Conclusions préliminaires
«L'hygiène, avant la microbiologie, n'est hygiénique que dans ses intentions. C'est la science des apparences qui repose entre des mains d'aveugles : est sain ce qui est beau, bon, et ne sent pas mauvais.» Pierre Darmon, L'homme et les microbes, Fayard, 1999.
samedi 8 juillet 2023
Etats-Unis : Augmentation sensible des infections à Cyplospora. Á propos d'une note du terrain sur une épidémie liée à de la salade en Floride.
samedi 9 juillet 2022
Etats-Unis : Les propriétaires de Big Olaf Creamery disent qu'ils sont injustement ciblés dans l'enquête sur une épidémie mortelle à Listeria
Voici que Coral Beach propose dans Food Safety News un article intitulé, «Les propriétaires de Big Olaf Creamery disent qu'ils sont injustement ciblés dans l'enquête sur une épidémie mortelle».
Une entreprise de crème glacée dont le produit a été lié à une épidémie mortelle d'infections à Listeria monocytogenes affirme que l'implication n'est que pure spéculation de la part des responsables de la santé des États et du gouvernement fédéral.
Les propriétaires de Big Olaf Creamery ont déclaré dans un message sur Facebook «que l'enquête ‘n'est que de spéculation’» et on ne sait pas pourquoi l'entreprise est «ciblée» après que six des 23 patients aient mentionné avoir mangé leur glace. «Notre marque n'a pas été confirmée comme étant liée à ces cas...»
Les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis ont annoncé samedi que la crème glacée de la société était la source probable de l'épidémie de 23 personnes qui a tué une femme et entraîné la perte du fœtus d'une femme enceinte. Vingt-deux patients ont été hospitalisés dans 10 États.
Certaines entités de santé publique sont sous le feu d'un avocat de la sécurité des aliments de Seattle qui a déposé la première action en justice liée à l'épidémie au nom d'une femme décédée en janvier de cette année.
«Pourquoi une entreprise qui sait qu'elle est sous surveillance pour une épidémie mortelle de Listeria monocytogenes ignorerait la science et mettrait les clients en danger est vraiment au-delà de l'entendement, immoral et probablement criminel», a déclaré l'avocat Bill Marler.
«La raison pour laquelle les départements de la santé publique de Sarasota et de Floride n'ont pas arrêté la production et les ventes et ordonné un rappel complet est un échec à protéger le public.»
Les responsables de Big Olaf ont conseillé aux magasins de cesser de vendre leurs produits mais n'ont pas lancé de rappel. La société, basée à Sarasota, Floride, a été fondée en 1982 et compte 15 points de vente dans tout l'État, selon le site Internet de la société. Les magasins vendent des glaces à consommer sur place ainsi que des glaces conditionnées à emporter. Certains d'entre eux sont licenciés par la société tandis que d'autres ne présentent que des produits Big Olaf.
Selon Ryan Ballogg du Bradenton Herald, le Florida Department of Health mène l'enquête épidémiologique sur l'éclosion à Listeria. Mercredi, le porte-parole Jeremy Redfern a déclaré au Bradenton Herald que les consommateurs devraient continuer à éviter les produits Big Olaf.
«Le Florida Department of Health a conseillé à Big Olaf de suspendre les ventes et la production jusqu'à nouvel ordre. Ils nous ont informés qu'ils contacteraient ceux qui servent leur produit pour leur recommander d'arrêter de servir.»
«Il semble qu'ils ne suivent pas nécessairement nos conseils», a dit Redfern dans un courriel.
La société a publié une réfutation sur sa page Facebook indiquant qu'elle «coopère avec le Florida Department of Health, le Florida Department of Agriculture & Consumer Services (FDACS) et la FDA dès que nous avons été informés de la situation», indique le message. «Nous avons été transparents et avons répondu à toutes leurs questions et leur avons fourni toutes les informations qui nous étaient demandées, car la santé et le bien-être du public sont notre première priorité.»
Dans sa mise à jour du samedi 2 juillet, le CDC a dit que sur 22 patients pour lesquels des informations étaient disponibles, 20 ont déclaré vivre ou voyager en Floride au cours du mois où ils sont tombés malades. Les maladies ont commencé à des dates allant du 24 janvier 2021 au 12 juin 2022.
L'avis du CDC indique que les personnes malades étaient âgées de moins de 1 à 92 ans.
Le 8 juillet, le CDC indique qu’il «craint que la crème glacée de chez Big Olaf Creamery soit toujours chez les consommateurs ou disponible à la vente dans les magasins. La crème glacée Big Olaf Creamery est vendue en Floride dans les magasins Big Olaf Creamery et dans des magasins sous différents noms de société.»
Le Florida Department of Health, le CDC, les responsables de la santé publique et de la réglementation de plusieurs autres États et la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis sont impliqués dans l'investigation sur l'épidémie. Sur les 17 personnes interrogées, 14 ont déclaré avoir mangé de la crème glacée. Parmi les 13 personnes qui se sont souvenues de détails sur le type de crème glacée qu'elles ont mangé, six ont déclaré avoir mangé de la crème glacée de marque Big Olaf Creamery ou avoir mangé de la crème glacée dans des endroits qui auraient pu être fournis par Big Olaf Creamery.
Selon le site Internet de Big Olaf Creamery, la crème glacée de l'entreprise est «fabriquée dans une crémerie locale près du village amish de Sarasota, Pinecraft... mélangée à la main avec les meilleurs ingrédients, puis brassée dans des congélateurs par lots par des artisans amish locaux».
Les produits Big Olaf ne sont vendus qu'en Floride, mais seulement une douzaine de patients vivent dans l'État, selon le CDC.
Des patients ont été signalés au Colorado ainsi qu'un en Géorgie, un dans l'Illinois, un au Kansas, deux dans le Massachusetts, un dans le Minnesota, un dans le New Jersey, deux à New York et un en Pennsylvanie. Sur 10 personnes qui ont fourni au CDC leurs informations de voyage, huit ont déclaré avoir voyagé en Floride au cours du mois précédant la maladie.
L'avocat Marler a dit à USA Today que s'il peut être difficile d'identifier la source des cas de Listeria, car les symptômes peuvent prendre entre trois et 70 jours pour apparaître chez les patients, il est relativement facile de lier les cas à une source unique lorsque les empreintes génétiques sont utilisées.
«Le séquençage du génome entier vous donne des éléments au-delà de tout doute raisonnable, c'est le genre de technologie utilisée dans les affaires pénales, l'échantillonnage d'ADN, ce genre de choses», a-t-il dit. «Cela a changé la donne dans l'espace alimentaire parce que vous savez que si les gens ont la même empreinte génétique, vous savez qu'elle vient du même endroit.»
Listeria monocytogenes est une bactérie potentiellement mortelle qui hospitalise généralement plus de 95% des personnes dont les cultures sont confirmées et au moins 25% en décède, selon le CDC.
NB : Bill Marler est l’éditeur of Food Safety News.
Mise à jour du 10 juillet 2022. Big Olaf a commencé le rappel des glaces ce week-end, selon Food Safety News.
Le fabricant de crème glacée Big Olaf Creamery, basé à Sarasota, a commencé ce week-end à rappeler sa crème glacée des rayons des magasins après que les responsables de la santé publique ont lié ces produits à une épidémie à Listeria.
Samedi, Jeremy Redfern, du Florida Department of Health, a confirmé que le rappel était en cours, confirmant que la société avait interrompu la production de produits de crème glacée jusqu'à ce que les responsables de la santé achèvent leur investigation.
Dans une alerte de sécurité des aliments vendredi, les Centers for Disease Control and Prevention ont conseillé aux résidents et aux entreprises de Floride de jeter immédiatement toute crème glacée produite par Big Olaf Creamery ou l'une de ses marques associées.
Big Olaf n'a fait aucun commentaire et sur son site Internet, pas d’information dans le sens d’un rappel.
Mise à jour du 14 juillet 2022. Ce qui devait arriver arriva, Big Olaf Creamery rappelle toutes ses crèmes glacées alors que la FDA a fait le lien entre les produits et l'épidémie à Listeria en cours.
vendredi 23 avril 2021
Comprendre les infections à Salmonella en Floride
Une nouvelle étude menée par des chercheurs de l'UF sur les infections à Salmonella en Floride a mis en évidence l'influence des saisons, de la géographie et de l'âge sur les modes de transmission. L'équipe a également développé de nouvelles méthodes basées sur l'IA pour détecter les épidémies et relier les cas à des sources environnementales ou alimentaires.
Si vous êtes déjà tombé malade d'une salmonellose d'origine alimentaire, vous n'oublierez pas de sitôt les jours de détresse gastro-intestinale - douleurs abdominales, diarrhée et vomissements - plus fièvre et frissons. Malheureusement, les Floridiens supportent une part injuste de cette maladie, connaissant deux fois le taux par habitant du pays, selon une nouvelle étude.
Des chercheurs de l’Institute of Food and Agricultural Sciences (IFAS), du Food Systems Institute et de l'Emerging Pathogens Institute (EPI) de l'UF ont récemment publié deux articles qui proposent l’analyse la plus détaillée à ce jour de la salmonellose en Floride. Le travail était une collaboration avec le Florida Department of Health (FDOH) dans le cadre des Centers of Excellence in Food Safety qui sont financés par le Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis.
Dans un article, les chercheurs ont analysé les données collectées par le FDOH pour déterminer les tendances géographiques, démographiques et temporelles des cas et des épidémies au cours de la dernière décennie. Dans le deuxième article, ils ont analysé l'épidémiologie moléculaire des cas en 2017 et 2018 pour comparer la diversité et l'abondance des différents types de Salmonella connus en Floride avec ceux connus au niveau national. Ils ont également développé de nouvelles méthodes pour détecter rapidement les épidémies, les clusters de cas qui surviennent sur une période plus longue ou même les expositions courantes provenant de la nourriture, des animaux ou d'autres réservoirs.
La salmonellose est causée par la bactérie Salmonella, qui comprend environ 2 600 sérotypes différents. Un sérotype fait référence à un ensemble unique d'antigènes de surface sur un micro-organisme, et c'est une façon de regrouper les agents pathogènes dans des catégories plus petites que les espèces. Divers sérotypes de Salmonella sont associés à des aliments spécifiques ou à d'autres sources et peuvent être utilisés pour démontrer les liens entre les cas individuels, détecter les épidémies et même relier les épidémies aux sources.
«L'État enregistre tellement de cas qu'il ne peut effectuer le séquençage du génome entier que pour certains des prélèvements», déclare l'auteur de l'étude Nitya Singh, chercheur à l'IFAS et à l'EPI. «Ce que nous avons fait, c'est analyser leurs données pour mieux comprendre comment ces données pourraient éclairer l'action de santé publique.»
Âge, saisons et régions
Ils ont également constaté que les cas de salmonellose atteignaient un pic chaque année en Floride entre août et octobre. Singh dit que cela pourrait être lié au climat: ces mois ont tendance à être caractérisés par des températures moyennes et des précipitations élevées. Le calendrier correspond également à la fin de la saison des ouragans, et d'autres recherches relient les pics de maladies d'origine alimentaire à des événements météorologiques extrêmes.
Au fil du temps, les chercheurs ont détecté une légère diminution du taux de salmonellose: de 2009 à 2016, il a baissé de 23% avant de remonter à nouveau. Les régions du nord-est et du nord-ouest de la Floride ont également connu des taux plus élevés de salmonellose au cours des années examinées, voir la figure ci-dessous, bien que les raisons restent incertaines.
Le taux d'incidence de la salmonellose par comté de Floride en 2017 et 2018 (figure fournie par les auteurs de l'étude). |
Prévalence des sérotypes de Salmonella retrouvés en Floride et à l'échelle nationale. (Figure fournie par les auteurs de l'étude) |
La principale différence en Floride est une prévalence élevée du sérotype Sandiego qui est presque inexistante à l'échelle nationale. Un sérotype nommé Braenderup est également plus important en Floride que dans l'ensemble des États-Unis. Mais les deux premiers sérotypes trouvés en Floride, Enteritidis et Newport, correspondent aux deux premiers à l'échelle nationale.
Étant donné que la Floride enregistre autant de cas à Salmonella chaque année, il n'est pas rentable pour le département de la santé d'effectuer un séquençage génétique dans chaque cas. Mais les auteurs de l'étude ont déterminé que les séquences obtenues par l'État sont probablement très représentatives de tous les cas de Salmonella qui surviennent dans la population générale.
Une nouvelle façon de détecter les épidémies
En d'autres termes, la méthode MLST déterminera si un échantillon est du sérotype Sandiego, mais pas si deux isolats Sandiego distincts sont génétiquement suffisamment proches pour provenir de la même source. Pour ce niveau de détail, de nombreux chercheurs se tournent vers des méthodes basées sur le polymorphisme d'un seul nucléotide, ou analyses SNP, qui identifient des changements uniques dans les paires de bases d'ADN. Mais les travaux basés sur les SNP sont trop longs et trop gourmands en ressources pour être utilisés pour les milliers d'isolats de Salmonella séquencés chaque année en Floride.
«Le but de la détection d'une épidémie est de déterminer quels cas partagent une relation génétique étroite, et de comprendre cela rapidement», dit Singh. «Nous avons dû repenser la manière de procéder. Nous avions besoin d'un outil de résolution fine pour rechercher rapidement les liens génétiques entre les cas et détecter les flambées. Mais les méthodes basées sur SNP sont trop lentes, nos ordinateurs fonctionneraient pendant des mois.»
Le défi: comment analyser des téraoctets de données et découvrir des connexions génétiques en moins de temps?
«Nous devions rétrécir nos filets de pêche», dit Singh. «Trouver des liens génétiques est la preuve ultime que les cas sont liés, et avec notre méthode, vous ne pouvez pas le manquer.»
Tout d'abord, l'équipe a d'abord utilisé une méthode MLST avancée qui ne regarde que les gènes conservés dans le génome central, pour rechercher rapidement des liens entre des milliers d'isolats et les saisir. Deuxièmement, à l'aide d'un algorithme d'apprentissage automatique basé sur l'IA appelé clustering hiérarchique, l'équipe a analysé les données de séquençage de l'état pour regrouper les isolats de Salmonella partageant la caractéristique commune de variations identiques dans jusqu'à cinq allèles, qui sont des variations d'un seul gène qui se produisent dans le même endroit sur un chromosome. Cette approche est au cœur de la nouvelle méthode en deux étapes proposée par les chercheurs.
«Le séquençage du génome entier a permis d'obtenir et d'utiliser des données de séquence à partir de l'ensemble du génome», a dit le co-auteur Arie Havelaar. «Cela offre bien sûr un niveau de résolution beaucoup plus élevé, mais cela ajoute également à la complexité.» Havelaar est professeur à l'UF en évaluation des risques microbiens et épidémiologie des maladies d’origine alimentaire, et il a été embauché dans le cadre de l’initiative de prééminence d’UF. Il est reconnu comme un expert international de la sécurité des aliments.
Le regroupement hiérarchique basé sur l'IA permet aux chercheurs d'affiner leur recherche dans le génome d'un isolat d'environ 5 millions de points de données à environ 3 000. Il compare ensuite ces données de séquence tamisées et utilise l'apprentissage automatique pour identifier les relations génétiques. Enfin, les chercheurs ont ensuite utilisé la phylogénie basée sur le SNP pour explorer davantage la parenté génétique au niveau des paires de bases individuelles et pour valider l'approche de clustering.
Lier les cas aux sources
«Il peut identifier d'éventuelles épidémies dans la fenêtre de temps traditionnelle de 60 jours. Mais nous avons également utilisé la méthode pour détecter des séries groupées de cas survenant sur des périodes beaucoup plus longues, jusqu'à 18 mois. Et nous avons cherché à identifier les sources possibles de ces épidémies et clusters de cas», dit Singh.
Pour identifier les sources possibles, l'équipe a pris l'étape supplémentaire de relier rétroactivement les cas de clusters de patients de Salmonella Enteritidis en Floride avec des échantillons obtenus à partir d'aliments et de l'environnement en utilisant la même approche en deux étapes.
«La plupart du temps, les cas sont liés à la viande de poulet», dit Singh. Ces isolats de viande de poulet provenaient de Floride, mais aussi de nombreux autres États, ce qui suggère des problèmes persistants dans la chaîne d'approvisionnement en viande de volaille qui causent à plusieurs reprises des maladies humaines.
Havelaar dit que le nouveau travail souligne l'efficacité de l'approche combinée, qui peut être entreprise par n'importe quel laboratoire en utilisant des données de génome et de séquençage accessibles au public.
«Un défi dans les efforts actuels de suivi des sources est que les données génétiques sur les isolats de Salmonella provenant de différentes sources sont limitées», dit-il. «Les données sur le poulet et d'autres viandes sont régulièrement générées par le Food safety Inspection Service de l'USDA, mais beaucoup moins de données sont disponibles sur d'autres aliments. Si nous devions systématiquement rechercher Salmonella dans plus de sources possibles, nous améliorerions considérablement notre capacité à relier rapidement les cas humains aux sources. »