Une étude parue dans Eurosurveillance fait le point sur une épidémie transfrontalière de cas à Salmonella Bareilly confirmée par séquençage du génome entier entre la République tchèque et la Slovaquie, de 2017 à 2018.
Salmonella spp. sont la troisième cause de maladies bactériennes d'origine alimentaire dans le monde et le deuxième agent zoonotique le plus fréquemment signalé dans l'Union européenne (UE). Le genre bactérien Salmonella comprend les espèces Salmonella enterica et Salmonella bongori. Plus de 2 500 sérotypes de Salmonella enterica ont été identifiés à ce jour, dont beaucoup infectent couramment les animaux (par exemple la volaille, les porcs, les bovins) et les humains. La distribution des sérotypes prédominants dans chaque pays est affectée par les changements dans le commerce mondial des aliments et le bétail, les voyages internationaux et les migrations humaines.
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Bareilly (S. Bareilly) appartient au sérogroupe C1 (formule antigénique 6, 7,14:y:1,5) et a été identifié pour la première fois en Inde en 1928. Au Royaume-Uni (Royaume-Uni), 31% de tous les cas humains à S. Bareilly identifiés entre 2005 et 2009 ont été attribués à un voyage depuis l'Inde. Depuis 2004, S. Bareilly a été le plus souvent isolé des épices. Les graines de haricot mungo contaminées ont probablement été à l'origine d'une épidémie de S. Bareilly au Royaume-Uni en 2010, avec un total de 231 cas. Lors d'une épidémie de salmonellose aux États-Unis, qui comprenait 410 cas à S. Bareilly dans 28 États et dans le district de Columbia, les miettes de thon importées d'Inde ont été identifiées comme étant la source en utilisant des méthodes basées sur le séquençage du génome entier (WGS).
Depuis 2016, S. Bareilly fait partie des 20 principaux sérotypes de Salmonella associés aux maladies humaines dans l'Union européenne/Espace économique européen (UE/EEE). Entre 2006 et 2016, S. Bareilly figurait parmi les 25 premiers sérotypes détectés chez l'homme en République tchèque, avec une incidence annuelle allant de 0,04 à 0,23 pour 100 000 habitants (données du système national tchèque de notification électronique des maladies transmissibles). Selon les données du programme national tchèque de lutte contre Salmonella chez la volaille, S. Bareilly a été identifié dans des troupeaux de poulets de chair avec une prévalence allant jusqu'à 0,06%.
La salmonellose est une maladie à déclaration obligatoire en République tchèque et en Slovaquie depuis 1951. Les responsables régionaux de la santé publique notifient les données basées sur les cas au système national de notification électronique des maladies transmissibles (EpiDat/ISIN en République tchèque et Epidemic Intelligence Information System (EPIS) en Slovaquie). Les deux systèmes enregistrent des données sur tous les cas qui répondent à la définition d'un cas confirmé conformément à la décision d'exécution 2119/98/CE de la Commission européenne. Les informations sur le sérotype de Salmonella, fournies par les laboratoires microbiologiques de routine manipulant des échantillons humains, sont incluses dans les systèmes de notification. Ces laboratoires testent généralement un spectre limité de sérotypes uniquement, et S. Bareilly n'est généralement pas inclus. Les laboratoires nationaux de référence (LNR) tchèques et slovaques (le LNR tchèque fait partie de l'Institut national de la santé publique de Prague, le LNR slovaque fait partie de l'autorité de santé publique de Bratislava) fournissent le sérotypage des sérotypes moins courants et confirment les résultats de laboratoires microbiologiques de routine sur demande.
Il existe plusieurs options pour confirmer la parenté des isolats de Salmonella dans les laboratoires. L'analyse par macro-restriction suivie d'une électrophorèse sur gel en champ pulsé (PFGE) est généralement une méthode appropriée pour la détection et l'investigation des épidémies à Salmonella. Cependant, dans certains cas, cela ne fournit pas un pouvoir discriminatoire suffisant pour distinguer les isolats d'épidémie. Par conséquent, les méthodes de typage basées sur le WGS sont maintenant de plus en plus appliquées comme outils d'épidémiologie moléculaire pour aider aux enquêtes sur les épidémies.
Détection de l'épidémie
En août 2017, le nombre de cas humains à S. Bareilly signalés en République tchèque a dépassé le nombre total annuel maximal de cas des 5 années précédentes (n = 25). Cela s'est accompagné d'un nombre accru de demandes des laboratoires microbiologiques de routine au LNR pour l'identification/la confirmation du sérotype de S. Bareilly.
L'épidémie a été reconnue en République tchèque en octobre 2017 après avoir identifié le pulsotype par PFGE de l'épidémie dans une sélection d'isolats de S. Bareilly provenant de la collection d'isolats du LNR tchèque. Ces tests ont été sous-traités à l'Institut de recherche vétérinaire (VRI), Brno, République tchèque, qui fournit des tests PFGE pour l'Administration vétérinaire d'État (SVA), la République tchèque et les secteurs de la santé publique tchèque et slovaque.
Discussion
La République tchèque et la Slovaquie signalent les nombres les plus élevés de cas de salmonellose dans l'UE/EEE, mais il n'y a pas de preuves des sources/vecteurs des épidémies d'origine alimentaire par rapport aux autres pays de l'UE/EEE. La République tchèque et la Slovaquie ont un système de contrôle de la santé publique à deux niveaux (un régional et un national) dans lequel le niveau national sert d'évaluateur des risques et doit être invité par l'autorité régionale de supervisation afin de soutenir une enquête sur une épidémie. L'épidémie signalée ici était dispersée dans les 14 régions tchèques et les huit régions slovaques, avec un faible nombre de cas par région. Par conséquent, l'épidémie n'était reconnaissable qu'au niveau national, ce qui a entraîné une reconnaissance tardive de l'épidémie. Une simple analyse épidémiologique descriptive de la liste de lignes incluant l'âge et le sexe était insuffisante dans la construction d'une hypothèse. Nous avons révélé des lacunes dans la stratégie d'interview actuellement utilisée qui s'est jusqu'à présent concentrée sur la consommation d'œufs et de viande de poulet pour identifier les sources d'épidémies d'origine alimentaire. Par conséquent, nous avons dû trouver et adopter la stratégie la plus efficace pour le dépistage et la confirmation des cas dans les conditions locales. Plus précisément, nous avons appliqué le questionnaire largement dans les deux pays touchés pour la première fois. Cependant, la limite de cette approche était l'application tardive du questionnaire pendant la période de l'épidémie, c'est-à-dire après le pic de l'épidémie lorsque le nombre de nouveaux cas était déjà faible. En conséquence, le nombre de répondants au questionnaire était faible, même si le taux de réponse était élevé (75%). Comme la cause probable de l'épidémie était présente en tant qu'ingrédient commun dans plusieurs types d'aliments, le questionnaire n'a pas fourni une indication claire concernant l'aliment contaminé. Cependant, le questionnaire nous a permis de comprendre que le véhicule était probablement largement distribué par les chaînes de magasins dans les deux pays et n'était pas lié à des produits alimentaires inhabituels ou importés. Nous ne pouvons pas exclure un biais de rappel en raison du délai entre l'apparition des symptômes et l'entrevue. Nous avons décidé de ne pas mener d'étude analytique en raison du faible nombre de nouveaux cas et de l'hypothèse faible basée sur le questionnaire. Une sensibilisation accrue des autorités alimentaires et vétérinaires a conduit plus tard à l'identification de l'isolat de S. Bareilly étroitement apparenté à de l'œuf en poudre (mélange d'œufs séchés).
Après la reconnaissance de l'isolat génétiquement étroitement lié dans des œufs en poudre, les données du questionnaire ont été réévaluées et une exposition possible à des produits alimentaires contenant des ovoproduits en poudre a été retrouvée dans tous les cas.
La gamme des produits alimentaires suspects était très large (des tablettes de chocolat à la mayonnaise) et leurs marques sont restées non identifiées dans plus de la moitié des cas.
L'utilisation de méthodes de typage basées sur le WGS a conduit à de nombreux retraits réussis dans les épidémies multi-pays. Ces épidémies sont difficiles à détecter car il est difficile de confirmer s'il existe un lien épidémiologique entre les cas. Bien que le sérotypage de routine des isolats de Salmonella puisse être bénéfique dans la phase initiale de détection de l'épidémie, en particulier lorsque le sérotype est rare, des méthodes de typage plus précises sont nécessaires pour la confirmation de l'épidémie. La seule méthode de typage avancée disponible dans les deux pays était la PFGE. Les ressources allouées à de tels événements étant limitées, nous n'avons pas été en mesure de tester tous les isolats humains. Tous nos isolats humains séquencés provenaient de la République tchèque en 2017.
Il a été rapporté que la PFGE de S. Bareilly présentait un faible niveau de discrimination, en particulier pour les souches originaires d'Asie du Sud. Cependant, dans l'épidémie rapportée ici, un pulsotype spécifique pour les isolats des épidémies tchèques et slovaques a été identifié. Différents pulsotypes ont été observés avant et également pendant la période d'épidémie.
Les ovoproduits en poudre sont considérés comme sûrs en raison de leur traitement microbicide (traitement thermique, faible activité de l'eau), mais les séchoirs par atomisation contaminés ont parfois été décrits comme des sources d'épidémie. Les ovoproduits en poudre (jaune d'œuf, blanc d'œuf ou un mélange des deux) servent d'ingrédients à plusieurs produits alimentaires et une inactivation thermique supplémentaire n'est pas nécessaire.
Le propriétaire du séchoir par atomisation pendant la période e ld'épidémie à l'emplacement A disposait d'un vaste réseau de distribution dans les deux pays comprenant des boulangeries, des producteurs de produits semi-finis et des producteurs de confiserie, ce qui est conforme à la répartition nationale des cas. Tous les lots ont été épuisés et consommés au moment où l'isolat étroitement lié dans les produits d'œufs en poudre a été détecté. Le propriétaire actuel du séchoir par atomisation à l'emplacement B a coopéré avec les autorités vétérinaires de l'État pour résoudre le problème de la contamination. L'installation a été fermée et une reconstruction complète de la technologie est en cours.
Conclusion
L'utilisation de méthodes de typage moléculaire nous a permis de relier les cas à S. Bareilly répartis dans deux pays sur une période prolongée. La PFGE a servi avec succès d'outil de première ligne dans l'identification de l'épidémie, et les méthodes basées sur le WGS ont joué un rôle crucial dans la confirmation de l'épidémie et dans l'identification de la source possible. Le questionnaire adopté a été partagé par les deux pays touchés et peut être utilisé en temps opportun dans de futures enquêtes sur des épidémies d'origine alimentaire présumées. Les séchoirs par atomisation contaminés doivent être considérés comme des sources potentielles de contamination croisée des ovoproduits en poudre par Salmonella.
