Compréhension de l'émergence et de la diversité de Listeria monocytogenes dans une usine de viande nouvellement construite grâce au séquençage du génome entier

Une étude parue dans International Journal of Food Microbiology traite du démêlage de l'émergence et de la diversité de Listeria monocytogenes dans une usine de viande nouvellement construite grâce au séquençage du génome entier.

Faits saillants

• L'apparition de L. monocytogenes a été suivie dans une usine de viande nouvellement ouverte.
• La fréquence et la diversité de L. monocytogenes ont augmenté au cours des prélèvements.
• 61% des isolats de L. monocytogenes appartenaient à ST9 et ST121.
• Deux paires d'isolats de L. monocytogenes ont persisté dans l'environnement de transformation
• Les plasmides de L. monocytogenes étudiés hébergeaient des gènes de résistance aux biocides et aux métaux.
• Le souches européennes de L. monocytogenes ST9 se sont pas les mêmes que les isolats nord-américains.

Résumé

Les environnements de transformation des aliments d'une installation de transformation de viande nouvellement ouverte ont été échantillonnés au cours de dix visites effectuées au cours de ses 1,5 premières années d'activité et analysés pour la présence de Listeria monocytogenes. Un total de 18 isolats de L. monocytogenes ont été obtenus à partir de 229 échantillons, et leurs génomes ont été séquencés pour effectuer des analyses génomiques comparatives.

Une augmentation de la fréquence d'isolement de L. monocytogenes et de la diversité des séquences types (ST) détectés a été observée au fil du temps. Bien que les souches isolées appartenaient à six STs différentes (ST8, ST9, ST14, ST37, ST121 et ST155), ST9 était la plus abondante (8 souches sur 18). Des distances de polymorphisme simple nucléotidique (SNP pour single nucleotide polymorphism) faibles (0 et 2) ont été trouvées entre deux paires de souches ST9 isolées dans les deux cas à 3 mois d'intervalle de la même salle de transformation (Lm-1267 et Lm-1705, avec une distance de 2 SNP dans le noyau du génome; Lm-1265 et Lm-1706, avec une distance de 0 SNP), ce qui suggère que ces souches pourraient être des souches persistantes de L. monocytogenes dans l'environnement de transformation des aliments. La plupart des souches ont montré un potentiel de virulence in silico atténué soit par la troncature d'InlA (dans 67% des isolats), soit par l'absence d'autres facteurs de virulence impliqués dans l'adhésion ou l'invasion cellulaire.

Douze des dix-huit isolats de L. monocytogenes contenaient un plasmide dont la taille variait de 4 à 87 Kb et hébergeaient la survie au stress, en plus des déterminants de la résistance aux métaux lourds et aux biocides. Des plasmides identiques ou très similaires ont été identifiés pour divers ensembles d'isolats de L. monocytogenes ST9, ce qui suggère l'expansion clonale et la persistance de souches ST9 contenant des plasmides dans les environnements de transformation de l'usine de viande.

Enfin, l'analyse des génomes de L. monocytogenes disponibles dans la base de données NCBI, et leurs métadonnées associées, a mis en évidence que les souches de ST9 sont plus fréquemment signalées en Europe, liées aux aliments, en particulier aux produits carnés et porcins, et moins représentées parmi les isolats cliniques que les autres ST de L. monocytogenes. Il a également montré que les souches ST9 isolées ici étaient plus étroitement liées aux isolats européens, qui se sont regroupés et séparés des isolats nord-américains ST9.

Mots clés

Listeria monocytogenes ; Séquençage du génome entier ; persistance ; environnement de transformation des aliments ; plasmides.