Les virus pourraient être plus difficiles à tuer après s'être adaptés à des environnements chauds

« Les virus pourraient être plus difficiles à tuer après s'être adaptés à des environnements chauds, source ACS News.

«Adaptation of Human Enterovirus to Warm Environments Leads to Resistance against Chlorine Disinfection, Environmental Science & Technology.

Les entérovirus et autres virus pathogènes qui pénètrent dans les eaux de surface peuvent être inactivés par la chaleur, le soleil et d'autres microbes, réduisant ainsi leur capacité à propager des maladies. Mais les chercheurs rapportent dans Environmental Science & Technology de l’ACS que le réchauffement climatique pourrait provoquer l’évolution des virus, ce qui les rend moins sensibles à ces désinfectants et à d’autres, comme le chlore.

Les entérovirus peuvent provoquer des infections aussi bénignes qu'un rhume ou aussi dangereuses que la polio. Retrouvés dans les matières fécales, ils sont rejetés dans l'environnement à partir des eaux usées et d'autres sources. Leur survie ultérieure dépend de leur capacité à résister aux conditions environnementales qu'ils rencontrent. Parce que la mondialisation et le changement climatique devraient modifier ces conditions, Anna Carratalà, Tamar Kohn et leurs collègues ont voulu savoir comment les virus pourraient s'adapter à de tels changements et comment cela affecterait leur résistance à la désinfection.

L'équipe a créé quatre populations différentes d'un entérovirus humain en incubant des échantillons dans l'eau du lac dans des flacons à 10°C ou 30°C, avec ou sans lumière solaire simulée. Les chercheurs ont ensuite exposé les virus à la chaleur, simulé la lumière du soleil ou le «grazing» microbien et ont constaté que les virus adaptés à l'eau chaude étaient plus résistants à l'inactivation thermique que les virus adaptés à l'eau froide. Peu ou pas de différence a été observée entre les quatre souches en termes d'inactivation lorsqu'elles sont exposées à une lumière solaire plus simulée ou à d'autres microbes.

Une fois transplantés dans de l'eau froide, les virus adaptés à l'eau chaude sont également restés actifs plus longtemps que les souches d'eau froide. De plus, ils ont mieux résisté à l'exposition au chlore. En somme, l'adaptation aux conditions chaudes a diminué la sensibilité virale à l'inactivation, de sorte que les virus dans les tropiques ou dans les régions touchées par le réchauffement climatique pourraient devenir plus difficiles à éliminer par chloration ou chauffage, selon les chercheurs. Ils disent également que cette plus grande résistance pourrait augmenter la durée pendant laquelle les virus adaptés à la chaleur seraient suffisamment infectieux pour rendre malade une personne qui entre en contact avec de l'eau contaminée.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

Une nouvelle étude devrait révolutionner la durée de conservation de la viande rouge

 « Une nouvelle étude devrait révolutionner la durée de conservation de la viande rouge », source BMPA.

Les résultats d'une étude scientifique conjointe entre la British Meat Processors Association (BMPA) et Meat and Livestock Australia prouvent que la durée de conservation actuellement recommandée de 10 pour la viande rouge réfrigérée peut être prolongée en toute sécurité sanitaire bien au-delà des directives actuelles de la Food Standards Authority (FSA). L'étude visait à reproduire les conditions et la température auxquelles la viande est susceptible d'être conservée dans un réfrigérateur domestique.

Si ces résultats sont mis en œuvre, ce serait une grande victoire pour l'environnement et pour les consommateurs qui jettent actuellement 3 milliards £ d’aliments chaque année (souvent dans des emballages non ouverts).

Un groupe, coprésidé par la BMPA, composé de l'industrie de la Food Standards Authority et de spécialistes des organisations professionnelles, est en train de rassembler des preuves supplémentaires à présenter à la FSA à la fin du mois de septembre. Ils mèneront d'autres évaluations des risques dans le cadre d'un examen rapide et publieront un rapport peu de temps après.

Le directeur des opérations techniques de BMPA, David Lindars, a commenté: « Nous espérons que le rapport final à la FSA conclura que l’évaluation des risques et la fixation de la durée de conservation reviendront aux exploitants du secteur alimentaire, comme cela a toujours été le cas depuis plus de trente ans. Il existe déjà une législation suffisante qui couvre la sécurité des aliments des produits vendus au consommateur final - la loi de 1990 sur la sécurité des aliments en est une parmi tant d'autres. »

Il s'agit d'une nouvelle importante pour les transformateurs de viande britanniques, car elle supprime un obstacle technique important au commerce, car le Royaume-Uni est actuellement le seul pays qui a appliqué et applique cette règle des 10 jours. L'application rigide de la règle désavantage les entreprises de viande britanniques qui souvent ratent des commandes à l'exportation ou sont obligées de vendre le produit à un prix inférieur à celui de leurs concurrents étrangers, car la durée de conservation plus courte permet aux acheteurs de négocier le prix à la baisse.

M. Lindars, qui a coordonné le projet de recherche, a dit: « La durée de conservation de la viande rouge fraîche entre 3°C et 8°C est d'une grande importance pour l'industrie. Nous espérons que ces nouvelles découvertes scientifiques donneront à la FSA les preuves dont elle a besoin pour retirer la viande rouge du guide afin que les transformateurs et les détaillants puissent appliquer des durées de conservation plus longues à leurs produits. »

La BMPA a mis le rapport de recherche complet à la disposition de toutes les entreprises opérant dans l'industrie britannique de la viande et à travers le monde afin que chacun puisse bénéficier de ces nouvelles preuves scientifiques. Cette recherche a également fait l'objet d'une revue par des pairs.

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A propos de la présence Listeria monocytogenes dans des fruits à noyau

Voici un article paru dans la revue International Journal of Food Microbiology qui traite de la survie d'une souche de sérotype 4b et d'une souche de sérotype 1/2a de Listeria monocytogenes, isolées lors d'une investigation d’une épidémie liée à des fruits à noyau, sur des fruits à noyau entiers à 4°C

Faits saillants

• La survie d’isolats naturels de Listeria monocytogenes sur les fruits à noyau a été analysée.
• Les effets de la souche et du type de fruit sur la survie ont été étudiés.
• Une méthode de rinçage des fruits entiers a été évaluée pour dénombrer Listeria monocytogenes.
• Deux milieux gélosé chromogènes ont été évaluées pour dénombrer Listeria monocytogenes.

Résumé

À l'été 2014, une éclosion de listériose dans plusieurs Etats des Etats-Unis associée à des fruits à noyau contaminés (pêche et nectarine) a été rapportée. Une souche de Listeria monocytogenes (Lm) de sérotype 4b de séquence type (ST) 382 a été isolée à partir d'échantillons cliniques et de fruits à noyau associés à l'éclosion.

Une souche de Lm de sérotype 1/2b ST5, Clonal Complex 5, a été isolée uniquement à partir de fruits à noyau associés à l'éclosion et non à partir d'échantillons cliniques.

Nous avons ici étudié le sort des souches de sérotype 4b et 1/2b, à deux niveaux d'inoculation (niveau élevé à 3,7 log UFC/fruit et niveau bas à 2,7 log UFC/fruit), sur les surfaces de pêche blanche, pêche jaune et nectarine jaune stockées à 4°C pendant 26 jours.

Après rinçage des fruits, nous avons déterminé les niveaux de Lm dans les rinçages et sur les pelures. Nous avons dénombré Lm en utilisant une méthode directe et comparé deux géloses chromogènes.

Les populations de Lm ont diminué rapidement au cours des trois premiers jours, puis ont diminué plus lentement jusqu'aux jours 19/21. La baisse maximale a été de 1,6 log UFC/fruit sur la pêche jaune inoculée avec le sérotype 4b à un niveau élevé.

Pour les fruits inoculés avec un taux élevé de Lm, le niveau le plus bas de Lm (1,7 log UFC/fruit) a été observé pour la pêche blanche inoculée avec le sérotype 1/2b, et le niveau le plus élevé de Lm (2,6 log UFC/fruit) aux jours 19/21 a été observée sur pêche jaune inoculée avec la souche de sérotype 1/2b.

Pour les fruits inoculés avec un faible niveau de Lm, le niveau le plus bas de Lm (1,3 log UFC/ fruit) a été observé sur la nectarine jaune inoculée avec la souche de sérotype 4b ou 1/2b, et le niveau le plus élevé de Lm (1,7 log UFC/ fruit) aux jours 19/21 a été observé sur des pêches jaunes inoculées avec ST382.

Les valeurs de D allaient de 15 à 28 jours. Lm est resté viable jusqu'à la fin du stockage (jour 26), mais les niveaux n'étaient pas significativement différents de ceux des jours 19/21.

Les types de fruits à noyau et la souche de Lm n'ont pas affecté de manière significative la survie de Lm. Ces résultats démontrent que les fruits à noyau contaminés peuvent comporter un risque potentiel de causer la listériose chez les populations sensibles. La comparaison des résultats de dénombrement direct en utilisant deux géloses chromogènes a montré que RAPID 'L. mono et Agar Listeria Ottavani & Agosti ont donné des résultats équivalents pour le dénombrement de Lm sur des fruits à noyau. Le rinçage des fruits a permis de récupérer 80% à 84% de Lm de la surface des fruits.

Mots clés

Listériose ; rinçage ; pêche, nectarine dénombrement ; essais.

NB. On pourra aussi lire ce texte, Listeria monocytogenes growth and survival on peaches and nectarines as influenced by stone fruit packing house operations, storage and transportation conditions, paru en janvier 2018.

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Les melons tranchés et les bactéries

« Des melons tranchés contaminés par des germes? L'hygiène et le refroidissement sont essentiels, ne surtout pas laver les melons », source Office d'État de Basse-Saxe pour la protection des consommateurs et la sécurité alimentaire (LAVES)

Les melons sont sains, rafraîchissants et faibles en calories. Les melons sont vendus au détail sous forme de fruits entiers ou en parties ou coupés en cubes. Mais ces fruits sont-ils plus sensibles à la contamination microbienne?

L'Institut alimentaire et vétérinaire de Braunschweig/Hanovre (LVI) de l'Office d'État de Basse-Saxe pour la protection des consommateurs et la sécurité alimentaire (LAVES) s'est penché sur cette question.

Dix prélèvements de melons tranchés ont été examinés cette année, en particulier pour les germes pathogènes tels que Salmonella et Listeria. Résultat: les germes pathogènes n'ont été détectés dans aucun échantillon.

Les germes adhèrent particulièrement bien à la peau de melon rugueuse et peuvent pénétrer dans la pulpe une fois coupés. Ces dernières années, les melons coupés ont également été à l'origine d'épidémies d'origine alimentaire. En Allemagne, une épidémie nationale à Salmonella a été attribuée à la consommation de pastèques pour la première fois en 2012, au moins cinq États fédéraux ont été touchés.

Les résultats microbiologiques actuels sont encourageants. Néanmoins, on peut supposer un danger potentiel de germes pathogènes dans les melons transformés, qui sont des aliments périssables. Les enquêtes se poursuivront dans l'intérêt de la protection de la santé des consommateurs.

Bilan. Un total de 69 échantillons de melons tranchés ont été examinés au LVI Braunschweig de 2016 à 2020. Le résultat est seul un échantillon déjà pâteux et dégageant une odeur aigre a été jugé inapte à la consommation. De plus, des niveaux élevés de germes ont été retrouvés. Dans 15 cas, les melons coupés ont été stockés insuffisamment ou non réfrigérés dans le magasin de vente.

Conseils d'achat. Cela doit être irréprochable visuellement sur des fruits frais et des mesures doivent être prises pour assurer un refroidissement adéquat dans le magasin de vente. Les fruits tranchés doivent être conservés à une température maximale de + 7°C et doivent également être consommés rapidement après l'achat ou réfrigérés immédiatement pour minimiser la croissance des germes.

Conseils d'hygiène. Même si les germes peuvent bien adhérer à la surface rugueuse du melon, le fruit ne doit pas être lavé avant d'être coupé. Parce que le lavage peut augmenter le risque de propagation d'agents pathogènes.

Afin de minimiser davantage la transmission éventuelle d'agents pathogènes à la pulpe, les règles d'hygiène doivent être strictement observées. Vous devez porter une attention particulière à la propreté des mains, des couteaux et des surfaces de travail.

Vous pouvez trouver des informations plus détaillées dans notre article sur Internet.

Comme indiqué dans cette étude en France sur l’analyse des risques liés aux fruits frais découpés,

Par manque de moyens techniques, par souci de garder un produit conditionné à moindre coût ou encore par choix de ne pas altérer la naturalité du produit, ces méthodes ne sont pas forcément employées actuellement, notamment au niveau des kiosques et laboratoires. Afin de conserver au mieux ces produits, la mise au froid reste la meilleure solution.

Commentaire. en faisant mes courses, je constate beaucoup trop souvent chez des marchands de fruits et de légumes à Paris la présence de barquette de fruits coupés et/ou tranchés à température ambiante … voir photo ci-dessous … 

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Prévention des maladies d'origine alimentaire lors de la conservation des aliments au chaud, selon le BfR

« Prévention des maladies d'origine alimentaire lors de la conservation des aliments au chaud », source avis du BfR n°029/2020 du 7 juillet 2020.

Résumé.

Les bactéries peuvent apparaître dans les aliments et produire des formes stables et permanentes (spores) qui ne sont pas tuées lorsque les aliments sont cuits, rôtis ou cuits au four. Si les plats préparés sont maintenus au chaud à des températures dans les cuisines privées et commerciales, toutes les spores qui ont survécu à la préparation initiale peuvent continuer à développer des bactéries viables qui peuvent à leur tour se multiplier dans les aliments. Une partie de ces bactéries sont capables de produire des métabolites dangereux (toxines). La consommation d'aliments contaminés par des toxines ou un nombre élevé de bactéries peut entraîner une maladie d'origine alimentaire avec diarrhée ou vomissements.

Pour cette raison, les aliments doivent être maintenus suffisamment chauds pour prévenir la croissance de agents pathogènes.

Le BfR a étudié scientifiquement les températures minimales à maintenir afin de prévenir les maladies d'origine alimentaire. L'analyse s'est concentrée sur les bactéries sporulantes de le groupe Bacillus cereus et Clostridium perfringens, qui peuvent se multiplier à températures et sont souvent la cause de maladies associées aux aliments chauffés.

Auparavant, le BfR recommandait de conserver les aliments au chaud à une température d'au moins 65°C. Une recherche dans la littérature actuelle et des simulations mathématiques ont montré que la croissance de B. cereus, B. cytotoxicus ou C. perfringens est peu probable à des températures supérieures à 57°C. Cependant, des études individuelles indiquent qu'une faible croissance des aliments est possible même à des températures plus élevées de 60°C. Sur la base de ces résultats, le BfR conseille désormais de conserver les aliments chauffés si chauds qu'ils maintient une température globale d'au moins 60°C avant consommation. Le groupe sur les dangers biologiques de l'EFSA (2016) note également que la plupart des cas de maladies d'origine alimentaire causées par B. cereus sont associés à des aliments crus ou cuits qui n'ont pas été conservés à des températures inférieures à 4°C ou au-dessus de 60°C.

Évaluation des risques pour la santé publique de la présence de Escherichia coli O157: H7 dans de la coriandre

Voici le résumé d'une étude sur l'évaluation des risques pour la santé publique de la présence de Escherichia coli O157: H7 dans de la coriandre.

Faits saillants

• Une évaluation quantitative des risques microbiologiques pour la présence de E. coli O157:H7 sur de la coriandre de la ferme à l'assiette a été réalisée.
• La probabilité d’être malade après avoir consommé de la coriandre fraîche a été estimée à très faible.
• De nombreuses maladies à E. coli O157:H7 peuvent survenir sans contrôle de la chaîne d'approvisionnement de la coriandre.
• Une eau d'irrigation de bonne qualité réduit le risque de maladie à E. coli avec de la coriandre.
• Une température de transport élevée augmente le risque de maladie à E. coli avec de la coriandre. 

Résumé

Cette étude visait à modéliser la croissance et la mort de Escherichia coli O157:H7 tout au long de la chaîne d'approvisionnement de la coriandre, de la ferme à l'assiette, afin d'étudier son risque pour la santé publique.

Les facteurs contributifs inclus dans le modèle étaient la contamination des exploitations par l'eau d'irrigation et les souillures, le rayonnement solaire, la récolte et les temps et températures de transport et de stockage.

Le modèle de risque développé a estimé les risques microbiologiques associés à E. coli O157:H7 dans la coriandre et déterminé les paramètres ayant le plus d'effet sur la concentration finale par portion pour les futures stratégies de réduction.

Les résultats ont montré une diminution similaire des concentrations de E. coli O157:H7 (valeurs médianes) le long de la chaîne d'approvisionnement pour la coriandre cultivée en hiver et en été. Avec une prévalence estimée à 0,1% de la contamination par E. coli O157: H7 pour la coriandre après la récolte utilisée à des fins d'illustration, le modèle prédit la probabilité de maladie de consommer de la coriandre fraîche comme très faible avec moins de deux cas de maladie pour chaque milliard de portions de coriandre (1,6 x 10^-9; 95e percentile). Bien que rares, 3,7% et 1,6% des scénarios réalisés dans ce modèle pour la coriandre cultivée respectivement en été et en hiver, entraînent plus de 10 cas par an aux États-Unis.

Cela se reflète dans la vie réelle où les maladies liée à de la coriandre sont rarement observées mais où des épidémies se sont produites. L'analyse de sensibilité et les analyses de scénarios ont démontré que la garantie d'une eau d'irrigation propre et de haute qualité et la prévention des abus de température pendant le transport de la ferme à la distribution sont essentielles pour réduire le risque global de maladie.

Le lait cru peut faire plus de mal que de bien, selon une étude de l'UC Davis

« Le lait cru peut faire plus de mal que de bien », source communiqué UC Davis.

Pas conservé correctement, c'est une source de microbes résistants aux antibiotiques

Selon une nouvelle étude de chercheurs de l'Université de Californie à Davis, le lait cru de vache ou le lait non pasteurisé de vache dans les magasins de détail américains peut contenir une énorme quantité de gènes de résistance aux antimicrobiens s'il est laissé à température ambiante. L'étude a également révélé que les bactéries qui hébergeaient des gènes de résistance aux antimicrobiens pouvaient les transférer à d'autres bactéries, propageant potentiellement la résistance en cas de consommation. L'étude a été publiée dans la revue Microbiome. L’étude est disponible intégralement et gratuitement.

«Nous ne voulons pas effrayer les gens, nous voulons les éduquer. Si vous voulez continuer à boire du lait cru, conservez-le dans votre réfrigérateur pour minimiser le risque de développer des bactéries avec des gènes de résistances aux antibiotiques», a dit l'auteur principal Jinxin Liu, chercheur en postdoc au Département des sciences et technologies alimentaires de l'UC Davis.

Manque de probiotiques

On estime que 3% de la population américaine consomme du lait non pasteurisé ou cru, qui n'a pas été chauffé pour détruire les agents pathogènes et prolonger la durée de conservation. Le lait cru est souvent présenté aux consommateurs comme fournissant en abondance des probiotiques ou des bactéries saines, par rapport au lait pasteurisé. Les chercheurs d'UC Davis n'ont pas trouvé que c'était le cas.

« Deux choses nous ont surpris », a dit Liu. « Nous n'avons pas trouvé de grandes quantités de bactéries bénéfiques dans les échantillons de lait cru, et si vous laissez le lait cru à température ambiante, il crée beaucoup plus de gènes de résistance aux antimicrobiens que le lait pasteurisé. »

Les bactéries dotées de gènes de résistance aux antimicrobiens, si ils sont transmis à un agent pathogène, ont le potentiel de devenir des «superbactéries», de sorte que les produits médicamenteux pour traiter l'infection ou la maladie ne fonctionnent plus. Chaque année, près de 3 millions de personnes contractent une infection résistante aux antibiotiques et plus de 35 000 personnes décèdent, selon les Centers for Disease Control.

Plus il est conservé longtemps, pire il devient

Les chercheurs de l'UC Davis ont analysé plus de 2 000 échantillons de lait vendu au détail dans cinq États, y compris le lait cru et le lait pasteurisé de différentes manières. L'étude a révélé que le lait cru avait la prévalence la plus élevée en microbes résistants aux antibiotiques lorsqu'il était laissé à température ambiante.

« Notre étude montre qu'avec tout abus de température dans le lait cru, intentionnel ou non, cela peut faire croître ces bactéries avec des gènes de résistance aux antimicrobiens », a dit la co-auteure Michele Jay-Russell, microbiologiste et responsable de l’UC Davis Western Center for Food Safety. «Cela ne va pas simplement l’altérer. C'est un risque très élevé s'il n'est pas géré correctement. »

Certains consommateurs laissent intentionnellement le lait cru reposer à l'extérieur du réfrigérateur à température ambiante pour fermenter, afin de fabriquer ce que l'on appelle du «clabber» (type de lait aigre ou lait caillé). Le co-auteur et président de Dairy Food Science, David Mills, a dit que si les consommateurs consomment du lait cru, ils ajoutent probablement un nombre élevé de gènes de résistance aux antimicrobiens dans leur intestin.

« Vous pourriez simplement inonder votre tractus gastro-intestinal avec ces gènes », a dit Mills. « Nous ne vivons plus dans un monde sans antibiotiques. Ces gènes sont partout, et nous devons faire tout notre possible pour arrêter ce flux dans notre corps. »

Bien que davantage de travaux soit nécessaire pour comprendre pleinement si les gènes de résistance aux antibiotiques dans le lait cru se traduisent par des risques pour la santé humaine, Mills suggère que les consommateurs utilisent plutôt une culture de démarrage (starter culture) s'ils souhaitent fermenter du lait cru, qui porte des souches spécifiques de bactéries pour inoculer le lait.

Évaluation des protocoles de chauffage et chimiques pour inactiver le SRAS-CoV-2, selon une équipe française

« Le coronavirus peut survivre à une longue exposition à des températures élevées, une menace pour le personnel de laboratoire du monde entier, selon un article », source SCMP du 14 avril 2020.

Des scientifiques français ont dû porter la température à presque au point d'ébullition pour tuer le virus.

Les résultats ont des implications pour la sécurité des techniciens de laboratoire travaillant avec le virus.

Le nouveau coronavirus peut survivre à une longue exposition à des températures élevées, selon une expérience menée par une équipe de scientifiques français.

Le professeur Remi Charrel et ses collègues de l'Université d'Aix-Marseille dans le sud de la France ont chauffé le virus qui cause le Covid-19 à 60°C pendant une heure et a constaté que certaines souches étaient encore capables de se répliquer.

Les scientifiques ont dû porter la température à presque le point d'ébullition pour tuer complètement le virus, selon leur article non revu par les pairs publié sur bioRxiv.org samedi. Les résultats ont des implications pour la sécurité des techniciens de laboratoire travaillant avec le virus.

L'équipe en France a infecté des cellules rénales de singe vert d'Afrique, un matériau hôte standard pour les tests d'activité virale, avec une souche isolée d'un patient de Berlin, Allemagne. Les cellules ont été chargées dans des tubes représentant deux types d'environnements différents, l'un «propre» et l'autre «sale» avec des protéines animales pour simuler la contamination biologique dans des échantillons réels, tels qu'un écouvillon oral.

Après le chauffage, les souches virales dans un environnement propre ont été complètement désactivées. Cependant, certaines souches des échantillons sales ont survécu.

Résumé

Des échantillons cliniques prélevés chez les patients COVID-19 sont généralement manipulés dans les laboratoires Biosafety Level-2 à des fins de diagnostic. Nous avons utilisé la norme française NF-EN-14476 + A2 dérivée de la norme européenne EN-14885. Pour éviter le risque d'exposition des travailleurs de laboratoire, nous avons montré que le sodium-dodécyl-sulfate et le Triton-X100 doivent être ajoutés aux tampons de lyse au thiocyanate de guanidinium pour obtenir une réduction de 6 log du virus infectieux. Le protocole de chauffage composé de 92°C-15 minutes était plus efficace que 56°C-30 minutes et 60°C-60 minutes pour atteindre une réduction de 6 log.

Les auteurs notent,

Considérant qu'une faible virémie au SRAS-CoV-2 est observée chez les patients COVID-19 même au stade aigu de la maladie, les protocoles 56°C-30min et 60°C-60min couramment utilisés avantcolor: black; l'apparition d’une sérologie sont suffisants pour inactiver le SRAS-CoV-2 comme recommandé avant le test sérologique pour d'autres virus ARN enveloppés.

Les échantillons traités en conséquence pourront également être détectés de l'ARN viral. En revanche, lorsque le traitement d'échantillons respiratoires présentant généralement des charges virales beaucoup plus élevées, seul le protocole 92°C-15min a montré une inactivation totale; cependant, si ce protocole est plus efficace pour l'inactivation que les deux autres, la réduction drastique des copies d'ARN qui sont détectables par la suite empêche son utilisation pour une détection par RT-qPCR ultérieure du SARS-CoV-2.

Pour ces derniers, l'inactivation à l'aide de de tampons VXL, ATL ou un tampon de lyse similaire doit être préféré.

Étant donné que les échantillons cliniques prélevés sur les patients suspects de COVID-19 sont couramment manipulés dans des laboratoires BSL-2, les résultats présentés dans cette étude devraient permettre de choisir le protocole le mieux adapté pour l’inactivation afin d'éviter l'exposition du personnel de laboratoire en charge de la détection directe et indirecte du SRAS-CoV-2 à des fins de diagnostic.

Référence

Evaluation of heating and chemical protocols for inactivating SARS-CoV-2

Boris Pastorino, Franck Touret, Magali Gilles, Xavier de Lamballerie, Remi N Charrel

doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.11.036855

Cet article est une préimpression et n'a pas été certifié comme revu par des pairs.

L’article intégral est ici.

La pandémie du COVID-19 ne devrait pas refluer avec le réchauffement du temps, selon des experts

« La pandémie du COVID-19 ne devrait pas refluer avec le réchauffement du temps, selon des experts », source article de Mary Van Beusekom paru le 8 avril dans CIDRAP News.

Bien que certains experts aient suggéré que la pandémie de COVID-19 se dissiperait avec les températures chaudes et l'humidité élevée à venir dans l'hémisphère Nord, le virus est peu susceptible d'être de nature saisonnière, selon un article publié hier par la National Academy of Sciences, Engineering and Medecine.

Les températures estivales ne signifient pas une propagation plus lente de la maladie

Dans le document, le Comité permanent des académies nationales sur les maladies infectieuses émergentes et les menaces pour la santé au 21e siècle a déclaré que le nombre d'études bien contrôlées montrant une survie réduite du coronavirus à des températures et une humidité élevées est faible et a encouragé la prudence à ne pas surinterpréter ces résultats en raison de la qualité des données variée et douteuse.

Même si la chaleur n'était pas favorable au COVID-19, « étant donné le manque d'immunité de l'hôte à l'échelle mondiale, cette réduction de l'efficacité de la transmission pourrait ne pas conduire à une réduction significative de la propagation de la maladie sans l'adoption concomitante d'interventions majeures en santé publique », ont-ils écrit. « Étant donné que les pays actuellement sous des climats estivaux, comme l'Australie et l'Iran, connaissent une propagation rapide du virus, il ne faut pas supposer une diminution des cas avec des augmentations d'humidité et de température ailleurs. »

Ils ont ajouté que ni les coronavirus qui causent le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), ni les souches grippales des pandémies précédentes n'ont montré de tendance saisonnière.

« Il y a eu 10 pandémies de grippe au cours des 250 dernières années voire plus - deux ont commencé au cours de l'hiver dans l'hémisphère Nord, trois au printemps, deux en été et trois à l'automne », ont-ils déclaré. « Tous ont connu une deuxième vague de pointe environ six mois après l'émergence du virus dans la population humaine, quel que soit le moment de l'introduction initiale. »

La courte durée des études et des hypothèses entravent la généralisation

Mettant en garde contre la difficulté de déterminer les différences saisonnières au sein d'une même région, car la pandémie a commencé il y a seulement 4 mois en hiver, principalement dans les latitudes nordiques, ils ont cité un certain nombre d'études sur le sujet.

Une première étude chinoise suggérant que, pour chaque augmentation de 1°C de la température, les cas quotidiens de coronavirus diminuaient de 36% à 57% lorsque l'humidité relative était de 67% à 85,5% et que, pour chaque augmentation de 1% de l'humidité relative, les cas quotidiens diminuaient de 11% à 22% lorsque la température moyenne était d'environ 5 à 8,2°C. « Mais ces résultats n'étaient pas cohérents à travers la Chine continentale », ont-ils déclaré.

Une autre étude chinoise a révélé que l'augmentation des températures et de l'humidité peut ralentir la reproduction des coronavirus, mais a identifié un R0 de près de 2, suggérant qu'il est toujours très contagieux dans ces conditions. (Le R0 [R-naught] est un reflet du nombre de personnes que chaque personne infectée infectera.)

Toujours en Chine, une étude a démontré une transmission soutenue du coronavirus malgré les conditions météorologiques changeantes dans différentes parties du pays qui allaient du froid et du sec au chaud et humide.

Une étude de 121 pays et régions a montré que le taux de croissance des cas étaient les plus élevés dans les régions tempérées et que le taux de croissance atteignaient un sommet dans les régions avec une température moyenne de 5°C et diminuaient dans les climats plus chauds et plus froids. Une autre étude portant sur 310 régions dans 116 pays a également révélé une relation inverse entre l'humidité et la température et l'incidence des coronavirus.

Une étude de Hong Kong a révélé que, dans une suspension de COVID-19 dans un milieu de transport de virus à 4°C, il n'y avait qu'une réduction d'unité de 0,6 log après 14 jours. À 22°C, il y avait une réduction de 3 log après 7 jours, et le virus était indétectable après 14 jours. À 37°C, il y a eu une réduction de 3 log après 1 jour et aucune détection de virus par la suite.

Les auteurs ont également discuté des résultats préliminaires d'expériences du laboratoire d'aérobiologie des maladies infectieuses du Centre national de recherche sur les primates de l'Université Tulane à La Nouvelle-Orléans, qui ont révélé que le COVID-19 persiste dans les aérosols à environ 20°C et 50% d'humidité plus longtemps que le virus de la grippe, le virus qui cause le SRAS, le virus de la variole du singe et la bactérie qui cause la tuberculose.

Différences dans le monde réel et les conditions de laboratoire

Les auteurs ont dit qu'il est difficile de mailler les résultats d'études de laboratoire expérimentales, qui peuvent contrôler certaines conditions environnementales (par exemple, l'humidité) mais ne reflètent généralement pas le monde réel, et les études d'histoire naturelle, qui reflètent le monde réel mais ne peuvent pas contrôler conditions environnementales et ont d'autres facteurs de confusion.

Par exemple, les coronavirus transmis d'humains naturellement infectés à l'environnement ont probablement des propriétés de survie différentes de celles des virus cultivés dans les milieux de culture tissulaire utilisés dans de nombreuses études de survie expérimentales, ont-ils déclaré.

Ils ont appelé à des études du virus dans la salive, les sécrétions nasales et des voies respiratoires inférieures, l'urine, le sang, les selles et la solution saline nébulisée. La possibilité de différences dans la viabilité environnementale des différentes souches de COVID-19 doit être étudiée via des isolats du début et de la fin de la pandémie et de différentes régions géographiques, ont-ils ajouté.

Chine : Le Covid-19 pourrait être sous contrôle d'ici fin avril, selon le plus grand expert chinois en maladies respiratoires

« Le Covid-19 pourrait être sous contrôle d'ici fin avril, selon le plus grand expert  chinois en maladies respiratoires  », source SCMP du 2 avril 2020. Article à prendre au conditionnel ...

Mais il reste à voir si le coronavirus qui le provoque ne reviendra pas au printemps prochain, explique Zhong Nanshan, qui dirige une équipe qui conseille le gouvernement sur la pandémie.

Alors que les pays du monde luttent contre leur propre crise sanitaire, l'une des meilleures choses qu'ils peuvent faire est de faire en sorte que les gens restent chez eux, dit-il

Zhong Nanshan, expert chinois, dit qu'il est convaincu que l'activité du coronavirus diminuera à des températures plus élevées.

Il me semble que cet avis n’est pas partagé par tous les des scientifiques, pour preuve cet article, « Le coronavirus est ‘très sensible’ aux températures élevées, mais ne comptez pas sur l'été pour le tuer, selon des études ».

Le pathogène semble se propager plus rapidement à 8,72°C, donc les pays dans les climats plus froids devraient ‘adopter les mesures de contrôle les plus strictes’, selon des chercheurs de l'Université Sun Yat-sen dans la province du Guangdong.

Mais le chef du programme des urgences sanitaires de l'OMS, Mike Ryan, dit que c'est ‘un faux espoir’ de penser que le Covid-19 disparaîtra comme la grippe.

La pandémie de Covid-19 pourrait être maîtrisée d'ici la fin du mois, mais l'incertitude demeure quant à savoir s'il y aura une autre épidémie de coronavirus au printemps prochain, a déclaré le principal expert chinois des maladies respiratoires.

« Chaque pays prenant des mesures agressives et efficaces, je pense que la pandémie peut être maîtrisée. Mon estimation se situe vers la fin avril », a déclaré Zhong Nanshan, qui dirige une équipe chinoise d'experts de haut niveau qui conseille le gouvernement sur la gestion de l'épidémie, dans une interview à la télévision de Shenzhen diffusée mercredi soir.

« Après la fin avril, personne ne peut dire avec certitude s’il y aura une nouvelle épidémie de virus au printemps prochain ou s’il disparaîtra avec un temps plus chaud ... même si l’activité du virus diminuera certainement à des températures plus élevées », a-t-il déclaré.

Zhong n'a pas dit comment il avait atteint ses prévisions, mais d'autres experts ont suggéré un délai similaire basé sur les derniers développements aux États-Unis et en Europe, qui sont les épicentres actuels de la crise sanitaire.

Mike Ryan, directeur du programme des urgences sanitaires de l'Organisation mondiale de la santé, a déclaré cette semaine qu'il y avait des signes de stabilisation de l'épidémie en Europe alors que les confinements imposés le mois dernier commençaient à porter leurs fruits.

Aux États-Unis, l'Institute of Health Metrics and Evaluation de l'Université de Washington a dit que les hôpitaux étaient susceptibles de faire face au pic de patients contaminés par le Covid-19 vers le 20 avril.

Sur les près d'un million d'infections confirmées dans le monde, plus de 215 000 se trouvent aux États-Unis, selon les derniers chiffres de l'Université Johns Hopkins.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies a déclaré qu'il y en avait plus de 421 000 dans l'Union européenne et la Grande-Bretagne, l'Italie et l'Espagne réunies représentant près de la moitié du total.

Zhong a déclaré que les gouvernements du monde entier doivent travailler ensemble pour lutter contre la pandémie.

« Des pays, y compris les États-Unis, ont adopté des mesures agressives et efficaces… [et] la mesure la plus primitive et la plus efficace consiste à faire en sorte que les gens restent chez eux », a-t-il déclaré.

Une étude de l'Imperial College de Londres publiée cette semaine estime que les 11 pays européens qui ont introduit des mesures de distanciation sociale ont contribué à réduire la propagation du coronavirus et à prévenir jusqu'à 59 000 décès.

Malgré les inquiétudes en Chine sur le risque de porteurs sans symptômesdu coronavirus , Zhong a déclaré qu'il était convaincu que les procédures de surveillance et les mesures de quarantaine déjà en place dans le pays seraient suffisantes pour prévenir une deuxième vague d'infections.

L'utilisation de tests d'anticorps en plus des tests sur écouvillon sur des personnes en quarantaine de 14 jours aiderait également les équipes médicales à identifier plus facilement les porteurs du coronavirus, a-t-il déclaré.

La Commission nationale de la santé de la Chine a déclaré que, mercredi, 1 075 porteurs asymptomatiques étaient actuellement sous observation médicale. 1 863 autres cas confirmés sont toujours traités à l'hôpital, dont 701 ont été importés, selon le communiqué.

Zhong a également parlé des effets à long terme possibles après avoir contracté le Covid-19. Le mois dernier, une étude de l'Autorité hospitalière de Hong Kong a révélé que certaines personnes qui s'étaient rétablies de la maladie avaient une baisse de la fonction pulmonaire de 20 à 30% et avaient des problèmes tels qu'un essoufflement lors de la marche rapide.

Zhong, cependant, a déclaré que sur la base de son observation des patients de Covid-19 et de ceux qui s'étaient rétablis de maladies similaires, comme le Sras (syndrome respiratoire aigu sévère), les lésions pulmonaires - principalement la fibrose pulmonaire - avaient tendance à ne pas être présente sur le long terme, et que la plupart les gens retrouvaient leur pleine santé en six à 12 mois.

Selon les chiffres de l'OMS publiés en 2004, 8 096 personnes dans le monde ont contracté Sras, dont 774 sont décédées, principalement en Chine continentale et à Hong Kong.

Complément du 2 avril 2020. Autre information différente selon SMCP du 3 avril, Coronavirus: la pandémie pourrait durer des mois, selon un expert de Hong Kong, alors qu'il conteste que la crise citée par des pairs chinois sera sous contrôle dans quelques semaines.

• Le professeur Gabriel Leung de l'Université de Hong Kong dit que l'été pourrait apporter une accalmie, mais pas à cause du temps plus chaud.
• L'expert chinois Zhong Nanshan avait prédit que des mesures de prévention énergiques pourraient voir la crise maîtrisée d'ici fin avril.