Des études mettent en lumière les infections liées à E. coli pathogènes en Irlande et au ténia au Pérou

«Des études mettent en lumière les infections liées à E. coli pathogènes en Irlande et aux parasites au Pérou», source Food Safety News.

Des chercheurs ont examiné les tendances des infections sporadiques à E. coli producteur de shigatoxines (STEC) en Irlande.

La République d'Irlande rapporte souvent le taux d'incidence annuel le plus élevé de STEC dans l'Union européenne. Il existe une forte proportion d'infections sporadiques à STEC et elles sont souvent associées à des expositions environnementales.

Les chercheurs ont étudié des modèles spatiaux et temporels des STEC en Irlande à l'aide d'outils statistiques. La compréhension des schémas spatiaux et temporels de l'infection éclaire les interventions ciblées de surveillance et de contrôle. Les résultats ont été publiés dans la revue Emerging Infectious Diseases.

Sur 2 783 cas sporadiques confirmés entre 2013 et 2017, les scientifiques ont géorelié 2 755 cas à une zone spatiale distincte. Les cas sporadiques étaient plus fréquents dans les zones rurales que dans les sites urbains.

Ils ont identifié trois régions distinctes comme ayant des taux de récurrence des clusters spatio-temporels particulièrement élevés. Ceux-ci se trouvaient au sud-ouest et à l'est de la ville de Limerick et au nord-est de la ville de Galway, indiquant la présence de réservoirs persistants de STEC dans ces zones qui provoquent une exposition et une transmission régulières.

Les sérogroupes les plus fréquemment confirmés associés à l'infection étaient E. coli O26 et E. coli O157. Parmi les sérogroupes restants, STEC O145, O103 et O146 étaient les seuls associés à plus de 50 cas d’infections confirmées.

E. coli par période et tranche d'âge

Les chercheurs ont observé une augmentation annuelle du nombre de cas avec 463 en 2013 et 674 en 2017. L'infection par STEC O157 a légèrement augmenté au cours de la période d'étude, avec une diminution marquée en 2015. L'incidence de STEC O26 a augmenté de janvier 2013 à avril 2016, puis a diminué. D'autres sérogroupes ont connu une augmentation progressive au cours de la période d'étude.

Les taux d'incidence cumulatifs temporels ont montré un pic annuel à la fin de l'été et au début de l'automne; les pics maximaux se produisaient généralement en juillet. Les infections à STEC O157 présentent les taux les plus élevés de septembre à octobre, tandis que STEC O26 signale un pic en juillet. Les cas urbains ont connu un pic annuel de juillet à septembre, tandis que les cas ruraux ont connu un pic plus long mais décroissant de mai à octobre.

Les cas attribués à une infection secondaire telle que la transmission de personne à personne et ceux provenant de l'extérieur de l'Irlande ont été exclus.

Un nombre de cas nettement plus élevé a été retrouvé chez des enfants de moins de 5 ans avec 1 101 cas confirmés. Il y avait une association significative entre l'infection à STEC O26 et la catégorie des moins de 5 ans. Les personnes de pus de 65 ans ont également été touchées de manière disproportionnée, représentant 462 cas. Les femmes étaient légèrement plus touchées que les hommes.

Les infections parmi la sous-population des moins de 5 ans ont culminé de mai à juillet, tandis que les cas chez les personnes plus âgées sont survenus de juillet à août, suivis d'un pic secondaire plus faible en octobre.

Réduire la tæniasis

Une autre étude dans EID a démontré que le contrôle de Taenia solium peut être réalisé en utilisant la technologie existante.

La taeniasis est une infection parasitaire qui peut être causée par Taenia solium (ténia du porc). Les humains peuvent être infectés en mangeant du porc cru ou insuffisamment cuit. Les symptômes sont généralement légers ou inexistants, mais les infections à Taenia solium peuvent entraîner une cysticercose, une maladie qui peut provoquer des convulsions et des lésions musculaires ou oculaires. Les ténias peuvent causer des problèmes digestifs, notamment des douleurs abdominales, une perte d'appétit, une perte de poids et des maux d'estomac.

Les scientifiques ont mené un essai randomisé sur deux ans de 2015 à 2017 au Pérou en affectant 23 villages à l'une des trois interventions géographiquement ciblées.

Pour le dépistage, les participants vivant à proximité de porcs atteints de cysticercose ont été dépistés pour la téniase; les cas identifiés ont été traités par niclosamide. Dans le traitement, ceux vivant à proximité de porcs atteints de cysticercose ont reçu un traitement présomptif au niclosamide. Dans le traitement de masse, les personnes recevaient un traitement au niclosamide tous les six mois, quel que soit le lieu.

Les chercheurs ont découvert que l'administration ciblée de niclosamide pour traiter et prévenir la téniase humaine dans une stratégie et l'administration uniforme dans l'administration massive de médicaments réduisaient toutes deux efficacement la transmission de Taenia solium. Il y avait également des réductions significatives de la séroincidence chez les porcs avec toutes les approches.

Ils ont ajouté que les résultats de la prévalence de la téniase humaine à la fin de l'étude doivent être interprétés avec prudence car aucune mesure de base n'a été prise. Au total, 7 248 personnes sur 8 873 ont accepté le traitement et 6 537 ont fourni un échantillon de selles post-traitement. La prévalence non ajustée de la téniase était de 17 sur 2 349 dans le dépistage, de 29 sur 2 206 dans le traitement et de 8 sur 1 977 dans le traitement de masse.

Des hauts et des bas dans les données liées au COVID-19 peuvent être causés par des pratiques de communication des données

« Des oscillations dans les données liées au COVID-19 peuvent être causés par des pratiques de communication des données », source ASM News.

• Les données sur les cas et les décès du COVID-19 montrent des oscillations régulières.
• Une nouvelle analyse des chiffres nationaux et locaux attribue ces oscillations aux pratiques de communication des données.
• Les résultats suggèrent que les modèles épidémiologiques devraient tenir compte des problèmes de diagnostic et de notification.

Alors que les données s'accumulent sur les cas et les décès liés au COVID-19, des chercheurs ont observé des schémas de pics et de vallées qui se répètent presque chaque semaine. Mais comprendre ce qui motive ces modèles est resté une question ouverte.

Une étude publiée cette semaine dans mSystems rapporte que ces oscillations proviennent de variations dans les pratiques de test et de rapports de données, plutôt que de pratiques sociétales concernant la façon dont les personnes sont infectées ou traitées. Les résultats suggèrent que les modèles épidémiologiques de maladies infectieuses devraient prendre en compte les problèmes de diagnostic et de notification.

« La pratique d'acquisition de données est parfois aussi importante que les données elles-mêmes », ont dit le biologiste informatique Aviv Bergman de l'Albert Einstein College of Medicine de New York, et le microbiologiste Arturo Casadevall  de la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health à Baltimore, Maryland. Bergman et Casadevall ont travaillé sur l'étude avec Yehonatan Sellac de Albert Einstein College, et le médecin Peter Agre de Johns Hopkins.

L'étude a commencé lorsque Agre, qui a co-remporté le prix Nobel de chimie en 2003, a remarqué que les fluctuations hebdomadaires précises des données étaient clairement liées au jour de la semaine. « Nous sommes devenus très méfiants », a dit Bergman.

Les chercheurs ont collecté le nombre total de tests quotidiens, de tests positifs et de décès dans les données nationales américaines sur 161 jours, de janvier à fin juin. Ils ont également collecté des données spécifiques à New York et des données spécifiques à Los Angeles de début mars à fin juin. Pour mieux comprendre les modèles oscillants, ils ont effectué une analyse du spectre de puissance, qui est une méthodologie pour identifier différentes fréquences dans un signal. (Il est souvent utilisé dans le traitement du signal et de l'image, mais les auteurs pensent que ce nouveau travail représente la première application aux données épidémiologiques.)

L'analyse a mis en évidence un cycle de 7 jours d'augmentation et de baisse des nouveaux cas nationaux et des cycles de 6,8 jours et 6,9 jours à New York et à Los Angeles, respectivement. Ces oscillations se reflètent dans des analyses qui ont montré, par exemple, que le taux de mortalité est plus élevé en fin de semaine ou en fin de semaine.

Alarmés par la cohérence du signal, les chercheurs ont cherché une explication. Ils ont rapporté qu'une augmentation des rassemblements sociaux le week-end n'était probablement pas un facteur, car le temps entre l'exposition au coronavirus et l'apparition des symptômes peut aller de 4 à 14 jours. Des analyses antérieures ont également suggéré que les patients reçoivent des soins de moindre qualité plus tard dans la semaine, mais la nouvelle analyse n’a pas soutenu cette hypothèse.

Les chercheurs ont ensuite examiné les pratiques de déclaration. Certaines régions, comme New York et Los Angeles, rapportent des décès selon le moment où l'individu est décédé. Mais les données nationales publient les décès en fonction du moment où le décès a été signalé et non du moment où il s'est produit. Dans les grands ensembles de données qui indiquent la date du décès, plutôt que la date du rapport, les oscillations apparentes disparaissent. Des écarts similaires dans la notification des cas expliquent les oscillations retrouvées dans les nouvelles données de cas.

Les auteurs de la nouvelle étude notent que les interactions du week-end ou la qualité des soins de santé peuvent influencer les résultats, mais ces facteurs sociétaux ne contribuent pas de manière significative aux schémas répétés.

« Ces oscillations sont un signe avant-coureur de problèmes dans la réponse de santé publique », a déclaré Casadevall.

  

Les chercheurs ont souligné qu'il n'existe aucun lien entre le nombre de tests et le nombre de cas, et qu'à moins que les pratiques de communication des données changent, les oscillations resteront. « Et tant qu'il y aura des personnes infectées, ces oscillations, dues aux fluctuations du nombre de tests administrés et rapportés, seront toujours observées », a déclaré Bergman, « même si le nombre de cas diminue. »

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous !

Eclosions saisonnières liées à Salmonella Typhimurium chez des passereaux, des chats domestiques et des humains en Suède

Un passereau

Vient de paraître dans Eurosurveillance, un article sur « Eclosions saisonnières liées à Salmonella Typhimurium chez des passereaux, des chats domestiques et des humains en Suède ».

Je vous propose la traduction de la discussion.

La plupart des cas de salmonellose en Suède sont liés à des voyages à l'étranger ou à des aliments contaminés, mais la survenue de cas associés à des chats dans les premiers mois de l'année est connue de manière anecdotique depuis de nombreuses années.

Nous avons utilisé des données nationales provenant de sources multiples couvrant la période 2009-2016 pour montrer que des épidémies multi-espèces de S. enterica subsp. Enterica serovar Typhimurium (STm) associées aux passereaux se produisaient chez les passereaux, les chats domestiques et les humains au cours des premiers mois de certaines années, possiblement provoquées par les fluctuations de la population de passereaux et les événements de migration de masse.

Les données de Birdwatcher confirment que les passereaux en Suède recherchent des habitations humaines pour se nourrir en grand nombre certaines années, ce qui entraîne des niveaux d’exposition variables à STm associée aux passereaux d’une année sur l’autre, tant pour les chats domestiques que pour les humains.

Les facteurs sous-jacents de ce phénomène sont probablement complexes. De nombreuses espèces d'arbres produisent de grandes cultures de semences par intermittence, avec une production faible ou nulle pendant les années intermédiaires ; ces cycles peuvent être synchrones sur de grandes zones géographiques, affectant ainsi l'écologie des espèces animales qui se nourrissent des graines de l'arbre.

Par exemple, on sait que la production de graines d'épicéa et de bouleau influe sur la taille de la population et les mouvements hivernaux des chenilles rouges et des tarins des aulnes d'Europe, avec des années d'irruptions provoquant de faibles semis et une mortalité accrue.

D'autres facteurs, tels que la culture de semences de l'année précédente, les conditions météorologiques et la disponibilité de sources de nourriture alternatives (telles que les semences de plantes annuelles) ont également été pensés pour déclencher une migration irrégulière parmi les passereaux.

La prédation sur des oiseaux affaiblis avec une septicémie possible, par ex. autour des mangeoires pour oiseaux, est la voie d’infection la plus probable pour les chats, exposant probablement le chat à une dose infectieuse élevée.

L'incidence humaine de STm associée aux passereaux était significativement plus élevée dans les régions boréales du nord et du centre de la Suède.

Bien que cela puisse être un artefact du nombre limité d'observations et d'années d'échantillonnage, ainsi que d'autres incertitudes liées à la sous-déclaration de salmonellose chez l'homme, il est biologiquement plausible, que la Suède, du centre au nord étant plus riche en habitats forestiers d'épicéas et de bouleaux, a par conséquent des populations plus importantes d’espèces de passereaux.

Nous notons également une faible incidence dans la région de la capitale, le comté de Stockholm. Moins de ménages dans le comté de Stockholm que dans tout le pays ont un ou plusieurs chats (10% contre 17%) et plus de ménages vivent dans des immeubles à appartements (59% contre 41%). Ainsi, il est probable qu'une proportion plus faible de la population du comté de Stockholm interagisse avec un mangeur d'oiseaux de jardin ou un chat d'extérieur, par rapport aux autres comtés de la zone boreo-némorale, ce qui entraînerait probablement une exposition moindre à STm associée aux passereaux.

En Suède, STm associés aux passereaux chez les humains semblent toucher plus souvent les jeunes enfants et les personnes âgées. Il est possible que ces groupes soient davantage exposés aux chats d'extérieur, aux mangeoires d'oiseaux et aux environnements de jardin.

En outre, STm associée aux passereaux semble biaisée par l'hôte et ne possède pas de plasmide de virulence retrouvé dans de nombreuses autres souches de STm, caractéristique associée à un risque plus faible d'infection grave chez l'homme. Les adultes en bonne santé peuvent donc être hypothétiquement moins vulnérables à l’infection par ce variant de STm qu’avec d’autres variants.

Nous avons observé que STm associée aux passereaux était fortement saisonniers chez les passereaux, les chats et les humains. Les trois types d'hôtes ont connu un pic au début de l'année, en particulier en mars, des cas humains continuant de se produire au début de l'été, lorsque le nombre de cas chez les chats et les oiseaux a diminué.

Il est concevable que des oiseaux asymptomatiques ou une contamination persistante de l'environnement continuent de causer ces infections humaines plus tard dans la saison. Le pic de cette variante de STm contraste avec les autres infections domestiques à STm et la salmonellose en général en Suède, qui culmine à la fin de l'été.

La MLVA ainsi que le séquençage du génome complet ont confirmé le lien entre les différents hôtes de l'agent pathogène, bien que, comme prévu, les données de séquençage se soient révélées plus informatives.

L'épidémie de 2016 n'était pas clonale, ce qui correspond à une épidémie causée par des déclencheurs environnementaux agissant simultanément sur plusieurs sources d'infection - dans ce cas, des populations de passereaux dans différentes régions, par opposition aux souches hautement clonales fréquemment rencontrées chez une source unique, par exemple, des éclosions d'origine alimentaire.

Les données présentées doivent être interprétées avec prudence, car elles reposent largement sur une surveillance clinique passive. Une observation continue sur des périodes plus longues est donc justifiée. Cependant, bien que nous soyons loin de comprendre ce phénomène complexe, nous proposons que l'observation d'un nombre élevé de passereaux tels que le tarin des aulnes et le sizerin commun eurasiens en hiver puisse être utilisée comme un avertissement précoce d'un risque accru d'épidémies de salmonellose chez les chats et les humains.

Les sizerins flammés et les tarins des aulnes d'Eurasie sont des résidents dans la majeure partie du nord de l'Eurasie et plus au sud, par exemple. en Europe centrale et dans les Alpes, et sont aussi présents de manière saisonnière dans la plupart des pays d'Europe continentale.

Le bouvreuil eurasien réside dans la plupart des pays d’Europe. Comme mentionné précédemment, des épidémies de salmonellose chez ces oiseaux ont été signalées dans plusieurs pays européens.

En Amérique du Nord, le sizerin flammé commun est co-présent avec le tarin des pins (Spinus pinus), un proche parent du sizerin eurasien, les deux espèces connaissant des foyers périodiques de salmonellose.

Nos résultats sont donc susceptibles d'avoir des conséquences pour la santé publique et animale en dehors de notre zone d'étude en Suède. Les méthodologies de typage telles que MLVA et le séquençage du génome complet ont facilité l'échange de données entre les secteurs vétérinaire et de la santé publique, ainsi que la découverte de lignées distinctes d'agents pathogènes, améliorant ainsi la capacité de suivre la propagation zoonotique de bactéries.

L'utilisation continue de ces méthodes, ainsi que l'analyse rétrospective des isolats historiques et le partage international de données, devraient révéler davantage de lignées de STm adaptées à l'hôte et de liens épidémiologiques entre animaux et humains dans les années à venir.

Référence. 
Söderlund Robert, Jernberg Cecilia, Trönnberg Linda, Pääjärvi Anna, Ågren Erik, Lahti Elina. Linked seasonal outbreaks of Salmonella Typhimurium among passerine birds, domestic cats and humans, Sweden, 2009 to 2016. 
Eurosurveill. 2019;24(34):pii=1900074. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2019.24.34.1900074