Exploration de la saisonnalité de Campylobacter en Europe à l'aide du système de surveillance européen (TESSy), 2008 à 2016

Les objectifs de cette étude (Eurosurveillance  Volume 24, Issue 13, 28/Mar/2019) sont les suivants: 

(i) examiner comment la saisonnalité des infections à campylobactériose varie en Europe et explorer les associations entre incidence, température et précipitations et (ii) comparer ces résultats à ceux d’études antérieures. Nous avons également cherché à évaluer l'utilité des données de TESSy pour l'analyse saisonnière transeuropéenne de la campylobactériose. 

Selon une étude, les pays nordiques avaient un pic saisonnier de campylobactériose du milieu à la fin de l'été, tandis que la plupart des autres pays européens avaient une augmentation plus faible au début de l'année. Article adapté d'après Food Safety News.

Les chercheurs ont présenté les variations saisonnières de la campylobactériose en Europe de janvier 2008 à décembre 2016 ; ils ont examiné les associations avec la température et les précipitations et ont comparé les résultats avec ceux d'études antérieures.

L'infection à Campylobacter est la maladie d'origine alimentaire la plus souvent rapportée dans l'Union européenne. Elle cause plus de 200 000 cas par an, mais en raison de la sous-déclaration, le nombre réel d'infections pourrait être plus proche de neuf millions. Dans l'UE, le coût annuel associé en termes de santé publique et de perte de productivité est estimé à 2,4 milliards d'euros (2,7 milliards de dollars).

Dans beaucoup de pays, la campylobactériose a un pic saisonnier du début au milieu de l'été. Les facteurs qui contribuent à cela incluent la modification des schémas de colonisation bactérienne dans les troupeaux de poulets, différentes méthodes de préparation des aliments, la transmission par des mouches et la consommation élevée de fruits et de salade.

L'analyse a inclus 1 784 996 cas provenant de 18 pays pour la période de 2008 à 2016 et six clusters (cas groupés) ont été définis, indiquant que la saisonnalité est comparable et que les facteurs contribuant à la saisonnalité peuvent également être similaires. Les cas faisant état de voyages à l'étranger (n = 135 178) ont été retirés de l'ensemble des données. D'autres critères d'exclusion ont été supprimés, Belgique, Chypre, Estonie, Islande, Lettonie, Malte, Pologne, Portugal et Roumanie.

L’Autriche, la République tchèque et l’Allemagne font partie du premier groupe, avec un pic saisonnier diffus qui se produit à la fin du mois de juillet, mais aussi un pic plus faible vers la mi-juin.

Les pays nordiques comme le Danemark et la Suède (groupe 2), ainsi que la Norvège et la Finlande (groupe 3) affichent respectivement un pic début août et fin juillet.

La plupart des autres pays européens font partie du groupe quatre (France, Italie, Lituanie, Luxembourg, Pays-Bas et Slovénie), avec un pic saisonnier plus tôt dans l’année, vers la mi-juin.

Le groupe cinq regroupe le Royaume-Uni et l'Irlande avec la Hongrie et la Slovaquie séparées géographiquement ; L'incidence maximale se produit début juin.

Le groupe six (Espagne) est très différent des autres, avec une incidence plus constante tout au long de l’année et un pic moins net. Cela pourrait être une conséquence de son emplacement dans le sud ou du faible nombre de cas signalés.

En dépit des interventions de plusieurs pays européens pour lutter contre les maladies d’origine alimentaire, la force et le calendrier des pics de campylobactériose sont restés globalement similaires au cours des 10 dernières années. Cela confirme le rôle important de l'environnement et des conditions météorologiques, qui sont peu touchées par les interventions basées sur l'alimentation, selon l'étude.

Par rapport aux études antérieures, l’incidence maximale de la campylobactériose au cours des dernières semaines est pratiquement la même, à l’exception de l’Irlande et des Pays-Bas. Bien que la raison du changement aux Pays-Bas d’un pic de plusieurs semaines plus tôt soit inconnue, le pic en Irlande pourrait être du au petit nombre de cas dans les études précédentes.

Cinq des six groupes de pays présentent des associations significatives avec la température. Il y avait aussi une association statistiquement significative avec les précipitations mais cela a moins d'influence sur l'incidence de la campylobactériose que la température.

Les associations entre la température, les précipitations et les infections à Campylobacter étaient plus fortes dans les pays nordiques que dans les autres pays européens.

Les chercheurs ont utilisé les données du système de surveillance européen (TESSy).

TESSy est un ensemble de données utile pour l’analyse saisonnière transnationale de la campylobactériose et d’autres maladies infectieuses, mais les données qu’il contient ont leurs limites et reposent, dans une certaine mesure, sur l’infrastructure de notification de chaque pays et sur la rapidité de la notification. 

Pour la France, la dernière étude disponible est celle de VanCauteren et al. parue en janvier 2018, dont l’InVS indique :

Une étude sur la morbidité et la mortalité liées aux infections d’origine alimentaire en France entre 2008-2013 a permis d’estimer le nombre annuel moyen de cas symptomatiques de Campylobacter à 493 000 (ICr90% : 273 000-1 080 000) dont 392 000 (ICr90% : 215 000-863 000) liés à une transmission alimentaire soit 26 % du nombre total des infections d’origine alimentaire en France.

Quand l'Anses fait découvrir le risque Campylobacter à la DGAL

L'Anses a publié un avis le 12 octobre 2018 sur la « Contamination des poulets de chair par Campylobacter » ou plus exactement AVIS et RAPPORT de l'Anses relatif à l’état des connaissances sur la contamination des poulets de chair par Campylobacter et à l’évaluation de l'impact des interventions à différents stades de la chaîne alimentaire en France.

Ouf, il était temps … mais je ne sais pas s'il faut en rire ou pleurer, prendre cet avis avec humour ou de façon désespéré face au retard pris en France vis-à-vis de ce pathogène, à vous de juger ...

L’Anses a été saisie le 11 août 2016 par la Direction générale de l’alimentation (DGAL) d’une demande d’avis relatif à l’actualisation des connaissances sur la contamination par Campylobacter des volailles de chair afin d’établir une analyse coûts/bénéfices des mesures de maîtrise aux différentes étapes de la chaîne alimentaire au niveau national.

NB : Dans les citations du texte de l'Anses, les références bibliographiques ont été enlevés pour plus de clarté.

On apprend non sans surprise,

En France et en Europe, Campylobacter est la cause la plus fréquente de zoonoses alimentaires d’origine bactérienne avec une augmentation constante du nombre de cas au cours des quinze dernières années. Les plans de surveillance français montrent un niveau élevé de contamination par Campylobacter des volailles et des produits avicoles. En Europe, 50 à 80% des campylobactérioses humaines sont attribuées au réservoir « volailles » dans son ensemble selon l’Autorité européenne de sécurité des aliments. À ce jour, la France n'a pas mis en place de plan national de maîtrise pour Campylobacter alors que plusieurs autres États membres de l'UE l’ont réalisé depuis plusieurs années, par exemple le Danemark et la Suède.

C'est le Danemark qui signale plus de notification au RASFF de l'UE de la présence de Campylobacter dans des produits de volaille de France : 12 notifications au RASFF de l'UE pour la présence de Campylobacter dans des produits de volaille de France.

Dans ce contexte, l'Anses a été sollicitée par la DGAL pour évaluer le risque de campylobactériose humaine et modéliser l'impact d'éventuelles mesures de maîtrise dans la filière volailles de chair.

L'Anses recadre la demande tout azimut de la DGAL et l'expertise a porté « sur les poulets de chair et non sur les autres types de production avicole. Pour l’ensemble de ce document, le terme Campylobacter est utilisé pour désigner l’ensemble des deux espèces C. jejuni et C. coli. »

L’Anses souligne que Campylobacter constitue la première cause de maladie alimentaire d’origine bactérienne en France, avec 400 000 à 800 000 cas humains annuels de campylobactériose.

Il était donc plus que temps de s'en préoccuper à la DGAL !

Le règlement (CE) n°2073/2005 modifié comporte un critère d'hygiène des procédés pour Campylobacter applicable dans les abattoirs de poulets de chair. À compter du 1er janvier 2018, sur 50 échantillons composites de peau de cou, le nombre maximal d'échantillons dépassant 1000 UFC/g ne doit pas dépasser 20. Ce nombre sera de 15 en 2020 et de 10 en 2025. En cas de non-conformité, l’exploitant doit améliorer l’hygiène de l’abattage et réexaminer les mesures de maîtrise des procédés, l’origine des animaux et les mesures de biosécurité mises en place dans les exploitations d’origine.

Il y avait de quoi être inquiet :

À l’étape de la production primaire, selon l'enquête de référence européenne réalisée en 2008, Campylobacter a été isolé dans 77% des échantillons de contenus cæcaux avec en moyenne 10⁸ UFC/g (70% chez les poulets de chair élevés en claustration et 100% chez les poulets de chair élevés en plein air). Les études françaises publiées en 2010, 2011 et 2014 confirment ces ordres de grandeur. Des auteurs ont rapporté que, en 2009, 87% des lots de poulets de chair testés avaient des Campylobacter dans leur cæcum après le transport à l'abattoir ; la charge moyenne était de 10⁸ UFC/g.

À l’abattoir, une étude récente menée en France a évalué la concentration moyenne de Campylobacter sur les carcasses (après refroidissement par air ventilé). Le niveau moyen de contamination des échantillons composites de peau de cou a été évalué à 10^2,6UFC/g de juin à décembre, alors que ce niveau était significativement plus faible de janvier à mai (10 UFC/g).

Au stade de la distribution, dans une étude de 2013, la prévalence et le dénombrement de Campylobacter étaient respectivement de 90% et de 10^1,9 UFC/g sur les carcasses, de 85% et de 10^1,72 UFC/g sur les cuisses et de 53% et 10^0,82 UFC/g sur les filets.

L'objectif de réduction du risque Campylobacter connaît des limites car « il est difficile de savoir dans quelle mesure les situations expérimentales rapportées (dans des études) sont comparables à celle des autres élevages français. »

Par ailleurs, et peut-être plus grave, « les pratiques françaises ne sont pas connues avec précision et, la plupart du temps, il est difficile d'évaluer, si une intervention est déjà en place, dans quelle mesure elle est respectée, et quel serait son effet réel si elle était appliquée de façon systématique. »

Parmi les autres limites de l'étude de l'Anses,

Pour décrire la situation en France, le groupe de travail a utilisé les données des plans de surveillance de l’EFSA conduits en 2008 et 2009. Depuis 2009, des enquêtes de prévalence ont été conduites, mais pas à l’échelle nationale.

Las but not the least, l'Anses indique :

Les résultats présentés ci-dessus montrent qu'il existe manifestement une marge d’amélioration pour la protection de la santé publique vis-à-vis du risque lié à Campylobacter. Mais les résultats disponibles montrent également qu’une réduction majeure du risque relatif nécessiterait l'application d'interventions qui sont encore au stade de l'expérimentation et du développement (comme la vaccination), l'amélioration de la conception hygiénique des équipements d'abattage, ainsi qu'un meilleur respect des bonnes pratiques d'hygiène, tout au long de la chaîne alimentaire, consommateurs inclus.

Pour ma part, je regrette que dans l'avis de l'Anses ne signale pas que le gestionnaire du risque devrait mettre à contribution les distributeurs français pour des études de suivi en distribution, voir à ce sujet Surveillance de la contamination des viandes fraîches de volaille par Campylobacter au stade de la distribution : tout va si bien que ça et que fait la distribution ? et Campylobacter chez le poulet : pourquoi il faut mettre les distributeurs français à contribution.

Campylobactériose : Rapport annuel épidémiologique 2016 en Europe

Après Listeria, voici que l’ECDC publie le 14 décembre Campylobactériose, Rapport annuel épidémiologique 2016 en Europe.

ooOOoo

La campylobactériose est une maladie gastro-intestinale très répandue dans l'UE/EEE. En 2016, 29 pays de l'UE/EEE ont signalé 248 752 cas confirmés de campylobactériose.

Faits marquants

• La campylobactériose est une maladie gastro-intestinale très répandue dans l'UE/EEE.

• En 2016, 29 pays de l'UE / EEE ont signalé 248 752 cas confirmés de campylobactériose.

• Le taux de notification global UE/EEE était de 66,0 cas pour 100 000 habitants en 2016.

• La campylobactériose humaine était plus fréquente chez les enfants de moins de cinq ans que chez les autres groupes d’âge.

• La campylobactériose montre une saisonnalité claire, avec un pic de cas en été et un plus petit pic en janvier.

En 2016, 29 pays de l'UE/EEE ont signalé 248 752 cas confirmés de campylobactériose. De 2012 à 2016, l'Allemagne, la République Tchèque et le Royaume-Uni ont signalé le plus grand nombre de cas par an. En 2016, la République Tchèque, l'Allemagne, l'Espagne et le Royaume-Uni représentaient 69,8% de tous les cas confirmés. Le taux de notification global UE/EEE de 66,0 cas pour 100 000 habitants (de 2,0 à 228,2) était similaire à celui des années précédentes, avec une augmentation de 5,3% par rapport à 2015. Le taux de notification en Allemagne a augmenté de 15% sur la période 2012-2016, tandis que le taux de notification au Royaume-Uni a diminué de 21% par rapport à 2012-2016. Les pays avec les taux de notification les plus élevés étaient la République Tchèque, la Slovaquie et la Suède. Les taux les plus bas ont été signalés en Bulgarie, à Chypre, en Lettonie, en Pologne, au Portugal et en Roumanie. Par rapport à 2015, les taux de notification ont augmenté dans 20 pays et une diminution a été rapportée dans sept pays. Les résultats ont été rapportés pour 75,9% des cas de campylobactériose confirmés. Soixante-deux décès attribués à la campylobactériose ont été signalés en 2016, ce qui était à un niveau similaire aux 60 décès signalés en 2015. Des décès signalés parmi les cas confirmés, 76,4% ont été observés dans le groupe d'âge de 65 ans et plus.

Les cas humains de campylobactériose déclarée ont suivi une saisonnalité claire correspondant aux années précédentes, la plupart des cas signalés de juin à août. Des pics de janvier ont également été observés au cours de la période

2012-2016. La tendance n'a montré aucune augmentation, ni diminution statistiquement significative de 2012 à 2016.

En 2016, les enfants de moins de cinq ans représentaient 13,4% des 248 382 cas confirmés dont l'âge était connu. Le taux de notification était de 144,4 cas sur 100 000 dans ce groupe d’âge (selon les pays, cela variait de 12,7 à 1 091,3). Des taux plus élevés chez les hommes que chez les femmes ont été observés dans cinq des six groupes d'âge. Le ratio global hommes/femmes était de 1,2 sur 1.

Depuis 2005, Campylobacter est l'agent pathogène bactérien gastro-intestinal le plus souvent rapporté chez l'homme en Europe, jusqu'en 2016 compris. Bien que la campylobactériose humaine ait nettement augmenté entre 2008 et 2016, au cours des cinq dernières années (2012-2016), la tendance UE/EEE est restée stable, sans augmentation ni diminution statistiquement significative. La répartition géographique est restée conforme aux années précédentes, la majorité des cas ayant été signalés par l'Allemagne, l'Espagne, le Royaume-Uni et la République Tchèque.

Malgré une surveillance complète et une couverture nationale dans 25 pays, les cas signalés ne représentent qu'une faible proportion des infections à Campylobacter survenues dans l'UE/EEE. En Belgique, de plus en plus de laboratoires ont commencé à rapporter la campylobactériose depuis 2015 et le nombre de cas notifiés a augmenté. En République Tchèque, le dépistage et la détection de la campylobactériose se sont améliorés depuis 2013 et le nombre de cas confirmés a également augmenté. En Espagne, la couverture du système de surveillance de la campylobactériose s'est améliorée et le nombre de cas confirmés signalés a considérablement augmenté depuis 2012. En Suède, une épidémie à Campylobacter en 2016 a impliqué plus de 3 000 cas domestiques infectés par Campylobacter après avoir consommé de la viande de volaille contaminée. Cela a permis de presque doubler le nombre de cas humains nationaux en Suède par rapport aux années précédentes.

Dans la majorité des pays de l'UE/EEE, les enfants de moins de cinq ans sont les plus touchés par la campylobactériose, avec un taux de notification global de 144,4 cas pour 100 000 habitants en 2016.

Campylobacter a une saisonnalité caractéristique, avec une forte augmentation du nombre de cas en été et au début de l'automne. Un pic hivernal plus petit mais distinct est apparu ces dernières années, y compris en 2016. Dans la plupart des pays, la viande de volaille est une source majeure de campylobactériose d'origine alimentaire. La colonisation des troupeaux de poulets de chair par Campylobacter montre une saisonnalité évidente, en particulier dans les pays d'Europe du Nord, avec un risque accru en été. En Suède, des pics hivernaux moins importants ont été associés à la fréquence accrue de Campylobacter chez les poulets domestiques. Le réservoir des volailles dans son ensemble, y compris la transmission environnementale, le contact direct avec les animaux, la consommation et la préparation de la viande de volaille, représenteraient jusqu'à 80% des cas. Les autres sources identifiées sont l’eau potable qui n’a pas été désinfectée, les oiseaux sauvages, les animaux domestiques et l’environnement. Plusieurs études ont utilisé des méthodes de typage basées sur le MVLA et le génome entier pour attribuer les sources d'infections humaines à Campylobacter. Par exemple, en France, le poulet était une source importante et les ruminants, l'environnement et les animaux domestiques étaient des sources supplémentaires.

La manipulation, la préparation et la consommation de viande de poulet de chair représenteraient 20 à 30% de tous les cas humains.

Une bonne hygiène en cuisine est nécessaire pour éviter la contamination croisée.

L'élimination de Campylobacter dans la production de volaille est difficile, car elle nécessite la combinaison de différentes stratégies dans la chaîne alimentaire pour réduire le risque d'infection chez l'homme.

La résistance antimicrobienne de Campylobacter chez l'homme aux antibiotiques utilisés pour le traitement d'infections humaines serait très élevée, en particulier en ce qui concerne la ciprofloxacine et les tétracyclines.

Rappelons qu’en France, selon l’étude de l’InVS paru en janvier 2018, Estimation de la morbidité et de la mortalité liées aux infections d’origine alimentaire en France métropolitaine, 2008-2013,

Les infections à Campylobacter spp. se classent au 2^e rang en nombre de cas (392 177 cas, 26% du nombre total), en première position en nombre d’hospitalisations (5 524 hospitalisations, 31% du nombre total) et en 3^e position en nombre de décès (41 cas décédés, 16% du nombre total).