Typage de Salmonella et les laboratoires nationaux de référence de l'UE

« Deux laboratoires rencontrent des problèmes dans le typage de Salmonella », source article de Joe Whitworth paru le 7 mai 2020 dans Food Safety News.

Selon un nouveau rapport, deux laboratoires n'ont pas obtenu de bonnes performances lors du test de contrôle qualité initial de 2018 sur le typage de Salmonella.

Les laboratoires nationaux de référence (LNR) des États membres de l'UE participent à des tests de contrôle de la qualité qui consistent en des tests de compétence sur Salmonella. La performance est évaluée chaque année en testant la capacité d'identifier 20 souches de Salmonella. L'objectif est d'évaluer si le typage des souches de Salmonella par les laboratoires a été effectué de manière uniforme et si des résultats comparables ont été obtenus.

En plus de la méthode standard de typage de Salmonella qui est le sérotypage, 12 laboratoires ont effectué un typage au niveau de l'ADN en utilisant l'électrophorèse sur en champ pulsé (PFGE).

Bien que les laboratoires n'aient pas été identifiés, l'un était un LNR de l’UE et l'autre un LNR non de l’UE. L'un d'eux a signalé une fréquence de sérotypage quotidienne avec 6 000 souches sérotypées en 2018 et 450 souches PFGE typées. L'autre laboratoire a enregistré une fréquence de trois fois par semaine avec 400 souches sérotypées en 2018.

L'étude de suivi du sérotypage en mars et avril 2019 a impliqué le typage d'un ensemble supplémentaire de 10 souches de Salmonella. Les résultats ont montré que les deux participants ont réalisé une bonne performance. Le critère de cette performance est inférieur à quatre points de pénalité, qui sont donnés pour un typage incorrect des souches. Aucun LNR de l'UE n'a obtenu une performance «non bonne» dans les études de 2016 ou 2017.

Sérotypage et résultats par PFGE

L'Albanie, la Macédoine du Nord et la Serbie, pays candidats à l'adhésion à l'UE, l'Islande, la Norvège et la Suisse, pays de l'AELE, et Israël ont participé à l'évaluation 2018 organisée par le Laboratoire de référence de l'Union européenne (EURL) pour Salmonella. Le laboratoire d eréférence de l’UE pour Salmonella se trouve à l'Institut national de la santé publique et de l'environnement (RIVM) aux Pays-Bas.

Les 36 laboratoires ont effectué le sérotypage. Les antigènes O ont été typés correctement par 28 des 35 participants. Cela correspond à 98% du nombre total de souches. Les antigènes H ont été typés correctement par 23 des 35 laboratoires, ce qui correspond à 97% du nombre de souches. En conséquence, 20 participants ont donné les noms des sérovars corrects, correspondant à 96% de toutes les souches évaluées.

Le sérotypage de Salmonella Cannstatt (1,3,19:m,t:-) a causé le plus de problèmes dans l'étude avec 10 participants ayant des problèmes.

Pour la sixième et dernière fois, l'étude a également inclus le typage PFGE. La PFGE est une méthode de typage plus détaillée parfois nécessaire pour retrouver la source d'une contamination. Pour le contrôle de la qualité, les participants ont reçu 11 autres souches de Salmonella à tester par cette méthode. Dix des 12 laboratoires étaient équipés pour utiliser la méthode PFGE.

Dans l'ensemble, 82% des scores étaient bons ou excellents. Cependant, deux des 12 images ont donné un mauvais score sur au moins un des sept paramètres. Selon le rapport, les deux images ne conviendraient pas pour la comparaison de la base de données inter-laboratoires de ces profils PFGE.

Évaluation par l’ECDC de Salmonella

Les résultats d'une évaluation différente du typage de Salmonella ont également été publiés par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

Il était destiné aux laboratoires nationaux de référence en santé publique du réseau des maladies d'origine alimentaire et hydrique et des zoonoses de l'ECDC (FWD-Net) et organisé par le Statens Serum Institut au Danemark entre juin et octobre 2018.

La salmonellose était la deuxième zoonose la plus courante dans l'UE en 2017 avec plus de 90 000 cas. De 2008 à 2017, une tendance à la baisse des cas confirmés a été observée pour 25 pays qui ont systématiquement signalé au cours de la période. Cependant, entre 2013 et 2017, la tendance générale n'a montré aucune augmentation ou diminution significative.

Cette série a évalué la capacité des laboratoires à effectuer une analyse MLVA pour Salmonella Enteritidis et à identifier un groupe basé sur le typage moléculaire par PFGE, MLVA et/ou des données dérivées du séquençage du génome entier (WGS).

Sur les 26 participants qui se sont inscrits, 23 l'ont complété et ont soumis leurs résultats.

Dix des 23 laboratoires ont effectué le typage MLVA de Salmonella Typhimurium, mais seulement deux ont signalé des profils alléliques corrects pour les 10 isolats testés. Dix des 23 participants ont effectué un typage MLVA de Salmonella Enteritidis et sept ont enregistré les profils alléliques corrects pour tous les isolats testés.

Le nombre de participants à l’analyse MLVA pour Salmonella Typhimurium était inférieur à celui des années précédentes. Cela reflète une tendance, où davantage de laboratoires passent à la surveillance basée sur le WGS et à la détection des épidémies en utilisant le WGS au lieu de l’analyse MLVA, selon l'ECDC.

Treize participants ont effectué l'analyse des groupes d’isolats à l'aide de données dérivées de la PFGE et neuf ont correctement identifié les groupes d'isolats étroitement apparentés.

Plusieurs résultats incorrects et challenges de la méthode PFGE mettent en évidence le problème que de nombreux laboratoires utilisent encore, et continueront probablement à utiliser, la méthode PFGE pendant plusieurs années. La valeur ajoutée de cette méthode est de faire le lien entre les bases de données historiques PFGE et les données WGS, selon le rapport.

Douze laboratoires ont effectué une analyse des isolats groupés en utilisant des données dérivées du WGS et 10 ont correctement identifié le groupe d'isolats étroitement apparentés parmi les 12 isolats testés.

Selon le rapport, il existe des difficultés dans la comparabilité interlaboratoires entre les États membres en ce qui concerne la surveillance et les investigations sur les éclosions lorsque différentes méthodes sont utilisées. Malgré l'utilisation croissante du WGS comme outil de typage pour les grandes épidémies, de nombreux laboratoires utilisent encore la PFGE pour la surveillance primaire et l'investigation des épidémies.

CoVID-19: On peut connaître le nombre tests hebdomadaires réalisés par les laboratoires de ville et hospitaliers, mais on est hélas encore loin des 500 000 voir 700 000 tests par semaine

Dans l’article « Comment faire pour connaître le nombre de tests COVID-19 par jour en France ? Mission impossible, pour l'instant ! », j’ai essayé de comprendre comment obtenir le nombre de tests hebdomadaire en France.

J’ai à peu compris comment cela fonctionne …

On apprend « COVID-19 Point épidémiologique hebdomadaire du 30 avril 2020 » de Santé publique de France, on apprend que dans les laboratoires hospitaliers :

« Du 24 février au 26 avril 2020, 548 767 tests et 111 113 (20%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France. »

Par lien « COVID-19 Point épidémiologique hebdomadaire du 23 avril 2020 » de Santé publique de France, on apprend que dans les laboratoires hospitaliers :

Du 24 février au 19 avril 2020, 457 287 tests et 102 358 (22%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France.

Ce qui revient à dire que du 19 au 26 avril 2019, il a été réalisé dans les laboratoires hospitaliers : 91 480 tests !

Selon le site, cascoronavirus.fr, « Les données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19 sont datées du 27 avril 2020 par Santé publique. »

Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés.

188 125 tests réalisés ; 33 051 (18,2%) tests positifs ; 148 690 (81,8 %) tests négatifs  

On connaît donc désormais l'ensemble des chiffres des laboratoires hospitaliers et des laboratoires de ville...

En additionnant, les tests réalisés par les laboratoires hospitaliers, 91 480, et ceux des laboratoires de ville, 188 125, nous obtenons 279 605 tests en une semaine …

Rappelons que le chiffre de 700 000 avancé par le Premier ministre a été établi sur la base des recommandations du Conseil scientifique.

« Parce que le Conseil scientifique nous dit à ce stade que les modèles épidémiologiques prévoient entre 1 000 et 3 000 cas nouveaux chaque jour à partir du 11 mai. »

« Parce qu'à chaque nouveau cas correspondra en moyenne le test d'au moins 20 à 25 personnes l'ayant croisé dans les jours précédents », a expliqué le Premier ministre.

« 3 000 multiplié par 7 (jours) puis par 25, cela donne 525 000 tests par semaine. 700 000, cela nous donne la marge qui nous permettra de mettre en plus en œuvre des campagnes de dépistage comme nous l'avons déjà engagé dans les Ehpad notamment. »

On progresse mais on en est encore très loin à ce jour des annonces ...

NB : Le site du CEBM de l'Université Oxford indique pour la France au 1er mai 2020, 1 100 228 tests, soit 16 856 tests par million d'habitants depuis le début de l'épidémie.

Mise à jour du 2 mai 2020. Le Figaro du 2 mai 2020  s’est penchée sur l'épineuse question, « Combien de tests PCR fait-on vraiment en France ? »

Le ministre de la santé explique sur LCI qu’il arrive à 280 000 tests par semaine après avoir appelé toutes les agences régionales de santé. 

Des chiffres malheureusement invérifiables puisque non-disponibles. En additionnant les 13 rapports des branches régionales de Santé publique de France, dont certaines comptabilisent plus de laboratoires de ville que les « 3 labo » (), on obtient un peu plus de 170 000 tests par semaine. Soit 46 000 de plus que le bilan national … mais 110 000 de moins que ce que promet le ministre. A moins de 10 jours du 11 mai, il n’y a en réalité aucun moyne de savoir exactement combien de tests virologiques sont réalisés par semaine. Un très mauvais signe avant le déconfinement.

Les chiffres que j'avance sont en conformité avec les dires du ministre de la santé ...

Mise à jour du 7 mai 2020. Le même journaliste que dans la précédente mise à jour, Cyrille Vanlerberghe, nous explique de nouveau, dans Le Figaro.fr du 6 mai 2020, qu'il existe Un flou persistant sur le nombre de tests en France.

À quelques jours du déconfinement, on ne connaît toujours pas précisément les capacités globales ou locales de dépistage dans le pays.

J'ai essayé en vain de le contacter pour lui indiquer ma méthode de calcul, mais l'adresse mail pour joindre ce journaliste du Figaro est régulièrement retournée sans suite ...

Mise à jour du 18 mai 2020. Le journal Le Monde, dans une mise à jour du 16 mai 2020, revient sur Coronavirus : le difficile comptage des tests effectués en France.

Le gouvernement vise 700 000 tests virologiques par semaine pour identifier les nouveaux cas de Covid-19. Mais les données publiques disponibles ne permettent pas de les recenser.

Comment faire pour connaître le nombre de tests COVID-19 par jour en France ? Mission impossible, pour l'instant !

Libération dans un article du 15 mars 2020 tente de répondre la question « Covid-19 : est-il vrai que la France est incapable de compter le vrai nombre de tests pratiqués chaque jour ? »

Vous lirez l’article mais il termine par cette phrase, « De prochains chiffres devraient être donnés jeudi par Santé publique France dans son bulletin épidémiologique hebdomadaire. Sans aucune assurance qu’y soient compilés les tests oubliés des laboratoires privés. » 

Le Figaro du 29 avril 2020 se pose aussi des questions,

Coronavirus : la France teste-t-elle plus ou moins que les autres pays ?

Alors que le déconfinement à partir du 11 mai se précise, où l'Hexagone se situe-t-il en matière de politique de dépistage ?

La réponse s’il y en a une est dans l’article réservé aux abonnés …

Big Brother vous regarde

Pour Médiapart du 29 avril 2020, l’affaire semble entendue, il y a à propos des tests COVID-109, « la défaillance organisée au sommet de l’Etat ». Article réservé aux abonnés.

Le gouvernement, incapable à ce jour de connaître les capacités des laboratoires sur son territoire à réaliser des tests, s’est tourné vers un cabinet privé pour réaliser un audit. Enquête sur le désastreux pilotage des tests Covid-19.

Le constat est implacable : face à la pandémie de Covid-19, la France n’est pas en capacité de tester massivement la population, comme l’OMS le recommande depuis le début de la crise sanitaire. Et si le 11 mai, le pays ne peut pas amorcer un déconfinement dans de bonnes conditions, c’est en grande partie à cause de l’invraisemblable retard pris sur les tests. Les annonces fracassantes d’Édouard Philippe sur ce point, qui promet désormais 700 000 tests virologiques par semaine, ne font plus illusion. « On ne sera évidemment pas prêt le 11 mai », confie le chercheur au CNRS Philippe Froguel, directeur de la plateforme de génomique Ligan, à Lille.

Comme vous pouvez le constater depuis l’article du 15 mars paru dans Libération, on n’en sait pas beaucoup plus au 29 avril 2020, plus d’un mois plus tard ...

En fait ce qui est rapporté par Médiapart était connu depuis un certain temps, comme en témoigne cet article de L’Opinion du 30 mars 2020, « Coronavirus: pourquoi la France manque de tests de dépistage du Covid-19 ».

A la demande de l’OMS, le gouvernement change de stratégie et promet d’atteindre « des capacités massives de dépistage » au Covid-19. Une étape cruciale pour lever le confinement… Mais la France en a-t-elle les moyens ?

A ce stade, je résume, on ne fait pas assez de tests semble-t-il mais aussi, on manquerait de tests, un remake des masques ?

France Inter du 21 avril 2020 nous dit « pourquoi la montée en puissance des tests en France prend autant de temps »

Pour atteindre l'objectif visé de 500 000 tests par semaine le 11 mai, les autorités ont augmenté le nombre de laboratoires autorisés à faire des tests. Laboratoires publics de recherche, laboratoires vétérinaires, laboratoires de la gendarmerie sont pourtant inégalement sollicités.

On apprend aussi,

Pour le directeur général de la Santé, à 20 jours du début du déconfinement, « l'urgence est de gérer l'épidémie, de connaître TOUS les porteurs du virus et donc ce sont les tests virologiques qu'il faut privilégier aujourd'hui. » Ces tests, réalisés avec la technique de PCR, « il faut que toutes les personnes symptomatiques puissent l'avoir » a-t-il insisté.

Sauf que depuis cet article, il y a eu l’intervention du Premier ministre qui a dit le 28 avril 2020 devant la représentation nationale, « Le gouvernement compte passer à 700 000 tests par semaine, soit le double des capacités actuelles ».

Certains médias ont confondus le type de tests et RTL parle de tests sérologiques alors que les tests annoncés sont des tests par PCR.

Cela étant, le chiffre de 700 000 a été établi sur la base des recommandations du Conseil scientifique.

« Parce que le Conseil scientifique nous dit à ce stade que les modèles épidémiologiques prévoient entre 1 000 et 3 000 cas nouveaux chaque jour à partir du 11 mai. »

« Parce qu'à chaque nouveau cas correspondra en moyenne le test d'au moins 20 à 25 personnes l'ayant croisé dans les jours précédents », a expliqué le Premier ministre.

« 3 000 multiplié par 7 (jours) puis par 25, cela donne 525 000 tests par semaine. 700 000, cela nous donne la marge qui nous permettra de mettre en plus en œuvre des campagnes de dépistage comme nous l'avons déjà engagé dans les Ehpad notamment. »

Alors tester les nouveaux cas et leurs contacts mais on ne parle toujours pas de tester des asymptomatiques ...

Alors le ‘retard’ dans les tests d’où vient-il ?

Public Sénat du 27 avril 2020 nous dit à propos des tests Covid-19, « les laboratoires en attente d’une «stratégie de dépistage claire ».

Après des débuts désordonnés, les laboratoires français, souvent confrontés au manque de matériel, s’organisent pour tenter de répondre à l’objectif du gouvernement pendant la période de déconfinement : réaliser entre 500 000 et 700 000 tests par semaine.

« … sur le terrain bon nombre de médecins et biologistes déplorent une insuffisance de moyens : manque de réactifs, d’écouvillons pour mener à bien les tests Covid ou encore de milieux de transport pour acheminer rapidement les échantillons. » 

La mise en place tardive du remboursement du test Covid-19 par la sécurité sociale n’a rien arrangé. 

D’après le président du Syndicat national des médecins biologiste, l’autre raison du retard vient de la sous-utilisation des laboratoires publics. Certains se sont très vite rendus disponibles mais il a fallu attendre début avril qu’un décret valide le recours aux laboratoires départementaux. « Ce blocage de l’État nous a fait perdre un temps précieux et plusieurs milliers de dépistages ».

Alors comme indiqué dans l’article « COVID-19 et tests: Le nombre de tests hebdomadaire est nettement en dessous des déclarations du ministre de la santé », il existe deux sources d’informations que je qualifierais de partielles :

Le point épidémiologique de Santé publique de France, dont le dernier point date du 23 avril 2020.

Au 21 avril 2020 (12h), sur 137 867 tests réalisés dans les LBM du réseau 3 labo (Cerba, Eurofins Biomnis), 29 763 étaient positifs pour le SARS-CoV-2, soit un taux de positivité de 22%.

On apprend aussi que dans les laboratoires hospitaliers :

Du 24 février au 19 avril, 457 287 tests et 102 358 (22%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France.

Une autre souce, cascoronavirus.fr, présente des statistiques des tests de dépistage du coronavirus COVID-19 France

Les données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19 sont datées du 24 avril 2020 par Santé publique.

Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés.

174 327 tests réalisés ; 32 627 (18,7 %) tests positifs ; 141 700 (81,3 %) tests négatifs.

Il me semble que ces données sont plus élevées que celles de du point épidémiologique précité parce que cela concerne tous les laboratoires de ville et non pas le réseau de trois laboratoires.

A suivre ...

Comment la France doit-elle s’organiser pour faire face aux épidémies ?, selon rapport de mission du Pr Raoult de juin 2003

Comment la France doit-elle s’organiser pour faire face aux épidémies ?, source IHU Marseille.

Rapport de Mission du Pr Didier Raoult établie en juin 2003 (pdf).

Extrait de la lettre de mission des ministères de la santé et de la recherche,

Extrait d’un tout petit élément du rapport,

Il y a un danger incontestable de voir apparaître un nouveau virus ou un mutant grippal équivalent à celui de la grippe espagnole transmissible par aérosol, qui se répandrait extrêmement rapidement par les voyages et serait susceptible d’entraîner une épidémie aux conséquences incalculables de plusieurs millions de morts. Les épisodes viraux respiratoires récents ont avortés (Nipah virus, Paramyxovirus equin, nouveau mutant grippal aviaire de Hong Kong). Toutefois, le risque de diffusion mondiale est toujours grand. La préparation à une telle hypothèse doit être renforcée.

Je reprends la dernière phrase du rapport dans les conclusions,

Au total, le pays a montré ces dernières années une capacité limitée à gérer les problèmes infectieux, ce qui entraîne qu’il est un des moins bien préparés à un problème d’épidémie massive. Seul un véritable effort politique comprenant la définition d’une priorité nationale, la mise en place de moyens financiers suffisants et la volonté de réorganiser et de coordonner l’ensemble des efforts, avec une relance de l’enseignement de base dans ce domaine, permettra de faire face aux risques à venir.

Rapport à lire et à méditer pendant que vous restez chez vous ...