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mercredi 6 juillet 2022

Les Etats membres de l'UE votent pour interdire certains antibiotiques à usage vétérinaire

«Les Etats membres de l'UE votent pour interdire certains antibiotiques à usage vétérinaire», source CIDRAP News.

Les États membres de l'Union européenne (UE) ont officiellement apporté leur soutien à une liste d'antibiotiques dont la vente à des fins vétérinaires sera interdite.

La liste des classes, sous-classes et substances d'antibiotiques à réserver uniquement à l'homme est basée sur les recommandations faites à la Commission européenne en mai par l'Agence européenne des médicaments, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies et l'Autorité européenne de sécurité des aliments.

Les classes d'antibiotiques de la liste comprennent les carbapénèmes (p. ex. méropénème), les combinaisons céphalosporine/inhibiteur de bêta-lactamase (ceftolozane-tazobactam), les céphalosporines sidérophores (céfidérocol), les monobactames (aztréonam), les carboxypénicillines (pipéracilline), les glycopeptides (vancomycine), les lipopeptides (daptomycine), les oxazolidinones (linézolide) et les glycylcyclines (tigécycline).

Les États membres de l'UE ont voté sur la liste le 4 juillet.
«La liste votée aujourd'hui, la première du genre dans l'UE et une référence dans le monde entier, est une avancée majeure dans notre approche Une seule santé pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens», a dit Stella Kyriakides, commissaire européenne à la santé et à la sécurité alimentaire. dans un communiqué de presse de la Commission européenne. «C'est un excellent exemple de la façon dont nous abordons ensemble la santé humaine, animale et végétale tout en tenant compte de l'importance de l'environnement.»

La Commission européenne déclare qu'elle adoptera et publiera officiellement la liste dans les semaines à venir, et que l'interdiction entrera en vigueur 6 mois après la publication.

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La revue PROCESS Alimentaire censure pour une triste question d’argent les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors que la revue a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. La revue PROCESS Alimentaire a censuré le blog et refuse tout assouplissement. Derrière cette revue, il faut que vous le sachiez, il y a une direction aux éditions du Boisbaudry, pleine de mépris, et un rédacteur en chef complice !

lundi 4 juillet 2022

Plastiques et micro-organismes.

Deux articles parus dans ASM News traitent des plastiques et des micro-organismes.

1. «Le prétraitement chimique déconstructif accélère la décomposition microbienne des plastiques», source ASM News.

Selon des chercheurs de la Michigan Technological University, un prétraitement chimiques qui déconstruit certains types de plastiques peut aider les communautés microbiennes naturelles à décomposer plus rapidement les déchets plastiques. L’étude a été présentée à ASM Microbe, la réunion annuelle de l'American Society for Microbiology, le 12 juin 2022 à Washington D.C.

Les composés dérivés de la déconstruction chimique du polyéthylène téréphtalate (PET) ou des plastiques polycarbonate ou de la pyrolyse du plastique polyéthylène haute densité (HDPE) peuvent soutenir avec succès la croissance. Les génomes des communautés microbiennes dérivées de plusieurs sols montrent que ces organismes sont capables de dégrader des composés carbonés complexes, tels que ceux que l'on trouve dans l'essence, le pétrole et les plastiques. La décomposition du plastique avec un prétraitement chimique rend le carbone, l'oxygène et l'hydrogène de la structure moléculaire du plastique plus accessibles aux bactéries pour les utiliser comme nutriments.

«Les bactéries se développent rapidement avec ce régime de plastiques déconstruits et fabriquent plus de cellules bactériennes, décomposant efficacement le plastique. Nous pouvons utiliser ces communautés bactériennes nourries de plastique pour créer du lubrifiant et même de la poudre de protéines, transformant véritablement les déchets en trésor tout en résolvant le problème des déchets plastiques», a dit le Dr Stephen Techtmann, professeur de sciences biologiques à Michigan Tech.

Selon le Programme environnemental des Nations-Unies, sur les 6,3 milliards de tonnes de plastique fabriquées chaque année, 79% s'accumulent dans les décharges. D'ici 2050, les déchets plastiques auront triplé, mettant des dizaines ou des milliers d'années à se dégrader. Les chercheurs ont démontré que des méthodes de dégradation chimiques et biologiques combinées peuvent être utilisées pour dégrader efficacement plusieurs types de plastique sur une période relativement courte et peuvent constituer une future voie pour gérer les déchets plastiques qui s'accumulent rapidement.

«Ces résultats ont soutenu notre hypothèse selon laquelle l'environnement naturel est un réservoir inexploité de micro-organismes capables de dégrader les éléments constitutifs du plastique, et que les communautés microbiennes mixtes peuvent simultanément dégrader les intrants de déchets plastiques mixtes», a dit Lindsay Putman, postdoc au département de sciences biologiques. à Michigan Tech, qui a conçu et dirigé l'étude.

2. «La pollution plastique dans l'océan peut héberger de nouveaux antibiotiques, selon une étude», source ASM News.

La pollution plastique dans l'océan pourrait servir de source de nouveaux antibiotiques, selon une nouvelle étude menée par des étudiants en collaboration avec la Scripps Institution of Oceanography. L’étude a été présentée à la conférence de l'American Society for Microbiology à Washington, D.C. du 9 au 13 juin 2022.

Les scientifiques estiment qu'entre 5 et 13 millions de tonnes métriques de pollution plastique pénètrent dans les océans chaque année, allant des gros débris flottants aux microplastiques sur lesquels les microbes peuvent former des écosystèmes entiers. Les débris plastiques sont riches en biomasse et pourraient donc être un bon candidat pour la production d'antibiotiques, qui a tendance à se produire dans des environnements naturels hautement compétitifs.

Pour explorer le potentiel de la plastisphère en tant que source de nouveaux antibiotiques, les chercheurs ont modifié l'approche scientifique citoyenne Tiny Earth (développée par le Dr Jo Handelsman) aux conditions marines. Les chercheurs ont incubé du plastique polyéthylène haute et basse densité (le type couramment observé dans les sachets dans les magasins) dans l'eau près de Scripps Pier à La Jolla, Californie, pendant 90 jours.

Les chercheurs ont isolé 5 bactéries productrices d'antibiotiques à partir de plastique océanique, y compris des souches de Bacillus, Phaeobacter et Vibrio. Ils ont testé les isolats bactériens contre une variété de cibles Gram positif et négatif, trouvant que les isolats sont efficaces contre les bactéries couramment utilisées ainsi que contre deux souches résistantes aux antibiotiques.

«Compte tenu de la crise actuelle des antibiotiques et de la montée des superbactéries, il est essentiel de rechercher des sources alternatives de nouveaux antibiotiques», a dit l'auteur principal de l'étude, Andrea Price, de la National University. «Nous espérons étendre ce projet et caractériser davantage les microbes et les antibiotiques qu'ils produisent.»

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samedi 2 juillet 2022

Un rapport britannique révèle un faible niveau de E. coli résistants dans la viande bovine et de porc

«Un rapport britannique révèle un faible niveau de E. coli résistants dans la viande bovine et de porc», source CIDRAP News.

Un rapport publié par la Food Standards Agency (FSA) du Royaume-Uni montre que la prévalence de Escherichia coli résistant aux antibiotiques dans les prélèvements de viande bovine et de porc au stade de la distribution est restée faible.

L'enquête sur E coli dans la viande au stade de la distribution a analysé 105 échantillons de bœuf et 105 échantillons de porc vendus dans des magasins en Angleterre, en Écosse, au Pays de Galles et en Irlande du Nord pour la résistance à 20 antibiotiques et la présence de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) et d'enzymes AmpC, qui médient la résistance aux antibiotiques comme les céphalosporines de troisième génération et sont portés par des gènes mobiles qui peuvent être transférés à d'autres bactéries. Les bactéries commensales comme E. coli peuvent être un réservoir pour ces gènes; des enquêtes annuelles sur E. coli dans la viande vendue au détail sont menées au Royaume-Uni depuis 2015.

L'analyse a révélé qu'un échantillon de viande bovine (0,95%) et quatre échantillons de viande de porc (3,81%) étaient positifs pour E. coli producteurs de BLSE et/ou d'AmpC. Aucun des cinq échantillons n'était résistant aux trois antibiotiques carbapénèmes testés, ni à la colistine, un antibiotique de dernier recours. Le rapport note également qu'aucun des échantillons de viande avant enrichissement bactérien n'avait un dénombrement de E. coli de phénotype AmpC ou BLSE supérieur aux niveaux de détection de l'Union européenne (UE), ce qui indique qu'il y avait un faible nombre de ces bactéries sur les échantillons.

Les résultats sont similaires aux enquêtes menées en 2015, 2017 et 2019, a déclaré la FSA, et se comparent favorablement aux résultats des pays de l'UE.

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lundi 30 mai 2022

Comprendre la transmission de la résistance aux antibiotiques chez le staphylocoque doré

Image en microscope électronique à balayage d'un biofilm de Staphylococcus aureus à la surface 
d'un tuyau en acier inoxydable non lavé (5000x),. Source.

«Comprendre la transmission de la résistance aux antibiotiques chez le staphylocoque doré», source communiqué de l’Institut Pasteur du 23 mai 2022.

Face à l'antibiorésistance, il est important de comprendre comment les souches bactériennes développent leur compétence à résister aux traitements. Une collaboration internationale a identifié comment le staphylocoque doré acquiert une résistance à un antibiotique largement utilisé.

Des chercheurs de l’Institut Pasteur et de ses partenaires ont mis en évidence pour la première fois les mécanismes de transmission de la résistance à la méticilline, un antibiotique, chez le staphylocoque doré. Cette antibiorésistance se transmet à partir des cellules résistantes vers les cellules sensibles au médicament par le transfert d'une grande région chromosomique, longue de 50 000 paires de bases. Pour recevoir ce matériel génétique, les staphylocoques déploient naturellement toute une machinerie moléculaire. Ce mécanisme est favorisé par le développement des bactéries sous forme de biofilms, des agglomérats de micro-organismes. Les chercheurs ont également identifié des contrôles génétiques favorisant la formation des biofilms, suggérant que cibler cette étape pourrait être une approche pour limiter la transmission de la résistance aux antibiotiques.

Le staphylocoque doré (Staphylococcus aureus) fait partie de la flore cutanée naturelle. Il colonise particulièrement les muqueuses externes chez 30 à 50% de la population, porteurs sains chez qui aucun symptôme n’est développé. Mais c’est aussi une bactérie extrêmement pathogène pour l’homme, à l’origine de multiples infections, allant de lésions cutanées (furoncles, panaris, impétigo, etc.), à l’endocardite (inflammation des structures internes du cœur), la pneumonie aiguë, l’ostéomyélite (infection des os) ou la septicémie. Elle arrive au premier rang des germes à Gram positif responsables des infections contractées en milieu hospitalier. Les souches les plus dangereuses sont celles qui sont multi-résistantes aux antibiotiques. C’est le cas du SARM, Staphylococcus aureus résistant à la méticilline, répandu dans le milieu hospitalier et qui pose un problème de santé public majeur. La méticilline est en effet un antibiotique largement utilisé pour lutter contre les infections au staphylocoque doré. Les mécanismes d'acquisition de la résistance par les staphylocoques n'étaient jusqu’alors pas connus.

Référence
Natural transformation allows transfer of SCCmec-mediated methicillin resistance in Staphylococcus aureus biofilms, Nature Communications, 5 mai 2022.

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mardi 24 mai 2022

Priorités stratégiques de l’OMS pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens

«Priorités stratégiques de l’OMS pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens. Préserver les antimicrobiens pour aujourd’hui et pour demain», source OMS du 18 mai 2022.

La résistance aux antimicrobiens (RAM) constitue une menace mondiale majeure aux lourdes conséquences. On estime que les infections résistantes aux médicaments contribuent à près de 5 millions de décès chaque année. Si nous n’agissons pas maintenant, des maladies courantes ne pourront plus être soignées et les interventions modernes permettant de sauver des vies deviendront plus risquées. L’impact économique d’une résistance incontrôlée aux antimicrobiens se traduira par une augmentation spectaculaire des dépenses de santé et des dommages aux systèmes alimentaires et aux moyens de subsistance, entraînant une hausse des niveaux de pauvreté et d’inégalité

Bien que la résistance aux antimicrobiens soit un phénomène naturel, les principaux facteurs à la fois de son développement et de sa propagation sont d’origine humaine. Parmi ceux-ci figurent l’usage inadapté ou abusif des antimicrobiens chez les êtres humains, les animaux ou les végétaux ; la disponibilité limitée de vaccins, de produits de diagnostic et de traitements appropriés ; le manque d’accès à l’eau potable, à l’assainissement et à l’hygiène ; une lutte anti-infectieuse inadéquate ; la transmission d’agents pathogènes résistants tout au long de la chaîne alimentaire ; et l’échec des systèmes de gestion des déchets.

S’attaquer aux facteurs et à l’impact de la résistance aux antimicrobiens pose d’importantes difficultés, tant pour les pays que pour la communauté internationale. Il faut à la fois une coordination multisectorielle et des actions sectorielles fortes. L’OMS dirige la riposte mondiale du secteur de la santé humaine à la résistance aux antimicrobiens, en travaillant avec les pays qui définissent les priorités des interventions, mettent celles-ci en œuvre et les évaluent. L’OMS coordonne également la riposte multisectorielle selon le principe « Une seule santé » ; elle héberge en effet le Secrétariat conjoint tripartite sur la résistance aux antimicrobiens, en collaboration avec l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO), l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE), le Programme des Nations Unies pour l’environnement (PNUE) et d’autres partenaires

L’action de l’OMS face à la résistance aux antimicrobiens repose sur quatre domaines stratégiques prioritaires auxquels il faut d’urgence prêter attention. Chacun d’entre eux est aligné sur le mandat et les fonctions essentiels de l’Organisation et place la santé publique au centre des préoccupations. Les domaines prioritaires intègrent les composantes essentielles de la riposte à la résistance aux antimicrobiens aux niveaux national, régional et mondial, tout en générant la base de données probantes nécessaire à la coordination des actions. Ce document met en lumière les principales réalisations de la Division Résistance aux antimicrobiens au Siège de l’OMS, à Genève, et les prochaines étapes qu’elle s’est fixées. La résistance aux antimicrobiens est une question stratégique transversale qui fait l’objet d’un travail considérable dans d’autres ministères et divisions, ainsi qu’aux niveaux national et régional. La Division Résistance aux antimicrobiens coordonne les travaux au Siège de l’OMS et entre les trois niveaux de l’Organisation.

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mercredi 18 mai 2022

Phagothérapie : un modèle pour prédire son efficacité face aux bactéries pathogènes

«Phagothérapie : un modèle pour prédire son efficacité face aux bactéries pathogènes», source communiqué de l’Inserm du 17 mai 2022.

L’antibiorésistance constitue aujourd’hui un défi majeur de santé publique, associé à une mortalité importante. Les bactériophages, ces virus «tueurs» de bactéries, pourraient constituer une solution afin de lutter contre les pathogènes résistants aux antibiotiques, mais leur développement clinique se heurte à plusieurs obstacles. Pour lever les freins, des chercheurs et chercheuses de l’Inserm, Université Sorbonne Paris Nord et Université Paris-Cité au sein du laboratoire IAME, en étroite collaboration avec des scientifiques de l’Institut Pasteur et de l’AP-HP, ont développé un modèle qui permet de mieux prédire l’efficacité de la phagothérapie. Il pourrait être utilisé pour mettre au point des essais cliniques plus robustes. Les résultats sont publiés dans la revue Cell Reports.

La découverte des antibiotiques a révolutionné l’histoire de la médecine au 20e siècle, permettant de lutter efficacement contre des bactéries pour lesquelles il n’y avait jusqu’alors pas de traitement. Cependant, l’antibiorésistance – phénomène durant lequel les bactéries deviennent résistantes aux antibiotiques suite à une utilisation massive et répétée de ces médicaments – est devenue un problème de santé publique majeur au cours des dernières décennies. On estime que ces bactéries résistantes sont responsables chaque année de 700 000 décès à travers le monde. Or, la découverte de nouveaux agents antibactériens stagne depuis plusieurs années.

Dans ce contexte, la phagothérapie a récemment suscité un regain d’intérêt. Cette approche thérapeutique se fonde sur l’utilisation de bactériophages qui ciblent et détruisent les bactéries pathogènes, mais sont incapables d’infecter l’être humain. Si le concept existe depuis longtemps, son développement clinique a été entravé par plusieurs limites.

Afin de lever certains de ces obstacles, l’équipe de recherche menée par le chercheur Inserm Jérémie Guedj, en collaboration avec l’équipe de chercheurs de l’Institut Pasteur, dirigée par Laurent Debarbieux, a développé un nouveau modèle mathématique qui permet de mieux définir les interactions entre les bactériophages et la bactérie pathogène Escherichia coli chez l’animal et d’identifier les paramètres clés qui conditionnent l’efficacité de la phagothérapie.

Accompagner le développement clinique
Plusieurs données issues d’expériences in vitro et in vivo ont été utilisées pour construire ce modèle. Les chercheurs et chercheuses se sont notamment appuyés sur les paramètres d’infection des bactériophages déterminés au laboratoire (par exemple la durée du cycle infectieux des bactéries, le nombre de virus libérés quand une bactérie est détruite…) et sur des informations collectées lors d’expériences réalisées à l’aide d’un modèle d’infection pulmonaire chez la souris.

Une partie des animaux avait été infectée par une souche d’E. coli bioluminescente (pour mieux la suivre dans l’organisme). Parmi eux, certains avaient été traités avec des bactériophages, selon différentes doses et voies d’administration. Les quantités de bactéries et de bactériophages ainsi mesurées au cours du temps ont permis d’alimenter le modèle mathématique et de tester quels étaient les paramètres les plus importants pour obtenir une phagothérapie efficace.

En utilisant leur modèle, les scientifiques montrent que la voie d’administration est un paramètre important à prendre en compte pour améliorer la survie des animaux: plus celle-ci permet une arrivée rapide des bactériophages au contact des bactéries, plus elle est efficace. Dans le modèle animal, la phagothérapie par voie intraveineuse était ainsi moins performante que la voie intra-trachéale car le nombre de bactériophages atteignant les poumons était plus faible. Par contre, par voie intra-trachéale, le modèle suggère que la dose de médicament donnée conditionne peu l’efficacité de cette thérapie.

Autre point important : cette modélisation intègre des données portant sur la réponse immunitaire des animaux, dans le contexte de la phagothérapie. Le modèle confirme et étend le principe que les bactériophages agissent en synergie avec le système immunitaire des animaux infectés, permettant une élimination plus efficace des bactéries pathogènes.

«Dans cette étude, nous proposons une nouvelle approche pour rationaliser le développement clinique de la phagothérapie, qui connait encore à l’heure actuelle des limites. Notre modèle pourrait être réutilisé pour prédire l’efficacité de n’importe quel bactériophage contre la bactérie qu’il cible, dès lors qu’un nombre limité de données in vitro et in vivo sont disponibles sur son action. Au-delà de la phagothérapie, le modèle pourrait aussi être utilisé pour tester des thérapies anti-infectieuses fondées sur l’association entre bactériophages et antibiotiques», conclut Jérémie Guedj.

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jeudi 12 mai 2022

Une étude suggère un lien entre l'alimentation et la résistance aux antibiotiques chez les bactéries intestinales

«Une étude suggère un lien entre l'alimentation et la résistance aux antibiotiques chez les bactéries intestinales», source CIDRAP News.

Une étude publiée dans mBio suggère qu'une alimentation diversifiée et riche en fibres est associée à moins de gènes de résistance aux antibiotiques (ARGs pour antibiotic-resistance genes) dans les bactéries intestinales.


Dans l'étude, des chercheurs de l’Agriculture Research Service de l’USDA (USDA-ARS) ont utilisé le séquençage métagénomique shotgun pour analyser des échantillons de selles de 290 adultes en bonne santé participant à l'étude de phénotypage nutritionnel de l'USDA. L'analyse a révélé une grande diversité, à la fois en abondance et en composition, des ARGs, les personnes ayant une forte abondance d'ARGs ayant généralement une plus grande diversité de mécanismes de résistance.

La résistance aux aminoglycosides était le mécanisme de résistance le plus courant au sein de la cohorte, suivie de la résistance aux macrolides-lincosamide-streptogramine et aux tétracyclines.

En examinant le régime alimentaire des participants à l'aide d'une enquête sur la fréquence des aliments et de rappels alimentaires de 24 heures, les chercheurs ont découvert que les participants qui consommaient plus de fibres, moins de protéines animales et des aliments plus diversifiés avaient une abondance totale d'ARGs plus faible, tandis que les participants ayant des régimes moins diversifiés avaient le niveaux les plus élevés d'ARGs. L'analyse de l'apprentissage automatique a montré une forte association entre des régimes alimentaires plus diversifiés avec des quantités plus élevées de fibres solubles et de faibles niveaux d'ARGs. Ceux qui avaient les niveaux les plus faibles d'ARGs dans leur microbiome intestinal avaient également une plus grande abondance de microbes anaérobies stricts, en particulier de la famille des Clostridiaceae.

«Étonnamment, le facteur prédictif le plus important de faibles niveaux d'ARGs, encore plus que les fibres, était la diversité du régime alimentaire», a déclaré l'auteure principale de l'étude, Danielle Lemay du USDA-ARS Western Human Nutrition Research Cente, dans un communiqué de presse de l'agence. «Cela suggère que nous pourrions vouloir manger à partir de diverses sources d'aliments celles qui ont tendance à être plus riches en fibres solubles pour un maximum d'avantages.»

Lemay a ajouté que bien que des recherches supplémentaires soient nécessaires, les résultats suggèrent que des interventions diététiques pourraient jouer un rôle dans la réduction de la résistance aux antibiotiques.

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samedi 9 avril 2022

Etats-Unis: Des analyses révèlent la présence d’antibiotiques chez des bovins ‘élevés sans antibiotiques’

«Des analyses révèlent la présence d’antibiotiques chez des bovins ‘élevés sans antibiotiques’», source article de Chris Dall dans CIDRAP News.

Une nouvelle étude soulève des questions troublantes sur la mesure dans laquelle les consommateurs peuvent faire confiance aux étiquettes de viande qui prétendent que les animaux ont été élevés sans l'utilisation d'antibiotiques.

L'étude, publiée dans Science, a révélé que, sur une période de 7 mois, dans 42% des parcs d'alimentation certifiés élevés sans antibiotiques (ESA) dans un seul abattoir de bovins, au moins un animal a été testé positif aux antibiotiques régulièrement utilisés dans aliments pour animaux et dans l’eau. Les bovins provenant de lots avec au moins un test positif représentaient environ 15% des bovins certifiés ESA transformés dans l'installation.

Dans 5% des lots, tous les bovins ont été testés positifs aux antibiotiques. Le label ESA n'est que l'une des nombreuses étiquettes approuvées par l’USDA par l'intermédiaire du Food Safety Inspection Service (FSIS). D'autres labels incluent «Aucun antibiotique administré», «Aucun antibiotique ajouté», «Élevé sans antibiotique» et «Jamais aucun antibiotique». La viande de bovins, de porcs et de volailles qui ne reçoit pas d'antibiotiques est vendue sous ces labels

L’étiquetage affirme que les animaux n'ont reçu aucun antibiotique à aucun stade de leur vie. Les producteurs de viande qui utilisent cet étiquetage facturent plus cher leurs produits pour couvrir les coûts de production plus élevés, et les consommateurs qui s'inquiètent de l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux producteurs d'aliments ou qui pensent simplement que la viande élevée sans antibiotiques est plus saine, comptent sur eux.

Mais l'auteur principal de l'étude, menée par des chercheurs de l’Antibiotic Resistance Action Center de l'Université George Washington et de Food In-Depth, dit que les résultats pourraient affaiblir la confiance des consommateurs dans ces labels.

«Il s'agit d'une stratégie basée sur le marché pour réduire l'utilisation d'antibiotiques dans la production animale», a dit Lance Price, fondateur et codirecteur de l'Antibiotic Resistance Action Center à CIDRAP News. «Mais cela ne fonctionne que si l’étiquetage est vrais.»

Les labels ne sont pas soutenus par des essais
Le problème, comme l'expliquent Price et ses co-auteurs, est qu'il n'y a pas de véritable mécanisme d'application pour prouver si les producteurs de viande adhèrent aux allégations d'élevage d'animaux sans antibiotiques.

Les producteurs qui souhaitent commercialiser leurs produits sous ces labels doivent soumettre à l'USDA la descriptions des contrôles qu'ils utiliseront pour s'assurer que leurs animaux ne reçoivent pas d'antibiotiques, ainsi que leur protocole de traçabilité et de séparation des produits ESA et une déclaration sur l’honneur signée décrivant comment les animaux ont été élevés pour soutenir les allégations du label. Les animaux malades qui ont besoin d'antibiotiques pour traiter une infection sont censés être isolés et ne peuvent plus être vendus sous le label ESA.

L'USDA, cependant, n'effectue d’essais pour vérifier les allégations. Le FSIS effectue occasionnellement des analyses - sur environ 7 000 animaux par an - pour détecter les résidus d'antibiotiques dans la viande dans le cadre du programme national sur les résidus, mais ces analyses cherchent à déterminer si les antibiotiques dans les tissus animaux dépassent les limites maximales de résidus fixées par la Food and Drug Administration (FDA). L'agence effectue également ces analyses pour rechercher des résidus de produits chimiques et de pesticides.

«Ils recherchent des résidus qui pourraient nuire à quelqu'un s'ils mangeaient de la viande», a dit Gail Hansen, consultante en santé publique et vétérinaire qui n'a pas participé à l'étude. «Et ils ne testent qu'un petit nombre d'animaux.»

De plus, les analyses utilisées par le FSIS pour détecter les résidus d'antibiotiques sont basés sur d'anciennes définitions liées aux réactions allergiques et ne sont pas suffisamment sensibles pour déterminer si un animal a reçu des antibiotiques, a expliqué Price. «Ils ne sont certainement pas utilisés pour vérifier les allégations d'abstinence absolue», a-t-il dit.

En outre, en vertu de la loi, l'USDA a le pouvoir exclusif de déterminer si l’étiquetage de la viande est véridique ou exact. Cela offre une couverture aux entreprises de viande et aux distributeurs.

Préoccupés par cette faiblesse potentielle, Price et ses collègues se sont rendus dans une installation qui abattait du bétail pour le marché ESA et ont analysé des prélèvements d'urine du bétail à l'aide d'un test rapide à flux latéral qui dépiste 17 antibiotiques couramment utilisés dans les aliments pour animaux et l'eau. Pendant 7 mois, ils ont prélevé des animaux de chaque lot de bovins ESA livrés pour la transformation dans l'installation (taille moyenne du lot, 122 bovins, nombre moyen d'animaux testés par lot, 2).

Dans l'ensemble, ils ont testé 699 bovins provenant de 312 lots et de 33 parcs d'engraissement différents certifiés ESA. Les lots comprenaient 38 219 bovins, qui faisaient tous partie d'un programme «Jamais aucun antibiotique (No Antibiotics Ever)». Trois des parcs d'engraissement avaient plusieurs lots dans lesquels tous les prélèvements étaient positifs pour les antibiotiques, quatre avaient les deux prélèvements positifs dans un seul lot et sept avaient un prélèvement positif dans plus d'un lot. Les antibiotiques les plus couramment détectés étaient la chlortétracycline et l'oxytétracycline.

«Ce sont des médicaments qui sont utilisés dans les aliments pour animaux et au niveau du troupeau», a dit Price, très probablement pour la prévention des maladies. Avec le bœuf élevé de manière conventionnelle, les parcs d'engraissement sont les endroits où les antibiotiques sont couramment utilisés pour prévenir les maladies qui surviennent pendant le processus d'expédition (fièvre de l'expédition) ou découlent d'une alimentation riche en nutriments, qui peuvent provoquer des abcès du foie. De toute façon, le bétail ESA ne devrait pas les recevoir.

Problèmes d'utilisation excessive d'antibiotiques dans la production de viande
Qu'il s'agisse de producteurs qui trichent intentionnellement le système ou simplement de la paperasse bâclée, a dit Price, les résultats fournissent la preuve que les animaux traités aux antibiotiques font leur entrée dans le programme ESA. Et en tant que personne qui a soutenu ces labels et encouragé les consommateurs préoccupés par l'utilisation d'antibiotiques dans le bétail à les rechercher, cela l’a perturbé.

«Professionnellement, j'envoie des gens vers ces labels depuis des années», a-t-il déclaré. «Personnellement, en tant que consommateur qui a dépensé des milliers de dollars pour ces produits au fil des ans… est-ce que j'en ai eu pour mon argent ?»

La préoccupation concernant l'utilisation excessive d'antibiotiques médicalement importants - les antibiotiques qui sont également utilisés pour traiter les infections humaines - chez les bovins et autres animaux producteurs de denrées alimentaires est qu'elle contribue à la croissance et à la propagation de bactéries résistantes aux antibiotiques. En 2017, la FDA a imposé des règles qui empêchent les producteurs d'utiliser des antibiotiques pour stimuler la croissance, mais l'industrie utilise toujours une grande quantité d'antibiotiques médicalement importants dans les aliments pour animaux et l'eau pour la prévention des maladies.

L'espoir des défenseurs de la gestion des antibiotiques est que la demande croissante de viande ESA pourrait freiner l'utilisation d'antibiotiques dans la production de viande.

Matthew Wellington, directeur de la campagne de santé publique de l’US PIRG (Public Interest Research Groups) Education Fund, qui a fait pression sur l'industrie de la viande pour qu'elle cesse de surutiliser des antibiotiques médicalement importants par le biais de campagnes auprès des consommateurs, déclare que l'étude est un signe que l'USDA doit intensifier ses systèmes de contrôle et de vérification.

Les consommateurs ont besoin d'être convaincus que lorsqu'ils votent avec leur portefeuille pour soutenir la viande élevée sans abus d'antibiotiques, cela va aux producteurs qui respectent vraiment ces normes», a-t-il déclaré.

Invité à commenter les résultats, un porte-parole du FSIS a dit que rien n'indiquait que la viande analysée était impropre à la consommation et qu'il enregistrait toutes les non-conformités des limites maximales de résidus détectées. Mais la personne a déclaré que le FSIS avait hâte d'examiner l'étude pour déterminer les prochaines étapes «le cas échéant».

«Le FSIS prend très au sérieux sa responsabilité de s'assurer que les étiquetages de viande, de volaille et des ovoproduits soient véridiques et non trompeurs», a dit le porte-parole. «Les étiquetages peuvent être annulés s'il existe des preuves que la déclaration n'est pas véridique.»

Suppression de l'incitation à tricher
À l'avenir, Price et ses collègues exhortent l'USDA à mettre en place un système de vérification rigoureux pour s'assurer que les déclarations ESA soient véridiques. Cela pourrait être fait, a déclaré Price, en suivant un protocole similaire à celui utilisé dans leur étude : en utilisant des tests sensibles en temps réel et en échantillonnant quelques animaux par lot.

«Cela pourrait être fait de façon très bon marché, très rapidement et à temps pour rediriger ces animaux afin qu'ils ne se rendent pas sur le marché ESA», a-t-il déclaré.

Les auteurs de l'étude recommandent également que l'USDA crée un fonds pour indemniser les producteurs d’animaux ESA s'ils doivent traiter leurs animaux avec des antibiotiques et les isoler du marché des animaux ESA. Le fonds couvrirait l'argent supplémentaire que les agriculteurs et les éleveurs consacrent aux suppléments et que les exploitants de parcs d'engraissement dépensent pour des régimes moins riches en énergie pour les bovins ESA. Cela permettrait aux producteurs d’animaux ESA de donner la priorité au bien-être animal sans craindre de perdre leur investissement.

Dans le système actuel, dit Hansen, il n'y a pas beaucoup d'incitations à respecter les règles. Les agriculteurs et les éleveurs élevant des bovins ESA subissent une perte importante s'ils doivent administrer des antibiotiques à un animal juste avant l'abattage.

«Nous avons beaucoup d'incitations à faire de mauvaises choses, et pas beaucoup d'incitations à faire de bonnes choses», a-t-elle dit. «Il doit y avoir un moyen d'indemniser les agriculteurs et les éleveurs s'ils doivent donner des antibiotiques pendant un certain temps.»

Aux lecteurs du blog
Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

vendredi 1 avril 2022

Les pommes et d'autres fruits peuvent héberger des levures pathogènes résistantes aux antibiotiques sur leurs surfaces

«Les pommes et d'autres fruits peuvent héberger des levures pathogènes résistantes aux antibiotiques sur leurs surfaces», source ASM News.

Lorsqu'ils sont préparés pour le transport, les pommes et autres fruits sont souvent traités avec un fongicide pour éviter l’altérioration et prolonger la durée de conservation. La pratique préserve la fraîcheur, mais c'est peut-être une arme à double tranchant: cela peut aider à sélectionner et à favoriser la transmission de levures pathogènes multirésistantes.

Une étude publiée cette semaine dans mBio, une revue en accès libre de l'American Society for Microbiology, offre de nouvelles preuves de cette idée.

«Des études antérieures ont examiné l'effet des fongicides sur le pathogène humain Aspergillus fumigatus», a dit la mycologue Anuradha Chowdhary de l'Université de Delhi, mais de nouveaux travaux se concentrent sur des souches résistantes aux antibiotiques de Candida auris, une levure pathogène qui se propage rapidement dans les hôpitaux. et a été isolé de la nature. «Les fongicides utilisés en agriculture peuvent sélectionner par inadvertance des champignons résistants aux antibiotiques», a dit Chowdhary.

Elle et ses collaborateurs ont passé au crible les surfaces de 84 fruits, représentant 9 types de fruits d'arbres différents, à la recherche de C. auris pathogènes et d'autres levures. Les fruits ont été récoltés en 2020 et 2021 dans des régions du nord de l'Inde et comprenaient 62 pommes, 20 cueillies dans des vergers et 42 achetées sur un marché de Delhi. Chaque espèce de fruit hébergeait au moins 1 type de levure.

Les scientifiques se sont concentrés sur les pommes. Ils ont trouvé des souches résistantes aux antibiotiques de C. auris sur un total de 8 pommes (13%) et ont utilisé le séquençage du génome entier pour identifier 16 colonies distinctes. Les pommes comprenaient 5 variétés ‘Red Delicious’ et 3 variétés ‘Royal Gala’. Ces 8 pommes avaient toutes été entreposées avant l'achat et aucune des pommes fraîchement cueillies n'hébergeait C. auris>«Le groupe a trouvé d'autres souches de Candida sur les pommes conditionnées», a dit le microbiologiste Jianping Xu de l'Université McMaster à Hamilton, Ontario. Xu a codirigé l'étude avec Chowdhary.

C. auris est résistant à de nombreux antibiotiques. Il a été identifié pour la première fois en 2009 au Japon, et depuis lors, il a émergé ou s'est propagé à tous les continents habités. Les chercheurs ont étudié l'origine et la propagation du pathogène. «Nous ne comprenons toujours pas vraiment les forces qui conduisent à l'émergence simultanée de plusieurs groupes génétiques distincts de C. auris», a dit Xu. Une étude menée par Chowdhary et Xu publiée l'année dernière dans mBio a été la première à isoler C. auris d'un environnement naturel, les marais et les plages de sable d'un écosystème côtier naturel des îles Andaman, Inde.

Les nouvelles découvertes suggèrent que les pommes pourraient être une force sélective du pathogène et l'aider à se propager. Bien que l'étude se soit concentrée sur des fruits récoltés dans le nord de l'Inde, Xu a souligné que la propagation de C. auris n'est pas un phénomène spécifique à l'Inde. C'est une menace mondiale: en 2019, le Centers for Disease Control and Prevention ont identifié C. auris comme l'un des 5 pathogènes qui constituent une menace urgente pour la santé publique dans le monde. Pour comprendre comment répondre à la menace du pathogène pour l'homme, les chercheurs doivent savoir comment il se déplace à travers d'autres systèmes naturels.

«Lorsque nous examinons les pathogènes humains, nous avons tendance à regarder ce qui nous est immédiat», a dit Xu. «Mais nous devons voir cela plus largement. Tout est connecté à tout le système. Les fruits ne sont qu'un exemple.»

Les champignons sont une partie importante de l'environnement, et Chowdhary a dit que la nouvelle étude montre comment l'environnement, les animaux et les humains sont tous connectés, le principe central du concept de One Health (Une seule santé) «Le concept One Health justifie des efforts continus et notre attention pour prévenir la transmission des infections», a-t-elle dit.

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mardi 29 mars 2022

Salmonella et Campylobacter continuent de montrer des niveaux élevés de résistance aux antibiotiques

«Salmonella et Campylobacter continuent de montrer des niveaux élevés de résistance aux antibiotiques», source communiqué de l’EFSA du 29 mars 2022.

La résistance aux antibiotiques des bactéries Salmonella et Campylobacter est toujours élevée, selon un rapport publié aujourd'hui par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA).

La campylobactériose était la zoonose la plus rapportée dans l'UE en 2020 et la cause de maladie d'origine alimentaire la plus fréquemment signalée. Les bactéries Campylobacter chez l'homme et dans la volaille continuent de montrer une résistance très élevée à la ciprofloxacine, un antibiotique de classe fluoroquinolone couramment utilisé pour traiter certains types d'infection bactérienne chez l’homme.  

Des tendances croissantes à la résistance de Campylobacter jejuni contre la classe d'antibiotiques fluoroquinolone ont été observées chez l'homme et dans les poulets de chair. En ce qui concerne Salmonella Enteritidis, le type le plus commun de Salmonella chez l'homme, des tendances croissantes de résistance à la classe d'antibiotiques quinolones et fluoroquinolone ont été observées. Chez les animaux, la résistance à ces antibiotiques chez Campylobacter jejuni et Salmonelle Enteritidis était généralement modérée à élevée.

Cependant, malgré les tendances croissantes de résistance à certains antibiotiques, la résistance simultanée à deux antibiotiques d'importance critique reste faible pour E. coli, Salmonella et Campylobacter dans les bactéries présentes chez les humains et chez les animaux destinés à l’alimentation.

Une diminution de la résistance aux tétracyclines et à l'ampicilline chez les bactéries Salmonella chez l'homme a été observée respectivement dans neuf et dix pays sur la période 2016-2020, et cette baisse est particulièrement évidente pour Salmonelle Typhimurium. Malgré cette diminution, la résistance à ces antibiotiques reste élevée dans les bactéries humaines et animales.

Par ailleurs, dans plus de la moitié des pays de l'Union européenne, une tendance à la baisse statistiquement significative de la prévalence de bactéries E. coli productrices de β-lactamase à spectre étendu (BLSE) a été observée chez les animaux destinés à l'alimentation. Il s'agit d'une découverte importante car certaines souches particulières de bactéries E. coli productrices de BLSE sont responsables d'infections graves chez l'homme.

La résistance aux carbapénèmes reste extrêmement rare chez les bactéries E. coli et Salmonella issues d'animaux producteurs de denrées alimentaires. Les carbapénèmes sont une classe d'antibiotiques de dernier recours et toute découverte révélant une résistance à ces antibiotiques dans des bactéries zoonotiques est préoccupante.

Bien que les résultats et les tendances soient en ligne avec les données rapportées les années précédentes, la pandémie de la COVID-19 a eu un impact sur la quantité de données rapportées, en particulier dans le domaine de la santé publique.

Un outil interactif de visualisation des données permet d’explorer les niveaux de résistance chez les humains, chez les animaux et dans les aliments, pays par pays, en 2019 et 2020.

Les données relatives à la résistance aux antibiotiques d'origine alimentaire et hydrique chez l’homme sont également consultables dans l’Atlas de surveillance des maladies infectieuses de l'ECDC (respectivement, sous les maladies «campylobactériose, salmonellose et shigellose»).

Le rapport complet, The European Union Summary Report on Antimicrobial Resistance in zoonotic and indicator bacteria from humans, animals and food in 2019–2020.

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mercredi 2 mars 2022

Résidus de médicaments vétérinaires dans les aliments : les taux de conformité les plus élevés depuis une décennie, selon l'EFSA

Photo EFSA
«Résidus de médicaments vétérinaires dans les aliments : les taux de conformité les plus élevés depuis une décennie», source communiqué de l’EFSA du 25 février 2022.

Selon les dernières données collectées, les résidus de médicaments vétérinaires et autres substances présentes chez les animaux et dans les aliments d'origine animale continuent de diminuer dans l'Union européenne.

Les données de surveillance collectées par l'EFSA pour l’année 2020 couvrent 620 758 échantillons notifiés par les États membres, l'Islande et la Norvège. Le pourcentage d'échantillons qui présentaient des taux de résidus dépassant les limites maximales légalement autorisées était de 0,19%. Il s'agit du chiffre le plus bas observé pendant ces 11 dernières années (au cours desquelles les taux de non-conformité ont varié de 0,25% à 0,37%). En 2019, ce chiffre était de 0,30%.

Par rapport aux chiffres de 2017, 2018 et 2019, en 2020, les taux de conformité ont augmenté pour les agents antithyroïdiens, les agents stéroïdiens et les lactones de l'acide résorcylique.

Par rapport à 2017, 2018 et 2019, des hausses de conformité ont également été constatées pour les anthelminthiques, les composés organochlorés, les composés organophosphorés, les colorants et certaines substances classifiées comme «autres substances».

Vous pourrez parcourir ces résultats plus en détail grâce à notre nouvel outil interactif de visualisation des données.

L’ensemble des données de l’EFSA – qui incluent approximativement 13 millions de résultats – sont disponibles sur la plateforme Knowledge Junction, le référentiel ouvert de l'EFSA conçu pour améliorer la transparence, la reproductibilité et la réutilisation des preuves dans les évaluations des risques liés à la sécurité de l’alimentation humaine et animale.

Aux lecteurs du blog
Pour une triste question d’argent, 500 euros, la revue PROCESS Alimentaire prive les lecteurs de 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles, étant donné le nombre important de lecteurs. Le départ du blog de la revue a été uniquement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog.