«Des chercheurs montrent l’impact spécifique des pathogènes lié aux mesures du COVID-19», source article de Joe Whitworth paru le 4 octobre 2023 dans Food Safety News.
Selon une analyse des pathogènes au cours de la pandémie de coronavirus, les infections à Listeria et à E. coli sont revenues aux niveaux attendus plus rapidement que les cas à Salmonella.
Des chercheurs ont examiné l’impact de la réponse à l’épidémie du COVID-19 sur les tendances des infections gastro-intestinales à l’aide des données de surveillance de six systèmes nationaux coordonnés par l’UK Health Security Agency (UKHSA).
Après des diminutions lors du premier confinement de mars à mai 2020, les pathogènes bactériens et parasitaires liés aux voies de transmission alimentaires ou environnementales se sont rétablis rapidement entre juin et septembre 2020, tandis que ceux associés aux voyages ou à la transmission de personne à personne sont restés inférieurs aux prévisions pour 2021. Une forte activité de norovirus hors saison a été observée avec l’assouplissement des mesures de confinement entre juin et octobre 2021.
Les pathogènes viraux sont plus susceptibles d’être transmis d’une personne à l’autre, tandis que les agents pathogènes bactériens sont plus communément transmis par voie alimentaire. Les virus sont fréquemment associés à des environnements fermés tels que les écoles, les hôpitaux ou les établissements alimentaires, tandis que les agents pathogènes bactériens sont souvent transmis par des produits alimentaires consommés à la maison.
Variété des pathogènes
Les résultats font suite à une étude précédente qui avait révélé une réduction des infections gastro-intestinales au cours des six premiers mois de la réponse à l’épidémie de COVID-19 en Angleterre. Les hypothèses expliquant ce déclin incluaient des changements dans les comportements de recherche de soins, des tests limités, des changements dans la prestation de soins de santé et une véritable diminution de l'incidence.
Dans la dernière étude, publiée dans la revue Epidemiology and Infection, pour les ensembles de données de laboratoire et sur les épidémies, la période pandémique a été définie du 30 décembre 2019 au 30 avril 2022, avec des données historiques couvrant le 29 décembre 2014 au 29 décembre 2019. Pour les indicateurs de surveillance syndromique, la période historique couvrait du 31 décembre 2018 au 29 décembre 2019. Les données ont été divisées en phases pandémiques de COVID-19 à des fins de comparaison, déterminées par la rigueur des mesures de contrôle.
L'activité de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) est revenue aux niveaux attendus à partir de mai 2020 avec l'assouplissement des mesures de confinement, tandis que Campylobacter est revenu à la normale en novembre 2020. Les rapports sont restés comparables ou supérieurs aux chiffres historiques pour le reste de la période de la pandémie.
Les rapports sur Cryptosporidium, Giardia, Shigella et Salmonella confirmés en laboratoire sont restés nettement inférieurs aux chiffres historiques tout au long de la période pandémique. Les niveaux de tous les pathogènes bactériens et parasitaires, à l’exception de Giardia, sont revenus aux niveaux attendus ou supérieurs au début de 2022.
Plusieurs facteurs derrière les taux
Tout au long de la période pandémique, l’activité des pathogènes entériques était corrélée aux étapes de la réponse. Les périodes d’activité plus élevées des pathogènes correspondaient à l’assouplissement de mesures initiales, et des niveaux plus faibles correspondaient à la réimplémentation de mesures de contrôle supplémentaires lors des vagues ultérieures de COVID-19.
Il est possible que les personnes atteintes d’infections plus graves et prolongées, telles que celles liées aux STEC, aient été plus susceptibles d’accéder aux soins ou que les échantillons de diarrhée sanglante aient été prioritaires pour les tests. Les scientifiques ont dit que Salmonella restait inférieur aux chiffres historiques pour 2020/2021, probablement affectée par les restrictions de voyage.
De nombreuses mesures de contrôle pendant la pandémie de COVID-19 étaient similaires à celles mises en œuvre en réponse à une épidémie d’infection gastro-intestinale. La fermeture des établissements de restauration et les restrictions sur les rassemblements de masse et les événements avec traiteur ont probablement réduit les risques associés aux maladies d'origine alimentaire. Deux pics ont été observés à l’été 2020, correspondant à la réouverture des restaurants sur place pour les clients et à l’initiative anglaise «Eat Out to Help Out».
«Nous montrons qu’après la fin du premier confinement en 2020, l’activité des pathogènes d’origine alimentaire tels que les STEC et Campylobacter est rapidement revenue à des niveaux historiques, tandis que les pathogènes davantage associés à la transmission de personne à personne ou aux voyages à l’étranger, et donc plus influencés par l’hygiène des mains, les mesures de distanciation sociale et les réglementations en matière de voyages se sont rétablies à un rythme plus lent», ont dit les chercheurs.
«Ces résultats suggèrent que, bien que des changements rapides dans la prestation de soins de santé aient modifié le comportement de recherche de soins et la capacité de test non-COVID-19, cela a probablement entraîné des diminutions initiales observées dans les systèmes de surveillance, il y a eu de véritables réductions de l’incidence spécifiques des pathogènes en raison des mesures mises en œuvre.»
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