L'utilisation du séquençage du génome complet pour la surveillance de la résistance aux antibiotiques, selon une étude britannique

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« Une étude britannique soutient le séquençage du génome entier pour la surveillance de la résistance aux antibiotiques », source CIDRAP News.

Une nouvelles étude menée par une équipe de scientifiques du Royaume-Uni suggèrent que le séquençage du génome complet (WGS) devrait être considéré comme une alternative aux tests phénotypiques traditionnels pour la surveillance nationale de la résistance aux antibiotiques.

Dans une étude publiée le 12 décembre 2019 dans Eurosurveillance, des chercheurs de la Animal and Plant Health Agency du Royaume-Uni et de l'Université d'East Anglia ont effectué des WGS sur une collection de 515 isolats de Escherichia coli prélevés sur des porcs dans 57 élevages britanniques. Ils ont également testé leur sensibilité à un panel de neuf antibiotiques, en utilisant la concentration inhibitrice minimale (CMI) pour déterminer la résistance ou la sensibilité phénotypique. Le but de l'étude était de déterminer si la présence de gènes de résistance aux antibiotiques et de mutations dans les isolats de E coli pouvait prédire avec précision leur résistance aux antibiotiques d'importance clinique et vétérinaire chez l'homme.

Dans l'ensemble, la corrélation des résultats de WGS avec la sensibilité aux neuf antibiotiques était de 98,9% pour la spécificité du test et de 97,5% pour la valeur prédictive positive d'un test.

Le coefficient kappa global (k = 0,914) a indiqué que la présence de gènes de résistance aux antibiotiques était très prédictive d'une sensibilité réduite et montrait une excellente corrélation avec les données phénotypiques de la CMI des isolats.

Cependant, il y avait une variation pour chaque antibiotique; cinq ont montré un accord « presque parfait », trois ont montré un accord fort et un a montré un accord modéré. Des ajustements épidémiologiques limités suggérés ont augmenté la concordance entre les données génotypiques et les valeurs kappa pour les quatre antibiotiques avec un accord allant de fort à modéré.

Les auteurs de l'étude affirment que le WGS offre l'avantage supplémentaire de pouvoir détecter des gènes qui confèrent une résistance aux antibiotiques qui ne sont pas systématiquement testés dans des panels de la CMI, et peut identifier d'autres éléments des souches bactériennes - tels que les types de séquence multilocus et les plasmides - qui sont importants pour évaluer leur capacité à transmettre la résistance aux antibiotiques.