Les clostridia sporulés, des bactéries pathogènes souvent négligés dans la réutilisation des eaux usées

« Les clostridia sporulés : des déterminants souvent négligés du risque microbien dans les systèmes de réutilisation des eaux usées », source article paru dans Applied and Environmental Microbiology.

Résumé

L'utilisation d'eaux usées municipales traitées pour l'irrigation des cultures constitue une stratégie clé pour lutter contre la pénurie d'eau induite par la sécheresse. Toutefois, les normes actuelles de valorisation des eaux usées sous-estiment systématiquement les risques liés aux pathogènes sporulés. Comme le souligne une récente mini-synthèse publiée par A. Mrozinski, C. Le Maréchal et E. Topp dans la revue Applied and Environmental Microbiology (92:e00173-26, 2026) Clostridioides difficile et Clostridium perfringens survivent aux procédés de désinfection conventionnels, persistent indéfiniment dans les sols agricoles et sont porteurs de gènes critiques de résistance aux antibiotiques. Afin de garantir la sécurité des aliments et de protéger la santé publique, les cadres réglementaires doivent évoluer : ils ne doivent plus se fonder uniquement sur les indicateurs bactériens végétatifs classiques, mais inclure la surveillance des pathogènes sporulés résistants.

La récente mini-synthèse de Mrozinski et al. aborde spécifiquement cette question et résume de manière concise un corpus croissant de travaux démontrant que les pathogènes sporulés persistants, tels que Clostridioides difficile et Clostridium perfringens, représentent une menace importante et sous-estimée, que les pratiques actuelles de traitement des eaux usées ne parviennent pas à éliminer efficacement. En raison de différences biologiques fondamentales par rapport aux micro-organismes indicateurs actuels, ces pathogènes sporulés, aisément isolables à partir des eaux usées brutes (et traitées), présentent un avantage considérable pour survivre aux procédés de traitement et de désinfection en vigueur, lesquels réduisent pourtant efficacement d'autres indicateurs courants tels que les coliformes fécaux, Escherichia coli et Salmonella. Suite à la réutilisation des eaux usées traitées pour l'agriculture (irrigation), les spores de C. difficile et de C. perfringens persistent et peuvent s'accumuler dans les sols lors d'épandages répétés, tout en étant susceptibles d'être transportées vers les environnements voisins. Certaines cultures se développant près du sol ou dans le sol, comme les légumes-feuilles ou les légumes-racines, présentent un risque de contamination particulièrement élevé : les spores survivent au lavage initial lors de la transformation alimentaire, contaminent les chaînes de production et finissent par exposer et infecter les humains ou d'autres animaux.

Solutions proposées : appel à l’action destiné aux communautés scientifiques et réglementaires

Mrozinski et al. fournit une base solide pour repenser la manière dont les pathogènes sporulés sont évalués et pris en compte dans les systèmes de réutilisation des eaux usées. Clostridioides difficile et Clostridium perfringens sont persistants, mobiles et adaptables, un risque que les cadres de surveillance actuels ne saisissent pas de manière adéquate. À l'avenir, la communauté scientifique devra impérativement développer des outils de surveillance spécifiques aux Clostridia pathogènes toxinogènes, affiner les modèles d'évaluation des risques et produire les données mécanistes nécessaires pour étayer des politiques fondées sur des preuves. Les autorités réglementaires et les gestionnaires de ressources en eau, tant en Europe que dans le reste du monde, ont besoin de ces informations pour renforcer les directives relatives à la réutilisation des eaux et intégrer la surveillance des pathogènes sporulés aux contrôles de routine. En agissant sur ces priorités, les chercheurs et les décideurs peuvent contribuer à garantir que la réutilisation des eaux usées favorise le développement agricole sans compromettre la sécurité des aliments, ni la santé humaine et animale.

Pologne : Les foyers de toxi-infections alimentaires à la hausse sur la période 2021-2023

Un article, publié en 2025, Foodborne Infections and Intoxications in Poland in 2021-2023, rapporte l’évaluation de la situation épidémiologique des infections et intoxications d'origine alimentaire en Pologne sur la période 2021-2023. Au niveau des périodes, on en est au même niveau en France, où les données les plus récentes sont celles de 2023, mais publiées en mars 2026 …

Par ailleurs, le blog vous a narré récemment les aventures des œufs de Pologne ici et là en Europe, notamment au Royame-Uni, mais aussi en France.

L’objectif de cette étude était d’évaluer la situation épidémiologique des infections et des intoxications d’origine alimentaire en Pologne entre 2021-2023 (période post Covid-19), et sa comparaison avec les années 2015-2019.

Les données de surveillance systématique ont été recueillies par le PSSE (Powiatowa Stacja Sanitarno-Epidemiologicalna ou Station sanitaire et épidémiologique du district) via le registre des foyers épidémiques ont été analysées.

Résumé

Entre 2021 et 2023, une augmentation du nombre de cas d'infections et d'intoxications bactériennes a été enregistrée (plus de 90 000 cas, incidence de 80,2 pour 100 000 habitants), liée à la hausse des infections à Clostridioides difficile (56,4 pour 100 000 en 2023 contre une moyenne de 29,5 pour 100 000 sur la période 2015-2019). Une augmentation de l'incidence de la listériose a également été observée. Parmi les infections virales, les infections à rotavirus étaient les plus fréquentes, avec une hausse en 2022 suivie d'une baisse en 2023, et une incidence comprise entre 15,7 et 20,1 pour 100 000 habitants. Entre 2021 et 2023, 2 722 foyers d'origine alimentaire ont été signalés, impliquant 20 102 cas (contre 2 767 foyers et 22 681 cas entre 2017 et 2019). La majorité des foyers étaient d'étiologie bactérienne (53 %) ; parmi ceux-ci, les foyers de salmonellose prédominaient, avec 80 % de cas dus à S. Enteritidis. La proportion de foyers à Clostridioides difficile s'élevait à 21,5 % (représentant 16,5 % de l'ensemble des cas liés à des foyers) ; dans les établissements de santé, les foyers de cette étiologie représentaient 78 % du total des foyers. Au total, 27,9 % des cas d'épidémie ont nécessité une hospitalisation, principalement lors d'épidémies d'infections à Clostridium difficile et d'hépatite A. Les épidémies sont survenues surtout au sein des foyers, mais la plupart des cas ont été recensés dans les établissements de restauration et les établissements de santé. En résumé, entre 2021 et 2023, le nombre d'infections et d'intoxications d'origine alimentaire était comparable à celui de la période prépandémique, mais leur structure étiologique a évolué (augmentation des infections à Clostridium difficile et des épidémies d'origine virale). Ces résultats confirment la nécessité de renforcer la surveillance et les capacités de diagnostic en laboratoire.

Dans le cadre de la surveillance des épidémies d'origine alimentaire entre 2021 et 2023, une augmentation constante de leur nombre a été observée après la baisse liée à la pandémie du COVID-19. Au total, 2 722 foyers de cas ont été signalées, impliquant 77 452 personnes exposées, dont 20 102 personnes malades. À titre de comparaison, durant la période précédant la pandémie (2017-2019), 2 767 foyers de cas avaient été enregistrées, touchant 22 681 personnes. Le nombre de foyers de cas a augmenté entre 2021 et 2023, passant de 618 en 2021 à 884 en 2022, puis à 1 220 en 2023, soit une augmentation de près du double sur cette période. Cette tendance s'est également reflétée dans le nombre de cas : 6 114 en 2021 et 7 699 en 2023, un chiffre comparable à la moyenne observée entre 2017 et 2019 (7 416 cas).

Sur le plan étiologique, les foyers de cas d'origine bactérienne ont été les plus fréquents entre 2021 et 2023, représentant 53,3 % des foyers et 46,4 % des cas associés (n = 9 326). Par rapport à la période de trois ans précédant la pandémie, la proportion de foyers et de cas relevant de ce groupe étiologique était plus faible (44,3 % des épidémies et 40,9 % des cas). Tant avant qu'après la pandémie, Salmonella a été l'agent étiologique le plus fréquent des foyers de cas d'origine alimentaire en Pologne.

En 2021, 2022 et 2023, cette bactérie a été à l'origine de, respectivement, 37,1 %, 29,8 % et 31,6 % des foyers de cas L'agent le plus fréquemment en cause était S. Enteritidis (80 % de toutes les éclosions de salmonellose) ; en 2023, 304 éclosions et 2 107 cas associés à cette étiologie ont été signalés, contre 173 éclosions et 1 451 cas en 2021 (soit une augmentation de 76 %).

En 2023, la proportion d'éclosions de salmonellose par rapport au nombre total d'éclosions d'origine alimentaire était comparable à celle observée durant les années précédant la pandémie (environ 30 %). À titre de comparaison, cette proportion était plus élevée en 2020-2021 (plus de 40 %). Entre 2021 et 2023, on a observé une augmentation de la proportion d'éclosions à Clostridioides difficile, qui ont représenté 21 % de l'ensemble des éclosions d'origine alimentaire (n = 585) et 16,5 % (n = 3 326) de tous les cas associés à ces éclosions.

En comparaison, sur la période 2017-2019, ces éclosions représentaient 9,2 % des éclosions et 5,1 % des cas. En 2022, 209 éclosions à Clostridioides difficile et 1 072 cas ont été recensés, faisant de cette étiologie la plus fréquente à cette époque. Sur la période 2017-2023, des éclosions à Clostridioides difficile ont été signalées par 111 des 318 stations PSSE (contre 44 stations sur la période 2017-2019 et 94 sur la période 2021-2023). Les infections virales ont été à l'origine de 18,2 % (n = 490) des éclosions et de 28,3 % (n = 5 510) des cas associés sur la période 2021-2023, une proportion inférieure à celle observée avant la pandémie (sur la période 2017-2019 : 38,4 % des éclosions et 33,2 % des cas).

Parmi les foyers d'origine virale survenus entre 2021 et 2023, norovirus est prédominant, représentant 7,7 % de l'ensemble des foyers et 20,3 % des cas. À titre de comparaison, en 2017-2019, norovirus était à l'origine de 7,4 % des foyers et de 17,7 % des cas associés à ces foyers. Le nombre de foyers dus à rotavirus a considérablement fluctué au cours de la période étudiée. En 2021, 17 foyers impliquant 81 cas ont été recensés, tandis qu'en 2022, on a observé une multiplication par huit du nombre de foyers et par six du nombre de cas, se rapprochant ainsi des niveaux prépandémiques. En 2023, le nombre de foyers et de cas a diminué par rapport à l'année précédente (31 foyers, 114 cas). Malgré leur nombre limité, ces foyers se caractérisaient par un nombre relativement élevé de cas par foyer. La part des foyers liés aux rotavirus dans le total des foyers est restée faible, passant de 13,8 % en 2017-2019 à 6,9 % en 2021-2023. Sur la période 2021-2023, une proportion élevée de foyers était d'étiologie inconnue (24,2 % des foyers et 25,8 % des cas), une proportion qui a progressivement augmenté pour atteindre 34,3 % (n = 419) en 2023. À titre de comparaison, ce chiffre était de 20 % en 2019.

En 2023, une augmentation des foyers d'étiologie inconnue a été signalée par le PSSE de Gdańsk (125 foyers), contre seulement 4 en 2019. Il s'agissait pour la plupart de foyers de petite taille survenus dans un cadre familial. Entre 2021 et 2023, un total de 5 609 cas liés à des foyers ont nécessité une hospitalisation (soit 27,9 % de l'ensemble des cas associés à des foyers sur cette période). La proportion de personnes hospitalisées au cours de la période susmentionnée se situait entre 26 % et 31 %, un taux comparable à celui observé avant la pandémie de COVID-19 (31 %). Sur le plan étiologique, les taux d'hospitalisation les plus élevés ont été enregistrés lors d'éclosions causées par Clostridioides difficile (78,4 %), le virus de l'hépatite A (69,4 %) et rotavirus (63,8 %). Pour les éclosions à Salmonella, cette proportion était de 25,6 %, contre 8,7 % pour celles d'origine norovirale. Entre 2021 et 2023, comme les années précédentes, les éclosions d'origine alimentaire sont le plus souvent survenues dans un cadre familial : 1 392 foyers ayant entraîné 4 863 cas, soit plus de la moitié de l'ensemble des foyers. La part de cette catégorie était légèrement inférieure à celle observée avant la pandémie, époque où les foyers familliaux représentaient 60,5 % du total ; toutefois, une nouvelle augmentation a été constatée en 2023, ramenant ce taux à un niveau proche de celui d'avant la pandémie (59,8 %). Les infections d'origine bactérienne prédominaient parmi les foyers familliaux, en particulier ceux causés par Salmonella spp., responsables de 50 % des éclosions (n = 697). Une faible

Une faible autre part des infections était causée par des virus : rotavirus (8,5 %, n = 118) et norovirus (3,9 %, n = 54). Il convient de souligner la proportion relativement élevée d'éclosions d'étiologie indéterminée, qui représentaient 28,7 % de l'ensemble des éclosions survenues au sein des foyers familliaux (n = 399). Le deuxième cadre le plus fréquent pour ces foyers était celui des hôpitaux et autres établissements de santé, où 26,6 % des foyers (n = 724) et 5 562 cas ont été recensés. La part de ce groupe a légèrement augmenté par rapport à la période 2017-2019 (20,3 % des éclosions).

Contrairement aux éclosions survenues au sein des foyers familliaux, cette catégorie était dominée par des infections à Clostridioides difficile, responsables de près de 78 % de toutes les éclosions en établissements de santé (n = 564). Les éclosions dans les établissements de restauration collective, les restaurants et les hôtels étaient moins fréquentes (11,6 % de l'ensemble des éclosions et 5 673 cas) ; leur proportion (24,2 %) était comparable à celle observée avant la pandémie.

L'étiologie de ces infections était variée : Salmonella Enteritidis prédominait, tandis que norovirus était également observés de manière sporadique. Dans les crèches et les écoles maternelles, où les éclosions représentaient environ 5 % du total, les infections d'origine virale prédominaient, principalement celles dues à norovirus et rotavirus. En termes de nombre de cas, le chiffre le plus élevé a été enregistré lors d'éclosions survenues dans des établissements de restauration (28,2 % de l'ensemble des cas), suivis par les hôpitaux et autres établissements de santé (27,2 %).

Les vecteurs les plus fréquemment identifiés étaient les œufs et les ovoproduits (94 foyers, soit 2,8 % des foyers sur la période analysée), suivis des gâteaux à la crème sans œufs (n = 31, soit 3 % des foyers) et de la viande et des produits à base de viande (n = 27 ; 0,6 %). En 2023, on a observé une augmentation du nombre de foyers liés aux gâteaux à la crème (20 contre 6 en 2022), tandis que le nombre de foyers impliquant des œufs et des ovoproduits (42 foyers) est resté relativement stable. L'agent étiologique prédominant dans l'ensemble des foyers à vecteur connu était Salmonella Enteritidis (70,4 % de ces foyers). Cette étiologie était particulièrement fréquente dans les foyers impliquant des œufs et des ovoproduits (81,9 %), des gâteaux à la crème (100 %) ainsi que de la viande et des produits à base de viande (85,2 %). Bien qu'ils ne représentent qu'une faible proportion de l'ensemble des foyers, ceux à vecteur connu se caractérisaient par un nombre élevé de cas : 718 cas en 2023, soit 9,4 % du total des cas cette année-là.

En Pologne, des différences ont été observées dans les proportions d'étiologies virales spécifiques à l'origine des foyers. Le taux global d'étiologies virales à l'origine des foyers a diminué, passant de 32,8 % (période pré-pandémique) à 18,2 % (2021-2023). Cette baisse était particulièrement marquée pour les foyers à rotavirus, une tendance à interpréter dans le contexte de la mise en place de la vaccination obligatoire contre le rotavirus en 2021.

Conclusion

L'analyse des données de la période 2021-2023 révèle des modifications de la structure étiologique des foyers de maladies d'origine alimentaire par rapport à la période pré-pandémique, alors que le nombre total de foyers est revenu à un niveau comparable à celui des années précédant la pandémie. Ces changements incluent une proportion croissante de foyers à Clostridioides difficile (CDI), une proportion légèrement plus élevée de foyers d'étiologie inconnue et une diminution de la proportion de foyers d'origine virale, en partie liée à l'introduction de la vaccination contre le rotavirus. Ces résultats soulignent la nécessité de renforcer davantage la surveillance épidémiologique systématique des maladies d'origine alimentaire et d'étendre les capacités de diagnostic en laboratoire dans ce domaine, tout en maintenant des normes élevées d'hygiène hospitalière.

A ce contexte, il faut aussi ajouter des épidémies d'origine zoonotique et agricole en 2026.

- Peste porcine africaine (PPA) : Le nombre de foyers dans les élevages commerciaux a triplé en 2026. Des foyers majeurs ont touché de grandes exploitations, notamment une ferme de très grande taille dans la voïvodie de Poméranie-Occidentale abritant plus de 21 000 porcs, parallèlement à la persistance de cas chez les sangliers.

- Maladie de Newcastle : La Commission européenne a mis à jour en avril 2026 les zones de restriction et de surveillance dans des régions telles que Lubuskie, Śląskie et Wielkopolskie, à la suite de foyers d'infection chez les volailles survenus plus tôt cette année.

De la cannelle moulue du Vietnam suspectée de 30 cas de maladie en Espagne

«De la cannelle moulue suspectée de 30 cas de maladie en Espagne», source article de Food Safety News du 16 avril 2023, complété par mes soins -aa.

Au moins 30 personnes font partie d'une épidémie liée à la cannelle moulue du Vietnam.

Les personnes qui sont tombées malades en Espagne avec des infections à Clostridium perfringens ont signalé des symptômes tels que des vomissements et de la diarrhée.

L'Agence espagnole de sécurité alimentaire et de nutrition (AESAN) a été informée par la communauté autonome de Madrid, par le biais du Système coordonné d'échange rapide d'informations (SCIRI), de la présence de Clostridium perfringens dans la cannelle moulue de la marque Especias Pedroza.

Numéros de lot et date de péremption :
- A220079, 31/12/2023
- A222605, 28/02/2026

Un rappel a été publié le 11 avril 2023 par l’AESAN pour de la cannelle moulue de marque Especias Pedroza qui est présentée dans un contenant en plastique de 700 g.

L'alerte a été envoyée via le Système coordonné d'échange rapide d'informations (SCIRI) et le Centre de coordination des alertes et urgences sanitaires (CCAES) pour vérifier le retrait des produits concernés du marché et signaler l'existence de maladies éventuellement liées.

L'AESAN a conseillé aux personnes qui ont chez elles des produits concernés par cette alerte de ne pas les consommer.

Comme le produit provenait du Vietnam, le Réseau international des autorités de sécurité alimentaire (INFOSAN) fait également partie de l'enquête.

Une notification au RASFF de l’UE le 14 avril 2023 par l’Espagne, référence 2023.2500, a mis en évidence la présence de Clostridium perfringens dans de la cannelle moulue du Vietnam.

Il y a eu deux analyses microbiologiques le 23 mars 2023 indiquées dans la notification au RASFF, Clostridium perfringens, 6,3 10² UFC/g et 2,5 10³ UFC/g.

Il faudra, un jour, qu’on m’explique comment se fait-il qu’il y ait eu un délai aussi long entre le résultat des analyses microbiologiques, le 23 mars 2023, et le rappel, ici le 11 avril 2023. Bien entendu, le RASFF a été informé après tout le monde, pour un réseau d’alerte rapide, on doit sans doute faire mieux ...

Clostridium perfringens produit des spores qui l'aident à survivre à la chaleur, à la sécheresse et à d'autres conditions environnementales. Dans certaines conditions, comme lorsque les aliments sont conservés à une température dangereuse, ces spores peuvent se transformer en bactéries actives, qui se multiplient dans les aliments. Après que quelqu'un ait mangé des aliments contenant Clostridium perfringens, une production d'entérotoxine provoque la diarrhée, selon le CDC.

L'intoxication alimentaire causée à Clostridium perfringens est généralement associée à des aliments insuffisamment cuits, des aliments qui sont refroidis trop lentement ou qui ne sont pas maintenus à une température suffisamment chaude.

Les personnes ressentent généralement des symptômes d'infection 6 à 24 heures après avoir consommé les bactéries ou les toxines. Les toxines de Clostridium perfringens provoquent des douleurs abdominales et des crampes d'estomac, suivies de diarrhée. La nausée est également un symptôme courant. La maladie dure généralement environ 24 heures et est rarement mortelle.

L’Anses rapporte «Le plus souvent, il s’agit de préparations culinaires réalisées à l’avance et en grande quantité. L’aliment le plus typique consiste en de la viande en sauce. Les préparations à forte teneur en amidon, comme les haricots, notamment haricots en sauce, sont également à risque.»

C’est vrai, mais dans le cas précis de cette cannelle moulue, elle peut être utilisée comme condiment ...

Clostridium perfringens: un pathogène comme indicateur de la qualité de l’eau

La Division de la sécurité alimentaire a émis une nouvelle fiche technique concernant Clostridium perfringens: un pathogène comme indicateur de la qualité de l’eau. Extraits.

La fiche technique présente la bactérie Clostridium perfringens et les dangers liés à son infection. Elle explique de plus, comment des bactéries anaérobies sulfito-réductrices qui incluent les C. Perfringens sont utilisés comme indicateurs de la qualité d'eau.

Indicateur de la qualité de l’eau

Clostridium perfringens

C. perfringens est un des indicateurs microbiologiques utilisés pour évaluer la qualité des eaux destinées à la consommation humaine. Ils sont utilisés comme des témoins très sensibles de pollution fécale car leur forme spore, beaucoup plus résistante que les formes végétatives des coliformes thermo-tolérantes ou entérocoques, permettrait de déceler une pollution fécale ancienne ou intermittente. De ce fait C. perfringens est utilisé en vue de démontrer l’efficacité d’un traitement de potabilisation. Les origines de C. perfringens dans l’eau sont multiples. Les eaux de surfaces peuvent être contaminés par des matières fertilisantes, les boues de stations d’épuration, des effluents d’élevage, …

Bactéries anaérobies sulfito-réductrices et leurs spores

La recherche de bactéries anaérobies sulfito-réductrices et de leurs spores (ASR) dans les eaux poursuit plusieurs objectifs :

- Les ASR réduisent le sulfite en sulfure produisant ainsi du sulfure d'hydrogène. Ceci peut par conséquent altérer le goût et l’odeur de l’eau.

- Leur présence dans l’eau peut corroder les tuyaux et conduits et entraîner des risques accrus pour la santé ;

- Indicateur de la présence de microorganismes pathogènes;

- L’absence d’ASR d’une nappe souterraine ou alluviale donne un retour quant à l'efficacité de la filtration naturelle ;

Les spores d’ASR constituent donc un indicateur d’efficacité des traitements de rétention dont la filtration sur sable dans une station de traitement. Il est particulièrement important de prêter attention à ce paramètre pour les eaux superficielles.

Analyses de la qualité de l’eau

La Directive 2020/2184 du Parlement européen et du Conseil du 16 décembre 2020 relative à la qualité des eaux destinées à la consommation humaine préconise la recherche de C. perfringens y compris les spores (valeur paramétrique 0 nombre/100 ml). Avec la recherche des ASR qui incluent les C. perfringens, un défaut de filtration sera plus sûrement détecté. En outre, comme dans une eau normalement aérée les formes végétatives sont incapables de survivre, il y a avantage à lever la dormance des spores d’ASR pour les dénombrer et à éliminer la flore végétative interférente par «pasteurisation».

La Directive (UE) 2020/2184 ne s'applique pas aux eaux minérales naturelles et les eaux qui constituent des médicaments, étant donné que ces eaux relèvent, respectivement, des directives 2009/54/CE et 2001/83/CE du Parlement européen et du Conseil.

Notons que la Directive 2009/54/CE du Parlement européen et du Conseil du 18 juin 2009 relative à l’exploitation et à la mise dans le commerce des eaux minérales naturelles reste muette par rapport à C. perfringens. Ceci s’explique sans doute par le fait que l’eau minérale est pompée d’une grande profondeur par rapport à l’eau de surface (eau potable) et qu’une contamination par des matières fécales peut être exclue.

Aux lecteurs du blog

Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut pas payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles.

Danemark: Le nombre de Tiac est en baisse mais le nombre de cas est en hausse

 « Danemark: Le nombre de Tiac est en baisse mais le nombre de cas est en hausse », source Food Safety News.

Le nombre de foyers de cas d’intoxication d'origine alimentaire était en baisse, mais le nombre de personnes tombant malades était en hausse au Danemark en 2019 par rapport à l'année précédente.

L'année dernière, 51 foyers de cas ont été signalées avec 1 929 patients. Dix-huit des éclosions étaient des événements nationaux, dont quatre faisaient partie d'incidents internationaux. Le cadre le plus fréquent était des restaurants avec 15 éclosions touchant 534 personnes.

En 2018, 1 600 personnes ont été touchées par 64 éclosions. Norovirus est resté la cause la plus fréquente d'éclosions d'origine alimentaire.

Eclosions importantes

En 2019, Clostridium perfringens a été associé à 10 foyers de cas touchant 551 personnes contre cinq en 2018 touchant 107 personnes. Les incidents impliquant Clostridium perfringens sont généralement causés par un refroidissement insuffisant de grandes portions d'aliments, comme les sauces à la viande et les viandes sous vide ou rôties lentement.

La plus grande éclosion, impliquant 268 personnes, a été causée par un refroidissement insuffisant de la sauce à la viande hachée conditionnée avec d'autres produits dans des plats cuisinés réfrigérés prêts à chauffer et livrés à 3 500 abonnés d'un système de livraison de boîtes de repas. Une autre éclosion touchant 101 personnes était due à un repas sous forme de buffet. Les sandwichs ont été responsables de 17 cas de maladie.

Norovirus a connu une augmentation des éclosions en 2019 par rapport à 2017. Cette année, il y a eu 19 éclosions avec 932 personnes touchées.

Un foyer de cas a été causé par des huîtres récoltées au Danemark par une personne dans une zone fermée. Ils ont été servis crus lors d'une soirée privée. Deux autres éclosions affectant 64 personnes étaient liées à des huîtres importées d'autres pays de l'UE. Deux grandes éclosions avec 205 et 180 cas étaient liées à des repas composites. Des sandwichs ouverts ont rendu malades 84 personnes lors d'une éclosion, tandis que des gâteaux d'une boulangerie artisanale ont touché 14 personnes.

Pour la troisième année consécutive, le nombre d'infections à Campylobacter a augmenté. Cependant, en 2019, l'augmentation a été plus importante que précédemment, avec 5 389 cas contre 4 546 en 2018. Neuf éclosions d'origine alimentaire ont été étudiées et six avaient de la viande de poulet produite au Danemark comme origine.

Stabilité de Salmonella

Les infections à Salmonella restent comparables aux années précédentes avec 1 120 cas en 2019, et respectivement, 1 168 et 1 067 en 2018 et 2017. Salmonella Enteritidis et Salmonella Typhimurium, y compris le variant monophasique (4,[5],12:i:-), restent les sérotypes les plus courants avec 310 et 272 cas.

Neuf foyers nationaux à Salmonella ont été enregistrés. Trois étaient causés par Salmonella Typhimurium monophasique 4,[5],12:i:- et de la viande de porc produite au Danemark était la source dans deux d'entre eux.

Le troisième foyer de cas était le plus grand avec 57 patients. Il était liée à une enquête internationale impliquant la Finlande et la Suède avec plus de 200 cas enregistrés de 2018 à 2019 avec un profil WGS similaire à celui de l'épidémie au Danemark. Cependant, le véhicule alimentaire suspecté dans un cluster international était des produits à base de viande de porc et la source présumée de l'épidémie au Danemark était de la viande de bœuf hachée produite localement.

Une épidémie à Salmonella Coeln de mai à août a impliqué 26 cas âgés de huit à 87 ans, mais les entretiens n'ont pas révélé l’origine. Une éclosion à Salmonella Derby a fait l'objet d'une enquête d'avril à juin et concernait 11 cas, âgés de 45 à 79 ans. L'événement national a probablement été causé par des produits à base de viande de porc provenant d'un abattoir danois.

Parmi les autres foyers, huit personnes sont tombés malades lors d'une éclosion à Salmonella Enteritidis, une éclosion de Salmonella London a rendu malade quatre, Salmonella Mikawasima a touché trois personnes et Salmonella Muenchen a rendu malades quatre personnes. La source présumée de l'incident à Salmonella Mikawasima était des légumes ou de la laitue.

Comme les années précédentes, la source alimentaire la plus importante était le porc produit au Danemark avec 8 pour cent des cas, selon un modèle d'attribution de source. Il a attribué 250 cas d’infections sur 469 à une source alimentaire. Le porc a été suivi du canard importé avec 6,5 pour cent. C'est la première fois qu'une si grande proportion de cas est attribuée à cet aliment. La troisième source la plus courante était le porc importé, suivi des œufs de table produits au Danemark.

Plus de 40% des cas étaient liés à des voyages. Comme les années précédentes, la plupart des patients liés aux voyages se sont rendus en Turquie, Thaïlande et Égypte.

Listeria et STEC

Soixante-deux cas à Listeria ont été enregistrés en 2019 contre 47 l'année précédente. Une épidémie à Listeria monocytogenes en cours depuis 2016 a été résolue. Elle comprenait 11 cas, dont trois dataient de 2019. Des salades comprenant du houmous d'un petit détaillant du Jutland semblaient être la source alimentaire courante. Des échantillons d'écouvillon et de produits dans la boutique ont retrouvé Listeria. Ces isolats étaient regroupés avec ceux des patients de l'éclosion.

Les E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) ont continué d'augmenter et étaient à l'origine de 630 cas de maladie, contre 495 en 2018. Le nombre de cas enregistrés à STEC a augmenté chaque année depuis 2015.

STEC O157 a été le plus répandu avec 60 cas, contre 43 l'année précédente. Cela a été suivi par O26 et O103 avec 32 cas d’infection, O146 avec 31 cas et O63 avec 26 cas. Une épidémie à STEC O157 a touché 13 personnes mais l’origine n’a pas été retrouvée.

NB : Pour la France, les données ne seront disponibles que courant 2021 ...

Comment un slime gluant aide les bactéries à survivre ?

« Comment un slime gluant aide les bactéries à survivre », source Université de Tsukuba.

Des chercheurs de l'Université de Tsukuba montrent que la bactérie Clostridium perfringens module la structure du biofilm à différentes températures en régulant l'expression de la nouvelle protéine extracellulaire BsaA.

Les bactéries ont la capacité de s’adapter à leur environnement pour survivre aux défenses immunitaires de l’hôte. Une de ces stratégies de survie comprend la formation d'un biofilm qui empêche le système immunitaire ou les antibiotiques d'atteindre les bactéries. Dans une nouvelle étude, des chercheurs de l'Université de Tsukuba ont révélé que les modulations de la structure du biofilm résultant des changements de température sont régulées par la production d'une nouvelle protéine extracellulaire appelée BsaA que produit la bactérie C. perfringens.

C. perfringens vit dans divers environnements, le sol et les intestins des animaux, et peut provoquer une intoxication alimentaire, une gangrène gazeuse et une diarrhée associée aux antibiotiques. C'est une bactérie anaérobie qui ne peut pas se développer à l'extérieur d'un hôte en raison de la présence d'oxygène. S'il est de notoriété publique qu'il peut se transformer en spores pour échapper aux attaques environnementales, ce n'est que récemment que C. perfringens s'est avéré également capable de former des biofilms. Dans ces biofilms, une communauté de C. perfringens se couvre d'une matrice dense de substances polymériques dites extracellulaires (EPS pour extracellular substances), qui contiennent des protéines, des acides nucléiques et des molécules de sucre, se protégeant ainsi des aléas extérieurs. À ce jour, on ne sait pas comment C. perfringens utilise les biofilms pour survivre dans des environnements riches en oxygène.

« Nous avons précédemment montré que la température est un signal environnemental qui influence la morphologie du biofilm de C. perfringens », explique l'auteur correspondant de l'étude, le professeur Nobuhiko Nomura. « Bien qu'à des températures plus élevées, telles que 37°C, les bactéries se fixent aux surfaces et s'entassent de manière dense dans un biofilm adhérent, à des températures plus basses, elles forment un biofilm plus épais, semblable à une pellicule. Nous voulions savoir comment ils sont capables de moduler la structure de leur biofilm en réponse aux changements de température. »

Pour atteindre leur objectif, les chercheurs ont construit une bibliothèque de 1 360 cellules mutantes (knock-out d’un gène ou inactivation toale d’un gène –aa) de C. perfringens pour voir quelles protéines sont nécessaires pour former un biofilm en forme de pellicule à 25°C. Tout au long de leur criblage, ils ont remarqué la présence d'une nouvelle protéine appelée BsaA qui est produite à l'intérieur des bactéries et transportée vers l'extérieur. Sans BsaA, les bactéries formaient soit un biofilm pelliculaire fragile, soit un biofilm adhérent uniquement. Les chercheurs ont ensuite montré que plusieurs protéines BsaA s'assemblaient sur un polymère à l'extérieur des cellules pour permettre la formation d'un biofilm stable. Lorsqu'il est exposé à l'antibiotique pénicilline G ou à l'oxygène, C. perfringens dépourvu de BsaA a eu un taux de survie significativement diminué par rapport à C. perfringens normal.

« Nos résultats montrent que la BsaA est nécessaire à la formation de biofilm pelliculaire à 25°C et à l'attribution d'une tolérance aux antibiotiques », dit l'auteur principal de l'étude, le professeur Nozomu Obana. « Nous savons que les biofilms contiennent des populations cellulaires hétérogènes, ce qui conduit à des comportements multicellulaires. Nous avons donc voulu savoir si l'hétérogénéité cellulaire affecte la production de BsaA et donc la formation d'un biofilm sous forme de pellicule. »

Les chercheurs ont découvert que la protéine SipW contrôle la polymérisation de la BsaA en un biofilm et l'ont utilisée pour étudier la formation du biofilm. En construisant C. perfringens qui produisait une protéine fluorescente lors de la production de SipW, permettant ainsi de suivre ces cellules par microscopie fluorescente, les chercheurs ont pu montrer que toutes les bactéries ne produisaient pas de SipW. De plus, ils ont constaté que la population de bactéries productrices de SipW commençait à chuter de manière significative lorsque la température passait de 25°C à 37°C. Curieusement, à 25°C, les cellules qui ne produisaient pas de SipW étaient situées près de la surface sur laquelle les bactéries se trouvaient et étaient couvertes par des cellules productrices de SipW. Une production hétérogène de SipW, et donc de BsaA, pourrait donc garantir que les cellules qui ont une tolérance plus élevée aux dangers externes protègent la sous-population bactérienne à risque.

« À 25°C, C. perfringens est plus susceptible d'être exposé à des contraintes extérieures. Nos résultats expliquent comment une communauté de C. perfringens s'assure qu'elle reste protégée lorsque la température change. Notre étude aide à comprendre les propriétés du biofilm et fournit des informations sur le développement de nouvelles stratégies antibactériennes », explique le professeur Nomura.

L'article, ‘Temperature-regulated heterogeneous extracellular matrix gene expression defines biofilm morphology in Clostridium perfringens’ (Expression du gène de la matrice extracellulaire hétérogène régulée par la température définit la morphologie du biofilm chez Clostridium perfringens) a été publié dans npj Biofilms and Microbes.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous !

Une infection bactérienne mortelle chez le porc déchiffrée

« Une infection bactérienne mortelle chez le porc déchiffrée », source Université de Berne.

Les porcelets nouveau-nés meurent souvent douloureusement d'une infection d'une bactérie intestinale. Une équipe de chercheurs de trois facultés de l'Université de Berne a maintenant découvert comment la bactérie provoque des saignements intestinaux mortels. Ils ont ainsi fait une percée dans la recherche vétérinaire. Des perspectives prometteuses de vaccinations et de médicaments à usage humain se sont également ouvertes.

La bactérie Clostridium perfringens fait partie du grand genre Clostridium qui peut provoquer diverses maladies mortelles chez les animaux et les humains. Les infections à Clostridium sont répandues. Ces bactéries sont dangereuses car elles produisent des poisons extrêmement puissants (toxines) qui causent des dommages ciblés aux cellules de l'hôte. Les maladies redoutées causées par Clostridium comprennent le botulisme, le tétanos, la gangrène gazeuse et les infections intestinales, par exemple.

Le groupe d'Horst Posthaus de l'Institut de pathologie animale de l'Université de Berne étudie une infection intestinale chez les porcs causée par Clostridium perfringens. Il y a 10 ans, ils étaient déjà en mesure de démontrer que la toxine produite par la bactérie, dite toxine bêta, tue les cellules vasculaires et provoque ainsi des saignements dans l'intestin du porcelet. Jusqu'à présent, cependant, on ne savait pas pourquoi la toxine attaquait spécifiquement ces cellules et pas d'autres.

Julia Bruggisser, biochimiste et doctorante à l'Institut de pathologie animale, a maintenant réussi à résoudre l'énigme de ce mécanisme dans une collaboration interdisciplinaire entre trois facultés. Les résultats de l'étude ont été publiés dans la revue spécialisée Cell Host & Microbe.

Une molécule clé

Il y a environ cinq ans, la technicienne de laboratoire Marianne Wyder de l'Institute of Animal Pathology a découvert une molécule appelée Platelet-Endothelial Cell Adhesion Molecule-1 (PECAM-1 ou même CD31 pour faire court). Elle est située à la surface de diverses cellules et joue un rôle central dans les saignements intestinaux chez les porcelets. Le rôle réel de la molécule CD31 est de réguler l'interaction entre les cellules inflammatoires et les vaisseaux sanguins. Elle survient principalement sur les cellules situées à l'intérieur des vaisseaux sanguins (les cellules dites endothéliales).

Au cours des expériences, il a été remarqué que CD31 et la toxine bêta sont distribués presque à l'identique sur ces cellules. « Notre projet résulte de cette première observation », explique Horst Posthaus. Julia Bruggisser de l'Institute of Animal Pathology a découvert que la toxine libérée par la bactérie dans l'intestin s'attache au CD31. Comme la toxine bêta compte parmi les toxines formant des pores ou porogènes, elle perce ainsi la membrane cellulaire et tue les cellules endothéliales. Cela entraîne des dommages aux vaisseaux et des saignements dans l'intestin.

Des chercheurs de l'Université de Berne unissent leurs forces

La collaboration entre plusieurs groupes de recherche de l'Université de Berne a été essentielle à la réussite du projet. « Pour mes recherches, je travaille dans trois laboratoires de l'université. Bien que ce soit difficile, j'apprends beaucoup et surtout, c'est amusant », explique Julia Bruggisser. En plus de la pathologie animale, elle travaille également avec des groupes dirigés par Britta Engelhardt (Theodor-Kocher Institute) et Christoph von Ballmoos (Département de chimie et biochimie). «Ils avaient les bonnes questions et les bonnes idées. Nous avons pu apporter notre savoir-faire concernant CD31 et les méthodes et réactifs que nous avions développés dans l'étude», explique Britta Engelhardt. «Cela s'est parfaitement assemblé», ajoute Christoph von Ballmoos.

Meilleure prophylaxie et médicaments

La découverte permet de développer de meilleurs vaccins afin de prévenir la maladie mortelle chez le porc. «Mais nous voulons également déterminer si la fixation de la toxine bêta au CD31 sur les cellules endothéliales permet également le développement de nouvelles formes de thérapie, pour les maladies vasculaires chez l'homme par exemple. Nous avons déjà entamé plus de collaborations au sein de l'Université de Berne à cette fin», explique Horst Posthaus.

Une sauce au fromage reliée à une épidémie à Clostridium perfringens

Clostridium perfringens, source CDC

Et voici une histoire inhabituelle d’intoxication alimentaire avec « Une sauce au fromage reliée à une épidémie à Clostridium perfringens », source article de Joe Whitworth paru le 21 mars 2020 dans Food Safety News.

Les chercheurs ont détaillé la première éclosion à Clostridium perfringens signalée en Angleterre associée à des poireaux dans des restes d’une sauce au fromage réchauffée.

En décembre 2018, les autorités de la santé publique ont été alertées de 34 cas de diarrhée avec des crampes abdominales de convives qui prenaient leur repas de Noël dans un restaurant de Bridgnorth, dans les West Midlands.

Huit personnes ont signalé une maladie à la Food Standards Agency ou au Shropshire Council au nom de leur groupe après s'être senties malades après avoir mangé au restaurant. Deux échantillons fécaux étaient positifs pour Clostridium perfringens, l'un confirmant le gène entérotoxinogène.

Selon l'étude publiée dans la revue Epidemiology and Infection, des improvisations dans la cuisine pour faire face à l'augmentation du débit des clients à Noël, telles que l'utilisation des restes, la cuisson pendant la nuit et des facteurs tels que le manque de protocoles de préparation des aliments pour le personnel peuvent avoir contribué à l'épidémie.

Après la suppression des poireaux dans la sauce au fromage du menu et les modifications apportées à la préparation des aliments et à la maîtrise de la température en cuisine et des zones de service, aucun autre cas n'a été signalé.

Troisième fois chanceux

L'investigation sur l'épidémie avait une hypothèse principale, norovirus, en raison du fait qu'un membre du personnel était soupçonné de gastro-entérite, d'un début rapide de maladie et de mauvaises pratiques alimentaires vu lors de la première visite sur place. Cela signifiait qu'il avait été décidé de ne pas procéder à l'échantillonnage des aliments. La deuxième hypothèse soupçonnait Clostridium perfringens mais a concentré les études environnementales sur la préparation de la viande et de la sauce.

Les chercheurs ont recommandé de garder l'esprit ouvert lors des investigations initiales et de toujours effectuer des prélèvements alimentaires et environnementaux à la première occasion en cas de suspicions d'épidémies liées aux aliments.

Les praticiens de l'hygiène du milieu du Shropshire Council ont visité le site à quatre reprises au cours de l'investigation. Huit échantillons d'aliments ont été prélevés, mais aucun pendant la période d'exposition.

La dinde cuite, le bœuf et le porc et le chou-fleur et les poireaux dans la sauce au fromage et la sauce ont été testés négatifs pour les pathogènes. Les dénombrements d'organismes indicateurs sur le chou-fleur ont montré un dénombrement de colonies aérobies insatisfaisants de plus de 10⁵ unités formant colonie par gramme, conformément aux directives des aliments prêt à consommer.

Les investigations environnementales ont identifié une contamination croisée probable entre les aliments crus et cuits et la réutilisation des restes de sauce au fromage pour le service du lendemain. Les méthodes de préparation des poireaux dans la sauce au fromage comprenaient la réutilisation de restes de sauce combinée au refroidissement ambiant ; réchauffage au micro-ondes et températures de maintien au chaud inadéquates. La préparation du chou-fleur différait donc ce plat avec la sauce était maintenu sous contrôle de température.

La première visite a mis en évidence des lacunes dans l'hygiène alimentaire standard et le contrôle de la température pendant la cuisson, la conservation à chaud et le service. Un membre du personnel du bar travaillait alors qu'il était symptomatique et une personne aurait été malade sur les lieux la veille de la première exposition signalée. L'histoire de l'hygiène alimentaire du restaurant a toujours maintenu une note de 5 sur 5 au cours des sept dernières années.

Lien avec les poireaux dans la sauce au fromage

Sur les 102 convives déclarés qui avaient mangé au restaurant, 44 n'avaient aucun symptôme tandis que 58 étaient malades. Au total, 43 personnes ont répondu au questionnaire. Trois ne répondaient pas aux définitions de cas, car ils n’ont pas mangé au restaurant et ont été retirés de l'analyse.

Sur les restants, 28 étaient des cas et 12 étaient des témoins. L'âge médian des répondants était de 65 ans avec une fourchette de 5 à 86 ans. Soixante-trois pour cent des cas étaient des femmes.

Un groupe de cinq convives a mangé au service de table préparé pendant la journée ; les 97 autres ont mangé au déjeuner préparé pendant la nuit. Le Shropshire Council a été informé de quatre autres cas parmi le personnel du restaurant, mais ils ont été exclus car les expositions alimentaires ou les dates d'exposition n'ont pas pu être établies.

Sur les 28 cas, 27 ont souffert de diarrhée et de douleurs abdominales et quatre ont signalé des vomissements. Une personne a dû être hospitalisée. La période d'incubation médiane était de 17 heures avec une plage de moins d'une heure à trois jours. La moitié des cas ont signalé des symptômes d'une durée inférieure à 24 heures et 79% des symptômes ont duré 48 heures ou moins.

Quatre expositions alimentaires ont été intéressantes à partir d'une analyse, les poireaux dans la sauce au fromage, la purée de daim, la farce et le chou-fleur. Les chances de tomber malade étaient 50 fois plus élevées chez ceux qui mangeaient des poireaux en sauce au fromage que chez ceux qui n'en consommaient pas.

Les chercheurs ont déclaré que l'épidémie rappelait aux entreprises de veiller à ce que la formation du personnel soit mise à jour lorsque des aliments sont ajoutés ou modifiés dans le menu, en particulier lorsque les processus de cuisson changent. Lorsqu'elles utilisent des systèmes d'enregistrement de température numériques, les entreprises doivent s'assurer que plusieurs utilisateurs formés ont accès et que tous les paramètres définissables par l'utilisateur sont correctement configurés pour les points critiques pour la maîtrise (CCP) de la température et les limites correctives.