Réunion virtuelle européenne One Health, partie 1

« Des chercheurs présentent leurs travaux lors d'une réunion virtuelle One Health », source article de Joe Whitworth paru le 2 juin 2020 dans Food Safety News.

Note de l'éditeur: cet article, partie 1 sur 2, résume les présentations orales et par affiches de la réunion de trois jours du programme conjoint européen One Health.

Un projet européen contribuant à promouvoir le progrès scientifique sur les zoonoses d'origine alimentaire a tenu sa réunion annuelle virtuellement à cause de l'épidémie liée au coronavirus.

La deuxième réunion scientifique annuelle du programme commun européen One Health (OHEJP pour One Health European Joint Program) sur les zoonoses d'origine alimentaire, la résistance aux antimicrobiens et les menaces émergentes était prévue à Prague en République tchèque, la semaine dernière, mais avec la pandémie de COVID-19 la réunion physique a été annulée et remplacée par une réunion virtuelle.

Les 178 résumés soumis ayant déjà été évalués par le comité scientifique et le programme étant déjà rédigé, les organisateurs ont décidé d'accueillir l'événement en ligne avec des présentations orales et par affiches (posters).

Plus de 750 participants se sont inscrits à la réunion qui a eu Stef Bronzwaer, coordinateur de la recherche à l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), en tant qu'orateur principal.

L'OHEJP a débuté en 2018 et se termine fin 2022. Il est coordonné par l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments, de l'environnement et du travail (Anses) et implique 40 partenaires de 19 pays. D'un coût de 90 millions d'euros, 50% étant financés par la Commission européenne.

Présentations orales

Maaike van den Beld, de l'Institut national pour la santé publique et l'environnement (RIVM), a parlé de l'amélioration de la sécurité sanitaire des aliments grâce au séquençage du génome entier (WGS) et au partage des données.

Aux Pays-Bas, les données du WGS de la surveillance en laboratoire nationale de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) et Listeria par le RIVM sont partagées dans une base de données avec les données du WGS issues de la surveillance des aliments collectées par le Wageningen Food Safety Research à la demande de la Dutch Food and Consumer Product Safety Authority (NVWA).

Dans cette base de données, 1 578 isolats de Listeria étaient présents, soit 217 issus de cas groupés (clusters), dont 33 d'origine mixte. Au total, 95 clusters s'étalaient sur plus de deux ans. Pour le STEC sérotype O157, 190 des 205 isolats étaient d'origine humaine. Pour le sérotype O26, 102 des 112 isolats étaient d'origine humaine. Les autres STEC de types O comprennent près de 1 000 isolats, dont 59 pour cent sont humains.

Il existe des défis liés à l'espèce pour appliquer le WGS et le partage de données dans la surveillance nationale et le traçage des sources. Pour Listeria, le confinement du temps pour la détection des clusters et les stratégies d'intervention est compliqué. Pour les STEC, il y a un chevauchement minimal entre les isolats humains et alimentaires. Cependant, la surveillance par WGS et le partage de données en temps réel ont permis un traçage rapide des sources et une évaluation des éclosions et ont conduit à des mesures d'application mieux ciblées.

Claudia E. Coipan du RIVM a utilisé l'exemple d'une éclosion internationale à Salmonella Enteritidis liée à des œufs polonais pour voir si l'harmonisation des flux de travail du typage moléculaire était nécessaire.

Les chercheurs ont comparé les résultats de six flux de travail de typage différents utilisés par les autorités européennes de santé publique en termes de détection des clusters et de concordance. Ils ont analysé 180 isolats de cas confirmés et probables, représentatifs de la variation génétique de l'épidémie, et 22 isolats de Salmonella Enteritidis non apparentés. L'analyse indique que les différents flux de travail ont généré des clusters avec des compositions similaires.

Thomas Brauge de l'Anses a évoqué l'impact de deux désinfectants sur les cellules de Listeria monocytogenes en biofilm sur de l'acier inoxydable.

Le traitement au peroxyde d'hydrogène ou par un ammonium quaternaire n'a pas enlevé les cellules de Listeria sur les surfaces mais a changé l'état de viabilité cellulaire avec l'émergence d'une majorité de cellules viables mais non cultivables (VNC). Ces cellules VNC ont été transférées sur des tranches de hareng et sont revenues à un état viable et cultivable sur des milieux gélosés pendant la durée de conservation commerciale du hareng.

Julio Alvarez de VISAVET, Université Complutense de Madrid, a expliqué comment les isolats humains de Salmonella font l'objet systématiquement du séquençage du génome entier au Minnesota pour aider à investiguer sur les éclosions, ce qui augmente la capacité de relier les cas liés mais conduit à un retard dans l'identification des sérotypes des isolats cliniques et fait établir une relation entre les cas dans la première semaine après avoir signalé un problème.

Les chercheurs ont examiné des modèles temporels pour détecter les épidémies à Salmonella en l'absence d'informations sur les sérotypes. Les informations sur les patients signalés au département de la santé du Minnesota de 2005 à 2018 ont été utilisées. Les meilleurs modèles candidats ont pu identifier plus de 75% des éclosions connues dans la semaine suivant la notification des premiers cas. Les algorithmes développés ont pu identifier les éclosions connues sur une période de quatre ans et ils ont également révélé des éclosions potentiellement non résolues.

María Ugarte-Ruiz, de la même université, a couvert la détection et la caractérisation antimicrobienne de Salmonella dans les œufs issus de commerces de détail à Madrid.

L'isolement de Salmonella a été effectué à partir d'œufs produits en Espagne de 2003 à 2019 dans le cadre d'un programme de surveillance. Au cours de cette période de 19 ans, plus de 200 isolats ont été récupérés appartenant principalement aux sérotypes Enteritidis, Infantis, Rissen, Anatum et Typhimurium. Dans l'ensemble, les niveaux de résistance aux antimicrobiens étaient inférieurs à 10%, à l'exception de la ciprofloxacine, de l'acide nalidixique, de la tétracycline et de l'ampicilline, bien que les quantités varient également en fonction du sérotype.

Idesbald Boone, de l'Institut Robert Koch en Allemagne, a découvert que les aliments considérés comme présentant un risque élevé de provoquer des cas d'intoxication alimentaire associés aux soins de santé étaient servis aux patients.

L'enquête, parmi 33 établissements de santé italiens et allemands, a exploré la disponibilité des données, l'accessibilité et l'utilité des données alimentaires des patients dans les hôpitaux et les résidents des maisons de santé. Une variabilité a été observée dans la durée de stockage des données des menus alimentaires et de leurs formats, du papier aux bases de données électroniques consultables. En Italie, l'externalisation de la restauration a été associée à une prise de conscience non optimale de la disponibilité des données de traçabilité alimentaire.

Présentations par affiches

Gerald Umhang, de l'Anses, avait une affiche présentant le projet MEME qui a démarré en janvier 2020 et compte 20 partenaires dans 15 pays européens.

L'objectif est de combler les lacunes de la recherche dans la détection et le contrôle de l'échinococcose kystique (EK) et alvéolaire (EA). Produire des données épidémiologiques sur la présence d'œufs de Echinococcus multilocularis et de Echinococcus granulosus sensu lato dans la chaîne alimentaire va permettre de se concentrer sur les légumes destinés à la consommation humaine.

Dans le cadre du projet, il est prévu que des questionnaires ciblés soient élaborés pour un échantillon de patients atteints de EK dans certains hôpitaux et des témoins appariés, afin de faire progresser les connaissances sur les facteurs de risque liés aux aliments pour l'infection humaine.

Une affiche de Karin Troell, de l'Institut vétérinaire national suédois, décrit le consortium PARADISE. Ce projet, de 2020 à 2022, contribuera à développer des méthodes de lutte contre les parasites d'origine alimentaire dans la chaîne alimentaire de l'UE, car les investigations sur les éclosions et l'attribution des sources restent difficiles.

Eleonora Ventola, de l'Istituto Superiore di Sanità, en Italie, avait une affiche sur Yersinia enterocolitica dans les aliments. La yersiniose est la quatrième zoonose d'origine alimentaire la plus courante dans l'UE, selon le rapport sur les zoonoses de 2018.

En 2019, une enquête en Italie a estimé la contamination par Yersinia enterocolitica pathogène dans différents aliments, échantillonnés à différents stades de la chaîne de production. Au total, 437 échantillons, dont du porc, du bœuf, du sanglier et de la viande de poulet, du lait cru, des crustacés et des légumes frais, ont été analysés.

L'étude a révélé que les produits à base de porc étaient la catégorie la plus fréquemment contaminée par Yersinia enterocolitica. La présence de Yersinia a été évaluée à l'aide de la PCR en temps réel ciblée sur le gène Ail (impliqué dans l’attachement et l’invasion des cellules épithéliales) qui est considéré comme le marqueur de Yersinia enterocolitica pathogène. La présence de ce gène a été détectée dans 11 échantillons, tous provenant de viande de porc, de bœuf et de sanglier.

Une étude menée par Jacek Sroka, de PIWET, a estimé la prévalence de l'infection à Toxoplasma gondii chez des porcs et des bovins abattus pour la consommation humaine en Pologne. Des sérums de 3 111 porcs et 2 411 bovins de 16 régions ont été contrôlés. Des échantillons du diaphragme et du cœur d'animaux séropositifs ont été examinés pour l'ADN de Toxoplasma gondii.

Des résultats séropositifs ont été retrouvés chez 11,9% des porcs et 13% des bovins. L'analyse des données a montré que la séropositivité augmentait avec l'âge des bovins et les résultats séropositifs étaient plus fréquents chez les animaux des petites exploitations. La présence d'anticorps de Toxoplasma gondii chez les porcs et les bovins et la détection d'ADN parasitaire dans les tissus peuvent indiquer une menace potentielle pour la santé des consommateurs.