Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de
produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à
nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux
entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un
manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire
une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.
Des scientifiques exhortent les responsables gouvernementaux
à envisager de contribuer à la création d'une base de données internationale
pour partager et analyser les séquences d'ADN.
Un tel système est une plate-forme pour stocker des données
de séquençage du génome complet (WGS) sur les génomes entiers des micro-organismes
étudiés tels que bactéries, virus et parasites, offrant une caractérisation
rapide et des options de traitement de ces organismes lorsqu'ils sont détectés
chez des patients malades ou dans des aliments.
Aux États-Unis, le Centers for Disease Control and
Prevention collabore avec les États pour recueillir des séquences des agents
pathogènes dans la base de données PulseNet. Cela a permis d'aider à détecter
les épidémies et d'aider les investigations.
Saisir l'opportunité
Joergen Schlundt, professeur en sciences de l'alimentation
au Centre de technologie de l'alimentation de l'Université technologique de
Nanyang (NAFTEC), a déclaré que le GMI avait suggéré la création d'une telle
base de données, qui nécessiterait toutefois un accord politique entre tous les
pays.
« Je pense que la
conclusion principale est qu'un grand nombre de scientifiques et de techniciens
voient dans une formidable opportunité pour les scientifiques et les pays de
travailler ensemble pour développer la science dans ce domaine microbiologique
avec la nouvelle technologie, car c'est l'une des premières fois où si nous
connections toutes nos données ensemble dans une ou plusieurs grandes bases de
données, les chercheurs de les pays du monde en bénéficieront »,
a-t-il déclaré à Food Safety News.
«Si le système fonctionnait, la santé publique, animale et
végétale en bénéficierait, car vous auriez un système capable de toujours
indiquer votre micro-organisme, son nom, son origine, son traitement et
peut-être aussi s’il provoque des épidémies d'origine alimentaire.
« C'est une
ressource énorme que nous pourrions construire si nous le souhaitions.
Techniquement, ce n'est pas grave, mais nous avons besoin que les pays
discutent pour savoir si cela a du sens, s'ils souhaitent partager leurs
données et s'ils veulent les financer collectivement. L'utilisation optimale
dépend des politiques et de la volonté et de la capacité des pays à partager
des séquences génomiques à travers les frontières et en temps réel. »
Des bases de données sur les séquences d'ADN existent déjà, telles
que celles gérées par le National Center for Biotechnology Information (NCBI) et
l’European Nucleotide Archive (ENA), mais selon M. Schlundt, elles sont
passives.
« Ce serait un
système actif qui vous donnerait une réponse dès que vous envoyez votre
séquence. Donc, vous avez votre micro-organisme, vous le transmettez au
séquenceur, vous obtenez une séquence de sorte que quatre millions de lettres
dans un fichier Excel ou un autre fichier, vous l'envoyez à la machine et cinq
minutes plus tard, vous obtiendrez la réponse en recherchant sur Google. La
réponse est l’espèce, le sous-type et la résistance du microorganisme et il
pourrait y avoir d’autres informations. »
Améliorer la réponse aux
épidémies
Le partage des résultats du séquençage permettrait une
détection précoce des menaces émergentes et une identification, une
investigation et une prévention rapides des flambées de maladies aux niveaux
national, régional et mondial. L'égalité d'accès et de mise en œuvre d'une
telle technologie de séquençage entre les pays pourrait réduire la charge
mondiale de morbidité en permettant une surveillance en temps réel des maladies
animales et humaines et des risques en matière de sécurité sanitaire des
aliments.
Schlundt a déclaré que si la plupart des pays acceptaient
cette idée, il y aurait un système de surveillance en temps réel normalisé
presque parfait pour les maladies.
« Il se peut
qu'il y ait une épidémie d'origine alimentaire dans un certain nombre de pays
européens et qu'il s'agisse du même sous-type de Salmonella Typhimurium, le
système verrait celui qui se trouve à Berlin est le même type que celui de
Marseille et de Rome, de sorte qu'il puisse être relié ensemble comme ça. Ils
commencent à faire quelque chose comme cela aux États-Unis avec leur système,
de sorte qu’ils trouvent beaucoup plus de flambées au niveau national
qu’auparavant parce qu’ils ont utilisé ce type de méthodologie. »
La confidentialité des données et l'anonymat pourraient être
protégés car il existe déjà des moyens de séparer les métadonnées des quatre
millions de lettres constituant la séquence.
« Dans ce système
où vous pouvez aller et regarder, vous ne pouvez pas voir ce numéro de souche,
ni aucun détail sur le patient, sur l'animal ou sur l’aliment dont il provient.
Ce serait caché. Vous ne pourrez obtenir ces métadonnées que par un itinéraire
spécial, par exemple en cas d'épidémie. Il y aurait donc des garde-fous contre
les problèmes de confidentialité concernant un seul patient, etc. », a
déclaré Schlundt.
Lettres envoyées aux
agences du monde entier
L'une des raisons pour lesquelles GMI a été fondée a été
d'inclure les pays en développement dans les discussions sur les nouvelles
techniques et technologies.
Schlundt a déclaré que l'organisation avait envoyé des
lettres en 2018 à 186 pays pour faire pression en faveur de cette base de
données et avait obtenu des réponses de 15 d'entre eux.
« Nous avons
envoyé une deuxième série de lettres au début de 2019 à 30 pays, aux 15 pays
qui nous avait répondus et à d'autres pays que nous connaissons et qui sont
intéressés par ce domaine. À partir du second envoi, nous avons reçu six ou
sept réponses. Je n’entrerais pas dans les détails, mais la plupart d’entre eux
se déclarent d’accord pour dire que c’est une question importante et qu’il faut
engager des discussions internationales à ce sujet », a-t-il déclaré.
« Nous espérons
que la France, l’Allemagne ou les États-Unis pourront en parler avec le G20
Santé. Si vous voulez avoir un grand mouvement dans des choses comme celle-ci,
vous devez impliquer les États-nations. Tout repose sur un accord sur le fait
que vous souhaitez partager ces données et que ce doit être une discussion
intergouvernementale, cela ne peut pas être uniquement entre scientifiques. »
Le GMI continuera à faire pression sur la question par le biais
des pays « amis » et des organisations internationales, a déclaré
Schlundt, mais tout en souhaitant que cela se produise dans les prochaines
années, cela pourrait prendre des décennies.
« À mon avis, les
organisations internationales devraient prendre leur propre initiative sur ce
sujet. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) en particulier, mais aussi
l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO).
Ils sont d'accord avec nous mais ils ne poursuivent pas activement cela. Nous
devons compter sur les États membres qui pourraient être intéressés par ce
potentiel majeur pour la santé publique et la microbiologie. »
Le GMI 13
aura lieu du 8 au 11 juin 2020 à Vancouver, au Canada.
NB : C'était le 1000e article sur ce blog !
