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mardi 17 octobre 2023

Découverte d'un mécanisme de tolérance aux conditions acides de l’estomac de E. coli O157:H7

«Contamination des aliments solides : découverte d’un mécanisme de tolérance chez une bactérie pathogène», source communiqué de presse de l’Inrae du 13 octobre 2023.

Des scientifiques d’INRAE ont découvert que la bactérie pathogène Escherichia coli O157:H7 peut développer une tolérance aux conditions acides de l’estomac dans certains environnements retrouvés dans les aliments solides comme la viande hachée et le fromage. Leurs résultats, publiés dans npj Science of Food, mettent en évidence la nécessité de prendre en compte les caractéristiques propres à chaque type d’aliments dans les stratégies de gestion du risque sanitaire.

Les aliments peuvent être contaminés par des bactéries pathogènes qui peuvent provoquer des intoxications alimentaires avec parfois des complications graves pour les patients. La gestion des risques microbiens se base sur des seuils de contamination standardisés. Cependant ces seuils ne tiennent pas compte des spécificités des différents types d’aliments et de la diversité de populations microbiennes qui y sont présentes. En effet, un aliment solide, comme la viande hachée ou le fromage, présente ce qu’on appelle des microenvironnements qui auront des populations microbiennes différentes et des caractéristiques physicochimiques différentes avec des endroits plus ou moins acides. Les scientifiques ont étudié ces microenvironnements en cas d’une faible contamination par Escherichia coli O157:H7.

Ils se sont intéressés à l’expression d’un gène spécifique de cette bactérie qui lui permet de produire une molécule clé dans sa tolérance aux milieux acides. Ils ont pour cela utilisé des hydrogels qui simulaient la texture de certains aliments afin de mieux comprendre l’adaptation de la bactérie à différents microenvironnements (plus ou moins acides en présence d’autres bactéries…). Comme sur les aliments solides, les bactéries se multiplient et forment des microcolonies à certains endroits de l’hydrogel. Leurs résultats montrent que l’expression du gène était plus forte dans les hydrogels acides (pH = 5), notamment à la périphérie des microcolonies, mais également en présence d’une autre bactérie, L. lactis, utilisée notamment pour la fermentation de certains fromages. Les bactéries Escherichia coli provenant de ces environnements étaient plus tolérantes lorsqu’elles étaient placées dans un milieu très acide (pH = 2) simulant l’estomac, par comparaison avec des bactéries cultivées dans un milieu liquide ou sur un hydrogel ayant un pH neutre.

Ces résultats mettent en évidence l’importance de prendre en compte les caractéristiques spécifiques de chaque type d’aliment dans l’évaluation des risques microbiens pour la santé publique.

Dans le résumé de l’article précité, les auteursrapportent,


Ces résultats ont des implications significatives pour l’évaluation des risques et la santé publique car ils mettent en évidence les différences inhérentes à la physiologie bactérienne et à la virulence entre les produits alimentaires liquides et structurés. Les caractéristiques contrastées observées soulignent la nécessité de prendre en compte les défis distincts posés par ces types d’aliments, soulignant ainsi l’importance de stratégies adaptées d’atténuation des risques.

Commentaire

Pour les steaks ou viande hachée, cette étude change-t-elle quelque chose au fait de cuire à cœur (70°C) les viandes hachées et les produits à base de viande hachée pour les populations sensibles …

On peut aussi lire dans le Bilan des connaissances relatives aux Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) d’avril 2003 de l’Afssa devenue ensuite l’Anses,

La principale différence entre E. coli O157:H7 et les autres E. coli est que certaines souches présentent une capacité de survie bien supérieure en conditions acides (produits carnés ou laitiers fermentés, jus de fruits, salades assaisonnées…). Cette survie en milieu acide est favorisée lorsque les aliments sont conservés à une température de réfrigération.  

jeudi 17 août 2023

Le CDC isole une souche spécifique de E. coli très préoccupante

«Le CDC isole une souche spécifique de E. coli très préoccupante», source article de Food Safety News du 17 août 2023.

Le Centers for Disease Control and Prevention a identifié une souche de bactérie E. coli qu'ils considèrent comme persistante et causant des maladies sur une longue période.

Un article paru dans le numéro de septembre de la publication du CDC Emerging Infectious Diseases décrit une souche de E. coli O157:H7 qui a provoqué une importante épidémie fin 2019. L'épidémie a inclus 167 patients et hospitalisé 85 personnes de 27 États. L'épidémie était associée à la consommation de laitue romaine de Salinas Valley, en Californie.

«Des chercheurs du CDC ont cherché à caractériser E. coli de cette épidémie et d'autres souches étroitement apparentées. On estime que cette souche est apparue fin 2015, provoquant de multiples épidémies de 2016 à 2019», selon l'article, «Reoccurring Escherichia coli O157:H7 Strain Linked to Leafy Greens–Associated Outbreaks, 2016–2019.»

«Une épidémie supplémentaire associée à cette souche a été détectée fin 2020 après la conclusion de cette étude dans laquelle 40 cas d’infection rapportés se sont produits dans 19 États ; 20 personnes ont été hospitalisées et quatre ont développé un syndrome hémolytique et urémique. Le CDC a défini cette souche comme une souche récurrente, émergente ou persistante causant une maladie sur une longue période.

Les auteurs ont ditque les bovins en bonne santé constituent la principale source de E. coli O157:H7, mais plus récemment, des légumes verts à feuilles contaminés ont été reconnus comme une source majeure d'épidémies à E. coli O157:H7.

Selon l'auteur de l'étude Jessica C. Chen et l'équipe de recherche, une caractérisation génomique détaillée des souches supplémentaires récurrentes, émergentes ou persistantes sera nécessaire pour expliquer les facteurs contribuant à leur émergence et à leur persistance dans des environnements spécifiques.

E. coli O157:H7 cause environ 63 000 cas de maladie infectieuse d'origine alimentaire et 20 décès aux États-Unis chaque année. Ces infections impliquent généralement des crampes abdominales, une diarrhée sanglante et des vomissements. Cependant, une maladie rare mais grave appelée syndrome hémolytique et urémique peut se développer, entraînant une anémie et une insuffisance rénale aiguë.

Complément

Bill Marler, dans un article paru le 15 août 2023 dans le Marler blog, fait le point sur 28 years of Leafy Green E. coli Outbreaks – We can and should do better! Quand même 28 ans !

mardi 8 août 2023

Une étude met en évidence des gènes de résistance chez les E. coli producteurs de shigatoxines

Comme le relate Joe Whitworth dans un tweet, «Comme si les pathogènes alimentaires ne suffisaient pas, ils sont aussi résistants aux antimicrobiens ...».

«Une étude met en évidence des gènes de résistance chez les E. coli producteurs de shigatoxines», source article de Chris Dall paru le 7 août 2023 dans CIDRAP News.

Le séquençage du génome entier d'e Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) à partir de prélèvements fécaux humains a révélé que près de 15% hébergeaient des gènes de résistance aux antimicrobiens (RAM), ont rapporté des chercheurs anglais dans Journal of Antimicrobial Therapy.

Dans l'étude, des chercheurs de la UK Health Security Agency ont extrait et séquencé l'ADN de prélèvements fécaux de patients en Angleterre suspectés d'infections gastro-intestinales, qui sont testés pour une gamme de pathogènes gastro-intestinaux. Ils se sont concentrés sur STEC O157:H7, le sérotype de STEC le plus fréquemment détecté au Royaume-Uni, et ont utilisé un séquençage à lecture longue pour décrire l'occurrence et la fréquence des déterminants de la RAM dans les isolats de STEC O157:H7.

Dans l'ensemble, 216 (14,7%) des 1 473 isolats de STEC O157:H7 avaient au moins un déterminant de la RAM, bien que la proportion d'isolats présentant une RAM variait selon la sous-lignée. Les proportions les plus élevées de déterminants de la RAM ont été détectées dans les sous-lignées Ib (28/64, 43,7%), I/II (18/51, 35,3%) et IIc (122/440, 27,7%).

Dans les sept sous-lignées, les gènes de la RAM les plus couramment détectés conféraient une résistance aux aminoglycosides (11,7%), aux tétracyclines (11,3%), aux sulfamides (11,7%) et aux bêta-lactamines (8,8%). Les gènes de l’AMR conférant une résistance aux fluoroquinolones, aux macrolides et aux céphalosporines de troisième génération ont été rarement détectés, et aucun gène de carbapénèmase n'a été détecté.

Les auteurs de l'étude disent que la proportion d'isolats de STEC O157:H7 en Angleterre présentant une résistance à au moins une classe d'antibiotiques a diminué au cours des deux dernières décennies, passant de 20% dans les études précédentes à 14,7% dans cette étude, une conclusion qu'ils suggèrent. pourrait être lié à une utilisation plus réglementée des antibiotiques dans le bétail britannique. En outre, ils notent que les souches associées aux voyages en dehors du Royaume-Uni étaient plus susceptibles d'héberger des gènes de résistance.

Ils disent que la mise en œuvre du séquençage à lecture longue dans la surveillance de routine permettra aux responsables de la santé publique de surveiller l'émergence et la propagation d'agents pathogènes entériques résistants aux médicaments.

«La surveillance de la RAM dans les agents pathogènes gastro-intestinaux peut fournir une alerte précoce des risques émergents pour la santé publique concernant la gestion clinique et le traitement empirique des maladies infectieuses», ont-ils écrit.

mardi 1 août 2023

L'Agence canadienne d’inspection des aliments met en œuvre des mesures temporaires pour la laitue romaine en provenance des États-Unis

«L'Agence canadienne d’inspection des aliments met en œuvre des mesures temporaires pour la laitue romaine en provenance des États-Unis», source article de Food safety News du 1er août 2023.

Afin de diminuer le risque associé à  plusieurs éclosions de maladies d'origine alimentaire à  E. coli O157:H7 dans la laitue romaine des États-Unis, l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) met en place des conditions temporaires de licence pour la sécurité des aliments au Canada (SAC) visant l'importation de laitue romaine provenant des États-Unis. 

Les mesures seront en vigueur du 28 septembre au 20 décembre.

Selon l'ACIA, cette mesure a été prise pour lutter contre les éclosions récurrentes de maladies d'origine alimentaire liées à E. coli O157:H7 dans la laitue romaine importée des États-Unis. Les enquêtes sur la salubrité des aliments et les retraçages effectués par les autorités américaines ont permis d'identifier une zone géographique récurrente comme source des éclosions. Cette zone comprend les comtés de Santa Cruz, Santa Clara, San Benito, et Monterey.

Au cours de la période désignée, les importateurs de laitue romaine et de mélanges de salades contenant de la laitue romaine en provenance des États-Unis doivent respecter l'une des exigences suivantes :

- une preuve que le produit ne provient pas des comtés de Santa Cruz, Santa Clara, San Benito et Monterey de la vallée du Salinas, en Californie, OU
- soumettre un formulaire d'attestation et des certificats d'analyse pour chaque envoi afin de démontrer que la laitue romaine ne contient pas de niveaux détectables de E. coli O157:H7.

L'ACIA souligne que ces conditions de permis temporaires de SAC s'ajoutent aux exigences d'importation existantes. Les importateurs doivent également se conformer à d'autres lois canadiennes et remplir des conditions particulières au moment de l'importation.

Pour importer de la laitue romaine de l'extérieur des comtés californiens spécifiés, les importateurs sont tenus de fournir une preuve d'origine indiquant l'État et le comté où la laitue romaine a été récoltée.

Pour la laitue romaine provenant des comtés de Salinas Valley, les conditions suivantes doivent être remplies :

- une attestation de l'importateur pour les produits de laitue romaine de la Vallée du Salinas, Californie, États-Unis (CFIA/ACIA 5961; 2023/06) que l'échantillonnage a été effectué conformément aux conditions temporaires de la licence SAC et que E. coli O157:H7 n’a pas été détecté.
- un certificat d'analyse démontrant que le produit ne contient pas de niveaux détectables de E. coli O157:H7.

Les importateurs doivent s'assurer que la laitue romaine de Californie a été manipulée par un membre certifié du California Leafy Greens Marketing Agreement (LGMA). De même, la laitue romaine de l'Arizona doit être manutentionnée par un expéditeur certifié par l'Arizona LGMA.

L'échantillonnage et les tests pour E. coli O157:H7 peuvent être effectués en utilisant deux options : échantillonnage du produit fini ou échantillonnage avant la récolte.

Dans les deux cas, le laboratoire réalisant les analyses doit être accrédité par un organisme d'accréditation conforme aux exigences de la norme ISO/IEC 17025:2017 pour des essais spécifiques.

samedi 24 juin 2023

Norvège : Investigation sur une épidémie à E. coli (EHEC), 6 personnes malades

«Norvège : Investigation sur une épidémie à E. coli (EHEC), 6 personnes malades», source Outbreak News Today.

L'Institut norvégien de santé publique (FHI) a découvert une épidémie nationale de la bactérie gastro-intestinale EHEC. L'infection a été détectée chez 6 personnes, vivant dans différentes parties du pays.

Le FHI a lancé une investigation sur l'épidémie en collaboration avec les médecins-chefs municipaux concernés, l'Autorité norvégienne de sécurité alimentaire et l'Institut vétérinaire.

Deux des six personnes sont tombées malades en octobre et novembre 2022, tandis que les quatre autres personnes sont tombées malades en février, mars et mai de cette année. Aucun d'entre eux n'a développé de maladie grave. Ils ont entre 14 et 49 ans, et cinq d'entre eux sont des hommes.

Deux des personnes vivent à Rogaland, les autres à Viken, Trøndelag, Vestland et Oslo.

La bactérie EHEC O157:H7 avec le même profil génétique a été détectée chez les six personnes infectées.

On ignore actuellement quelle est la source de l'infection, mais il est courant que les bactéries gastro-intestinales soient infectées par les aliments.

samedi 11 février 2023

Rétrospective sur E. coli O157:H7 et l'héritage du Dr David Theno

Il est utile de se pencher sur le passé des épidémies à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) car cela apporte un éclairage sur les nombreux cas de contamination, notamment en France, chez des enfants ayant consommé des pizzas Buitoni et sur ce qui se peut passer sur le plan judiciaire. Je préfère prévenir le lecteur que l’article est un peu long mais il est passionnant.

«Food Safety Magazine: Rétrospective E. coli O157:H7 et l'héritage du Dr David Theno», source article proposé par Bill Marler le 10 février 2023 dans le Marler Blog.

Article paru dans Food Safety Magazine Février 2023.

L'histoire de l'épidémie de Jack in the Box de 1992-1993 est bien documentée, mais la façon dont E. coli O157:H7 est apparu pour la première fois sur le radar est moins connue.

Article écrit par Andrew Kesler*, directeur général de la conformité des fournisseurs.

Il y a trente ans, en janvier, commençait ce qui est devenu connu sous le nom de «La Crise» dans les restaurants Jack in the Box, lorsque des centaines de clients sont tombés gravement malades après avoir mangé des hamburgers contenant Escherichia coli O157:H7. Cette épidémie - à l'époque, la plus importante de l'histoire des États-Unis – a fait quatre jeunes morts, en a laissé beaucoup d'autres avec des problèmes de santé permanents, et cela a rendu malades plus de 700 personnes et a a presque ruiné Foodmaker Inc., la société mère de Jack in the Box.

Deux ans avant cette épidémie, en 1991, j'ai passé mon premier Thanksgiving loin de chez moi dans un restaurant Jack in the Box à Lompoc, Californie. À l'époque, je n'avais aucune idée que Jack in the Box deviendrait un élément déterminant de ma carrière dans la sécurité des aliments ou que j'aurais même une carrière dans la «sécurité des aliments». Je rejoindrai plus tard l'équipe assurance qualité de Jack in the Box, dirigée par feu le Dr David Theno, un éminent consultant en sécurité des aliments et en contrôle des processus qui a été embauché par Foodmaker pour comprendre pourquoi l'épidémie s'est produite et pour mettre en place des systèmes pour prévenir qu'une autre ne se produise pas.

L'histoire de cette épidémie de cas de maladie séminale est bien documentée, mais la façon dont E. coli O157:H7, l'organisme mortel responsable de l'épidémie chez Jack in the Box de 1992-1993, est apparue pour la première fois sur le radar est moins connue. L'histoire commence une décennie plus tôt, en 1982, avec une autre chaîne de restauration rapide, beaucoup plus importante. Il est important d'examiner cette épidémie antérieure (qui était en fait techniquement deux épidémies distinctes) pour comprendre pourquoi les conséquences de l'épidémie chez Jack in the Box ont été très différentes, ainsi que comment elle a propulsé d'énormes changements dans l'industrie de la viande et au sein des grandes chaînes de restaurants. L'ensemble de l'industrie alimentaire est devenue beaucoup plus forte grâce à la philosophie fondamentale de Dave Theno selon laquelle il ne devrait y avoir aucun avantage concurrentiel pour assurer la sécurité des aliments.

La série «We Were There» des Centers for Disease Control and Prevention a proposé un document sur E. coli O157:H7. Il traite brièvement des épidémies de 1982 et des travaux scientifiques qui ont suivi, et passe en revue en détail l'épidémie chez Jack in the Box et son impact. Il est raconté du point de vue des services réglementaires et de leurs conclusions sur la façon dont cette épidémie a changé l'industrie. Cet article résume mes observations personnelles basées sur plus d'une décennie de travail chez Jack in the Box et près de trois décennies d'expérience dans l'industrie. Bon nombre des projets sur lesquels j'ai travaillé sont le résultat direct d'actions correctives et de réglementations découlant de notre parcours collectif avec E. coli pathogène.

Il y a quarante ans
Les épidémies à E. coli de 1982 ne sont pas bien connues ou discutées dans presque tous les récits historiques de E. coli O157:H7. Le nom de la chaîne de restaurants impliquée est rarement associé aux épidémies de la même manière que Jack in the Box est à jamais lié à l'épidémie de 1992-1993. En 2012, Bill Marler, l'avocat qui représentait de nombreuses victimes de l'épidémie chez Jack in the Box, a demandé (de manière rhétorique) sur son blog : «Et si, en 1982, McDonald's avait été désigné comme la source des 47 cas de maladie à E. coli O157:H7 liés à des hamburgers contaminés dans deux États ?»

L'épidémie chez Jack in the Box se serait-elle produite dix ans plus tard ?» C'est une question à laquelle il est presque impossible de répondre, mais les épidémies de 1982 n'ont pas fait la une des journaux nationaux et n'ont pas non plus provoqué les changements collectifs en matière de sécurité des aliments provoqués par l'épidémie chez Jack in the Box, au cours de laquelle quatre jeunes enfants sont décédés.

Le 24 mars 1983, le New England Journal of Medicine a publié l'article intitulé «Hemorrhagic Colitis Associated with a Rare Escherichia Coli Serotype».

L'article résume les résultats de l'enquête de deux épidémies, l'une dans le Michigan et l'autre dans l'Oregon, qui ont rendu malades «au moins» 47 personnes au début de 1982. L'aliment courant dans les épidémies était un hamburger avec trois ingrédients communs d'une seule chaîne de restauration rapide, galette de bœuf, cornichons et oignons réhydratés. Bien que l’article n'ait pas cité le restaurant associé à l'épidémie, une seule chaîne de restauration rapide à l'époque avait des restaurants dans le Michigan et l'Oregon, cuisinait des galettes de hamburger sur des grils plats et utilisait des oignons réhydratés.

Un bref article de presse sur les épidémies, probablement enfoui dans les dernières pages du Washington Post, a été publié le 9 octobre 1982. Il liait McDonald's à ce qui était alors une «maladie intestinale rare... qui peut être liée à des hamburgers insuffisamment cuits». Cristine Russell, écrivant pour le Washington Post, a fait remarquer que le siège social de McDonald's à Oak Brook, dans l'Illinois, «... qui a soutenu que le lien avec ses hamburgers pourrait être une anomalie statistique et a déclaré que les procédures de cuisson requises par l'entreprise garantissaient la sécurité sanitaire des produits». En défense, le vice-président de McDonald's, Edward Schmitt, a fait des remarques sur le petit nombre de cas de maladie comme des «incidents isolés». Il a en outre fait remarquer que la chaîne avait servi près de deux milliards de hamburgers depuis l'apparition des cas de maladie. Dans ce contexte, avec peu de connaissances sur la capacité de E. coli à rendre les humains malades (et de les tuer), il est compréhensible de qualifier cet événement d'«anomalie».

Bien que McDonald's ait publiquement déclaré que les épidémies étaient une anomalie, l'entreprise a pris des mesures pour enquêter sur le micro-organisme et les nouvelles technologies de cuisson pour le combattre - un exemple très précoce de grandes entreprises de restauration commerciale parrainant et promouvant d'importantes recherches sur la sécurité des aliments en partenariat avec le gouvernement et l'industrie. Après les épidémies de 1982, McDonald's a embauché le professeur de microbiologie de l'Université du Wisconsin, le Dr Michael Doyle, qui a recommandé de nouveaux grils à clapet (entre autres actions) qui feraient cuire les galettes de viande bovine hachée simultanément des deux côtés et qui ne s'ouvriraient pas avant la fin du temps de cuisson. Les temps de cuisson et les températures ont été soigneusement étudiés pour s'assurer que les micro-organismes dangereux ont été détruits pendant le processus de cuisson. Petit aparté : j'étais directeur adjoint dans un restaurant McDonald's à la fin des années 1980 et j'ai aidé à installer les nouveaux grils à clapet. Il m’a fallu plus de 30 ans avant de comprendre pourquoi nous sommes passés à cet équipement. À l'époque, je supposais que c'était pour cuire les galettes plus rapidement et augmenter la «rapidité de service».

Pourtant, l'incident de 1982 est resté un article de presse obscur, en dernière page, et les contrôles mis en œuvre pour assurer la sécurité des produits visaient à résoudre le problème principalement par des étapes de maîtrise dans les restaurants. Ce serait un résultat entièrement différent dix ans plus tard, après la mort de quatre enfants à cause de hamburgers insuffisamment cuits servis par la cinquième chaîne de restauration rapide du pays. La nouvelle est devenue nationale avec le logo Jack in the Box partout, ce qui a attiré l'attention du public, de l'industrie, des législateurs et, plus important encore, de Washington, D.C. Il était impossible de garder le Jack à l'intérieur de cette boîte.

Il y a trente ans
Dave Theno a raconté l'histoire à plusieurs reprises. Pour lui rappeler pour qui il travaillait réellement, quel que soit le logo de l'entreprise sur son chèque de salaire, il portait dans son portefeuille une photo de Lauren Rudolph, six ans. Il montrait souvent la photo aux personnes lorsqu'il expliquait pourquoi il recommandait une ligne de conduite particulière pour protéger la santé publique. «Lauren est celle que nous protégeons. Lauren, et les enfants qu'elle représente, sont à qui je dois rendre compte», disait-il. Elle a été la première victime de l'épidémie de Jack in the Box, et Dave a bien connu sa famille à travers l'épreuve.

L'histoire de «La Crise», comme on l'a connue chez Foodmaker, a été savamment étudiée et racontée par Jeff Benedict dans son livre de 2011, Poisoned. Les principales parties de l'épidémie avaient déjà été expliquées, mais ce que le récit inconfortable enseigne est la façon dont le syndrome hémolytique et urémique (SHU), une infection du tube digestif causée par E. coli O157:H7, détruit les globules rouges dans le corps, provoquant une douleur extrême dans les reins et d'autres organes lorsqu'ils commencent à défaillir. Que de si jeunes enfants puissent mourir d'une mort aussi douloureuse – rien qu'en mangeant un hamburger – était inimaginable pour moi.

Riley Detwiler, l'une des quatre jeunes victimes, n'a même pas mangé de hamburger. Il est simplement entré en contact avec un autre enfant dans une garderie qui avait mangé de la viande bovine contaminée, ce qui témoigne de la virulence de E. coli O157:H7, se propageant même par contact croisé entre les personnes. [j’ai lu que cela a été aussi le cas avec les pizzas Buitoni -aa.]

Au début de 1993, l'épidémie était devenue une nouvelle nationale, avec un président nouvellement élu appelant les parents des victimes et promettant de faire plus pour garantir la sécurité des aliments. Les législateurs et l'industrie étaient devenus plus disposés à accepter des changements dans la façon dont les aliments étaient inspectés. L'attention incessante des médias nationaux, combinée à des litiges civils entraînant des règlements de plusieurs millions de dollars pour les victimes, a créé un environnement qui exigeait des changements importants de la part de l'industrie et des législateurs.

Le plan d'action que Dave a entrepris lorsqu'il est arrivé chez Foodmaker, d'abord en tant que consultant, puis à temps plein en tant que vice-président, était de déterminer où dans le processus, de la ferme à la fourchette, des contrôles pourraient être mis en œuvre et mesurés pour assurer la sécurité sanitaires des hamburgers. Son objectif était de donner à l'équipe de direction des paramètres spécifiques à surveiller en tant qu'indicateur de la santé de leur programme de sécurité des aliments, afin qu'ils puissent prendre des mesures immédiates si le système devenait incontrôlable.

Dave s'est rendu compte que la cuisson complète des hamburgers ne résolvait que la moitié du problème. Sachant que l'organisme pathogène peut être transféré par contact avec des mains nues, il a fallu une étape de réduction supplémentaire pour résoudre l'autre moitié du problème. Il a mis en place une règle «pas de contact des mains nues» avec des galettes crues de hamburger, ce qui était du jamais vu à l'époque pour une grande chaîne de restaurants. Former les employés du gril à utiliser des pinces plutôt que leurs mains pour séparer les galettes congelées puis les placer sur le gril n'était pas une mince affaire, surtout lorsqu'il était courant d'en placer jusqu'à 12 galettes sur le gril en même temps.

Dans les restaurants, Dave a mis en place un «retournement final et un contrôle visuel» obligatoires de chaque galette avant de la retirer du gril pour s'assurer que la galette n'était pas rose après le temps de cuisson prévu. (Contrairement à McDonald's, qui avait beaucoup d'argent à investir dans des grils à clapet, Foodmaker n'avait pas un tel capital disponible à l'époque. Il n'était même pas certain que l'entreprise survivrait.) La combinaison de la vérification de chaque galette et de la surveillance des températures de la surface du gril et de la partie interne de la galette plusieurs fois par jour garantissaient un contrôle continu du processus de cuisson.

«Aucun contact avec des mains nues» et «retournement final et contrôle visuel» sont devenus les points critiques pour leur maîtrise (CCP) fondamentaux dans ce qui a été le premier programme HACCP créé pour un restaurant ; et ces deux étapes ont été observées et documentées par la direction du restaurant plusieurs fois dans la journée. Des procédures ont également été mises en place pour vérifier le processus de cuisson en mesurant la température des galettes cuites plusieurs fois par jour. Cela est devenu un autre points critiques pour leur maîtrise (CCP) dans le programme HACCP du restaurant. Le respect de ces étapes du processus, ainsi que de nombreuses autres, était désormais mesuré et est devenu une mesure permettant aux équipes opérationnelles de Jack in the Box de surveiller la santé du système de sécurité des aliments de leur chaîne de restaurants.

Dave a tout aussi rapidement tourné son attention vers l'approvisionnement en galettes de hamburger, adoptant une approche méthodique pour mettre en œuvre HACCP depuis les parcs d'engraissement et l'abattage jusqu'aux opérations de viande bovine hachée qui produisaient les galettes de hamburger. Peu d'«opérations de hachage» à l'époque étaient prêtes à mettre en œuvre un nouveau programme de surveillance microbienne pour tester à la fois la viande entrante et les galettes de hamburger hachées crues pour E. coli O157:H7. Cependant, Texas American et CTI Foods ont tous deux signé pour adopter le nouveau système; et en mettant en œuvre le programme, l'industrie dans son ensemble en a appris beaucoup plus sur la façon dont les E. coli pathogènes pénètrent dans le système d'approvisionnement et de production.

Au fil du temps, des étapes supplémentaires de réduction de l'abattage et de la fabrication ont été utilisées pour réduire la charge microbienne. Bien que les analyses aient été utilisés pour exclure les viandes contaminées, l'intention du programme d’analyses était d'apprendre et d'apporter des améliorations continues aux contrôles du processus. La clé du succès du programme d’analyses était la définition et le suivi des «lots» dans le processus pour permettre la traçabilité et une rotation appropriée. Les résultats des analyses microbiologiques de l'approvisionnement en viande bovine sont devenus une mesure déterminante pour l'équipe de direction de Jack in the Box.

L'une des actions les plus significatives que Dave a prises a été de partager ouvertement le programme d’analyses et les contrôles avec toute personne intéressée dans l'industrie, y compris les chaînes de restaurants concurrentes. Il croyait fermement qu'il n'y avait pas d'avantage concurrentiel en matière de sécurité des aliments. Nous avons appris au fil du temps qu'une éclosion de maladies d'une entreprise peut avoir des effets négatifs sur tout un segment de l'industrie alimentaire, beurre d'arachide, tomates, cantaloups et laitue, pour n'en citer que quelques-uns.

Maîtrise de la qualité et du processus par HACCP
Avant de rejoindre Jack in the Box, Dave Theno avait déjà été le pionnier de l'utilisation du HACCP et de ses concepts pour parvenir à une réduction microbienne grâce à la «maîtrise des processus». Avant Jack in the Box, Dave avait bâti une entreprise de conseil très prospère en travaillant avec des clients qui souhaitaient mettre en œuvre la maîtrise des processus via HACCP dans leur organisation. Au début de sa carrière, il a démontré qu'en identifiant et en surveillant les étapes clés du processus d'abattage de la volaille, le taux de contamination par Salmonella dans les carcasses réfrigérées pouvait être réduit de 35% à environ 1 à 2%. Même pour les processus où il n'y a pas d'«étape de destruction», comme l'abattage, l'identification des étapes clés du processus qui peuvent être contrôlées et mesurées, puis leur mesure, permet d'obtenir une réduction microbienne grâce à la visibilité des données et à l'amélioration continue du processus. C'est exactement ce qui s'est passé à la suite des analyses microbiologiques qui ont été mises en œuvre pour l'approvisionnement en viande bovine hachée de Jack in the Box. Les données ont permis d'examiner les processus plus en amont dans la chaîne d'approvisionnement et d'identifier les domaines où des technologies de contrôle microbiologique supplémentaires aideraient à réduire le niveau global de E. coli. Par conséquent, au cours des trois décennies écoulées depuis la mise en œuvre du programme, l'approvisionnement américain en viande bovine hachée est beaucoup moins exposé aux E. coli pathogènes et les maladies associées à la viande bovine hachée ont été considérablement réduites.

Dans les années 1980 et au début des années 1990, tout le monde au Département américain de l'agriculture (USDA) ou dans l'industrie n'était pas partisan de la maîtrise des processus par l'utilisation du HACCP, même si la National Aeronautics and Space Administration (NASA) l'avait utilisé avec succès pour assurer la sécurité des aliments de leurs astronautes dans l'espace. Le processus traditionnel des inspecteurs gouvernementaux inspectant visuellement et estampillant chaque carcasse d'animal pour déclarer la sécurité sanitaire était enraciné et considéré par de nombreux acteurs de l'industrie de la viande et du gouvernement comme un succès. Après tout, raisonnaient les détracteurs du HACCP, le consommateur était sûrement assez responsable assez pour savoir bien cuire la viande crue avant de la manger. Les partisans du HACCP soulignaient toutefois à juste titre que la contamination microbienne pathogène ne peut être observée par une inspection visuelle traditionnelle. Un nouveau système de contrôle pendant le processus d'abattage et de la fabrication était nécessaire pour améliorer l'inspection visuelle. L'épidémie de Jack in the Box a adouci les attitudes envers le HACCP, créant une fenêtre d'opportunité pour le changement et, en juillet 1996, un règlement final, Pathogen Reduction; Hazard Analysis and Critical Control Points (HACCP) Systems a été publié dans le Federal Register. C’est devenu connu sous le nom de «Mega Reg» de l'USDA. Le livre de Timothy Lytton de 2019, Outbreak, donne un aperçu supplémentaire de l'histoire derrière l'élaboration de ce règlement.

En 1996, je venais de débuter ma carrière dans l'industrie agro-alimentaire en tant qu'ingénieur qualité et contrôle des procédés chez Hormel Foods. À l'époque, Hormel utilisait un programme de contrôle de la qualité globale (Total Quality Control) dans ses usines de fabrication pour s'assurer que ses processus étaient sous contrôle et produisaient des produits sûrs et cohérents. Chaque étape du processus était clairement définie et le programme décrivait comment chaque étape du processus devait être surveillée et par qui. Chaque page du document de plus de 60 pages a été approuvée et estampillée par le Food Safety and Inspection Service (FSIS) de l'USDA. Toute modification, aussi mineure soit-elle, devait être examinée et approuvée par l'USDA. Ainsi, l'USDA a approuvé le programme dans le cadre duquel l'usine fonctionnait et a régulièrement inspecté les activités individuelles approuvées requises par le programme, servant essentiellement de contrôle de la qualité. Si le programme nécessitait de retirer 60 boîtes de piment après le processus de cuisson et de les incuber, l'inspecteur de l'USDA créerait un rapport de déficience du processus (le prédécesseur des rapports de non-conformité d'aujourd'hui) s'il n'en avait compté que 59 dans l'incubateur. Le rôle des ingénieurs du contrôle qualité et des processus chez Hormel était de s'assurer que les processus étaient en permanence sous contrôle et de les remettre sous contrôle si nécessaire. Le rôle de l'inspecteur de l'USDA était d'inspecter l'usine et ses processus et d'informer la direction de l'usine lorsque des lacunes dans les processus approuvés étaient observées.

La mise en œuvre du HACCP a largement confié le développement et la surveillance des systèmes de contrôle des processus aux usines de fabrication, réduisant théoriquement le fardeau des services réglementaires. Les usines ont développé leurs programmes de contrôle en utilisant les principes du HACCP, et le nouveau rôle de l'USDA était de s'assurer que l'usine appliquait son système HACCP, qui était plus une approche d'assurance qualité que de contrôle qualité. À l'époque, j'étais chargé de rédiger les nouveaux plans et de les mettre en œuvre au niveau de l'usine. Pour les entreprises qui ont utilisé des plans de contrôle de la qualité globale, le passage au HACCP a été relativement facile puisque les contrôles du processus étaient déjà définis. Pour de nombreuses petites entreprises, cependant, la mise en œuvre du HACCP a été un voyage long et difficile.

L'épidémie de Jack in the Box a propulsé toute une industrie vers une nouvelle façon de surveiller les contrôles des processus dans les usines de fabrication et a fait passer le rôle de l'USDA dans la fabrication alimentaire du contrôle à la surveillance, un système qui se poursuit aujourd'hui.

Trente ans plus tard
L'histoire de E. coli O157:H7 ne peut être racontée sans discuter du Dr Dave Theno et de ses contributions à la sécurité de l'approvisionnement alimentaire de notre pays.

Les causes profondes de l'épidémie de Jack in the Box ont largement façonné de nombreuses philosophies de Dave en matière de sécurité des aliments. Gérez les risques aussi loin que possible dans la chaîne d'approvisionnement, mettez en œuvre des programmes d’analyses microbiologiques lorsque les données peuvent être utiles pour favoriser l'amélioration continue du processus, concevez des processus solides et assurez-vous qu'ils sont sous contrôle de «la ferme à l'assiette». Les enseignements tirés de son travail de début de carrière dans la mesure du contrôle des processus restent universels. Chaque processus, même les processus sans étapes pour réduire ou éliminer les bactéries dangereuses, peut être mesuré à des étapes clés. Ces données de mesure peuvent être utilisées pour surveiller le contrôle du processus et l'amélioration continue du processus.

Enfin, «vous obtenez ce que vous démontrez que vous voulez.» Cela signifie qu'en tant que leader, vos employés réaliseront ce qui est important pour vous - pas nécessairement ce que vous dites, mais ce que vous démontrez est important à travers vos actions, ce que vous mesurez et la façon dont vous reconnaissez et récompensez publiquement les performances des employés. Ces actions sont des concepts importants dans le débat actuel sur la création de la culture de la sécurité des aliments au sein des organisations. En tant que vice-président des opérations, si votre première question à votre équipe de management de l'usine concerne le taux d'exécution des instructions, l'efficacité de la ligne de production ou les coûts de main-d'œuvre, que vous avez clairement établi, ce qui vous préoccupe avant tout. Si votre première question concerne les résultats de la surveillance environnementale, la conformité des points critiques pour la maîtrise (CCP) ou les plaintes des clients signalées, alors vous démontrez que la sécurité des aliments est votre priorité absolue. La direction de l'usine est en mesure de suivre toutes ces mesures, bien sûr, mais l'ordre dans lequel vous posez des questions à leur sujet communique vos priorités en tant que leader. Ces priorités deviendront les priorités de votre équipe.

Lors d'un service commémoratif pour Dave Theno en 2016, Bill Marler, l'avocat qui a poursuivi Foodmaker et obtenu des règlements substantiels au nom de ses clients, a parlé de Dave et de son héritage. Pour toute autre personne, il aurait pu être étrange que l'avocat qui a poursuivi l'entreprise pour laquelle vous travailliez assiste à votre service commémoratif, mais pas pour Dave. Dans les années qui ont suivi l'épidémie, il a maintenu une communication ouverte avec Bill Marler. Pas dans le sens de «soit encore plus proche des tes ennemis», mais parce que leur objectif collectif, même en travaillant de part et d'autre de la clôture, était le même : rendre l'approvisionnement alimentaire aussi sûr que possible. Dave a vraiment vécu selon ses paroles, il travaillait pour Lauren Rudolph et tous ceux qu'elle représentait.

Dave était un leader d'opinion très respecté dans le domaine de la sécurité des aliments, connu des services réglementaires, de l'industrie et des avocats spécialisés en contentieux. Il a formé une génération de leaders de la sécurité des aliments pour continuer à travailler vers un approvisionnement alimentaire plus sûr en appliquant la science et le bon sens au contrôle des processus et à la prise de décision grâce à l'analyse des données. Sa personnalité plus grande que nature a également contribué à élever le rôle et la visibilité de la sécurité des aliments en tant que profession. Lorsque j'ai commencé ma carrière dans l'industrie alimentaire dans les années 1990, c'était au service contrôle qualité; les services de sécurité des aliments n'existaient pas encore. Aujourd'hui, nous continuons à voir de plus en plus de fabricants de produits alimentaires dotés d'un cadre supérieur dévoué et expérimenté pour diriger une fonction de sécurité des aliments indépendante. Les entreprises les plus progressistes ont cette position sur la première ligne de leur organigramme, avec les ventes, le marketing, les opérations, la recherche et le développement, la chaîne d'approvisionnement, les ressources humaines, le juridique et la finance. Le rôle n'est pas enfoui sous les responsabilités de quelqu'un d'autre, telles que les opérations ou la chaîne d'approvisionnement.

Pour ceux d'entre nous qui fabriquent et servent des aliments pour la consommation humaine (et en particulier ceux d'entre nous qui ont la «sécurité des aliments» dans nos intitulés de poste), nous devrions tous porter une photo de Lauren Rudolph pour nous rappeler pour qui nous travaillons en fin de compte. et qui nous représentons. Si elle n'avait pas mangé de hamburger, Lauren aurait eu 37 ans cette année et Riley Detwiler, qui n'a pas mangé de hamburger, mais est quand même décédé, aurait eu 32 ans.

*Andrew Kesler a travaillé pour le Dr David Theno chez Jack in the Box, puis au sein de la société de conseil en sécurité des aliments de Dave, Grey Dog Partners, qu'il a fondée avec sa femme, Jill, après avoir pris sa retraite de Jack in the Box en tant que directeur de la sécurité des aliments. Le travail de la vie de Dave était la sécurité des aliments, qu'il a habilement poursuivie jusqu'à s>a toute fin. Andrew Kesler est directeur général de la conformité des fournisseurs pour le premier producteur américain de salades et d'aliments réfrigérés et de santé Auparavant, il gérait les programmes de sécurité des aliments des fournisseurs pour les restaurants McDonald's, Jack in the Box et Qdoba. Il a également fourni un soutien à la gestion des fournisseurs chez Subway et à d'autres clients dans le cadre de l'équipe de conseil en sécurité des aliments de Dave Theno Grey Dog Partners. M. Kesler a commencé sa carrière dans la fabrication de produits alimentaires chez Hormel Foods après avoir servi dans l'U.S. Air Force.

NB : Sur ce sujet, on lira aussi sur le blog, Décès du Dr Lee W. Riley, épidémiologiste et pionnier dans la découverte du rôle de E. coli O157:H7 dans la diarrhée sanglante liée à de la viande hachée bovine insuffisemment cuite.

mercredi 28 décembre 2022

Y a-t-il eu un événement imprévisible avant l'épidémie liée à Jack-in-the-Box, il y a 30 ans ?

«Y a-t-il eu un événement ‘Black Swan’ (évènement imprévisible -aa) avant l'épidémie liée à Jack-in-the-Box, il y a 30 ans ?», source article de Dan Flynn paru le 28 décembre 2022 dans Food Safety News.

Plusieurs mois avant cette date, il y a 30 ans, un événement Black Swan s'est produit au Japon. Le président des États-Unis, âgé de 67 ans, George H.W. Bush lors d'un dîner d'État en son honneur organisé par le Premier ministre du Japon, s'est penché en avant puis est tombé sur le côté en lançant du vomi sur les genoux du Premier ministre Kiichi Miyazawa On dit que les événements Black Swan sont imprévisibles avec des conséquences graves et généralisées, généralement négatives. Il y a trente ans aujourd'hui, Lauren Beth Rudolph, six ans, est décédée dans le sud de la Californie des complications d'une infection à E. coli O157:H7. Elle a été la première victime de l'épidémie de Jack-in-the-Box. Nous marquons aujourd'hui le 30e anniversaire de cet événement tragique qui a également coûté la vie à l’âge de deux ans de Michael Nole de Tacoma et Celina Shribbs de Mount Lake Terrace, Washington et de Riley Detwiler, 17 mois, de Bellingham.

Alors que le combat du président contre une maladie d'origine alimentaire aurait pu prédire à la manière d'un cygne noir, son embarrassant épisode de gastro-entérite est rapidement passé. Les personnes atteintes plus tard la même année par E. coli O157: H7 provenant de hamburgers Jack-in-the-Box connaîtraient des maladies et des décès plus graves et plus durables.

Cette souche de E. coli n'avait pas de profil public avant l'épidémie de Jack-in-the-Box. Des hamburgers contaminés par la bactérie O157:H7 jusque-là inconnue rendraient malades 732 clients de Jack-in-the-Box avant la fin de l'épidémie, provoquant 178 cas de maladie grave et ces quatre décès. Les galettes de viande bovine hachée contaminées ont été achetées dans 73 restaurants Jack-in-the-Box en Californie, Idaho, l'État de Washington et Nevada.

La plupart des victimes avaient moins de 10 ans et en plus de quatre décès, 178 autres personnes ont subi des blessures permanentes, notamment des lésions cérébrales et rénales. C'est la gravité de ces résultats qui a fait de Jack-in-the-Box l'épidémie d'origine alimentaire la plus tristement célèbre de l'histoire contemporaine.

Brianne Kiner, 9 ans à l'époque, a survécu à l'épidémie de Jack-in-the-Box, mais avec ses dommages les plus graves et permanents. L'avocat de Seattle, Bill Marler, a poursuivi en son nom, remportant un règlement de 15,8 millions de dollars pour Kiner. Son histoire comprend du diabète, de l'asthme et des lésions cérébrales et rénales dues au syndrome hémolytique et urémique (SHU), qui ont nécessité une greffe. Au cours des 30 dernières années, Marler est devenu l'avocat le plus connu du pays pour les victimes de maladies d'origine alimentaire. Il est également l'éditeur de Food Safety News.

Le public n'en avait peut-être jamais entendu parler auparavant, mais l'industrie de la viande était au courant de l'existence de E. coli O157:H7. Des hamburgers insuffisamment cuits vendus par McDonald's dans l'Oregon et le Michigan ont été contaminés par O157:H7 en 1982, provoquant une épidémie qui n'a pas reçu l'attention qu'elle méritait. Avant 1992, O157:H7 n’avait en effet causé que 35 décès dans 22 foyers épars.

L'épidémie de Jack-in-the-Box, cependant, aurait eu de vastes ramifications, notamment :
- La reclassification par l'USDA de E. coli O157:H7 en tant que contaminant dans le viande bovine hachée, rendant illégale la vente de viande bovine hachée contaminée par celui-ci.
- Le Food Safety and Inspection Service de l'USDA a commencé à tester E. coli O157:H7 dans la viande hachée. 
- L'infection par E. coli O157H7 est devenue une maladie à déclaration obligatoire par tous les services de santé de l'État. 
La FDA a augmenté la température de cuisson interne recommandée pour les hamburgers à 71,1°C, contre 60°C intialement.
- L'USDA a adopté les programmes de réduction des agents pathogènes et de HACCP créés à l'origine pour la NASA.

Il se trouve que les restaurants Jack-in-the-Box étaient au milieu d'une promotion pour «Monster Burger» vendu sous le slogan «Tellement bon, ça fait peur !» Et la promotion maintenait la demande à un niveau élevé, submergeant les points de vente. La promotion était si populaire qu'elle a contribué aux problèmes en accélérant la ligne et en ne gardant pas les hamburgers à des températures suffisamment élevées pour tuer les bactéries.

Jack-in-the-Box a été désigné comme la source de l'épidémie à E. coli O157:H7 le 18 janvier 1993. Par l'intermédiaire de Foodmaker, sa société mère, la chaîne de hamburgers a accepté de cesser de servir des hamburgers et du bœuf. La société basée à San Diego a critiqué la Vons Companies, son fournisseur de viande bovine, pour l'épidémie.

Jack-in-the-Box connaissait cela, mais a choisi d'ignorer, la température de cuisson plus élevée des hamburgers dans l'État de Washington. L'exigence de 71,1°C de l'État était de 11,1 degrés supérieure à celle de 60°C de la FDA. Si Jack-in-the-Box avait adhéré à la réglementation du Département de la santé de l'État de Washington, il est peu probable que l'épidémie se serait produite.

Avec une enquête élargie menée par la nouvelle administration du président Bill Clinton, cinq abattoirs aux États-Unis et un autre au Canada se sont révélés être les sources probables de la viande bovine contaminée. Foodmaker a accepté un règlement de 58,5 millions de dollars de Vons et de huit autres fournisseurs de viande bovine. Plus tard en 1993, Jack-in-the-Box a embauché l'expert en sécurité aliments, Dave Theno, qui a mis en place «test and hold» (analtser et conserver) pour libérer le produit avant utilisation, des températures de cuisson plus élevées et de nombreuses autres mesures de sécurité alimentaire. Theno avait sur son bureau une photo d’une victime de l’épidémie, Lauren Beth Rudolph jusqu'à sa propre mort en 2017.

Il existe aujourd’hui une bourse en sécurité des aliments du nom de Franck Theno. -aa.

L'épidémie de Jack-in-the-Box était la première fois que le Dr Phillip Tarr, alors gastro-entérologue pédiatrique à l'Université de Washington et à l'hôpital pour enfants de Seattle, voyait un SHU causé par E. coli avec une diarrhée sanglante chez un groupe d'enfants. Lorsqu'il en a parlé au Dr John Kobayashi, épidémiologiste de l'État de Washington, Kobayashi a immédiatement su qu'il avait un «grand problèmes» sur les mains.

Le blog a consacré un article au Décès du Dr Lee W. Riley, épidémiologiste et pionnier dans la découverte du rôle de E. coli O157:H7 dans la diarrhée sanglante liée à de la viande hachée bovine insuffisemment cuite. -aa.

L'épidémie de Jack-in-the-Box est désormais considérée comme la deuxième après le livre d'Upton Sinclair, The Jungle, pour son effet sur l'industrie de la viande bovine et les services réglementaires. Pour être un événement 'Black Swan', cela n'aurait pas pu être prédit. Mais c'était probablement inévitable.

samedi 12 novembre 2022

Décès du Dr Lee W. Riley, épidémiologiste et pionnier dans la découverte du rôle de E. coli O157:H7 dans la diarrhée sanglante liée à de la viande hachée bovine insuffisemment cuite

Voici un article qui, me semble-t-il, est utile à plus d’un titre et notamment parce qu’il rend hommage à un éminent scientifique américain, le Dr Lee W. Riley, mais vous allez voir qu’il ne s’agit pas de n'importe quel épidémiologiste américain.

«Le Dr Lee W. Riley, détective en épidémiologie qui a aidé à découvrir l'épidémie à E. coli dans la «chaîne alimentaire A» en 1982, est décédé», source article de Bill Marler le 12 novembre 2022 dans le Marler Blog.

Si seulement le gouvernement et l'industrie de la viande bovine avaient accordé plus d'attention au Dr Riley, vous ne seriez probablement pas en train de lire cet article.

Selon l'UC Berkeley School of Public Health, Lee W. Riley, leader de la décolonisation de la santé mondiale et pionnier de l'épidémiologie moléculaire, est décédé le 19 octobre 2022, à l'âge de 73 ans, à Berkeley, Californie, des suites d'une brève maladie.

Au moment de sa mort, Riley était professeur d'épidémiologie et de maladies infectieuses et responsable de la division des maladies infectieuses et de la vaccinologie à l'UC Berkeley School of Public Health, ainsi que directeur du Global Health Equity Scholars Program.

Les vastes intérêts de recherche de Riley allaient de la santé dans les «bidonvilles» à la tuberculose et des agents pathogènes d'origine alimentaire - y compris des travaux précurseurs sur E. coli - aux maladies parasitaires. Cependant, son véritable héritage est son mentorat généreux de milliers de scientifiques en herbe et d'experts en santé publique aux États-Unis et dans le monde entier. Leur travail continu témoigne de la capacité de Riley à inspirer et à influencer ses étudiants et collaborateurs.

Après avoir terminé une résidence en médecine interne au Columbia Presbyterian Hospital, Riley a rejoint les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) à Atlanta en 1981 dans le cadre d'une bourse de deux ans en tant qu'enquêteur au Epidemic Intelligence Service. Là-bas, il a rencontré le Dr Arthur Reingold, son collaborateur de longue date et futur collègue à l’UC Berkeley School of Public Health et s'est rendu pour étudier les épidémies dans plusieurs pays, dont le Brésil.

Chargé d'effectuer des travaux épidémiologiques sur le terrain sur les épidémies de maladies entériques, telles que Listeria, Salmonella et E. coli, Riley s'est intéressé à adopter une approche moléculaire de l'épidémiologie. Il est l'auteur d'une étude pionnière, publiée le 24 mars 1983, dans le New England Journal of Medicine, Hemorrhagic Colitis Associated with a Rare Escherichia coli Serotype, montrant pour la première fois qu'un type spécifique de diarrhée sanglante apparu dans l'Oregon et le Michigan en 1982 était causé par une nouvelle bactérie. Dans le résumé de l’article il est rapporté, «Cette étude décrit une maladie gastro-intestinale cliniquement distincte associée à E. coli O157:H7, apparemment transmise par de la viande insuffisamment cuite.» et cela, on le savait depuis 1983 !

Le principal agent pathogène d'origine alimentaire, appelé E. coli O157:H7, rend malade et peut tuer les personnes qui mangent de la viande bovine insuffisamment cuite. Riley a retracé la source de l'épidémie à travers la «chaîne alimentaire A»: les restaurants McDonald's des deux États.

«Son travail a vraiment changé toute l'approche de la prévention de cette infection en interdisant la vente de hamburgers insuffisamment cuits», a dit Reingold. «Cela a vraiment fait la carrière de Lee.»

J'ai rencontré le Dr Riley au début de 1993 alors que je découvrais E. coli O157: H7 au début de l'épidémie à E. coli chez Jack in the Box qui a rendu malade plus de 650 personnes, dont beaucoup ont développé une insuffisance rénale aiguë et 4 enfants sont décédés. J'étais tombé sur l'article «Hemorrhagic Colitis Associated with a Rare Escherichia coli Serotype» et j'ai contacté le Dr Riley convaincu que Jack in the Box était en fait la «chaîne alimentaire A». Il a eu la gentillesse de m’informer que la «Food Chain A» était en fait McDonald's.

Nous avons parlé des origines probables des E. coli O157:H7 dans les CAFOs* (Concentrated Animal Feeding Operation) aux États-Unis et de l'échec du gouvernement et de l'industrie de la viande à prendre suffisamment au sérieux le risque E. coli dans la viande hachée pour éviter la catastrophe de 1992/1993.

Cela me rappelle les échecs des industries alimentaires et des gouvernements à publier les avertissements dans presque toutes les épidémies dont j'entends parler presque tous les jours. Perdre de grands scientifiques comme le Dr Riley est une perte pour nous tous.

*Concentrated Animal Feeding Operation : En élevage , une opération d'alimentation animale concentrée , telle que définie par le ministère de l'Agriculture des États-Unis, est une opération d'alimentation animale intensive dans laquelle plus de 1 000 unités animales sont confinées pendant plus de 45 jours par an. Source Wikipédia (anglais)