Une étude révèle une faible utilisation du séquençage du génome entier en dehors des États-Unis et de l’Europe

«Une étude révèle une faible utilisation du séquençage du génome entier en dehors des États-Unis et de l’Europe», source article de Joe Whitworth paru le 22 avril 2022 dans Food Safety News.

Selon une étude, un tiers des répondants à l'enquête dans les pays à revenu faible ou intermédiaire n'utilisent pas le séquençage du génome entier ou complet (WGS pour whole genome sequencing).

Seuls 8 % ont déclaré utiliser le WGS de manière routinière et en temps réel, ce qui met en évidence une adoption minimale de la technologie pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire en dehors des États-Unis, du Canada et de l'Europe.

Les principaux obstacles à la mise en œuvre étaient le manque de financement, les lacunes en matière d'expertise et de formation, en particulier pour l'analyse et l'interprétation des données, selon l'étude publiée dans la revue Foodborne Pathogens and Disease, «PulseNet International Survey on the Implementation of Whole Genome Sequencing in Low and Middle-Income Countries for Foodborne Disease Surveillance».

PulseNet International (PNI) a réalisé l'étude pour identifier les défis auxquels les pays étaient confrontés concernant le WGS. Le groupe se compose de laboratoires et de réseaux de laboratoires nationaux, régionaux et sous-régionaux dans 88 pays qui suivent les maladies d'origine alimentaire dans le monde.

Statistiques de séquençage

Quarante et une institutions de 33 des 54 pays d'Afrique, d'Asie-Pacifique, d'Amérique latine, des Caraïbes et du Moyen-Orient ont répondu à l'enquête début 2020. Les deux tiers des répondants étaient des laboratoires nationaux de référence, y compris ceux de la santé publique nationale, de l'agriculture , et les autorités de sécurité des aliments.

Un sur cinq utilise le WGS pour les investigations sur les épidémies après avoir été identifié par d'autres moyens et 28% l'utilisent uniquement pour la recherche et les études pilotes.

Parmi les laboratoires qui n'ont pas mis en œuvre le WGS, 40% sous-traitent le séquençage à une autre institution, mais ils prévoient d'adopter le WGS en interne pendant ou après 2022.

Vingt pour cent des laboratoires n'utilisent pas le WGS pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire, bien que le séquençage soit effectué sur place à d'autres fins. La majorité des laboratoires qui utilisent le WGS pour des investigations après une épidémie ou pour des études pilotes effectuent le séquençage dans leur propre établissement.

En 2019, seulement 5% des laboratoires ont séquencé plus de 1 000 isolats. Bien que 66% aient séquencé 0 à 100 isolats cette année-là, les laboratoires restants ont séquencé entre 100 et 1 000 isolats. La majorité des tests ont été effectués sur des pathogènes d'origine alimentaire tels que Salmonella, E. coli, Shigella, Vibrio, Campylobacter et Listeria.

Problèmes d'analyse des données

La capacité de génération de séquences est généralement supérieure à celle d'analyse ou d'interprétation des données. La capacité de calcul et de bioinformatique s'est avérée généralement faible.

Quarante-quatre pour cent des répondants ont déclaré que la capacité et l'expertise de leurs laboratoires à utiliser, développer, optimiser et dépanner les protocoles d'analyse bioinformatique pour les données WGS étaient faibles ou inexistantes.

La majorité des laboratoires n'ont pas de lignes directrices établies pour l'interprétation des données WGS telles que le nombre d'allèles ou de différences SNP pour la détection des épidémies.

Les connaissances des utilisateurs finaux pour une utilisation efficace des données WGS sont faibles. Seul un tiers des laboratoires ont déclaré que le niveau de connaissances et la capacité à utiliser les données WGS pour la prise de décision en matière de santé publique étaient bons ou excellents.

La diffusion des résultats du WGS se fait en grande partie par des méthodes traditionnelles et le partage des données est limité. Les méthodes traditionnelles, y compris les feuilles de calcul Excel, les copies papier, y compris le fax, et en personne ou par téléphone ont dominé les méthodes modernes telles que les systèmes de gestion des informations de laboratoire et les sites Internet internes.

Plus de la moitié des laboratoires n'échangent pas de données de séquençage avec des partenaires externes dans leur pays et seulement la moitié des répondants rendent parfois leurs données de séquençage accessibles au public.

La moitié des laboratoires pensent que PNI devrait se concentrer sur la formation, en particulier dans l'analyse des données WGS, et que l'accès à des outils et des pipelines d'analyse normalisés et validés à l'échelle mondiale est essentiel pour progresser vers la surveillance mondiale des maladies d'origine alimentaire à l'aide du WGS.

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