Réunion virtuelle européenne One Health, partie 1

« Des chercheurs présentent leurs travaux lors d'une réunion virtuelle One Health », source article de Joe Whitworth paru le 2 juin 2020 dans Food Safety News.

Note de l'éditeur: cet article, partie 1 sur 2, résume les présentations orales et par affiches de la réunion de trois jours du programme conjoint européen One Health.

Un projet européen contribuant à promouvoir le progrès scientifique sur les zoonoses d'origine alimentaire a tenu sa réunion annuelle virtuellement à cause de l'épidémie liée au coronavirus.

La deuxième réunion scientifique annuelle du programme commun européen One Health (OHEJP pour One Health European Joint Program) sur les zoonoses d'origine alimentaire, la résistance aux antimicrobiens et les menaces émergentes était prévue à Prague en République tchèque, la semaine dernière, mais avec la pandémie de COVID-19 la réunion physique a été annulée et remplacée par une réunion virtuelle.

Les 178 résumés soumis ayant déjà été évalués par le comité scientifique et le programme étant déjà rédigé, les organisateurs ont décidé d'accueillir l'événement en ligne avec des présentations orales et par affiches (posters).

Plus de 750 participants se sont inscrits à la réunion qui a eu Stef Bronzwaer, coordinateur de la recherche à l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), en tant qu'orateur principal.

L'OHEJP a débuté en 2018 et se termine fin 2022. Il est coordonné par l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments, de l'environnement et du travail (Anses) et implique 40 partenaires de 19 pays. D'un coût de 90 millions d'euros, 50% étant financés par la Commission européenne.

Présentations orales

Maaike van den Beld, de l'Institut national pour la santé publique et l'environnement (RIVM), a parlé de l'amélioration de la sécurité sanitaire des aliments grâce au séquençage du génome entier (WGS) et au partage des données.

Aux Pays-Bas, les données du WGS de la surveillance en laboratoire nationale de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) et Listeria par le RIVM sont partagées dans une base de données avec les données du WGS issues de la surveillance des aliments collectées par le Wageningen Food Safety Research à la demande de la Dutch Food and Consumer Product Safety Authority (NVWA).

Dans cette base de données, 1 578 isolats de Listeria étaient présents, soit 217 issus de cas groupés (clusters), dont 33 d'origine mixte. Au total, 95 clusters s'étalaient sur plus de deux ans. Pour le STEC sérotype O157, 190 des 205 isolats étaient d'origine humaine. Pour le sérotype O26, 102 des 112 isolats étaient d'origine humaine. Les autres STEC de types O comprennent près de 1 000 isolats, dont 59 pour cent sont humains.

Il existe des défis liés à l'espèce pour appliquer le WGS et le partage de données dans la surveillance nationale et le traçage des sources. Pour Listeria, le confinement du temps pour la détection des clusters et les stratégies d'intervention est compliqué. Pour les STEC, il y a un chevauchement minimal entre les isolats humains et alimentaires. Cependant, la surveillance par WGS et le partage de données en temps réel ont permis un traçage rapide des sources et une évaluation des éclosions et ont conduit à des mesures d'application mieux ciblées.

Claudia E. Coipan du RIVM a utilisé l'exemple d'une éclosion internationale à Salmonella Enteritidis liée à des œufs polonais pour voir si l'harmonisation des flux de travail du typage moléculaire était nécessaire.

Les chercheurs ont comparé les résultats de six flux de travail de typage différents utilisés par les autorités européennes de santé publique en termes de détection des clusters et de concordance. Ils ont analysé 180 isolats de cas confirmés et probables, représentatifs de la variation génétique de l'épidémie, et 22 isolats de Salmonella Enteritidis non apparentés. L'analyse indique que les différents flux de travail ont généré des clusters avec des compositions similaires.

Thomas Brauge de l'Anses a évoqué l'impact de deux désinfectants sur les cellules de Listeria monocytogenes en biofilm sur de l'acier inoxydable.

Le traitement au peroxyde d'hydrogène ou par un ammonium quaternaire n'a pas enlevé les cellules de Listeria sur les surfaces mais a changé l'état de viabilité cellulaire avec l'émergence d'une majorité de cellules viables mais non cultivables (VNC). Ces cellules VNC ont été transférées sur des tranches de hareng et sont revenues à un état viable et cultivable sur des milieux gélosés pendant la durée de conservation commerciale du hareng.

Julio Alvarez de VISAVET, Université Complutense de Madrid, a expliqué comment les isolats humains de Salmonella font l'objet systématiquement du séquençage du génome entier au Minnesota pour aider à investiguer sur les éclosions, ce qui augmente la capacité de relier les cas liés mais conduit à un retard dans l'identification des sérotypes des isolats cliniques et fait établir une relation entre les cas dans la première semaine après avoir signalé un problème.

Les chercheurs ont examiné des modèles temporels pour détecter les épidémies à Salmonella en l'absence d'informations sur les sérotypes. Les informations sur les patients signalés au département de la santé du Minnesota de 2005 à 2018 ont été utilisées. Les meilleurs modèles candidats ont pu identifier plus de 75% des éclosions connues dans la semaine suivant la notification des premiers cas. Les algorithmes développés ont pu identifier les éclosions connues sur une période de quatre ans et ils ont également révélé des éclosions potentiellement non résolues.

María Ugarte-Ruiz, de la même université, a couvert la détection et la caractérisation antimicrobienne de Salmonella dans les œufs issus de commerces de détail à Madrid.

L'isolement de Salmonella a été effectué à partir d'œufs produits en Espagne de 2003 à 2019 dans le cadre d'un programme de surveillance. Au cours de cette période de 19 ans, plus de 200 isolats ont été récupérés appartenant principalement aux sérotypes Enteritidis, Infantis, Rissen, Anatum et Typhimurium. Dans l'ensemble, les niveaux de résistance aux antimicrobiens étaient inférieurs à 10%, à l'exception de la ciprofloxacine, de l'acide nalidixique, de la tétracycline et de l'ampicilline, bien que les quantités varient également en fonction du sérotype.

Idesbald Boone, de l'Institut Robert Koch en Allemagne, a découvert que les aliments considérés comme présentant un risque élevé de provoquer des cas d'intoxication alimentaire associés aux soins de santé étaient servis aux patients.

L'enquête, parmi 33 établissements de santé italiens et allemands, a exploré la disponibilité des données, l'accessibilité et l'utilité des données alimentaires des patients dans les hôpitaux et les résidents des maisons de santé. Une variabilité a été observée dans la durée de stockage des données des menus alimentaires et de leurs formats, du papier aux bases de données électroniques consultables. En Italie, l'externalisation de la restauration a été associée à une prise de conscience non optimale de la disponibilité des données de traçabilité alimentaire.

Présentations par affiches

Gerald Umhang, de l'Anses, avait une affiche présentant le projet MEME qui a démarré en janvier 2020 et compte 20 partenaires dans 15 pays européens.

L'objectif est de combler les lacunes de la recherche dans la détection et le contrôle de l'échinococcose kystique (EK) et alvéolaire (EA). Produire des données épidémiologiques sur la présence d'œufs de Echinococcus multilocularis et de Echinococcus granulosus sensu lato dans la chaîne alimentaire va permettre de se concentrer sur les légumes destinés à la consommation humaine.

Dans le cadre du projet, il est prévu que des questionnaires ciblés soient élaborés pour un échantillon de patients atteints de EK dans certains hôpitaux et des témoins appariés, afin de faire progresser les connaissances sur les facteurs de risque liés aux aliments pour l'infection humaine.

Une affiche de Karin Troell, de l'Institut vétérinaire national suédois, décrit le consortium PARADISE. Ce projet, de 2020 à 2022, contribuera à développer des méthodes de lutte contre les parasites d'origine alimentaire dans la chaîne alimentaire de l'UE, car les investigations sur les éclosions et l'attribution des sources restent difficiles.

Eleonora Ventola, de l'Istituto Superiore di Sanità, en Italie, avait une affiche sur Yersinia enterocolitica dans les aliments. La yersiniose est la quatrième zoonose d'origine alimentaire la plus courante dans l'UE, selon le rapport sur les zoonoses de 2018.

En 2019, une enquête en Italie a estimé la contamination par Yersinia enterocolitica pathogène dans différents aliments, échantillonnés à différents stades de la chaîne de production. Au total, 437 échantillons, dont du porc, du bœuf, du sanglier et de la viande de poulet, du lait cru, des crustacés et des légumes frais, ont été analysés.

L'étude a révélé que les produits à base de porc étaient la catégorie la plus fréquemment contaminée par Yersinia enterocolitica. La présence de Yersinia a été évaluée à l'aide de la PCR en temps réel ciblée sur le gène Ail (impliqué dans l’attachement et l’invasion des cellules épithéliales) qui est considéré comme le marqueur de Yersinia enterocolitica pathogène. La présence de ce gène a été détectée dans 11 échantillons, tous provenant de viande de porc, de bœuf et de sanglier.

Une étude menée par Jacek Sroka, de PIWET, a estimé la prévalence de l'infection à Toxoplasma gondii chez des porcs et des bovins abattus pour la consommation humaine en Pologne. Des sérums de 3 111 porcs et 2 411 bovins de 16 régions ont été contrôlés. Des échantillons du diaphragme et du cœur d'animaux séropositifs ont été examinés pour l'ADN de Toxoplasma gondii.

Des résultats séropositifs ont été retrouvés chez 11,9% des porcs et 13% des bovins. L'analyse des données a montré que la séropositivité augmentait avec l'âge des bovins et les résultats séropositifs étaient plus fréquents chez les animaux des petites exploitations. La présence d'anticorps de Toxoplasma gondii chez les porcs et les bovins et la détection d'ADN parasitaire dans les tissus peuvent indiquer une menace potentielle pour la santé des consommateurs.

États-Unis : Un nouveau virus bovin associé à des rhumes de cerveau et à des infections des sinus

« Aux États-Unis, un nouveau virus bovin associé à des rhumes de cerveau et à des infections des sinus », source article de Dan Flynnparu le 7 février 2020 dans Food Safety News.

Le kobuvirus bovin, un virus bovin découvert pour la première fois au Japon en 2003, est arrivé aux États-Unis.

L'arrivée est rapportée dans la revue médicale Emerging Infectious Diseases. Le kobuvirus bovin ou BKV appartient à la famille des virus qui provoquent des rhumes de cerveau et des infections des sinus chez l'homme.

Le BKV semble être la plus récente des zoonoses, c'est-à-dire celles causées par des infections qui peuvent se propager entre les animaux et les humains.

Des recherches de l'Université de l'Illinois (UI) sur la mort de deux veaux ont conduit à la découverte du BKV aux États-Unis. Les intestins de veaux ont été soumis à un échantillonnage et à un séquençage d'ADN microbien qui les ont liés au virus au Japon.

Depuis qu'ils ont été signalés pour la première fois au Japon par les Centers for Disease Control and Prevention il y a 17 ans, des rapports sur le BKV sont venus de Thaïlande, Hongrie, Pays-Bas, Corée, Italie, Brésil, Chine et Égypte.

Le CDC dit que la prévalence du BKV aux États-Unis « reste inconnue », et la découverte de l'Université de l'Illinois signifie qu'il y a un besoin de « surveillance continue ». Le besoin est maintenant de déterminer le taux et la distribution du BKV en Amérique du Nord.

On ne sait pas si le BKV est strictement une zoonose ou s'il pourrait se propager à l'homme. La forme de kobuvirus chez l'homme est appelée « virus d'Aichi » et elle provoque une « gastro-entérite aiguë ». Les kobuvirus peuvent être transmis par voie fécale-orale ou par la consommation d'aliments contaminés.

Leyi Wang de l'UI, professeur de médecine clinique vétérinaire, a dirigé la recherche sur le kobuvirus bovin sur le sol américain.

Les maladies zoonotiques concernent à la fois le CDC et le Service d'inspection zoosanitaire et phytosanitaire (APHIS) de l'USDA. L'unité USDA a été principalement à l'affût de la maladie virale hautement contagieuse et mortelle appelée peste porcine africaine (PPA).

Depuis son émergence en Afrique dans les années 1920, la PPA est devenue courante dans certaines parties de l'Asie et de l'Europe, mais l'Amérique du Nord est exempte de PPA.

Et la propagation en Chine du nouveau coronavirus (2019-ncoV) a des origines zoonotiques. « Les connaissances actuelles sont largement basées sur ce que l'on sait sur les coronavirus similaires », explique le CDC.

« Les coronavirus sont une grande famille de virus communs à de nombreuses espèces animales, notamment les chameaux, les bovins, les chats et les chauves-souris. Rarement, les coronavirus animaux peuvent infecter des personnes, puis se propager entre des personnes comme le MERS, le SRAS et maintenant avec le 2019-nCoV. »

La Slovaquie connaît une forte augmentation des infections à Campylobacter et Salmonella

« La Slovaquie connaît une forte augmentation des infections à Campylobacter et Salmonella », source article de Joe Whitworth paru le 6 février 2020 dans Food Safety News.

Les cas d'infection à Campylobacter et Salmonella ont augmenté de près de 20% en 2018 en Slovaquie, selon le rapport annuel du pays sur les maladies d'origine alimentaire.

Les données ont été compilées par le Ministère de l'agriculture et du développement rural de la République slovaque.

En 2018, 29080 maladies humaines causées par des agents pathogènes ont été signalées, dont près d'un tiers étaient des campylobactérioses et près d'un quart des salmonelloses. Plus de la moitié des 1 041 éclosions étaient dues à Salmonella et près d'un cinquième à Campylobacter.

La Slovaquie a signalé 804 flambées d'origine alimentaire en 2018, ce qui était supérieur au chiffre de 2017, selon un rapport de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

Situation de Salmonella en Slovaquie

Plus de 7 200 cas de Salmonella ont été signalés, ce qui représente une augmentation de 19% par rapport à 2017 et une augmentation de 43% par rapport à la moyenne des cinq dernières années.

Il y a eu 560 éclosions de salmonellose. Salmonella Enteritidis dominait comme les années précédentes. Le facteur de transmission le plus fréquent était les aliments mélangés, les œufs consommés à la maison et les œufs en distribution. Les foyers à Salmonella Enteritidis ont augmenté, la Slovaquie en comptant 231 de plus qu'en 2017.

Au total, 15 464 aliments ont été examinés en 2018. Le pourcentage d'échantillons positifs par rapport à 2017 est passé de 0,34% à 1,24%. Comme les années précédentes, un pourcentage plus élevé de positifs a été trouvé dans la viande de poulet de chair avec 7,5 pour cent de positif contre 6,3 pour cent l'année précédente.

Les types d'aliments les plus fréquents il a été retrouvé Salmonella Infantis avec 43,7% et Salmonella Enteritidis avec 40,6%. Sur 196 échantillons d'œufs et de produits à base d'œufs examinés, 5,6% étaient positifs.

Au total, 8 429 cas à Campylobacter ont été enregistrés, ce qui représente une augmentation de 19,4% par rapport à 2017. Campylobacter jejuni était la cause de maladie la plus fréquente.

Sur 202 épidémies avec 448 personnes malades, cinq impliquaient trois personnes ou plus. La viande de poulet avait le double de l'origine, une fois contaminée par les mains, une fois en contact avec une personne malade et inconnue pour les deux autres.

Plus de 1 150 aliments provenant de traiteurs, d'entreprises alimentaires et de distributeurs ont été testés et seulement 0,2% étaient positifs. Des résultats positifs n'ont été confirmés que dans deux échantillons de viande de poulet de chair réfrigérée.

E. coli, Yersinia et Listeria

Il y a eu 443 infections à E. coli et un cas de E. coli producteur de shigatoxines (STEC) O26. Deux petites épidémies ont été signalées.

La présence de E. coli a été trouvée dans 4,3 pour cent des 8 244 échantillons alimentaires testés, et STEC a été confirmé dans huit des 54 échantillons de viande crue.

La morbidité liée à la yersiniose de 2009 est supérieure à la moyenne des autres pays de l'UE.

Au total, 269 cas ont été signalés en 2018, soit 22,8% de plus qu'en 2017.

Au total, 25 des 39 échantillons de viande de poulet réfrigérée ont été contaminés par Yersinia spp. Sur la base de la méthode de confirmation par PCR, dix de ces isolats ont été classés comme Yersinia enterocolitica.

Il y a eu 19 cas de listériose et quatre décès en 2018. La plupart d'entre eux sont survenus chez des personnes âgées de 55 à 64 ans.

Plus de 7 500 échantillons de 30 types d'aliments ont été testés en 2018. Le pourcentage de positifs par rapport à 2017 est passé de 1,03% à 0,81%. Un pourcentage plus élevé de tests positifs a été constaté dans le lait de brebis cru avec 18,81% et la viande crue avec 8,33%.

D'autres pathogènes sur le radar

Une éclosion a causé 24 cas d'infection à Staphylococcus aureus en 2018.

Près de 12 200 aliments ont été testés pour les staphylocoques coagulase positive et 1,66 pour cent étaient positifs. La plupart des points positifs se trouvaient dans le groupe du lait et des produits laitiers. L'entérotoxine de staphylocoque a été détectée dans cinq échantillons d'aliments. La production d'entérotoxine a été prouvée dans 21,25% des isolats, la plupart dans des produits d'épicerie fine.

Quatre-vingt-cinq cas à Toxoplasma gondii ont été signalés en 2018, ce qui représente une diminution de 23% par rapport à 2017 et une baisse de 47% par rapport à la moyenne sur 5 ans.

Un total de 260 échantillons de jus de différents types de viande d'origine slovaque ont été examinés d'octobre 2016 à mars 2018 pour les anticorps de Toxoplasma gondii, dont 23,08 pour cent étaient positifs. Il n'y a eu aucune constatation positive dans la viande bovine ; les plus positifs se sont produits avec la viande de mouton, de chèvre et de sanglier, respectivement avec 71 pour cent, 50 pour cent et 39 pour cent.

Au total, 12,9% des échantillons de porc ont été testés positifs et il y avait une différence entre le porc des grandes exploitations commerciales, où la positivité était de 8,1% et celle des petites exploitations, où il atteignait 41,2%.

Un total de 232 cas ont été signalés en 2018 impliquant Enterococcus spp., Le plus fréquemment isolé était Enterococcus faecalis avec 71,98%. Près de la moitié des 44 échantillons alimentaires ont été testés positifs, le pourcentage le plus élevé de positifs à 87,5 pour cent étaient des smoothies non pasteurisés et des fromages à base de lait de brebis non pasteurisé.

La ciguatera, causée par la consommation de poissons d'eau salée contaminés par la ciguatoxine, a été identifiée comme un nouveau problème. Les poissons les plus à risque sont le barracuda, le mérou, le congre, le maquereau, le bar et l'esturgeon.

« L'augmentation du nombre de cas d'intoxication alimentaires en Europe ces dernières années est attribuée à un tourisme plus intensif, à une augmentation des importations de poissons d'eau salée, ainsi qu'au changement climatique et en raison des effets néfastes de l'activité humaine sur les écosystèmes des récifs coralliens », selon le rapport.

On lira aussi cet article « Poland and Slovakia most at risk of Salmonella and other food-borne outbreaks » ou La Pologne et la Slovaquie sont les plus à risque de Salmonella et d'autres foyers de cas d'intoxication d'origine alimentaire.

Zoonose reverse, quand les humains contaminent les animaux

Les zoonoses, nous dit-on, sont des maladies et infections dont les agents se transmettent naturellement des animaux vertébrés à l'être humain, et vice-versa. Les pathogènes en cause peuvent être des bactéries, des virus ou des parasites. La transmission de ces maladies se fait soit directement, lors d'un contact entre un animal et un être humain, soit indirectement par voie alimentaire ou par l’intermédiaire d'un vecteur (insecte, arachnides…).

Voici un cas appelé zoonose reverse où c'est un animal qui a été contaminé par des êtres humains …

Il est beaucoup question de la présence de norovirus chez l'homme, mais voici qu'il est ici question de norovirus chez le chien … selon Emerging Infectious Diseases, vol. 26, no. 2 :

Résumé

En juillet 2018, norovirus recombinant GII.Pe-GII.4 Sydney a été détecté chez des chiens qui avaient la diarrhée dans un chenil et chez des enfants vivant dans les mêmes locaux en Thaïlande. Le séquençage du génome entier et l'analyse phylogénétique de 4 norovirus de Thaïlande ont montré que le norovirus canin était étroitement lié au norovirus humain GII.Pe-GII.4 Sydney, suggérant une transmission de l'homme au chien.

Conclusion

Nous rapportons une infection de chiens par des norovirus humain GII.4 Sydney. Des norovirus humains ont été rapportés chez des chiens en Finlande (GII.4 Denhaag et GII.4 non classés). Les chiens ont montré de légers signes cliniques de diarrhée aqueuse aiguë, similaires à ceux de l'infection aux norovirus humains, et de faibles niveaux de maladie et de décès. Des observations similaires ont également été signalées dans d'autres études. Dans cette étude, les enfants avaient été hospitalisés 2 semaines avant l'investigation. La maladie s'est développée chez les chiens et les chiots après qu'ils aient partagé les mêmes locaux et un contact direct possible avec les enfants. Cette observation suggère une transmission potentielle d'homme à chien de norovirus humains. Les analyses génétiques et phylogénétiques ont confirmé que les génomes entiers des norovirus canins et humains étaient étroitement liés au norovirus humain GII.Pe-GII.4 Sydney, suggérant qu'une souche commune circule en Thaïlande et dans le monde. Cependant, dans notre étude, il n'est pas clair comment et quand les virus ont été introduits chez les enfants et les chiens.

En résumé, nous avons démontré des signes d'infection par norovirus GII.Pe-GII.4 chez l'homme et le chien en Thaïlande. Les propriétaires de chiens et les vétérinaires devraient accorder plus d'attention à l'infection à norovirus en tant que maladie zoonotique et zoonotique inverse dans les foyes domestiques, les cliniques pour animaux et les refuges. Une surveillance accrue du norovirus est nécessaire pour déterminer son statut et sa distribution dans les populations humaines et canines.

NB : Merci à Doug Powell du barfblog de m'avoir signalé cet article.

Surveillance et suivi de Campylobacter dans l’UE avec un focus sur la France

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

Suite à la publication du rapport de l’EFSA/ECDC sur « The European Union One Health 2018 Zoonoses Report », voici quelques éléments à propos de Campylobacter chez l’homme dans l’UE avec un focus sur la France.

La notification de la campylobactériose (humaine) est obligatoire dans 21 États membres de l'UE, en Islande, en Norvège et en Suisse. Dans six États membres, la notification est basée sur un système volontaire (Belgique, France, Grèce, Italie, Luxembourg et Pays-Bas) et dans un pays sur un autre système (Royaume-Uni). La Grèce a commencé à communiquer des données sur la campylobactériose en 2018. Les systèmes de surveillance de la campylobactériose couvrent l'ensemble de la population dans tous les États membres sauf dans quatre (France, Italie, Pays-Bas et Espagne). La couverture estimée du système de surveillance est de 20% en France et de 52% aux Pays-Bas.

Pour 2018, 246 571 cas confirmés de campylobactériose humaine ont été signalés par 28 États membres de l'UE, ce qui correspond à un taux de notification dans l'UE de 64,1 cas pour 100000 habitants. Il s'agit du même niveau qu'en 2017 (64,9 cas pour 100 000 habitants).

En tenant compte de ce qui a été dit plus haut, pour la France, le nombre de cas humains de campylobactériose est respectivement pour 2018, 2017, 2016, 2015 et 2014, de 7 491, 7 491, 6 579, 6 698, 6 074, 5 958.

Au niveau des pays, 13 États membres (Autriche, République tchèque, Estonie, France, Hongrie, Irlande, Italie, Lettonie, Malte, Pologne, Slovaquie, Slovénie et Espagne) ont signalé des tendances à la hausse significatives entre 2009 et 2018. Chypre et les Pays-Bas ont déclaré une baisse (p < 0,05), à la fois sur la période 2009-2018 et 2014-2018.

Campylobacter a été identifié dans 29 foyers de cas avec des preuves solides et 495 foyers de cas avec des preuves faibles avec 135 hospitalisations et aucun décès. Parmi les sources de contamination dans les foyers de cas avec des preuves solides, 10 provenaient du lait et 10 de la viande de poulet de chair, ce qui signifie que ces catégories restent les aliments les plus fréquemment signalés comme causant la campylobactériose.

Campylobacter jejuni a été rapporté dans 273 foyers de cas et 18 pour Campylobacter coli. Campylobacter a été la principale cause de foyers deca en Autriche et en Allemagne avec des chiffres en légère augmentation en 2018. De grande éclosions de plus de 100 cas de maladie ont été rapportées en Hongrie, France et Suède.

Zoonoses 2018 dans l'UE, il fallait jouer dans l'ordre, Campylobater, Salmonella et STEC

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

« Salmonella est la cause la plus fréquente des foyers épidémiques d'origine alimentaire dans l'UE », tel est le titre du communiqué de l’EFSA du 12 décembre 2019 à propos du rapport annuel sur les tendances et les sources des zoonoses

Près d'un foyer épidémique d'origine alimentaire sur trois dans l'Union européenne en 2018 a été causé par la bactérie Salmonella. C'est l'une des principales conclusions du rapport annuel sur les tendances et les sources des zoonoses publié le 12 décembre 2019 par l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

En 2018, les États membres de l'UE ont signalé 5146 foyers épidémiques d'origine alimentaire qui ont affecté 48.365 personnes. Ce qu’on appelle un foyer épidémique de maladie d'origine alimentaire est un incident au cours duquel au moins deux personnes contractent la même maladie à partir des mêmes aliments ou boissons contaminés.

La Slovaquie, l'Espagne et la Pologne représentaient 67% des 1581 foyers épidémiques de salmonellose. Ces foyers étaient principalement liés à des œufs.

« Les résultats de notre dernière enquête Eurobaromètre montrent que moins d'un tiers des citoyens européens classent les intoxications alimentaires bactériennes parmi leurs cinq préoccupations principales en matière de sécurité alimentaire. Le nombre de foyers signalés suggère qu'il serait opportun de sensibiliser les consommateurs à cette question étant donné que de nombreuses maladies d'origine alimentaire pourraient être évitées en améliorant les mesures d'hygiène appliquées lors de la manipulation et de la préparation des aliments », a déclaré Marta Hugas, scientifique en chef à l'EFSA.

La salmonellose est la deuxième infection gastro-intestinale la plus fréquemment signalée chez l'homme dans l'UE en 2018 (91 857 cas signalés), après la campylobactériose (246 571).

Virus du Nil occidental et infections à STEC : les niveaux sont inhabituellement élevés

L'augmentation de loin la plus élevée observée en 2018 est celle liée au nombre d'infections causées par le virus du Nil occidental.

Les cas liés au virus du Nil occidental, une zoonose transmise par les moustiques, se sont révélés sept fois plus nombreux qu'en 2017 (1605 contre 212) et ont dépassé tous les cas déclarés entre 2011 et 2017.

« Les raisons de ce pic ne sont pas encore entièrement comprises. Il a été démontré que des facteurs tels que la température, l'humidité ou les précipitations influencent l'activité saisonnière des moustiques et ces facteurs peuvent avoir joué un rôle. Bien que nous ne puissions pas prédire l'intensité des prochaines saisons de transmission, nous savons que le virus du Nil occidental circule activement dans de nombreux pays de l'UE, affectant les humains, les chevaux et les oiseaux. L'ECDC intensifie son soutien aux pays dans les domaines de la surveillance, de la préparation, de la communication et de la lutte contre les vecteurs », a déclaré le scientifique en chef de l'ECDC, Mike Catchpole.

La plupart des infections causées par le virus du Nil occidental acquises localement ont été signalées par l'Italie (610 cas), la Grèce (315) et la Roumanie (277). La Tchéquie et la Slovénie ont signalé leurs premiers cas depuis 2013.

L'Italie et la Hongrie ont également enregistré un nombre croissant de foyers liés au virus du Nil occidental chez les chevaux et d'autres espèces équines ces dernières années.

La bactérie, E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), est devenue la troisième cause de zoonose d'origine alimentaire avec 8161 cas signalés – remplaçant la yersiniose avec une augmentation de 37% par rapport à 2017. Ce fait peut s'expliquer en partie par l'utilisation croissante de nouvelles technologies de laboratoire qui facilitent la détection des cas sporadiques.

Le nombre de personnes affectées par listériose en 2018 est similaire à celui observé en 2017 (2549 en 2018 contre 2480 l'année précédente). La tendance est toutefois à la hausse depuis les dix dernières années environ.

Parmi les zoonoses couvertes dans ce rapport, la listériose représente la proportion la plus élevée de cas d’hospitalisation (97%) et le plus grand nombre de décès (229), ce qui en fait l'une des maladies d'origine alimentaire les plus graves.

Le rapport contient également des données sur Mycobacterium bovis, Brucella, Yersinia, Trichinella, Echinococcus, Toxoplasma, la rage, Coxiella burnetii (Fièvre Q) et la tularémie.

Le rapport complet : The European Union One Health 2018 Zoonoses Report.

NB : Je reviendrais sur ce rapport concernant plus particulièrement notre pays prochainement.

La photo de droite est une photo de STEC issue du Helmholtz Centre for Infection Research que l'on peut retrouver sur ce lien. © HZI/Manfred Rohde.

Rapport 2018 sur les zoonoses aux Pays-Bas : Les infections à STEC et à Campylobacter augmentent

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

« Les infections à STEC et à Campylobacter augmentent aux Pays-Bas », source article de Joe Whitworth paru le 11 décembre 2019 dans Food Safety News, complété par me soins.

Il y a eu une augmentation des infections à E. coli producteurs de shigatoxines aux Pays-Bas l'année dernière, selon un rapport annuel. Ce rapport met l’accent sur « La prévention, un thème important dans l'état des zoonoses 2018 ».

Rappelons qu’un tel rapport n’existe pas en France. Parmi les moyens à votre disposition pour rechercher une telle information, il vous faut aller sur le site de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA). C'est en regroupant ces données et celles des pays européens que l'EFSA établit chaque année la compilation intitulée « The European Union summary report on trends and sources of zoonoses, zoonotic agents and food-borne outbreaks ».

Le rapport sur l'état des zoonoses 2018 publié par l'Institut national de la santé publique et de l'environnement (RIVM) et l'Autorité néerlandaise de sécurité des aliments et des produits de consommation (NVWA) a également constaté une augmentation des cas d’infection à Campylobacter, tandis que ceux à Listeria et Salmonella ont diminué.

Après une baisse ces dernières années, le nombre de personnes infectées par E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) en 2018 était de 487, contre 393 en 2017.

Sérotypes courants et SHU

Les 59 cas d’infection à STEC O157 sont comparables à 64 en 2016 et 58 en 2017. Au total, 86 patients avaient une infection confirmée sans O157, contre 131 en 2016 et 114 en 2017. En dehors de O157, O26 était le plus fréquemment trouvé, suivi de O103 et O8.

Un peu plus de femmes que d'hommes ont eu un diagnostic d'infection à STEC. 40 pour cent des patients avec STEC O157 ont été admis à l'hôpital contre 24 pour cent des patients non O157 mais aucun décès n'a été enregistré.

Le syndrome hémolytique et urémique (SHU) a été signalé chez 21 patients, dont 7 enfants de 1 à 5 ans, 4 adolescents et 10 adultes de 20 à 77 ans, 62% de femmes.

Le typage O était connu pour onze patients avec un SHU: cinq étaient O157 et six étaient O26.

L'analyse par la NVWA a révélé un isolat de STEC dans 32 des 247 échantillons de viande fraîche au stade de la distribution provenant de petits ruminants. Pour la viande hachée en distribution et pour les préparations de viande et de veau, des pourcentages élevés de positifs ont été détectés. Un total de 107 isolats ont été retrouvés dans les aliments, avec 44 groupes O différents. O146:H21 était le plus courant, suivi par O38:H26 et O91:H14.

L'année dernière, 30 éclosions liées aux aliments ont été signalées. Cela est comparable aux 27 à 32 éclosions de 2014 à 2017. En 2018, 318 patients ont été impliqués dans ces éclosions. En raison de problèmes techniques à la NVWA, les éclosions signalées à l'agence n'étaient pas disponibles pour le rapport 2018 et seront donc publiées dans l'édition 2019.

Campylobacter légèrement en hausse

En 2017, le nombre le plus faible de cas de campylobactériose confirmés en laboratoire a été constaté depuis l'enregistrement des données en 1993.

En 2018, le nombre a légèrement augmenté. On estime que l'année dernière, il y a eu 5 945 infections à l'échelle nationale contre 5 557 en 2017 sur la base de 3091 rapports de surveillance en laboratoire avec un taux de couverture de 52%.

Les cas de gastro-entérite aiguë due à des infections à Campylobacter dans la population néerlandaise en 2018 étaient estimés à 71 246 contre 67 260 en 2017 et 78 970 en 2016. On prévoit que ces cas se soient soldés par 3 201 années de vie ajustée sur l’incapacité (DALYs*) et un coût de la maladie (COI) de 64 millions d'euros.

Le DALY et le COI de Campylobacter et le nombre de cas de gastro-entérite aiguë sont environ trois fois plus élevés que ceux de Salmonella alors que la proportion d'admissions à l'hôpital est comparable.

Pour Campylobacter, on pense qu'un tiers des infections proviennent directement des aliments, contre près de 80% pour Salmonella.

Faible taux de Salmonella

La couverture de la surveillance estimée est à 64% de la population néerlandaise pour la salmonellose confirmée en laboratoire. Pour 2018, les cas de gastro-entérite aiguë causée par Salmonella étaient estimés à 2 6545. Cela correspond à 1 132 DALYs et un COI de 21 millions d'euros et fait des Pays-Bas l'un des incidents les plus faible en Europe.

En 2018, le nombre d'isolats de Salmonella isolés de patients était inférieur à celui de 2017 avec 952 isolats. Pour le pays dans son ensemble, cela signifie environ 1 488 cas confirmés en laboratoire. Salmonella chez le porc est probablement la principale source avec les œufs en deuxième position.

Les sérotypes de Salmonella Enteritidis et Typhimurium (y compris les monophasiques) représentent environ 60 à 80 pour cent de tous les isolats isolés chez l'homme. Les infections à Salmonella Enteritidis sont souvent contractées à l'étranger tandis que les cas de Salmonella Typhimurium ne sont généralement pas liés aux voyages. Le troisième sérotype le plus courant est 1,4, [5],12:i:-.

Baisse du taux de Listeria

Un total de 78 patients atteints de listériose ont été signalés en 2018. Il s'agit de l'un des taux d'incidence les plus faibles depuis l'introduction de l'obligation de déclaration à la fin de 2008, tandis que 2017 a enregistré le taux d'incidence le plus élevé. L'an dernier, la plupart des patients ont été infectés par Listeria monocytogenes sérotype 4b, 1/2a ou 1/2b.

Sept patientes étaient enceintes en 2018 au moment de l'infection à Listeria. Une femme a fait une fausse couche, un enfant est mort-né et un autre est décédé peu de temps après la naissance. Quatre adultes de 67 à 79 ans sont décédés.

Huit grappes d'isolats humains ont été trouvées, dont six contenaient également un ou plusieurs isolats alimentaires. Tous les cas groupés de 2018 contenaient également des isolats de patients des années précédentes.

En 2018, NVWA a investigué sur environ 4000 lots de denrées alimentaires pour Listeria monocytogenes. À partir de cela, 184 isolats ont été obtenus à partir de poisson, de viande de volaille fraîche, de bœuf et de produits carnés à consommer crus.

Brucella

Cinq patients, trois femmes de 24, 62 et 88 ans et deux hommes de 29 et 56 ans atteints de brucellose ont été signalés. Tous ont été admis à l'hôpital et ont contracté l'infection à l'étranger. Deux cas ont été enregistrés en 2017 et quatre en 2016.

Dans trois cas, il s'agissait d'un cas d’infection à Brucella melitensis, un cas d’ infection à Brucella abortus et l'espèce était inconnue pour l'autre cas.

Un patient a été infecté par la consommation de produits laitiers crus en Turquie. Un autre a pu avoir contracté une infection par du lait cru de chamelle en Arabie Saoudite. La source de l'infection n'était pas claire chez les trois autres patients infectés au Belize, Zambie et Irak.

Autres zoonoses

En 2014, le nombre de cas de leptospirose a fortement augmenté, après quoi il a lentement diminué. La maladie peut être contractée de diverses manières, notamment en nageant dans des eaux de surface contaminées par l'urine de rats. Le nombre a de nouveau baissé en 2018 mais reste plus élevé qu'avant 2014.

Les tiques sont capables de transmettre diverses zoonoses, dont la plus connue et la plus courante est la maladie de Lyme. Une zoonose moins connue est l'infection causée par Borrelia miyamotoi. Le deuxième cas de cette maladie aux Pays-Bas a été diagnostiqué en 2018.

Les oiseaux néerlandais, principalement les merles noirs, ont été gravement touchés par le virus Usutu en 2018, comme ce fut le cas au cours des trois années précédentes. Cette zoonose provoque rarement des symptômes graves chez les personnes touchées.

*Le DALY (Disability-Adjusted Life Years, ou année de vie ajustée sur l’incapacité) est un indicateur qui a été élaboré au début des années 1990 en vue de quantifier le fardeau des maladies. Le DALY est la somme des années de vie perdues par mortalité prématurée et des années de vie en bonne santé perdues en raison d’une incapacité/maladie.