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mardi 18 octobre 2022

De la sensibilité réduite de Listeria monocytogenes au chlorure de benzalkonium dans les environnements de transformation alimentaire, selon une évaluation intégrée

On n’en est pas encore à pour qui sonne le glas pour le chlorure de benzalkonium, mais cet article détailé, «Évaluation intégrée de la sensibilité réduite de Listeria monocytogenes au chlorure de benzalkonium dans les environnements de transformation alimentaire», publié dans Applied and Environmental Microbiology, apporte des éléments de discussion à ce sujet.

Résumé
Pendant des décennies, les désinfectants à base de composés d'ammonium quaternaire (CAQ) ont été largement utilisés dans les environnements de transformation des aliments pour maîtriser les pathogènes d'origine alimentaire tels que Listeria monocytogenes. Pour autant, il n'y a pas de consensus sur la probabilité et l'implication d'une sensibilité réduite de Listeria au chlorure de benzalkonium (CB) qui pourrait émerger en raison d'une exposition sublétale aux désinfectants dans les environnements de transformation des aliments. En mettant l'accent sur la transformation des produits frais, nous avons tenté de combler les multiples lacunes en matière de données et de preuves entourant le débat. Nous avons déterminé une forte corrélation entre les phénotypes de tolérance et les déterminants génétiques connus de la tolérance au CB avec un vaste ensemble d'isolats issus de produits frais. Nous avons évalué la sélection du CB sur L. monocytogenes par le biais d'une enquête génomique à grande échelle et structurée par source de 25 083 génomes de L. monocytogenes disponibles publiquement provenant de diverses sources aux États-Unis. En tenant compte des contraintes de l'environnement de transformation, nous avons surveillé le début temporel et la durée de la tolérance adaptative au BC dans les isolats tolérants et sensibles. Enfin, nous avons examiné les concentrations résiduelles de BC dans une installation de transformation de produits frais à différents moments au cours de l'exploitation quotidienne. Bien que les preuves génomiques soutiennent une sélection élevée du CB et la recommandation de rotation des désinfectants dans le contexte général des environnements de transformation des aliments, elles suggèrent également une variation marquée dans l'occurrence et l'impact potentiel de la sélection parmi les différents produits et secteurs. Pour la transformation des fruits et légumes frais, nous concluons que les installations correctement nettoyées et désinfectées sont moins affectées par la sélection du CB et peu susceptibles de fournir des conditions propices à l'émergence d'une tolérance adaptative au CB chez L. monocytogenes.

Importance
Notre étude démontre une approche intégrative pour améliorer les stratégies d'évaluation et de maîtrise de la sécurité des aliments dans les environnements de transformation des aliments grâce à l'exploitation collective des enquêtes génomiques, des tests de laboratoire et de prélèvements des installations de transformation. Dans l'exemple de l'évaluation de la sensibilité réduite de Listeria à un désinfectant largement utilisé, cette approche a fourni des preuves à multiples facettes qui intègrent des signaux génétiques de la population, des résultats expérimentaux et des contraintes du monde réel pour aider à aborder un débat durable d'importance réglementaire et pratique.

Commentaire
Etude qui certainement intéressera les entreprise alimentaires, si des centres techniques veulent bien leur expliquer les résultats et les conséquences pour elles.

Juste une remarque sur le résumé ou plutôt un détail. Il est question de «properly sanitized and cleaned facilities», à savoir «ateliers proprement désinfectés et nettoyés». L’inverse aurait été plus exact, «ateliers proprement nettoyés et désinfectés».

Dans une mini revue de 2019, disponible en intégralité, publiée dans Applied and Environmental Microbiology«Benzalkonium Chlorides: Uses, Regulatory Status, and Microbial Resistance», les auteurs indiquent,

Notre analyse suggère que l'utilisation omniprésente et fréquente des chlorures de benzalkonium dans les produits commerciaux peut générer des environnements sélectifs qui favorisent les phénotypes microbiens potentiellement résistants à une variété de composés. Une analyse des avantages par rapport aux risques devrait servir de guide pour les mesures réglementaires concernant des composés tels que les chlorures de benzalkonium. 

La figure ci-dessous illustre le marché de plusieurs milliards de dollars du chlorure de benzalkonium.
(A) formule du chlorure de benzalkonium chloride (BAC) et structure. (B) Utilisation des BACs et six types de mécanismes de résistance microbienne rapportés aux BACs.

Mise à jour du 25 octobre 2022
Une autre étude parue dans AEM fournit de nouvelles informations sur la sélection de la tolérance au chlorure de benzalkonium chez L. monocytogenes et d'autres Listeria spp.

La tolérance de Listeria monocytogenes aux composés d'ammonium quaternaire a été soulevée comme une préoccupation en ce qui concerne la persistance de L. monocytogenes dans les environnements de transformation des aliments, y compris dans les environnements de conditionnement et de transformation des produits frais. La persistance de L. monocytogenes peut augmenter le risque de contamination des produits, de rappels d'aliments et d'éclosions de maladies d'origine alimentaire. Notre étude montre que des souches de L. monocytogenes et d'autres Listeria spp. peuvent acquérir des adaptations héréditaires qui confèrent une tolérance accrue à de faibles concentrations de chlorure de benzalkonium, mais ces adaptations n'augmentent pas la survie de L. monocytogenes et des autres Listeria spp. lorsqu'il est exposé à des concentrations de chlorure de benzalkonium utilisées pour la désinfection des surfaces en contact avec les aliments (300 mg/L). Dans l'ensemble, ces résultats suggèrent que l'émergence de souches de Listeria tolérantes au chlorure de benzalkonium dans les environnements de transformation des aliments est une préoccupation limitée, car même les souches adaptées pour obtenir des CMI plus élevées in vitro conservent une sensibilité totale aux concentrations de chlorure de benzalkonium utilisées pour les surfaces en contact avec les aliments.

dimanche 8 août 2021

Relations génétiques et formation de biofilm de Listeria monocytogenes isolés dans l'industrie du saumon fumé

Image issue de Microbial diversity and ecology of biofilms in food industry environments associated with Listeria monocytogenes persistenceCliquez sur l'image pour l'agrandir

«Relations génétiques et formation de biofilm de Listeria monocytogenes isolés dans l'industrie du saumon fumé», source International Journal of Food Microbiology.

Faits saillants

  • 19 isolats de L. monocytogenes provenant d'une usine de transformation de saumon fumé ont été analysés.
  • La persistance était liée à la capacité de formation de biofilm et au profil génétique.
  • La production de biofilm n'est pas la seule condition requise pour la persistance des isolats.
  • inL, SSi et ermC sont en corrélation avec la capacité à former un biofilm.
  • Les gènes de virulence et de tolérance au stress peuvent déterminer la persistance de L. monocytogenes.

Résumé

Parmi les agents pathogènes, L. monocytogenes a la capacité de persister dans les environnements de transformation des aliments (ETA), posant d'abord des problèmes de sécurité sanitaire, puis un impact économique sur la productivité. Le but de ce travail était de déterminer l'influence de la capacité de formation de biofilm et des caractéristiques moléculaires sur la persistance de 19 isolats de Listeria monocytogenes obtenus à partir d’ETA, produits crus et transformés d'une usine de transformation de saumon fumé à froid.

Pour vérifier les corrélations phénotypiques et génomiques entre les isolats, différentes analyses ont été utilisées : sérotypage, Clonal Complex (CC), Core Genome Multi-Locus Sequence Typing (cgMLST) et Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) clustering et évaluation de la présence de la virulence et les gènes associés à la persistance.

D'après nos résultats, la formation de biofilm était significativement plus élevée (P<0,05) à 37°C, par rapport à 30 et 12°C, suggérant un comportement dépendant de la température. De plus, la capacité de formation de biofilm a montré une tendance spécifique à la souche, non corrélée avec le CC ou avec la persistance des souches. Au lieu de cela, la présence d'internaline (inL), d'îlots de survie au stress (SSI) et des gènes de résistance à l'érythromycine (ermC) était corrélée à la capacité de produire des biofilms. Nos données démontrent que le profil génétique influence la capacité d'adhésion et la persistance de L. monocytogenes dans les usines de transformation des aliments et pourrait être le résultat d'une adaptation environnementale en réponse à la pression sélective externe.

mardi 3 août 2021

Surveillance de l'environnement de transformation des aliments à faible teneur en eau. Recherchons-nous les bons micro-organismes ?

L’article 'Surveillance de l'environnement de transformation des aliments dans les installations de production alimentaire à faible teneur en eau. Recherchons-nous les bons micro-organismes ?' vient de paraître dans la revue International Journal of Food Microbiology; il est disponible en accès libre.

Faits saillants

  • L'analyse des produits finis est d'un intérêt limité en cas de faible prévalence de la contamination .
  • La prévalence des agents pathogènes préoccupants pour les aliments à faible teneur en eau est prise en compte dans le cadre d'enquêtes sur les éclosions d'origine alimentaire rapportées.
  • La surveillance de l'environnement de transformation par écouvillonnage de surface est une approche proactive d'intérêt pour anticiper la contamination des produits grâce à l'identification de niches d'hébergement.
  • Les prélèvements doivent tenir compte à la fois de la proximité et de la priorité du produit en fonction des conditions d'hygiène, du lieu dans le processus (avant ou après le traitement thermique).
  • La caractérisation génétique des isolats fournit des informations intéressantes pour comprendre la différence entre les souches résidentes et sporadiques dans un environnement de transformation.

Résumé

La surveillance de l'environnement de transformation prend de plus en plus d'importance dans le cadre des plans de management de la sécurité des aliments et des programmes HACCP, car les épidémies passées ont montré la pertinence de l'environnement comme voie de contamination, nécessitant donc d'assurer la sécurité des produits.

Cependant, il y a encore de nombreuses questions ouvertes et un manque de clarté sur la façon de mettre en place un programme significatif, qui fournirait des avertissements précoces d'une contamination potentielle des produits. Par conséquent, le présent document vise à résumer et à évaluer les informations scientifiques existantes sur les épidémies, les agents pathogènes pertinents dans les aliments à faible teneur en eau et les connaissances sur les indicateurs, y compris leur contribution à un environnement «propre» capable de limiter la propagation des agents pathogènes dans les environnements secsde production. Ce document décrit également les éléments essentiels d'un programme de surveillance de l'environnement de transformation, soutenant ainsi la conception et la mise en œuvre de meilleurs programmes axés sur des micro-organismes pertinents. Ce document est destiné à aider l'industrie et les services régementaires à se concentrer et à mettre en place des programmes de surveillance de l'environnement de transformation ciblés en fonction de leur objectif, et donc de fournir les éléments essentiels nécessaires pour améliorer la sécurité des aliments.

Conclusion

Les aliments à faible teneur en eau (aw < 0,85) ont attiré l'attention en raison de plusieurs épidémies causées par Salmonella, E. coli pathogène et, dans une moindre mesure, d'autres agents pathogènes préoccupants. Il est intéressant de noter que L. monocytogenes n'a pas été impliqué dans les épidémies liées aux aliments à faible teneur en eau, à moins que les conditions ne changent et n'autorisent sa prolifération avant consommation. Une approche analyse du produit fini est limitée lorsqu'il s'agit d'identifier une faible prévalence de contamination, ce qui est le plus souvent le cas pour les aliments à faible teneur en eau. En revanche, la surveillance de l'environnement de transformation est reconnue comme une approche proactive pour anticiper la contamination des produits finis. Les programmes de surveillance de l'environnement de traitement doivent être à la fois conçus pour identifier les points critiques à prélever régulièrement et rechercher des niches d’hébergement, ainsi que rechercher et détruire les agents pathogènes préoccupants pour les produits/productions respectifs.

La meilleure façon de surveiller les agents pathogènes est donc un point important, non seulement pour les fabricants, mais aussi pour les services réglementaires. Cela fait également référence à la question des micro-organismes indicateurs appropriés, à la fois pour le(s) agent(s) pathogène(s) et pour les indicateurs des conditions d'hygiène au sein de l’usine.

Alors que la surveillance de la contamination microbienne dans l'environnement de transformation s'avère plus proactive et efficace pour détecter une contamination de faible niveau par rapport aux analyses de produits finis, elle devrait être suivie d'une action corrective et de plans d'action préventifs, afin non seulement de rechercher et de détruire des niches d’hébergement. dans la zone de production, mais aussi assurer une application efficace des Bonnes Pratiques d’Hygiène, un zonage hygiénique approprié et une conception de l'équipement, avec des protocoles de nettoyage adéquats. Exigé par le règlement UE 2073/2005, il ne s'agit ‘que’ d'une action de suivi de la situation: cependant, il fournit une indication claire de l'efficacité de la mise en œuvre du système de management de la sécurité des aliments. Il doit constituer la base d'un plan global de lutte préventive. Comme HACCP, il doit être géré de manière dynamique et régulièrement mis à jour.

Avis aux lecteurs du blog

L’ancien site Internet du blog qui était hébergé par la revue PROCESS Alimentaire est de nouveau opérationnel avec ce lien https://amgar.blog.processalimentaire.com/

dimanche 28 février 2021

Deux études scientifiques distinctes vont étudier la transmission du virus responsable du COVID-19, i) dans les ateliers de transformation de la viande, et ii) dans divers aliments et emballages alimentaires

Deux études scientifiques vont être entreprises afin de mieux connaître i) l'une française avec l'Anses sur la transmission du virus SARS-CoV-2 dans les ateliers de transformation de la viande et ii) la seconde britannique avec la Food Satnards Agency sur l'évaluation de la survie du SRAS-CoV-2 sur les surfaces alimentaires et les matériaux d'emballage alimentaire.

L'étude parrainée par l'Anses va s'intéresser spéciquement aux ateliers de transformation de la viande :

Caractériser la persistance du virus dans l’environnement et sur les aliments

L’Anses annonce le lancement d’une étude d’un an, nommé SACADA, pour Transmission de SARS-CoV-2 dans les ateliers préparant des denrées alimentaires - focus sur les ateliers de transformation des viandes.
Un premier volet sera consacré à la persistance du virus dans l’environnement de travail, sur les aliments produits et leurs emballages, en s’appuyant sur une revue des études scientifiques sur le sujet, ainsi que sur des expérimentations, pour mieux préciser dans quelles conditions le virus peut rester contagieux.

Modéliser la dynamique de la circulation du virus

Une autre partie sera consacrée à la description des activités habituelles au sein d’ateliers de préparation de la viande. Ces données, ainsi que l’ensemble des informations sur la persistance du virus et sur les clusters apparus au sein de ces environnements, serviront à alimenter un modèle dynamique de circulation et de transmission du virus. Il pourra être utilisé pour simuler l’efficacité des mesures de prévention. Deux cadres réglementaires s’appliquent en parallèle dans les ateliers de transformation de la viande : celui pour la sécurité sanitaire des aliments et celui pour protéger les travailleurs contre les risques de contamination. Ces règles sont souvent mises en place séparément, l’étude permettra de les analyser de façon globale, pour définir un système opérationnel de sécurité sanitaire intégré.

A mon sens l'intérêt est principalement pour les ateliers de transformation de viande qui ont connus des prblèmes de contamination, mais il me semble que ces problèmes ne perdurent plus. Etude à la fois théorique et pratique et qui ne répondra pas spécifiquement aux mêmes questions et au même public que l'étude de la Food Standards Agency.

La Food Standards Agency (FSA) annonce le lancement d'une étude, «Évaluation de la survie du SRAS-CoV-2 sur les surfaces alimentaires et les matériaux d'emballage alimentaire».

Ce projet explorera la survie du virus SRAS-CoV-2 sur les surfaces de divers aliments et matériaux d'emballage alimentaire à une gamme de températures, de niveaux d'humidité et de périodes représentatives d'un environnement de vente au détail.

Contexte
Le SRAS-CoV-2, le coronavirus responsable du COVID-19, est un virus respiratoire qui serait principalement transmis par gouttelettes et, en particulier dans les zones intérieures mal ventilées, via des aérosols. Une évaluation des risques réalisée et publiée par la FSA en 2020 a conclu qu'il était très peu probable que vous puissiez attraper le coronavirus via les aliments.
Cette évaluation comprenait l'hypothèse du pire des cas selon laquelle, si les aliments étaient contaminés pendant la production, aucune inactivation significative du virus ne se produirait avant la consommation. Cependant, le taux d'inactivation du virus sur les produits vendus à différentes températures a été identifié comme une incertitude clé.

Objectifs et approche

Ce projet a été commandé pour mesurer le taux d'inactivation du virus à la surface de divers types d'aliments, réduisant ainsi cette incertitude. Les résultats seront utilisés pour déterminer si l'hypothèse actuellement formulée dans notre évaluation des risques reste appropriée pour les aliments conservés à une gamme de températures, ou si un risque plus faible est plus approprié pour certains.
Les scientifiques mèneront une étude en laboratoire pour inoculer artificiellement le virus SRAS-CoV-2 infectieux sur les surfaces de ces matières, puis mesureront comment la quantité de virus infectieux présente sur ces surfaces diminue avec le temps. Les types d'aliments et d'emballages à étudier comprennent:
  • légumes frais
  • fruit frais
  • produits de boulangerie
  • articles de charcuterie
  • bouteilles en plastique de polyéthylène téréphtalate (PET) (500 ml)
  • matériau PET tel que des récipients pour plats cuisinés
  • canettes en aluminium (330 ml)
  • cartons de boissons en matériau composite avec fonction à déchirer/tirer
Ils seront étudiés à une gamme de températures et de niveaux d'humidité et sur des périodes de temps qui reflètent leurs conditions de stockage typiques. Le contractant commencera par comparer plusieurs méthodes de récupération du virus à partir de ces matériaux afin de s'assurer que la meilleure méthode disponible est utilisée pour les autres expériences.

Cette étude de la FSA cible, me semble-t-il, prioritairement le consommateur qui peut raisonnablement se poser des questions sur l'éventualité de la contamination des surfaces de divers aliments et d'emballages alimentaires. Plus d'actualité ? Plus pragmatique que l'étude de l'Anses ?

samedi 9 janvier 2021

Compréhension de l'émergence et de la diversité de Listeria monocytogenes dans une usine de viande nouvellement construite grâce au séquençage du génome entier

Une étude parue dans International Journal of Food Microbiology traite du démêlage de l'émergence et de la diversité de Listeria monocytogenes dans une usine de viande nouvellement construite grâce au séquençage du génome entier.

Faits saillants
  • L'apparition de L. monocytogenes a été suivie dans une usine de viande nouvellement ouverte.
  • La fréquence et la diversité de L. monocytogenes ont augmenté au cours des prélèvements.
  • 61% des isolats de L. monocytogenes appartenaient à ST9 et ST121.
  • Deux paires d'isolats de L. monocytogenes ont persisté dans l'environnement de transformation
  • Les plasmides de L. monocytogenes étudiés hébergeaient des gènes de résistance aux biocides et aux métaux.
  • Le souches européennes de L. monocytogenes ST9 se sont pas les mêmes que les isolats nord-américains.

Résumé

Les environnements de transformation des aliments d'une installation de transformation de viande nouvellement ouverte ont été échantillonnés au cours de dix visites effectuées au cours de ses 1,5 premières années d'activité et analysés pour la présence de Listeria monocytogenes. Un total de 18 isolats de L. monocytogenes ont été obtenus à partir de 229 échantillons, et leurs génomes ont été séquencés pour effectuer des analyses génomiques comparatives.
Une augmentation de la fréquence d'isolement de L. monocytogenes et de la diversité des séquences types (ST) détectés a été observée au fil du temps. Bien que les souches isolées appartenaient à six STs différentes (ST8, ST9, ST14, ST37, ST121 et ST155), ST9 était la plus abondante (8 souches sur 18). Des distances de polymorphisme simple nucléotidique (SNP pour single nucleotide polymorphism) faibles (0 et 2) ont été trouvées entre deux paires de souches ST9 isolées dans les deux cas à 3 mois d'intervalle de la même salle de transformation (Lm-1267 et Lm-1705, avec une distance de 2 SNP dans le noyau du génome; Lm-1265 et Lm-1706, avec une distance de 0 SNP), ce qui suggère que ces souches pourraient être des souches persistantes de L. monocytogenes dans l'environnement de transformation des aliments. La plupart des souches ont montré un potentiel de virulence in silico atténué soit par la troncature d'InlA (dans 67% des isolats), soit par l'absence d'autres facteurs de virulence impliqués dans l'adhésion ou l'invasion cellulaire.
Douze des dix-huit isolats de L. monocytogenes contenaient un plasmide dont la taille variait de 4 à 87 Kb et hébergeaient la survie au stress, en plus des déterminants de la résistance aux métaux lourds et aux biocides. Des plasmides identiques ou très similaires ont été identifiés pour divers ensembles d'isolats de L. monocytogenes ST9, ce qui suggère l'expansion clonale et la persistance de souches ST9 contenant des plasmides dans les environnements de transformation de l'usine de viande.
Enfin, l'analyse des génomes de L. monocytogenes disponibles dans la base de données NCBI, et leurs métadonnées associées, a mis en évidence que les souches de ST9 sont plus fréquemment signalées en Europe, liées aux aliments, en particulier aux produits carnés et porcins, et moins représentées parmi les isolats cliniques que les autres ST de L. monocytogenes. Il a également montré que les souches ST9 isolées ici étaient plus étroitement liées aux isolats européens, qui se sont regroupés et séparés des isolats nord-américains ST9.

Mots clés
Listeria monocytogenes ; Séquençage du génome entier ; persistance ; environnement de transformation des aliments ; plasmides.