Des chercheurs disent que des chauves-souris du Royaume-Uni hébergent de nouveaux coronavirus

Nouvel exemple où il n’est nul besoin d’anticipation chère à l'Anses sur les liens entre santé humaine et santé animale. En effet, «Des chercheurs disent que des chauves-souris du Royaume-Uni hébergent de nouveaux coronavirus», source article de Stéphanie Soucheray paru le 28 juin 2023 dans CIDRAP News.

Dans Nature Communications, des chercheurs décrivent la découverte de quatre espèces de coronavirus en circulation, dont deux nouvelles espèces, parmi 16 espèces de chauves-souris indigènes au Royaume-Uni.

Bien qu'aucune ne soit actuellement capable d'infecter les humains, les virus présentent des similitudes avec ceux qui causent la COVID-19 et le MERS (Middle East respiratory syndrome ou syndrome respiratoire du Moyen-Orient).

Les virus ne sont pas susceptibles d'infecter les cellules humaines

La surveillance a été effectuée dans le cadre de travaux réguliers de conservation qui impliquaient la collecte de 48 prélèvements fécaux. Dix-sept espèces de chauves-souris vivent et se reproduisent au Royaume-Uni. Parmi les échantillons prélevés sur 16 espèces, deux espèces d'alphacoronavirus ont été détectées, un coronavirus lié au MERS-CoV et un sarbecovirus. Le SRAS-CoV-2, qui cause la COVID-19, est un sarbecovirus.

Pour voir si l'un des virus pouvait infecter les humains, les chercheurs ont ensuite créé des «pseudovirus», qui transportent la protéine que le virus utilise pour se lier aux cellules hôtes, mais ils ne peuvent pas se répliquer. Aucun des pseudovirus ne pouvait infecter les cellules humaines, ont-ils découvert. Cependant, l'un des sarbecovirus retrouvés chez la petite chauve-souris en fer à cheval a pu se lier à l'ACE2, le récepteur que le virus SARS-CoV-2 utilise pour pénétrer dans les cellules humaines, a expliqué un communiqué de presse.

Mais le virus ne pourrait pénétrer dans les cellules humaines que dans des conditions de laboratoire et nécessiterait probablement d'autres adaptations avant de constituer une menace pour la santé humaine.

«Nous avons trouvé une forte prévalence de recombinaison génétique parmi les sarbecovirus, en particulier dans le gène de pointe», ont dit les auteurs, «ce qui peut faciliter les adaptations virales pour surmonter la barrière génétique pour un saut zoonotique.»

Les experts disent que les résultats ne sont pas inattendus

Plusieurs experts ont commenté l'étude sur le site Internet du Science Media Center, suggérant qu'il faut faire preuve de prudence avec ces résultats.

«Nous ne devrions pas interpréter cette étude comme montrant que la prochaine pandémie proviendra du Royaume-Uni, ou que le risque des chauves-souris britanniques est plus élevé que nous ne le pensions auparavant», a dit Dan Horton, professeur de virologie vétérinaire à l'Université de Surrey. «Ce que cela montre, c'est le travail de virologues et d’écologistes des chauves-souris travaillant ensemble, la nécessité de mieux comprendre les risques, et que nous avons les outils et l'expertise disponibles pour le faire.»

Alice Hughes de l'Université de Hong Kong, a dit que les résultats étaient à prévoir. «En regardant, nous trouverons plus de coronavirus chez les chauves-souris, en particulier les chauves-souris en fer à cheval dans tout l'Ancien Monde», a-t-elle dit. «Cela ne devrait pas être considéré comme une cause d'inquiétude ; les chauves-souris ont coévolué avec les coronavirus, et pour l'instant nous n'en connaissons que trois qui se soient propagés aux humains (SRAS, MERS et SRAS-CoV2), et tous avaient un effet Hôte intermédiaire.»

Rachael Tarlinton de l'Université de Nottingham, a dit: «Il est extrêmement peu probable que la prochaine pandémie de coronavirus provienne de chauves-souris britanniques ... Ces coronavirus ne présentent pas un risque particulièrement élevé de se croiser avec d'autres espèces.»

«Le risque pour la santé publique reste très faible», a ajouté Graham Smith, scientifique principal au National Wildlife Management Centre avec l'Agence de la santé animale et végétale.

Et l'épidémiologiste Olivier Restif de l'Université de Cambridge, a ajouté : «Il n'y a aucune preuve que l'un des virus identifiés par cette étude puisse provoquer une maladie ou même une épidémie au Royaume-Uni. En fait, tous les virus sauf un se sont avérés être incapable de reconnaître les cellules humaines dans des conditions de laboratoire, ce qui suggère qu'elles seraient inoffensives.»

One Health dans l’UE ? Les autorités allemandes saisissent des chauves-souris cuites à la frontière belge

La dernière fois que je vous ai parlé de la viande de brousse, c’était dans un article intitulé, One Health en France ? Les douanes de Roissy débordées par l’afflux illégal de viande de brousse.

«Au moins, elles sont cuites ?», se demande Joe Whitworth qui m’a communiqué cette information, car «Les autorités allemandes saisissent des chauves-souris cuites à la frontière belge», source dw.com du 12 avril 2023.

La police fédérale a trouvé des chauves-souris cuites et une tonne de poisson non réfrigéré en fouillant une camionnette en provenance de Belgique. Le chauffeur fait face à plusieurs procédures administratives notamment pour violation des lois sur l'hygiène alimentaire.

Un citoyen ivoirien est en détention en Allemagne après qu'il a été découvert que la camionnette qu'il conduisait transportait une charge inhabituelle composée de poisson non réfrigéré et de chauves-souris cuites.

La police fédérale a déclaré qu'une patrouille avait arrêté lundi le véhicule, qui n'était pas assuré, près de la ville frontalière d'Aix-la-Chapelle. Ils ont dit que les chauves-souris ont été retrouvées sous environ une tonne de poissons.

Que savons-nous de plus sur l'incident ?

Les chauves-souris et les poissons ont été confisqués après qu'un vétérinaire du bureau local de protection des consommateurs ait inspecté les lieux. La police a également saisi la camionnette non assurée.

La police a indiqué dans un communiqué que le conducteur de 31 ans, un citoyen ivoirien, faisait désormais l'objet d'une plainte pénale pour divers infractions routières. Il fait également l'objet d'une enquête pour être entré dans le pays sans papiers, ni permis de conduire, ont-ils déclaré.

De plus, des poursuites administratives seront menées à son encontre pour manquements aux règles d'hygiène alimentaire et éventuellement aussi pour d'éventuelles infractions liées aux lois de conservation à cause des chauves-souris.

Il est détenu sur ordre d'un tribunal d'Aix-la-Chapelle en attendant d'être remis aux autorités italiennes, où il est enregistré en tant que résident.

Les chauves-souris, principalement des chauves-souris frugivores, sont consommées par les habitants de nombreux pays du monde, dont la Chine, le Vietnam et l'Indonésie.

Le SRAS-CoV-2 est passé de la chauve-souris à l'homme sans grand changement

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Selon un article paru dans PLOS Biology, La sélection naturelle dans l'évolution du SRAS-CoV-2 chez les chauves-souris a créé un virus généraliste et un agent pathogène humain hautement capable. Source EurekAlert!

Dans quelle mesure le SRAS-CoV-2 a-t-il dû changer pour s'adapter à son nouvel hôte humain? Dans un recherche publiée dans la revue en libre accès PLOS Biology Oscar MacLean, Spyros Lytras de l'Université de Glasgow et ses collègues montrent que depuis décembre 2019 et pendant les 11 premiers mois de la pandémie de SRAS-CoV-2, il y a eu très peu changements génétiques «importants» observé dans les centaines de milliers de génomes viraux séquencés.

L'étude est une collaboration entre des chercheurs du Royaume-Uni, des États-Unis et de Belgique. Les auteurs principaux, le professeur David L. Robertson (au MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research, Écosse) et le professeur Sergei Pond (à l'Institute for Genomics and Evolutionary Medicine, Temple University, Philadelphie) ont pu mettre à profit leur expérience de l'analyse des données du VIH et d'autres virus jusqu'au SRAS-CoV-2. Le cadre analytique de pointe de Pond, HyPhy, a joué un rôle déterminant dans la découverte des signatures de l'évolution intégrées dans les génomes du virus et repose sur des décennies de connaissances théoriques sur les processus évolutifs moléculaires.

Le premier auteur, le Dr Oscar MacLean, explique: «Cela ne signifie pas qu'aucun changement ne s'est produit, des mutations sans importance évolutive s'accumulent et «surfent» le long des millions d'événements de transmission, comme elles le font dans tous les virus.» Des changements peuvent avoir un effet, par exemple, le remplacement de Spike D614G qui s'est avéré améliorer la transmissibilité et certaines autres modifications de la biologie virale dispersées sur son génome. Dans l'ensemble, cependant, les processus évolutifs «neutres» ont dominé. MacLean ajoute: «Cette stase peut être attribuée à la nature hautement sensible de la population humaine à ce nouveau pathogène, avec une pression limitée de l'immunité de la population et un manque de confinement, conduisant à une croissance exponentielle faisant de presque tous les virus un gagnant.»

Pond commente: «Ce qui a été si surprenant, c'est à quel point le SRAS-CoV-2 a été transmissible depuis le début. Habituellement, les virus qui sautent vers une nouvelle espèce hôte mettent un certain temps à s'adapter pour être aussi capables que le SRAS-CoV-2 de se propager, et la plupart ils ne parviennent jamais au-delà de ce stade, ce qui entraîne des débordements sans issue ou des épidémies localisées.»

En étudiant les processus de mutation du SRAS-CoV-2 et des sarbécovirus apparentés (le groupe de virus SARS-CoV-2 appartient aux chauves-souris et pangolins), les auteurs ont trouvé des preuves d'un changement assez significatif, mais tout avant l'émergence du SRAS-CoV- 2 chez l'homme. Cela signifie que la nature «généraliste» de nombreux coronavirus et leur facilité apparente à sauter entre les hôtes, imprégnaient le SRAS-CoV-2 d'une capacité toute faite à infecter les humains et d'autres mammifères, mais ces propriétés ont probablement évolué chez les chauves-souris avant le débordement chez l'homme.

Spyros Lytras, premier auteur et étudiant en doctorat, ajoute: «Fait intéressant, l'un des virus de chauve-souris les plus proches, RmYN02, a une structure génomique intrigante composée à la fois de segments de type SRAS-CoV-2 et de virus de chauve-souris. Son matériel génétique contient les deux signatures de composition distinctes (associées à l'action de l'immunité antivirale de l'hôte), soutenant ce changement de rythme d'évolution, se sont produites chez les chauves-souris sans avoir besoin d'une espèce animale intermédiaire.»

Robertson commente, «la raison du 'changement de vitesse' du SRAS-CoV-2 en termes de son taux d'évolution accru à la fin de 2020, associé à des lignées plus fortement mutées, est que le profil immunologique de la population humaine a changé.» Le virus vers la fin de 2020 entrait de plus en plus en contact avec l'immunité existante de l'hôte, car le nombre de personnes précédemment infectées est maintenant élevé. Cela sélectionnera des variants qui peuvent esquiver une partie de la réponse de l'hôte. Associées à l'évasion de l'immunité dans les infections à long terme dans les cas chroniques (par exemple, chez les patients immunodéprimés), ces nouvelles pressions sélectives augmentent le nombre de mutants viraux importants.

Il est important de comprendre que le SRAS-CoV-2 reste un virus aigu, éliminé par la réponse immunitaire dans la grande majorité des infections. Cependant, il s'éloigne maintenant plus rapidement du variant de janvier 2020 utilisé dans tous les vaccins actuels pour augmenter l'immunité protectrice. Les vaccins actuels continueront de fonctionner contre la plupart des variants en circulation, mais plus le temps passera et plus l'écart entre le nombre de personnes vaccinées et non vaccinées sera grand, plus il y aura d'opportunités pour échapper au vaccin. Robertson ajoute: «La première course a été de développer un vaccin. La course est maintenant de faire vacciner la population mondiale le plus rapidement possible.»

La France rapporte un décès dû à la rage à cause du Lyssavirus de la chauve-souris européenne de type 1, une première pour le pays

La France rapporte un décès dû à la rage à cause du Lyssavirus de la chauve-souris européenne de type 1, une première pour le pays, source Outbreak News.

Selon une analyse rétrospective, l'Institut Pasteur a fait état du décès d'un 60 ans de Limoges qui est décédé des suites du Lyssavirus de la chauve-souris européenne de type 1 en août 2019. On pense que la victime a été mordue ou griffée par une chauve-souris nichant dans le grenier de sa maison.

En août 2019, il est décédé d'une encéphalite, dont la cause n'était pas connue.

Un partenariat établi entre l'hôpital Necker et l'Institut Pasteur, visant à identifier les causes des encéphalites non documentées, a conduit à l'analyse génétique d'échantillons post mortem. Ces analyses à l'hôpital Necker de Paris ont montré qu'il avait contracté un lyssavirus, European Bat Lyssavirus type 1 (EBLV-1).

Concernant la chauve-souris européenne, « cela fait trente-cinq ans qu’un décès de ce type n’était pas arrivé dans le monde. Et en France métropolitaine, il s’agit bien d’une première », assure Laurent Dacheux.

«Nous avons eu un décès identique en 1985 en Russie. Deux autres décès concernant des chiroptérologues [scientifiques étudiant les chauves-souris] dans lesquels est impliquée une autre espèce de lyssavirus de chauves-souris, le EBLV-2, ont été répertoriés en 1985 en Finlande et un autre en Écosse en 2002», a-t-il ajouté, estimant que «le patient décédé à Limoges a semble-t-il été en contact avec des chauves-souris qui nichaient dans son grenier».

En France, la rage est officiellement éradiquée depuis 2001, souligne le chercheur. «Le dernier cas répertorié en France et concernant les animaux non volants, remonte à 1998».

Les chauves-souris et peut-être certains pangolins ont probablement causé la pandémie de COVID-19 et ils pourraient le faire à nouveau. Ce qu'on savait depuis 2007...

« Les chauves-souris et peut-être certains pangolins ont probablement causé la pandémie de COVID-19 et ils pourraient le faire à nouveau », source article de Dan Flynn paru le 23 juillet 2020 dans Food Safety News.

Un article publié dans l'American Journal of Tropical Medicine and Hygiene par d'éminents scientifiques suggère que des chauves-souris naturellement infectées et des pangolins en Asie et en Asie du Sud-Est ont probablement causé la pandémie de COVID-19.

« Le mécanisme spécifique de son apparition chez l'homme reste inconnu », disent les auteurs. « Néanmoins, un large corpus de données virologiques, épidémiologiques, vétérinaires et écologiques établit que le nouveau virus, le SRAS-CoV-2, a évolué de répertoire ou indirectement à partir d'un groupe de coronavirus B dans le sarbecovirus (virus SRAS-like) qui infecte naturellement les chauves-souris et pangolins en Asie et en Asie du Sud-Est », dit le résumé.

« Les scientifiques ont averti depuis des décennies que de tels sarbécovirus sont sur le point d'émerger, encore et encore, des facteurs de risque identifiés et ont plaidé pour des efforts accrus de prévention et de contrôle de la pandémie. Malheureusement, peu de mesures préventives de ce type ont été prises, ce qui a entraîné la dernière émergence de coronavirus détectée fin 2019, qui s'est rapidement propagée de manière pandémique. Le risque d'épidémies similaires de coronavirus à l'avenir reste élevé. En plus de contrôler la pandémie de COVID-19, nous devons entreprendre des actions scientifiques, de santé publique et sociétales vigoureuses, y compris un financement considérablement accru pour la recherche fondamentale et appliquée sur l'émergence de maladies, afin d'éviter que cette histoire tragique ne se répète », dit l'article.

La première épidémie de SRAS en 2002-2004 a également été mortelle mais a également disparu assez rapidement et le nouvel article indique qu'un avertissement en 2007 de scientifiques qui ont étudié ce qui s'est passé est resté largement ignoré. Comme le COVID-19, la première épidémie de SRAS était connue pour causer un coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère. Le SRAS a été identifié pour la première fois à Foshan, Guangdong, Chine, en novembre 2002. Il a infecté plus de 8 000 personnes dans 29 pays et territoires différents, causant au moins 774 décès. L'Organisation mondiale de la santé a déclaré la première pandémie de SRAS le 5 juillet 2003, les derniers cas étant signalés en 2004.

En 2007, les scientifiques qui ont étudié la première pandémie de SRAS ont déclaré qu'il y avait un grand réservoir de virus de type SRAS-CoV chez les chauves-souris fer à cheval qui ressemblait à une bombe à retardement. « La possibilité d'une réémergence du SRAS et d'autres nouveaux virus… ne doit pas être ignorée », ont-ils averti.

Des scientifiques du National Institute of Allergy and Infectious Disease (NIAID), de l'American Society of Tropical Medicine and Hygiene (ASTMH) et de la Boston University School of Medicine sont parmi les auteurs, qui appellent dans l'article à une « santé publique scientifique vigoureuse , et des actions sociétales, y compris un financement considérablement accru pour la recherche fondamentale et appliquée sur l'émergence de maladies, pour éviter que cette histoire tragique ne se répète. » Parmi les auteurs sont:

David Morens, conseiller principal du directeur du NIAID. Il est également actuellement président de l'American Committee on Arthropod-Borne Virus à l'ASTMH.

Joel Breman, actuel président de l'American Society of Tropical Medicine and Hygiene (ASTMH)

Gerald Keusch, directeur associé du National Emerging Infectious Diseases Laboratory Institute de l'Université de Boston et professeur associé à la School of Medicine; ancien directeur du Fogarty International Center au NIH.

« Alors que nous sommes confrontés à la multiplication des décès et aux bouleversements sociétaux de la pandémie de COVID-19, nous ne devons pas perdre de vue comment cette pandémie a commencé, comment et pourquoi nous avons manqué les signes avant-coureurs et ce que nous pouvons faire pour l'empêcher de se produire encore - et encore » , ont-ils écrit.

La discussion de l’article sur les réservoirs animaux de coronavirus est centrée sur les chauves-souris. Il est dit que « les chauves-souris de certaines espèces, y compris les rhinolophides, se perchent avec les chauves-souris d'autres espèces, facilitant les échanges viraux et améliorant l'évolution virale associée à des séquences génétiques similaires au SRAS-CoV et au SRAS-CoV-3. » Il est indiqué que les chercheurs ont cartographié les points chauds mondiaux pour déterminer où des infections potentielles pourraient apparaître.

Plus de 100 espèces de chauves-souris existent en Chine, où les deux souches de SRAS sont apparues. « De nombreux scientifiques ont proposé une surveillance agressive des points chauds connus pour essayer de prédire et de prévenir l'émergence virale qui pourrait avoir un impact sur la santé humaine, y compris l'alerte précoce des événements de changement d'hôte », poursuit l'article.

« Malheureusement, en dehors de certains membres de la communauté scientifique, il y a eu peu d'intérêt et aucun sentiment d'urgence », indique l'article. « En 2020, nous avons appris, tragiquement, à quoi ont conduit 12 ans d'avertissements non entendus: un sarbecovis dérivé de chauve-souris du même groupe de virus de chauve-souris semblable au SRAS qui avait été mis en garde par plusieurs voix pendant plus d'une décennie - est apparu et a continué et a provoqué la pandémie COVID-19 qui s'infiltre maintenant dans le monde. »