France : Rôle des mesures d’hygiène dans une usine de transformation de viande face au SRAS-CoV-2

Une étude française a été publiée dans International Journal of Food Microbiology et s’intitule, «An agent-based model to simulate SARS-CoV-2 contamination of surfaces and meat cuts in processing plants» ou Un modèle basé sur des agents afin de simuler la contamination par le SRAS-CoV-2 de surfaces et lors de la découpe de viande dans les usines de transformation.

Faits saillants

- Le port du masque réduit la contamination des surfaces et lors de la découpe de viande par le SRAS-CoV-2.

- Les pertes de production peuvent être importantes si aucune mesure préventive contre le COVID-19 n’est prise.

- Le port du masque a une forte influence sur l’apparition de clusters de COVID-19 dans les établissements alimentaires.

Résumé

Au début de la pandémie de COVID-19, plusieurs foyers de contamination ont été signalés dans des usines agroalimentaires en France et dans plusieurs pays du monde. Il est donc devenu nécessaire de mieux comprendre la transmission virale dans de tels environnements professionnels sous plusieurs angles : la protection des salariés dans les points chauds de circulation virale, la prévention des ruptures d’approvisionnement dues à la fermeture des usines, et la prévention de l’expansion des clusters due aux exportations de produits alimentaires contaminés par le virus vers d’autres endroits.

Cet article décrit une approche basée sur la simulation (utilisant des modèles basés sur des agents) pour étudier les effets des mesures prises pour prévenir la contamination des salariés, des surfaces et des produits alimentaires. Le modèle comprend des paramètres définis par l'utilisateur pour intégrer les caractéristiques liées au SARS-CoV-2 (variant préoccupant à considérer, apparition des symptômes…), les usines de transformation alimentaire (dimensions, ventilation…) et d'autres facteurs de transmission sociodémographiques basés sur des expériences en laboratoire. ainsi que des enquêtes industrielles et épidémiologiques. Des simulations ont été réalisées pour une usine de transformation de viande typique avec différents scénarios à des fins d’illustration. Les résultats suggèrent que l’augmentation du taux de port du masque entraîne une forte réduction de la probabilité d’observer des groupes de plus de 25 cas d’infection.

Dans le cas de clusters, le port du masque par tous les salariés a limité la présence de contamination (définie comme des niveaux d'au moins 5 log₁₀ copies d'ARN viral) sur la découpe de viande à moins de 0,05% et a maintenu la capacité de production de l'usine à des niveaux optimaux. L'augmentation de la distance moyenne entre deux travailleurs de moins de 1 m à plus de 2 m a réduit la probabilité d'apparition de clusters jusqu'à 15% ainsi que la contamination des produits alimentaires lors de situations de clusters.

L’approche développée peut ouvrir plusieurs perspectives en termes d’outils potentiels d’aide à la communication pour le secteur agroalimentaire et de réutilisations ou adaptations ultérieures à d’autres risques et environnements professionnels.

Commentaire

Rappelons qu’en France, la mesure de distance physique préconisée était 1,50 m. Sur ce sujet, on lira, Distance sociale ou distance physique, c'est quoi ? 1 m, 1,5 m ou 2 m ...

L'ECDC détaille l'augmentation du COVID-19 alors que de plus en plus de pays asiatiques rapportent des cas du variant BA.2.86

«L'ECDC détaille l'augmentation du COVID-19 alors que de plus en plus de pays asiatiques rapportent des cas du variant BA.2.86», source article de Lisa Schnirring paru le 7 septembre 2023 dans CISRAP News.

Les indicateurs du COVID augmentent en Europe à partir de niveaux très bas, probablement en raison de plusieurs facteurs, a dit le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) dans un rapport épidémiologique, ajoutant la mise en garde selon laquelle les données actuelles sont limitées, en raison de la réduction de repos et des déclarations. .

Par ailleurs, le Japon et la Corée du Sud ont signalé leurs premières séquences BA.2.86 hautement mutées, alors que d'autres pays ont téléchargé davantage de séquences dans des bases de données.

Les mutations rendent la circulation du COVID imprévisible

Les données provenant de 24 pays montrent une augmentation du taux de cas sur 14 jours, avec une croissance très limitée et d'une ampleur bien inférieure à celle des autres pics épidémiques, a indiqué l'ECDC. Les pays fournissant des données par âge montrent une augmentation des taux de cas chez les personnes âgées de 65 ans et plus, un groupe connu pour être plus à risque de développer une maladie grave. Dans le même temps, la positivité des tests a augmenté dans 12 des 19 pays déclarants.

Les niveaux d’hospitalisation et d’admission aux unités de soins intensifs sont restés stables, mais quelques pays ont signalé une augmentation des taux de mortalité dus au COVID, en particulier chez les personnes âgées.

Les grands rassemblements et l’augmentation des déplacements pendant les vacances d’été pourraient augmenter la transmission du COVID, et après plusieurs mois de faible transmission, la protection contre l’infection, mais pas contre les maladies graves, diminue probablement, a dit l’ECDC. L’agence a ajouté que jusqu'à présent, l'activité du virus ne s'est pas installée selon un schéma saisonnier, étant donné que le SRAS-CoV-2 peut acquérir des mutations qui le maintiennent en circulation à des moments imprévisibles de l'année.

L’augmentation de l’activité intervient dans un contexte d’augmentation de la proportion mondiale de variants XBB porteurs de la mutation F456L, ce qui confère à des variants tels que EG.5.1 un avantage sélectif. L’ECDC a toutefois ajouté qu’il n’existe aucune preuve que les virus XBB porteurs de la mutation F456L possèdent des caractéristiques qui les élèveraient d’un variant sous surveillance à un variant préoccupant.

Concernant le variant BA.2.86, l'ECDC a dit qu'une analyse phylodynamique non publiée suggère qu'il est apparu récemment, entre mai et juillet, et pourrait être lié à un taux de croissance plus élevé, étant donné sa détection dans plusieurs pays chez des personnes sans lien épidémiologique connu. L'ECDC a dit qu'il était trop tôt pour dire dans quelle mesure le virus fortement muté rivaliserait avec les variants XBB plus récents. L’ECDC a ajouté que des études récentes en laboratoire sur la neutralisation des pseudovirus suggèrent que l’immunité hybride, en particulier chez les personnes ayant reçu une dose de rappel et souffrant d’un variant XBB, offre une certaine protection contre BA.2.86.

Jusqu'à présent, il est peu probable que BA.2.86 conduise à une maladie plus grave ou réduise l'efficacité du vaccin contre une maladie grave, a dit l'ECDC.

«Cependant, les personnes âgées et celles souffrant de problèmes de santé sous-jacents restent exposées à un risque accru de maladie grave en cas d'infection», a dit Andrea Ammon, directrice de l'ECDC, dans un communiqué de presse. «Les programmes de vaccination d'automne devraient donc donner la priorité à la protection des personnes à risque de maladie grave. maladie, comme les personnes âgées de plus de 60 ans et d’autres groupes vulnérables.»

Davantage de pays signalent des séquences BA.2.86

Dans d'autres développements du BA.2.86, le Japon et la Corée du Sud font partie des pays qui ont téléchargé leurs premières séquences dans des bases de données, selon les scientifiques qui suivent les variants. Ailleurs en Asie, le Centre pour la protection de la santé de Hong Kong a dit aujourd'hui que la surveillance des eaux usées avait révélé la présence de BA.2,86 dans 1 échantillon sur 24.

Au Japon, le laboratoire Sato basé à l'Université de Tokyo est devenu aujourd'hui le quatrième à évaluer la neutralisation du BA.2.86, ce qui laisse entendre que le BA.2.86 est plus transmissible que le XBB.1.5 et est comparable ou supérieur au EG.5.1. Les expériences sur les pseudovirus suggèrent que le BA.2.86 est moins infectieux que EG.5.1. Contrairement aux trois autres études, différents types de sérums vaccinaux testés, y compris la version bivalente comprenant du BA.5, n'ont trouvé aucune activité de neutralisation contre le BA.2.86, ni contre EG.5.1.

Aux États-Unis, un échantillon a été téléchargé depuis Washington, ce qui porte à six le nombre d'États déclarant des échantillons.

Enfin, des chercheurs danois ont rendu compte aujourd'hui des 10 premiers cas impliquant le BA.2.86 dans le pays, signalés entre le 26 juillet et le 21 août. Dans Eurosurveillance, ils ont dit que 9 des patients avaient été testés sur la base d'indications cliniques et qu'un avait été testé. dans le cadre d'un projet de surveillance des lieux de travail.

Certains patients appartenaient au même foyer, mais la plupart n’avaient aucun lien épidémiologique ou géographique. La plupart n’avaient pas d’antécédents de voyage pertinents. Les symptômes étaient similaires à ceux des autres variants, principalement de la toux, un essoufflement et de la fièvre. Certains souffraient de maladies sous-jacentes ou suivaient un traitement immunomodulateur. Aucun des patients n’a présenté de maladie grave.

Notons que Santé publique France a annoncé dans un communiqué du 1er septembre 2023, un premier cas de variant BA.2.86 détecté en France.

Dans le cadre de la surveillance génomique du SARS-CoV-2, pilotée par Santé publique France avec le CNR Virus des Infections Respiratoires, et des activités du consortium EMERGEN, un cas de variant BA.2.86 a été détecté dans le Grand Est, à partir des prélèvements de la dernière enquête Flash hebdomadaire du 21/08/23. Des investigations sont en cours afin de récolter des informations complémentaires sur ce premier cas.

France : Le variant Omicron de la COVID comporte 4 fois plus de risques de décès que la grippe, selon de nouvelles données

«France : Le variant Omicron de la COVID comporte 4 fois plus de risques de décès que la grippe, selon de nouvelles données», source article de Mary Van Beusekom paru le 25 août 2023 dans CIDRAP News.

Le risque de décès dû à l'infection par le SRAS-CoV-2 Omicron était quatre fois plus élevé que celui dû à la grippe fin 2022 et début 2023 en France, rapporte un chercheur de la Harvard Medical School dans Epidemiology & Infection.

Le biostatisticien Edward Goldstein a estimé la contribution des infections à la grippe et au variant Omicron aux décès toutes causes confondues en France pour les saisons grippales 2014-2015 à 2018-2019, ainsi que de la semaine 33 2022 à la semaine 12 2023.

«Pour de nombreux décès associés à la grippe et aux infections à Omicron, ces virus ne sont pas détectés, ni répertoriés comme cause contributive de décès», a-t-il écrit.

Une plus grande couverture vaccinale contre la grippe est nécessaire

Après l’émergence du variant Omicron en 2022, la France a connu une proportion élevée d’admissions en réanimation et de décès dus à des causes autres que la COVID-19 par rapport aux variants précédents.

La grippe était liée à une moyenne annuelle de 15 654 décès au cours des saisons 2014-15 à 2018-19 et à 7 851 décès de la semaine 33 de 2022 à la semaine 12 de 2023. Au cours de cette dernière période, 32 607 personnes sont décédées de la COVID-19, ou de leurs décès étaient liés à la maladie.Les infections à Omicron n’ont pas été enregistrées comme cause contributive de nombreux décès attribués à des maladies cardiaques, à des troubles mentaux et à d’autres causes sous-jacentes. Par exemple, on estime qu’il y a eu 23 983 décès associés au SRAS-CoV-2 entre la semaine 33 et la semaine 52 en 2022, contre 12 811 décès indiquant la COVID-19 sur le certificat de décès et 8 639 décès dus à la COVID-19 à l’hôpital.

En France, les taux de vaccination contre la grippe parmi le personnel des EHPAD sont faibles, même si la vaccination entraîne une réduction significative des décès toutes causes confondues parmi les résidents pendant les saisons grippales, a noté Goldstein.

Les résultats «suggèrent la nécessité d'augmenter la couverture vaccinale contre la grippe dans différents groupes de population en France et d'une détection plus large des infections grippales lors des épisodes de maladies respiratoires (y compris la pneumonie) en combinaison avec l'utilisation de médicaments antiviraux», a-t-il écrit. «Pour les futures épidémies d'Omicron, une détection plus large des infections à Omicron chez les personnes présentant des problèmes de santé sous-jacents est nécessaire.»

De la protection des travailleurs essentiels de l'alimentataire contre l'infection par le SRAS-CoV-2

Les éditeurs de la revue de l’ASM, Applied and and Environmental Microbiology, ont sélectionné des articles dans le numérode juillet de la revue, et parmi eux, voici «Protecting Essential Food Workers against SARS-CoV-2 Infection» (Protéger les travailleurs essentiels de l'alimentataire contre l'infection par le SRAS-CoV-2). L'article est disponible en intégralité.

Les expositions professionnelles prolongées dans les zones de production et de transformation des aliments ont augmenté le risque d'infection par le SRAS-CoV-2 pour les salariés essentiels. À l'aide d'un cadre d'évaluation quantitative microbienne, Cooper et al. ont démontré l'efficacité des interventions groupées de contrôle des infections et de la vaccination pour réduire (> 99 %) le risque d'infection cumulé quotidien dans les environnements clos et en plein air.

Résumé

Les salariés essentiels du secteur alimentaire présentent des risques élevés d'infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) en raison d'expositions professionnelles prolongées dans les zones de production et de transformation des aliments, de transports partagés (voiture ou bus) et de logements partagés fournis par l'employeur. Notre objectif était de quantifier le risque cumulé quotidien d'infection par le SRAS-CoV-2 pour les salariés sains et sensibles et d'évaluer la réduction relative du risque attribuable aux interventions de l'industrie alimentaire et à la vaccination. Nous avons simulé les expositions quotidiennes au SRAS-CoV-2 des salariés des produits agricoles à l'intérieur et à l'extérieur à l'aide de six scénarios de modèle d'évaluation quantitative des risques microbiens (QMRA). Pour chaque scénario, la dose virale infectieuse émise par un travailleur symptomatique a été calculée sur les voies de transmission par aérosol, gouttelettes et fomite. Les interventions standard de l'industrie (distanciation physique de 2 m, lavage des mains, désinfection des surfaces, masquage universel, ventilation) ont été simulées pour évaluer les réductions de risque relatives par rapport au risque de base (aucune intervention, distance de 1 m). La mise en œuvre des interventions de l'industrie a réduit le risque relatif d'infection d'un salarié à l'intérieur de 98,0% (0,020 ; intervalle d'incertitude à 95% [II], 0,005 à 0,104) par rapport au risque de base (1,00 ; II 95%, 0,995 à 1,00) et le risque relatif d'infection d'un salarié à l'extérieur de 94,5% (0,027 ; II 95%, 0,013 à 0,055) par rapport au risque initial (0,487 ; II 95%, 0,257 à 0,825). L'intégration de ces interventions avec des vaccinations par ARNm à deux doses (efficacité de 86 à 99%), représentant l'immunité protectrice d'un salarié contre l'infection, a réduit le risque relatif d'infection par rapport au niveau de référence pour les salariés à l'intérieur de 99,9 % (0,001 ; II 95%, 0,0002 à 0,005) et travailleurs extérieurs de 99,6% (0,002 ; II 95%, 0,0003 à 0,005). La mise en œuvre cohérente d'interventions combinées de l'industrie, associées à la vaccination, réduit efficacement les risques élevés d'infection par le SRAS-CoV-2 acquise au travail auxquels sont confrontés les salariés de la production.

Importance

Il s'agit de la première étude à estimer le risque quotidien d'infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans divers environnements intérieurs et extérieurs pertinents pour les salariés de l'alimentaire (par exemple, transport partagé [voiture ou bus], installation fermée de transformation des produits et salle de pause qui l'accompagne, champ extérieur de récolte des produits, installation d'habitation partagée) par le biais d'un cadre d'évaluation quantitative des risques microbiens.

Notre modèle a démontré que le risque quotidien élevé d'infection par le SRAS-CoV-2 subi par les salariés des produits agricoles à l'intérieur et à l'extérieur peut être réduit en dessous de 1% lorsque les vaccinations (efficacité optimale du vaccin, 86 à 99%) sont mises en œuvre avec les stratégies de contrôle des infections recommandées (par exemple, lavage des mains, désinfection des surfaces, masquage universel, distanciation physique et ventilation accrue). Nos nouveaux résultats fournissent des estimations du risque d'infection spécifique à un scénario qui peuvent être utilisées par les gestionnaires de l'industrie alimentaire pour cibler des scénarios à haut risque avec des stratégies efficaces de réduction des infections, qui ont été éclairées par des estimations de modélisation plus réalistes et axées sur le contexte du risque d'infection auquel sont confrontés les salariés essentiels. de l’alimentaire au quotidien.

Les interventions groupées, en particulier si elles incluent la vaccination, entraînent des réductions significatives (> 99%) du risque quotidien d'infection par le SRAS-CoV-2 pour les salariés essentiels de l'alimentaire dans des environnements clos et en plein air.

Une étude propose la première preuve d'une base génétique expliquant pourquoi certaines personnes ne présentent aucun symptôme de la COVID-19

«Une étude propose la première preuve d'une base génétique expliquant pourquoi certaines personnes ne présentent aucun symptôme de la COVID-19», source article de Mary Van Beusekom paru le 20 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Une mutation génétique courante peut être la raison pour laquelle certaines personnes ont la COVID-19 mais ne présentent aucun symptôme, selon une étude dirigée par l'Université de Californie de San Francisco (UCSF) et publiée dans Nature.

Les chercheurs ont noté qu'au moins 20% des personnes infectées par le virus de la COVID-19 ne se sentent jamais malades. «Bien que la plupart des efforts mondiaux se soient concentrés sur les maladies graves de la COVID-19, l'examen de l'infection asymptomatique offre une opportunité unique d'examiner les caractéristiques immunologiques précoces qui favorisent une clairance virale rapide», ont-ils écrit.

L'équipe, qui comprenait également des scientifiques de l'Université La Trobe en Australie, d'autres chercheurs américains et un scientifique britannique, a recruté 29 947 personnes avec des données de génotypage à haute résolution de l'antigène leucocytaire humain (HLA) dans une étude sur smartphone pour surveiller les symptômes et les résultats de la COVID-19 de février 2020 à avril 2021. Ils ont également analysé les cellules de ceux qui avaient le variant génétique HLA9-B*15:01 qui avaient donné du sang plusieurs années avant la pandémie.

Les chercheurs ont émis l'hypothèse qu'une mutation HLA pourrait être la raison pour laquelle certaines personnes infectées sont capables d'esquiver les symptômes de la COVID-19 en éradiquant rapidement le virus. L'étude s'est concentrée sur 1 428 personnes non vaccinées qui ont été testées positives pour le SRAS-CoV-2.

Les gènes HLA codent pour des protéines que le système immunitaire utilise pour identifier les cellules saines et celles infectées par des bactéries ou des virus.

Le système immunitaire est prêt à reconnaître le SARS-CoV-2

Sur les 29 947 participants, 136 (0,45%) étaient asymptomatiques pendant au moins 2 semaines avant et après un résultat positif. Le test de deux groupes indépendants pour un lien entre cinq emplacements HLA génomiques avec l'évolution de la maladie a révélé une forte relation entre HLA-B*15:01 et l'infection asymptomatique.

Cette mutation, trouvée chez environ 10% de la population, a été détectée chez 20% des participants à l'étude qui ne sont jamais tombés malades, contre 9% de leurs homologues malades. Les participants qui portaient deux copies du variant génétique étaient plus de huit fois plus susceptibles de ne présenter aucun symptôme. Les facteurs de risque de la COVID-19 sévère (par exemple, l'âge avancé, la présence de maladies chroniques telles que le diabète) ne semblaient pas affecter le statut asymptomatique.

Les personnes atteintes de la mutation avaient des lymphocytes T à mémoire (un type de globules blancs) contre une certaine particule du SRAS-CoV-2. En d'autres termes, ceux qui n'ont pas été exposés au SRAS-CoV-2 avaient déjà été exposés à des virus similaires et avaient développé une mémoire immunologique contre cette particule.

Virus éliminé avant l'apparition des symptômes

«Nous avons émis l'hypothèse que leur système immunitaire pourrait réagir si rapidement et puissamment que le virus a été éliminé avant de provoquer des symptômes», a déclaré le co-auteur principal Jill Hollenbach de l'UCSF, dans un communiqué de presse de l'Université de Caroline du Nord. «C'est comme avoir une armée qui sait déjà quoi chercher et qui peut dire par l'uniforme que ce sont les méchants.»

La plupart des cellules T réactives avaient un phénotype mémoire, étaient multifonctionnelles et réagissaient de manière croisée à un peptide dérivé de coronavirus saisonniers. «Ainsi, même si les méchants changeaient d'uniforme, l'armée serait toujours en mesure de les identifier par leurs bottes ou peut-être un tatouage sur leurs bras», a déclaré Danillo Augusto de l'Université de Caroline du Nord, dans le communiqué. «C'est ainsi que notre mémoire immunologique fonctionne pour nous maintenir en bonne santé.»

L'étude des réponses immunitaires «pourrait nous permettre d'identifier de nouvelles façons de promouvoir la protection immunitaire contre le SRAS-CoV-2 qui pourraient être utilisées dans le développement futur de vaccins ou de médicaments», a déclaré la co-auteur principal Stephanie Gras de l'Université La Trobe, un communiqué de presse de l'UCSF.