Les alertes liées aux cas d’intoxication alimentaire dans l'UE ont diminué en 2020

«Les alertes liées aux cas d’intoxication alimentaire dans l'UE ont diminué en 2020», source article de Joe Whitworth paru le 28 juin 2021 dans Food Safety News.

Un système utilisé par les pays européens pour signaler les cas d’intoxication alimentaire a vu le nombre de demandes baisser en 2020 par rapport à l'année précédente.

L’European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) héberge la plate-forme EPIS-FWD (système d'information sur les épidémies pour les maladies d'origine alimentaire et hydrique), qui comprend les demandes urgentes.

Les enquêtes urgentes sont lancées par les pays ou l'ECDC pour évaluer l'aspect dans plusieurs pays potentiels des événements nationaux.

Salmonella, le problème principal

En 2020, 72 enquêtes urgentes ont été initiées contre 88 en 2019, le nombre le plus élevé depuis le lancement de la plateforme. L'année dernière, des alertes sont venues de 16 des 52 pays du réseau et une sur une vibriose a été lancée par l'ECDC et près de la moitié étaient dues à Salmonella.

Dans l'ensemble, les alertes concernaient la salmonellose, la listériose, l'infection à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), le virus de l’hépatite A, la shigellose, la campylobactériose, la yersiniose, le botulisme, norovirus, la psittacose, le virus de l'encéphalite à tiques et la vibriose. En moyenne, 10 pays ont répondu à chaque alerte.

Il y a eu une réduction de la détection et de la réponse aux épidémies d'origine alimentaire et hydrique au cours des premières semaines de COVID-19, mais le nombre d'incidents surveillés a augmenté pendant l'été et l'automne. En 2020, soutenir la réponse européenne au COVID-19 est devenu l'activité principale de l'agence, consommant la plupart de son temps et de ses ressources.

Une enquête de six mois sur les performances de l'ECDC pendant la pandémie par le Médiateur européen a révélé des lacunes dans les pratiques de transparence et la nécessité d'améliorer les données reçues des autorités nationales.

EPIS va être remplacé par une solution de gestion des événements et des menaces (ETMS pour Event and Threat Management Solution), un nouvel outil de détection et de gestion des événements et des menaces.

Développement du WGS

À la fin de 2020, neuf pays soumettaient régulièrement des données de surveillance sur la listériose au séquençage du génome entier, et huit pays dans le cadre d'enquêtes sur les épidémies. Au total, 28 cas groupés ou clusters dans plusieurs pays possibles à Listeria monocytogenes ont été détectées en Europe. Parmi ceux-ci, 16 ont été trouvés par les États membres via une interface utilisateur et 12 par l'ECDC.

Les points de contact nationaux pour les maladies d'origine alimentaire et hydrique se sont réunis virtuellement en mars 2020 et ont discuté de la propagation transfrontalière potentielle de Campylobacter. Plus tard dans l'année, la Suède a lancé une interface utilisateur et la première propagation transfrontalière d'infections à Campylobacter vérifiée par WGS a été confirmée impliquant la Suède, le Danemark, la Norvège et le Luxembourg.

En 2020, l'ECDC a publié deux évaluations sur des épidémies avec l'EFSA: une troisième mise à jour sur une épidémie dans plusieurs pays à Salmonella Enteritidis liée à des œufs et une sur des cas d’infections à Salmonella Typhimurium et Salmonella Anatum liées à des noix du Brésil.

L'ECDC a développé un système pour la collecte, la gestion, l'analyse et le stockage des données du séquençage du génome entier qui permettra une analyse en temps réel et une comparaison visuelle des séquences pour identifier les souches courantes et détecter les épidémies. Il sera d'abord appliqué aux agents pathogènes dont Listeria, Salmonella et STEC. La publication a été reportée en raison de la pandémie mais est fixée pour cette année.

Les travaux préparatoires sur la collecte et l'analyse des données WGS provenant d'isolats humains et alimentaires se sont poursuivis en 2020. À l'avenir, les bases de données de l’ECDC et de l’EFSA resteront distinctes, mais échangeront des données en temps réel pour rechercher et détecter des séquences parmi les isolats humains et non humains.