France : Facteurs de risque des STEC associés au SHU

«Des scientifiques étudient les facteurs de risque des STEC associés au SHU en France», source article de Joe Whitworth paru le 23 septembre 2023 dans Food Safety News.

Des chercheurs ont constaté une tendance à la hausse significative des cas sporadiques de SHU à E. coli O26 et E. coli O80 au cours d'une décennie en France, mais une diminution notable pour E. coli O157.

Le syndrome hémolytique et urémique (SHU) associé à E. coli constitue un risque important de santé publique en France, selon les scientifiques. Le SHU est une complication grave associée aux infections à E. coli qui provoque une insuffisance rénale et peut entraîner des lésions cérébrales et d'autres complications à vie.

Les chercheurs ont mené une étude sur 1 255 cas pédiatriques sporadiques signalés entre 2012 et 2021, et les résultats ont été publiés dans la revue du CDC, Emerging Infectious Diseases, «Sporadic Shiga Toxin–Producing Escherichia coli-Associated Pediatric Hemolytic Uremic Syndrome, France, 2012–2021».

Les notifications annuelles de cas variaient entre 109 en 2014-2015 et 163 en 2017. La plupart concernaient des enfants de moins de trois ans. Les sérogroupes O26, O80 et O157 de E. coli représentaient 78% des cas, et 13 groupes importants ont été identifiés.

Cas sporadiques enregistrés

En France, la surveillance des E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) repose sur une surveillance clinique et microbiologique volontaire du SHU chez les enfants de moins de 15 ans. Les taux d'incidence annuels du SHU à STEC pédiatrique sont relativement élevés. Les cas suspects de SHU à STEC chez les moins de 15 ans sont signalés à Santé Publique France.

La surveillance microbiologique des STEC est volontaire et coordonnée par le Centre National de Référence (CNR) des E. coli, Salmonella et Shigella de l'Institut Pasteur et son laboratoire associé.

Déterminer la source de contamination des cas sporadiques est difficile pour des raisons telles que les données épidémiologiques limitées, les multiples sources potentielles de contamination et les lacunes dans les connaissances sur les interactions source-vecteur du pathogène, ont dit les scientifiques.

Un prélèvement a été envoyé au CNR pour 1 132 cas, et 717 ont eu un sérogroupe STEC identifié. Les trois principaux sérogroupes représentaient 559 des 717 cas : O26 avec 228 cas, O80 avec 149 et O157 avec 182 cas.

La proportion de patients de sexe féminin et masculin était comparable sur la période d’étude. Près de 800 des 1 255 cas concernaient des patients âgés de moins de trois ans. Les taux d'incidence variaient selon le groupe d'âge, les plus élevés chez les enfants de 1 à 2 ans. L'incidence la plus élevée s'est produite de juillet à octobre.

Pour les STEC O26 et STEC O80, les régions de la moitié est de la France présentaient des taux d'incidence légèrement plus élevés. Pour les STEC O157, les taux les plus élevés se situent essentiellement dans le nord-ouest de la France.

Clusters trouvés

L'analyse par sérogroupe a identifié deux clusters significatifs : STEC O26 en 2019 dans le Sud-Est de la France et STEC O80 en 2017 dans le Nord-Est de la France. Les données WGS pour les isolats du cluster O26 2019 ont identifié trois clusters liés au WGS de deux isolats chacun. Cependant, les enquêtes épidémiologiques n’ont pas permis d’identifier une source commune d’infection.

Le Sud-Est de la France est la deuxième région la plus densément peuplée du pays et comprend une grande ville, Lyon, mais aussi des zones rurales et une forte densité de bétail.

L'analyse annuelle a identifié 13 clusters importants. Il y avait au moins un cluster chaque année, sauf en 2014 et 2017, avec un maximum de trois en 2018. La taille moyenne des clusters était de 10 cas mais variait de deux à 20 cas. Des clusters se sont produites de juin à novembre et la plupart correspondaient au pic saisonnier observé dans les notifications des SHU à STEC de juillet à octobre.

Les auteurs notent dans leur étude,

Notre étude s'ajoute à un corpus de recherches existant démontrant l'effet de l'application de statistiques d'analyse pour décrire la dynamique spatio-temporelle des maladies sporadiques, même pour des événements plus rares. Nos résultats fournissent des informations importantes sur le contexte épidémiologique et ont des implications pour la détection et l'enquête sur les épidémies ainsi que pour les perspectives de recherche visant à améliorer la connaissance des facteurs de risque associés aux disparités géographiques de la maladie.

L’identification de plusieurs zones géographiques présentant des clusters récurrents de SHU à STEC sporadiques confirme statistiquement, et à une échelle géographique beaucoup plus fine, les observations antérieures de disparités d’incidence régionale du SHU à STEC pédiatrique en France. La prise en compte des différences géographiques est pertinente pour l'analyse des données de surveillance à des fins de détection des épidémies, en particulier pour évaluer les signaux épidémiologiques et la décision d'ouvrir des enquêtes. Les différents risques relatifs géographiques identifiés dans cette étude seront intégrés dans SaTScan dans le cadre des recherches en cours sur son application à la détection des épidémies en France. Par rapport au WGS, la détection statistique de clusters spatio-temporels offre une approche réactive qui peut être appliquée aux données de notification de cas avant que les données WGS ne soient disponibles (par exemple, des délais de ≈3 semaines en France) ou en l'absence d'isolement de souche.

Notre étude fournit également les données et justifications nécessaires pour des recherches plus approfondies sur les facteurs géographiques associés à un risque de base plus élevé de SHU à STEC en France. Des études écologiques menées dans plusieurs pays à l'aide des données de surveillance des STEC ont identifié des associations significatives avec la densité des ruminants, la classification rurale et les sources d'eau, en particulier l'utilisation de puits privés. Les résultats d'une étude réalisée en France par Haus-Cheymol et al. ont suggéré une association entre l'incidence pédiatrique du SHU à STEC et la densité des bovins laitiers et des veaux. La répartition géographique décrite dans cette étude pour une densité plus élevée de bovins laitiers chevauche en partie les zones géographiques à plus haut risque identifiées dans notre étude dans le nord-ouest et l'est de la France. L’étude mérite cependant d’être mise à jour car elle date du début des années 2000, se limite à un niveau géographique plus macroscopique et couvre une période antérieure à plusieurs évolutions observées dans l’épidémiologie des STEC en France.

Notre analyse a également identifié des groupes spatio-temporels significatifs et récurrents constitués de cas appartenant à différents sérogroupes. Cette découverte suggère des conditions favorables à la transmission des STEC qui pourraient contribuer à un risque plus élevé de SHU à STEC, notamment des différences géographiques susceptibles d'influencer le risque de STEC en raison de différents modes d'exposition alimentaire et environnementale par diverses voies de transmission. Nous prévoyons d'utiliser nos résultats dans d'autres études visant à explorer l'association avec des paramètres environnementaux potentiellement sous-jacents au risque de SHU à STEC en France. Mener une telle étude à une échelle géographique plus fine viserait à fournir de meilleures informations aux professionnels de la santé publique pour cibler et adapter les interventions de santé publique, y compris la communication avec la population générale, visant la prévention des STEC.