On peut dire que la Microbiologie est tout un art. Voici les résultats du 6e concours annuel d'Art Agar de l'American Society for Microbiology

 «Au milieu de la pandémie mondiale, le concours d'art sur gélose prouve que les microbes représentent toujours la beauté», source American Society for Microbiology (ASM) du 15 décembre 2020.

L'American Society for Microbiology annonce les gagnants de son 6e concours annuel d'Art Agar ou d'Art sur milieu gélosé. Les soumissions d'œuvres d'art ont été créées à l'aide de microbes vivants et en croissance 'peints' sur de la gélose, une substance semblable à la gélatine qui sert de nutriments aux micro-organismes. Cette année, les soumissions ont également été acceptées dans une nouvelle catégorie «Open», dans laquelle les participants pouvaient illustrer la beauté des microbes en utilisant n'importe quelle forme d'art. Le concours d'Art Agar de l'ASM a débuté en 2015 et fusionne la science avec l'art pour impliquer le public avec la microbiologie et mettre en évidence la beauté et la diversité du monde microbien.

«Cette année, à la lumière de la pandémie de COVID-19 et du fait que de nombreuses personnes n'ont pas leur accès habituel aux laboratoires, nous avons décidé de créer une nouvelle catégorie« dite 'ouverte', a dit Geoff Hunt, spécialiste de la sensibilisation du public à l'American Society for Microbiology, qui organise le concours. «Sur la base des soumissions incroyablement créatives que nous avons reçues, cette catégorie fera certainement partie du concours dans les années à venir!»

Un panel de scientifiques et de bioartistes a jugé 189 oeuvres (y compris des vidéos, des chansons et même une chemise faite à la main) de 203 artistes dans 29 pays différents et 27 États américains. Les juges ont évalué les candidatures en fonction de leur créativité, de leur sens artistique du design, de l'exactitude scientifique de leur description et de leur accessibilité à un public général.

«The Gardener» (le jardinier), créé par Joanne Dungo du Northridge Hospital Medical Center à Northridge, Californie, a remporté la 1ère place du concours. «

Un de mes collègues a dit un jour qu'un microbiologiste est comme un jardinier. Tout comme un jardinier utilise des graines, de la terre et de l'eau pour faire pousser des fleurs et des plantes, un microbiologiste utilise des micro-organismes, comme des bactéries et des levures, pour les cultiver dans des boîtes de Petri avec de la gélose pleins de nutriments», a déclaré Joanne.

«Microbial Peacock» (Paon microbien) a remporté la 2e place. Il a été créé par Balaram Khamari de l'Institut Sri Sathya Sai d'enseignement supérieur, Puttaparthi, Inde. 

«Le paon est l'oiseau national de l'Inde. Il représente la royauté, la beauté, la prospérité, l'harmonie et l'optimisme. Diverses formes d'art traditionnel en Inde sont inspirées par la magnifique disposition symétrique du plumage du paon et de son cou flexible. Une intégration de ces formes d’art traditionnelles avec l’Art Agar est présentée à travers ce «paon microbien», a dit Balaram. Il a été créé avec Escherichia coli, Staphylococcus aureus et Enterococcus faecalis.»

Le lauréat de la 3e place est «Micro-Nature dans une raie léopard» créé par Isabel Araque et Jenny Onate de Quito, Equateur. 

«Dans les îles Galapagos près d'un petit pays nommé Equateur, une couleur pastel bleu et vert comme la mer de Candida Chromogenic, cache une raie léopard. Cette magnifique créature nage en toute liberté et glisse doucement sur l'eau. Son corps est peint en bleu pour C . tropicalis et C. albicans en vert qui forment un motif éclaboussé de taches vertes aux couleurs vives», ont expliqué les créateurs.

Les gagnants de la catégorie 'Open'

Le lauréat de la 1ère place est «Strands of Antisense» (ou Brin antisens) de Riley Cutler de l'Université d'État du Mississippi à Starkville, Mississippi, que Riley décrit comme une œuvre d'art abstraite du microbiome cutané.

La pièce est faite de plusieurs milieux, composée de taches naturelles (de baies, de radis, de jus de citron et d'oignon rouge), des crayons de couleur, des collages, du liquide de masquage, de marqueurs prismacolor, de gouache, de stylo et de gel. (Papier Stonehenge blanc 22x 30)

«Tache d'argile au bleu de coton lactophénol», d'Adriana Celis Ramirez et Valeri Sáenz Moncaleano de l'Université de Los Andes à Bogota, en Colombie, a remporté la 2e place. Cette œuvre d'art est une sculpture d'argile faite à la main, du verre bleu et une variété de peintures à l'argile bleue et blanche. Environ trois mois de travail reliant notre esprit scientifique à notre «esprit artistique».

«Cette sculpture en argile représente l'interconnexion entre l'argile, un matériau naturel du sol à grain fin (l'environnement) et la mycose humaine. L'argile développe une plasticité lorsqu'elle est mouillée, de même qu'Aspergillus, Penicillum, Rhizopus et Fusarium peut provoquer une infection invasive après une inondation ou comme il peut provoquer une infection opportuniste chez les animaux aquatiques», ont dit Adriana et Valeri.

Enfin, ci-dessous, la vidéo du troisième prix dans le concours Open pour «12 Days of Agar Art», de Michael E. Taveirne, Regino M. Fernandes II, Nathaniel James Browning et Ty Grewell du North Carolina State University Microbiology Club à Raleigh, Caroline du Nord.

Pour les microbes, c'est Halloween tous les jours ...

Pour les microbes, c'est Halloween tous les jours…, Source American Society for Microbiology.

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Stratégies de traitement du COVID-19: Le cas de la chloroquine et de l'hydroxychloroquine

Cette présentation est une combinaison de deux articles parus dans ASM News, Researchers Investigate Potential Treatments for COVID-19 (23 mars) et Antimicrobials and COVID-19: Strategies for Treating a Pandemic (27 mars).

N’hésitez pas à lire ces articles très pédagogiques mais j’ai souhaité présenter ci-après ce qui est rapporté avec l’hydroxychlorquine … au moment de la rédaction du second article. Il y a eu, depuis, d’autres résultats cliniques, voir le site de l’IHU Infection du Pr Raoult.

Le nombre d'options thérapeutiques potentielles pour le traitement de COVID-19 augmente. Les approches comprennent le blocage du SARS-CoV-2 de pénétrer dans les cellules, la perturbation de la réplication du virus, les antiviraux, les vaccins et la suppression de la réponse immunitaire hyperactive.

SARS-CoV-2

La recherche a été publiée dans une mini-revue et dans un court article dans Antimicrobial Agents and Chemotherapy, une revue de l'American Society for Microbiology.

Les auteurs du premier suggèrent que les médicaments thérapeutiques ciblant directement le SRAS-CoV-2 seront les plus efficaces.

Le SRAS-CoV-2 est facilement transmissible car les protéines des piques à la surface du virus se lient de manière exceptionnellement efficaces à « l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 » (ACE2 pour angiotensin-converting enzyme 2) à la surface des cellules humaines.

Un essai clinique pilote est en cours chez des patients atteints de COVID-19 sévère, étudiant l'utilisation de l'ACE2 humaine recombinant pour agir en tant que « leurre » qui se fixerait aux protéines des piques, désactivant le mécanisme du SARS-CoV-2 pour l'entrée dans les cellules humaines.

A suivre ...

Le 19 mars 2020, le président Donald Trump a présenté la chloroquine, un médicament figurant sur les Listes modèles OMS des médicaments essentiels, et l'hydroxychloroquine, son dérivé, comme options de traitement possibles pour le nouveau coronavirus, le SRAS-CoV-2. Les résultats positifs des études préliminaires indiquent que l'hydroxychloroquine, un médicament antipaludique, a le potentiel d'améliorer les résultats de la maladie et peut-être de ralentir la progression du COVID-19.

Cependant, des responsables ont déclaré que des données supplémentaires sont nécessaires avant que le médicament puisse être approuvé comme traitement efficace de la maladie.

Depuis le moment de cette annonce, les projecteurs sont braqués sur l'hydroxychloroquine.

Quelle est la particularité de ce médicament?

Comment cela affecte-t-il le SRAS-CoV-2? Et quels autres médicaments sont candidats pour traiter ce nouveau virus?

Pour répondre à ces questions, nous devons commencer par une compréhension de base du fonctionnement des virus. Les virus sont des agents microscopiques constitués de matériel génétique (ADN ou ARN), une couche protéique appelée capside et parfois, une enveloppe lipidique. Ils ne peuvent se répliquer qu'à l'intérieur des cellules hôtes vivantes, ce qui signifie qu'ils doivent détourner les machines des cellules hôtes pour se répliquer et se propager.

Chloroquine et Hydroxychloroquine

Une stratégie possible pour traiter le SRAS-CoV-2 consiste à contrôler le système immunitaire de l'hôte. Les preuves montrent que des niveaux élevés d'inflammation accompagnent les cas les plus graves de COVID-19.

Les réponses immunitaires hyperactives (non contrôlées) peuvent conduire au syndrome de choc de cytokines (litteralement cytokine storm ou tempête de cytokines), au syndrome de détresse respiratoire aiguë et à une éventuelle défaillance d'organe.

La diminution de l'inflammation contribue au bon fonctionnement des poumons et des autres organes lors d'une infection virale.

Le mécanisme: La suppression immunitaire

La chloroquine et l'hydroxychloroquine réduisent l'autophagie (destruction autorégulée des cellules hôtes), interfèrent avec la signalisation des récepteurs de type Toll (TLR ou Toll-like receptor en anglais) et diminuent la production de cytokines. En conséquence, l'inflammation est contrôlée et les réponses immunitaires sont moins graves.

Les preuves suggèrent que la chloroquine et l'hydroxychloroquine peuvent également interférer avec la glycosylation des récepteurs cellulaires du SRAS-CoV-2 et empêcher la fusion virus/cellule en augmentant le pH endosomal.

Ces deux médicaments sont actuellement approuvés par la FDA pour le traitement du paludisme, de la polyarthrite rhumatoïde et du lupus et ont montré une activité in vitro contre le SRAS-CoV et le SRAS-CoV-2.

Les données

Un essai préliminaire portant sur 36 patients COVID-19 en France a montré des résultats encourageants. 6 patients de l'étude étaient asymptomatiques, 22 présentaient des symptômes d'infections des voies respiratoires supérieures et 8 présentaient des symptômes d'infections des voies respiratoires inférieures. 20 ont été traités par hydroxychloroquine (600 mg par jour, en milieu hospitalier). Dans les 6 jours, le virus n'était plus détectable dans 70% des échantillons prélevés sur des patients ayant reçu un traitement. En revanche, seulst 12,5% des patients n'ayant pas reçu le traitement à l'hydroxychloroquine avaient éliminé le virus.

Un autre essai impliquant 100 patients en Chine a rapporté que la chloroquine était efficace pour diminuer la pneumonie et raccourcir la durée de la maladie.

Des essais contrôlés de plus grande envergure visant à déterminer l'efficacité de ces médicaments comme traitement de COVID-19 sont en cours, au moment d’écrire ces lignes.

A suivre ...

Mise à jour du 14 avril 2020. A lire sur Medrxiv, une étude française intitulée, No evidence of clinical efficacy of hydroxychloroquine in patients hospitalized for COVID-19 infection with oxygen requirement: results of a study using routinely collected data to emulate a target trial.

Enjeux des tests pour le SRAS-CoV-2/ COVID-19: quand, lequel, quoi et à quelle fréquence effectuer le test ? Une initiative de l'American Society for Microbiology

Voici le compte-rendu du Rapport du sommet international COVID-19 de l'American Society for Microbiology, 23 mars 2020: Utilité des tests de diagnostic pour le SRAS-CoV-2/COVID-19 ou Report from the American Society for Microbiology COVID-19 International Summit, 23 March 2020: Value of Diagnostic Testing for SARS–CoV-2/COVID-19, source ASM News.

Il s'agit d'une réflexion de scientifiques qui méritent d'être diffusée dans son intégralité compte tenu précisément des enjeux posés par la mise en œuvre de ces test quels qu'ils soient.

Alors que nous entrons dans le deuxième trimestre de la pandémie de COVID-19, les tests de dépistage du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) étant de plus en plus disponibles (bien que toujours limités et/ou lents dans certaines régions), nous sommes confrontés à de nouvelles questions et les défis concernant ce nouveau virus.

Quand tester?

Qui tester?

Que tester?

À quelle fréquence tester?

Et que faire des résultats des tests?

Étant donné que le SRAS-CoV-2 est un nouveau virus, il existe peu de preuves sur lesquelles s'appuyer pour utiliser les tests et gérer les diagnostics (1).

Plusieurs points doivent être pris en considération pour commencer à répondre à ces questions; en particulier, quels types de tests sont disponibles et dans quelles circonstances sont-ils utiles?

Cette compréhension peut aider à guider l'utilisation des tests aux niveaux local, régional, étatique et national et informer ceux qui évaluent la chaîne d'approvisionnement pour s'assurer que les tests nécessaires sont et continuent d'être disponibles.

Ici, nous expliquons les types de tests disponibles et comment ils pourraient être utiles face à une situation en évolution rapide et sans précédent. Il existe deux grandes catégories de tests SRAS-CoV-2: ceux qui détectent le virus lui-même et ceux qui détectent la réponse de l’hôte au virus. Chacun sera considéré séparément.

Nous devons reconnaître que nous avons affaire à (i) un nouveau virus, (ii) une pandémie sans précédent dans les temps modernes, et (iii) un territoire inexploré.

Dans cet esprit, en l'absence d'une thérapie efficace ou d'un vaccin éprouvé, les tests de diagnostic, que nous avons, deviennent un outil particulièrement important, informant la gestion des patients et potentiellement contribuant à sauver des vies en limitant la propagation du SRAS-CoV-2.

Quel est le test le plus approprié, et pour qui et quand?

En théorie, si la population mondiale entière pouvait être testée en même temps, avec un test fournissant 100% de spécificité et de sensibilité (irréaliste, évidemment), nous pourrions être en mesure d'identifier tous les individus infectés et de trier les gens en ceux qui, à ce moment-là, étaient :

asymptomatique,

peu/modérément symptomatique et,

sévèrement symptomatique.

Les symptômes asymptomatiques et peu/modérément symptomatiques pourraient être mis en quarantaine pour éviter la propagation du virus, avec les symptômes sévèrement gérés et isolés dans les établissements de soins de santé.

Le tracking des contacts pourrait être effectué pour trouver ceux qui risquent d'être en période d'incubation en raison de leur exposition. Alternativement, tester une réponse de l'hôte, si, encore une fois, le test était hypothétiquement sensible et spécifique à 100%, pourrait identifier les personnes précédemment exposées au virus et (si nous savions que cela était vrai, ce que nous ne faisons pas) étiqueter ceux qui sont immunisés au virus, qui pourrait être sollicité pour travailler dans des contextes où des personnes potentiellement infectées (par exemple, des patients malades dans les hôpitaux) pourraient autrement présenter un risque.

Malheureusement, ces scénarios hypothétiques ne sont pas réalité. Cependant, avec cette situation idéale comme guide, ce que nous avons aujourd'hui en tant que tests devrait être soigneusement examiné en termes de comment ils peuvent être utilisés pour rapprocher la crise actuelle de la situation idéale, en particulier en l'absence de thérapies ou de vaccins.

Bien que le virus puisse être cultivé, cela est dangereux et ne se fait pas systématiquement dans les laboratoires cliniques. Bien que la détection d'antigènes viraux soit théoriquement possible, cette approche n'a pas été, à ce jour, une approche primaire, mais une approche que les participants au sommet ont considérée comme méritant des recherches supplémentaires.

Essai 1. Essais pour l'ARN viral

La plupart des tests actuellement utilisés pour la détection directe du SRAS-CoV-2 identifient l'ARN viral par amplification d'acides nucléiques, généralement par PCR. Une considération importante est exactement ce qui est testé pour l'ARN viral. Les tests qui détectent l'ARN viral dépendent de la présence d'ARN viral dans l'échantillon prélevé.

Les types de prélèvements les plus couramment testés sont des écouvillons prélevés dans le nasopharynx et/ou l'oropharynx, le premier étant considéré comme un peu plus sensible que le second (2); si les deux sont collectés, les deux écouvillons peuvent être combinés et testés simultanément en une seule réaction pour conserver les réactifs.

Aujourd'hui, les professionnels de la santé collectent ces écouvillons; cependant, les preuves suggèrent que les patients ou les parents (dans le cas des jeunes enfants) pourraient être en mesure de recueillir leurs propres écouvillons (3,4). Après la collecte, les écouvillons sont placés dans un liquide pour libérer le virus/ARN viral des écouvillons en solution. Ensuite, l'ARN viral est extrait de cette solution et ensuite amplifié (par exemple, par transcription inverse-PCR ou RT-PCR en anglais).

Pour les patients atteints de pneumonie, en plus des sécrétions nasopharyngées et orales, les sécrétions des voies respiratoires inférieures, telles que les expectorations et le liquide de lavage broncho-alvéolaire, sont testées. Il ne faut pas supposer que chacun de ces éléments (par ex. écouvillon nasopharyngé, crachats, liquide de lavage bronchoalvéolaire) aura les mêmes chances de détecter le SRAS-CoV-2; les taux de détection dans chaque type d’échantillon varient d’un patient à l’autre et peuvent changer au cours de la maladie de chaque patient. Certains patients atteints de pneumonie peuvent avoir des échantillons nasaux ou oropharyngés négatifs mais un échantillon positif des voies respiratoires inférieures positif (5), par exemple. En conséquence, la véritable sensibilité clinique de l'un de ces tests est inconnue (et elle n'est certainement pas de 100%, comme dans le scénario hypothétique); un test négatif n'écarte donc pas la possibilité qu'un individu soit infecté. Si le test est positif, le résultat est probablement correct, bien que l'ARN viral errant qui pénètre dans le processus de test (par exemple, lorsque l'échantillon est collecté ou à la suite d'une contamination croisée ou qu’un test soit effectué par un technicien de laboratoire infecté par le SRAS-CoV-2 [ce ne sont là que quelques exemples]) pourrait éventuellement donner un résultat faussement positif.

De plus, nous notons que l'ARN viral n'est pas synonyme de virus vivant, et donc, la détection d'ARN viral ne signifie pas nécessairement que le virus peut être transmis à partir de ce patient. Cela dit, les tests basés sur l'ARN viral sont les meilleurs tests que nous ayons dans le cadre d'une maladie aiguë. Il est important de reconnaître que la précision du test est affectée par la qualité de l'échantillon, et il est donc essentiel que l'échantillon soit obtenu de manière appropriée (et sûre). Le dépistage du SRAS-CoV-2 chez les patients permet d'identifier ceux qui sont infectés, ce qui est utile pour la prise en charge individuelle des patients, ainsi que pour la mise en œuvre de stratégies d'atténuation visant à prévenir la propagation dans les établissements de santé et dans la communauté.

Tests pour le SRAS-CoV-2/COVID-19 et utilisations potentielles.

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Il existe de nombreuses questions, défis et controverses sans réponse concernant les tests de détection d'ARN viral. L'ARN peut se dégrader avec le temps. Il est à craindre que la collecte d'échantillons pour les tests n'épuise la fourniture d'équipements de protection individuelle essentiels nécessaires pour soigner les patients infectés.

Des stratégies alternatives pour la collecte d'échantillons, y compris la collecte à domicile, doivent donc être envisagées soit par un professionnel de la santé, soit par les patients eux-mêmes (ou par un parent dans le cas de jeunes enfants); l'utilisation d'autres types d'échantillons, tels que le liquide buccal ou les écouvillons nasaux (s'ils s'avèrent fournir des résultats équivalents à ceux des écouvillons nasopharyngés) doit également être envisagée.

La propagation aux personnels de santé et au sein des établissements de santé et de soins de longue durée est une considération primordiale pour la hiérarchisation des tests; le dépistage des patients susceptibles de souffrir du SRAS-CoV-2 qui se trouvent dans des établissements de soins de santé ou des établissements de soins de longue durée, ainsi que des personnels potentiellement malades essentiels à la riposte à la pandémie, y compris des personnels de santé, des responsables de la santé publique et d'autres dirigeants essentiels, est une priorité. Cela dit, le test de toute personne présentant des symptômes compatibles avec COVID-19 doit être envisagé, car des tests larges aideront à définir qui a cette infection, ce qui permettra de contrôler sa propagation.

Étant donné que le SRAS-CoV-2 peut infecter n'importe qui et entraîner une transmission avant le début des symptômes, voire même sans que des individus ne développent de symptômes, le test de patients asymptomatiques pourrait même être envisagé. Malheureusement, on sait peu de choses actuellement sur la détection d'ARN viral chez les patients asymptomatiques, et de telles stratégies de test peuvent étirer les ressources disponibles au-delà des limites réalistes.

Certaines thérapies futures pourraient mieux fonctionner si elles étaient administrées tôt, ce qui nécessitera des tests précoces pour le SRAS-CoV-2 afin de réaliser une efficacité maximale. Les questions du nombre de tests nécessaires et du type à effectuer sur chaque patient (pour le diagnostic primaire si les résultats du test initial sont négatifs et par la suite pour documenter la clairance du virus pour libérer les patients de l'isolement) restent ouvertes.

À mesure que le nombre de tests disponibles pour le SRAS-CoV-2 augmente, de nouveaux défis, notamment la nécessité de (i) mieux comprendre la variabilité des caractéristiques de performance des différents tests (par exemple, sensibilité et spécificité), y compris sur différents types d'échantillons, (ii) optimiser les analyses à partir de leur conception d'origine (par exemple, plusieurs cibles vers une seule cible) pour améliorer l'utilisation des réactifs tout en conservant les caractéristiques de performance, et (iii) surveiller les performances des tests compte tenu du potentiel de mutation du virus, sont émergentes. Le dernier point peut être résolu en séquençant périodiquement le virus évolué pour rechercher des changements dans les régions de liaison des amorces et des sondes qui pourraient affecter les performances des tests basés sur la détection de l'ARN viral; le séquençage périodique peut également aider à suivre l'évolution virale. De plus, au fur et à mesure que les tests augmentent, la réduction du délai d'obtention des résultats continuera d'être cruciale pour mieux gérer les patients et les professionnels de la santé. L'élaboration de diagnostics rapides au point de service est une lacune et devrait être une priorité. La mesure des niveaux viraux peut également être utile pour surveiller la récupération, la réponse au traitement et/ou le niveau d'infectiosité. Les tests de diagnostic actuels basés sur l'ARN sont principalement qualitatifs, et bien qu'ils puissent être calibrés pour fournir des charges virales, un processus standardisé n'existe pas actuellement. Il convient de noter qu'il n'y a pas de seuil établi pour l'interprétation des charges virales, qui peuvent varier selon les hôtes.

Bien que des tests soient devenus disponibles, leur énorme demande a créé des défis pour la chaîne d'approvisionnement, compromettant leur disponibilité même; cela comprend les problèmes de disponibilité des tampons nasopharyngés, des réactifs et instruments d'extraction d'ARN et des réactifs et instruments de PCR.

Même avec des tests commerciaux approuvés par la FDA et diffusés commercialement, il y a des retards avec l'installation d'instruments et la fourniture de réactifs/kits pour répondre à la demande sur de nombreux sites. À l'heure actuelle, des efforts considérables sont déployés sur plusieurs fronts pour relever les nombreux défis d'approvisionnement entourant les tests et une continuité sécurisée des services de test.

Essai 2 : La sérologie

L'autre grande catégorie de tests est celle qui détecte les IgM, IgA, IgG ou les anticorps totaux (généralement dans le sang). Le développement d'une réponse anticorps à l'infection peut dépendre de l'hôte et prendre du temps; dans le cas du SRAS-CoV-2, les premières études suggèrent que la majorité des patients séroconvertissent entre 7 et 11 jours après l'exposition au virus, bien que certains patients puissent développer des anticorps plus tôt. En raison de ce retard naturel, les tests d'anticorps ne sont pas utiles dans le cadre d'une maladie aiguë. Nous ne savons pas avec certitude si les personnes infectées par le SRAS-CoV-2 qui se rétablissent par la suite seront protégées, totalement ou partiellement, contre une infection future par le SRAS-CoV-2 ou combien de temps l'immunité protectrice peut durer; des preuves récentes d'une étude sur les macaques rhésus suggèrent une immunité protectrice après la résolution d'une infection primaire (https://doi.org/10.1101/2020.03.13.990226; cependant, d'autres études sont nécessaires pour le confirmer.

Les tests d'anticorps pour le SRAS-CoV-2 peuvent faciliter (i) le tracking des contacts - les tests basés sur l'ARN peuvent également y contribuer; (ii) la surveillance sérologique aux niveaux local, régional, étatique et national; et (iii) l'identification de ceux qui ont déjà eu le virus et peuvent donc (en cas d'immunité protectrice) être immunisés.

En supposant qu'il existe une immunité protectrice, les informations sérologiques peuvent être utilisées pour guider les décisions de retour au travail, y compris pour les personnes qui travaillent dans des environnements où elles peuvent potentiellement être réexposées au SRAS-CoV-2 (par exemple, les personnels de santé). Les tests sérologiques peuvent également être utiles pour identifier les individus qui peuvent être une source d'anticorps neutralisants thérapeutiques ou prophylactiques (actuellement expérimentaux).

De plus, les tests d'anticorps peuvent être utilisés dans des études de recherche pour déterminer la sensibilité des tests PCR pour détecter l'infection et être utilisés rétrospectivement pour déterminer la véritable portée de la pandémie et aider au calcul des statistiques, y compris le taux de létalité. Enfin, les tests sérologiques peuvent éventuellement être utilisés à des fins diagnostiques pour tester les individus à ARN viral négatif se présentant tardivement dans leur maladie.

Les participants au sommet ont noté que des tests pour les marqueurs de l'hôte pourraient être nécessaires pour bien comprendre quels patients sont à risque de développer une maladie grave de part leur infection.

En résumé, les deux catégories de tests pour le SRAS-CoV-2 devraient être utiles dans cette éclosion. Nous avons la chance d'avoir les technologies que nous utilisons et qui ont permis de rendre les diagnostics rapidement disponibles.

Il y a probablement un lien direct entre la compréhension du niveau de virus/maladie dans les communautés individuelles et l'acceptation des mesures de contrôle qui nécessitent une action individuelle, comme la distanciation sociale.

Maintenant, nous devons assurer des efforts systématiques et coordonnés entre les secteurs public, clinique, commercial et industriel pour garantir des lignes d'approvisionnement robustes au milieu de la pandémie afin que nous puissions tirer parti du pouvoir des tests pour lutter contre la pandémie à laquelle nous sommes confrontés.

Références

1. Patel R, Fang FC. 2018. Diagnostic stewardship: opportunity for a laboratory-infectious diseases partnership. Clin Infect Dis 67:799–801. doi:10.1093/cid/ciy077. CrossRef Google Scholar

2. Zou L, Ruan F, Huang M, Liang L, Huang H, Hong Z, Yu J, Kang M, Song Y, Xia J, Guo Q, Song T, He J, Yen H-L, Peiris M, Wu J. 2020. SARS-CoV-2 viral load in upper respiratory specimens of infected patients. N Engl J Med 382:1177–1179. doi:10.1056/NEJMc2001737. CrossRef Google Scholar

3. Dhiman N, Miller RM, Finley JL, Sztajnkrycer MD, Nestler DM, Boggust AJ, Jenkins SM, Smith TF, Wilson JW, Cockerill FR, Pritt BS. 2012. Effectiveness of patient-collected swabs for influenza testing. Mayo Clin Proc 87:548–554. doi:10.1016/j.mayocp.2012.02.011. CrossRef PubMed Google Scholar

4. Murray MA, Schulz LA, Furst JW, Homme JH, Jenkins SM, Uhl JR, Patel R, Cockerill FC, Myers JF, Pritt BS. 2015. Equal performance of self-collected and health care worker-collected pharyngeal swabs for group a streptococcus testing by PCR. J Clin Microbiol 53:573–578. doi:10.1128/JCM.02500-14. Abstract/FREE Full Text  Google Scholar 

5.↵Winichakoon P, Chaiwarith R, Liwsrisakun C, Salee P, Goonna A, Limsukon A, Kaewpoowat Q. 26 February 2020. Negative nasopharyngeal and oropharyngeal swab does not rule out COVID-19. J Clin Microbiol. doi:10.1128/JCM.00297-20. Abstract/FREE Full Text Google Scholar

Des chercheurs étudient les traitements potentiels contre le COVID-19

« Des chercheurs étudient les traitements potentiels contre le COVID-19 », source ASM News du 23 mars 2020.

Le nombre d'options thérapeutiques potentielles pour le traitement du COVID-19 augmente. Les approches comprennent le blocage de l’entrée du SRAS-CoV-2 dans les cellules, la perturbation de la réplication du virus, les antiviraux, les vaccins et la suppression de la réponse immunitaire hyperactive.

L’éude a été publiée dans une mini-revue et dans un court article dans Antimicrobial Agents and Chemotherapy, une revue de l'American Society for Microbiology. Les auteurs du premier suggèrent que les médicaments thérapeutiques ciblant directement le SRAS-CoV-2 seront les plus efficaces.

Le SRAS-CoV-2 est facilement transmissible car les protéines de pointe à la surface du virus se lient de manière exceptionnellement efficace à « l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2» (ACE2 pour angiotensin-converting enzyme 2) à la surface des cellules humaines. Un essai clinique pilote est en cours chez des patients graves atteints de COVID-19, étudiant l'utilisation de l'ACE2 humaine recombinant pour agir en tant que « leurres » qui se fixeraient aux protéines de pointe, désactivant le mécanisme du SARS-CoV-2 pour l'entrée dans les cellules humaines.

L'antiviral le plus prometteur pour lutter contre le SRAS-CoV-2 est le remdesivir. Il est incorporé dans l'ARN viral naissant, où il empêche la synthèse de l'ARN et, à son tour, la réplication virale. Le remdesivir a inhibé la réplication du SRAS-CoV-2 dans les études de laboratoire, et l'état clinique du premier cas confirmé de COVID-19 aux États-Unis s'est amélioré après l'administration intraveineuse de remdesivir. Mais davantage de données sont nécessaires.

La tilarone, un antiviral à large spectre, peut également être active contre le SRAS-CoV-2. Cette petite molécule synthétique de 50 ans est utilisée dans certains pays de la Fédération de Russie et les pays voisins contre plusieurs virus, y compris l'infection virale respiratoire aiguë, la grippe et l'hépatite. Des observations récentes suggèrent que la tilarone est active contre le virus du chikungunya et le MERS-CoV.

Bien que la tilarone soit approuvée dans les pays de la Fédération de Russie, sa sécurité et son efficacité n'ont pas été testées dans des études qui répondent aux normes de la Food and Drug Administration des États-Unis.

Une autre approche à l'étude est la transfusion de sang de patients rétablis - qui contiennent des anticorps contre le virus - à des patients actuels. En raison du manque d'essais cliniques randomisés de haute qualité et de la connaissance du mécanisme d'action précis, l'efficacité de cette thérapie n'est pas claire. Il est utilisé principalement chez les patients dans un état critique. Plusieurs essais cliniques portant sur son efficacité et sa sécurité contre COVID-19 sont actuellement en cours.

Plus de quinze vaccins candidats sont en cours de développement dans le monde, qui adoptent différentes approches pour la conception des vaccins. Les experts disent que le développement d'un vaccin prendra environ 12 à 18 mois.

Lisez l'article sur asm.org sur les antimicrobiens pour COVID-19, stratégies de traitement d'une pandémie.

A noter aussi un autre article paru le 11 mars dans AAC sur Composés à potentiels thérapeutiques contre le nouveau coronavirus respiratoire 2019.

Un pathogène, Listeria monocytogenes, conçu pour s'autodétruire dans un vaccin contre le cancer

« Un pathogène conçu pour s'autodétruire dans un vaccin contre le cancer », source ASM News.

Une équipe de chercheurs a développé une technologie de vaccin contre le cancer en utilisant des agents pathogènes vivants atténués comme vecteurs. Une caractéristique du vaccin provoque l'autodestruction de ces bactéries une fois qu'elles ont fait leur travail, les rendant sans danger pour une utilisation chez l'homme. L’étude est publiée dans Infection and Immunity, une revue de l’American Society for Microbiology.

Contrairement aux vaccins « prophylactiques » qui protègent les personnes contre l’infection par des maladies telles que la rougeole, la grippe, le tétanos ou l’hépatite, le nouveau vaccin est « thérapeutique », c’est-à-dire conçu pour traiter les infections existantes ou, dans ces cas, le cancer de la prostate et le cancer colorectal. Il pourrait également être utilisé contre des maladies infectieuses difficiles à traiter, telles que le paludisme ou la tuberculose.

L'utilisation d'une bactérie dans une plate-forme pour une vaccination présente plusieurs avantages, a déclaré le chercheur principal Pete Lauer, ancien directeur général de Molecular Biology chez Aduro Biotech, Berkeley, Californie. « Listeria est une petite usine biologique… la bactérie se réplique à la fois en laboratoire et après la vaccination. Cela rend la fabrication aussi simple que l’inoculation d’une culture et sa croissance pendant environ une journée. »

L'utilisation d'un pathogène est utile car il « induit le type de réponse immunitaire nécessaire pour traiter le cancer - une réponse des lymphocytes T CD8 », a déclaré le Dr Lauer. En utilisant un agent non pathogène, « nous aurions dû essayer de modifier la bactérie pour qu’elle soit plus pathogène de la bonne manière, ce qui peut être très délicat. »

La plate-forme, appelée « L. monocytogenes recombinase-induced intracellular death », ou Lm-RIID, est un vivant recombinant, mais fortement atténué (affaibli) de l'agent pathogène courant d'origine alimentaire, Listeria monocytogenes. La souche sur laquelle reposait Lm-RIID s'est avérée prometteuse comme vaccin thérapeutique lors d'essais cliniques menés auprès de patients atteints d'un cancer avancé dès 2009. Cependant, davantage de précautions de sécurité étaient nécessaires, car Listeria peut mettre la vie en danger chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli.

« Les premières réactions des experts en réglementation de la Food and Drug Administration sur la sécurité sanitaire, ainsi que des médecins traitant des patients atteints de cancer, ont été décourageantes », a déclaré le Dr Lauer. « Les experts des deux groupes étaient sceptiques quant à l’injection de bactéries vivantes dans les veines de patients cancéreux. »

Ce feedback a été très motivant. « Alors que les vaccins à base de Listeria se sont révélés prometteurs en tant que vaccins thérapeutiques dans le cadre d’essais cliniques portant sur divers cancers, nous sommes allés encore plus loin et avons mis au point une version modifiée de Listeria qui, lorsqu’elle pénètre dans les cellules hôtes, supprime les gènes essentiels, rendant la bactérie incapable de se répliquer », ce qui entraîne la mort de la bactérie, a déclaré le Dr Lauer. Outre les vaccins anticancéreux, « cette couche de sécurité supplémentaire peut permettre de développer plus avant cette plate-forme pour une utilisation dans des vaccins pour diverses maladies virales et parasitaires (par exemple, le paludisme) pour lesquelles aucun vaccin efficace n’est actuellement efficace. » Les cancers du col de l’utérus, du poumon et du foie, ainsi que le mélanome sont également des cibles possibles, a déclaré le Dr Lauer.

L’autre élément majeur de L. monocytogenes recombiné est un antigène qui est spécifique du type de cancer contre lequel le vaccin est conçu. Après vaccination, Lm-RIID est englouti par les cellules immunitaires, a déclaré le Dr Lauer. Par conséquent, cette plate-forme exprime l'antigène cible. Ensuite, ces cellules immunitaires, appelées « cellules présentant l'antigène », délivrent l'antigène cible à leur surface. Là, les cellules T CD8,  des cellules immunitaires, reconnaissent l’antigène. Cette reconnaissance active les cellules T CD8 pour rechercher et détruire le cancer, ce qui, explique le Dr Lauer, a un effet immunothérapeutique plutôt qu'un effet oncolytique.