La faune urbaine peut aggraver la résistance aux antibiotiques

« La faune urbaine peut aggraver la résistance aux antibiotiques », source CIDRAP News.

Selon une étude publiée dans The Lancet Planetary Health le 19 juin 2019, la faune vivant en milieu urbain pourrait être un vecteur potentiel d'organismes résistants aux antimicrobiens (RAM).

Des chercheurs de l’International Livestock Research Institute (ILRI) à Nairobi, au Kenya et à l’Université de Liverpool ont constaté que la faune urbaine en milieu urbain à Nairobi avait un lourd fardeau de bactéries cliniquement résistantes aux antimicrobiens.

Analyse des matières fécales de 75 espèces

L’étude a été menée au cours d'une enquête épidémiologique sur la ville, auprès de 99 ménages sélectionnés au hasard et stratifiés en fonction du revenu.

Au total, les chercheurs ont analysé des échantillons de selles de 75 espèces d'animaux sauvages (849 animaux), de 13 espèces d'animaux d'élevage (656 animaux) et de 333 prélèvements humains en 2015 et 2016. L'équipe a cultivé Escherichia coli à partir des spécimens et analysé un seul isolat de chaque échantillon. pour la sensibilité à 13 antibiotiques.

En général, les animaux sauvages présentaient une faible prévalence d'isolats de E. coli sensibles à tous les antibiotiques testés (45 [9%] sur 485 échantillons) et une prévalence élevée de la  résistance à plusieurs antibiotiques cliniquement pertinents (252 [52%] sur 485 échantillons), ont écrit les auteurs.

Les oiseaux, les rongeurs et les chauves-souris étaient les animaux les plus couramment présents, et certains animaux sauvages ont montré une résistance aux céphalosporines de troisième génération et aux fluoroquinolones synthétiques, considérées par l’Organisation mondiale de la Santé comme des médicaments essentiels.

« 252 (52%) des 485 échantillons prélevés sur des animaux sauvages échantillonnés à Nairobi hébergeaient E. coli multirésistants; huit (2%) sur 485 isolats d'animaux sauvages (tous provenant d'oiseaux) hébergeaient E. coli résistant à des agents appartenant à au moins sept parmi les classes d’antimicrobiens testés, et E. coli qui a été isolé d'un seul échantillon aviaire était résistant à tous les antimicrobiens testés », ont écrit les auteurs.

Bien que la faune dans l'étude ait montré des taux plus élevés de RAM que le bétail et les humains, les auteurs ont indiqué que la diversité phénotypique observée dans la faune était plus faible que chez l'homme, le bétail ou l'environnement extérieur.

Les villes en développement, lieux de reproduction de la RAM

Bien que l'étude n'ait montré aucune menace directe pour la santé humaine, les résultats suggèrent des voies futures de la RAM.

Les animaux de l'étude, en particulier les rongeurs et les oiseaux, qui étaient davantage en contact avec les déchets humains et d'animaux d'élevage étaient plus susceptibles de résister à plusieurs antibiotiques, ce qui suggère que les pratiques de gestion des déchets d'une ville constituent un site d'intervention important pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens.

« Nous avons tendance à penser à la RAM en termes principalement médicaux, à la mise au point de nouveaux médicaments et à une meilleure utilisation des anciens », a déclaré le principal auteur Eric Fevre, dans un communiqué de presse de l'Université de Liverpool. « Mais nous devons adopter une approche écologique pour faire face à cette menace. Les villes urbaines peuvent y remédier en améliorant leur planification urbaine, leur élimination des déchets et leurs pratiques d'élevage. Cela peut contribuer à perturber les échanges de RAM entre la faune, le bétail et les humains. »

Selon Fevre, Nairobi est représentatif de plusieurs villes africaines en développement, qui abritent des populations humaines en plein essor et un mélange complexe d’élevage informel et d’espèces sauvages.