Deuxième volet du rapport 2019 sur les zoonoses dans l'UE et en France, Campylobacter, Salmonella et Listeria

Notifications des zoonoses

Comme indiqué dans un précédent article qui avait traité de l'Annus horribilis des toxi-infections alimentaires collectives en France en 2019 dans le Rapport 2019 sur les zoonoses, source EFSA et ECDC, voici des éléments concernant les principaux pathogènes responsables des différentes zoonoses, Campylobacter, Salmonella, Listeria, avec toujours un focus sur la France.

Résumé

Ce rapport présente les résultats des activités de surveillance des zoonoses menées en 2019 dans 36 pays européens (28 États membres (EM) et huit non-EM).

Les première et deuxième zoonoses les plus signalées chez l'homme étaient respectivement., a campylobactériose et la salmonellose.

La tendance de l'UE pour les cas humains confirmés de ces deux maladies est restée stable (plate) au cours de la période 2015-2019.

La proportion de cas humains de salmonellose dus à Salmonella Enteritidis contractés dans l'UE a été similaire à celle de 2017-2018. Sur les 26 États membres déclarant des programmes de lutte contre Salmonella dans la volaille, 18 ont atteint les objectifs de réduction, tandis que huit n'en ont pas atteint au moins un. La prévalence dans l'UE des troupeaux sérovar-positifs cibles de Salmonella est stable depuis 2015 pour les poules reproductrices, les poules pondeuses, les poulets de chair et les dindes d'engraissement, avec des fluctuations pour les troupeaux de dindes reproductrices.

Les résultats sur Salmonella par les autorités compétentes pour les carcasses de porcs et pour les volailles testées dans le cadre des programmes de contrôle nationaux étaient plus fréquemment positifs que ceux des exploitants du secteur alimentaire.

L'infection à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) était la troisième zoonose la plus signalée chez l'homme et a augmenté de 2015 à 2019.

La yersiniose était la quatrième zoonose la plus signalée chez l'homme en 2019 avec une tendance stable en 2015-2019.

La tendance de l'UE des cas confirmés de listériose est restée stable en 2015-2019 après une longue période d'augmentation. Listeria a rarement dépassé la limite de sécurité des aliments de l'UE testée dans les aliments prêts à consommer.

Au total, 5 175 toxi-infections alimentaires collectives ont été rapportées. Salmonella est restée l'agent le plus détecté mais le nombre de foyers dus à S. Enteritidis a diminué.

Norovirus présent dans le poisson et les produits de la pêche était le couple agent/aliment à l'origine du plus grand nombre de TIAC avec de forte preuve.

Le rapport fournit d'autres mises à jour sur la tuberculose bovine, Brucella, Trichinella, Echinococcus, Toxoplasma, la rage, le virus du Nil Occidental, Coxiella burnetii (fièvre Q) et la tularémie.

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Campylobacter

La campylobactériose est l'infection gastro-intestinale la plus fréquemment signalée chez l'homme dans l'UE et ce depuis 2005.

En 2019, le nombre de cas confirmés de campylobactériose humaine était de 220 682, ce qui correspond à un taux de notification dans l'UE de 59,7 pour 100 000 habitants, soit une diminution de 6,9% par rapport au taux de 2018 (64,1 pour 100 000 habitants).

La tendance de la campylobactériose chez l'homme est restée stable (stable) en 2015-2019.

La plupart des cas (94,4%) dont l'origine de l'infection était connue avaient contracté l'infection dans l'UE.

En France, la notification est basée sur un système volontaire en France la couverture estimée du système de surveillance est de 20%.

Dans ces conditions, les données pour la France sont les suivantes :

2019 : 7 712 cas ; 2018 : 7 491 cas ; 2017 : 6 579 cas ; 2016 : 6 698 cas ; 2015 : 6 074 cas.

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Salmonella

La salmonellose est la deuxième infection gastro-intestinale la plus fréquemment signalée chez l'homme après la campylobactériose, et une cause importante de toxi-infections alimentaires collectives dans l'UE/EEE.

En 2019, 87 923 cas confirmés de salmonellose chez l'homme ont été signalés avec un taux de notification de 20,0 cas pour 100 000 habitants, soit le même niveau qu'en 2018.

La tendance de la salmonellose chez l'homme est stable (plate) au cours des 5 dernières années après une longue période de tendance à la baisse.

La tendance des cas de S. Enteritidis chez l'homme acquis dans l'UE s'est stabilisée en 2015-2019.

En France, la notification est basée sur un système volontaire en France la couverture estimée du système de surveillance est de 48%.

Dans ces conditions, les données pour la France sont les suivantes :

2019 : 8 935 cas ; 2018 : 8 936 cas ; 2017 : 7 993 cas ; 2016 : 8 876 cas ; 2015 : 10 305 cas.

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Listeria

En 2019, 28 États membres ont signalé 2 621 cas humains invasifs confirmés de listériose avec un taux de notification dans l'UE de 0,46 cas pour 100 000 habitants, soit le même niveau qu'en 2018.

La tendance de l'UE des cas confirmés de listériose est restée stable (plate) en 2015-2019 après une longue période de tendance croissante.

Les infections à Listeria ont été le plus souvent signalées dans le groupe d'âge de plus de 64 ans et en particulier dans le groupe d’âge de plus de 84 ans.

La létalité globale des cas dans l'UE était élevée (17,6%) et a augmenté par rapport à 2018 et 2017 (respectivement, 13,6% et 15,6%). Cela fait de la listériose l'une des plus graves maladies sous surveillance européenne.

Dans ces conditions, les données pour la France sont les suivantes :

2019 : 373 cas ; 2018 : 338 cas ; 2017 : 370 cas ; 2016 : 375 cas ; 2015 : 412 cas.

La France a rapporté le nombre le plus élevé de décès (56) suivie par l'Espagne (55) et la Pologne (54).

NB : Les images sont issues de ce lien du ministère de l'agriculture.

Mise à jour du 27 février 2021. On lira aussi l'article de Joe Whitworth dans Food Safety News,  Foodborne outbreak illnesses, deaths increase in Europe.

Mise à jour du 3 mars 2021. On lira l'article de Joe Whitworth dans Food Safety News, New report shows Listeria up, other diseases down in Europe in 2019.

Les liens entre élevage intensif et épidémies sont exceptionnels

Dans l’air du temps COVID, un reportage en Suisse (RTS) du 18 mai 2020 rapporte qu’il faut «Lutter contre l'élevage intensif pour prévenir de nouveaux virus»

A rebours de ce reportage, un article du journal La Croix du 16 janvier fait le point sur le Covid-19  et «Les liens entre élevage intensif et épidémies sont exceptionnels»

Entretien 

Avec 40 actions prévues dans plusieurs villes de France samedi 16 janvier, l’association L214 entend alerter sur le lien entre élevage intensif et risque épidémique pour les humains. Ce lien est-il avéré ? L’analyse de Daniel Marc, vétérinaire et chercheur en infectiologie/virologie moléculaire à l’Inrae (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement)

La Croix : Dans quelle mesure les activités d’élevage sont-elles une cause de transmission des virus ?

Daniel Marc : Un agent infectieux ne naît jamais à partir de rien. Que ce soit, Ebola, le VIH  au XXe siècle ou la rougeole il y a probablement quelques siècles, les virus nous viennent toujours des animaux. Il peut venir d’un contact direct avec l’hôte premier, c’est par exemple le cas du sida avec les chimpanzés. Il y a les contaminations qui se font par un hôte intermédiaire, à travers lequel le virus s’adapte à l’homme, ce qui est le cas, par exemple, des coronavirus (le SARS de 2003 s’était ainsi adapté chez la civette). Enfin, on peut être contaminé par la piqûre d’un vecteur, c’est-à-dire d’un insecte piquant, à l’image du virus Zika ou de la fièvre jaune transmis par les moustiques.

Dès lors, il est logique que certaines zoonoses – les maladies transmissibles entre les animaux et l’être humain – nous soient arrivées à travers l’élevage mais c’est loin d’être la norme.

Peut-on quantifier le nombre d’épidémies dans l’histoire récente qui nous viennent de l’élevage intensif ?

D. M. : Aujourd’hui, le discours à la mode, qui parle beaucoup aux jeunes générations, vise à remettre en question l’élevage intensif. On veut faire croire que c’est la cause de tout, y compris des épidémies.

Il y a des précédents, certes, mais ce sont des exceptions. J’en vois essentiellement deux. La pandémie grippale à virus influenza A(H1N1) de 2009, par exemple, a été le fruit d’un assemblage viral de plus de dix ans entre des souches virales d’origine aviaire, des souches porcines et une souche humaine qui s’est constitué chez le porc. C’est au sein des élevages porcins qu’il a pu trouver une forme qui s’adapte à nous et qu’il s’est répandu dans la population.

L’autre, c’est le virus Nipah qui a fait une centaine de morts en Malaisie en 1998. Il s’est aussi transmis de la chauve-souris à l’homme à travers des élevages de porcs. Dans ce cas-là, les élevages porcins avaient été construits sur des zones déforestées qui empiétaient sur le milieu naturel des chauves-souris.

Changer notre modèle agricole n’aurait donc pas d’impact sur le risque épidémique ?

D. M. : À mon sens, élevage intensif ou extensif, cela ne change rien. Dans les deux cas, c’est le fait d’être en contact avec les animaux qui explique la transmission, pas leur nombre ou leurs conditions d’élevage. On a même un paradoxe en ce moment avec l’épidémie de grippe aviaire. Elle touche essentiellement le Sud-Ouest parce qu’on y pratique l’élevage de canards en plein air et que le virus vient du monde sauvage. En revanche, les élevages intensifs de volailles, très nombreux dans toute l’Europe, en sont protégés car ils sont confinés.

L’une des explications, c’est que nous sommes sept milliards d’êtres humains contre deux milliards au début du XXe siècle. Nous avons une densité de population beaucoup plus forte et l’augmentation des flux de biens et de personnes permet aux agents infectieux de se répandre en quelques jours sur tous les continents, notamment par les transports aériens.

Ceci étant dit, une épidémie restera un fait exceptionnel et difficile à prévoir, à l’image d’un volcan qui entre en éruption ou d’un séisme. Si on en croit les sources historiques écrites datant d’avant le XXe siècle, on remarque qu’il y a trois à quatre épidémies grippales par siècle environ, et ce, bien avant la naissance de notre modèle agricole.

Je pense qu’il faut vivre avec ce risque et répondre sur le plan scientifique. On a déjà réussi à éradiquer des virus, comme la variole (c’était en 1978). C’est un fait exceptionnel, qui n’a été permis que par une volonté de tous les acteurs concernés et une confiance absolue dans la science et dans la vaccination.

NB : L’image est issue d’un article intitulé, Une histoire de cochon : miracle contre l'élevage intensif au XIIIe siècle.

Surveillance 2019 des zoonoses en Allemagne. Le BVL cible le lait cru qui doit être chauffé avant d'être consommé

Le lait cru peut contenir des germes pathogènes. Le «lait de la ferme» doit être bouilli avant d'être consommé », source Département fédéral pour la protection des consommateurs et la sécurité alimentaire allemand (BVL) du 19 novembre 2020.

Les résultats du suivi des zoonoses de 2019 montrent que le lait cru peut contenir des germes potentiellement pathogènes. Des germes tels que Campylobacter spp. ont été trouvés dans jusqu'à 5% des quelque 360 échantillons de lait cru examinés et des STEC ont été retrouvés. Environ 10% des échantillons contenaient certaines bactéries multi-résistantes telles que E. coli producteurs de BLSE/AmpC. L'Office fédéral de la protection des consommateurs et de la sécurité alimentaire conseille donc de toujours faire bouillir ce que l'on appelle le «lait de la ferme» avant d'être consommé afin de tuer les germes.

En Allemagne, le lait de consommation est généralement traité thermiquement avant d'être vendu aux consommateurs. Les agents pathogènes zoonotiques - c'est-à-dire les agents pathogènes pouvant passer des animaux à l'homme - ne sont donc généralement pas dangereux dans ce lait. Cependant, le lait cru pose un risque pour la santé s'il n'est pas chauffé, comme c'est le cas dans la production de fromage au lait cru et d'autres produits à base de lait cru.

Les groupes de consommateurs sensibles tels que les jeunes enfants, les personnes âgées et les personnes immunodéprimées ainsi que les femmes enceintes sont donc invités à s'abstenir généralement de consommer des produits à base de lait cru.

E. coli producteurs de shigatoxines (STEC)

Le tank à lait de la ferme, c'est-à-dire le lait non traité directement du producteur, était contaminé à 4,9% par des E. coli producteurs de shigatoxines (STEC). Ce sont des bactéries qui peuvent provoquer une inflammation intestinale aiguë, dont certaines peuvent être graves. Chez les enfants en particulier, une infection par STEC peut entraîner le développement du syndrome hémolytique et urémique (SHU), qui est une infectio associée à une insuffisance rénale aiguë. L'importance du lait cru comme source possible d'infections à STEC chez l'homme est soulignée par le fait que des isolats bactériens obtenus étaient particulièrement souvent porteurs du gène eae, l'un des principaux facteurs de virulence des STEC.

Avec 7,4% d'échantillons positifs, les STEC ont également été fréquemment détectés dans de la viande de porc hachée. Ce résultat confirme que la viande hachée crue de porc n'est pas non plus un aliment adapté aux groupes de consommateurs sensibles.

Les STEC ont été détectés dans 0,3% des échantillons de persil congelé et dans 1,2% des échantillons de jeunes épinards frais. Le sérogroupe O157 des STEC le plus important au monde se trouvait parmi les isolats de bébés épinards. Cela souligne l'importance des aliments d'origine végétale comme source possible d'infections à STEC chez l'homme. Ils sont souvent consommés crus, de sorte qu'il n'y a pas de réduction des germes avant la consommation. Les causes de la contamination des fruits et légumes par les STEC peuvent être, par exemple, l'eau d'irrigation contaminée par les matières fécales ou des engrais contaminés par les STEC.

Campylobacter spp.

Dans les tanks à lait des élevages de bovins laitiers, Campylobacter spp. a été détecté dans 2,5% des échantillons examinés. Ce résultat confirme que le lait cru est une source possible de Campylobacter spp. pour les humains.

Le taux de détection de Campylobacter spp. dans les échantillons de viande de poulet fraîche était de 46,4% et donc du même ordre de grandeur que les années précédentes. Les résultats de la surveillance des zoonoses 2019 montrent également qu'il n'y a toujours pas eu de progrès dans la réduction du nombre élevé de bactéries Campylobacter sur les carcasses de poulets de chair. Même après l'introduction du critère d'hygiène des procédés pour Campylobacter en 2018, la proportion d'échantillons de peau du cou avec des numérations bactériennes de Campylobacter de plus de 1000 unités formant des colonies par gramme (UFC/g) était à peu près la même que les années précédentes.

Salmonella

Les résultats des analyses de la chaîne alimentaire des porcs d'engraissement montrent que l'entrée de Salmonella dans les abattoirs via des porcs positifs à Salmonella n'a pas changé ces dernières années. Environ 6% des échantillons de caecum prélevés sur des porcs d'engraissement à l'abattoir étaient positifs pour Salmonella et 3,4% des carcasses de porcs étaient contaminées par Salmonella spp..Le porc frais issu de la production conventionnelle était contaminé à 0,4% par Salmonella. Le porc issu de la production biologique a montré un taux de contamination comparable de 0,6%. Les résultats des tests de typage confirment qu'il y a une propagation de Salmonella du contenu intestinal à la carcasse, car les sérovars de Salmonella détectés sur les carcasses et dans les matières fécales et le contenu des appendices concordaient largement.

Listeria monocytogenes

Le poisson importé d'aquaculture (tilapia et pangasius) était très souvent contaminé par Listeria monocytogenes avec 33,1% d'échantillons positifs et cela représente donc fondamentalement un risque d'infection humaine par ce pathogène. Les résultats soulignent la recommandation selon laquelle les poissons importés de l'aquaculture doient être uniquement consommer complètement cuit et utilisez une bonne hygiène en cuisine lors de la préparation du poisson pour éviter la contamination croisée des aliments prêts à consommer comme la salade.

E. coli producteurs de BLSE / AmpC

Des E. coli producteurs de BLSE / AmpC ont été détectés dans 10,1% des échantillons de tanks à lait au moyen de méthodes sélectives. Les bactéries productrices de BLSE / AmpC sont caractérisées par le fait qu'elles produisent des enzymes qui réduisent l'efficacité des pénicillines et des céphalosporines de sorte que les bactéries sont résistantes à ces antibiotiques. Les résultats soulignent que le lait cru doit être chauffé avant d'être consommé, d'autant plus que, d'après les connaissances scientifiques actuelles, on peut supposer que ces germes résistants peuvent également être transmis à l'homme par l'alimentation.

Des E. coli producteurs de BLSE / AmpC ont été détectés dans 9,8% des échantillons des fèces de canards sauvages et d'oies sauvages. Les résultats confirment ainsi que ces propriétés de résistance existent également dans l'environnement en dehors de l'élevage. La question de savoir dans quelle mesure cela est la conséquence d'une entrée de l'élevage ou d'autres sources ne peuvent recevoir de réponse sur la base des résultats disponibles.

Situation de résistance aux antibiotiques

Dans les études de résistance aux antibiotiques, il n'y a pas eu de progrès dans le suivi des zoonoses de 2019 en termes de réduction de la résistance des isolats bactériens des chaînes alimentaires pour les porcs d'engraissement, les veaux d'engraissement et les jeunes bovins, ainsi que du tank à lait et du bœuf frais. Il était à noter que, contrairement à la viande de dinde dans le suivi des zoonoses de 2018, il n'y avait pas de différences nettes dans les taux de résistance des isolats de E. coli provenant de porc produit de manière conventionnelle et biologique (34% contre 28%).

La proportion d'isolats résistants de E. coli dans les échantillons du contenu de l'appendice des veaux d'engraissement et des jeunes bovins était de 47%, dans le lait de réservoir de 18,4% et dans le bœuf frais de 20,3%. En ce qui concerne la troisième génération de céphalosporines, les isolats de E. coli provenant de tanks à lait étaient plus souvent résistants que les isolats de veaux d'engraissement et de jeunes bovins, ainsi que de viande bovine, ce qui peut être lié à l'utilisation fréquente de céphalosporines chez les bovins laitiers atteints de mammite.

Le isolats de E. coli provenant de poissons importés d'aquaculture étaient presque exclusivement résistants aux (fluoro) quinolones, le taux de résistance à la ciprofloxacine (58,8%) étant significativement plus élevé qu'à l'acide nalidixique (20,6%). Ces taux élevés de résistance sont problématiques car les fluoroquinolones sont des antibiotiques particulièrement importants pour le traitement chez l'homme.

Les résultats montrent clairement que les efforts visant à réduire l'utilisation des antibiotiques par des améliorations de la santé animale doivent être encore intensifiés afin de parvenir à une réduction des taux de résistance de cette manière. L'accent devrait être mis sur la réduction de l'utilisation d'antibiotiques critiques, en particulier ceux des substances classées comme «antimicrobiens d'importance critique de la plus haute priorité».

Lors de l'interprétation des résultats des tests de résistance, il faut s'assurer que les concentrations minimales inhibitrices ont été évalués en utilisant les valeurs seuils épidémiologiques. Celles-ci déterminent la proportion d'isolats microbiologiquement résistants et donnent des indications précoces d'un début de développement de résistance, mais ne permettent aucune affirmation directe sur la probabilité d'un succès thérapeutique avec un certain antibiotique.

Surveillance des zoonoses 2019

Pour la surveillance des zoonoses 2019, les autorités de surveillance des États fédéraux ont prélevé 6 792 échantillons à tous les niveaux de la chaîne alimentaire et les ont examinés pour détecter la présence des agents pathogènes d'origine alimentaire les plus importants. Au total, 2545 isolats bactériens ont été collectés dans les laboratoires nationaux de référence de l'Institut fédéral pour l'évaluation des risques examinés pour leur résistance à certains antibiotiques.

• Le rapport complet sur la surveillance des zoonoses 2019 est disponible en ligne sur: www.bvl.bund.de/ZoonosenMonitoring
  
• Des conseils aux consommateurs pour la protection contre les infections d'origine alimentaire sont présentés sur: www.bvl.bund.de/lebensmittelhygiene

Etat 2019 des zoonoses d'origine alimentaire aux Pays-Bas

« Les Pays-Bas enregistrent plus de 700 foyers de cas d'origine alimentaire en 2019 », source Food Safety News.

Plus de 700 foyers de cas d'origine alimentaire ont été signalées aux Pays-Bas en 2018 et 2019.

En 2018, 756 éclosions d'origine alimentaire avec 2 805 cas ont été enregistrées et au cours de la dernière année, 735 éclosions avec 3 058 maladies avaient été signalées. Le nombre d'éclosions a augmenté par rapport à 2017, mais le nombre de cas a diminué.

Les données proviennent d'un aperçu par l'Institut national pour la santé publique et l'environnement (RIVM) des principales zoonoses et de leur prévalence dans le pays au nom de l'Autorité néerlandaise de sécurité des produits alimentaires et de consommation (NVWA). Elles présentent les chiffres 2018 et 2019. La NVWA n'a pas communiqué les données sur les éclosions de 2018 en 2019 en raison d'un problème technique.

La plupart des éclosions impliquaient de deux à quatre personnes, suivies de cinq à neuf patients. Cependant, en 2018, il y a eu quatre flambées avec 35 malades ou plus, allant de 38 à 132. En 2019, il y a eu 11 flambées majeures avec 35 à 100 malades. Un agent pathogène a été rapporté dans seulement 6% des éclosions, soit 44 en 2018 et 42 en 2019. Il a été principalement retrouvé chez des patients et parfois dans des échantillons alimentaires et/ou environnementaux.

Agent responsable des éclosions

Norovirus était la principale cause d'épidémies avec respectivement,16 et 17 en 2018 et 2019, et la plupart des patients dans les deux années avec 370 et 375. Le nombre d'épidémies est inférieur à 2017 mais supérieur à 2016.

En 2018, il y a eu plus d'éclosions à Campylobacter avec 13 éclosions que d'éclosions à Salmonella avec 7. En 2019, c'était exactement l'inverse. Au cours des deux années, il y avait plus de patients atteints par Salmonella, 50 en 2018 et 148 en 2019, que par Campylobacter, qui en comptait respectivement, 30 et 17.

Deux éclosions à Salmonella avec plus de 50 cas rapportés ont été causées par des œufs. Deux autres éclosions ont vu des patients liés par séquençage du génome entier à des carcasses de porc d'un abattoir en 2018 et à des prélèvements dans un abattoir et de poulet importé en 2019.

Listeria monocytogenes a été rapporté trois fois en 2019, dont une éclosion était liée à des viandes transformées d'Offerman qui a causé 35 cas de maladie de 2017 à 2019.

L'histamine a également provoqué trois éclosions deux en 2018 et une en 2019. Une a été attribuée au thon.

Staphylococcus aureus a été retrouvé dans un plat de légumes en 2018. Le virus de l'hépatite A et les E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) étaient tous deux à l'origine de deux éclosions en 2018. Giardia a été responsable d'une éclosion au cours des deux années et les parasites, Dientamoeba fragilis et Blastocystis hominis ont provoqué une éclosion en 2019.

Campylobacter et Listeria en augmentation

En 2017, le nombre le plus faible de cas de campylobactériose confirmés en laboratoire depuis le début de l'enregistrement en 1993 a été trouvé. Cependant, il a augmenté en 2018 et à nouveau en 2019.

On estime qu'en 2019, il y a eu 6 077 cas confirmés en laboratoire au niveau national, contre 5 944 en 2018 et 5 557 en 2017. Le chiffre de 2019 est basé sur 3 530 rapports dans un système qui couvre une couverture estimée à 58% de la population. Le système précédent avait un taux de couverture de 52%.

Les cas estimés de maladies dues aux infections à Campylobacter en 2019 étaient de 72 967 contre 71 246 en 2018 et 67260 en 2017. Cela porterait le coût de la maladie à 62 millions d'euros.

En 2019, 117 patients atteints de listériose ont été rapportés. Avec 2017, il s'agit du taux le plus élevé depuis l'introduction de la notification obligatoire fin 2008. Quatre patientes étaient enceintes en 2019 au moment de l'infection. Quinze patients, âgés de 57 à 94 ans, sont décédés. Les infections ont été liées à des saucisses, du jambon cuit ou fumé et des viandes de poulet et de dinde.

En 2019, le Wageningen Food Safety Research, mandaté par la NVWA, a examiné 3 400 lots d'aliments quantitativement et 2 700 échantillons qualitativement pour Listeria monocytogenes. Un total de 167 isolats a été retrouvé, la plupart provenant de poissons, y compris de saumon, truite, hareng, maquereau et crevettes. La volaille réfrigérée venait en deuxième position suivie de la viande bovine réfrigérée, des préparations de viande à consommer crues, un isolat de viande de kangourou et cinq de volailles importées. Deux isolats provenaient de lait cru.

Situation de Salmonella

En 2019, les 1 002 isolats de Salmonella issus de patients aux Pays-Bas étaient légèrement supérieurs aux 977 en 2017 et aux 952 en 2018. Le nombre de cas confirmés en laboratoire est estimé à 1 566. Pour 2019, le nombre de cas de gastro-entérite aiguë causée par Salmonella dans la population est estimé à 25 971. Le coût de la maladie associée équivaut à 19 millions d'euros.

Les infections à Salmonella Enteritidis ont été plus souvent contractées à l'étranger en 2019 que celles à Salmonella Typhimurium. La part des infections à Salmonella Infantis contractées à l'étranger a considérablement diminué de 2018 à 2019, tandis que le total est resté le même.

La proportion du variant monophasique de Salmonella Typhimurium était nettement inférieure à celle des années précédentes. Cependant, la proportion à Salmonella Enteritidis était plus élevée qu'en 2016/2017, lorsqu'une épidémie liée aux œufs polonais a causé plus de 200 cas de maladie dans le pays. Il n'y a actuellement aucune explication claire de cette augmentation, selon les experts.

Une épidémie à Salmonella Enteritidis de 39 cas a été associés à des œufs, avec un lien également avec des personnes malades en Norvège et en Allemagne. Aux Pays-Bas, il n'a pas été possible de retrouver la source, mais l'enquête en Allemagne a conduit à une entreprise néerlandaise de poules pondeuses. Un autre cluster à Salmonella Enteritidis impliquant 34 cas a été tracé avec des œufs d'Espagne.

Une éclosion à Salmonella Enteritidis avec 14 cas et une à Salmonella Typhimurium avec 12 cas sont restées non résolues. Onze cas aux Pays-Bas faisaient partie d'une éclosion internationale à Salmonella Muenchen impliquant six pays. L'incident s'est arrêté de lui-même et la source n'a pas été identifiée.

Trois cas confirmés par WGS à Salmonella Virchow ont été identifiés en 2019 et six en 2020 liés à la volaille de trois abattoirs aux Pays-Bas et à un lot importé du Brésil sur la base d'échantillons alimentaires positifs de 2018 et 2019.

STEC

Le nombre de rapports d'infection à STEC rapportés en 2019 était comparable à celui de 2018 avec 459 cas. Les nombres d'infectionsà STEC O157, 35 cas, et STEC non-O157, 59 cas) étaient inférieurs à ceux des années précédentes, car moins d'isolats ont été soumis pour le typage. Au total, 37% des patients STEC O157 ont été hospitalisés, contre 25% des patients STEC non-O157.

Un syndrome hémolytique et urémique (SHU) a été rapporté chez 22 patients, dont 12 enfants âgés de 0 à 6 ans, 3 âgés de 9 à 16 ans et 7 adultes âgés de 21 à 81 ans. Il était pour deux fois dû à STEC O157, quatre fois à cause de O26 et une fois à O113. Une femme atteinte du SHU (type O inconnu) est décédée des suites d'une infection à STEC.

Pour les STEC non-O157, STEC O26 a été retrouvé le plus fréquemment, suivi à distance par STEC O63 et STEC O103 et STEC O111. Un total de 25 groupes O différents ont été retrouvés.

Suisse : Rapport concernant la surveillance des zoonoses et des foyers de toxi-infection alimentaire. Données 2019

Et oui, en Suisse, on a déjà les résultats de 2019 dans le « Rapport concernant la surveillance des zoonoses et des foyers de toxi-infection alimentaire. Données 2019 ». Source Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV).

En 2019, la campylobactériose reste la zoonose la plus fréquemment enregistrée chez l’homme. Au total, 7223 cas de campylobactériose confirmés par diagnostic de laboratoire ont été déclarés. On en déduit un taux de 84 nouveaux cas déclarés pour 100 000 habitants, ce qui représente une légère diminution par rapport à l’année précédente (7675 cas). Dans la plupart des cas, l’homme s’infecte en consommant des denrées alimentaires contaminées, la viande de volaille étant la première source d’infection. La bactérie responsable de la maladie est naturellement présente dans le tube digestif des poules, pour la santé desquelles elle ne présente aucun risque.

Nombre de cas de campylobactériose déclarés chez l’homme entre 2010 et 2019
(Source : Office fédéral de la santé publique, chiffres au mois d’avril 2020).

La deuxième zoonose la plus fréquente en Suisse est la salmonellose. En 2019, 1547 cas de salmonellose confirmés par diagnostic de laboratoire ont été déclarés chez l’homme, ce qui correspond à un taux de 18 nouveaux cas déclarés pour 100 000 habitants. Le nombre de cas a légèrement augmenté par rapport à l’année précédente (1467 cas). Chez l’animal, le nombre de cas de salmonellose a légèrement diminué par rapport à l’année précédente (90 cas contre 98). Les bovins, les reptiles, les chiens et les chats sont les espèces les plus touchées.

Avec 993 cas confirmés au total, l’année 2019 a été marquée par une nouvelle augmentation des infections par les Escherichia coli producteurs de vérotoxines (VTEC) chez l’homme (822 cas en 2018). Le taux de 11,5 nouveaux cas déclarés pour 100 000 habitants est le plus élevé enregistré depuis l’introduction de l’obligation de déclaration en 1999. La cause principale de cette hausse est vraisemblablement la suivante : grâce aux nouvelles méthodes d’analyse, les laboratoires pratiquent davantage de tests de dépistage des VTEC, ce qui permet de détecter plus de cas.

En 2019, 103 cas de fièvre Q ont été déclarés, ce qui correspond à un taux de déclaration de 1,2 nouveau cas pour 100 000 habitants, soit un doublement des cas par rapport à l’année précédente. Cette augmentation s’explique principalement par un foyer qui s’est déclaré au printemps au Tessin, très probablement en lien avec deux troupeaux de chèvres infectés.

Pour l’année sous rapport, 162 cas de tularémie humaine ont été déclarés au total, soit 1,9 pour 100 000 habitants. Ce chiffre a plus que doublé par rapport à 2016, les morsures de tiques étant la principale source d’infection.

Les cas d’infections groupées d’origine alimentaire sont rares en Suisse depuis plusieurs années. 23 événements de ce type ont été rapportés pour l’année sous rapport. Ce chiffre, bien que doublé par rapport à l’année précédente (12 événements), reste cependant bas.

A propos du faible nombre de cas d’infections groupées d’origine alimentaire ou les maladies affectant plusieurs personnes en lien avec la consommation de denrées alimentaires, ce que nous appelons en France les toxi-infections alimentaires collectives, il est rapporté,

D’une manière générale, il est bien connu que de nombreux cas de toxi-infections alimentaires ne sont pas notifiés et que les données ainsi collectées ne donnent pas nécessairement une image complète de la situation (par exemple, tous les malades ne consultent pas un médecin et ne font pas l’objet d’analyses d’échantillons biologiques). L’annonce des cas dépend entre autre du nombre de malades, de la gravité de la maladie, des hospitalisations éventuelles qui y sont associées ainsi que de la collaboration des différents acteurs impliqués (patients, médecins, organes de contrôle). Enfin les foyers avec une période d’incubation courte sont souvent détectés plus vite que ceux avec un temps d’incubation plus long. On peut donc supposer que le nombre de cas rapportés aux autorités fédérales est probablement trop faible pour correspondre à la réalité. C’est pourquoi un projet a été initié en 2018 afin de se pencher sur la problématique et tenter d’améliorer la situation, non seulement pour sensibiliser les diverses autorités concernées à l’importance d’annoncer les cas, mais aussi pour leur fournir les outils d’investigations nécessaires lors de tels évènements. A ce titre, on peut naturellement se demander si le nombre de foyers d’intoxications collectives plus élevé en 2019 n’est pas déjà le reflet d’une meilleure sensibilisation. Les chiffres des années prochaines nous apporteront peut-être une réponse.

Commentaire. Rappelons qu’en France, nous n’avons pas de rapport annuel sur les zoonoses prises dans leur ensemble. Il faut soit aller sur chaque zoonose sur le site de Santé publique de France et s’armer de patience … ou consulter le bilan fait par l'EFSA ...

Par ailleurs, il existe un bilan annuel des toxi-infections alimentaires collectives en France, mais celui-ci n’est publié que plus d’un an après ; le blog vous proposé un article sur les dernières données disponibles, celles de 2018, le 5 avril 2020. Les données de 2020 ne seront proposées que vers mars ou avril 2021 ...

Réunion virtuelle européenne One Health, partie 2

« Réunion en ligne pour un projet européen de sécurité alimentaire », source article de Joe Whitworth paru le 4 juin 2020 dans Food Safety News.

Note de l'éditeur: cet article, partie 2 sur 2, résume les présentations orales et par affiches de la réunion de trois jours du programme conjoint européen One Health.

Un projet européen contribuant à promouvoir le progrès scientifique sur les zoonoses d'origine alimentaire a tenu sa réunion annuelle virtuellement à cause de l'épidémie liée au coronavirus.

La deuxième réunion scientifique annuelle du programme commun européen One Health (OHEJP pour One Health European Joint Program) sur les zoonoses d'origine alimentaire, la résistance aux antimicrobiens et les menaces émergentes était prévue à Prague en République tchèque, la semaine dernière, mais avec la pandémie de COVID-19 la réunion physique a été annulée et remplacée par une réunion virtuelle.

Les organisateurs ont décidé d'accueillir la réunion en ligne avec des présentations orales et par affiches. Voir la première partie decet article résumant ces présentations de l'événement de trois jours.

Présentations orales

Gina M. Duggan, de Teagasc, a étudié la dynamique de l'excrétion de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC).

L'Irlande a le taux le plus élevé de cas humains de STEC dans l'UE. L'étude a évalué l'excrétion de STEC chez des moutons irlandais et a examiné les facteurs de risque potentiels sous-jacents à la dynamique de l'excrétion, ainsi que les STEC de sérogroupes O157 et O26. Les résultats ont révélé de faibles niveaux de super-excréteurs O157 et O26 chez les moutons destinés à l'abattage, mais un niveau élevé de portage des STEC dans l'ensemble.

Gianni Lo Iacono, de l'Université du Surrey, a présenté des informations sur l'impact du climat sur la campylobactériose, car la saisonnalité est mal comprise.

À l'aide de données provenant de l'Angleterre et du Pays de Galles, une forte augmentation de l'incidence au début de l'été et des variations interannuelles étaient associées à la température, à l'humidité relative et à la durée du jour. Le risque était le plus élevé pour une humidité relative entre 75 à 80 pour cent et une température maximale de 14 à 16°C.

Marieke Opsteegh du RIVM a parlé d'une revue de la littérature pour résumer les études européennes sur l'attribution des sources de Toxoplasma gondii.

L'élicitation d'experts a indiqué que les aliments étaient une source plus importante que le sol et l'eau. Les évaluations quantitatives des risques ne portaient que sur la transmission par la viande. Dans les rapports des patients, les sources présumées étaient de l'eau de puits, des contacts avec des chats, du lait de chèvre non pasteurisé et différents types de viande insuffisamment cuite, mais les preuves solides de la source la plus probable faisaient généralement défaut.

Le projet «TOXOSOURCES» effectuera une évaluation quantitative des risques dans plusieurs pays, y compris l'exposition de la viande et de l'environnement à Toxoplasma gondii.

Présentations par affiches

Anna Czubkowska, de l’Institut national de recherche vétérinaire de Pologne, a évalué la présence de pathogènes bactériens d'origine alimentaire dans le lait cru de vache dans le pays.

Un total de 100 échantillons de lait cru de vache en vrac provenant de différentes fermes laitières a été collecté en 2019. Yersinia enterocolitica a été retrouvé dans 24 pour cent des échantillons testés. Listeria monocytogenes a été détecté dans 14% des analyses. Campylobacter jejuni à 4 pour cent et un isolat de E. coli O157 ont également été identifiés.

Kathrin Hauser, de l'Agence autrichienne pour la santé et la sécurité alimentaire, a étudié la colonisation par Klebsiella pneumoniae de six personnes en bonne santé pendant un an en analysant un échantillon de selles par semaine. Au total, 80 isolats de Klebsiella pneumoniae provenant de cinq participants ont été obtenus.

Deux individus ont partagé plusieurs sous-types identiques de Klebsiella pneumoniae. Cela met en évidence le rôle potentiel de la nourriture en tant que réservoir pour les humains, car des repas partagés pourraient être identifiés entre les deux participants dans le délai correspondant.

Violeta Di Marzio, d'IZSAM en Italie, a examiné Klebsiella pneumoniae multirésistants dans des cuisses de poulet, des salades prêtes à consommer (PAC) et des carottes.

Un total de 60 échantillons de cuisses de poulet, de salades PAC et de carottes achetées chez différents distributeurs ont été examinés. Dix souches de Klebsiella pneumoniae ont été isolées dans des salades PAC, 54 souches ont été détectées dans des cuisses de poulet et quatre dans des carottes. Le pourcentage de souches multirésistantes dans des cuisses de poulet était significativement plus élevé que les autres types d'échantillons.

L'échange de signaux d'événements zoonotiques en Europe a fait l'objet d'une affiche de Maria Nöremark, de l'Institut national vétérinaire de Suède.

Le partage précoce des signaux d'événements zoonotiques peut être essentiel pour comprendre que des cas distincts font partie d'une épidémie et garantir la participation de secteurs tels que la santé publique, la sécurité sanitaire des aliments et la santé animale aux niveaux local, régional, central ou international.

La déclaration de maladies à déclaration obligatoire est réglementée, mais pour certains pathogènes et événements endémiques ou émergents, d'autres facteurs peuvent déclencher un signal, comme une augmentation inattendue des cas.

Dans six pays, des entretiens ont eu lieu avec des professionnels qui reçoivent et partagent des signaux d'événements zoonotiques potentiels. Les résultats préliminaires montrent que les contacts informels étaient très importants et le fait de connaître quelqu'un en personne facilite la signalisation. Une crainte d'une réaction excessive des autres secteurs a été décrite lorsque les signaux ont été partagés de manière anonyme. Des systèmes informatisés fonctionnant bien et non conviviaux ont été décrits, tout comme les obstacles juridiques au partage des données.

Une affiche de Thomas Haverkamp, de l'institut vétérinaire norvégien, a expliqué detection de Campylobacter dans la production de poulets à l'aide d'une analyse métagénomique de prélèvements d'air. Les résultats ont montré que la détection de Campylobacter était possible en utilisant la métagénomique shotgun de prélèvements de filtres à air.

Laura C. Gonzalez Villeta, de l'Université du Surrey, avait une affiche sur la compréhension de l'association entre les paramètres météorologiques les plus influents - à l'exception de la température - et l'incidence de la salmonellose.

Comprendre pourquoi l'incidence de Salmonella est conditionnée à certaines variables météorologiques aurait des applications pratiques en santé publique. Les chercheurs utiliseront des modèles et développeront un outil pour prédire la probabilité d'infection en fonction des variations météorologiques connues avant qu'une infection ne se produise.

Pikka Jokelainen, du SSI au Danemark, fait partie du projet TOXOSOURCES sur le parasite Toxoplasma gondii qui se poursuivra jusqu'en 2022. Le consortium examinera les contributions de différentes sources, telles que la viande et les produits réfrigérés prêts à consommer dans l'infection à Toxoplasma gondii afin d'obtenir les estimations les plus fiables possibles pour informer les gestionnaires de risques et les décideurs.

Une affiche de Beata Lachtara, de l'Institut national de recherche vétérinaire, a donné un aperçu de la présence de Listeria monocytogenes isolé d'aliments et de l'environnement associé à la production en Pologne.

Les 138 souches de Listeria analysées ont été collectées de 2013 à 2019 dans des environnements alimentaires, de viande crue et de production d'aliments prêts à consommer en Pologne. Les résultats ont montré que la structure de la population de Listeria était diverse. Sept types de séquences différents ont été identifiés parmi les souches testées qui ont été regroupées en trois complexes clonaux.