«Utilité du séquençage du génome entier lors d'une enquête sur plusieurs éclosions d'origine alimentaire à Shigella sonnei», source article paru dans Epidemiology and Infection. L'article est disponible en intégralité. Résumé
En avril 2018, Public Health England a été informé de cas à Shigella sonnei qui avaient consommé des aliments dans trois points différents de restauration en Angleterre. Les épidémies ont été initialement étudiées comme des événements séparés, mais le séquençage du génome entier (WGS) a montré qu'elles ont été causées par la même souche. L'enquête comprenait des analyses de données épidémiologiques, de la chaîne alimentaire et un examen microbiologique d'échantillons d'aliments. Le WGS a été utilisé pour déterminer la relation phylogénétique et le profil de résistance aux antimicrobiens de la souche épidémique. En fin de compte, 33 cas ont été liés à cette épidémie, la majorité avait consommé des aliments dans sept points de vente spécialisés dans la cuisine indienne ou moyen-orientale.
Cinq points de vente étaient liés à deux cas ou plus, qui utilisaient toutes de la coriandre fraîche bien qu'un fournisseur commun n'ait pas été identifié. Une enquête sur l'un des sites a révélé que 86% des cas ont déclaré avoir consommé des plats contenant de la coriandre comme ingrédient ou garniture. Quatre cas ont été admis à l'hôpital et un avait des preuves d'échec du traitement par ciprofloxacine.
L'analyse phylogénétique a montré que la souche épidémique faisait partie d'un clade multirésistant plus large associé au voyage au Pakistan. De mauvaises pratiques d'hygiène lors de la culture, de la distribution ou de la préparation de produits frais sont probablement des facteurs contributifs.
Dans la conclusion, les auteurs notent,
Les épidémies à S. sonnei d'origine alimentaire sont rares au Royaume-Uni. La majorité des éclosions décrites dans la littérature ont été associées à des produits frais contaminés, y compris des légumes pour la salade et des herbes, qui sont connus pour favoriser la croissance et le maintien de Shigella spp., en particulier aux températures de réfrigération. Ces éclosions incluent une épidémie à l'échelle de l'UE due à de la laitue iceberg contaminée par des eaux usées pendant la récolte en Espagne et du petit maïs contaminé dans un hangar de conditionnement en Thaïlande qui a entraîné des cas au Danemark et en Australie. Des herbes fraîches importées telles que le persil, le basilic et la coriandre ont également été impliquées dans de multiples éclosions à S. sonnei, généralement en association avec des repas au restaurant où des herbes non cuites étaient utilisées comme garniture. Des feuilles de coriandre fraîches d'Asie du Sud-Est ont été impliquées dans une épidémie de S. sonnei en Suède en 2015. Cette épidémie avait plusieurs caractéristiques en commun avec l'épidémie décrite ici, en particulier le fait que les cas s'étaient rendus dans plusieurs restaurants dans deux régions de Suède et n'étaient liés qu'à la suite du WGS de leurs isolats. Des feuilles de coriandre fraîches ont été impliquées dans des épidémies à S. sonnei aux États-Unis. La contamination des produits frais par Shigella spp. en Asie du Sud-Est a été aussi mise en évidence; une étude sur la contamination bactérienne gastro-intestinale dans les aliments de rue en Inde a révélé que 6% des sauces à la coriandre testées étaient contaminées par Shigella spp.
Nous avons envisagé trois scénarios qui pourraient expliquer le rôle de la coriandre fraîche comme vecteur de l'infection pour cette épidémie.Il s'agit (i) la coriandre a été contaminée au point de production, (ii) de la contamination s'est produite lors de la distribution en gros de la coriandre et, (iii) les manipulateurs d'aliments infectés ont contaminé la coriandre dans les restaurants.
L'équipe de lutte contre les épidémies a conclu que les premier et deuxième scénarios fournissaient les explications les plus plausibles de cette épidémie. Les approvisionnements en vrac de coriandre entrant sur le marché de gros (quelle qu'en soit la source) sont répartis en lots plus petits dans plusieurs endroits. Ceci est effectué à la main, offrant une possibilité de contamination par un manipulateur d'aliments infectés. Bien que soumis à la législation alimentaire générale, les grossistes de fruits et légumes ne sont généralement pas considérés comme présentant un risque élevé en termes de sécurité des aliments Il est donc peu probable que leurs systèmes et procédures de sécurité sanitaire des aliments soient aussi sophistiqués que ceux des entreprises à haut risque.
La troisième explication est moins plausible car il n'y avait aucune preuve que les manipulateurs d'aliments avaient des liens avec plus d'un point de vente et aucun n'avait signalé de symptômes d'infection gastro-intestinale. Nous n'avons pas été en mesure de confirmer si l'un des manutentionnaires avait récemment voyagé en dehors du Royaume-Uni.
En raison du décalage entre l'identification locale des épidémies, la confirmation par WGS et l'identification des feuilles de coriandre comme vecteur potentiel de l'infection, les feuilles de coriandre n'ont pas été échantillonnées pour des analyses dans le cadre des enquêtes initiales sur les épidémies. Par la suite, il a été décidé de ne pas échantillonner la coriandre dans le cadre de l'enquête nationale car trop de temps s'était écoulé après l'exposition du cas, aucun nouveau cas n'a été détecté au cours de l'enquête et le produit en cause n'était probablement plus en circulation en raison de sa courte durée de conservation.
Shigella spp. n'ont pas été isolés des autres produits frais échantillonnés dans le cadre des enquêtes locales. Cependant, les analyses microbiologiques sont basées sur la culture et non sur des essais moléculaires, qui peuvent manquer de sensibilité pour détecter une contamination de faible niveau dans les aliments. De plus, des échantillons d'aliments ont été collectés respectivement 6 et 9 jours après l'exposition des cas, ce qui rend improbable que les produits testés soient du même lot que les produits que les cas avaient consommés avant le début de leur maladie.
Les données sur la résistance aux antimicrobiens dérivées du profil WGS ont rapidement déterminé le profil de résistance à plusieurs antibiotiques de la souche épidémique, mettant en évidence le risque d'échecs thérapeutiques potentiels dus à la sensibilité réduite à la ciprofloxacine, un agent de première ligne couramment utilisé au Royaume-Uni pour la shigellose sévère.
Bien que les céphalosporines de troisième génération ne soient pas recommandées comme médicaments de première intention pour le traitement de la shigellose au Royaume-Uni, la présence de blaCTX-M-15 codé sur un élément génétique mobile est associée à un risque de portage et de transmission de résistance, à d'autres bactéries dans le tractus gastro-intestinal de l'hôte. Les patients compliqués et immunodéprimés sont susceptibles d'avoir une morbidité plus élevée comme le démontre au moins un cas qui a dû être traité par un carbapénème. S. sonnei hébergeant blaCTX-M-15 a été associé à des épidémies de symptômes gastro-intestinaux chez les hommes qui ont des relations sexuelles avec des hommes, mais n'a pas été précédemment décrit dans des épidémies d'origine alimentaire au Royaume-Uni.
Cette épidémie met en évidence le potentiel de transmission d'une souche multirésistante de S. sonnei via un véhicule alimentaire distribué sur une vaste zone géographique. Les produits frais, tels que les salades et les herbes fraîches, ont une courte durée de conservation et le lot contaminé n'est souvent pas disponible pour les tests microbiologiques dans le temps, un véhicule probable a été identifié. Bien que la traçabilité des aliments soit difficile pour identifier des véhicules furtifs, définis comme des composants mineurs d'un repas que les cas peuvent ne pas se rappeler avoir consommé comme cause potentielle de maladie d'origine alimentaire, elle est essentielle pour les enquêtes sur les épidémies. La collecte systématique et prospective de questionnaires de surveillance renforcée de tous les cas à S. sonnei en Angleterre pourrait aider à quantifier le rôle des aliments en tant que facteur de risque de shigellose en Angleterre. Combinées au WGS, ces informations faciliteraient la détection rapide des éclosions d'origine alimentaire, amélioreraient les enquêtes de traçabilité et augmenteraient la probabilité que les véhicules d'infection soient correctement identifiés.
