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dimanche 17 mai 2020

COVID-19 et masques : Comment s'en débarrasser ?

Les rues de Paris se retrouvent jonchées de masques et de gants usagées.
Depuis le début du déconfinement, les Français s'habituent à porter un masque lorsqu'ils sortent dans la rue. Problème: tous n'ont pas le réflexe de le jeter ensuite à la poubelle, violant de fait les bons usages pour éviter de contaminer d'autres personnes. Les rues de Paris se retrouvent ainsi jonchées de masques et de gants usagées.
« C'est un scandale, il y a des poubelles tous les 20 mètres », s'insurge une passante. « C'est inadmissible! », abonde une autre.
« Nous devions leur distribuer des balais, ils ne méritent pas de masques ces gens », s'exaspèrent ainsi les éboueurs de Paris, sur Twitter.

La mairie de Paris appelle au civisme : « Il faut continuer à protéger les autres, et penser aux agents de propreté qui ont été là pendant tout le confinement », explique Paul Simondon, adjoint à la mairie de Paris en charge de la propreté et de la gestion des déchets.
Dans les rues de Lyon, on peut voir, jetés sur le sol, des masques chirurgicaux, mais aussi des masques en tissus ou de chantier et des gants. Une situation qui exaspère les éboueurs. 
On lira aussi cette info du ministère de l’écologie suite au tweet précité d’un éboueur … à propos du mode d’emploi pour jeter son masque … en seulement trois étapes ...

mercredi 13 mai 2020

Déchets dans les études scientifiques sur le COVID-19


« Déchets dans les études scientifiques sur le COVID-19 », source BMJ.

Un déluge d’étude de mauvaise qualité sabote une réponse efficace fondée sur des preuves.

Le monde de la recherche médicale a réagi à la pandémie de COVID-19 à une vitesse vertigineuse. Il y a eu un tourbillon de recherche mondiale, avec des conséquences mitigées.

Parmi les points positifs, mentionnons la fourniture accrue d'un accès libre aux études sur le COVID-19, une collaboration accrue, une gouvernance accélérée et des approbations éthiques des nouvelles études cliniques et une utilisation plus large des prépublications.

Mais de nombreux problèmes sont devenus évidents. Avant la pandémie, on estimait que jusqu'à 85% de la recherche était gaspillée en raison de questions médiocres, de la mauvaise conception de l'étude, de l'inefficacité de la réglementation et de la conduite et de la communication non ou médiocre des résultats.

Beaucoup de ces problèmes se sont amplifiés avec la recherche sur le COVID-19, avec des contraintes de temps et une infrastructure de recherche inadéquate.

Essais
Un nombre extraordinaire d'essais sur le COVID-19 ont été enregistrés depuis le début de la pandémie. Le registre ClinicalTrials.gov de la National Library of Medicine répertorie 1 087 études sur le COVID-19, et bien que certaines fournissent des informations utiles, beaucoup sont trop petites et mal conçues pour être utiles, ne faisant qu'ajouter au bruit sur le COVID-19.

Par exemple, sur les 145 essais enregistrés sur l’hydroxychloroquine, 32 ont un échantillon prévu ≤ 100, 10 n'ont pas de groupe témoin et 12 sont comparatifs mais non randomisés.

Les mesures des résultats varient considérablement et seulement 50 semblent être multicentriques.

Étonnamment, une seule étude fournit un protocole, et même des détails de registre limités révèlent un changement de résultat injustifié.

Le déséquilibre dans les thèmes des essais est préoccupant, en particulier la rareté des essais sur les interventions non médicamenteuses. Bien que les interventions non médicamenteuses soient le pilier de l'atténuation actuelle, nous n'avons pu trouver que deux essais sur les masques sur ClinicalTrials.gov et aucun n'examinant la distanciation sociale, l'effet de quarantaine ou l'observance, l'hygiène des mains ou d'autres interventions non médicamenteuses.

Le financement de la recherche sur le COVID-19 reflète ce déséquilibre désolant. Une recherche sur COVID-19 Research Project Tracker, une base de données en direct des projets sur le COVID-19 financés, n'a trouvé presque aucune recherche primaire sur les effets des interventions non médicamenteuses sur la transmissibilité, par rapport à des centaines de projets d'intervention médicamenteuse d'une valeur d'au moins 67 millions d’euros.

Pré-impressions
Les préimpressions ont fourni un accès précoce et précieux aux résultats de l'étude.

Les publications dans MedRxiv ont augmenté de plus de 400% (de 586 pour les 15 dernières semaines de 2019 à 2 572 pour les 15 premières semaines de 2020), tandis que les vues et les téléchargements ont été multipliés par 100.

De nombreuses préimpressions sont cependant mal rapportées. En examinant systématiquement la proportion de cas asymptomatiques de COVID-19, nous avons constaté que les bases de la plupart des études n'étaient pas claires, les cas manquants n'étaient pas documentés et le terme «asymptomatique» n'était pas défini.

Nous avons également identifié des désaccords entre le texte et les tableaux.

Beaucoup de ces problèmes pourraient être corrigés avant la publication complète (ce qui ne suit pas toujours), mais de mauvaises études compliquent l'évaluation et la synthèse de la recherche déjà en cours.

L'accès aux prépublications a également conduit à une dissémination irresponsable car les études erronées sont reprises par les médias. La préimpression de la première étude rapportée de l'hydroxychloroquine le 20 mars 2020 - une étude non randomisée de 46 patients avec des analyses inappropriées6 - a été citée 520 fois, tandis qu'un essai randomisé de plus grande envergure sur l'hydroxychloroquine publié sur MedRxiv le 14 avril ne montrant aucun avantage n'a reçu beaucoup moins d'attention.

L'attention déséquilibrée des médias envers la première étude a déclenché une vague de recherches probablement inutiles ou mal orientées: 135 études sur l'hydroxychloroquine ont été enregistrées sur ClinicalTrials.gov depuis le 20 mars.

Déchets, duplication
Une certaine reproduction des études est importante, mais une duplication inutile des études est un gaspillage.

Le grand nombre d'essais enregistrés évaluant l'hydroxychloroquine en est une illustration, mais des déchets se produisent également dans d'autres types de recherche. Au moins cinq revues systématiques des masques faciaux pour des personnes en ville ont eu lieu en parallèle.

L'infrastructure de recherche existante pour permettre la collaboration et la communication est extrêmement limitée, les fissures du système étant rendues plus apparentes par le rythme et le volume de la recherche sur le COVID-19.

Les registres n'existent pas pour la plupart des types d'études. Lorsqu'il y a une ruée mondiale vers la recherche d'une maladie, un portail centralisé et accessible (hébergé par l'Organisation mondiale de la santé par exemple) de toutes les recherches et synthèses en cours serait inestimable.

Plusieurs collaborations de recherche importantes sont engagées dans la recherche sur le COVID-19. Peut-être plus particulièrement, la Coalition for Epidemic Preparedness Innovations (CEPI), qui disposait déjà de mécanismes de financement et de coordination pour les vaccins, développe et teste huit candidats vaccins en parallèle. De même, l’infrastructure d’essais multicentriques du Royaume-Uni a permis l’essai RECOVERY de quatre traitements sur le COVID-19; il a recruté plus de 9 000 patients dans 173 centres en moins de deux mois.

Mais il y a peu d'exemples de ce type et la coordination de nombreux domaines importants de recherche sur les pandémies a fait défaut. Étant donné e risque qu'un vaccin soit inefficace, partiellement efficace ou retardé, il existe un besoin urgent d'un organisme similaire au CEPI qui pourrait coordonner et soutenir la recherche négligée sur les interventions non médicamenteuses telles que la distanciation, l'hygiène des mains, les masques, le traçage et les modifications de l'environnement, qui ont jusqu'à présent été le seul moyen de contrôle efficace.

Le gaspillage massif dans la recherche qui existe n'est pas nouveau mais a été exacerbé par la ruée vers la recherche inspirée par la pandémie. Bien que la piètre qualité de la recherche sur le COVID-19 doive être examinée immédiatement, d'autres problèmes doivent être résolus à long terme, et certainement avant la prochaine pandémie.

Référence
Waste in COVID-19 research.
BMJ 2020; 369 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m1847 (Published 12 May 2020)

samedi 2 mai 2020

Des scientifiques découvrent le plus haut niveau jamais atteint de microplastiques sur des fonds marins


Le blog vous avait déjà parlé des soucis posés par les microplastiques dans différents articles ici, y compris leur présence éventuelle dans les aliments.

Voici selon un communiqué du 30 avril 2020 de l’Ifremer, « Des hotspots de micro-plastiques dans les fonds marins contrôlés par les courants profonds ».
Cette étude montre que les microplastiques ne transitent pas uniquement via les canyons sous-marins mais qu'une grande partie est transportée par des courants de fond avant de se déposer sur des bancs de sédiments au pied des pentes sous-marines. L'image est de l'Université de Machester.

Une étude publiée dans le journal Scienceà laquelle l'Ifremer a contribué, révèle l’existence de zones d’accumulation ou hotspots de microplastiques dans les fonds marins. C’est dans ces zones que la majeure partie des microplastiques rejetée dans l’océan pourrait s’accumuler sous l’influence des courants de fond.

Cette étude montre que les microplastiques ne transitent pas uniquement via les canyons sous-marins mais qu'une grande partie est transportée par des courants de fond avant de se déposer sur des bancs de sédiments au pied des pentes sous-marines.

Plus de 10 millions de tonnes de déchets plastiques sont rejetés dans les océans chaque année. Si les déchets flottants sont aujourd’hui très étudiés, leur masse cumulée représente moins de 1% du plastique présent dans les océans du monde. Les scientifiques supposaient que les 99% manquants se trouvaient dans les profondeurs de l'océan, mais jusqu'à présent, personne ne savait où ils se trouvaient exactement. Un projet de recherche international mené par l'Université de Manchester (Royaume-Uni), le Centre national d'océanographie (Royaume-Uni), les universités de Brême (Allemagne), de Durham (Royaume-Uni) et l’Ifremer (France) a révélé les niveaux de microplastiques les plus élevés jamais enregistrés sur le fond marin, avec jusqu'à 1,9 millions de morceaux sur une surface d'un mètre carré seulement.

Publiés cette semaine dans le journal Scienceces travaux de recherche ont montré comment les courants marins transportent de minuscules fragments et fibres de plastique sur le fond marin. Ces courants peuvent concentrer les microplastiques dans d'énormes zones d’accumulations de sédiments, qu'ils ont appelés hotspots de microplastiques. Ces hotspots semblent être les équivalents en profondeur de ce que l'on appelle les « zones d’accumulation de déchets » formés par les courants à la surface de l'océan.

Les microplastiques des fonds marins sont principalement constitués de fibres provenant de textiles et de vêtements. Ces fibres ne sont pas filtrées efficacement dans les stations d'épuration et pénètrent facilement dans les rivières et les océans. Une fois dans les océans, deux scénarios : soit elles s’y déposent lentement, soit elles sont transportées rapidement par les courants de puissantes avalanches sous-marines qui descendent via des canyons sous-marins jusqu'au fond (Lire les recherches antérieures du groupe dans Environmental Science & Technology). Une fois en profondeur, les microplastiques sont facilement capturés et transportés par les « courants de fond » qui peuvent concentrer les fibres et les fragments dans de grands bancs sédimentaires.

Ces courants des grands fonds marins transportent également de l'eau riche en oxygène et en nutriments, ce qui signifie que les hotspots de microplastiques des fonds marins peuvent également abriter d'importantes communautés biologiques susceptibles de consommer ou absorber les microplastiques.

Cette étude révèle pour la première fois le lien direct qui existe entre le comportement de courants de fond et les concentrations de microplastiques des fonds marins. Ces résultats aideront à prédire l'emplacement d'autres hotspots de microplastiques des grands fonds marins et orienteront ainsi la recherche sur l'impact des microplastiques sur la vie marine.

L'équipe a recueilli des échantillons de sédiments du fond de la mer Tyrrhénienne et a interprété leur répartition en s’appuyant sur des modèles calibrés des courants océaniques profonds et une cartographie détaillée du fond marin. En laboratoire, les plastiques ont été séparés des sédiments, comptés au microscope, puis analysés par spectroscopie infrarouge pour déterminer les différents types de plastique. Grâce à ces informations, l'équipe a pu montrer comment les courants océaniques contrôlaient la répartition des microplastiques sur le fond marin.

L'auteur principal de l'étude, le Dr Ian Kane de l'Université de Manchester (UK), a déclaré : « presque tout le monde a entendu parler des tristement célèbres « déchets » de plastique flottant dans l'océan, mais nous avohttps://www.manchester.ac.uk/discover/news/scientists-find-highest-ever-level-of-microplastics-on-seafloor/ns été choqués par les fortes concentrations de microplastiques que nous avons trouvées dans les fonds marins ». Ajoutant que « nous avons découvert que les microplastiques ne sont pas répartis uniformément dans la zone d'étude, mais qu'ils sont distribués par de puissants courants de fond qui les concentrent dans certaines zones ».
Le Dr Mike Clare du Centre national d'océanographie (UK), co-responsable de l’étude, ajoute : « notre étude a montré comment des études détaillées des courants du fond marin peuvent nous aider à relier les voies de transport des microplastiques en profondeur et à trouver les microplastiques « manquants ». Une meilleure compréhension est nécessaire pour orienter les actions futures dans le but de limiter le flux futur de plastique dans les grands fonds marins et de minimiser ses impacts sur les écosystèmes océaniques ».

« Grâce à notre modèle de simulation fine des courants profosciencends développé à l’Ifremer, nous avons montré dans cette étude qu’une grande partie des microplastiques est transportée par ces courants avant de se déposer sur des bancs de sédiments (appelées contourites) au pied des pentes sous-marines, explique Pierre Garreau, modélisateur en océanographie physique et responsable du Laboratoire Océan Côtier de l’Ifremer. Ce n’était une évidence pour personne auparavant. Beaucoup imaginaient que les microplastiques se déposaient de manière assez homogène sur les fonds océanique ou transitaient par les canyons sous-marins. Ces résultats aideront les spécialistes de l’environnement à savoir désormais où chercher les microplastiques en mer de manière plus précise grâce à ce modèle. C’est aussi une indication pour les géologues : la forte concentration de microplastiques dans les contourites indique que leur formation est toujours active ».

NB : Le titre de l'article est celui du communiqué de l'Université de ManchesterScientists find highest ever level of microplastics on seafloor.

jeudi 20 juin 2019

La faune urbaine peut aggraver la résistance aux antibiotiques


« La faune urbaine peut aggraver la résistance aux antibiotiques », source CIDRAP News.

Selon une étude publiée dans The Lancet Planetary Health le 19 juin 2019, la faune vivant en milieu urbain pourrait être un vecteur potentiel d'organismes résistants aux antimicrobiens (RAM).

Des chercheurs de l’International Livestock Research Institute (ILRI) à Nairobi, au Kenya et à l’Université de Liverpool ont constaté que la faune urbaine en milieu urbain à Nairobi avait un lourd fardeau de bactéries cliniquement résistantes aux antimicrobiens.

Analyse des matières fécales de 75 espèces
L’étude a été menée au cours d'une enquête épidémiologique sur la ville, auprès de 99 ménages sélectionnés au hasard et stratifiés en fonction du revenu.

Au total, les chercheurs ont analysé des échantillons de selles de 75 espèces d'animaux sauvages (849 animaux), de 13 espèces d'animaux d'élevage (656 animaux) et de 333 prélèvements humains en 2015 et 2016. L'équipe a cultivé Escherichia coli à partir des spécimens et analysé un seul isolat de chaque échantillon. pour la sensibilité à 13 antibiotiques.

En général, les animaux sauvages présentaient une faible prévalence d'isolats de E. coli sensibles à tous les antibiotiques testés (45 [9%] sur 485 échantillons) et une prévalence élevée de la  résistance à plusieurs antibiotiques cliniquement pertinents (252 [52%] sur 485 échantillons), ont écrit les auteurs.

Les oiseaux, les rongeurs et les chauves-souris étaient les animaux les plus couramment présents, et certains animaux sauvages ont montré une résistance aux céphalosporines de troisième génération et aux fluoroquinolones synthétiques, considérées par l’Organisation mondiale de la Santé comme des médicaments essentiels.

« 252 (52%) des 485 échantillons prélevés sur des animaux sauvages échantillonnés à Nairobi hébergeaient E. coli multirésistants; huit (2%) sur 485 isolats d'animaux sauvages (tous provenant d'oiseaux) hébergeaient E. coli résistant à des agents appartenant à au moins sept parmi les classes d’antimicrobiens testés, et E. coli qui a été isolé d'un seul échantillon aviaire était résistant à tous les antimicrobiens testés », ont écrit les auteurs.

Bien que la faune dans l'étude ait montré des taux plus élevés de RAM que le bétail et les humains, les auteurs ont indiqué que la diversité phénotypique observée dans la faune était plus faible que chez l'homme, le bétail ou l'environnement extérieur.

Les villes en développement, lieux de reproduction de la RAM
Bien que l'étude n'ait montré aucune menace directe pour la santé humaine, les résultats suggèrent des voies futures de la RAM.

Les animaux de l'étude, en particulier les rongeurs et les oiseaux, qui étaient davantage en contact avec les déchets humains et d'animaux d'élevage étaient plus susceptibles de résister à plusieurs antibiotiques, ce qui suggère que les pratiques de gestion des déchets d'une ville constituent un site d'intervention important pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens.

« Nous avons tendance à penser à la RAM en termes principalement médicaux, à la mise au point de nouveaux médicaments et à une meilleure utilisation des anciens », a déclaré le principal auteur Eric Fevre, dans un communiqué de presse de l'Université de Liverpool. « Mais nous devons adopter une approche écologique pour faire face à cette menace. Les villes urbaines peuvent y remédier en améliorant leur planification urbaine, leur élimination des déchets et leurs pratiques d'élevage. Cela peut contribuer à perturber les échanges de RAM entre la faune, le bétail et les humains. »

Selon Fevre, Nairobi est représentatif de plusieurs villes africaines en développement, qui abritent des populations humaines en plein essor et un mélange complexe d’élevage informel et d’espèces sauvages.