Les clostridia sporulés, des bactéries pathogènes souvent négligés dans la réutilisation des eaux usées

« Les clostridia sporulés : des déterminants souvent négligés du risque microbien dans les systèmes de réutilisation des eaux usées », source article paru dans Applied and Environmental Microbiology.

Résumé

L'utilisation d'eaux usées municipales traitées pour l'irrigation des cultures constitue une stratégie clé pour lutter contre la pénurie d'eau induite par la sécheresse. Toutefois, les normes actuelles de valorisation des eaux usées sous-estiment systématiquement les risques liés aux pathogènes sporulés. Comme le souligne une récente mini-synthèse publiée par A. Mrozinski, C. Le Maréchal et E. Topp dans la revue Applied and Environmental Microbiology (92:e00173-26, 2026) Clostridioides difficile et Clostridium perfringens survivent aux procédés de désinfection conventionnels, persistent indéfiniment dans les sols agricoles et sont porteurs de gènes critiques de résistance aux antibiotiques. Afin de garantir la sécurité des aliments et de protéger la santé publique, les cadres réglementaires doivent évoluer : ils ne doivent plus se fonder uniquement sur les indicateurs bactériens végétatifs classiques, mais inclure la surveillance des pathogènes sporulés résistants.

La récente mini-synthèse de Mrozinski et al. aborde spécifiquement cette question et résume de manière concise un corpus croissant de travaux démontrant que les pathogènes sporulés persistants, tels que Clostridioides difficile et Clostridium perfringens, représentent une menace importante et sous-estimée, que les pratiques actuelles de traitement des eaux usées ne parviennent pas à éliminer efficacement. En raison de différences biologiques fondamentales par rapport aux micro-organismes indicateurs actuels, ces pathogènes sporulés, aisément isolables à partir des eaux usées brutes (et traitées), présentent un avantage considérable pour survivre aux procédés de traitement et de désinfection en vigueur, lesquels réduisent pourtant efficacement d'autres indicateurs courants tels que les coliformes fécaux, Escherichia coli et Salmonella. Suite à la réutilisation des eaux usées traitées pour l'agriculture (irrigation), les spores de C. difficile et de C. perfringens persistent et peuvent s'accumuler dans les sols lors d'épandages répétés, tout en étant susceptibles d'être transportées vers les environnements voisins. Certaines cultures se développant près du sol ou dans le sol, comme les légumes-feuilles ou les légumes-racines, présentent un risque de contamination particulièrement élevé : les spores survivent au lavage initial lors de la transformation alimentaire, contaminent les chaînes de production et finissent par exposer et infecter les humains ou d'autres animaux.

Solutions proposées : appel à l’action destiné aux communautés scientifiques et réglementaires

Mrozinski et al. fournir une base solide pour repenser la manière dont les pathogènes sporulés sont évalués et pris en compte dans les systèmes de réutilisation des eaux usées. Clostridioides difficile et Clostridium perfringens sont persistants, mobiles et adaptables, un risque que les cadres de surveillance actuels ne saisissent pas de manière adéquate. À l'avenir, la communauté scientifique devra impérativement développer des outils de surveillance spécifiques aux Clostridia pathogènes toxinogènes, affiner les modèles d'évaluation des risques et produire les données mécanistes nécessaires pour étayer des politiques fondées sur des preuves. Les autorités réglementaires et les gestionnaires de ressources en eau, tant en Europe que dans le reste du monde, ont besoin de ces informations pour renforcer les directives relatives à la réutilisation des eaux et intégrer la surveillance des pathogènes sporulés aux contrôles de routine. En agissant sur ces priorités, les chercheurs et les décideurs peuvent contribuer à garantir que la réutilisation des eaux usées favorise le développement agricole sans compromettre la sécurité des aliments, ni la santé humaine et animale.