Le blog d'Albert Amgar

mercredi 31 juillet 2019

Des mouches peuvent transférer E. coli O157:H7 des parcs d'engraissement aux légumes dans les champs, selon une étude

« Des chercheurs confirment que les mouches peuvent transférer E. coli des parcs d'engraissement aux légumes dans les champs », source article de Coral Beach publié le 31 juillet 2019 dans Food Safety News.

En plus de la poussière des parcs d'engraissement soufflée par le vent et l'eau d'irrigation de surface qui coule à proximité des parcs d'engraissement, des mouches capturées dans des champs de légumes verts à feuilles situées à proximité des parcs d'engraissement sont capables de transférer E. coli des exploitations animales vers les légumes des champs.

Une nouvelle étude d’une équipe d’experts, qui doit paraître en août dans le Journal of Food Protection, établit un lien entre la contamination des légumes verts à feuilles par E. coli provenant de parcs d’engraissement (appelés ici CAFO pour concentrated animal feeding operations), via des « mouches nuisibles ».

« La plupart des isolats de mouches avaient le même type par électrophorèse en champ pulsé que celui que l'on retrouve dans le fumier des parcs d'engraissement et des légumes verts à feuilles suggérant un rôle possible des mouches dans la transmission de E. coli O157:H7 aux légumes verts à feuilles », selon le résumé de l’étude.

L’article intitulé « Occurrence of Escherichia coli O157:H7 in Pest Flies Captured in Leafy Greens Plots Grown Near a Beef Cattle Feedlot » (Présence de Escherichia coli O157:H7 dans des mouches capturées dans des parcelles de légumes verts à feuilles cultivées près d'un parc d'engraissement de bovins) survient un peu plus d'un an après la déclaration d'une éclosion à E. coli liée à de la laitue romaine.

Plus de 200 personnes dans 36 États ont été malades lors de cette épidémie, la première des deux épidémies de 2018 impliquant la laitue romaine.

Selon le Center for Disease Control and Prevention, cinq des patients de la première éclosion sont décédés. La deuxième éclosion, déclarée terminée en janvier de cette année, a rendu malade plus de 62 personnes dans 16 États. Aucun décès confirmé n'a été rapporté.

La laitue romaine impliquée dans le premier foyer en 2018 provenait de la région de Yuma, Arizona. La majorité de ces champs de laitue romaine se trouvaient à proximité ou à adjacent à un parc d'engraissement pouvant traiter plus de 100 000 animaux à la fois. De nombreux producteurs utilisent l'eau des canaux à ciel ouvert situés à proximité du parc d'engraissement pour irriguer leurs produits frais.

Le second foyer était lié à un cultivateur californien qui possédait un « réservoir d’eau agricole » où E. coli avait été découvert.

Lors du premier foyer, aucun producteur, producteur ou marque de laitue romaine n'a été spécifiquement identifié comme étant la source des légumes verts à feuilles impliqués. La durée de conservation relativement courte de la laitue et un enchevêtrement de dossiers d'expédition et de réception incomplets, certains écrits à la main, ont rendu pratiquement impossible pour les investigateurs sur les épidémies de localiser l'origine de la romaine.

Les producteurs, les agences gouvernementales, les universitaires et les associations de consommateurs ont eu un débat animé sur la possible contamination de la laitue romaine dans la région de Yuma par E. coli O157:H7. Dès le début, on savait que les vents soufflaient de l'énorme parc d'engraissement et se dirigeaient vers les canaux d'irrigation ouverts et les champs de laitues.

Dans leur étude sur les mouches, les parcs d’engraissement et les légumes verts à feuilles, l’équipe de recherche a déterminé la présence de E. coli O157:H7 sur des mouches récoltées dans des champs de légumes verts à feuilles jusqu’à 180 mètres d’un parc d’engraissement du bétail. Les scientifiques ont ensuite évalué le risque relatif des mouches de transmettre l'agent pathogène aux légumes verts à feuilles.

Le risque est présent à peu près au même niveau pour quatre des cinq espèces de mouches capturées: mouches de maison, mouches du visage, mouches à chair et mouches à viande. La cinquième espèce, les mouches d’étable, présentait des niveaux inférieurs à E. coli. Les scientifiques ont également découvert que les taux de portage de l'agent pathogène étaient aussi élevés à 180 mètres du parc d'engraissement qu'à zéro mètre.

« Les légumes verts à feuilles constituent le principal vecteur de la maladie liée à Escherichia coli O157:H7 d'origine alimentaire. Les mouches nuisibles peuvent héberger ce pathogène et peuvent le disséminer pour le produire », ont écrit les chercheurs.

« Cependant, des recherches supplémentaires sont nécessaires pour clarifier ce rôle et pour déterminer les distances de recul entre les installations de production de bétail et la production de cultures qui réduiront le risque de contamination par des agents pathogènes par des mécanismes complexes tels que les mouches. »

mardi 30 juillet 2019

Lecture de vacances conseillée: Le rapport sur la qualité des steaks hachés distribués dans le cadre du FEAD

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Le blog a déjà consacré plusieurs articles aux steaks hachés frauduleux, 1, 2, 3 et 4. Le blog conseille aux différents directeurs généraux du ministère de l'agriculture et au ministre lui-même cette saine lecture pendant leurs vacances d'été, ils pourront sans doute méditer sur le sens du mot responsabilité, et si ce mot a un sens, en tirer les conséquences ...

Voici « Affaire des « faux steaks hachés » : les défaillances de l'État doivent être corrigées », source Sénat.

Rapport d'information de M. Fabien GAY, fait au nom de la commission des affaires économiques sur la qualité des steaks hachés distribués dans le cadre du Fonds européen d'aide aux plus démunis (FEAD). Rapport n° 695 (2018-2019).

La synthèse du rapport est ici.

Les quatre associations habilitées à distribuer des denrées alimentaires dans le cadre du fonds européen d'aide aux plus démunis (FEAD) devaient recevoir, en 2018/2019, de l'attributaire d'un appel d'offres lancé par FranceAgriMer, plus de 1 400 tonnes de steaks hachés de bœuf surgelés.

À compter du 6 février 2019, les associations ont alerté les administrations compétentes de la présence d'éléments étrangers dans la viande.

Après confirmation par les services sanitaires de l'État de l'absence de risques sanitaires sur ces produits, les associations, par leur analyse, ont confirmé la présence d'un problème de composition du steak haché. En conséquence, elles ont décidé, de leur propre chef, de stopper la distribution de steaks hachés entre le 8 et le 12 avril 2019.

Les prélèvements réalisés a posteriori par les enquêteurs de la DGCCRF ont finalement conclu que tous les échantillons n'étaient conformes ni à la réglementation européenne ni au cahier des charges.

La détermination des responsabilités individuelles dans cette affaire relève désormais du ressort de la justice.

Le rôle d'une assemblée parlementaire n'est pas de s'ériger en tribunal. Toutefois, sa mission est bien, lors de l'occurrence d'une crise, d'avoir une vision exhaustive des faits afin de repérer les principaux dysfonctionnements qui ont mené à cette situation.

Si la commission a souhaité appréhender de façon globale l'ensemble des faits, c'est au profit d'une réflexion prospective sur une évolution des procédures en place afin que soient évitées des situations de même nature pouvant entraîner, à l'avenir, des conséquences potentiellement encore plus graves.

Sommaire

La génétique chez la souris, plus que l'environnement, influence le microbiome intestinal

« La génétique chez la souris, plus que l'environnement, influence le microbiome », source ASM News.

La génétique a un impact plus important sur le microbiome que l'environnement de la naissance maternelle, du moins chez la souris, selon une étude publiée cette semaine dans Applied and Environmental Microbiology.

La naissance vaginale, connue pour transférer le microbiote à un nouveau-né, n'a pas réussi à laisser une empreinte microbienne durable sur la progéniture.

« L'effet puissant de la génétique, comparé à l'environnement, était surprenant », a déclaré Yechezkel Kashi, responsable du laboratoire de génomique appliquée et de microbiologie du Technion, l’Institut de technologie israélien.

« C'était également décevant, car cela suggérait que les avantages des probiotiques pouvaient durer aussi longtemps qu’on les prenait. »

Dans le cadre de cette étude, les chercheurs ont déterminé les microbiomes de deux souches différentes de souris de laboratoire, des souris noires (C57BL/6J) et les souris blanches (BALB/c). Les chercheurs ont ensuite croisé les souris noires et blanches. Dans un ensemble de croix, la mère était noire, tandis que dans l'autre, elle était blanche. Dans les deux cas, la progéniture était de la même nuance de gris et avait une génétique similaire, quel que soit le parent noir et le blanc.

Les croisements ont été menés parce que chez les mammifères, lors de la naissance, les mères transfèrent les microbes de leurs canaux de naissance à la progéniture. Ainsi, lors de la naissance, les mères noires et les mères blanches transmettraient un microbiote différent à leur progéniture. L'influence de l'environnement maternel sur les microbiomes de la progéniture s'est avérée triviale. Les microbiomes de la progéniture étaient semblables les uns aux autres, que leur mère soit noire ou blanche, ce qui montre que l’ensemencement maternel pendant la naissance n’a pas eu lieu.

Une troisième expérience a analysé une influence environnementale différente - la source d’aliments - sur le microbiome. Dans cette expérience, les souris noires et les souris blanches ont été maintenues ensemble.

« Les souris sont des coprophages », a expliqué la coauteure Hila Korach-Rechtman, chercheur au laboratoire de génomique appliquée et de microbiologie au Technion, Haïfa, Israël. « Elles mangent les excréments et, en captivité, elles mangent les excréments de leurs compagnons de cage. » Étant donné que les excréments contiennent le microbiome, lors de cette expérience, des souris blanches ont été exposées à des microbes de souris noires, et vice-versa.

Cela a fait une différence dans les microbiomes, mais cette différence n'a persisté que tant que les souris ont occupé les mêmes cages. Une fois que les différentes souches de souris ont été séparées, leurs microbiomes sont revenus à leur composition d'origine, a déclaré le Dr Korach-Rechtman.

« De toute évidence, nous ne pouvons pas laisser entendre que le même modèle s'appliquerait aux humains », a déclaré le Dr Kashi. Néanmoins, d'autres preuves soutiennent cette hypothèse. Des études ont montré que, chez la souris comme chez l'homme, certains loci génétiques, ou gènes, sont en corrélation avec des espèces microbiennes spécifiques.

Les variations génétiques pourraient influencer le microbiome intestinal à travers des mécanismes tels que « des différences dans la structure intestinale de la muqueuse… des différences de métabolisme telles que la sécrétion d'acides biliaires… une activité de récepteur potentiellement olfactif… et des peptides antimicrobiens et d'autres déterminants génétiques du système immunitaire », ont écrit les chercheurs.

Pour analyser l’influence de la souche maternelle et de la coprophagie, les chercheurs ont recueilli les excréments de différentes lignées de souris apparentées et analysé leurs microbiomes à l’aide de l’extraction et du séquençage de l’ADN, ainsi que d’une analyse bioinformatique des séquences obtenues.

La conclusion des deux expériences, la génétique a eu une influence majeure sur le microbiome. L'environnement maternel et la coprophagie n'avaient qu'une influence mineure.

Commentaire. Il va de même pour des produits alimentaires simples tels que les yaourts ; si cela fonctionnait sur notre tube digestif et notre microbiome, il suffirait d’une seule prise, mais l’effet, si effet il y a, ne dure que si vous en consommez régulièrement, et au final, le marketing des entreprises alimentaires aiment cette consommation régulière … de là à déconstruire le rôle des probiotiques, il n’y a qu’un pas …

Rapport annuel sur l'épidémiologie des maladies infectieuses en Allemagne - 2018

« Rapport annuel sur l'épidémiologie des maladies infectieuses en Allemagne - 2018 », source Institut Robert Koch du 29 juillet 2019.

Le rapport complet en allemand est ici.

Résumé

Le rapport annuel sur l'épidémiologie des maladies infectieuses fournit un résumé des déclarations de maladies infectieuses rapportées à l'Institut Robert Koch.

Comme l'année précédente, les maladies gastro-intestinales, la gastro-entérite à norovirus, l'entérite à Campylobacter et la gastro-entérite à rotavirus, ainsi que les maladies à prévention vaccinale (grippe et varicelle) étaient les cinq maladies à déclaration obligatoire les plus fréquemment signalées.

Le nombre de cas de grippe notifiés correspond à une saison grippale sévère par rapport à l'année précédente, mais également à toutes les saisons grippales précédentes depuis l'entrée en vigueur de la nouvelle loi allemande sur la prévention et le contrôle des maladies infectieuses.

La majorité des cas étaient encore des enfants. Par rapport à l'année précédente, toutefois, le groupe d'âge des 40 à 59 ans était plus touché, de même que les plus âgés (plus de 80 ans).

Une augmentation des cas signalés d'encéphalite à tiques et d'hépatite E a été observée en 2018.

Pour les autres maladies à déclaration obligatoire, une baisse significative du nombre de cas signalés a été observée au cours des dernières années, probablement en raison des mesures de contrôle efficaces des infections.

La baisse significative de rotavirus, en particulier chez les enfants, peut être attribuée à la recommandation du Comité permanent sur la vaccination concernant le vaccin antirotavirus dans la petite enfance.

La mise en œuvre améliorée des mesures d'hygiène dans les hôpitaux a également probablement contribué à la réduction significative des infections invasives à SARM signalées vu au cours des dernières années.

Avec la modification de la loi allemande sur la prévention et le contrôle des maladies infectieuses de mai 2016, de nouvelles exigences en matière de rapport ont été introduites et intégrées dans la réglementation en vigueur en matière de notification. En conséquence des nouvelles exigences, les données sur les infections à SARM, les infections à Clostridium difficile à évolution clinique grave, le virus Chikungunya et le virus Zika ont déjà été publiées dans le rapport annuel 2016 sur l'épidémiologie des maladies infectieuses.

En 2018, les données sur les agents pathogènes résistants au carbapénème étaient publiées dans le rapport actuel pour la deuxième fois. Le nombre de cas notifiés ainsi que le fait que les notifications provenaient de tous les États allemands indiquent une bonne acceptation des nouvelles exigences.

La surveillance moléculaire joue un rôle de plus en plus important dans la détection des épidémies. L’une des plus grandes épidémies de 2018, qui concernait 191 cas dans plusieurs États fédéraux, était due à un complexe de type 1734 de Salmonella enteritidis. Le vecteur probable de l’infection était des œufs de poulailler. Au cours de cette épidémie, les résultats du typage moléculaire des isolats des agents pathogènes ont été utilisés pour découvrir l'association avec 24 épidémies plus petites.

Grâce à la comparaison d'échantillons environnementaux avec des échantillons de cas de légionellose déclarés, les techniques moléculaires permettent également d'identifier la source des éclosions. Cependant, pour la majorité des maladies à déclaration obligatoire, les résultats du typage moléculaire sont incomplets ou non signalés. L'amendement de 2017 de la loi sur la protection contre les infections souligne que les résultats du typage moléculaire doivent être inclus dans les déclarations de maladie.

En général, une diminution des données transmises sur le typage des agents pathogènes est observée depuis des années, ce qui rend difficile la détection des épidémies d’entérite à EHEC, de SHU ou de listériose, par exemple.

Les investigations sur les épidémies ont permis d’identifier des voies de transmission qui n’avaient pas joué auparavant un rôle important dans les épidémies. 59 personnes atteintes d'hépatite C ont été affectées à une seule grande épidémie. La transmission s'est probablement faite par injection pendant le séjour à l'hôpital.

En 2018, une épidémie de tularémie parmi les membres d'une société de chasse était également à noter. La source d'infection était des lièvres fraîchement chassés.

En règle générale, la fréquence des cas d’hantavirus est très variable en raison de l’association entre la densité de population des rongeurs et la mastification des hêtres au cours des années précédentes.

Après une mauvaise mastication des fruits du hêtre en 2017, l'incidence de la maladie à hantavirus dans le sud et l'ouest de l'Allemagne, principalement causée par le Puumala virus, était extrêmement faible en 2018. Le nombre de cas de fièvre Q signalés montre également qu'il existe des cas exceptionnels, et comme dans l'année 2018, des années non substantielles pour les maladies sporadiques et les épidémies en Allemagne. Depuis 2001, les chiffres ont considérablement fluctué, sans tendance perceptible.

La plupart des maladies évitables par la vaccination, telles que la tuberculose, l'hépatite A, la varicelle et la coqueluche, sont survenues chez des individus non vaccinés, bien qu'une vaccination efficace soit disponible.

La surveillance de la répartition des sérogroupes (par exemple, des infections invasives à méningocoques), le statut vaccinal des cas ainsi que les quotas de vaccination de la population sont nécessaires pour évaluer l'impact des vaccinations recommandées, déterminer la nécessité de vaccinations de rappel, ainsi que comme la mise en œuvre de la vaccination contre des sérogroupes supplémentaires.

L’apparition d’autres maladies, telles que le virus Chikungunya, le virus de la dengue et le virus Zika dépend fortement de la situation épidémiologique dans les pays d’endémie et des habitudes de déplacement de la population. En 2018, une diminution du nombre de cas de ces trois maladies a été observée. En particulier, beaucoup moins de cas de maladie à virus Zika ont été signalés que les années précédentes. Cela peut probablement s'expliquer par le déclin de la circulation du virus Zika en Amérique, mais aussi par une diminution de l'attention.

La tendance à la hausse du nombre de cas déclarés d'hépatite E, constatée ces dernières années, s'est poursuivie en 2018. Cette augmentation peut probablement être attribuée à une sensibilisation accrue des médecins et à une augmentation du nombre d'échantillons soumis à analyse.

Pour d’autres maladies, par exemple l’infection à E. coli producteurs de shigatoxines et la leptospirose, il n’est pas clair non plus si l’augmentation du nombre de cas est due à une augmentation du nombre d’échantillons soumis aux tests.

Outre les tendances à long terme et les épidémies, il convient de prendre en compte d'autres facteurs lors de l'interprétation du nombre de cas signalés. Par exemple, modifier les définitions de cas, en particulier la définition de référence, et les exigences de notification ont également une incidence sur le nombre de cas, par exemple. pour l'hépatite B.

NB : Rappelons qu’un tel rapport n’existe pas en France. Parmi les moyens à votre disposition pour rechercher une telle information, il vous faut aller sur le site de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA). C'est en regroupant ces données et celles des pays européens que l'EFSA établit chaque année la compilation intitulée « The European Union summary report on trends and sources of zoonoses, zoonotic agents and food-borne outbreaks ».