belgique, 20 opérations de contrôles ont été menées, dont quatre dans des abattoirs. 308 passeports et chevaux ont été passés au crible, 88% de ceux-ci étaient en règle. 28 passeports falsifiés ont été identifiés, dont 13 qui concernaient de fausses identités. Ces falsifications ont essentiellement pour but d'introduire illégalement des équidés « exclu de la chaîne alimentaire » (statut légal, irréversible) dans la chaîne alimentaire en modifiant frauduleusement ce statut via leurs passeports. Ces chevaux de selle ont donc potentiellement pu recevoir un traitement médicamenteux exclusivement réservé aux animaux exclus de la chaîne alimentaire. Il s’agit également d’une potentielle fraude éthique puisqu’un des propriétaires précédents, voire le naisseur, en choisissant ce statut, ne désirait pas que les chevaux concernés entrent dans la chaîne alimentaire.

86 chevaux dépourvus de passeport et provenant de plusieurs pays européens ont été contrôlés via leur micropuce. Suite à ces contrôles, 13 dossiers ont été ouverts par l’AFSCA et 12 saisies sanitaires effectuées. Un camion utilisé pour transporter des chevaux aux identifications falsifiées a été saisi par l’UNE lors de l'un de ces contrôles.

Comme chaque animal qui va entrer dans la chaine alimentaire, tous les chevaux doivent être soumis à une expertise avant et après l’abattage. Ainsi, en 2019, 5 584 chevaux ont été contrôlés à l’abattoir, et plus de 98% de ceux-ci étaient conformes, tant d’un point de vue sanitaire que d’un point de vue réglementaire.

Grâce aux contrôles stricts imposés aux abattoirs afin de détecter tout indice de fraude - contrôles parmi les plus stricts en Europe, la Belgique a depuis de nombreuses années fortement réduit le risque de fraude pour les chevaux identifiés et enregistrés chez elle.

Sauf erreur de ma part, nos autorités sanitaires n’ont pas diffusé d’informations sur leur rôle dans l’opération Opson IX, confinement ?

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous !