Analyse du WGS de Listeria monocytogenes d’environnements ruraux, urbains et agricoles en Norvège: diversité génétique, persistance et relation avec les isolats cliniques et alimentaires

«Analyse du WGS de Listeria monocytogenes d’environnements ruraux, urbains et agricoles en Norvège: diversité génétique, persistance et relation avec les isolats cliniques et alimentaires», source article paru dans Applied and Environmental Microbiology.

Résumé

Listeria monocytogenes est une bactérie environnementale ubiquitaire associé à une grande variété d'environnements naturels et artificiels, tels que le sol, la végétation, le bétail, les environnements de transformation des aliments et les zones urbaines. Il fait également partie des pathogènes d'origine alimentaire les plus meurtriers, et la connaissance de sa présence et de sa diversité dans les sources potentielles est cruciale pour le suivre et le contrôler efficacement dans la chaîne alimentaire. L'isolement de L. monocytogenes dans divers environnements ruraux et urbains a montré une prévalence plus élevée dans les développements agricoles et urbains que dans les zones forestières ou montagneuses, et cette détection était positivement associée aux précipitations. Le séquençage du génome entier (WGS) a été réalisé pour les isolats collectés et pour L. monocytogenes d’exploitations laitières norvégiennes, au total 218 isolats. Les données ont été comparées aux ensembles de données disponibles provenant de sources cliniques et alimentaires en Norvège recueillies au cours de la dernière décennie. Plusieurs exemples de clusters d'isolats présentant des différences alléliques de 0 à 8 wgMLST ont été collectés au fil du temps au même endroit, démontrant la persistance de L. monocytogenes dans les environnements naturels, urbains et agricoles. En outre, plusieurs clusters avec 6 à 20 différences alléliques wgMLST contenant des isolats collectés à différents endroits, moments et habitats ont été identifiées, dont neuf clusters hébergeant des isolats cliniques. Les clones les plus omniprésents trouvés dans le sol et d'autres écosystèmes naturels et animaux (CC91, CC11 et CC37) étaient distincts des clones prédominants parmi les isolats cliniques (CC7, CC121, CC1) et alimentaires (CC9, CC121, CC7, CC8). Les analyses ont indiqué que ST91 était plus répandu en Norvège que dans d'autres pays et ont révélé une forte proportion de ST121 hypovirulent parmi les cas cliniques norvégiens.

Importance

Listeria monocytogenes est un pathogène mortel d'origine alimentaire répandu dans l'environnement. Pour une gestion efficace, les autorités de santé publique et les producteurs alimentaires ont besoin d'outils fiables pour le suivi des sources, la surveillance et l'évaluation des risques. Pour cela, le séquençage du génome entier (WGS) est considéré comme la référence actuelle et future. Dans la présente étude, nous avons utilisé le WGS pour montrer que L. monocytogenes peut persister pendant des mois et des années dans des environnements naturels, urbains et d’exploitations laitières. Notamment, des clusters d'isolats presque identiques, avec des distances génétiques dans les seuils souvent suggérés pour définir un groupe épidémique, peuvent être collectés à partir de sources géographiquement et temporellement indépendantes. Les travaux soulignent la nécessité d'une meilleure connaissance des relations génétiques entre les isolats cliniques et les isolats de L. monocytogenes provenant d'un large éventail d'environnements, y compris les environnements naturels, urbains, agricoles, d'élevage, de production alimentaire et de transformation des aliments, afin de correctement interpréter et utiliser les résultats des analyses WGS.

Aux lecteurs du blog

Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut pas payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles.